Result of FASTA (ccds) for pF1KB8550
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8550, 906 aa
  1>>>pF1KB8550 906 - 906 aa - 906 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4555+/-0.00111; mu= 19.9822+/- 0.067
 mean_var=64.2411+/-12.639, 0's: 0 Z-trim(102.2): 46  B-trim: 0 in 0/49
 Lambda= 0.160018
 statistics sampled from 6796 (6842) to 6796 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.557), E-opt: 0.2 (0.21), width:  16
 Scan time:  3.020

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS4322.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5           ( 906) 6035 1402.8       0
CCDS47318.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5          ( 906) 5976 1389.1       0
CCDS58987.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5          ( 916) 5841 1358.0       0
CCDS58988.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5          ( 916) 5782 1344.4       0
CCDS58989.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5          ( 837) 5567 1294.7       0
CCDS58986.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5          ( 826) 4982 1159.7       0
CCDS43274.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4          ( 883) 4179 974.3       0
CCDS3797.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4           ( 883) 4133 963.7       0
CCDS41706.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11         ( 884) 4082 951.9       0
CCDS8333.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11          ( 902) 4030 939.9       0
CCDS43275.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4          ( 836) 4028 939.4       0
CCDS14604.1 GRIA3 gene_id:2892|Hs108|chrX          ( 894) 3917 913.8       0
CCDS14605.1 GRIA3 gene_id:2892|Hs108|chrX          ( 894) 3872 903.4       0
CCDS82656.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21         ( 934) 2060 485.1 2.6e-136
CCDS33530.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21         ( 905) 2059 484.9 2.9e-136
CCDS416.1 GRIK3 gene_id:2899|Hs108|chr1            ( 919) 2051 483.0 1.1e-135
CCDS55045.1 GRIK2 gene_id:2898|Hs108|chr6          ( 892) 1991 469.2 1.5e-131
CCDS5049.1 GRIK2 gene_id:2898|Hs108|chr6           ( 869) 1983 467.3 5.4e-131
CCDS5048.1 GRIK2 gene_id:2898|Hs108|chr6           ( 908) 1983 467.3 5.6e-131
CCDS12595.1 GRIK5 gene_id:2901|Hs108|chr19         ( 980) 1646 389.5 1.6e-107
CCDS77305.1 GRIK5 gene_id:2901|Hs108|chr19         ( 981) 1640 388.2 4.1e-107
CCDS42913.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21         ( 918) 1629 385.6 2.3e-106
CCDS8433.1 GRIK4 gene_id:2900|Hs108|chr11          ( 956) 1629 385.6 2.3e-106
CCDS82659.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21         ( 949) 1613 381.9  3e-105
CCDS82658.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21         ( 920) 1612 381.7 3.4e-105
CCDS41707.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11         ( 433) 1528 362.2 1.2e-99
CCDS31236.1 GRID1 gene_id:2894|Hs108|chr10         (1009)  647 158.9 4.3e-38
CCDS62330.1 GRIN2C gene_id:2905|Hs108|chr17        ( 873)  645 158.4 5.2e-38
CCDS32724.1 GRIN2C gene_id:2905|Hs108|chr17        (1233)  645 158.5   7e-38
CCDS8662.1 GRIN2B gene_id:2904|Hs108|chr12         (1484)  630 155.1 9.1e-37
CCDS12719.1 GRIN2D gene_id:2906|Hs108|chr19        (1336)  629 154.8 9.8e-37
CCDS45407.1 GRIN2A gene_id:2903|Hs108|chr16        (1281)  624 153.7 2.1e-36
CCDS10539.1 GRIN2A gene_id:2903|Hs108|chr16        (1464)  624 153.7 2.4e-36
CCDS68758.1 GRID2 gene_id:2895|Hs108|chr4          ( 912)  604 149.0 3.8e-35
CCDS3637.1 GRID2 gene_id:2895|Hs108|chr4           (1007)  604 149.0 4.2e-35
CCDS43910.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9          ( 885)  542 134.7 7.6e-31
CCDS7032.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9           ( 901)  542 134.7 7.7e-31
CCDS55355.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9          ( 906)  542 134.7 7.7e-31
CCDS7031.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9           ( 938)  542 134.7   8e-31
CCDS55354.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9          ( 943)  542 134.7   8e-31
CCDS6758.1 GRIN3A gene_id:116443|Hs108|chr9        (1115)  321 83.7 2.1e-15
CCDS32861.1 GRIN3B gene_id:116444|Hs108|chr19      (1043)  305 80.0 2.6e-14


