Result of FASTA (ccds) for pF1KB5787
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5787, 829 aa
  1>>>pF1KB5787 829 - 829 aa - 829 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0587+/-0.000904; mu= 16.7987+/- 0.054
 mean_var=82.6072+/-16.285, 0's: 0 Z-trim(107.3): 190  B-trim: 0 in 0/53
 Lambda= 0.141112
 statistics sampled from 9314 (9510) to 9314 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.657), E-opt: 0.2 (0.292), width:  16
 Scan time:  4.220

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS10868.1 CDH3 gene_id:1001|Hs108|chr16          ( 829) 5560 1142.2       0
CCDS82004.1 CDH3 gene_id:1001|Hs108|chr16          ( 784) 5098 1048.1       0
CCDS10869.1 CDH1 gene_id:999|Hs108|chr16           ( 882) 3045 630.2 4.6e-180
CCDS77172.1 CDH2 gene_id:1000|Hs108|chr18          ( 875) 1495 314.7 4.5e-85
CCDS11891.1 CDH2 gene_id:1000|Hs108|chr18          ( 906) 1495 314.7 4.6e-85
CCDS58784.1 CDH4 gene_id:1002|Hs108|chr20          ( 842) 1469 309.4 1.7e-83
CCDS13488.1 CDH4 gene_id:1002|Hs108|chr20          ( 916) 1469 309.4 1.8e-83
CCDS10976.1 CDH15 gene_id:1013|Hs108|chr16         ( 814) 1249 264.6   5e-70
CCDS32810.1 DSC3 gene_id:1825|Hs108|chr18          ( 896) 1234 261.5 4.5e-69
CCDS58486.1 CDH13 gene_id:1012|Hs108|chr16         ( 713) 1210 256.6 1.1e-67
CCDS58485.1 CDH13 gene_id:1012|Hs108|chr16         ( 760) 1210 256.6 1.2e-67
CCDS11893.1 DSC2 gene_id:1824|Hs108|chr18          ( 847) 1201 254.8 4.5e-67
CCDS11892.1 DSC2 gene_id:1824|Hs108|chr18          ( 901) 1201 254.8 4.8e-67
CCDS11895.1 DSC1 gene_id:1823|Hs108|chr18          ( 840) 1176 249.7 1.5e-65
CCDS11894.1 DSC1 gene_id:1823|Hs108|chr18          ( 894) 1176 249.7 1.6e-65
CCDS58487.1 CDH13 gene_id:1012|Hs108|chr16         ( 674) 1124 239.1   2e-62
CCDS82005.1 CDH1 gene_id:999|Hs108|chr16           ( 821) 1050 224.0 7.9e-58
CCDS13485.1 CDH26 gene_id:60437|Hs108|chr20        ( 832)  931 199.8 1.6e-50
CCDS42423.1 DSG2 gene_id:1829|Hs108|chr18          (1118)  901 193.8 1.4e-48
CCDS11897.1 DSG4 gene_id:147409|Hs108|chr18        (1040)  887 190.9 9.5e-48
CCDS45845.1 DSG4 gene_id:147409|Hs108|chr18        (1059)  887 190.9 9.6e-48
CCDS11896.1 DSG1 gene_id:1828|Hs108|chr18          (1049)  814 176.1 2.8e-43
CCDS54835.1 CDH18 gene_id:1016|Hs108|chr5          ( 574)  784 169.8 1.2e-41
CCDS75229.1 CDH18 gene_id:1016|Hs108|chr5          ( 575)  784 169.8 1.2e-41
CCDS81993.1 CDH11 gene_id:1009|Hs108|chr16         ( 693)  784 169.9 1.4e-41
CCDS11898.1 DSG3 gene_id:1830|Hs108|chr18          ( 999)  779 168.9 3.8e-41
CCDS59325.1 CDH19 gene_id:28513|Hs108|chr18        ( 490)  657 143.9 6.2e-34
CCDS3894.1 CDH6 gene_id:1004|Hs108|chr5            ( 790)  582 128.8 3.7e-29
CCDS3892.1 CDH10 gene_id:1008|Hs108|chr5           ( 788)  566 125.5 3.5e-28
CCDS3893.1 CDH9 gene_id:1007|Hs108|chr5            ( 789)  552 122.7 2.5e-27
CCDS11993.1 CDH7 gene_id:1005|Hs108|chr18          ( 785)  520 116.1 2.3e-25
CCDS81992.1 CDH11 gene_id:1009|Hs108|chr16         ( 670)  517 115.5 3.1e-25
CCDS10803.1 CDH11 gene_id:1009|Hs108|chr16         ( 796)  517 115.5 3.6e-25
CCDS82991.1 CDH12 gene_id:1010|Hs108|chr5          ( 754)  504 112.9 2.1e-24
CCDS3890.1 CDH12 gene_id:1010|Hs108|chr5           ( 794)  504 112.9 2.2e-24
CCDS11994.1 CDH19 gene_id:28513|Hs108|chr18        ( 772)  498 111.7 5.1e-24
CCDS10802.1 CDH8 gene_id:1006|Hs108|chr16          ( 799)  486 109.2 2.8e-23
CCDS3889.1 CDH18 gene_id:1016|Hs108|chr5           ( 790)  485 109.0 3.2e-23
CCDS58472.1 CDH16 gene_id:1014|Hs108|chr16         ( 732)  483 108.6   4e-23
CCDS3732.3 FAT4 gene_id:79633|Hs108|chr4           (4981)  489 110.2 8.9e-23
CCDS75348.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5        ( 863)  410 93.8 1.4e-18
CCDS4261.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5         ( 934)  410 93.8 1.5e-18
CCDS11977.1 CDH20 gene_id:28316|Hs108|chr18        ( 801)  408 93.3 1.7e-18
CCDS54919.1 PCDHA8 gene_id:56140|Hs108|chr5        ( 950)  403 92.4   4e-18
CCDS55462.1 PCDH19 gene_id:57526|Hs108|chrX        (1148)  394 90.6 1.7e-17
CCDS81769.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13         (1032)  392 90.1   2e-17
CCDS81770.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13         (1195)  392 90.2 2.3e-17
CCDS9443.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13          (1203)  392 90.2 2.3e-17
CCDS9444.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13          (1237)  392 90.2 2.4e-17
CCDS47177.1 FAT1 gene_id:2195|Hs108|chr4           (4588)  387 89.4 1.5e-16


