Result of FASTA (ccds) for pF1KE0208
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE0208, 371 aa
  1>>>pF1KE0208 371 - 371 aa - 371 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2754+/-0.00084; mu= 12.6640+/- 0.051
 mean_var=110.4652+/-22.619, 0's: 0 Z-trim(111.0): 148  B-trim: 103 in 1/50
 Lambda= 0.122029
 statistics sampled from 11875 (12060) to 11875 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.73), E-opt: 0.2 (0.37), width:  16
 Scan time:  2.300

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS46892.1 LRRC58 gene_id:116064|Hs108|chr3       ( 371) 2436 439.4 2.3e-123
CCDS34844.1 MFHAS1 gene_id:9258|Hs108|chr8         (1052)  395 80.5 7.6e-15
CCDS61325.1 LRRC63 gene_id:220416|Hs108|chr13      ( 587)  344 71.3 2.5e-12
CCDS44508.1 PIDD1 gene_id:55367|Hs108|chr11        ( 893)  327 68.4 2.7e-11
CCDS7716.1 PIDD1 gene_id:55367|Hs108|chr11         ( 910)  327 68.4 2.7e-11
CCDS42409.1 LRRC30 gene_id:339291|Hs108|chr18      ( 301)  314 65.8 5.7e-11


>>CCDS46892.1 LRRC58 gene_id:116064|Hs108|chr3            (371 aa)
 initn: 2436 init1: 2436 opt: 2436  Z-score: 2328.1  bits: 439.4 E(32554): 2.3e-123
Smith-Waterman score: 2436; 100.0% identity (100.0% similar) in 371 aa overlap (1-371:1-371)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MEEAGAAVVTAGEAELNWSRLSVSTETLESELEARGEERRGAREALLRLLLPHNRLVSLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MEEAGAAVVTAGEAELNWSRLSVSTETLESELEARGEERRGAREALLRLLLPHNRLVSLP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 RALGSGFPHLQLLDVSGNALTALGPELLALRGLRTLLAKNNRLGGPSALPKGLAQSPLCR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 RALGSGFPHLQLLDVSGNALTALGPELLALRGLRTLLAKNNRLGGPSALPKGLAQSPLCR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 SLQVLNLSGNCFQEVPASLLELRALQTLSLGGNQLQSIPAEIENLQSLECLYLGGNFIKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SLQVLNLSGNCFQEVPASLLELRALQTLSLGGNQLQSIPAEIENLQSLECLYLGGNFIKE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 IPPELGNLPSLNYLVLCDNKIQSIPPQLSQLHSLRSLSLHNNLLTYLPREILNLIHLEEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 IPPELGNLPSLNYLVLCDNKIQSIPPQLSQLHSLRSLSLHNNLLTYLPREILNLIHLEEL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE0 SLRGNPLVVRFVRDLTYDPPTLLELAARTIKIRNISYTPYDLPGNLLRYLGSASNCPNPK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SLRGNPLVVRFVRDLTYDPPTLLELAARTIKIRNISYTPYDLPGNLLRYLGSASNCPNPK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE0 CGGVYFDCCVRQIKFVDFCGKYRLPLMHYLCSPECSSPCSSASHSSTSQSESDSEDEASV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 CGGVYFDCCVRQIKFVDFCGKYRLPLMHYLCSPECSSPCSSASHSSTSQSESDSEDEASV
              310       320       330       340       350       360

              370 
pF1KE0 AARRMQKVLLG
       :::::::::::
CCDS46 AARRMQKVLLG
              370 

>>CCDS34844.1 MFHAS1 gene_id:9258|Hs108|chr8              (1052 aa)
 initn: 753 init1: 274 opt: 395  Z-score: 380.0  bits: 80.5 E(32554): 7.6e-15
Smith-Waterman score: 398; 40.0% identity (64.5% similar) in 245 aa overlap (5-249:127-356)

                                         10        20        30    
pF1KE0                           MEEAGAAVVTAGEAELNWSRLSVSTETLESELEA
                                     :: ::.: . ::   .:..: . : . : :
CCDS34 NRFARLPPAVAELGHHLTELDVSHNRLTALGAEVVSALR-ELR--KLNLSHNQLPA-LPA
        100       110       120       130          140        150  

           40        50        60        70        80        90    
pF1KE0 RGEERRGAREALLRLLLPHNRLVSLPRALGSGFPHLQLLDVSGNALTALGPELLALRGLR
       .     ::   : .: .  :::. :: .: : . .:. :::. : :::.  .:: : .:.
CCDS34 Q----LGALAHLEELDVSFNRLAHLPDSL-SCLSRLRTLDVDHNQLTAFPRQLLQLVALE
                160       170        180       190       200       

