Result of FASTA (omim) for pF1KB7318
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7318, 1181 aa
  1>>>pF1KB7318 1181 - 1181 aa - 1181 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2807+/-0.000463; mu= 17.2859+/- 0.029
 mean_var=94.5392+/-19.522, 0's: 0 Z-trim(111.2): 221  B-trim: 196 in 1/53
 Lambda= 0.131907
 statistics sampled from 19478 (19730) to 19478 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.581), E-opt: 0.2 (0.231), width:  16
 Scan time: 11.200

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_703148 (OMIM: 609658) NACHT, LRR and PYD domain (1200) 6856 1316.3       0
NP_789792 (OMIM: 609665) NACHT, LRR and PYD domain (1093) 2357 460.1 3.4e-128
XP_011518346 (OMIM: 609665) PREDICTED: NACHT, LRR  (1052) 1925 377.9 1.8e-103
NP_789781 (OMIM: 609659) NACHT, LRR and PYD domain (1048) 1495 296.1 7.8e-79
NP_001303929 (OMIM: 609659) NACHT, LRR and PYD dom (1029) 1087 218.4 1.8e-55
XP_006723138 (OMIM: 231090,609661) PREDICTED: NACH (1037) 1085 218.1 2.4e-55
XP_011524901 (OMIM: 231090,609661) PREDICTED: NACH (1037) 1085 218.1 2.4e-55
XP_006723139 (OMIM: 231090,609661) PREDICTED: NACH (1037) 1085 218.1 2.4e-55
NP_001120727 (OMIM: 231090,609661) NACHT, LRR and  (1037) 1085 218.1 2.4e-55
XP_011524898 (OMIM: 231090,609661) PREDICTED: NACH (1065) 1085 218.1 2.4e-55
NP_001167554 (OMIM: 609364) NACHT, LRR and PYD dom (1039) 1062 213.7   5e-54
NP_001167553 (OMIM: 609364) NACHT, LRR and PYD dom (1040) 1062 213.7   5e-54
NP_060322 (OMIM: 609364) NACHT, LRR and PYD domain (1062) 1062 213.7 5.1e-54
NP_001167552 (OMIM: 609364) NACHT, LRR and PYD dom (1062) 1062 213.7 5.1e-54
NP_996611 (OMIM: 231090,609661) NACHT, LRR and PYD ( 980)  996 201.1 2.9e-50
XP_011524903 (OMIM: 231090,609661) PREDICTED: NACH (1008)  996 201.1 2.9e-50
XP_011518565 (OMIM: 173320) PREDICTED: ribonucleas ( 461)  804 164.4 1.5e-39
NP_976318 (OMIM: 173320) ribonuclease inhibitor [H ( 461)  804 164.4 1.5e-39
NP_976317 (OMIM: 173320) ribonuclease inhibitor [H ( 461)  804 164.4 1.5e-39
NP_976320 (OMIM: 173320) ribonuclease inhibitor [H ( 461)  804 164.4 1.5e-39
NP_976323 (OMIM: 173320) ribonuclease inhibitor [H ( 461)  804 164.4 1.5e-39
XP_011518560 (OMIM: 173320) PREDICTED: ribonucleas ( 461)  804 164.4 1.5e-39
XP_011518557 (OMIM: 173320) PREDICTED: ribonucleas ( 461)  804 164.4 1.5e-39
XP_011518559 (OMIM: 173320) PREDICTED: ribonucleas ( 461)  804 164.4 1.5e-39
NP_002930 (OMIM: 173320) ribonuclease inhibitor [H ( 461)  804 164.4 1.5e-39
NP_976322 (OMIM: 173320) ribonuclease inhibitor [H ( 461)  804 164.4 1.5e-39
XP_011518562 (OMIM: 173320) PREDICTED: ribonucleas ( 461)  804 164.4 1.5e-39
XP_011518563 (OMIM: 173320) PREDICTED: ribonucleas ( 461)  804 164.4 1.5e-39
XP_011518564 (OMIM: 173320) PREDICTED: ribonucleas ( 461)  804 164.4 1.5e-39
XP_011518561 (OMIM: 173320) PREDICTED: ribonucleas ( 461)  804 164.4 1.5e-39
NP_976319 (OMIM: 173320) ribonuclease inhibitor [H ( 461)  804 164.4 1.5e-39
XP_016873595 (OMIM: 173320) PREDICTED: ribonucleas ( 461)  804 164.4 1.5e-39
NP_976321 (OMIM: 173320) ribonuclease inhibitor [H ( 461)  804 164.4 1.5e-39
XP_016872742 (OMIM: 609650) PREDICTED: NACHT, LRR  ( 730)  801 163.9 3.3e-39
NP_612202 (OMIM: 609650) NACHT, LRR and PYD domain ( 892)  801 164.0 3.9e-39
NP_001263629 (OMIM: 609650) NACHT, LRR and PYD dom ( 891)  795 162.8 8.6e-39
XP_016882953 (OMIM: 609648,611762) PREDICTED: NACH ( 923)  777 159.4 9.5e-38
XP_016882954 (OMIM: 609648,611762) PREDICTED: NACH ( 923)  777 159.4 9.5e-38
XP_016882956 (OMIM: 609648,611762) PREDICTED: NACH ( 923)  777 159.4 9.5e-38
XP_016882955 (OMIM: 609648,611762) PREDICTED: NACH ( 923)  777 159.4 9.5e-38
XP_016882952 (OMIM: 609648,611762) PREDICTED: NACH ( 923)  777 159.4 9.5e-38
NP_001264055 (OMIM: 609648,611762) NACHT, LRR and  (1062)  777 159.4 1.1e-37
NP_653288 (OMIM: 609648,611762) NACHT, LRR and PYD (1061)  774 158.9 1.6e-37
NP_789790 (OMIM: 609663) NACHT, LRR and PYD domain ( 991)  759 156.0 1.1e-36
NP_604393 (OMIM: 609645) NACHT, LRR and PYD domain ( 994)  738 152.0 1.7e-35
XP_011525782 (OMIM: 609648,611762) PREDICTED: NACH (1005)  724 149.4 1.1e-34
NP_789780 (OMIM: 609660) NACHT, LRR and PYD domain (1043)  719 148.4 2.2e-34
XP_011525781 (OMIM: 609648,611762) PREDICTED: NACH (1005)  716 147.8 3.2e-34
NP_001264058 (OMIM: 609648,611762) NACHT, LRR and  (1004)  706 145.9 1.2e-33
NP_001307986 (OMIM: 609660) NACHT, LRR and PYD dom (1036)  701 145.0 2.4e-33


