Result of FASTA (omim) for pF1KE0483
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE0483, 343 aa
  1>>>pF1KE0483 343 - 343 aa - 343 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0968+/-0.00037; mu= 12.9203+/- 0.023
 mean_var=84.8770+/-16.516, 0's: 0 Z-trim(115.1): 38  B-trim: 39 in 1/50
 Lambda= 0.139213
 statistics sampled from 25252 (25290) to 25252 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.661), E-opt: 0.2 (0.297), width:  16
 Scan time:  6.190

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_085144 (OMIM: 607256) apolipoprotein L6 [Homo s ( 343) 2204 452.3 6.8e-127
XP_011528694 (OMIM: 607256) PREDICTED: apolipoprot ( 343) 2204 452.3 6.8e-127
XP_016884434 (OMIM: 607255) PREDICTED: apolipoprot ( 361)  626 135.4 1.8e-31
XP_006724384 (OMIM: 607255) PREDICTED: apolipoprot ( 417)  626 135.5   2e-31
NP_085145 (OMIM: 607255) apolipoprotein L5 [Homo s ( 433)  626 135.5 2.1e-31
NP_085147 (OMIM: 607253) apolipoprotein L3 isoform ( 331)  530 116.1 1.1e-25
NP_663614 (OMIM: 607253) apolipoprotein L3 isoform ( 331)  530 116.1 1.1e-25
NP_055164 (OMIM: 607253) apolipoprotein L3 isoform ( 331)  530 116.1 1.1e-25
XP_006724388 (OMIM: 607253) PREDICTED: apolipoprot ( 331)  530 116.1 1.1e-25
XP_006724387 (OMIM: 607253) PREDICTED: apolipoprot ( 331)  530 116.1 1.1e-25
XP_016884435 (OMIM: 607253) PREDICTED: apolipoprot ( 332)  530 116.1 1.1e-25
XP_016884438 (OMIM: 607253) PREDICTED: apolipoprot ( 332)  530 116.1 1.1e-25
XP_016884439 (OMIM: 607253) PREDICTED: apolipoprot ( 332)  530 116.1 1.1e-25
XP_016884440 (OMIM: 607253) PREDICTED: apolipoprot ( 332)  530 116.1 1.1e-25
XP_016884437 (OMIM: 607253) PREDICTED: apolipoprot ( 332)  530 116.1 1.1e-25
XP_016884436 (OMIM: 607253) PREDICTED: apolipoprot ( 332)  530 116.1 1.1e-25
NP_663615 (OMIM: 607253) apolipoprotein L3 isoform ( 402)  530 116.2 1.3e-25
NP_663612 (OMIM: 181500,607252) apolipoprotein L2  ( 337)  502 110.5 5.3e-24
XP_011528376 (OMIM: 181500,607252) PREDICTED: apol ( 337)  502 110.5 5.3e-24
XP_011528377 (OMIM: 181500,607252) PREDICTED: apol ( 337)  502 110.5 5.3e-24
XP_011528379 (OMIM: 181500,607252) PREDICTED: apol ( 337)  502 110.5 5.3e-24
XP_011528378 (OMIM: 181500,607252) PREDICTED: apol ( 337)  502 110.5 5.3e-24
XP_011528380 (OMIM: 181500,607252) PREDICTED: apol ( 337)  502 110.5 5.3e-24
NP_112092 (OMIM: 181500,607252) apolipoprotein L2  ( 337)  502 110.5 5.3e-24
XP_016884213 (OMIM: 181500,607252) PREDICTED: apol ( 449)  502 110.6 6.8e-24
XP_011528780 (OMIM: 603743,612551) PREDICTED: apol ( 277)  487 107.5 3.7e-23
NP_001130013 (OMIM: 603743,612551) apolipoprotein  ( 380)  487 107.5 4.8e-23
XP_005261853 (OMIM: 603743,612551) PREDICTED: apol ( 380)  487 107.5 4.8e-23
NP_001130012 (OMIM: 603743,612551) apolipoprotein  ( 398)  487 107.5   5e-23
NP_003652 (OMIM: 603743,612551) apolipoprotein L1  ( 398)  487 107.5   5e-23
NP_663318 (OMIM: 603743,612551) apolipoprotein L1  ( 414)  487 107.5 5.1e-23
NP_663616 (OMIM: 607253) apolipoprotein L3 isoform ( 202)  371 84.1 2.9e-16
XP_016884441 (OMIM: 607253) PREDICTED: apolipoprot ( 202)  371 84.1 2.9e-16
NP_663617 (OMIM: 607253) apolipoprotein L3 isoform ( 202)  371 84.1 2.9e-16
NP_085146 (OMIM: 181500,607254) apolipoprotein L4  ( 348)  254 60.7 5.4e-09
NP_663693 (OMIM: 181500,607254) apolipoprotein L4  ( 351)  254 60.7 5.5e-09
NP_110444 (OMIM: 612456) apolipoprotein L domain-c ( 248)  180 45.8 0.00012
NP_001123887 (OMIM: 612456) apolipoprotein L domai ( 279)  180 45.8 0.00013


