Result of FASTA (omim) for pF1KB7840
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7840, 615 aa
  1>>>pF1KB7840 615 - 615 aa - 615 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5876+/-0.00037; mu= -3.4901+/- 0.023
 mean_var=331.8691+/-68.135, 0's: 0 Z-trim(124.3): 274  B-trim: 2560 in 1/55
 Lambda= 0.070403
 statistics sampled from 45551 (45839) to 45551 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.818), E-opt: 0.2 (0.537), width:  16
 Scan time: 10.460

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_006141 (OMIM: 300111) prickle-like protein 3 is ( 615) 4510 471.8 3.1e-132
NP_001294908 (OMIM: 300111) prickle-like protein 3 ( 547) 3987 418.6 2.8e-116
XP_011531737 (OMIM: 608501,613832) PREDICTED: pric ( 900) 2170 234.3 1.4e-60
XP_011531736 (OMIM: 608501,613832) PREDICTED: pric ( 930) 2170 234.3 1.5e-60
XP_011531742 (OMIM: 608501,613832) PREDICTED: pric ( 679) 2133 230.4 1.6e-59
XP_011531735 (OMIM: 608501,613832) PREDICTED: pric ( 936) 2133 230.5   2e-59
XP_011531734 (OMIM: 608501,613832) PREDICTED: pric ( 966) 2133 230.5   2e-59
NP_942559 (OMIM: 608501,613832) prickle-like prote ( 844) 1891 205.9 4.6e-52
XP_016861287 (OMIM: 608501,613832) PREDICTED: pric ( 844) 1891 205.9 4.6e-52
XP_011531739 (OMIM: 608501,613832) PREDICTED: pric ( 874) 1891 205.9 4.8e-52
XP_011531738 (OMIM: 608501,613832) PREDICTED: pric ( 874) 1891 205.9 4.8e-52
XP_011536248 (OMIM: 608500,612437) PREDICTED: pric ( 831) 1649 181.3 1.2e-44
NP_001138355 (OMIM: 608500,612437) prickle-like pr ( 831) 1649 181.3 1.2e-44
NP_001138354 (OMIM: 608500,612437) prickle-like pr ( 831) 1649 181.3 1.2e-44
XP_011536249 (OMIM: 608500,612437) PREDICTED: pric ( 831) 1649 181.3 1.2e-44
NP_001138353 (OMIM: 608500,612437) prickle-like pr ( 831) 1649 181.3 1.2e-44
XP_016874327 (OMIM: 608500,612437) PREDICTED: pric ( 831) 1649 181.3 1.2e-44
XP_016874328 (OMIM: 608500,612437) PREDICTED: pric ( 831) 1649 181.3 1.2e-44
NP_694571 (OMIM: 608500,612437) prickle-like prote ( 831) 1649 181.3 1.2e-44
XP_016874329 (OMIM: 608500,612437) PREDICTED: pric ( 831) 1649 181.3 1.2e-44
XP_011531740 (OMIM: 608501,613832) PREDICTED: pric ( 757) 1242 139.9   3e-32
XP_016861288 (OMIM: 608501,613832) PREDICTED: pric ( 720) 1232 138.9 5.8e-32
NP_037529 (OMIM: 611389) prickle-like protein 4 [H ( 384)  757 90.4 1.2e-17
XP_005250315 (OMIM: 606085) PREDICTED: testin isof ( 336)  717 86.3 1.8e-16
NP_690042 (OMIM: 606085) testin isoform 2 [Homo sa ( 412)  717 86.4 2.1e-16
NP_056456 (OMIM: 606085) testin isoform 1 [Homo sa ( 421)  717 86.4 2.2e-16
NP_001265163 (OMIM: 604859) LIM and cysteine-rich  ( 253)  415 55.5 2.5e-07
NP_001265162 (OMIM: 604859) LIM and cysteine-rich  ( 292)  415 55.6 2.8e-07
NP_055398 (OMIM: 604859) LIM and cysteine-rich dom ( 365)  415 55.7 3.3e-07
XP_011531951 (OMIM: 604859) PREDICTED: LIM and cys ( 371)  415 55.7 3.4e-07
NP_001161291 (OMIM: 300163,300695,300696,300717,30 ( 280)  387 52.7   2e-06
XP_016884846 (OMIM: 300163,300695,300696,300717,30 ( 280)  387 52.7   2e-06
NP_001153172 (OMIM: 300163,300695,300696,300717,30 ( 280)  387 52.7   2e-06
NP_001153176 (OMIM: 300163,300695,300696,300717,30 ( 280)  387 52.7   2e-06
NP_004459 (OMIM: 602790) four and a half LIM domai ( 280)  387 52.7   2e-06
XP_006724810 (OMIM: 300163,300695,300696,300717,30 ( 280)  387 52.7   2e-06
NP_001440 (OMIM: 300163,300695,300696,300717,30071 ( 280)  387 52.7   2e-06
NP_001153171 (OMIM: 300163,300695,300696,300717,30 ( 296)  387 52.7 2.1e-06
NP_001153173 (OMIM: 300163,300695,300696,300717,30 ( 309)  387 52.8 2.1e-06
NP_001230807 (OMIM: 602790) four and a half LIM do ( 172)  374 51.2 3.4e-06
NP_057011 (OMIM: 602353) transforming growth facto ( 444)  361 50.3 1.7e-05
NP_001158191 (OMIM: 602353) transforming growth fa ( 444)  361 50.3 1.7e-05
NP_001441 (OMIM: 602633) four and a half LIM domai ( 279)  350 49.0 2.7e-05
NP_963851 (OMIM: 602633) four and a half LIM domai ( 279)  350 49.0 2.7e-05
NP_001305823 (OMIM: 602633) four and a half LIM do ( 279)  350 49.0 2.7e-05
NP_963849 (OMIM: 602633) four and a half LIM domai ( 279)  350 49.0 2.7e-05
XP_011509100 (OMIM: 602633) PREDICTED: four and a  ( 279)  350 49.0 2.7e-05
NP_001305825 (OMIM: 602633) four and a half LIM do ( 279)  350 49.0 2.7e-05
NP_001305824 (OMIM: 602633) four and a half LIM do ( 279)  350 49.0 2.7e-05
NP_001034581 (OMIM: 602633) four and a half LIM do ( 279)  350 49.0 2.7e-05