>>CCDS4322.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5                (906 aa)
 initn: 6035 init1: 6035 opt: 6035  Z-score: 7520.5  bits: 1402.8 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6035; 100.0% identity (100.0% similar) in 906 aa overlap (1-906:1-906)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MQHIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFALSQLTEPPKLLPQID
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MQHIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFALSQLTEPPKLLPQID
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 IVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFITPSFPVDTSNQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 IVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFITPSFPVDTSNQ
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 FVLQLRPELQDALISIIDHYKWQKFVYIYDADRGLSVLQKVLDTAAEKNWQVTAVNILTT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 FVLQLRPELQDALISIIDHYKWQKFVYIYDADRGLSVLQKVLDTAAEKNWQVTAVNILTT
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 TEEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIIKLEKNGIGYHYILANLGFMDIDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TEEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIIKLEKNGIGYHYILANLGFMDIDL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 NKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPAKIMQQWKNSDARDHTRVDWKRPKYTSALTYDGVKVM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 NKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPAKIMQQWKNSDARDHTRVDWKRPKYTSALTYDGVKVM
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 AEAFQSLRRQRIDISRRGNAGDCLANPAVPWGQGIDIQRALQQVRFEGLTGNVQFNEKGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 AEAFQSLRRQRIDISRRGNAGDCLANPAVPWGQGIDIQRALQQVRFEGLTGNVQFNEKGR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 RTNYTLHVIEMKHDGIRKIGYWNEDDKFVPAATDAQAGGDNSSVQNRTYIVTTILEDPYV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RTNYTLHVIEMKHDGIRKIGYWNEDDKFVPAATDAQAGGDNSSVQNRTYIVTTILEDPYV
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 MLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSDGKYGARDPDTKAWNGMVGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSDGKYGARDPDTKAWNGMVGE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB8 LVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIW
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB8 MCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEFEEGRDQTTSDQSNEFGIFNSLWFSLGAFMQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEFEEGRDQTTSDQSNEFGIFNSLWFSLGAFMQ
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB8 QGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLAKQTEIA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 QGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLAKQTEIA
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB8 YGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRKSKGKYAYLLES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRKSKGKYAYLLES
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB8 TMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRNPVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRNPVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKW
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB8 WYDKGECGSGGGDSKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGLAMLVALIEFCYKSRSESKRMK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 WYDKGECGSGGGDSKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGLAMLVALIEFCYKSRSESKRMK
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB8 GFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASSGGSGENGRVVSHDFPKSMQSIPCMSHSSGMP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASSGGSGENGRVVSHDFPKSMQSIPCMSHSSGMP
              850       860       870       880       890       900

             
pF1KB8 LGATGL
       ::::::
CCDS43 LGATGL
             

>>CCDS47318.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5               (906 aa)
 initn: 5976 init1: 5976 opt: 5976  Z-score: 7446.9  bits: 1389.1 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5976; 99.1% identity (99.7% similar) in 906 aa overlap (1-906:1-906)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MQHIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFALSQLTEPPKLLPQID
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MQHIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFALSQLTEPPKLLPQID
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 IVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFITPSFPVDTSNQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 IVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFITPSFPVDTSNQ
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 FVLQLRPELQDALISIIDHYKWQKFVYIYDADRGLSVLQKVLDTAAEKNWQVTAVNILTT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FVLQLRPELQDALISIIDHYKWQKFVYIYDADRGLSVLQKVLDTAAEKNWQVTAVNILTT
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 TEEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIIKLEKNGIGYHYILANLGFMDIDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TEEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIIKLEKNGIGYHYILANLGFMDIDL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 NKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPAKIMQQWKNSDARDHTRVDWKRPKYTSALTYDGVKVM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPAKIMQQWKNSDARDHTRVDWKRPKYTSALTYDGVKVM
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 AEAFQSLRRQRIDISRRGNAGDCLANPAVPWGQGIDIQRALQQVRFEGLTGNVQFNEKGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 AEAFQSLRRQRIDISRRGNAGDCLANPAVPWGQGIDIQRALQQVRFEGLTGNVQFNEKGR
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::.:::.:::::.::
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       :::::::::  . :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::
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>>CCDS58987.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5               (916 aa)
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 YLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRNPVNLAVLKLNEQGLLDK
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB8 SKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASSGGSGENGRVVSHDFPKSMQSIPCMSH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASSGGSGENGRVVSHDFPKSMQSIPCMSH
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pF1KB8 SSGMPLGATGL
       :::::::::::
CCDS58 SSGMPLGATGL
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>>CCDS58988.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5               (916 aa)
 initn: 5782 init1: 5782 opt: 5782  Z-score: 7204.7  bits: 1344.4 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5782; 98.8% identity (99.5% similar) in 881 aa overlap (26-906:36-916)

