Result of FASTA (ccds) for pF1KB6365
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6365, 268 aa
  1>>>pF1KB6365 268 - 268 aa - 268 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4364+/-0.00068; mu= 6.7234+/- 0.042
 mean_var=123.6669+/-24.353, 0's: 0 Z-trim(114.5): 34  B-trim: 43 in 1/52
 Lambda= 0.115331
 statistics sampled from 15063 (15097) to 15063 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.785), E-opt: 0.2 (0.464), width:  16
 Scan time:  1.940

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS34021.1 FGF5 gene_id:2250|Hs108|chr4           ( 268) 1785 307.0 8.7e-84
CCDS3586.1 FGF5 gene_id:2250|Hs108|chr4            ( 123)  788 141.0 3.9e-34
CCDS8527.1 FGF6 gene_id:2251|Hs108|chr12           ( 208)  423 80.4 1.2e-15
CCDS5998.1 FGF20 gene_id:26281|Hs108|chr8          ( 211)  408 77.9 6.6e-15
CCDS9298.1 FGF9 gene_id:2254|Hs108|chr13           ( 208)  402 76.9 1.3e-14
CCDS75996.1 FGF16 gene_id:8823|Hs108|chrX          ( 207)  398 76.2 2.1e-14
CCDS8194.1 FGF4 gene_id:2249|Hs108|chr11           ( 206)  397 76.0 2.3e-14
CCDS3950.1 FGF10 gene_id:2255|Hs108|chr5           ( 208)  363 70.4 1.2e-12
CCDS8195.1 FGF3 gene_id:2248|Hs108|chr11           ( 239)  349 68.1 6.7e-12
CCDS34059.1 FGF2 gene_id:2247|Hs108|chr4           ( 288)  345 67.5 1.2e-11
CCDS9501.1 FGF14 gene_id:2259|Hs108|chr13          ( 247)  337 66.1 2.7e-11
CCDS9500.1 FGF14 gene_id:2259|Hs108|chr13          ( 252)  337 66.1 2.8e-11
CCDS11105.1 FGF11 gene_id:2256|Hs108|chr17         ( 225)  334 65.6 3.6e-11


>>CCDS34021.1 FGF5 gene_id:2250|Hs108|chr4                (268 aa)
 initn: 1785 init1: 1785 opt: 1785  Z-score: 1617.7  bits: 307.0 E(32554): 8.7e-84
Smith-Waterman score: 1785; 100.0% identity (100.0% similar) in 268 aa overlap (1-268:1-268)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MSLSFLLLLFFSHLILSAWAHGEKRLAPKGQPGPAATDRNPRGSSSRQSSSSAMSSSSAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MSLSFLLLLFFSHLILSAWAHGEKRLAPKGQPGPAATDRNPRGSSSRQSSSSAMSSSSAS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 SSPAASLGSQGSGLEQSSFQWSPSGRRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGSHEANMLSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SSPAASLGSQGSGLEQSSFQWSPSGRRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGSHEANMLSV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 LEIFAVSQGIVGIRGVFSNKFLAMSKKGKLHASAKFTDDCKFRERFQENSYNTYASAIHR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LEIFAVSQGIVGIRGVFSNKFLAMSKKGKLHASAKFTDDCKFRERFQENSYNTYASAIHR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 TEKTGREWYVALNKRGKAKRGCSPRVKPQHISTHFLPRFKQSEQPELSFTVTVPEKKKPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TEKTGREWYVALNKRGKAKRGCSPRVKPQHISTHFLPRFKQSEQPELSFTVTVPEKKKPP
              190       200       210       220       230       240

              250       260        
pF1KB6 SPIKPKIPLSAPRKNTNSVKYRLKFRFG
       ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SPIKPKIPLSAPRKNTNSVKYRLKFRFG
              250       260        

>>CCDS3586.1 FGF5 gene_id:2250|Hs108|chr4                 (123 aa)
 initn: 788 init1: 788 opt: 788  Z-score: 726.4  bits: 141.0 E(32554): 3.9e-34
Smith-Waterman score: 788; 100.0% identity (100.0% similar) in 119 aa overlap (1-119:1-119)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MSLSFLLLLFFSHLILSAWAHGEKRLAPKGQPGPAATDRNPRGSSSRQSSSSAMSSSSAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MSLSFLLLLFFSHLILSAWAHGEKRLAPKGQPGPAATDRNPRGSSSRQSSSSAMSSSSAS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 SSPAASLGSQGSGLEQSSFQWSPSGRRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGSHEANMLSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: 
CCDS35 SSPAASLGSQGSGLEQSSFQWSPSGRRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGSHEANMLSQ
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 LEIFAVSQGIVGIRGVFSNKFLAMSKKGKLHASAKFTDDCKFRERFQENSYNTYASAIHR
                                                                   