>>NP_085144 (OMIM: 607256) apolipoprotein L6 [Homo sapie  (343 aa)
 initn: 2204 init1: 2204 opt: 2204  Z-score: 2399.1  bits: 452.3 E(85289): 6.8e-127
Smith-Waterman score: 2204; 100.0% identity (100.0% similar) in 343 aa overlap (1-343:1-343)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MDNQAERESEAGVGLQRDEDDAPLCEDVELQDGDLSPEEKIFLREFPRLKEDLKGNIDKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_085 MDNQAERESEAGVGLQRDEDDAPLCEDVELQDGDLSPEEKIFLREFPRLKEDLKGNIDKL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 RALADDIDKTHKKFTKANMVATSTAVISGVMSLLGLALAPATGGGSLLLSTAGQGLATAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_085 RALADDIDKTHKKFTKANMVATSTAVISGVMSLLGLALAPATGGGSLLLSTAGQGLATAA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 GVTSIVSGTLERSKNKEAQARAEDILPTYDQEDREDEEEKADYVTAAGKIIYNLRNTLKY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_085 GVTSIVSGTLERSKNKEAQARAEDILPTYDQEDREDEEEKADYVTAAGKIIYNLRNTLKY
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 AKKNVRAFWKLRANPRLANATKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNARVLGGVM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_085 AKKNVRAFWKLRANPRLANATKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNARVLGGVM
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE0 SAFSLGYDLATLSKEWKHLKEGARTKFAEELRAKALELERKLTELTQLYKSLQQKVRSRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_085 SAFSLGYDLATLSKEWKHLKEGARTKFAEELRAKALELERKLTELTQLYKSLQQKVRSRA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340   
pF1KE0 RGVGKDLTGTCETEAYWKELREHVWMWLWLCVCLCVCVYVQFT
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_085 RGVGKDLTGTCETEAYWKELREHVWMWLWLCVCLCVCVYVQFT
              310       320       330       340   