>>NP_703148 (OMIM: 609658) NACHT, LRR and PYD domains-co  (1200 aa)
 initn: 6844 init1: 6844 opt: 6856  Z-score: 7049.1  bits: 1316.3 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 7942; 98.4% identity (98.4% similar) in 1200 aa overlap (1-1181:1-1200)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MKVAGGLELGAAALLSASPRALVTLSTGPTCSILPKNPLFPQNLSSQPCIKMEGDKSLTF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_703 MKVAGGLELGAAALLSASPRALVTLSTGPTCSILPKNPLFPQNLSSQPCIKMEGDKSLTF
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 SSYGLQWCLYELDKEEFQTFKELLKKKSSESTTCSIPQFEIENANVECLALLLHEYYGAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_703 SSYGLQWCLYELDKEEFQTFKELLKKKSSESTTCSIPQFEIENANVECLALLLHEYYGAS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 LAWATSISIFENMNLRTLSEKARDDMKRHSPEDPEATMTDQGPSKEKVPGISQAVQQDSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_703 LAWATSISIFENMNLRTLSEKARDDMKRHSPEDPEATMTDQGPSKEKVPGISQAVQQDSA
              130       140       150       160       170       180

              190       200                          210       220 
pF1KB7 TAAETKEQEISQAMEQEGATAAETEEQ-------------------GHGGDTWDYKSHVM
       :::::::::::::::::::::::::::                   ::::::::::::::
NP_703 TAAETKEQEISQAMEQEGATAAETEEQEISQAMEQEGATAAETEEQGHGGDTWDYKSHVM
              190       200       210       220       230       240

             230       240       250       260       270       280 
pF1KB7 TKFAEEEDVRRSFENTAADWPEMQTLAGAFDSDRWGFRPRTVVLHGKSGIGKSALARRIV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_703 TKFAEEEDVRRSFENTAADWPEMQTLAGAFDSDRWGFRPRTVVLHGKSGIGKSALARRIV
              250       260       270       280       290       300

             290       300       310       320       330       340 
pF1KB7 LCWAQGGLYQGMFSYVFFLPVREMQRKKESSVTEFISREWPDSQAPVTEIMSRPERLLFI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_703 LCWAQGGLYQGMFSYVFFLPVREMQRKKESSVTEFISREWPDSQAPVTEIMSRPERLLFI
              310       320       330       340       350       360

             350       360       370       380       390       400 
pF1KB7 IDGFDDLGSVLNNDTKLCKDWAEKQPPFTLIRSLLRKVLLPESFLIVTVRDVGTEKLKSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_703 IDGFDDLGSVLNNDTKLCKDWAEKQPPFTLIRSLLRKVLLPESFLIVTVRDVGTEKLKSE
              370       380       390       400       410       420

             410       420       430       440       450       460 
pF1KB7 VVSPRYLLVRGISGEQRIHLLLERGIGEHQKTQGLRAIMNNRELLDQCQVPAVGSLICVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_703 VVSPRYLLVRGISGEQRIHLLLERGIGEHQKTQGLRAIMNNRELLDQCQVPAVGSLICVA
              430       440       450       460       470       480