CCDS35 VHR                                                         
                                                                   

>>CCDS8527.1 FGF6 gene_id:2251|Hs108|chr12                (208 aa)
 initn: 433 init1: 335 opt: 423  Z-score: 394.6  bits: 80.4 E(32554): 1.2e-15
Smith-Waterman score: 423; 40.6% identity (66.8% similar) in 187 aa overlap (32-218:37-207)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KB6 SLSFLLLLFFSHLILSAWAHGEKRLAPKGQPGPAATDRNPRGSSSRQSSSSAMSSSSASS
                                     :.::.:  :    .:: . .. .: : :  
CCDS85 LFITMSRGAGRLQGTLWALVFLGILVGMVVPSPAGTRANNTLLDSR-GWGTLLSRSRA--
         10        20        30        40        50         60     

              70        80        90       100       110       120 
pF1KB6 SPAASLGSQGSGLEQSSFQWSPSGRRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGSHEANMLSVL
           .:... .:..  :  .  . .:   ::: ::::::::. :::...:.:: :  :.:
CCDS85 ----GLAGEIAGVNWES-GYLVGIKRQRRLYCNVGIGFHLQVLPDGRISGTHEENPYSLL
                70         80        90       100       110        

             130       140       150       160       170       180 
pF1KB6 EIFAVSQGIVGIRGVFSNKFLAMSKKGKLHASAKFTDDCKFRERFQENSYNTYASAIHRT
       :: .: .:.:.. :: :  :.::..::.:.:. .: ..::::: .  :.::.: : ... 
CCDS85 EISTVERGVVSLFGVRSALFVAMNSKGRLYATPSFQEECKFRETLLPNNYNAYESDLYQG
      120       130       140       150       160       170        

             190       200       210       220       230       240 
pF1KB6 EKTGREWYVALNKRGKAKRGCSPRVKPQHISTHFLPRFKQSEQPELSFTVTVPEKKKPPS
              :.::.: :..:::   .:.:    ::::::                       
CCDS85 T------YIALSKYGRVKRG--SKVSPIMTVTHFLPRI                      
            180       190         200                              

             250       260        
pF1KB6 PIKPKIPLSAPRKNTNSVKYRLKFRFG

>>CCDS5998.1 FGF20 gene_id:26281|Hs108|chr8               (211 aa)
 initn: 367 init1: 263 opt: 408  Z-score: 381.0  bits: 77.9 E(32554): 6.6e-15
Smith-Waterman score: 408; 48.3% identity (76.9% similar) in 143 aa overlap (87-227:65-203)

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB6 SSASSSPAASLGSQGSGLEQSSFQWSPSGRRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGS-HEA
                                     :  .::::.:  ::::: :::.:.:. .. 
CCDS59 PLLGERRSAAERSARGGPGAAQLAHLHGILRRRQLYCRTG--FHLQILPDGSVQGTRQDH
           40        50        60        70          80        90  

         120       130       140       150       160       170     
pF1KB6 NMLSVLEIFAVSQGIVGIRGVFSNKFLAMSKKGKLHASAKFTDDCKFRERFQENSYNTYA
       .....::...:. :.:.:::: :. .:.:. ::.:..: :.:..: :::.:.:: ::::.
CCDS59 SLFGILEFISVAVGLVSIRGVDSGLYLGMNDKGELYGSEKLTSECIFREQFEENWYNTYS
            100       110       120       130       140       150  

         180       190       200       210       220        230    
pF1KB6 SAIHRTEKTGREWYVALNKRGKAKRGCSPRVKPQHISTHFLPRFKQSEQ-PELSFTVTVP
       : :..   :::...::::: :  . :   : : ..  ::::::  . :. :::       
CCDS59 SNIYKHGDTGRRYFVALNKDGTPRDGA--RSKRHQKFTHFLPRPVDPERVPELYKDLLMY
            160       170         180       190       200       210