>>XP_011528694 (OMIM: 607256) PREDICTED: apolipoprotein   (343 aa)
 initn: 2204 init1: 2204 opt: 2204  Z-score: 2399.1  bits: 452.3 E(85289): 6.8e-127
Smith-Waterman score: 2204; 100.0% identity (100.0% similar) in 343 aa overlap (1-343:1-343)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MDNQAERESEAGVGLQRDEDDAPLCEDVELQDGDLSPEEKIFLREFPRLKEDLKGNIDKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MDNQAERESEAGVGLQRDEDDAPLCEDVELQDGDLSPEEKIFLREFPRLKEDLKGNIDKL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 RALADDIDKTHKKFTKANMVATSTAVISGVMSLLGLALAPATGGGSLLLSTAGQGLATAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RALADDIDKTHKKFTKANMVATSTAVISGVMSLLGLALAPATGGGSLLLSTAGQGLATAA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 GVTSIVSGTLERSKNKEAQARAEDILPTYDQEDREDEEEKADYVTAAGKIIYNLRNTLKY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GVTSIVSGTLERSKNKEAQARAEDILPTYDQEDREDEEEKADYVTAAGKIIYNLRNTLKY
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 AKKNVRAFWKLRANPRLANATKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNARVLGGVM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AKKNVRAFWKLRANPRLANATKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNARVLGGVM
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE0 SAFSLGYDLATLSKEWKHLKEGARTKFAEELRAKALELERKLTELTQLYKSLQQKVRSRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SAFSLGYDLATLSKEWKHLKEGARTKFAEELRAKALELERKLTELTQLYKSLQQKVRSRA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340   
pF1KE0 RGVGKDLTGTCETEAYWKELREHVWMWLWLCVCLCVCVYVQFT
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RGVGKDLTGTCETEAYWKELREHVWMWLWLCVCLCVCVYVQFT
              310       320       330       340   

>>XP_016884434 (OMIM: 607255) PREDICTED: apolipoprotein   (361 aa)
 initn: 612 init1: 376 opt: 626  Z-score: 686.0  bits: 135.4 E(85289): 1.8e-31
Smith-Waterman score: 626; 39.5% identity (72.2% similar) in 281 aa overlap (25-302:13-291)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MDNQAERESEAGVGLQRDEDDAPLCEDVELQDGDLSPEEKIFLREFPRLKEDLKGNIDKL
                               :.   . ::.:: :::.::  ::  : .:. :: .:
XP_016             MLSYFLFEELMRCDKDSMPDGNLSEEEKLFLSYFPLHKFELEQNIKEL
                           10        20        30        40        

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 RALADDIDKTHKKFTKANMVATSTAVISGVMSLLGLALAPATGGGSLLLSTAGQGLATAA
        .:::..: ::. .::...::.:....::::..:::::::.:.::::.::..: ::..::
XP_016 NTLADQVDTTHELLTKTSLVASSSGAVSGVMNILGLALAPVTAGGSLMLSATGTGLGAAA
       50        60        70        80        90       100        

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 GVTSIVSGTLERSKNKEAQARAEDILPTYDQEDREDEEEKADYVTAAGKIIYNLRNTLKY
       ..:.::...::  .:. :. .:  . :   ...     . .. . :::  . .  .... 
XP_016 AITNIVTNVLENRSNSAARDKASRLGPLTTSHEAFGGINWSE-IEAAGFCVNKCVKAIQ-
      110       120       130       140       150        160       

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 AKKNVRAFWKLRANPRLANATKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNARVLGGVM
       . :...:.   ..:  .   .: ...  ..   .   ::.:: :::::::..: :.:.. 
XP_016 GIKDLHAYQMAKSNSGFMAMVKNFVAKRHIPFWTARGVQRAFEGTTLAMTNGAWVMGAAG
        170       180       190       200       210       220      

              250       260       270       280       290          
pF1KE0 SAFSLGYDLATLSKEWKHLKEGARTKFAEELRAKALELERKLTELTQLYKSLQQKVR---
       ..: :  :.... . ::::..::::. :::::: : .::..: .::: .. : ::.    
XP_016 AGFLLMKDMSSFLQSWKHLEDGARTETAEELRALAKKLEQELDRLTQHHRHLPQKASQTC
        230       240       250       260       270       280      

       300       310       320       330       340                 
pF1KE0 SRARGVGKDLTGTCETEAYWKELREHVWMWLWLCVCLCVCVYVQFT              
       : .::                                                       
XP_016 SSSRGRAVRGSRVVKPEGSRSPLPWPVVEHQPRLGPGVALRTPKRTVSAPRMLGHQPAPP
        290       300       310       320       330       340      