>>CCDS10868.1 CDH3 gene_id:1001|Hs108|chr16               (829 aa)
 initn: 5560 init1: 5560 opt: 5560  Z-score: 6113.7  bits: 1142.2 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5560; 100.0% identity (100.0% similar) in 829 aa overlap (1-829:1-829)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MGLPRGPLASLLLLQVCWLQCAASEPCRAVFREAEVTLEAGGAEQEPGQALGKVFMGCPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MGLPRGPLASLLLLQVCWLQCAASEPCRAVFREAEVTLEAGGAEQEPGQALGKVFMGCPG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 QEPALFSTDNDDFTVRNGETVQERRSLKERNPLKIFPSKRILRRHKRDWVVAPISVPENG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QEPALFSTDNDDFTVRNGETVQERRSLKERNPLKIFPSKRILRRHKRDWVVAPISVPENG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 KGPFPQRLNQLKSNKDRDTKIFYSITGPGADSPPEGVFAVEKETGWLLLNKPLDREEIAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KGPFPQRLNQLKSNKDRDTKIFYSITGPGADSPPEGVFAVEKETGWLLLNKPLDREEIAK
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 YELFGHAVSENGASVEDPMNISIIVTDQNDHKPKFTQDTFRGSVLEGVLPGTSVMQVTAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 YELFGHAVSENGASVEDPMNISIIVTDQNDHKPKFTQDTFRGSVLEGVLPGTSVMQVTAT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 DEDDAIYTYNGVVAYSIHSQEPKDPHDLMFTIHRSTGTISVISSGLDREKVPEYTLTIQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 DEDDAIYTYNGVVAYSIHSQEPKDPHDLMFTIHRSTGTISVISSGLDREKVPEYTLTIQA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 TDMDGDGSTTTAVAVVEILDANDNAPMFDPQKYEAHVPENAVGHEVQRLTVTDLDAPNSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TDMDGDGSTTTAVAVVEILDANDNAPMFDPQKYEAHVPENAVGHEVQRLTVTDLDAPNSP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 AWRATYLIMGGDDGDHFTITTHPESNQGILTTRKGLDFEAKNQHTLYVEVTNEAPFVLKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AWRATYLIMGGDDGDHFTITTHPESNQGILTTRKGLDFEAKNQHTLYVEVTNEAPFVLKL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 PTSTATIVVHVEDVNEAPVFVPPSKVVEVQEGIPTGEPVCVYTAEDPDKENQKISYRILR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PTSTATIVVHVEDVNEAPVFVPPSKVVEVQEGIPTGEPVCVYTAEDPDKENQKISYRILR
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 DPAGWLAMDPDSGQVTAVGTLDREDEQFVRNNIYEVMVLAMDNGSPPTTGTGTLLLTLID
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 DPAGWLAMDPDSGQVTAVGTLDREDEQFVRNNIYEVMVLAMDNGSPPTTGTGTLLLTLID
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB5 VNDHGPVPEPRQITICNQSPVRQVLNITDKDLSPHTSPFQAQLTDDSDIYWTAEVNEEGD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VNDHGPVPEPRQITICNQSPVRQVLNITDKDLSPHTSPFQAQLTDDSDIYWTAEVNEEGD
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB5 TVVLSLKKFLKQDTYDVHLSLSDHGNKEQLTVIRATVCDCHGHVETCPGPWKGGFILPVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TVVLSLKKFLKQDTYDVHLSLSDHGNKEQLTVIRATVCDCHGHVETCPGPWKGGFILPVL
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB5 GAVLALLFLLLVLLLLVRKKRKIKEPLLLPEDDTRDNVFYYGEEGGGEEDQDYDITQLHR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GAVLALLFLLLVLLLLVRKKRKIKEPLLLPEDDTRDNVFYYGEEGGGEEDQDYDITQLHR
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB5 GLEARPEVVLRNDVAPTIIPTPMYRPRPANPDEIGNFIIENLKAANTDPTAPPYDTLLVF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GLEARPEVVLRNDVAPTIIPTPMYRPRPANPDEIGNFIIENLKAANTDPTAPPYDTLLVF
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820         
pF1KB5 DYEGSGSDAASLSSLTSSASDQDQDYDYLNEWGSRFKKLADMYGGGEDD
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 DYEGSGSDAASLSSLTSSASDQDQDYDYLNEWGSRFKKLADMYGGGEDD
              790       800       810       820         