          240       250       260        
pF1KB6 EKKKPPSPIKPKIPLSAPRKNTNSVKYRLKFRFG
                                         
CCDS59 T                                 
                                         

>>CCDS9298.1 FGF9 gene_id:2254|Hs108|chr13                (208 aa)
 initn: 410 init1: 267 opt: 402  Z-score: 375.7  bits: 76.9 E(32554): 1.3e-14
Smith-Waterman score: 402; 37.7% identity (70.0% similar) in 207 aa overlap (26-227:1-200)

               10        20        30          40         50       
pF1KB6 MSLSFLLLLFFSHLILSAWAHGEKRLAPKGQPGP--AATDRNPRGSSSRQS-SSSAMSSS
                                .:: :. :   .. :  : :.      .: .. :.
CCDS92                          MAPLGEVGNYFGVQDAVPFGNVPVLPVDSPVLLSD
                                        10        20        30     

        60        70        80        90       100       110       
pF1KB6 SASSSPAASLGSQGSGLEQSSFQWSPSGRRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGSH-EAN
         ..: :..:  .: .. . .   .   ::  .::::.:  :::.:.:.: ..:.. . .
CCDS92 HLGQSEAGGL-PRGPAVTDLDHLKGILRRR--QLYCRTG--FHLEIFPNGTIQGTRKDHS
          40         50        60          70          80        90

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB6 MLSVLEIFAVSQGIVGIRGVFSNKFLAMSKKGKLHASAKFTDDCKFRERFQENSYNTYAS
        ...::..... :.:.:::: :. .:.:..::.:..: :.:..: :::.:.:: ::::.:
CCDS92 RFGILEFISIAVGLVSIRGVDSGLYLGMNEKGELYGSEKLTQECVFREQFEENWYNTYSS
              100       110       120       130       140       150

        180       190       200       210       220        230     
pF1KB6 AIHRTEKTGREWYVALNKRGKAKRGCSPRVKPQHISTHFLPRFKQSEQ-PELSFTVTVPE
        ...   :::..:::::: :  ..:   :.: ..  ::::::  . .. :::        
CCDS92 NLYKHVDTGRRYYVALNKDGTPREGT--RTKRHQKFTHFLPRPVDPDKVPELYKDILSQS
              160       170         180       190       200        

         240       250       260        
pF1KB6 KKKPPSPIKPKIPLSAPRKNTNSVKYRLKFRFG

>>CCDS75996.1 FGF16 gene_id:8823|Hs108|chrX               (207 aa)
 initn: 376 init1: 254 opt: 398  Z-score: 372.2  bits: 76.2 E(32554): 2.1e-14
Smith-Waterman score: 398; 38.7% identity (71.5% similar) in 186 aa overlap (51-228:19-200)

               30        40        50        60           70       
pF1KB6 HGEKRLAPKGQPGPAATDRNPRGSSSRQSSSSAMSSSSASSSPA---ASLGSQGSGLEQS
                                     ::....   ..::.     ::.  . :...
CCDS75             MAEVGGVFASLDWDLHGFSSSLGNVPLADSPGFLNERLGQIEGKLQRG
                           10        20        30        40        

           80        90       100       110        120       130   
pF1KB6 S---FQWSPSGRRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGS-HEANMLSVLEIFAVSQGIVGI
       :   :    .  :  .::::.:  :::.:.:.: :.:. :. . ...::..... :...:
CCDS75 SPTDFAHLKGILRRRQLYCRTG--FHLEIFPNGTVHGTRHDHSRFGILEFISLAVGLISI
       50        60        70          80        90       100      

           140       150       160       170       180       190   
pF1KB6 RGVFSNKFLAMSKKGKLHASAKFTDDCKFRERFQENSYNTYASAIHRTEKTGREWYVALN
       ::: :. .:.:...:.:..: :.: .: :::.:.:: ::::::....   . :..:::::
CCDS75 RGVDSGLYLGMNERGELYGSKKLTRECVFREQFEENWYNTYASTLYKHSDSERQYYVALN
        110       120       130       140       150       160      

           200       210        220       230       240       250  
pF1KB6 KRGKAKRGCSPRVKPQHISTHFLPR-FKQSEQPELSFTVTVPEKKKPPSPIKPKIPLSAP
       : :. ..:   :.: ..  ::::::    :. : .:                        
CCDS75 KDGSPREGY--RTKRHQKFTHFLPRPVDPSKLPSMSRDLFHYR                 
        170         180       190       200                        

