Result of FASTA (ccds) for pF1KB6440
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6440, 345 aa
  1>>>pF1KB6440 345 - 345 aa - 345 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2207+/-0.00078; mu= 18.1613+/- 0.047
 mean_var=90.5841+/-18.064, 0's: 0 Z-trim(110.2): 81  B-trim: 0 in 0/53
 Lambda= 0.134756
 statistics sampled from 11348 (11431) to 11348 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.715), E-opt: 0.2 (0.351), width:  16
 Scan time:  2.480

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS11663.1 APOH gene_id:350|Hs108|chr17           ( 345) 2474 490.7 7.4e-139
CCDS1282.1 SELP gene_id:6403|Hs108|chr1            ( 830)  456 98.8 1.7e-20
CCDS1477.1 C4BPA gene_id:722|Hs108|chr1            ( 597)  431 93.8   4e-19
CCDS1283.1 SELE gene_id:6401|Hs108|chr1            ( 610)  427 93.0 6.9e-19
CCDS48004.1 SVEP1 gene_id:79987|Hs108|chr9         (3571)  433 94.9 1.1e-18
CCDS55189.1 CSMD1 gene_id:64478|Hs108|chr8         (3564)  414 91.2 1.4e-17
CCDS1386.1 CFHR1 gene_id:3078|Hs108|chr1           ( 330)  388 85.2 8.6e-17
CCDS6317.1 CSMD3 gene_id:114788|Hs108|chr8         (3667)  391 86.8 3.1e-16
CCDS6315.1 CSMD3 gene_id:114788|Hs108|chr8         (3707)  391 86.8 3.2e-16
CCDS6316.2 CSMD3 gene_id:114788|Hs108|chr8         (3538)  387 86.0 5.2e-16
CCDS31006.1 CD55 gene_id:1604|Hs108|chr1           ( 381)  370 81.7 1.1e-15
CCDS44307.1 CD55 gene_id:1604|Hs108|chr1           ( 440)  370 81.8 1.2e-15
CCDS73022.1 CD55 gene_id:1604|Hs108|chr1           ( 444)  370 81.8 1.2e-15
CCDS1388.1 F13B gene_id:2165|Hs108|chr1            ( 661)  369 81.8 1.8e-15
CCDS1484.1 CD46 gene_id:4179|Hs108|chr1            ( 355)  363 80.3 2.6e-15
CCDS1485.1 CD46 gene_id:4179|Hs108|chr1            ( 392)  363 80.4 2.8e-15
CCDS1482.1 CD46 gene_id:4179|Hs108|chr1            ( 399)  363 80.4 2.9e-15
CCDS1385.1 CFH gene_id:3075|Hs108|chr1             (1231)  361 80.5 8.3e-15
CCDS1478.1 CR2 gene_id:1380|Hs108|chr1             (1033)  357 79.6 1.3e-14
CCDS31007.1 CR2 gene_id:1380|Hs108|chr1            (1092)  351 78.5 2.9e-14
CCDS380.1 CSMD2 gene_id:114784|Hs108|chr1          (3487)  356 79.9 3.4e-14
CCDS44310.1 CR1L gene_id:1379|Hs108|chr1           ( 569)  327 73.5 4.7e-13
CCDS60082.1 CSMD2 gene_id:114784|Hs108|chr1        (3631)  323 73.5   3e-12
CCDS1479.1 CD46 gene_id:4179|Hs108|chr1            ( 349)  285 65.2 9.5e-11
CCDS31009.1 CD46 gene_id:4179|Hs108|chr1           ( 362)  285 65.2 9.8e-11
CCDS1481.1 CD46 gene_id:4179|Hs108|chr1            ( 369)  285 65.2 9.9e-11


>>CCDS11663.1 APOH gene_id:350|Hs108|chr17                (345 aa)
 initn: 2474 init1: 2474 opt: 2474  Z-score: 2606.4  bits: 490.7 E(32554): 7.4e-139
Smith-Waterman score: 2474; 99.7% identity (100.0% similar) in 345 aa overlap (1-345:1-345)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MISPVLILFSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLKTFYEPGEEITYSCKPGYVSRGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MISPVLILFSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLKTFYEPGEEITYSCKPGYVSRGG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 MRKFICPLTGLWPINTLKCTPRVCPFAGILENGAVRYTTFEYPNTISFSCNTGFYLNGAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MRKFICPLTGLWPINTLKCTPRVCPFAGILENGAVRYTTFEYPNTISFSCNTGFYLNGAD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 SAKCTEEGKWSPELPVCAPIICPPPSIPTFATLRVYKPSAGNNSLYRDTAVFECLPQHAM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SAKCTEEGKWSPELPVCAPIICPPPSIPTFATLRVYKPSAGNNSLYRDTAVFECLPQHAM
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 FGNDTITCTTHGNWTKLPECREVKCPFPSRPDNGFVNYPAKPTLYYKDKATFGCHDGYSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 FGNDTITCTTHGNWTKLPECREVKCPFPSRPDNGFVNYPAKPTLYYKDKATFGCHDGYSL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 DGPEEIECTKLGNWSAMPSCKASCKLPVKKATVVYQGERVKIQEKFKNGMLHGDKVSFFC
       :::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DGPEEIECTKLGNWSAMPSCKASCKVPVKKATVVYQGERVKIQEKFKNGMLHGDKVSFFC
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340     
pF1KB6 KNKEKKCSYTEDAQCIDGTIEVPKCFKEHSSLAFWKTDASDVKPC
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KNKEKKCSYTEDAQCIDGTIEVPKCFKEHSSLAFWKTDASDVKPC
              310       320       330       340     

>>CCDS1282.1 SELP gene_id:6403|Hs108|chr1                 (830 aa)
 initn: 391 init1: 196 opt: 456  Z-score: 481.3  bits: 98.8 E(32554): 1.7e-20
Smith-Waterman score: 456; 30.8% identity (56.7% similar) in 263 aa overlap (13-264:318-572)