>>CCDS82004.1 CDH3 gene_id:1001|Hs108|chr16               (784 aa)
 initn: 5098 init1: 5098 opt: 5098  Z-score: 5605.8  bits: 1048.1 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5098; 100.0% identity (100.0% similar) in 760 aa overlap (1-760:1-760)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MGLPRGPLASLLLLQVCWLQCAASEPCRAVFREAEVTLEAGGAEQEPGQALGKVFMGCPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MGLPRGPLASLLLLQVCWLQCAASEPCRAVFREAEVTLEAGGAEQEPGQALGKVFMGCPG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 QEPALFSTDNDDFTVRNGETVQERRSLKERNPLKIFPSKRILRRHKRDWVVAPISVPENG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 QEPALFSTDNDDFTVRNGETVQERRSLKERNPLKIFPSKRILRRHKRDWVVAPISVPENG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 KGPFPQRLNQLKSNKDRDTKIFYSITGPGADSPPEGVFAVEKETGWLLLNKPLDREEIAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 KGPFPQRLNQLKSNKDRDTKIFYSITGPGADSPPEGVFAVEKETGWLLLNKPLDREEIAK
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 YELFGHAVSENGASVEDPMNISIIVTDQNDHKPKFTQDTFRGSVLEGVLPGTSVMQVTAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 YELFGHAVSENGASVEDPMNISIIVTDQNDHKPKFTQDTFRGSVLEGVLPGTSVMQVTAT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 DEDDAIYTYNGVVAYSIHSQEPKDPHDLMFTIHRSTGTISVISSGLDREKVPEYTLTIQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 DEDDAIYTYNGVVAYSIHSQEPKDPHDLMFTIHRSTGTISVISSGLDREKVPEYTLTIQA
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pF1KB5 TDMDGDGSTTTAVAVVEILDANDNAPMFDPQKYEAHVPENAVGHEVQRLTVTDLDAPNSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TDMDGDGSTTTAVAVVEILDANDNAPMFDPQKYEAHVPENAVGHEVQRLTVTDLDAPNSP
              310       320       330       340       350       360