            260        
pF1KB6 RKNTNSVKYRLKFRFG

>>CCDS8194.1 FGF4 gene_id:2249|Hs108|chr11                (206 aa)
 initn: 417 init1: 305 opt: 397  Z-score: 371.3  bits: 76.0 E(32554): 2.3e-14
Smith-Waterman score: 397; 38.3% identity (64.3% similar) in 196 aa overlap (26-219:20-206)

               10        20        30        40          50        
pF1KB6 MSLSFLLLLFFSHLILSAWAHGEKRLAPKGQPGPAATDRNPRGS--SSRQSSSSAMSSSS
                                ::: .  : ::.   : :.  .  .    .. . :
CCDS81       MSGPGTAAVALLPAVLLALLAPWAGRGGAAAPTAPNGTLEAELERRWESLVALS
                     10        20        30        40        50    

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB6 ASSSPAASLGSQGSGLEQSSFQWSPSGRRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGSHEANML
        .  :.:.  .. ....... ..  . .:   ::: ::::::::  :::...:.:  .  
CCDS81 LARLPVAAQPKE-AAVQSGAGDYLLGIKRLRRLYCNVGIGFHLQALPDGRIGGAHADTRD
           60         70        80        90       100       110   

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB6 SVLEIFAVSQGIVGIRGVFSNKFLAMSKKGKLHASAKFTDDCKFRERFQENSYNTYASAI
       :.::.  : .:.:.: :: :  :.:::.::::..:  :::.: :.: .  :.::.: :  
CCDS81 SLLELSPVERGVVSIFGVASRFFVAMSSKGKLYGSPFFTDECTFKEILLPNNYNAYESY-
           120       130       140       150       160       170   

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB6 HRTEKTGREWYVALNKRGKAKRGCSPRVKPQHISTHFLPRFKQSEQPELSFTVTVPEKKK
          .  :   ..::.: ::.:.:   ::.:    ::::::.                   
CCDS81 ---KYPG--MFIALSKNGKTKKG--NRVSPTMKVTHFLPRL                   
                 180       190         200                         

      240       250       260        
pF1KB6 PPSPIKPKIPLSAPRKNTNSVKYRLKFRFG

>>CCDS3950.1 FGF10 gene_id:2255|Hs108|chr5                (208 aa)
 initn: 356 init1: 226 opt: 363  Z-score: 340.7  bits: 70.4 E(32554): 1.2e-12
Smith-Waterman score: 363; 39.5% identity (70.3% similar) in 172 aa overlap (48-217:38-203)

        20        30        40        50        60        70       
pF1KB6 AWAHGEKRLAPKGQPGPAATDRNPRGSSSRQSSSSAMSSSSASSSPAASLGSQGS-GLEQ
                                     :. .. : :  :..: ..:..: .: : . 
CCDS39 HCASAFPHLPGCCCCCFLLLFLVSSVPVTCQALGQDMVSPEATNSSSSSFSSPSSAGRHV
        10        20        30        40        50        60       

         80        90       100       110        120       130     
pF1KB6 SSFQWSPSGRRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGSHEANM-LSVLEIFAVSQGIVGIRG
        :..   .  :  .:.  .   . :.:  .:::.:... :   :.::: .:  :.:....
CCDS39 RSYNHLQGDVRWRKLFSFTK--YFLKIEKNGKVSGTKKENCPYSILEITSVEIGVVAVKA
        70        80          90       100       110       120     

         140       150       160       170       180       190     
pF1KB6 VFSNKFLAMSKKGKLHASAKFTDDCKFRERFQENSYNTYASAIHRTEKTGREWYVALNKR
       . :: .:::.:::::..: .:..:::..::..::.::::::     ...::. ::::: .
CCDS39 INSNYYLAMNKKGKLYGSKEFNNDCKLKERIEENGYNTYAS--FNWQHNGRQMYVALNGK
         130       140       150       160         170       180   

         200       210       220       230       240       250     
pF1KB6 GKAKRGCSPRVKPQHISTHFLPRFKQSEQPELSFTVTVPEKKKPPSPIKPKIPLSAPRKN
       :  .:: . : :  . :.::::                                      
CCDS39 GAPRRGQKTRRK--NTSAHFLPMVVHS                                 
           190         200                                         

>>CCDS8195.1 FGF3 gene_id:2248|Hs108|chr11                (239 aa)
 initn: 368 init1: 312 opt: 349  Z-score: 327.2  bits: 68.1 E(32554): 6.7e-12
Smith-Waterman score: 404; 36.5% identity (66.5% similar) in 197 aa overlap (63-246:17-209)