                    10        20        30        40        50     
pF1KB8      MQHIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFALSQLTEPPKL
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CCDS58 HLFQPLQLAGGLEWPWSNLLCFLTPVKLHPEVWGLFPNQQSQEHAAFRFALSQLTEPPKL
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LPQIDIVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFITPSFPV
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EDPYVMLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSDGKYGARDPDTKAWN
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GMVGELVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPL
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         540       550       560       570       580       590     
pF1KB8 AYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEFEEGRDQTTSDQSNEFGIFNSLWFSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEFEEGRDQTTSDQSNEFGIFNSLWFSL
         550       560       570       580       590       600     

         600       610       620       630       640       650     
pF1KB8 GAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLAK
         610       620       630       640       650       660     

         660       670       680       690       700       710     
pF1KB8 QTEIAYGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRKSKGKYA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QTEIAYGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRKSKGKYA
         670       680       690       700       710       720     

         720       730       740       750       760       770     
pF1KB8 YLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRNPVNLAVLKLNEQGLLDK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::.:::.:::
CCDS58 YLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRGPVNLAVLKLSEQGVLDK
         730       740       750       760       770       780     

         780       790       800       810       820       830     
pF1KB8 LKNKWWYDKGECGSGGGDSKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGLAMLVALIEFCYKSRSE
       ::.:::::::::::  . ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LKSKWWYDKGECGSKDSGSKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGLAMLVALIEFCYKSRSE
         790       800       810       820       830       840     

         840       850       860       870       880       890     
pF1KB8 SKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASSGGSGENGRVVSHDFPKSMQSIPCMSH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASSGGSGENGRVVSHDFPKSMQSIPCMSH
         850       860       870       880       890       900     

         900      
pF1KB8 SSGMPLGATGL
       :::::::::::
CCDS58 SSGMPLGATGL
         910      

>>CCDS58989.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5               (837 aa)
 initn: 5567 init1: 5567 opt: 5567  Z-score: 6937.1  bits: 1294.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5567; 100.0% identity (100.0% similar) in 837 aa overlap (70-906:1-837)

      40        50        60        70        80        90         
pF1KB8 AAFRFALSQLTEPPKLLPQIDIVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTS
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58                               MTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTS
                                             10        20        30

     100       110       120       130       140       150         
pF1KB8 FCGALHVCFITPSFPVDTSNQFVLQLRPELQDALISIIDHYKWQKFVYIYDADRGLSVLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 FCGALHVCFITPSFPVDTSNQFVLQLRPELQDALISIIDHYKWQKFVYIYDADRGLSVLQ
               40        50        60        70        80        90

     160       170       180       190       200       210         
pF1KB8 KVLDTAAEKNWQVTAVNILTTTEEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIIKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 KVLDTAAEKNWQVTAVNILTTTEEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIIKL
              100       110       120       130       140       150

     220       230       240       250       260       270         
pF1KB8 EKNGIGYHYILANLGFMDIDLNKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPAKIMQQWKNSDARDHT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EKNGIGYHYILANLGFMDIDLNKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPAKIMQQWKNSDARDHT
              160       170       180       190       200       210

     280       290       300       310       320       330         
pF1KB8 RVDWKRPKYTSALTYDGVKVMAEAFQSLRRQRIDISRRGNAGDCLANPAVPWGQGIDIQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RVDWKRPKYTSALTYDGVKVMAEAFQSLRRQRIDISRRGNAGDCLANPAVPWGQGIDIQR
              220       230       240       250       260       270

     340       350       360       370       380       390         
pF1KB8 ALQQVRFEGLTGNVQFNEKGRRTNYTLHVIEMKHDGIRKIGYWNEDDKFVPAATDAQAGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ALQQVRFEGLTGNVQFNEKGRRTNYTLHVIEMKHDGIRKIGYWNEDDKFVPAATDAQAGG
              280       290       300       310       320       330