          100       110       120       130       140       150    
pF1KE0 TLLAKNNRLGGPSALPKGLAQSPLCRSLQVLNLSGNCFQEVPASLLELRALQTLSLGGNQ
        : ...::: :   ::. .  : : :.:..: :::  .  .::.. :: .:..: : .: 
CCDS34 ELDVSSNRLRG---LPEDI--SAL-RALKILWLSGAELGTLPAGFCELASLESLMLDNNG
       210          220          230       240       250       260 

          160       170       180       190       200       210    
pF1KE0 LQSIPAEIENLQSLECLYLGGNFIKEIPPELGNLPSLNYLVLCDNKIQSIPPQLSQLHSL
       ::..::..  :: :. : :..:...:.:  :  : .:. : :  :.. :.:  .: :  :
CCDS34 LQALPAQFSCLQRLKMLNLSSNLFEEFPAALLPLAGLEELYLSRNQLTSVPSLISGLGRL
             270       280       290       300       310       320 

          220       230       240       250       260       270    
pF1KE0 RSLSLHNNLLTYLPREILNLIHLEELSLRGNPLVVRFVRDLTYDPPTLLELAARTIKIRN
        .: : :: . :::  :..:  :::: :.:: ..:                         
CCDS34 LTLWLDNNRIRYLPDSIVELTGLEELVLQGNQIAVLPDHFGQLSRVGLWKIKDNPLIQPP
             330       340       350       360       370       380 

          280       290       300       310       320       330    
pF1KE0 ISYTPYDLPGNLLRYLGSASNCPNPKCGGVYFDCCVRQIKFVDFCGKYRLPLMHYLCSPE
                                                                   
CCDS34 YEVCMKGIPYIAAYQKELAHSQPAVQPRLKLLLMGHKAAGKTLLRHCLTEERVEGCPGGG
             390       400       410       420       430       440 

>>CCDS61325.1 LRRC63 gene_id:220416|Hs108|chr13           (587 aa)
 initn: 341 init1: 217 opt: 344  Z-score: 334.9  bits: 71.3 E(32554): 2.5e-12
Smith-Waterman score: 347; 27.8% identity (57.3% similar) in 316 aa overlap (39-335:246-558)

       10        20        30        40        50         60       
pF1KE0 VTAGEAELNWSRLSVSTETLESELEARGEERRGAREALLRLLLPHN-RLVSLPRALGS--
                                     :.  :..... :. .:  . :.:. .    
CCDS61 WPEHFKSTATLTLRVTEFPGFVSLPTPVLPRKPHRQSVIETLVTENGNIESVPKQIPPRP
         220       230       240       250       260       270     

            70        80        90       100             110       
pF1KE0 --GFPHLQLLDVSGNALTALGPELLALRGLRTLLAKNN------RLGGPSALP-KGL---
         :. . . ..   ... . : . .:    .:. : .:      .. : .::  ::.   
CCDS61 PEGLTKTEKIESEIHVVRGEGFKTVAATRYETITAMTNLAIVNCQVYGRNALNLKGFFIL
         280       290       300       310       320       330     

              120       130       140       150       160       170
pF1KE0 ---AQSPLCRSLQVLNLSGNCFQEVPASLLELRALQTLSLGGNQLQSIPAEIENLQSLEC
            .::  .:  :::: : ..  :. .: :. :: :.: .: .. ::.::..:. :. 
CCDS61 NCPDLTPLAFQLIYLNLSFNDLHYFPTEILCLKNLQILKLRNNPIKEIPSEIQQLEFLRI
         340       350       360       370       380       390     

              180       190       200       210       220       230
pF1KE0 LYLGGNFIKEIPPELGNLPSLNYLVLCDNKIQSIPPQLSQLHSLRSLSLHNNLLTYLPRE
       . .. :.:  .:  : .:  :. : .  :..  :: ....:.::..:.. .: :...:. 
CCDS61 FTIAFNLITVLPIGLFSLSYLEELDVSYNELTFIPNEIQKLRSLEKLTVDGNELSFFPHG
         400       410       420       430       440       450     

              240       250       260       270       280          
pF1KE0 ILNLIHLEELSLRGNPLVVRFVRDLTYDPPTLLELAARTIKIRNISYTPYD-LPGNLLRY
       ::.: .: ......:     : ::   . :  :      . ..:  .  :: .: .. . 
CCDS61 ILKL-NLTKIQFENNFTHPCFWRDNYLNNPQQLTQIISLFIVQNKLHKFYDKIPVEVQKL
          460       470       480       490       500       510    