                                 10        20        30        40  
pF1KB6                   MISPVLILFSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLKTFYE
                                     .:. :.  .    :..  .. : :: .:  
CCDS12 CSFSCEEGFALVGPEVVQCTASGVWTAPAPVCK-AVQCQHLEAPSEGTMDCVHPLTAF-A
       290       300       310       320        330       340      

             50        60        70             80        90       
pF1KB6 PGEEITYSCKPGYVSRGGMRKFICPLTGLW--PINT---LKCTPRVCPFAGILENGAVRY
        :    . :.:::  :: .  . :  .: :  :. :   ..: :   :  : .. .    
CCDS12 YGSSCKFECQPGYRVRG-LDMLRCIDSGHWSAPLPTCEAISCEPLESPVHGSMDCSP-SL
         350       360        370       380       390       400    

       100       110       120       130       140       150       
pF1KB6 TTFEYPNTISFSCNTGFYLNGADSAKCTEEGKWSPELPVCAPIICPPPSIPTFATLRVYK
        .:.: .. :: :  ::.: ::: ..: . :.:.   :::  . :    .:. : .   .
CCDS12 RAFQYDTNCSFRCAEGFMLRGADIVRCDNLGQWTAPAPVCQALQCQDLPVPNEARVNCSH
           410       420       430       440       450       460   

       160       170       180       190        200        210     
pF1KB6 PSAGNNSLYRDTAVFECLPQHAMFGNDTITCTTHGNWTKLP-ECREVKC-PFPSRPDNGF
       : ..    :...  : :     . : ... : . :::...: ::. . : :. : :.:: 
CCDS12 PFGAFR--YQSVCSFTCNEGLLLVGASVLQCLATGNWNSVPPECQAIPCTPLLS-PQNGT
             470       480       490       500       510        520

         220         230       240       250        260        270 
pF1KB6 VNYPAKP--TLYYKDKATFGCHDGYSLDGPEEIECTKLGNWS-AMPSCKA-SCKLPVKKA
       ..  ..:  .  ::.   : : .::::.:::...::. : :. . : :.: .:       
CCDS12 MTC-VQPLGSSSYKSTCQFICDEGYSLSGPERLDCTRSGRWTDSPPMCEAIKCPELFAPE
               530       540       550       560       570         

             280       290       300       310       320       330 
pF1KB6 TVVYQGERVKIQEKFKNGMLHGDKVSFFCKNKEKKCSYTEDAQCIDGTIEVPKCFKEHSS
                                                                   
CCDS12 QGSLDCSDTRGEFNVGSTCHFSCDNGFKLEGPNNVECTTSGRWSATPPTCKGIASLPTPG
     580       590       600       610       620       630         

>>CCDS1477.1 C4BPA gene_id:722|Hs108|chr1                 (597 aa)
 initn: 285 init1: 120 opt: 431  Z-score: 456.9  bits: 93.8 E(32554): 4e-19
Smith-Waterman score: 431; 30.7% identity (53.7% similar) in 270 aa overlap (17-267:45-303)

                             10        20        30           40   
pF1KB6               MISPVLILFSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPL---KTFYEP
                                     :. : .:  :  : :.. . .   .: .. 
CCDS14 RKMAAWPFSRLWKVSDPILFQMTLIAALLPAVLG-NCGPPPTLSFAAPMDITLTETRFKT
           20        30        40         50        60        70   

            50        60        70        80        90        100  
pF1KB6 GEEITYSCKPGYVSRGGMRKFICPLTGLWPINTLKCTPRVCPFAGILENGAVRYTT-FEY
       :  . :.: ::::   . . . :   : :  ::. :  . :   : :.:: :.  : . .
CCDS14 GTTLKYTCLPGYVRSHSTQTLTCNSDGEWVYNTF-CIYKRCRHPGELRNGQVEIKTDLSF
            80        90       100        110       120       130  

            110       120          130       140        150        
pF1KB6 PNTISFSCNTGFYLNGADSAKCTEEGK---WSPELPVCAPIIC-PPPSIPTFATLRVYKP
        . : :::. ::.: :. ...:  . .   ::  :: :  . : :::.:      :  . 
CCDS14 GSQIEFSCSEGFFLIGSTTSRCEVQDRGVGWSHPLPQCEIVKCKPPPDI------RNGRH
            140       150       160       170       180            

      160        170       180           190        200       210  
pF1KB6 SAGNNSL-YRDTAVFECLPQHAMFGNDTITCT----THGNWTKLPE-CREVKCPFPSRPD
       :. .:   :  .... : :. ...:. .:.::    : : :   :  :... :    .::
CCDS14 SGEENFYAYGFSVTYSCDPRFSLLGHASISCTVENETIGVWRPSPPTCEKITC---RKPD
        190       200       210       220       230          240   

              220       230       240       250        260         
pF1KB6 --NGFVNYPAKPTLYYKDKATFGCHDGYSLDGPEEIECTKLGNWS-AMPSCKA-SC-KLP
         .: .     :   :::  .: :. :. : :   :.:   ..:. . :.:.  :: .::
CCDS14 VSHGEMVSGFGPIYNYKDTIVFKCQKGFVLRGSSVIHCDADSKWNPSPPACEPNSCINLP
           250       260       270       280       290       300   

       270       280       290       300       310       320       
pF1KB6 VKKATVVYQGERVKIQEKFKNGMLHGDKVSFFCKNKEKKCSYTEDAQCIDGTIEVPKCFK
                                                                   
CCDS14 DIPHASWETYPRPTKEDVYVVGTVLRYRCHPGYKPTTDEPTTVICQKNLRWTPYQGCEAL
           310       320       330       340       350       360   