>>NP_006141 (OMIM: 300111) prickle-like protein 3 isofor  (615 aa)
 initn: 4510 init1: 4510 opt: 4510  Z-score: 2495.1  bits: 471.8 E(85289): 3.1e-132
Smith-Waterman score: 4510; 100.0% identity (100.0% similar) in 615 aa overlap (1-615:1-615)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MFARGSRRRRSGRAPPEAEDPDRGQPCNSCREQCPGFLLHGWRKICQHCKCPREEHAVHA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 MFARGSRRRRSGRAPPEAEDPDRGQPCNSCREQCPGFLLHGWRKICQHCKCPREEHAVHA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 VPVDLERIMCRLISDFQRHSISDDDSGCASEEYAWVPPGLKPEQVYQFFSCLPEDKVPYV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 VPVDLERIMCRLISDFQRHSISDDDSGCASEEYAWVPPGLKPEQVYQFFSCLPEDKVPYV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 NSPGEKYRIKQLLHQLPPHDSEAQYCTALEEEEKKELRAFSQQRKRENLGRGIVRIFPVT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 NSPGEKYRIKQLLHQLPPHDSEAQYCTALEEEEKKELRAFSQQRKRENLGRGIVRIFPVT
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 ITGAICEECGKQIGGGDIAVFASRAGLGACWHPQCFVCTTCQELLVDLIYFYHVGKVYCG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 ITGAICEECGKQIGGGDIAVFASRAGLGACWHPQCFVCTTCQELLVDLIYFYHVGKVYCG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 RHHAECLRPRCQACDEIIFSPECTEAEGRHWHMDHFCCFECEASLGGQRYVMRQSRPHCC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 RHHAECLRPRCQACDEIIFSPECTEAEGRHWHMDHFCCFECEASLGGQRYVMRQSRPHCC
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 ACYEARHAEYCDGCGEHIGLDQGQMAYEGQHWHASDRCFCCSRCGRALLGRPFLPRRGLI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 ACYEARHAEYCDGCGEHIGLDQGQMAYEGQHWHASDRCFCCSRCGRALLGRPFLPRRGLI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 FCSRACSLGSEPTAPGPSRRSWSAGPVTAPLAASTASFSAVKGASETTTKGTSTELAPAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 FCSRACSLGSEPTAPGPSRRSWSAGPVTAPLAASTASFSAVKGASETTTKGTSTELAPAT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 GPEEPSRFLRGAPHRHSMPELGLRSVPEPPPESPGQPNLRPDDSAFGRQSTPRVSFRDPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 GPEEPSRFLRGAPHRHSMPELGLRSVPEPPPESPGQPNLRPDDSAFGRQSTPRVSFRDPL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB7 VSEGGPRRTLSAPPAQRRRPRSPPPRAPSRRRHHHHNHHHHHNRHPSRRRHYQCDAGSGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 VSEGGPRRTLSAPPAQRRRPRSPPPRAPSRRRHHHHNHHHHHNRHPSRRRHYQCDAGSGS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB7 DSESCSSSPSSSSSESSEDDGFFLGERIPLPPHLCRPMPAQDTAMETFNSPSLSLPRDSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 DSESCSSSPSSSSSESSEDDGFFLGERIPLPPHLCRPMPAQDTAMETFNSPSLSLPRDSR
              550       560       570       580       590       600