             40        50        60        70           80         
pF1KB6 GPAATDRNPRGSSSRQSSSSAMSSSSASSSPAASLGSQ---GSGLEQSSFQWSPSGRRTG
                                     :::. :..    .: . . ..   .. :  
CCDS81               MGLIWLLLLSLLEPGWPAAGPGARLRRDAGGRGGVYEHLGGAPRRR
                             10        20        30        40      

      90       100       110       120       130       140         
pF1KB6 SLYCRVGIGFHLQIYPDGKVNGSHEANMLSVLEIFAVSQGIVGIRGVFSNKFLAMSKKGK
       .:::  .  .:::..:.:.:::: : .  :.::: ::  :::.:::.::...:::.:.:.
CCDS81 KLYC--ATKYHLQLHPSGRVNGSLENSAYSILEITAVEVGIVAIRGLFSGRYLAMNKRGR
         50          60        70        80        90       100    

     150       160       170       180                 190         
pF1KB6 LHASAKFTDDCKFRERFQENSYNTYASAIHRTEKTG----------REWYVALNKRGKAK
       :.:: ... .:.: ::..: .:::::: ..:: ..           : :::..: .:. .
CCDS81 LYASEHYSAECEFVERIHELGYNTYASRLYRTVSSTPGARRQPSAERLWYVSVNGKGRPR
          110       120       130       140       150       160    

     200       210       220       230       240       250         
pF1KB6 RGCSPRVKPQHISTHFLPRFKQSEQPELSFTVTVPEKKKPPSPIKPKIPLSAPRKNTNSV
       :: . : . :. :. ::::  . .. :.   .     . : . ..:.             
CCDS81 RGFKTR-RTQK-SSLFLPRVLDHRDHEMVRQLQSGLPRPPGKGVQPRRRRQKQSPDNLEP
          170         180       190       200       210       220  

     260                
pF1KB6 KYRLKFRFG        
                        
CCDS81 SHVQASRLGSQLEASAH
            230         

>>CCDS34059.1 FGF2 gene_id:2247|Hs108|chr4                (288 aa)
 initn: 325 init1: 176 opt: 345  Z-score: 322.3  bits: 67.5 E(32554): 1.2e-11
Smith-Waterman score: 345; 36.0% identity (62.1% similar) in 203 aa overlap (24-222:103-288)

                      10        20        30         40        50  
pF1KB6        MSLSFLLLLFFSHLILSAWAHGEKRLAPKGQP-GPAATDRNPRGSSSRQSSSS
                                     .:.. .:.  : ::    : . .:: . ..
CCDS34 RPSGSRLGDRGRGRALPGGRLGGRGRGRAPERVGGRGRGRGTAAPRAAPAARGSRPGPAG
             80        90       100       110       120       130  

             60        70        80          90       100       110
pF1KB6 AMSSSSASSSPAASLGSQGSGLEQSSFQWSPSG--RRTGSLYCRVGIGFHLQIYPDGKVN
       .:...: .. ::    . :::    .:   : :  .    :::. : :: :.:.:::.:.
CCDS34 TMAAGSITTLPALPEDG-GSG----AF---PPGHFKDPKRLYCKNG-GFFLRIHPDGRVD
            140        150              160       170        180   

              120        130       140       150       160         
pF1KB6 GSHEANMLSV-LEIFAVSQGIVGIRGVFSNKFLAMSKKGKLHASAKFTDDCKFRERFQEN
       : .: .   . :.. :  .:.:.:.:: .:..:::.. :.: ::   ::.: : ::.. :
CCDS34 GVREKSDPHIKLQLQAEERGVVSIKGVCANRYLAMKEDGRLLASKCVTDECFFFERLESN
           190       200       210       220       230       240   

     170       180       190       200       210       220         
pF1KB6 SYNTYASAIHRTEKTGREWYVALNKRGKAKRGCSPRVKPQHISTHFLPRFKQSEQPELSF
       .::::     :..:    :::::.. :. : :   .. : . .  :::   .:       
CCDS34 NYNTY-----RSRKY-TSWYVALKRTGQYKLG--SKTGPGQKAILFLPMSAKS       
                250        260         270       280               

     230       240       250       260        
pF1KB6 TVTVPEKKKPPSPIKPKIPLSAPRKNTNSVKYRLKFRFG




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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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