>>CCDS1283.1 SELE gene_id:6401|Hs108|chr1                 (610 aa)
 initn: 454 init1: 158 opt: 427  Z-score: 452.5  bits: 93.0 E(32554): 6.9e-19
Smith-Waterman score: 427; 27.0% identity (54.8% similar) in 341 aa overlap (9-333:169-497)

                                     10        20        30        
pF1KB6                       MISPVLILFSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLK
                                     ::.. :.  .   .  .:.   .    :: 
CCDS12 YTAACTNTSCSGHGECVETINNYTCKCDPGFSGLKCEQIVNCTALESPEHGSLVCSHPLG
      140       150       160       170       180       190        

       40         50        60        70             80        90  
pF1KB6 TF-YEPGEEITYSCKPGYVSRGGMRKFICPLTGLW--PI---NTLKCTPRVCPFAGILEN
       .: :. .  :  ::  ::.  ..:. . :  .: :  ::   :...:   . :  :..: 
CCDS12 NFSYNSSCSI--SCDRGYLP-SSMETMQCMSSGEWSAPIPACNVVECDAVTNPANGFVEC
      200         210        220       230       240       250     

            100       110       120       130       140       150  
pF1KB6 GAVRYTTFEYPNTISFSCNTGFYLNGADSAKCTEEGKWSPELPVCAPIICPPPSIPTFAT
             .: . .: .:.:. :: : ::.: .::  :.:. : :.:  . :     :  ..
CCDS12 FQ-NPGSFPWNTTCTFDCEEGFELMGAQSLQCTSSGNWDNEKPTCKAVTCRAVRQPQNGS
          260       270       280       290       300       310    

            160       170       180       190        200       210 
pF1KB6 LRVYKPSAGNNSLYRDTAVFECLPQHAMFGNDTITCTTHGNWTK-LPECREVKCPFPSRP
       .:  .  ::. . ....  : :     . :   . :::.:.::. .: :.  .:   : :
CCDS12 VRCSHSPAGEFT-FKSSCNFTCEEGFMLQGPAQVECTTQGQWTQQIPVCEAFQCTALSNP
          320        330       340       350       360       370   

               220       230       240       250        260        
pF1KB6 DNGFVN-YP-AKPTLYYKDKATFGCHDGYSLDGPEEIECTKLGNW-SAMPSCKASCKLPV
       . :..:  : :. .. : ..  :.:..:. : : ....:   :.: .  :.:.:      
CCDS12 ERGYMNCLPSASGSFRYGSSCEFSCEQGFVLKGSKRLQCGPTGEWDNEKPTCEAV-----
           380       390       400       410       420             

      270         280       290       300       310          320   
pF1KB6 KKATVVYQGER--VKIQEKFKNGMLHGDKVSFFCKNKEKKCSYTEDAQCIDG---TIEVP
        .  .:.:  .  :.  ..  . . . .. .: :..  .  . :.  .: .    : :::
CCDS12 -RCDAVHQPPKGLVRCAHSPIGEFTYKSSCAFSCEEGFELHGSTQ-LECTSQGQWTEEVP
       430       440       450       460       470        480      

            330       340                                          
pF1KB6 KC-FKEHSSLAFWKTDASDVKPC                                     
       .:   . ::::                                                 
CCDS12 SCQVVKCSSLAVPGKINMSCSGEPVFGTVCKFACPEGWTLNGSAARTCGATGHWSGLLPT
        490       500       510       520       530       540      

>>CCDS48004.1 SVEP1 gene_id:79987|Hs108|chr9              (3571 aa)
 initn: 591 init1: 192 opt: 433  Z-score: 449.2  bits: 94.9 E(32554): 1.1e-18
Smith-Waterman score: 451; 28.3% identity (50.8% similar) in 315 aa overlap (23-329:2264-2555)

                       10        20        30        40        50  
pF1KB6         MISPVLILFSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLKTFYEPGEEITYSCK
                                     : ::   :...       .: : .. . :.
CCDS48 GYKSVGSPVFVCQANRHWHSESPLMCVPLDCGKPP--PIQNGFMKGENFEVGSKVQFFCN
          2240      2250      2260        2270      2280      2290 

             60        70         80        90       100       110 
pF1KB6 PGYVSRGGMRKFICPLTGLWPINTL-KCTPRVCPFAGILENGAVRYTTFEYPNTISFSCN
        ::   :   .. :  .: :  ..  :: :  ::   .:::  :        ....:::.
CCDS48 EGYELVGD-SSWTCQKSGKWNKKSNPKCMPAKCPEPPLLENQLVLKELTTEVGVVTFSCK
             2300      2310      2320      2330      2340      2350

             120       130       140       150       160       170 
pF1KB6 TGFYLNGADSAKCTEEGKWSPELPVCAPIICPPPSIPTFATLRVYKPSAGNNSLYRDTAV
        :  :.: .  ::    .:.  .:::  ..: :: . .:.   :  ::.. .  . .:. 
CCDS48 EGHVLQGPSVLKCLPSQQWNDSFPVCKIVLCTPPPLISFG---VPIPSSALH--FGSTVK
             2360      2370      2380      2390           2400     

             180       190        200       210       220       230
pF1KB6 FECLPQHAMFGNDTITCTTHGNWTK-LPECREVKCPFPSRPDNGFVNYPAKPTLYYKDKA
       . :.    . ::.:  :   :.:.. ::::  :.:: : .  ::...  .   : : . :
CCDS48 YSCVGGFFLRGNSTTLCQPDGTWSSPLPECVPVECPQPEEIPNGIIDVQG---LAYLSTA
        2410      2420      2430      2440      2450         2460  

              240       250        260        270       280        
pF1KB6 TFGCHDGYSLDGPEEIECTKLGNW-SAMPSCKA-SCKLPVKKATVVYQGERVKIQEKFKN
        . :. :. : :     : . :.: .. :.:::  :  : .    . .:       ::. 
CCDS48 LYTCKPGFELVGNTTTLCGENGHWLGGKPTCKAIECLKPKE----ILNG-------KFSY
           2470      2480      2490      2500                 2510 