     290       300       310       320       330       340         
pF1KE0 LGSASNCPNPKCGGVYFDCCVRQIKFVDFCGKYRLPLMHYLCSPECSSPCSSASHSSTSQ
       :  .: :    : :  :    : :.  :. :  .::.: :.::: :              
CCDS61 LKCTSRCE--WCHGPKFGEGFRVIRSCDIFGASQLPVMFYVCSPSCYRRIKESSFVLDGS
          520         530       540       550       560       570  

     350       360       370 
pF1KE0 SESDSEDEASVAARRMQKVLLG
                             
CCDS61 PSRRIALDVELSKEL       
            580              

>>CCDS44508.1 PIDD1 gene_id:55367|Hs108|chr11             (893 aa)
 initn: 306 init1: 306 opt: 327  Z-score: 316.2  bits: 68.4 E(32554): 2.7e-11
Smith-Waterman score: 355; 37.8% identity (62.7% similar) in 233 aa overlap (15-247:79-295)

                               10        20        30        40    
pF1KE0                 MEEAGAAVVTAGEAELNWSRLSVSTETLESELEARGEERRGARE
                                     : . ..:  :   :.: :  .: .:: .  
CCDS44 QLLHLCVQQPLQLLQVEFLRLSTHEDPQLLEATLAQLPQSLSCLRS-LVLKGGQRRDTLG
       50        60        70        80        90        100       

           50        60        70        80        90       100    
pF1KE0 ALLRLLLPHNRLVSLPRALGSGFPHLQLLDVSGNALTALGPELLALRGLRTLLAKNNRLG
       : ::     . :..:: .: ::. ::  ::.: :.: .:   .: .::: .:: ..: : 
CCDS44 ACLR-----GALTNLPAGL-SGLAHLAHLDLSFNSLETLPACVLQMRGLGALLLSHNCL-
       110            120        130       140       150       160 

          110       120       130       140       150       160    
pF1KE0 GPSALPKGLAQSPLCRSLQVLNLSGNCFQEVPASLLELRALQTLSLGGNQLQSIPAEIEN
         : ::..:.  :   .:  :... : .: .: .:  : .:: :.:. : :...: :: .
CCDS44 --SELPEALGALP---ALTFLTVTHNRLQTLPPALGALSTLQRLDLSQNLLDTLPPEIGG
                170          180       190       200       210     

          170       180       190       200       210       220    
pF1KE0 LQSLECLYLGGNFIKEIPPELGNLPSLNYLVLCDNKIQSIPPQLSQLHSLRSLSLHNNLL
       : ::  : :..: .. .:  :..: ::  ::: .: . :.: .:..:  :  :.:..: :
CCDS44 LGSLLELNLASNRLQSLPASLAGLRSLRLLVLHSNLLASVPADLARLPLLTRLDLRDNQL
         220       230       240       250       260       270     

          230       240       250       260       270       280    
pF1KE0 TYLPREILNLIHLEELSLRGNPLVVRFVRDLTYDPPTLLELAARTIKIRNISYTPYDLPG
         :: :.:.   ..   :.::::                                     
CCDS44 RDLPPELLDAPFVR---LQGNPLGEASPDAPSSPVAALIPEMPRLFLTSDLDSFPVTPQG
         280          290       300       310       320       330  

>>CCDS7716.1 PIDD1 gene_id:55367|Hs108|chr11              (910 aa)
 initn: 306 init1: 306 opt: 327  Z-score: 316.1  bits: 68.4 E(32554): 2.7e-11
Smith-Waterman score: 355; 37.8% identity (62.7% similar) in 233 aa overlap (15-247:79-295)

                               10        20        30        40    
pF1KE0                 MEEAGAAVVTAGEAELNWSRLSVSTETLESELEARGEERRGARE
                                     : . ..:  :   :.: :  .: .:: .  
CCDS77 QLLHLCVQQPLQLLQVEFLRLSTHEDPQLLEATLAQLPQSLSCLRS-LVLKGGQRRDTLG
       50        60        70        80        90        100       

           50        60        70        80        90       100    
pF1KE0 ALLRLLLPHNRLVSLPRALGSGFPHLQLLDVSGNALTALGPELLALRGLRTLLAKNNRLG
       : ::     . :..:: .: ::. ::  ::.: :.: .:   .: .::: .:: ..: : 
CCDS77 ACLR-----GALTNLPAGL-SGLAHLAHLDLSFNSLETLPACVLQMRGLGALLLSHNCL-
       110            120        130       140       150       160 

          110       120       130       140       150       160    
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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