>>XP_006724384 (OMIM: 607255) PREDICTED: apolipoprotein   (417 aa)
 initn: 621 init1: 385 opt: 626  Z-score: 685.0  bits: 135.5 E(85289): 2e-31
Smith-Waterman score: 626; 39.5% identity (72.2% similar) in 281 aa overlap (25-302:69-347)

                     10        20        30        40        50    
pF1KE0       MDNQAERESEAGVGLQRDEDDAPLCEDVELQDGDLSPEEKIFLREFPRLKEDLK
                                     :.   . ::.:: :::.::  ::  : .:.
XP_006 QAWEKVVKKCGFESDEAGMLSYFLFEELMRCDKDSMPDGNLSEEEKLFLSYFPLHKFELE
       40        50        60        70        80        90        

           60        70        80        90       100       110    
pF1KE0 GNIDKLRALADDIDKTHKKFTKANMVATSTAVISGVMSLLGLALAPATGGGSLLLSTAGQ
        :: .: .:::..: ::. .::...::.:....::::..:::::::.:.::::.::..: 
XP_006 QNIKELNTLADQVDTTHELLTKTSLVASSSGAVSGVMNILGLALAPVTAGGSLMLSATGT
      100       110       120       130       140       150        

          120       130       140       150       160       170    
pF1KE0 GLATAAGVTSIVSGTLERSKNKEAQARAEDILPTYDQEDREDEEEKADYVTAAGKIIYNL
       ::..::..:.::...::  .:. :. .:  . :   ...     . .. . :::  . . 
XP_006 GLGAAAAITNIVTNVLENRSNSAARDKASRLGPLTTSHEAFGGINWSE-IEAAGFCVNKC
      160       170       180       190       200        210       

          180       190       200       210       220       230    
pF1KE0 RNTLKYAKKNVRAFWKLRANPRLANATKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNAR
        .... . :...:.   ..:  .   .: ...  ..   .   ::.:: :::::::..: 
XP_006 VKAIQ-GIKDLHAYQMAKSNSGFMAMVKNFVAKRHIPFWTARGVQRAFEGTTLAMTNGAW
       220        230       240       250       260       270      

          240       250       260       270       280       290    
pF1KE0 VLGGVMSAFSLGYDLATLSKEWKHLKEGARTKFAEELRAKALELERKLTELTQLYKSLQQ
       :.:.. ..: :  :.... . ::::..::::. :::::: : .::..: .::: .. : :
XP_006 VMGAAGAGFLLMKDMSSFLQSWKHLEDGARTETAEELRALAKKLEQELDRLTQHHRHLPQ
        280       290       300       310       320       330      

             300       310       320       330       340           
pF1KE0 KVR---SRARGVGKDLTGTCETEAYWKELREHVWMWLWLCVCLCVCVYVQFT        
       :.    : .::                                                 
XP_006 KASQTCSSSRGRAVRGSRVVKPEGSRSPLPWPVVEHQPRLGPGVALRTPKRTVSAPRMLG
        340       350       360       370       380       390      

>>NP_085145 (OMIM: 607255) apolipoprotein L5 [Homo sapie  (433 aa)
 initn: 621 init1: 385 opt: 626  Z-score: 684.8  bits: 135.5 E(85289): 2.1e-31
Smith-Waterman score: 626; 39.5% identity (72.2% similar) in 281 aa overlap (25-302:85-363)

                     10        20        30        40        50    
pF1KE0       MDNQAERESEAGVGLQRDEDDAPLCEDVELQDGDLSPEEKIFLREFPRLKEDLK
                                     :.   . ::.:: :::.::  ::  : .:.
NP_085 QSWKINNLMSTVHSDEAGMLSYFLFEELMRCDKDSMPDGNLSEEEKLFLSYFPLHKFELE
           60        70        80        90       100       110    