     400       410       420       430       440       450         
pF1KB8 DNSSVQNRTYIVTTILEDPYVMLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 DNSSVQNRTYIVTTILEDPYVMLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIV
              340       350       360       370       380       390

     460       470       480       490       500       510         
pF1KB8 SDGKYGARDPDTKAWNGMVGELVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SDGKYGARDPDTKAWNGMVGELVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIK
              400       410       420       430       440       450

     520       530       540       550       560       570         
pF1KB8 KPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEFEEGRDQTTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 KPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEFEEGRDQTTS
              460       470       480       490       500       510

     580       590       600       610       620       630         
pF1KB8 DQSNEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 DQSNEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLT
              520       530       540       550       560       570

     640       650       660       670       680       690         
pF1KB8 VERMVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 VERMVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRT
              580       590       600       610       620       630

     700       710       720       730       740       750         
pF1KB8 TEEGMIRVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRNP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TEEGMIRVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRNP
              640       650       660       670       680       690

     760       770       780       790       800       810         
pF1KB8 VNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGECGSGGGDSKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 VNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGECGSGGGDSKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGL
              700       710       720       730       740       750

     820       830       840       850       860       870         
pF1KB8 AMLVALIEFCYKSRSESKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASSGGSGENGRVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AMLVALIEFCYKSRSESKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASSGGSGENGRVV
              760       770       780       790       800       810

     880       890       900      
pF1KB8 SHDFPKSMQSIPCMSHSSGMPLGATGL
       :::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SHDFPKSMQSIPCMSHSSGMPLGATGL
              820       830       

>>CCDS58986.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5               (826 aa)
 initn: 4982 init1: 4982 opt: 4982  Z-score: 6207.3  bits: 1159.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5306; 91.2% identity (91.2% similar) in 906 aa overlap (1-906:1-826)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MQHIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFALSQLTEPPKLLPQID
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MQHIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFALSQLTEPPKLLPQID
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 IVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFITPSFPVDTSNQ
       ::::::::::::: :                                             
CCDS58 IVNISDSFEMTYR-C---------------------------------------------
               70                                                  

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 FVLQLRPELQDALISIIDHYKWQKFVYIYDADRGLSVLQKVLDTAAEKNWQVTAVNILTT
                                         ::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ----------------------------------LSVLQKVLDTAAEKNWQVTAVNILTT
                                             80        90       100

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 TEEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIIKLEKNGIGYHYILANLGFMDIDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TEEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIIKLEKNGIGYHYILANLGFMDIDL
              110       120       130       140       150       160

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 NKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPAKIMQQWKNSDARDHTRVDWKRPKYTSALTYDGVKVM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 NKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPAKIMQQWKNSDARDHTRVDWKRPKYTSALTYDGVKVM
              170       180       190       200       210       220

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 AEAFQSLRRQRIDISRRGNAGDCLANPAVPWGQGIDIQRALQQVRFEGLTGNVQFNEKGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AEAFQSLRRQRIDISRRGNAGDCLANPAVPWGQGIDIQRALQQVRFEGLTGNVQFNEKGR
              230       240       250       260       270       280

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 RTNYTLHVIEMKHDGIRKIGYWNEDDKFVPAATDAQAGGDNSSVQNRTYIVTTILEDPYV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RTNYTLHVIEMKHDGIRKIGYWNEDDKFVPAATDAQAGGDNSSVQNRTYIVTTILEDPYV
              290       300       310       320       330       340

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 MLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSDGKYGARDPDTKAWNGMVGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSDGKYGARDPDTKAWNGMVGE
              350       360       370       380       390       400

              490       500       510       520       530       540
pF1KB8 LVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIW
              410       420       430       440       450       460

              550       560       570       580       590       600
pF1KB8 MCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEFEEGRDQTTSDQSNEFGIFNSLWFSLGAFMQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEFEEGRDQTTSDQSNEFGIFNSLWFSLGAFMQ
              470       480       490       500       510       520

              610       620       630       640       650       660
pF1KB8 QGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLAKQTEIA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLAKQTEIA
              530       540       550       560       570       580

              670       680       690       700       710       720
pF1KB8 YGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRKSKGKYAYLLES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 YGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRKSKGKYAYLLES
              590       600       610       620       630       640

              730       740       750       760       770       780
pF1KB8 TMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRNPVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRNPVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKW
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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CCDS58 LGATGL
             