      290        300       310          320       330       340    
pF1KB6 GMLH-GDKVSFFCKNKEKKCSYTEDAQCI---DGTIEVPKCFKEHSSLAFWKTDASDVKP
         :: :. :.. : :.  .        :.   :  ...:.:   :               
CCDS48 TDLHYGQTVTYSC-NRGFRLEGPSALTCLETGDWDVDAPSCNAIHCDSPQPIENGFVEGA
            2520       2530      2540      2550      2560      2570

                                                                   
pF1KB6 C                                                           
                                                                   
CCDS48 DYSYGAIIIYSCFPGFQVAGHAMQTCEESGWSSSIPTCMPIDCGLPPHIDFGDCTKLKDD
             2580      2590      2600      2610      2620      2630

>--
 initn: 506 init1: 163 opt: 443  Z-score: 459.7  bits: 96.9 E(32554): 2.8e-19
Smith-Waterman score: 443; 27.8% identity (53.6% similar) in 302 aa overlap (22-318:3240-3525)

                        10        20        30        40        50 
pF1KB6          MISPVLILFSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLKTFYEPGEEITYSC
                                     .: ::..   . ::  :  .:    : :.:
CCDS48 GYTFEGVNISVCQLDGTWEPPFSDESCSPVSCGKPESPEHGFVVGSKYTFES--TIIYQC
    3210      3220      3230      3240      3250      3260         

              60        70        80        90       100       110 
pF1KB6 KPGYVSRGGMRKFICPLTGLWPINTLKCTPRVCPFAGILENGAVRYTTFEYPNTISFSCN
       .:::  .:. :. .:  .  :  ..  :    :     . :: .   .     .. .:::
CCDS48 EPGYELEGN-RERVCQENRQWSGGVAICKETRCETPLEFLNGKADIENRTTGPNVVYSCN
      3270       3280      3290      3300      3310      3320      

             120       130       140        150       160       170
pF1KB6 TGFYLNGADSAKCTEEGKWSPELPVCAPIICPPP-SIPTFATLRVYKPSAGNNSLYRDTA
        :. :.: . :.:::.: ::  .:.: :  :: :  ::  : :       ... .: :  
CCDS48 RGYSLEGPSEAHCTENGTWSHPVPLCKPNPCPVPFVIPENALL-------SEKEFYVDQN
       3330      3340      3350      3360             3370         

               180       190        200       210       220        
pF1KB6 V-FECLPQHAMFGNDTITCTTHGNWTKLP-ECREVKCPFPSRPDNGFVNYPAKPTLY-YK
       : ..:     . :.  :::.   .::.   .:....:  :.. .:..    :. . : : 
CCDS48 VSIKCREGFLLQGHGIITCNPDETWTQTSAKCEKISCGPPAHVENAI----ARGVHYQYG
    3380      3390      3400      3410      3420          3430     

       230       240       250       260       270       280       
pF1KB6 DKATFGCHDGYSLDGPEEIECTKLGNWSAMPSCKASCKLPVKKATVVYQGERVKIQEKFK
       :  :..:..:: :.:  .  : . :.:.. : :.: :..: ... .  . .  .  : . 
CCDS48 DMITYSCYSGYMLEGFLRSVCLENGTWTSPPICRAVCRFPCQNGGICQRPNACSCPEGWM
        3440      3450      3460      3470      3480      3490     

       290        300       310       320       330       340      
pF1KB6 NGMLHGDKVSFF-CKNKEKKCSYTEDAQCIDGTIEVPKCFKEHSSLAFWKTDASDVKPC 
        : :  . . .. : :   .:    . .:  :                            
CCDS48 -GRLCEEPICILPCLNG-GRCVAPYQCDCPPGWTGSRCHTAVCQSPCLNGGKCVRPNRCH
         3500      3510       3520      3530      3540      3550   

CCDS48 CLSSWTGHNCSRKRRTGF
          3560      3570 

>--
 initn: 667 init1: 171 opt: 440  Z-score: 456.5  bits: 96.3 E(32554): 4.2e-19
Smith-Waterman score: 440; 27.7% identity (48.9% similar) in 329 aa overlap (22-338:2774-3084)

                        10        20        30        40        50 
pF1KB6          MISPVLILFSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLKTFYEPGEEITYSC
                                     .: ::. .  ...    . :     . : :
CCDS48 KPGHILAGSDLRLCLENRKWSGASPRCEAISCKKPNPVMNGSIK--GSNYTYLSTLYYEC
          2750      2760      2770      2780        2790      2800 

              60        70        80        90       100       110 
pF1KB6 KPGYVSRGGMRKFICPLTGLWPINTLKCTPRVCPFAGILENGAVRYTTFEYPNTISFSCN
        ::::  :  :.  :     :  .   : :  :    .  :: ::   . . . : ..::
CCDS48 DPGYVLNGTERR-TCQDDKNWDEDEPICIPVDCSSPPVSANGQVRGDEYTFQKEIEYTCN
            2810       2820      2830      2840      2850      2860

             120       130       140       150       160       170 
pF1KB6 TGFYLNGADSAKCTEEGKWSPELPVCAPIICPPPSIPTFATLRVYKPSAGNNSLYRDTAV
        :: :.:: :  :  .:.::   : :.:. :  :  : .:.      . : .  .   ..
CCDS48 EGFLLEGARSRVCLANGSWSGATPDCVPVRCATP--PQLAN----GVTEGLDYGFMKEVT
             2870      2880      2890            2900      2910    

             180       190        200       210       220       230
pF1KB6 FECLPQHAMFGNDTITCTTHGNW-TKLPECREVKCPFPSRPDNGFVNYPAKPTLYYKDKA
       :.:   . . :   .:: . ::: ...: :. :.:  :    .::   :   .. .  . 
CCDS48 FHCHEGYILHGAPKLTCQSDGNWDAEIPLCKPVNCGPPEDLAHGF---PNGFSFIHGGHI
         2920      2930      2940      2950         2960      2970 