           60        70        80        90       100       110    
pF1KE0 GNIDKLRALADDIDKTHKKFTKANMVATSTAVISGVMSLLGLALAPATGGGSLLLSTAGQ
        :: .: .:::..: ::. .::...::.:....::::..:::::::.:.::::.::..: 
NP_085 QNIKELNTLADQVDTTHELLTKTSLVASSSGAVSGVMNILGLALAPVTAGGSLMLSATGT
          120       130       140       150       160       170    

          120       130       140       150       160       170    
pF1KE0 GLATAAGVTSIVSGTLERSKNKEAQARAEDILPTYDQEDREDEEEKADYVTAAGKIIYNL
       ::..::..:.::...::  .:. :. .:  . :   ...     . .. . :::  . . 
NP_085 GLGAAAAITNIVTNVLENRSNSAARDKASRLGPLTTSHEAFGGINWSE-IEAAGFCVNKC
          180       190       200       210       220        230   

          180       190       200       210       220       230    
pF1KE0 RNTLKYAKKNVRAFWKLRANPRLANATKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNAR
        .... . :...:.   ..:  .   .: ...  ..   .   ::.:: :::::::..: 
NP_085 VKAIQ-GIKDLHAYQMAKSNSGFMAMVKNFVAKRHIPFWTARGVQRAFEGTTLAMTNGAW
            240       250       260       270       280       290  

          240       250       260       270       280       290    
pF1KE0 VLGGVMSAFSLGYDLATLSKEWKHLKEGARTKFAEELRAKALELERKLTELTQLYKSLQQ
       :.:.. ..: :  :.... . ::::..::::. :::::: : .::..: .::: .. : :
NP_085 VMGAAGAGFLLMKDMSSFLQSWKHLEDGARTETAEELRALAKKLEQELDRLTQHHRHLPQ
            300       310       320       330       340       350  

             300       310       320       330       340           
pF1KE0 KVR---SRARGVGKDLTGTCETEAYWKELREHVWMWLWLCVCLCVCVYVQFT        
       :.    : .::                                                 
NP_085 KASQTCSSSRGRAVRGSRVVKPEGSRSPLPWPVVEHQPRLGPGVALRTPKRTVSAPRMLG
            360       370       380       390       400       410  

>>NP_085147 (OMIM: 607253) apolipoprotein L3 isoform 2 [  (331 aa)
 initn: 591 init1: 325 opt: 530  Z-score: 582.3  bits: 116.1 E(85289): 1.1e-25
Smith-Waterman score: 536; 36.8% identity (68.9% similar) in 302 aa overlap (2-292:31-325)

                                            10        20           
pF1KE0                              MDNQAERESEAGVGLQRDEDDA---------
                                     .:.: ..  ... : ::: ::         
NP_085 MDSEKKRFTEEATKYFRERVSPVHLQILLTNNEAWKRFVTAAELPRDEADALYEALKKLR
               10        20        30        40        50        60

               30        40        50        60        70        80
pF1KE0 --PLCEDVELQDGDLSPEEKIFLREFPRLKEDLKGNIDKLRALADDIDKTHKKFTKANMV
            ::  .:. : . .:  ::.:::..:. .. .:.::::::. :...:.  : .:.:
NP_085 TYAAIEDEYVQQKDEQFREW-FLKEFPQVKRKIQESIEKLRALANGIEEVHRGCTISNVV
               70        80         90       100       110         

               90       100       110       120       130       140
pF1KE0 ATSTAVISGVMSLLGLALAPATGGGSLLLSTAGQGLATAAGVTSIVSGTLERSKNKEAQA
       ..::.. ::.::: ::.::: :.: :: :..:: ::..:..::.:... .:.: .. :.:
NP_085 SSSTGAASGIMSLAGLVLAPFTAGTSLALTAAGVGLGAASAVTGITTSIVEHSYTSSAEA
     120       130       140       150       160       170         

