Result of FASTA (ccds) for pF1KB7665
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7665, 337 aa
  1>>>pF1KB7665 337 - 337 aa - 337 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7187+/-0.000883; mu= 6.0472+/- 0.053
 mean_var=154.0842+/-31.420, 0's: 0 Z-trim(111.4): 44  B-trim: 67 in 1/52
 Lambda= 0.103323
 statistics sampled from 12307 (12347) to 12307 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.732), E-opt: 0.2 (0.379), width:  16
 Scan time:  3.040

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS5131.1 HEY2 gene_id:23493|Hs108|chr6           ( 337) 2193 338.3 5.3e-93
CCDS6225.1 HEY1 gene_id:23462|Hs108|chr8           ( 304)  858 139.3 3.9e-33
CCDS43749.1 HEY1 gene_id:23462|Hs108|chr8          ( 308)  840 136.6 2.5e-32
CCDS439.1 HEYL gene_id:26508|Hs108|chr1            ( 328)  745 122.5 4.9e-28
CCDS64915.1 HEY1 gene_id:23462|Hs108|chr8          ( 214)  400 70.9 1.1e-12


>>CCDS5131.1 HEY2 gene_id:23493|Hs108|chr6                (337 aa)
 initn: 2193 init1: 2193 opt: 2193  Z-score: 1783.2  bits: 338.3 E(32554): 5.3e-93
Smith-Waterman score: 2193; 100.0% identity (100.0% similar) in 337 aa overlap (1-337:1-337)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MKRPCEETTSESDMDETIDVGSENNYSGQSTSSVIRLNSPTTTSQIMARKKRRGIIEKRR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 MKRPCEETTSESDMDETIDVGSENNYSGQSTSSVIRLNSPTTTSQIMARKKRRGIIEKRR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 RDRINNSLSELRRLVPTAFEKQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLQATGGKGYFDAHALAMD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 RDRINNSLSELRRLVPTAFEKQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLQATGGKGYFDAHALAMD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 FMSIGFRECLTEVARYLSSVEGLDSSDPLRVRLVSHLSTCATQREAAAMTSSMAHHHHPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 FMSIGFRECLTEVARYLSSVEGLDSSDPLRVRLVSHLSTCATQREAAAMTSSMAHHHHPL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 HPHHWAAAFHHLPAALLQPNGLHASESTPCRLSTTSEVPPAHGSALLTATFAHADSALRM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 HPHHWAAAFHHLPAALLQPNGLHASESTPCRLSTTSEVPPAHGSALLTATFAHADSALRM
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 PSTGSVAPCVPPLSTSLLSLSATVHAAAAAATAAAHSFPLSFAGAFPMLPPNAAAAVAAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 PSTGSVAPCVPPLSTSLLSLSATVHAAAAAATAAAHSFPLSFAGAFPMLPPNAAAAVAAA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       
pF1KB7 TAISPPLSVSATSSPQQTSSGTNNKPYRPWGTEVGAF
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 TAISPPLSVSATSSPQQTSSGTNNKPYRPWGTEVGAF
              310       320       330       

>>CCDS6225.1 HEY1 gene_id:23462|Hs108|chr8                (304 aa)
 initn: 899 init1: 798 opt: 858  Z-score: 708.3  bits: 139.3 E(32554): 3.9e-33
Smith-Waterman score: 999; 54.7% identity (72.8% similar) in 342 aa overlap (1-337:1-304)

                10        20        30        40        50         
pF1KB7 MKRPCEE-TTSESDMDETIDVGSENNYSGQSTSSVIRLNSPTTTSQIMARKKRRGIIEKR
       :::   : ..:.:..::::.: .:.   . . ::..   ::::.:::.:::.::::::::
CCDS62 MKRAHPEYSSSDSELDETIEVEKESADENGNLSSALGSMSPTTSSQILARKRRRGIIEKR
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB7 RRDRINNSLSELRRLVPTAFEKQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLQATGGKGYFDAHALAM
       :::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::...:::::::::::::
CCDS62 RRDRINNSLSELRRLVPSAFEKQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLHTAGGKGYFDAHALAM
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB7 DFMSIGFRECLTEVARYLSSVEGLDSSDPLRVRLVSHLSTCATQREAAAMTSSMAHHHHP
       :. :.::::::.::::::: .::::.::::::::::::.. :.:::::    : ::    
CCDS62 DYRSLGFRECLAEVARYLSIIEGLDASDPLRVRLVSHLNNYASQREAA----SGAHAGLG
              130       140       150       160           170      