              240       250        260        270            280   
pF1KB6 TFGCHDGYSLDGPEEIECTKLGNWS-AMPSC-KASCKLPVKKATVVYQ-----GERVKIQ
        . :  ::.: :    .: . :.:: . :::    :. :: .  .:       :. ..::
CCDS48 QYQCFPGYKLHGNSSRRCLSNGSWSGSSPSCLPCRCSTPVIEYGTVNGTDFDCGKAARIQ
            2980      2990      3000      3010      3020      3030 

           290       300          310       320        330         
pF1KB6 EKFKNGMLHGDKVSFFCKNKEKKCS---YTEDAQCIDGTIE-VPKCFKEHSSLAFWKTDA
         ::.  : : .  . :.   .  :   . : ..:  :..  .:. :  ..:   :: . 
CCDS48 C-FKGFKLLGLS-EITCEADGQWSSGFPHCEHTSC--GSLPMIPNAFISETS--SWKENV
             3040       3050      3060        3070        3080     

     340                                                           
pF1KB6 SDVKPC                                                      
                                                                   
CCDS48 ITYSCRSGYVIQGSSDLICTEKGVWSQPYPVCEPLSCGSPPSVANAVATGEAHTYESEVK
        3090      3100      3110      3120      3130      3140     

>>CCDS55189.1 CSMD1 gene_id:64478|Hs108|chr8              (3564 aa)
 initn: 869 init1: 210 opt: 414  Z-score: 429.2  bits: 91.2 E(32554): 1.4e-17
Smith-Waterman score: 421; 27.8% identity (52.9% similar) in 295 aa overlap (39-326:2576-2855)

       10        20        30        40        50        60        
pF1KB6 FSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLKTFYEPGEEITYSCKPGYVSRGGMRKFICPL
                                     .. : : ..  ::.:::  .:  : . :  
CCDS55 KGKPPTCKPVACPSIEAQLSEHVIWRLVSGSLNEYGAQVLLSCSPGYYLEG-WRLLRCQA
        2550      2560      2570      2580      2590       2600    

       70        80          90       100       110       120      
pF1KB6 TGLWPINTLKCTPRV--CPFAGILENGAVRYTTFEYPNTISFSCNTGFYLNGADSAKCTE
       .: : :.  . . ::  :   ..  ::    :   :  :  :.::::. : :.   .:  
CCDS55 NGTWNIGDERPSCRVISCGSLSFPPNGNKIGTLTVYGATAIFTCNTGYTLVGSHVRECLA
         2610      2620      2630      2640      2650      2660    

        130       140       150       160       170       180      
pF1KB6 EGKWSPELPVCAPIICPPPSIPTFATLRVYKPSAGNNSLYRDTAVFECLPQHAMFGNDTI
       .: ::     :    :  :. :      :    .:..  ::::.:..: :   . :... 
CCDS55 NGLWSGSETRCLAGHCGSPD-PI-----VNGHISGDGFSYRDTVVYQCNPGFRLVGTSVR
         2670      2680            2690      2700      2710        

        190        200       210       220       230       240     
pF1KB6 TCTTHGNWT-KLPECREVKCPFPSRPDNGFVNYPAKPTLYYKDKATFGCHDGYSLDGPEE
        :    .:. . : :  . :  :. : .::.:      .  .: ..: :. :: :.:  .
CCDS55 ICLQDHKWSGQTPVCVPITCGHPGNPAHGFTN---GSEFNLNDVVNFTCNTGYLLQGVSR
     2720      2730      2740      2750         2760      2770     

         250        260        270       280       290       300   
pF1KB6 IECTKLGNWSA-MPSCKA-SCKLPVKKATVVYQGERVKIQEKFKNGMLHGDKVSFFCKNK
        .: . :.::. .:.:.. .:. :    ... .:.. .. :.:. ::    .. . ::. 
CCDS55 AQCRSNGQWSSPLPTCRVVNCSDPGFVENAIRHGQQ-NFPESFEYGM----SILYHCKKG
        2780      2790      2800      2810       2820          2830

           310       320         330       340                     
pF1KB6 EKKCSYTEDAQCIDGTIE--VPKCFKEHSSLAFWKTDASDVKPC                
           . .  .   .:  .  .:::.                                   
CCDS55 FYLLGSSALTCMANGLWDRSLPKCLAISCGHPGVPANAVLTGELFTYGAVVHYSCRGSES
             2840      2850      2860      2870      2880      2890

>--
 initn: 423 init1: 186 opt: 390  Z-score: 404.0  bits: 86.6 E(32554): 3.5e-16
Smith-Waterman score: 395; 26.7% identity (53.9% similar) in 258 aa overlap (47-301:3001-3244)

         20        30        40        50        60        70      
pF1KB6 AIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLKTFYEPGEEITYSCKPGYVSRGGMRKFICPLTGLWPINT
                                     . :.:  :: . : : .  :  .: :  ..
CCDS55 PVCEAVSCGNPGTPTNGMIVSSDGILFSSSVIYACWEGYKTSGLMTRH-CTANGTWTGTA
             2980      2990      3000      3010       3020         

         80        90       100       110       120         130    
pF1KB6 LKCTPRVCPFAGILENGAVRYTTFEYPNTISFSCNTGFYLNGADSA--KCTEEGKWSPEL
         ::   :   : : ::    : : . .:.:..:: :. .... ::  .::..:.:.:  
CCDS55 PDCTIISCGDPGTLANGIQFGTDFTFNKTVSYQCNPGYVMEAVTSATIRCTKDGRWNPSK
    3030      3040      3050      3060      3070      3080         