              610     
pF1KB7 AGMPRQARDKNCIVA
       :::::::::::::::
NP_006 AGMPRQARDKNCIVA
              610     

>>NP_001294908 (OMIM: 300111) prickle-like protein 3 iso  (547 aa)
 initn: 3987 init1: 3987 opt: 3987  Z-score: 2208.7  bits: 418.6 E(85289): 2.8e-116
Smith-Waterman score: 3987; 100.0% identity (100.0% similar) in 547 aa overlap (69-615:1-547)

       40        50        60        70        80        90        
pF1KB7 LHGWRKICQHCKCPREEHAVHAVPVDLERIMCRLISDFQRHSISDDDSGCASEEYAWVPP
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001                               MCRLISDFQRHSISDDDSGCASEEYAWVPP
                                             10        20        30

      100       110       120       130       140       150        
pF1KB7 GLKPEQVYQFFSCLPEDKVPYVNSPGEKYRIKQLLHQLPPHDSEAQYCTALEEEEKKELR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GLKPEQVYQFFSCLPEDKVPYVNSPGEKYRIKQLLHQLPPHDSEAQYCTALEEEEKKELR
               40        50        60        70        80        90

      160       170       180       190       200       210        
pF1KB7 AFSQQRKRENLGRGIVRIFPVTITGAICEECGKQIGGGDIAVFASRAGLGACWHPQCFVC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AFSQQRKRENLGRGIVRIFPVTITGAICEECGKQIGGGDIAVFASRAGLGACWHPQCFVC
              100       110       120       130       140       150

      220       230       240       250       260       270        
pF1KB7 TTCQELLVDLIYFYHVGKVYCGRHHAECLRPRCQACDEIIFSPECTEAEGRHWHMDHFCC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TTCQELLVDLIYFYHVGKVYCGRHHAECLRPRCQACDEIIFSPECTEAEGRHWHMDHFCC
              160       170       180       190       200       210

