seq1 = pF1KB7713.tfa, 1269 bp
seq2 = pF1KB7713/gi568815587f_64207180.tfa (gi568815587f:64207180_64415963), 208784 bp

>pF1KB7713 1269
>gi568815587f:64207180_64415963 (Chr11)

1-325  (100001-100325)   100% ->
326-442  (106772-106888)   100% ->
443-571  (107060-107188)   100% ->
572-742  (107562-107732)   100% ->
743-1012  (107822-108091)   100% ->
1013-1269  (108528-108784)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCAGCCAGGTGGTGGGCATTGAGCCTCTCTACATCAAGGCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCAGCCAGGTGGTGGGCATTGAGCCTCTCTACATCAAGGCAGAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCAGCCCTGACAGTCCAAAGGGTTCCTCGGAGACAGAGACCGAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCAGCCCTGACAGTCCAAAGGGTTCCTCGGAGACAGAGACCGAGCCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGTGGCCCTGGCCCCTGGTCCAGCTCCCACTCGCTGCCTCCCAGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGTGGCCCTGGCCCCTGGTCCAGCTCCCACTCGCTGCCTCCCAGGCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGGAAGAGGAGGATGGGGAGGGGGCTGGGCCTGGCGAGCAGGGCGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGGAAGAGGAGGATGGGGAGGGGGCTGGGCCTGGCGAGCAGGGCGGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAGCTGGTGCTCAGCTCCCTGCCCAAGCGCCTCTGCCTGGTCTGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAGCTGGTGCTCAGCTCCCTGCCCAAGCGCCTCTGCCTGGTCTGTGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACGTGGCCTCCGGCTACCACTATGGTGTGGCATCCTGTGAGGCCTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACGTGGCCTCCGGCTACCACTATGGTGTGGCATCCTGTGAGGCCTGCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCTTCTTCAAGAGGACCATCCAGG         GGAGCATCGAGTACAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100301 GCCTTCTTCAAGAGGACCATCCAGGGTG...CAGGGAGCATCGAGTACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTGTCCGGCCTCCAACGAGTGTGAGATCACCAAGCGGAGACGCAAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106788 CTGTCCGGCCTCCAACGAGTGTGAGATCACCAAGCGGAGACGCAAGGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCCAGGCCTGCCGCTTCACCAAGTGCCTGCGGGTGGGCATGCTCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106838 GCCAGGCCTGCCGCTTCACCAAGTGCCTGCGGGTGGGCATGCTCAAGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 G         GAGTGCGCCTGGACCGCGTCCGGGGTGGGCGGCAGAAGTA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106888 GGTG...AAGGAGTGCGCCTGGACCGCGTCCGGGGTGGGCGGCAGAAGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAAGCGGCGGCCGGAGGTGGACCCACTGCCCTTCCCGGGCCCCTTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107100 CAAGCGGCGGCCGGAGGTGGACCCACTGCCCTTCCCGGGCCCCTTCCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGGGCCCCTGGCAGTCGCTGGAGGCCCCCGGAAGACAG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 107150 CTGGGCCCCTGGCAGTCGCTGGAGGCCCCCGGAAGACAGGTG...CAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCCCAGTGAATGCACTGGTGTCTCATCTGCTGGTGGTTGAGCCTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107564 GCCCCAGTGAATGCACTGGTGTCTCATCTGCTGGTGGTTGAGCCTGAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCTCTATGCCATGCCTGACCCCGCAGGCCCTGATGGGCACCTCCCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107614 GCTCTATGCCATGCCTGACCCCGCAGGCCCTGATGGGCACCTCCCAGCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGCTACCCTCTGTGACCTCTTTGACCGAGAGATTGTGGTCACCATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107664 TGGCTACCCTCTGTGACCTCTTTGACCGAGAGATTGTGGTCACCATCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TGGGCCAAGAGCATCCCAG         GCTTCTCATCGCTGTCGCTGTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107714 TGGGCCAAGAGCATCCCAGGTA...TAGGCTTCTCATCGCTGTCGCTGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGACCAGATGTCAGTACTGCAGAGCGTGTGGATGGAGGTGCTGGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107844 TGACCAGATGTCAGTACTGCAGAGCGTGTGGATGGAGGTGCTGGTGCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTGTGGCCCAGCGCTCACTGCCACTGCAGGATGAGCTGGCCTTCGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107894 GTGTGGCCCAGCGCTCACTGCCACTGCAGGATGAGCTGGCCTTCGCTGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GACTTAGTCCTGGATGAAGAGGGGGCACGGGCAGCTGGCCTGGGGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107944 GACTTAGTCCTGGATGAAGAGGGGGCACGGGCAGCTGGCCTGGGGGAACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GGGGGCTGCCCTGCTGCAACTAGTGCGGCGGCTGCAGGCCCTGCGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107994 GGGGGCTGCCCTGCTGCAACTAGTGCGGCGGCTGCAGGCCCTGCGGCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGCGAGAGGAGTATGTTCTACTAAAGGCCTTGGCCCTTGCCAATTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 108044 AGCGAGAGGAGTATGTTCTACTAAAGGCCTTGGCCCTTGCCAATTCAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1013        ACTCTGTGCACATCGAAGATGCCGAGGCTGTGGAGCAGCTGCG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108094 G...CAGACTCTGTGCACATCGAAGATGCCGAGGCTGTGGAGCAGCTGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGAAGCTCTGCACGAGGCCCTGCTGGAGTATGAAGCCGGCCGGGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108571 AGAAGCTCTGCACGAGGCCCTGCTGGAGTATGAAGCCGGCCGGGCTGGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CCGGAGGGGGTGCTGAGCGGCGGCGGGCGGGCAGGCTGCTGCTCACGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108621 CCGGAGGGGGTGCTGAGCGGCGGCGGGCGGGCAGGCTGCTGCTCACGCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CCGCTCCTCCGCCAGACAGCGGGCAAAGTGCTGGCCCATTTCTATGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108671 CCGCTCCTCCGCCAGACAGCGGGCAAAGTGCTGGCCCATTTCTATGGGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GAAGCTGGAGGGCAAGGTGCCCATGCACAAGCTGTTCTTGGAGATGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108721 GAAGCTGGAGGGCAAGGTGCCCATGCACAAGCTGTTCTTGGAGATGCTCG

   1300     .    :
   1256 AGGCCATGATGGAC
        ||||||||||||||
 108771 AGGCCATGATGGAC