          140       150       160       170       180       190    
pF1KB6 PVCAPIICPPPSIPTFATLRVYKPSAGNNSLYRDTAVFECLPQHAMFGNDTITCTTHGNW
       :::  ..:: :  :   .  :     :..  . ..  . :.  . .  .  ..:  .: :
CCDS55 PVCKAVLCPQP--PPVQNGTV----EGSDFRWGSSISYSCMDGYQLSHSAILSCEGRGVW
    3090      3100            3110      3120      3130      3140   

           200       210       220       230       240       250   
pF1KB6 T-KLPECREVKCPFPSRPDNGFVNYPAKPTLYYKDKATFGCHDGYSLDGPEEIECTKLGN
         ..:.:  : :  :. : .: ..     .. ::... : :.. . : :  .  :   :.
CCDS55 KGEIPQCLPVFCGDPGIPAEGRLS---GKSFTYKSEVFFQCKSPFILVGSSRRVCQADGT
          3150      3160         3170      3180      3190      3200

           260       270       280       290       300       310   
pF1KB6 WSAMPSCKASCKLPVKKATVVYQGERVKIQEKFKNGMLHGDKVSFFCKNKEKKCSYTEDA
       ::..   . .:  :....       .  ::.. . :.  :. : : :.            
CCDS55 WSGI---QPTCIDPAHNTCPDPGTPHFGIQNSSR-GYEVGSTVFFRCRKGYHIQGSTTRT
                3210      3220      3230       3240      3250      

           320       330       340                                 
pF1KB6 QCIDGTIEVPKCFKEHSSLAFWKTDASDVKPC                            
                                                                   
CCDS55 CLANLTWSGIQTECIPHACRQPETPAHADVRAIDLPTFGYTLVYTCHPGFFLAGGSEHRT
       3260      3270      3280      3290      3300      3310      

>>CCDS1386.1 CFHR1 gene_id:3078|Hs108|chr1                (330 aa)
 initn: 178 init1:  63 opt: 388  Z-score: 414.9  bits: 85.2 E(32554): 8.6e-17
Smith-Waterman score: 388; 28.8% identity (53.8% similar) in 312 aa overlap (30-327:41-329)

                10        20        30        40        50         
pF1KB6  MISPVLILFSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLKTFYEPGEEITYSCKPGYVS--
                                     ::: :   ..::       :::. ..::  
CCDS13 SRISSVGGEATFCDFPKINHGILYDEEKYKPFSQVPTGEVFY-------YSCEYNFVSPS
               20        30        40        50               60   

        60        70        80        90         100       110     
pF1KB6 RGGMRKFICPLTGLWPINTLKCTPRVCPFAGILENGAVRYT--TFEYPNTISFSCNTGFY
       ..   .. :   :  :  : ::  :.: :  ..:::  . .  :    .:... ::::. 
CCDS13 KSFWTRITCTEEGWSP--TPKCL-RLC-FFPFVENGHSESSGQTHLEGDTVQIICNTGYR
            70          80          90       100       110         

          120       130         140        150       160       170 
pF1KB6 L-NGADSAKCTEEGKWSPELPVC--APIIC-PPPSIPTFATLRVYKPSAGNNSLYRDTAV
       : :. .. .:.:.: ::   : :  .   :  ::.. .   :     .  ..   :    
CCDS13 LQNNENNISCVERG-WSTP-PKCRSTDTSCVNPPTVQNAHILSRQMSKYPSGERVR----
     120       130         140       150       160       170       

             180       190       200         210        220        
pF1KB6 FECLPQHAMFGNDTITCTTHGNWTKLPECREV--KCPFPSRPDNG-FVNYPAKPTLYYKD
       .::   . :::.. . :  .::::. :.:..   ::  :   ::: ....:   ..:   
CCDS13 YECRSPYEMFGDEEVMCL-NGNWTEPPQCKDSTGKCGPPPPIDNGDITSFPL--SVYAPA
           180       190        200       210       220         230

      230        240       250       260       270       280       
pF1KB6 KAT-FGCHDGYSLDGPEEIECTKLGNWSAMPSCKASCKLPVKKATVVYQGERVKIQEKFK
       ... . :.. :.:.: ..: : . :.::  :.:   :   ...  .   .  ..   : :
CCDS13 SSVEYQCQNLYQLEGNKRITC-RNGQWSEPPKCLHPCV--ISREIMENYNIALRWTAKQK
              240       250        260         270       280       

       290       300         310       320       330       340     
pF1KB6 NGMLHGDKVSFFCKN--KEKKCSYTEDAQCIDGTIEVPKCFKEHSSLAFWKTDASDVKPC
         .  :... : ::   . .. :.:  . : :: .: : : :                  
CCDS13 LYLRTGESAEFVCKRGYRLSSRSHTLRTTCWDGKLEYPTCAKR                 
       290       300       310       320       330                 

>>CCDS6317.1 CSMD3 gene_id:114788|Hs108|chr8              (3667 aa)
 initn: 388 init1: 205 opt: 391  Z-score: 404.9  bits: 86.8 E(32554): 3.1e-16
Smith-Waterman score: 398; 27.7% identity (54.3% similar) in 256 aa overlap (18-267:2773-3019)

                            10        20        30        40       
pF1KB6              MISPVLILFSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLKTFYEPGEEI
                                     .::. :  :. .  . :.  .  :.  . .
CCDS63 FTCDLGFMLVGSAVRECLSSGLWSESETRCLAGH-CGIPELIVNGQVIGENYGYR--DTV
           2750      2760      2770       2780      2790           

        50        60        70        80        90       100       
pF1KB6 TYSCKPGYVSRGGMRKFICPLTGLWPINTLKCTPRVCPFAGILENGAVRYTTFEYPNTIS
       .:.:.::.   :.  . ::     :  .  .:.:  :   :    : .  . :.. ....
CCDS63 VYQCNPGFRLIGSSVR-ICQQDHNWSGQLPSCVPVSCGHPGSPIYGRTSGNGFNFNDVVT
    2800      2810       2820      2830      2840      2850        