      280       290       300       310       320       330        
pF1KB7 FECEASLGGQRYVMRQSRPHCCACYEARHAEYCDGCGEHIGLDQGQMAYEGQHWHASDRC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FECEASLGGQRYVMRQSRPHCCACYEARHAEYCDGCGEHIGLDQGQMAYEGQHWHASDRC
              220       230       240       250       260       270

      340       350       360       370       380       390        
pF1KB7 FCCSRCGRALLGRPFLPRRGLIFCSRACSLGSEPTAPGPSRRSWSAGPVTAPLAASTASF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FCCSRCGRALLGRPFLPRRGLIFCSRACSLGSEPTAPGPSRRSWSAGPVTAPLAASTASF
              280       290       300       310       320       330

      400       410       420       430       440       450        
pF1KB7 SAVKGASETTTKGTSTELAPATGPEEPSRFLRGAPHRHSMPELGLRSVPEPPPESPGQPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SAVKGASETTTKGTSTELAPATGPEEPSRFLRGAPHRHSMPELGLRSVPEPPPESPGQPN
              340       350       360       370       380       390

      460       470       480       490       500       510        
pF1KB7 LRPDDSAFGRQSTPRVSFRDPLVSEGGPRRTLSAPPAQRRRPRSPPPRAPSRRRHHHHNH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LRPDDSAFGRQSTPRVSFRDPLVSEGGPRRTLSAPPAQRRRPRSPPPRAPSRRRHHHHNH
              400       410       420       430       440       450

      520       530       540       550       560       570        
pF1KB7 HHHHNRHPSRRRHYQCDAGSGSDSESCSSSPSSSSSESSEDDGFFLGERIPLPPHLCRPM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HHHHNRHPSRRRHYQCDAGSGSDSESCSSSPSSSSSESSEDDGFFLGERIPLPPHLCRPM
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>>XP_011531734 (OMIM: 608501,613832) PREDICTED: prickle-  (966 aa)
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pF1KB7 PDDSAFGRQSTPRVSFRDPLVSEGGPRRTLSAPPAQRRRPRSPPPRAPSRRRHHHHNHHH
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XP_011 QNQTQSPLQLLSQCNIRTSY-SPGG--QGAGAQPEMWGKHFSNPKRSSSLAMTGHAGSFI
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pF1KB7 HHNR---HPSRRRHYQC--DAGSGSDSESCSSSPSSSSSESSEDDGFFLGERIPLPPHLC
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pF1KB7 RP-MPAQDTAMETFNSPSLSLPRDSRAGMPRQARDKNCIVA                   
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XP_011 RTRHPISSLKYTEDMTPTEQTPRGSMESLALSNATGSSLAEHSRVTITETEIISRYVWIL
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pF1KB7 CASEEYAWVPPGLKPEQVYQFFSCLPEDKVPYVNSPGEKYRIKQLLHQLPPHDSEAQYCT
       :: :::::::::::::::.:..:::::.::::::::::: :::::::::::::.:..::.
NP_942 CALEEYAWVPPGLKPEQVHQYYSCLPEEKVPYVNSPGEKLRIKQLLHQLPPHDNEVRYCN
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pF1KB7 ALEEEEKKELRAFSQQRKRENLGRGIVRIFPVTITGAICEECGKQIGGGDIAVFASRAGL
       .:.::::.::. ::.:::::::::: :: ::::.::::::.:: ::.:::::::::::: 
NP_942 SLDEEEKRELKLFSSQRKRENLGRGNVRPFPVTMTGAICEQCGGQINGGDIAVFASRAGH
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pF1KB7 GACWHPQCFVCTTCQELLVDLIYFYHVGKVYCGRHHAECLRPRCQACDEIIFSPECTEAE
       :.:::: :::::.:.::::::::::. ::.::::::::::.::: :::::::. ::::::
NP_942 GVCWHPPCFVCTVCNELLVDLIYFYQDGKIYCGRHHAECLKPRCAACDEIIFADECTEAE
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615 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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