             470       480       490       500       510       520 
pF1KB7 LQLQDVVGESVAPFNQTLTGLHAAFVFHQLTPRGVVRRCLNLEERVVLKRFCRMAVEGVW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_703 LQLQDVVGESVAPFNQTLTGLHAAFVFHQLTPRGVVRRCLNLEERVVLKRFCRMAVEGVW
              490       500       510       520       530       540

             530       540       550       560       570       580 
pF1KB7 NRKSVFDGDDLMVQGLGESELRALFHMNILLPDSHCEEYYTFFHLSLQDFCAALYYVLEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_703 NRKSVFDGDDLMVQGLGESELRALFHMNILLPDSHCEEYYTFFHLSLQDFCAALYYVLEG
              550       560       570       580       590       600

             590       600       610       620       630       640 
pF1KB7 LEIEPALCPLYVEKTKRSMELKQAGFHIHSLWMKRFLFGLVSEDVRRPLEVLLGCPVPLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_703 LEIEPALCPLYVEKTKRSMELKQAGFHIHSLWMKRFLFGLVSEDVRRPLEVLLGCPVPLG
              610       620       630       640       650       660

             650       660       670       680       690       700 
pF1KB7 VKQKLLHWVSLLGQQPNATTPGDTLDAFHCLFETQDKEFVRLALNSFQEVWLPINQNLDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_703 VKQKLLHWVSLLGQQPNATTPGDTLDAFHCLFETQDKEFVRLALNSFQEVWLPINQNLDL
              670       680       690       700       710       720

             710       720       730       740       750       760 
pF1KB7 IASSFCLQHCPYLRKIRVDVKGIFPRDESAEACPVVPLWMRDKTLIEEQWEDFCSMLGTH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_703 IASSFCLQHCPYLRKIRVDVKGIFPRDESAEACPVVPLWMRDKTLIEEQWEDFCSMLGTH
              730       740       750       760       770       780

             770       780       790       800       810       820 
pF1KB7 PHLRQLDLGSSILTERAMKTLCAKLRHPTCKIQTLMFRNAQITPGVQHLWRIVMANRNLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_703 PHLRQLDLGSSILTERAMKTLCAKLRHPTCKIQTLMFRNAQITPGVQHLWRIVMANRNLR
              790       800       810       820       830       840

             830       840       850       860       870       880 
pF1KB7 SLNLGGTHLKEEDVRMACEALKHPKCLLESLRLDCCGLTHACYLKISQILTTSPSLKSLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_703 SLNLGGTHLKEEDVRMACEALKHPKCLLESLRLDCCGLTHACYLKISQILTTSPSLKSLS
              850       860       870       880       890       900

             890       900       910       920       930       940 
pF1KB7 LAGNKVTDQGVMPLSDALRVSQCALQKLILEDCGITATGCQSLASALVSNRSLTHLCLSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_703 LAGNKVTDQGVMPLSDALRVSQCALQKLILEDCGITATGCQSLASALVSNRSLTHLCLSN
              910       920       930       940       950       960

             950       960       970       980       990      1000 
pF1KB7 NSLGNEGVNLLCRSMRLPHCSLQRLMLNQCHLDTAGCGFLALALMGNSWLTHLSLSMNPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_703 NSLGNEGVNLLCRSMRLPHCSLQRLMLNQCHLDTAGCGFLALALMGNSWLTHLSLSMNPV
              970       980       990      1000      1010      1020

            1010      1020      1030      1040      1050      1060 
pF1KB7 EDNGVKLLCEVMREPSCHLQDLELVKCHLTAACCESLSCVISRSRHLKSLDLTDNALGDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_703 EDNGVKLLCEVMREPSCHLQDLELVKCHLTAACCESLSCVISRSRHLKSLDLTDNALGDG
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

            1070      1080      1090      1100      1110      1120 
pF1KB7 GVAALCEGLKQKNSVLARLGLKACGLTSDCCEALSLALSCNRHLTSLNLVQNNFSPKGMM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_703 GVAALCEGLKQKNSVLARLGLKACGLTSDCCEALSLALSCNRHLTSLNLVQNNFSPKGMM
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

            1130      1140      1150      1160      1170      1180 
pF1KB7 KLCSAFACPTSNLQIIGLWKWQYPVQIRKLLEEVQLLKPRVVIDGSWHSFDEDDRYWWKN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_703 KLCSAFACPTSNLQIIGLWKWQYPVQIRKLLEEVQLLKPRVVIDGSWHSFDEDDRYWWKN
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>>NP_789792 (OMIM: 609665) NACHT, LRR and PYD domains-co  (1093 aa)
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pF1KB7 ELLKKKSSESTTCSIPQFEIENANVECLALLLHEYYGASLAWATSISIFENMNLRTLSEK
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