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CCDS43 RAEAKRMKVAKNAQNINPSSSQNSQNFATYKEGYNVYGIESVKI                
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>>CCDS3797.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4                (883 aa)
 initn: 3551 init1: 3467 opt: 4133  Z-score: 5147.6  bits: 963.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4133; 71.2% identity (90.2% similar) in 845 aa overlap (1-840:4-847)

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pF1KB8    MQHIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFALSQLTEPP-KLL
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pF1KB8 PQIDIVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFITPSFPVD
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CCDS37 PHIDNLEVANSFAVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDKKSVNTITSFCGTLHVSFITPSFPTD
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pF1KB8 TSNQFVLQLRPELQDALISIIDHYKWQKFVYIYDADRGLSVLQKVLDTAAEKNWQVTAVN
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CCDS37 GTHPFVIQMRPDLKGALLSLIEYYQWDKFAYLYDSDRGLSTLQAVLDSAAEKKWQVTAIN
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pF1KB8 ILTTT----EEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIIKLEKNGIGYHYILAN
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CCDS37 VGNINNDKKDEMYRSLFQDLELKKERRVILDCERDKVNDIVDQVITIGKHVKGYHYIIAN
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CCDS37 TILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTK
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CCDS37 DPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEFEDGRETQSSESTNEFGIFNSLW
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CCDS37 FSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAED
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pF1KB8 LAKQTEIAYGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRKSKG
       :.::::::::::..:::::::::::::::.::::::.::::::::::: ::. :::::::
CCDS37 LSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKG
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pF1KB8 KYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRNPVNLAVLKLNEQGL
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       ::::::::::::::::.  . ::.:::::::::::::::::.::::::::::::::::::
CCDS37 LDKLKNKWWYDKGECGAKDSGSKEKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLVALIEFCYKS
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       :.:.::::                                                    
CCDS37 RAEAKRMKVAKNAQNINPSSSQNSQNFATYKEGYNVYGIESVKI                
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>>CCDS41706.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11              (884 aa)
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Smith-Waterman score: 4082; 70.6% identity (89.2% similar) in 846 aa overlap (2-840:6-848)

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            ..:  .: .:: : ..:: ::...::::::  . .::..:::.:.       . .
CCDS41 MRIISRQIVLLF-SGFWGLAMGA-FPSSVQIGGLFIRNTDQEYTAFRLAIFLHNTSPNAS
               10         20         30        40        50        

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       : : .:.:..: .. ..:: .:  ::::.:.::.::::.:..:.:. :::::.:::. .:
CCDS41 EAPFNLVPHVDNIETANSFAVTNAFCSQYSRGVFAIFGLYDKRSVHTLTSFCSALHISLI
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       :::::..  .:::::::: :. ::.:..:::.:. ::..::.::: :.:: ... :....
CCDS41 TPSFPTEGESQFVLQLRPSLRGALLSLLDHYEWNCFVFLYDTDRGYSILQAIMEKAGQNG
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       :.:.:. . . .. .::.:...:....:.  :.::: :::. :: ::... :.  :::::
CCDS41 WHVSAICVENFNDVSYRQLLEELDRRQEKKFVIDCEIERLQNILEQIVSVGKHVKGYHYI
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       .::::: ::.:..: ..::::::::::...  .  :.:..::. : :..   .   ::::
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       :::::::: ::::.:.:::::.:::::::::::::::::.:::::::..:.:.:::..::
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       ::::::.. :::.:::. :.:.:  : ::.::::. ::.:        :.:.....::: 
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       .::::.:.:::: ::: ..:::::.::::::.::.:::::.: .:.. :: :::::::: 
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       ::: :::::::::::.:..:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:: :.:..  ...  :::::::
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pF1KB8 SLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIES
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       :::::::::::::::..::::::::::::::.:::::::.:::::::.::: ::. ::::
CCDS41 AEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWTYMRSAEPSVFTRTTAEGVARVRK
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pF1KB8 SKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRNPVNLAVLKLNE
       ::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::.::: ::::::::::
CCDS41 SKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSSLRNAVNLAVLKLNE
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pF1KB8 QGLLDKLKNKWWYDKGECGSGGGDSKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGLAMLVALIEFC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::
CCDS41 QGLLDKLKNKWWYDKGECGSGGGDSKDKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLVALIEFC
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pF1KB8 YKSRSESKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASSGGSGENGRVVSHDFPKSMQS
       ::::.:.::::                                                 
CCDS41 YKSRAEAKRMKVAKSAQTFNPTSSQNTQNLATYREGYNVYGTESIKI             
       840       850       860       870       880                 