       110       120       130       140       150       160       
pF1KB6 FSCNTGFYLNGADSAKCTEEGKWSPELPVCAPIICPPPSIPTFATLRVYKPSAGNNSLYR
       :::: :. ..:  .:.:  . .::   :.:  . :  :.::.  . :  :   :: . : 
CCDS63 FSCNIGYLMQGPTKAQCQANRQWSHPPPMCKVVNCSDPGIPA-NSKRESKIEHGNFT-YG
     2860      2870      2880      2890      2900       2910       

       170       180       190        200       210       220      
pF1KB6 DTAVFECLPQHAMFGNDTITCTTHGNWTK-LPECREVKCPFPSRPDNGFVNYPAKPTLYY
        .. ..: : . .::.... :  .:.: : ::::  . :  :. : :. ..   : :  .
CCDS63 TVVFYDCNPGYFLFGSSVLICQPNGQWDKPLPECIMIDCGHPGVPPNAVLS-GEKYT--F
       2920      2930      2940      2950      2960       2970     

        230       240       250        260           270       280 
pF1KB6 KDKATFGCHDGYSLDGPEEIECTKLGNWS-AMPSCKA----SCKLPVKKATVVYQGERVK
        . . ..:    :: :     :   :.:: ..: :..    .:  :              
CCDS63 GSTVHYSCTGKRSLLGQSSRTCQLNGHWSGSQPHCSGDATGTCGDPGTPGHGSRQESNFR
          2980      2990      3000      3010      3020      3030   

             290       300       310       320       330       340 
pF1KB6 IQEKFKNGMLHGDKVSFFCKNKEKKCSYTEDAQCIDGTIEVPKCFKEHSSLAFWKTDASD
                                                                   
CCDS63 TKSTVRYACDTGYILHGSEERTCLANGSWTGRQPECKAVQCGNPGTTANGKVFRIDGTTF
          3040      3050      3060      3070      3080      3090   

>--
 initn: 212 init1: 170 opt: 379  Z-score: 392.3  bits: 84.4 E(32554): 1.6e-15
Smith-Waterman score: 379; 28.8% identity (53.0% similar) in 236 aa overlap (41-267:3149-3374)

               20        30        40        50         60         
pF1KB6 SFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLKTFYEPGEEITYSCKPGYVSR-GGMRKFICPLT
                                     :  :....: :.:::. . .: :   : ..
CCDS63 GTWSGTLPNCTIISCGDPGIPANGLRYGDDYVVGQNVSYMCQPGYTMELNGSRIRTCTIN
     3120      3130      3140      3150      3160      3170        

      70        80        90       100       110       120         
pF1KB6 GLWPINTLKCTPRVCPFAGILENGAVRYTTFEYPNTISFSCNTGFYLNGADSAKCTEEGK
       : :      :   .::    . :: .. :.:..  .::. :. :. :.      :. .: 
CCDS63 GTWSGVMPTCRAVTCPTPPQISNGRLEGTNFDWGFSISYICSPGYELSFPAVLTCVGNGT
     3180      3190      3200      3210      3220      3230        

     130       140       150       160       170       180         
pF1KB6 WSPELPVCAPIICPPPSIPTFATLRVYKPSAGNNSLYRDTAVFECLPQHAMFGNDTITCT
       :: :.: : : .:  :.::.           :.. .:.. . : :     . :..:  : 
CCDS63 WSGEVPQCLPKFCGDPGIPA------QGKREGKSFIYQSEVSFSCNFPFILVGSSTRICQ
     3240      3250            3260      3270      3280      3290  

     190        200          210       220         230       240   
pF1KB6 THGNWT-KLPECRE---VKCPFPSRPDNGFVNYPAKPTLYYK--DKATFGCHDGYSLDGP
       . :.:. . :.: :   ..:  :. : .:  :     :. ..  . . : :. :. :.: 
CCDS63 ADGTWSGSSPHCIEPTQTSCENPGVPRHGSQNN----TFGFQVGSVVQFHCKKGHLLQGS
           3300      3310      3320          3330      3340        

           250        260        270       280       290       300 
pF1KB6 EEIECTKLGNWSAM-PSC-KASCKLPVKKATVVYQGERVKIQEKFKNGMLHGDKVSFFCK
           :    .::.. : :   ::: :                                  
CCDS63 TTRTCLPDLTWSGIQPECIPHSCKQPETPAHANVVGMDLPSHGYTLIYTCQPGFFLAGGT
     3350      3360      3370      3380      3390      3400        

>>CCDS6315.1 CSMD3 gene_id:114788|Hs108|chr8              (3707 aa)
 initn: 388 init1: 205 opt: 391  Z-score: 404.8  bits: 86.8 E(32554): 3.2e-16
Smith-Waterman score: 398; 27.7% identity (54.3% similar) in 256 aa overlap (18-267:2813-3059)

                            10        20        30        40       
pF1KB6              MISPVLILFSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLKTFYEPGEEI
                                     .::. :  :. .  . :.  .  :.  . .
CCDS63 FTCDLGFMLVGSAVRECLSSGLWSESETRCLAGH-CGIPELIVNGQVIGENYGYR--DTV
           2790      2800      2810       2820      2830           

        50        60        70        80        90       100       
pF1KB6 TYSCKPGYVSRGGMRKFICPLTGLWPINTLKCTPRVCPFAGILENGAVRYTTFEYPNTIS
       .:.:.::.   :.  . ::     :  .  .:.:  :   :    : .  . :.. ....
CCDS63 VYQCNPGFRLIGSSVR-ICQQDHNWSGQLPSCVPVSCGHPGSPIYGRTSGNGFNFNDVVT
    2840      2850       2860      2870      2880      2890        