     180       190          200       210       220       230      
pF1KB7 LHPHHWAAAFHHLPAA---LLQPNGLHASESTPCRLSTTSEVPPAHGSALLTATFAHADS
         :  :...: : :     :: :.. :.. .:     :.: . : : . : .:   : ..
CCDS62 HIP--WGTVFGHHPHIAHPLLLPQNGHGNAGT-----TASPTEPHHQGRLGSA---HPEA
          180       190       200            210       220         

         240       250       260       270       280       290     
pF1KB7 -ALRMPSTGSVAPCVPPLSTSLLSLSATVHAAAAAATAAAHSFPLSFAGAFPMLPPNAAA
        ::: : .::..: : :. ::  .::  . ...:. .:    ::.:: :.: .: :::  
CCDS62 PALRAPPSGSLGP-VLPVVTSASKLSPPLLSSVASLSA----FPFSF-GSFHLLSPNA--
        230        240       250       260            270          

         300       310       320       330       
pF1KB7 AVAAATAISPPLSVSATSSPQQTSSGTNNKPYRPWGTEVGAF
              .::       :.: :...   .:::::::::.:::
CCDS62 -------LSP-------SAPTQAANL--GKPYRPWGTEIGAF
             280              290         300    

>>CCDS43749.1 HEY1 gene_id:23462|Hs108|chr8               (308 aa)
 initn: 589 init1: 488 opt: 840  Z-score: 693.8  bits: 136.6 E(32554): 2.5e-32
Smith-Waterman score: 981; 54.0% identity (72.0% similar) in 346 aa overlap (1-337:1-308)

                10        20        30        40        50         
pF1KB7 MKRPCEE-TTSESDMDETIDVGSENNYSGQSTSSVIRLNSPTTTSQIMARKKRRGIIEKR
       :::   : ..:.:..::::.: .:.   . . ::..   ::::.:::.:::.::::::::
CCDS43 MKRAHPEYSSSDSELDETIEVEKESADENGNLSSALGSMSPTTSSQILARKRRRGIIEKR
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80            90       100       110     
pF1KB7 RRDRINNSLSELRRLVPTAFEKQ----GSAKLEKAEILQMTVDHLKMLQATGGKGYFDAH
       :::::::::::::::::.:::::    :::::::::::::::::::::...:::::::::
CCDS43 RRDRINNSLSELRRLVPSAFEKQVMEQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLHTAGGKGYFDAH
               70        80        90       100       110       120

         120       130       140       150       160       170     
pF1KB7 ALAMDFMSIGFRECLTEVARYLSSVEGLDSSDPLRVRLVSHLSTCATQREAAAMTSSMAH
       :::::. :.::::::.::::::: .::::.::::::::::::.. :.:::::    : ::
CCDS43 ALAMDYRSLGFRECLAEVARYLSIIEGLDASDPLRVRLVSHLNNYASQREAA----SGAH
              130       140       150       160       170          

         180       190          200       210       220       230  
pF1KB7 HHHPLHPHHWAAAFHHLPAA---LLQPNGLHASESTPCRLSTTSEVPPAHGSALLTATFA
             :  :...: : :     :: :.. :.. .:     :.: . : : . : .:   
CCDS43 AGLGHIP--WGTVFGHHPHIAHPLLLPQNGHGNAGT-----TASPTEPHHQGRLGSA---
        180         190       200       210            220         

             240       250       260       270       280       290 
pF1KB7 HADS-ALRMPSTGSVAPCVPPLSTSLLSLSATVHAAAAAATAAAHSFPLSFAGAFPMLPP
       : .. ::: : .::..: : :. ::  .::  . ...:. .:    ::.:: :.: .: :
CCDS43 HPEAPALRAPPSGSLGP-VLPVVTSASKLSPPLLSSVASLSA----FPFSF-GSFHLLSP
        230       240        250       260           270        280

             300       310       320       330       
pF1KB7 NAAAAVAAATAISPPLSVSATSSPQQTSSGTNNKPYRPWGTEVGAF
       ::         .::       :.: :...   .:::::::::.:::
CCDS43 NA---------LSP-------SAPTQAANL--GKPYRPWGTEIGAF
                              290         300        

>>CCDS439.1 HEYL gene_id:26508|Hs108|chr1                 (328 aa)
 initn: 718 init1: 545 opt: 745  Z-score: 616.8  bits: 122.5 E(32554): 4.9e-28
Smith-Waterman score: 745; 45.8% identity (65.1% similar) in 347 aa overlap (1-337:1-328)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MKRPCEETTSESDMDETIDVGSENNYSGQSTSSVIRLNSPTTTSQIMARKKRRGIIEKRR
       :::: : . :... :  ::::.:    :: .. .  :..:.. ::..::::.::::::::
CCDS43 MKRPKEPSGSDGESDGPIDVGQE----GQLSQMARPLSTPSS-SQMQARKKHRGIIEKRR
               10        20            30         40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 RDRINNSLSELRRLVPTAFEKQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLQATGGKGYFDAHALAMD
       :::::.::::::::::::::::::.::::::.:::::::::::.:::: :.:::.:::.:
CCDS43 RDRINSSLSELRRLVPTAFEKQGSSKLEKAEVLQMTVDHLKMLHATGGTGFFDARALAVD
          60        70        80        90       100       110     