>>CCDS8333.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11               (902 aa)
 initn: 4112 init1: 3104 opt: 4030  Z-score: 5019.0  bits: 939.9 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4104; 66.8% identity (86.6% similar) in 912 aa overlap (2-906:6-901)

                   10        20        30        40              50
pF1KB8     MQHIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFAL------SQLT
            ..:  .: .:: : ..:: ::...::::::  . .::..:::.:.       . .
CCDS83 MRIISRQIVLLF-SGFWGLAMGA-FPSSVQIGGLFIRNTDQEYTAFRLAIFLHNTSPNAS
               10         20         30        40        50        

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pF1KB8 EPP-KLLPQIDIVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFI
       : : .:.:..: .. ..:: .:  ::::.:.::.::::.:..:.:. :::::.:::. .:
CCDS83 EAPFNLVPHVDNIETANSFAVTNAFCSQYSRGVFAIFGLYDKRSVHTLTSFCSALHISLI
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pF1KB8 TPSFPVDTSNQFVLQLRPELQDALISIIDHYKWQKFVYIYDADRGLSVLQKVLDTAAEKN
       :::::..  .:::::::: :. ::.:..:::.:. ::..::.::: :.:: ... :....
CCDS83 TPSFPTEGESQFVLQLRPSLRGALLSLLDHYEWNCFVFLYDTDRGYSILQAIMEKAGQNG
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pF1KB8 WQVTAVNILTTTEEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIIKLEKNGIGYHYI
       :.:.:. . . .. .::.:...:....:.  :.::: :::. :: ::... :.  :::::
CCDS83 WHVSAICVENFNDVSYRQLLEELDRRQEKKFVIDCEIERLQNILEQIVSVGKHVKGYHYI
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pF1KB8 LANLGFMDIDLNKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPAKIMQQWKNSDARDHTRVDWKRPKYT
       .::::: ::.:..: ..::::::::::...  .  :.:..::. : :..   .   ::::
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       :::::::: ::::.:.:::::.:::::::::::::::::.:::::::..:.:.:::..::
CCDS83 SALTYDGVLVMAETFRSLRRQKIDISRRGNAGDCLANPAAPWGQGIDMERTLKQVRIQGL
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       ::::::.. :::.:::. :.:.:  : ::.::::. ::.:        :.:.....::: 
CCDS83 TGNVQFDHYGRRVNYTMDVFELKSTGPRKVGYWNDMDKLVLIQDVPTLGNDTAAIENRTV
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pF1KB8 IVTTILEDPYVMLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSDGKYGARDP
       .::::.:.:::: ::: ..:::::.::::::.::.:::::.: .:.. :: :::::::: 
CCDS83 VVTTIMESPYVMYKKNHEMFEGNDKYEGYCVDLASEIAKHIGIKYKIAIVPDGKYGARDA
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       ::: :::::::::::.:..:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 DTKIWNGMVGELVYGKAEIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVF
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       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:: :.:..  ...  :::::::
CCDS83 SFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEPEDGKEGPSDQPPNEFGIFN
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 SLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIES
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pF1KB8 AEDLAKQTEIAYGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRK
       :::::::::::::::..::::::::::::::.:::::::.:::::::.::: ::. ::::
CCDS83 AEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWTYMRSAEPSVFTRTTAEGVARVRK
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pF1KB8 SKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRNPVNLAVLKLNE
       ::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::.::.:::::::::.:
CCDS83 SKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSSLRTPVNLAVLKLSE
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pF1KB8 QGLLDKLKNKWWYDKGECGSGGGDSKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGLAMLVALIEFC
        :.::::::::::::::::   . ::::::::::::::::::::.:::::::::::::::
CCDS83 AGVLDKLKNKWWYDKGECGPKDSGSKDKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLVALIEFC
       780       790       800       810       820       830       

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pF1KB8 YKSRSESKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASSGGSGENGRVVSHDFPKSMQS
       ::::.:.::::        ...::::      :..  . .:. ::::::.. : ::....
CCDS83 YKSRAEAKRMK-------LTFSEAIR------NKARLSITGSVGENGRVLTPDCPKAVHT
       840              850             860       870       880    

     890       900       
pF1KB8 IPCMSHSSGMPLGATGL 
          . .:::. . :. : 
CCDS83 GTAIRQSSGLAVIASDLP
          890       900  




906 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sat Nov  5 16:41:25 2016 done: Sat Nov  5 16:41:26 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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