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pF1KB5 AWRATYLIMGGDDGDHFTITTHPESNQGILTTRKGLDFEAKNQHTLYVEVTNEAPFVLKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 AWRATYLIMGGDDGDHFTITTHPESNQGILTTRKGLDFEAKNQHTLYVEVTNEAPFVLKL
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pF1KB5 PTSTATIVVHVEDVNEAPVFVPPSKVVEVQEGIPTGEPVCVYTAEDPDKENQKISYRILR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 PTSTATIVVHVEDVNEAPVFVPPSKVVEVQEGIPTGEPVCVYTAEDPDKENQKISYRILR
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pF1KB5 DPAGWLAMDPDSGQVTAVGTLDREDEQFVRNNIYEVMVLAMDNGSPPTTGTGTLLLTLID
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 DPAGWLAMDPDSGQVTAVGTLDREDEQFVRNNIYEVMVLAMDNGSPPTTGTGTLLLTLID
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pF1KB5 VNDHGPVPEPRQITICNQSPVRQVLNITDKDLSPHTSPFQAQLTDDSDIYWTAEVNEEGD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 VNDHGPVPEPRQITICNQSPVRQVLNITDKDLSPHTSPFQAQLTDDSDIYWTAEVNEEGD
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pF1KB5 TVVLSLKKFLKQDTYDVHLSLSDHGNKEQLTVIRATVCDCHGHVETCPGPWKGGFILPVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TVVLSLKKFLKQDTYDVHLSLSDHGNKEQLTVIRATVCDCHGHVETCPGPWKGGFILPVL
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pF1KB5 GAVLALLFLLLVLLLLVRKKRKIKEPLLLPEDDTRDNVFYYGEEGGGEEDQDYDITQLHR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 GAVLALLFLLLVLLLLVRKKRKIKEPLLLPEDDTRDNVFYYGEEGGGEEDQDYDITQLHR
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pF1KB5 GLEARPEVVLRNDVAPTIIPTPMYRPRPANPDEIGNFIIENLKAANTDPTAPPYDTLLVF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::                    
CCDS82 GLEARPEVVLRNDVAPTIIPTPMYRPRPANPDEIGNFIIEGRGERGSQRGNGGLQLARGR
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pF1KB5 DYEGSGSDAASLSSLTSSASDQDQDYDYLNEWGSRFKKLADMYGGGEDD
                                                        
CCDS82 TRRS                                             
                                                        

>>CCDS10869.1 CDH1 gene_id:999|Hs108|chr16                (882 aa)
 initn: 2384 init1: 1602 opt: 3045  Z-score: 3346.2  bits: 630.2 E(32554): 4.6e-180
Smith-Waterman score: 3073; 54.9% identity (76.0% similar) in 867 aa overlap (18-829:20-882)

