seq1 = pF1KB6454.tfa, 1050 bp
seq2 = pF1KB6454/gi568815596f_200792025.tfa (gi568815596f:200792025_201003675), 211651 bp

>pF1KB6454 1050
>gi568815596f:200792025_201003675 (Chr2)

1-355  (100001-100355)   100% ->
356-518  (101222-101384)   100% ->
519-645  (103240-103366)   100% ->
646-784  (105052-105190)   100% ->
785-868  (107361-107444)   100% ->
869-1050  (111470-111651)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTTGAAGGCTCTCCTTTCTTCCTTGAATGACTTTGCATCCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTTGAAGGCTCTCCTTTCTTCCTTGAATGACTTTGCATCCCTCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTTGCTGAGAGTTGGGACAATGTTGGATTACTGGTGGAACCAAGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTTGCTGAGAGTTGGGACAATGTTGGATTACTGGTGGAACCAAGCCCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACATACTGTAAATACACTCTTCCTGACCAATGACCTGACTGAGGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACATACTGTAAATACACTCTTCCTGACCAATGACCTGACTGAGGAAGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGGAGGAGGTGCTGCAAAAGAAGGCAGACCTCATTCTCTCCTACCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGGAGGAGGTGCTGCAAAAGAAGGCAGACCTCATTCTCTCCTACCATCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCTATCTTCCGACCCATGAAGCGCATAACCTGGAACACATGGAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCTATCTTCCGACCCATGAAGCGCATAACCTGGAACACATGGAAGGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCTGGTGATCCGGGCTCTGGAGAACAGAGTCGGTATCTACTCTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCCTGGTGATCCGGGCTCTGGAGAACAGAGTCGGTATCTACTCTCCTCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACAGCCTATGATGCTGCGCCCCAGGGCGTCAACAACTGGTTGGCTAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACAGCCTATGATGCTGCGCCCCAGGGCGTCAACAACTGGTTGGCTAAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTTG         GAGCTTGTACCTCCAGGCCCATACATCCTTCCAAAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTTGGTG...TAGGAGCTTGTACCTCCAGGCCCATACATCCTTCCAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTCCCAACTACCCTACAGAGGGAAACCACCGAGTAGAATTCAACGTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101258 CTCCCAACTACCCTACAGAGGGAAACCACCGAGTAGAATTCAACGTTAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TACACCCAAGACCTGGACAAAGTCATGTCTGCAGTGAAAGGAATTGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101308 TACACCCAAGACCTGGACAAAGTCATGTCTGCAGTGAAAGGAATTGACGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGTTTCTGTCACTTCTTTTTCTGCTAG         GACTGGTAATGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101358 TGTTTCTGTCACTTCTTTTTCTGCTAGGTA...TAGGACTGGTAATGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AACAAACACGGATTAATCTGAATTGTACTCAGAAGGCTTTGATGCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103254 AACAAACACGGATTAATCTGAATTGTACTCAGAAGGCTTTGATGCAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTAGATTTTCTTTCCCGGAACAAACAACTTTATCAGAAGACGGAAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103304 GTAGATTTTCTTTCCCGGAACAAACAACTTTATCAGAAGACGGAAATTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GTCACTGGAGAAG         CCTTTGCTTCTACATACTGGAATGGGAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103354 GTCACTGGAGAAGGTA...CAGCCTTTGCTTCTACATACTGGAATGGGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGTTATGCACACTGGATGAATCTGTCTCCCTGGCAACCATGATTGATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105080 GGTTATGCACACTGGATGAATCTGTCTCCCTGGCAACCATGATTGATCGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATAAAAAGACACCTAAAACTATCTCATATTCGCTTAGCCCTTGGGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105130 ATAAAAAGACACCTAAAACTATCTCATATTCGCTTAGCCCTTGGGGTGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GAGAACCTTAG         AGTCTCAAGTCAAAGTCGTGGCCCTGTGTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105180 GAGAACCTTAGGTA...AAGAGTCTCAAGTCAAAGTCGTGGCCCTGTGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTGGTTCTGGGAGCAGCGTTCTGCAGGGTGTTGAGGCTGACCTTTACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107391 CTGGTTCTGGGAGCAGCGTTCTGCAGGGTGTTGAGGCTGACCTTTACCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ACAG         GTGAGATGTCCCATCATGATACTTTGGATGCTGCTTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107441 ACAGGTA...TAGGTGAGATGTCCCATCATGATACTTTGGATGCTGCTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCAAGGAATAAATGTCATCCTCTGTGAACACAGCAACACTGAACGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111507 CCAAGGAATAAATGTCATCCTCTGTGAACACAGCAACACTGAACGAGGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TTCTTTCTGACCTTCGAGATATGCTGGATTCTCACTTGGAGAATAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111557 TTCTTTCTGACCTTCGAGATATGCTGGATTCTCACTTGGAGAATAAGATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1006 AATATTATCCTATCAGAGACTGACAGGGACCCTCTTCAGGTGGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111607 AATATTATCCTATCAGAGACTGACAGGGACCCTCTTCAGGTGGTA