              130       140        150       160        170        
pF1KB7 FMSIGFRECLTEVARYLSSVEGLDS-SDPLRVRLVSHLSTCATQREAAAM-TSSMAHHHH
       : ::::::::::: :::. .:: .: .::.:.::.:::.. :.. : .   :. .:    
CCDS43 FRSIGFRECLTEVIRYLGVLEGPSSRADPVRIRLLSHLNSYAAEMEPSPTPTGPLAF---
         120       130       140       150       160       170     

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB7 PLHPHHWAAAFHHLPAALLQPNGLHASESTPCRLSTTSEVPPAHGSALLTATFAHADSAL
       :  :  :.  ::  :.     : :     .:  .      :     :: :: . .: ...
CCDS43 PAWP--WSF-FHSCPGLPALSNQLAILGRVPSPVLPGVSSPAYPIPALRTAPLRRA-TGI
               180       190       200       210       220         

      240       250          260       270         280       290   
pF1KB7 RMPSTGSVAPCVPPLSTSL---LSLSATVHAAAAAATAA--AHSFPLSFAGAFPMLPPNA
        .:.  .: :     ::     :   ::   .: .. ::  .:  :: . .. :  ::. 
CCDS43 ILPARRNVLPSRGASSTRRARPLERPATPVPVAPSSRAARSSHIAPL-LQSSSPT-PPGP
      230       240       250       260       270        280       

           300       310       320       330          
pF1KB7 AAAVAAATAISPPLSVSATSSPQQTSSGTNNKPYRPWG---TEVGAF
       ... :: .:.  : :    :::  ..  ..   :. :    ::.:::
CCDS43 TGS-AAYVAVPTPNS----SSPGPAGRPAGAMLYHSWVSEITEIGAF
         290       300           310       320        

>>CCDS64915.1 HEY1 gene_id:23462|Hs108|chr8               (214 aa)
 initn: 445 init1: 344 opt: 400  Z-score: 341.6  bits: 70.9 E(32554): 1.1e-12
Smith-Waterman score: 541; 44.7% identity (64.7% similar) in 255 aa overlap (87-337:3-214)

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB7 EKRRRDRINNSLSELRRLVPTAFEKQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLQATGGKGYFDAHA
                                     ::. ... ..  .:     :: .:::::::
CCDS64                             MPLEERNVFWLSKGNL-----TGDQGYFDAHA
                                           10             20       

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB7 LAMDFMSIGFRECLTEVARYLSSVEGLDSSDPLRVRLVSHLSTCATQREAAAMTSSMAHH
       ::::. :.::::::.::::::: .::::.::::::::::::.. :.:::::    : :: 
CCDS64 LAMDYRSLGFRECLAEVARYLSIIEGLDASDPLRVRLVSHLNNYASQREAA----SGAHA
        30        40        50        60        70            80   

        180       190          200       210       220       230   
pF1KB7 HHPLHPHHWAAAFHHLPAA---LLQPNGLHASESTPCRLSTTSEVPPAHGSALLTATFAH
            :  :...: : :     :: :.. :.. .:     :.: . : : . : .:   :
CCDS64 GLGHIP--WGTVFGHHPHIAHPLLLPQNGHGNAGT-----TASPTEPHHQGRLGSA---H
              90       100       110            120       130      

            240       250       260       270       280       290  
pF1KB7 ADS-ALRMPSTGSVAPCVPPLSTSLLSLSATVHAAAAAATAAAHSFPLSFAGAFPMLPPN
        .. ::: : .::..: : :. ::  .::  . ...:. .:    ::.:: :.: .: ::
CCDS64 PEAPALRAPPSGSLGP-VLPVVTSASKLSPPLLSSVASLSA----FPFSF-GSFHLLSPN
           140        150       160       170            180       

            300       310       320       330       
pF1KB7 AAAAVAAATAISPPLSVSATSSPQQTSSGTNNKPYRPWGTEVGAF
       :         .::       :.: :...   .:::::::::.:::
CCDS64 A---------LSP-------SAPTQAAN--LGKPYRPWGTEIGAF
                190                200       210    




337 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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