                 10        20        30        40        50        
pF1KB5   MGLPRGPLASLLLLQVCWLQCAASEPCRAVFREAEVTLEAGGAEQEPGQALGKV-FMG
                          :: :   :::.  :     :. .   . : :..::.: :  
CCDS10 MGPWSRSLSALLLLLQVSSWL-CQEPEPCHPGFDAESYTFTVPRRHLERGRVLGRVNFED
               10        20         30        40        50         

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pF1KB5 CPG-QEPALFSTDNDDFTVRNGETVQERRSLKERNP------------------------
       : : :. : :: :.  : : .  ..  .: :. .::                        
CCDS10 CTGRQRTAYFSLDTR-FKVGTDGVITVKRPLRFHNPQIHFLVYAWDSTYRKFSTKVTLNT
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pF1KB5 --------------------LKIFP-SKRILRRHKRDWVVAPISVPENGKGPFPQRLNQL
                           :  :: :.  :::.:::::. ::: ::: :::::. : :.
CCDS10 VGHHHRPPPHQASVSGIQAELLTFPNSSPGLRRQKRDWVIPPISCPENEKGPFPKNLVQI
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pF1KB5 KSNKDRDTKIFYSITGPGADSPPEGVFAVEKETGWLLLNKPLDREEIAKYELFGHAVSEN
       :::::.. :.:::::: :::.:: ::: .:.::::: ...:::::.:: : ::.:::: :
CCDS10 KSNKDKEGKVFYSITGQGADTPPVGVFIIERETGWLKVTEPLDRERIATYTLFSHAVSSN
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             200       210       220       230       240       250 
pF1KB5 GASVEDPMNISIIVTDQNDHKPKFTQDTFRGSVLEGVLPGTSVMQVTATDEDDAIYTYNG
       : .:::::.: : ::::::.::.:::..:.:::.::.:::::::.::::: :: . :::.
CCDS10 GNAVEDPMEILITVTDQNDNKPEFTQEVFKGSVMEGALPGTSVMEVTATDADDDVNTYNA
      240       250       260       270       280       290        

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pF1KB5 VVAYSIHSQEPKDPHDLMFTIHRSTGTISVISSGLDREKVPEYTLTIQATDMDGDGSTTT
       ..::.: ::.:. :   ::::.:.::.:::...:::::. : :::..::.:..:.: .::
CCDS10 AIAYTILSQDPELPDKNMFTINRNTGVISVVTTGLDRESFPTYTLVVQAADLQGEGLSTT
      300       310       320       330       340       350        

             320       330       340       350       360       370 
pF1KB5 AVAVVEILDANDNAPMFDPQKYEAHVPENAVGHEVQRLTVTDLDAPNSPAWRATYLIMGG
       :.::. . :.::: :.:.:  :...:::: ..  .  : ::: ::::.:::.:.: :.. 
CCDS10 ATAVITVTDTNDNPPIFNPTTYKGQVPENEANVVITTLKVTDADAPNTPAWEAVYTILN-
      360       370       380       390       400       410        

             380       390       400       410       420       430 
pF1KB5 DDGDHFTITTHPESNQGILTTRKGLDFEAKNQHTLYVEVTNEAPFVLKLPTSTATIVVHV
       ::: .:..::.: .:.::: : ::::::::.:. :.: ::: .:: ..: :::::..: :
CCDS10 DDGGQFVVTTNPVNNDGILKTAKGLDFEAKQQYILHVAVTNVVPFEVSLTTSTATVTVDV
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pF1KB5 EDVNEAPVFVPPSKVVEVQEGIPTGEPVCVYTAEDPDK-ENQKISYRILRDPAGWLAMDP
        ::::::.:::: : :::.: . .:. .  :::..::   .:::.::: :: :.:: ..:
CCDS10 LDVNEAPIFVPPEKRVEVSEDFGVGQEITSYTAQEPDTFMEQKITYRIWRDTANWLEINP
       480       490       500       510       520       530       