       110       120       130       140       150       160       
pF1KB6 FSCNTGFYLNGADSAKCTEEGKWSPELPVCAPIICPPPSIPTFATLRVYKPSAGNNSLYR
       :::: :. ..:  .:.:  . .::   :.:  . :  :.::.  . :  :   :: . : 
CCDS63 FSCNIGYLMQGPTKAQCQANRQWSHPPPMCKVVNCSDPGIPA-NSKRESKIEHGNFT-YG
     2900      2910      2920      2930      2940       2950       

       170       180       190        200       210       220      
pF1KB6 DTAVFECLPQHAMFGNDTITCTTHGNWTK-LPECREVKCPFPSRPDNGFVNYPAKPTLYY
        .. ..: : . .::.... :  .:.: : ::::  . :  :. : :. ..   : :  .
CCDS63 TVVFYDCNPGYFLFGSSVLICQPNGQWDKPLPECIMIDCGHPGVPPNAVLS-GEKYT--F
       2960      2970      2980      2990      3000       3010     

        230       240       250        260           270       280 
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        . . ..:    :: :     :   :.:: ..: :..    .:  :              
CCDS63 GSTVHYSCTGKRSLLGQSSRTCQLNGHWSGSQPHCSGDATGTCGDPGTPGHGSRQESNFR
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CCDS63 TKSTVRYACDTGYILHGSEERTCLANGSWTGRQPECKAVQCGNPGTTANGKVFRIDGTTF
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>--
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               20        30        40        50         60         
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                                     :  :....: :.:::. . .: :   : ..
CCDS63 GTWSGTLPNCTIISCGDPGIPANGLRYGDDYVVGQNVSYMCQPGYTMELNGSRIRTCTIN
     3160      3170      3180      3190      3200      3210        

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       : :      :   .::    . :: .. :.:..  .::. :. :. :.      :. .: 
CCDS63 GTWSGVMPTCRAVTCPTPPQISNGRLEGTNFDWGFSISYICSPGYELSFPAVLTCVGNGT
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       :: :.: : : .:  :.::.           :.. .:.. . : :     . :..:  : 
CCDS63 WSGEVPQCLPKFCGDPGIPA------QGKREGKSFIYQSEVSFSCNFPFILVGSSTRICQ
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       . :.:. . :.: :   ..:  :. : .:  :     :. ..  . . : :. :. :.: 
CCDS63 ADGTWSGSSPHCIEPTQTSCENPGVPRHGSQNN----TFGFQVGSVVQFHCKKGHLLQGS
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           :    .::.. : :   ::: :                                  
CCDS63 TTRTCLPDLTWSGIQPECIPHSCKQPETPAHANVVGMDLPSHGYTLIYTCQPGFFLAGGT
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                                     .::. :  :. .  . :.  .  :.  . .
CCDS63 FTCDLGFMLVGSAVRECLSSGLWSESETRCLAGH-CGIPELIVNGQVIGENYGYR--DTV
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pF1KB6 TYSCKPGYVSRGGMRKFICPLTGLWPINTLKCTPRVCPFAGILENGAVRYTTFEYPNTIS
       .:.:.::.   :.  . ::     :  .  .:.:  :   :    : .  . :.. ....
CCDS63 VYQCNPGFRLIGSSVR-ICQQDHNWSGQLPSCVPVSCGHPGSPIYGRTSGNGFNFNDVVT
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pF1KB6 FSCNTGFYLNGADSAKCTEEGKWSPELPVCAPIICPPPSIPTFATLRVYKPSAGNNSLYR
       :::: :. ..:  .:.:  . .::   :.:  . :  :.::.  . :  :   :: . : 
CCDS63 FSCNIGYLMQGPTKAQCQANRQWSHPPPMCKVVNCSDPGIPA-NSKRESKIEHGNFT-YG
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pF1KB6 DTAVFECLPQHAMFGNDTITCTTHGNWTK-LPECREVKCPFPSRPDNGFVNYPAKPTLYY
        .. ..: : . .::.... :  .:.: : ::::  . :  :. : :. ..   : :  .
CCDS63 TVVFYDCNPGYFLFGSSVLICQPNGQWDKPLPECIMIDCGHPGVPPNAVLS-GEKYT--F
      2790      2800      2810      2820      2830       2840      

        230       240       250        260           270       280 
pF1KB6 KDKATFGCHDGYSLDGPEEIECTKLGNWS-AMPSCKA----SCKLPVKKATVVYQGERVK
        . . ..:    :: :     :   :.:: ..: :..    .:  :              
CCDS63 GSTVHYSCTGKRSLLGQSSRTCQLNGHWSGSQPHCSGDATGTCGDPGTPGHGSRQESNFR
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pF1KB6 IQEKFKNGMLHGDKVSFFCKNKEKKCSYTEDAQCIDGTIEVPKCFKEHSSLAFWKTDASD
                                                                   
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>--
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               20        30        40        50         60         
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CCDS63 GTWSGTLPNCTIISCGDPGIPANGLRYGDDYVVGQNVSYMCQPGYTMELNGSRIRTCTIN
    2990      3000      3010      3020      3030      3040         

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pF1KB6 GLWPINTLKCTPRVCPFAGILENGAVRYTTFEYPNTISFSCNTGFYLNGADSAKCTEEGK
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CCDS63 GTWSGVMPTCRAVTCPTPPQISNGRLEGTNFDWGFSISYICSPGYELSFPAVLTCVGNGT
    3050      3060      3070      3080      3090      3100         

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pF1KB6 WSPELPVCAPIICPPPSIPTFATLRVYKPSAGNNSLYRDTAVFECLPQHAMFGNDTITCT
       :: :.: : : .:  :.::.           :.. .:.. . : :     . :..:  : 
CCDS63 WSGEVPQCLPKFCGDPGIPA------QGKREGKSFIYQSEVSFSCNFPFILVGSSTRICQ
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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