              150       160       170       180       190       200
pF1KE0 RAEDILPTYDQEDREDEEEKADYVTAAGKIIYNLRNTLKYAKKNVRAFWKLRANPRLANA
       .:  .  :  .. .  .:   : .    ... :  .. .   ...::. . ::  ::   
NP_085 EASRLTATSIDRLKVFKEVMRDITPNLLSLLNNYYEATQTIGSEIRAIRQARARARLP--
     180       190       200       210       220       230         

              210       220       230       240       250       260
pF1KE0 TKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNARVLGGVMSAFSLGYDLATLSKEWKHLK
           .:: ..:. :  :.....:::: :....::.:... :.. :. :...:  : :::.
NP_085 ----VTTWRISAGSGGQAERTIAGTTRAVSRGARILSATTSGIFLALDVVNLVYESKHLH
           240       250       260       270       280       290   

              270       280       290       300       310       320
pF1KE0 EGARTKFAEELRAKALELERKLTELTQLYKSLQQKVRSRARGVGKDLTGTCETEAYWKEL
       :::..  ::::: .: :::..: ::::.:. :                            
NP_085 EGAKSASAEELRRQAQELEENLMELTQIYQRLNPCHTH                      
           300       310       320       330                       

              330       340   
pF1KE0 REHVWMWLWLCVCLCVCVYVQFT

>>NP_663614 (OMIM: 607253) apolipoprotein L3 isoform 2 [  (331 aa)
 initn: 591 init1: 325 opt: 530  Z-score: 582.3  bits: 116.1 E(85289): 1.1e-25
Smith-Waterman score: 536; 36.8% identity (68.9% similar) in 302 aa overlap (2-292:31-325)

                                            10        20           
pF1KE0                              MDNQAERESEAGVGLQRDEDDA---------
                                     .:.: ..  ... : ::: ::         
NP_663 MDSEKKRFTEEATKYFRERVSPVHLQILLTNNEAWKRFVTAAELPRDEADALYEALKKLR
               10        20        30        40        50        60

               30        40        50        60        70        80
pF1KE0 --PLCEDVELQDGDLSPEEKIFLREFPRLKEDLKGNIDKLRALADDIDKTHKKFTKANMV
            ::  .:. : . .:  ::.:::..:. .. .:.::::::. :...:.  : .:.:
NP_663 TYAAIEDEYVQQKDEQFREW-FLKEFPQVKRKIQESIEKLRALANGIEEVHRGCTISNVV
               70        80         90       100       110         

               90       100       110       120       130       140
pF1KE0 ATSTAVISGVMSLLGLALAPATGGGSLLLSTAGQGLATAAGVTSIVSGTLERSKNKEAQA
       ..::.. ::.::: ::.::: :.: :: :..:: ::..:..::.:... .:.: .. :.:
NP_663 SSSTGAASGIMSLAGLVLAPFTAGTSLALTAAGVGLGAASAVTGITTSIVEHSYTSSAEA
     120       130       140       150       160       170         

              150       160       170       180       190       200
pF1KE0 RAEDILPTYDQEDREDEEEKADYVTAAGKIIYNLRNTLKYAKKNVRAFWKLRANPRLANA
       .:  .  :  .. .  .:   : .    ... :  .. .   ...::. . ::  ::   
NP_663 EASRLTATSIDRLKVFKEVMRDITPNLLSLLNNYYEATQTIGSEIRAIRQARARARLP--
     180       190       200       210       220       230         

              210       220       230       240       250       260
pF1KE0 TKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNARVLGGVMSAFSLGYDLATLSKEWKHLK
           .:: ..:. :  :.....:::: :....::.:... :.. :. :...:  : :::.
NP_663 ----VTTWRISAGSGGQAERTIAGTTRAVSRGARILSATTSGIFLALDVVNLVYESKHLH
           240       250       260       270       280       290   