              500       510       520       530       540       550
pF1KB5 DSGQVTAVGTLDREDEQFVRNNIYEVMVLAMDNGSPPTTGTGTLLLTLIDVNDHGPVPEP
       :.: ... . ::::: . :.:. : ....: ::::: .:::::::: : ::::..:.:::
CCDS10 DTGAISTRAELDREDFEHVKNSTYTALIIATDNGSPVATGTGTLLLILSDVNDNAPIPEP
       540       550       560       570       580       590       

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pF1KB5 RQITICNQSPVRQVLNITDKDLSPHTSPFQAQLTDDSDIYWTAEVNEEG-DTVVLSLKKF
       : : .:...:  ::.:: : :: :.:::: :.::  ..  :: . :.   ....:. :  
CCDS10 RTIFFCERNPKPQVINIIDADLPPNTSPFTAELTHGASANWTIQYNDPTQESIILKPKMA
       600       610       620       630       640       650       

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pF1KB5 LKQDTYDVHLSLSDHGNKEQLTVIRATVCDCHGHVETC--PGPWKGGFILP----VLGAV
       :.   : ..:.: :. ::.:.:.....::::.: . .:    : ..:. .:    .::..
CCDS10 LEVGDYKINLKLMDNQNKDQVTTLEVSVCDCEGAAGVCRKAQPVEAGLQIPAILGILGGI
       660       670       680       690       700       710       

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pF1KB5 LALLFLLLVLLLLVRKKRKIKEPLLLPEDDTRDNVFYYGEEGGGEEDQDYDITQLHRGLE
       ::::.:.:.:::..:..  .::::: :::::::::.:: ::::::::::.:..::::::.
CCDS10 LALLILILLLLLFLRRRAVVKEPLLPPEDDTRDNVYYYDEEGGGEEDQDFDLSQLHRGLD
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           730       740       750       760       770       780   
pF1KB5 ARPEVVLRNDVAPTIIPTPMYRPRPANPDEIGNFIIENLKAANTDPTAPPYDTLLVFDYE
       :::::. :::::::.. .: : ::::::::::::: ::::::.:::::::::.:::::::
CCDS10 ARPEVT-RNDVAPTLMSVPRYLPRPANPDEIGNFIDENLKAADTDPTAPPYDSLLVFDYE
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pF1KB5 GSGSDAASLSSLTSSASDQDQDYDYLNEWGSRFKKLADMYGGGEDD
       ::::.:::::::.:: ::.:::::::::::.:::::::::::::::
CCDS10 GSGSEAASLSSLNSSESDKDQDYDYLNEWGNRFKKLADMYGGGEDD
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>>CCDS77172.1 CDH2 gene_id:1000|Hs108|chr18               (875 aa)
 initn: 1750 init1: 547 opt: 1495  Z-score: 1640.8  bits: 314.7 E(32554): 4.5e-85
Smith-Waterman score: 2195; 46.2% identity (71.6% similar) in 786 aa overlap (79-828:99-875)

       50        60        70        80        90          100     
pF1KB5 QALGKVFMGCPGQEPALFSTDNDDFTVRNGETVQERRSLKERNPLKIFP---SKRI--LR
                                     :.:.:   ..:     .::   ::.   :.
CCDS77 AKFLIYAQDKETQEKWQVAVKLSLKPTLTEESVKESAEVEE----IVFPRQFSKHSGHLQ
       70        80        90       100           110       120    

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pF1KB5 RHKRDWVVAPISVPENGKGPFPQRLNQLKSNKDRDTKIFYSITGPGADSPPEGVFAVEKE
       :.:::::. ::..:::..:::::.: ...:..:.. .. ::.::::::.:: :.: ..  
CCDS77 RQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQELVRIRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFIINPI
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pF1KB5 TGWLLLNKPLDREEIAKYELFGHAVSENGASVEDPMNISIIVTDQNDHKPKFTQDTFRGS
       .: : ..::::::.::...: .:::. :: .::.:..: : : :.::..:.: .... :.
CCDS77 SGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAVDINGNQVENPIDIVINVIDMNDNRPEFLHQVWNGT
          190       200       210       220       230       240    

