seq1 = pF1KB5864.tfa, 1473 bp
seq2 = pF1KB5864/gi568815587f_7152187.tfa (gi568815587f:7152187_7520635), 368449 bp

>pF1KB5864 1473
>gi568815587f:7152187_7520635 (Chr11)

1-145  (100001-100145)   100% ->
146-497  (150853-151204)   99% ->
498-1044  (161209-161755)   100% ->
1045-1165  (263856-263976)   100% ->
1166-1337  (265771-265942)   100% ->
1338-1473  (268320-268455)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCGGGGCCAGGGACGCGCTCTGTCACCAGGCGCTGCAGCTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCGGGGCCAGGGACGCGCTCTGTCACCAGGCGCTGCAGCTGCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGCTCTGTGCCCGTGGGGCCCTGGAGCACGACAGCTGCCAGGATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAGCTCTGTGCCCGTGGGGCCCTGGAGCACGACAGCTGCCAGGATTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTACCACCTGCGGGACCGTGCCAGACCCCGGCTCCGCGACCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100101 TTTACCACCTGCGGGACCGTGCCAGACCCCGGCTCCGCGACCCAGGTG..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    146     ATATCTCAGTGAGCCTGCTGACCCTTGTGGTCACTGCCTGTGGTCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 .CAGATATCTCAGTGAGCCTGCTGACCCTTGTGGTCACTGCCTGTGGTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGCTCTCTTTGGCGTGTCTCTCTTCGTATCTTGGAAACTCTGCTGGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150899 CGCTCTCTTTGGCGTGTCTCTCTTCGTATCTTGGAAACTCTGCTGGGTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGTGGCGAGAACGAGGCCTGCCCTCTGGTAGCAAAGACAACAACCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150949 CGTGGCGAGAACGAGGCCTGCCCTCTGGTAGCAAAGACAACAACCAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCCCTTAACTACATGGACACAGAGACCAATGAGCAGGAGAACAGTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150999 CCCCTTAACTACATGGACACAGAGACCAATGAGCAGGAGAACAGTGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTCCTAGACCCTCCCACGCCCTGCCCTGACTCCTCCATGAAGATCAGCC
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151049 CTTCCTAGATCCTCCCACGCCCTGCCCTGACTCCTCCATGAAGATCAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACACCTCCCCTGACATTCCCCTCTCCACCCAGACGGGGATCCAGGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151099 ACACCTCCCCTGACATTCCCCTCTCCACCCAGACGGGGATCCAGGAGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TGTGCCCATGGCGTCCGCGTGCAGCGCCAAGTCACAGAGCCAACCTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151149 TGTGCCCATGGCGTCCGCGTGCAGCGCCAAGTCACAGAGCCAACCTCGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCCCG         GCATAATTCAATCCGAAGACAACTCAACTTGTCAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151199 GGCCCGGTC...AAGGCATAATTCAATCCGAAGACAACTCAACTTGTCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACCCGGACTTCAATATCCAGCAGCTTCAAAAACAGGAACAGTTGACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161244 ACCCGGACTTCAATATCCAGCAGCTTCAAAAACAGGAACAGTTGACTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATTGGTAGAATTAAACCAGAGTTATATAAGCAGAGGTCATTGGATAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161294 ATTGGTAGAATTAAACCAGAGTTATATAAGCAGAGGTCATTGGATAATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGACGGGAGACGGAGTAACAGCAAGGCTTGTGGGAAACTGAACTTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161344 TGACGGGAGACGGAGTAACAGCAAGGCTTGTGGGAAACTGAACTTCATTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TAAAATATGACTGTGACTTAGAGCAGCTCATAGTGAAGATTCACAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161394 TAAAATATGACTGTGACTTAGAGCAGCTCATAGTGAAGATTCACAAAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GTCAATTTGCCCGCCAAGGACTTTTCTGGGACTTCAGATCCTTATGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161444 GTCAATTTGCCCGCCAAGGACTTTTCTGGGACTTCAGATCCTTATGTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GATCTATTTGCTTCCTGATCGGAAAACAAAACACCAGACTAAAGTTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161494 GATCTATTTGCTTCCTGATCGGAAAACAAAACACCAGACTAAAGTTCACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GAAAGACCCTGAACCCTGTGTTTGATGAAGTGTTTTTATTTCCGGTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161544 GAAAGACCCTGAACCCTGTGTTTGATGAAGTGTTTTTATTTCCGGTTCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TACAATGACCTTGAAGCACGGAAGCTTCACTTCTCTGTGTACGACTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161594 TACAATGACCTTGAAGCACGGAAGCTTCACTTCTCTGTGTACGACTTTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CAGGTTCTCTCGTCATGACTTAATCGGCCAAGTGGTGGTGGATCACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161644 CAGGTTCTCTCGTCATGACTTAATCGGCCAAGTGGTGGTGGATCACTTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TAGACTTGGCTGATTTCCCCAGGGAGTGCATCCTTTGGAAGGATATCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161694 TAGACTTGGCTGATTTCCCCAGGGAGTGCATCCTTTGGAAGGATATCGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TATGTCACCAAT         GACAACGTGGATCTGGGAGAGCTGATGTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 161744 TATGTCACCAATGTG...CAGGACAACGTGGATCTGGGAGAGCTGATGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TTCCCTGTGCTATCTTCCAACGGCTGGCAGGCTGACCATTACCATTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263885 TTCCCTGTGCTATCTTCCAACGGCTGGCAGGCTGACCATTACCATTATAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AAGCAAGGAATTTAAAGGCAATGGACATAACAGGAGCATCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 263935 AAGCAAGGAATTTAAAGGCAATGGACATAACAGGAGCATCAGGTG...CA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1166  ATCCCTATGTGAAAGTCTCGCTGATGTGTGATGGCAGACGACTGAAGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265770 GATCCCTATGTGAAAGTCTCGCTGATGTGTGATGGCAGACGACTGAAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GAGGAAAACATCCACCAAGAGGAACACCTTGAATCCTGTTTACAACGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265820 GAGGAAAACATCCACCAAGAGGAACACCTTGAATCCTGTTTACAACGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 CCATAGTCTTTGATGTCCCTCCCGAGAACATTGACCAAATCCACTTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265870 CCATAGTCTTTGATGTCCCTCCCGAGAACATTGACCAAATCCACTTGTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 ATAGCAGTCATGGACTATGACCG         TGTAGGTCACAATGAGAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 265920 ATAGCAGTCATGGACTATGACCGGTG...CAGTGTAGGTCACAATGAGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CATCGGCGTGTGTCAAGTAGGCAACGAGGCTGAGAGGCTGGGCAGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268338 CATCGGCGTGTGTCAAGTAGGCAACGAGGCTGAGAGGCTGGGCAGAGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 ACTGGAGTGAAATGTTGTCATATCCTCGGAAGCCCATTGCACACTGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268388 ACTGGAGTGAAATGTTGTCATATCCTCGGAAGCCCATTGCACACTGGCAT

   1500     .    :    .
   1456 TCCCTGGTGGAG AAACGA
        ||||||||||||- ||-||
 268438 TCCCTGGTGGAGGTAA GA