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pF1KE0 EGARTKFAEELRAKALELERKLTELTQLYKSLQQKVRSRARGVGKDLTGTCETEAYWKEL
       :::..  ::::: .: :::..: ::::.:. :                            
NP_663 EGAKSASAEELRRQAQELEENLMELTQIYQRLNPCHTH                      
           300       310       320       330                       

              330       340   
pF1KE0 REHVWMWLWLCVCLCVCVYVQFT

>>NP_055164 (OMIM: 607253) apolipoprotein L3 isoform 2 [  (331 aa)
 initn: 591 init1: 325 opt: 530  Z-score: 582.3  bits: 116.1 E(85289): 1.1e-25
Smith-Waterman score: 536; 36.8% identity (68.9% similar) in 302 aa overlap (2-292:31-325)

                                            10        20           
pF1KE0                              MDNQAERESEAGVGLQRDEDDA---------
                                     .:.: ..  ... : ::: ::         
NP_055 MDSEKKRFTEEATKYFRERVSPVHLQILLTNNEAWKRFVTAAELPRDEADALYEALKKLR
               10        20        30        40        50        60

               30        40        50        60        70        80
pF1KE0 --PLCEDVELQDGDLSPEEKIFLREFPRLKEDLKGNIDKLRALADDIDKTHKKFTKANMV
            ::  .:. : . .:  ::.:::..:. .. .:.::::::. :...:.  : .:.:
NP_055 TYAAIEDEYVQQKDEQFREW-FLKEFPQVKRKIQESIEKLRALANGIEEVHRGCTISNVV
               70        80         90       100       110         

               90       100       110       120       130       140
pF1KE0 ATSTAVISGVMSLLGLALAPATGGGSLLLSTAGQGLATAAGVTSIVSGTLERSKNKEAQA
       ..::.. ::.::: ::.::: :.: :: :..:: ::..:..::.:... .:.: .. :.:
NP_055 SSSTGAASGIMSLAGLVLAPFTAGTSLALTAAGVGLGAASAVTGITTSIVEHSYTSSAEA
     120       130       140       150       160       170         

              150       160       170       180       190       200
pF1KE0 RAEDILPTYDQEDREDEEEKADYVTAAGKIIYNLRNTLKYAKKNVRAFWKLRANPRLANA
       .:  .  :  .. .  .:   : .    ... :  .. .   ...::. . ::  ::   
NP_055 EASRLTATSIDRLKVFKEVMRDITPNLLSLLNNYYEATQTIGSEIRAIRQARARARLP--
     180       190       200       210       220       230         

              210       220       230       240       250       260
pF1KE0 TKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNARVLGGVMSAFSLGYDLATLSKEWKHLK
           .:: ..:. :  :.....:::: :....::.:... :.. :. :...:  : :::.
NP_055 ----VTTWRISAGSGGQAERTIAGTTRAVSRGARILSATTSGIFLALDVVNLVYESKHLH
           240       250       260       270       280       290   

              270       280       290       300       310       320
pF1KE0 EGARTKFAEELRAKALELERKLTELTQLYKSLQQKVRSRARGVGKDLTGTCETEAYWKEL
       :::..  ::::: .: :::..: ::::.:. :                            
NP_055 EGAKSASAEELRRQAQELEENLMELTQIYQRLNPCHTH                      
           300       310       320       330                       

              330       340   
pF1KE0 REHVWMWLWLCVCLCVCVYVQFT

>>XP_006724388 (OMIM: 607253) PREDICTED: apolipoprotein   (331 aa)
 initn: 591 init1: 325 opt: 530  Z-score: 582.3  bits: 116.1 E(85289): 1.1e-25
Smith-Waterman score: 536; 36.8% identity (68.9% similar) in 302 aa overlap (2-292:31-325)

                                            10        20           
pF1KE0                              MDNQAERESEAGVGLQRDEDDA---------
                                     .:.: ..  ... : ::: ::         
XP_006 MDSEKKRFTEEATKYFRERVSPVHLQILLTNNEAWKRFVTAAELPRDEADALYEALKKLR
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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