seq1 = pF1KB6329.tfa, 783 bp
seq2 = pF1KB6329/gi568815596f_218300091.tfa (gi568815596f:218300091_218504422), 204332 bp

>pF1KB6329 783
>gi568815596f:218300091_218504422 (Chr2)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-216  (101474-101622)   100% ->
217-321  (102021-102125)   100% ->
322-378  (102259-102315)   100% ->
379-471  (102945-103037)   98% ->
472-657  (103142-103327)   100% ->
658-783  (104207-104332)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACAGCTCGGCCGTCATTACTCAGATCAGCAAGGAGGAGGCTCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACAGCTCGGCCGTCATTACTCAGATCAGCAAGGAGGAGGCTCGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGCTGCGGGGCAAAG         GTGACCAGAAGTCAGCAGCTTCCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCGCTGCGGGGCAAAGGTA...CAGGTGACCAGAAGTCAGCAGCTTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAAGCCCCGAAGCCGGGGCATCCTCCACTCACTCTTCTGCTGTGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101498 AGAAGCCCCGAAGCCGGGGCATCCTCCACTCACTCTTCTGCTGTGTCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGGATGATGGGGAGGCCCTGCCTGCTCACAGCGGGGCGCCCCTGCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101548 CGGGATGATGGGGAGGCCCTGCCTGCTCACAGCGGGGCGCCCCTGCTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGGAGAATGGCGCCATCCCTAAG         CAGACCCCAGTCCAAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101598 GGAGGAGAATGGCGCCATCCCTAAGGTG...CAGCAGACCCCAGTCCAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCTGCTCCCTGAGGCCAAGGCCCAGGACTCAGACAAGATCTGCGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102037 ACCTGCTCCCTGAGGCCAAGGCCCAGGACTCAGACAAGATCTGCGTGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCGACCTGGACGAGACCCTGGTGCACAGCTCCTTCAAG         CC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102087 ATCGACCTGGACGAGACCCTGGTGCACAGCTCCTTCAAGGTG...CAGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGTGAACAACGCGGACTTCATCATCCCTGTGGAGATTGATGGGGTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102261 AGTGAACAACGCGGACTTCATCATCCCTGTGGAGATTGATGGGGTGGTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCAG         GTCTACGTGTTGAAGCGTCCTCATGTGGATGAGTTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 102311 ACCAGGTG...CAGGTCTACGTGTTGAAGCGTCCTCACGTGGATGAGTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGCAGCGAATGGGCGAGCTCTTTGAATGTGTGCTGTTCACTGCTAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102981 CTGCAGCGAATGGGCGAGCTCTTTGAATGTGTGCTGTTCACTGCTAGCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGCCAAG         TACGCAGACCCAGTAGCTGACCTGCTGGACAAAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103031 CGCCAAGGTG...CAGTACGCAGACCCAGTAGCTGACCTGCTGGACAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGGGGGCCTTCCGGGCCCGGCTGTTTCGAGAGTCCTGCGTCTTCCACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103176 GGGGGGCCTTCCGGGCCCGGCTGTTTCGAGAGTCCTGCGTCTTCCACCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGGAACTACGTGAAGGACCTGAGCCGGTTGGGTCGAGACCTGCGGCGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103226 GGGAACTACGTGAAGGACCTGAGCCGGTTGGGTCGAGACCTGCGGCGGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTCATCCTGGACAATTCACCTGCCTCCTATGTCTTCCATCCAGACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103276 GCTCATCCTGGACAATTCACCTGCCTCCTATGTCTTCCATCCAGACAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CT         GTACCGGTGGCCTCGTGGTTTGACAACATGAGTGACACA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103326 CTGTG...CAGGTACCGGTGGCCTCGTGGTTTGACAACATGAGTGACACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAGCTCCACGACCTCCTCCCCTTCTTCGAGCAACTCAGCCGTGTGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104246 GAGCTCCACGACCTCCTCCCCTTCTTCGAGCAACTCAGCCGTGTGGACGA

    800     .    :    .    :    .    :    .
    747 CGTGTACTCAGTGCTCAGGCAGCCACGGCCAGGGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104296 CGTGTACTCAGTGCTCAGGCAGCCACGGCCAGGGAGC