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pF1KB5 VLEGVLPGTSVMQVTATDEDDAIYTYNGVVAYSIHSQEPKDPHDLMFTIHRSTGTISVIS
       : ::  ::: :: ::: : ::   . ::.. : : :: :. :   ::::.  :: : ...
CCDS77 VPEGSKPGTYVMTVTAIDADDP-NALNGMLRYRIVSQAPSTPSPNMFTINNETGDIITVA
          250       260        270       280       290       300   

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pF1KB5 SGLDREKVPEYTLTIQATDMDGD---GSTTTAVAVVEILDANDNAPMFDPQKYEAHVPEN
       .::::::: .::: ::::::.:.   : ..::.::. . :.::: : :  . . ..::::
CCDS77 AGLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTYGLSNTATAVITVTDVNDNPPEFTAMTFYGEVPEN
           310       320       330       340       350       360   

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pF1KB5 AVGHEVQRLTVTDLDAPNSPAWRATYLIMGGDDGDHFTITTHPESNQGILTTRKGLDFEA
        :   :  ::::: : :..::: :.: : :::   .:.: : :.::.:..:. : .:::.
CCDS77 RVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVYRISGGDPTGRFAIQTDPNSNDGLVTVVKPIDFET
           370       380       390       400       410       420   

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pF1KB5 KNQHTLYVEVTNEAPF---VLKLPTSTATIVVHVEDVNEAPVFVPPSKVVEVQEGIPTGE
       . . .: : . :..:.   . . : ::::. : : :::: : :.:  :... .::. .: 
CCDS77 NRMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQSTATVSVTVIDVNENPYFAPNPKIIRQEEGLHAGT
           430       440       450       460       470       480   

       460       470        480       490       500       510      
pF1KB5 PVCVYTAEDPDKENQK-ISYRILRDPAGWLAMDPDSGQVTAVGTLDREDEQFVRNNIYEV
        . ..::.:::.  :. : :  : :::.:: .:: .::.:....::::. . :.::::..
CCDS77 MLTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDPANWLKIDPVNGQITTIAVLDRESPN-VKNNIYNA
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       ...::  .:  .       ::  .  .:: . :.:: :::.   :.: . ..: ::  : 
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CCDS11 RVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVYRISGGDPTGRFAIQTDPNSNDGLVTVVKPIDFET
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CCDS11 SSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFKKLADMYGGGDD 
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CCDS58 QKGKKVVALDPSPPPKDTLLPWPQHQNANGLRRRKRDWVIPPINVPENSRGPFPQQLVRI
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CCDS58 MVRYRIVTQTPQSPSQNMFTINSETGDIVTVAAGLDREKVQQYTVIVQATDMEGNLNYGL
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CCDS58 SNTATAIITVTDVNDNPPEFTASTFAGEVPENRVETVVANLTVMDRDQPHSPNWNAVYRI
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CCDS58 ISGDPSGHFSVRTDPVTNEGMVTVVKAVDYELNRAFMLTVMVSNQAPLASGIQMSFQSTA
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CCDS58 GVTISIMDINEAPYFPSNHKLIRLEEGVPPGTVLTTFSAVDPDRFMQQAVRYSKLSDPAS
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CCDS58 WLHINATNGQITTAAVLDRES-LYTKNNVYEATFLAADNGIPPASGTGTLQIYLIDINDN
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pF1KB5 GPVPEPRQITICNQSPVRQVLNIT--DKDLSPHTSPFQAQLT-DDSDIY--WTAEVNEEG
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CCDS58 APELLPKEAQICEK-PNLNAINITAADADVDPNIGPYVFELPFVPAAVRKNWTI-TRLNG
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pF1KB5 DTVVLSLKK-FLKQDTYDVHLSLSDHGNKE--QLTVIRATVCDC--HGHVETCPGPWKGG
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CCDS58 DYAQLSLRILYLEAGMYDVPIIVTDSGNPPLSNTSIIKVKVCPCDDNGDCTTIGAVAAAG
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pF1KB5 F----ILPVLGAVLALLFLLLVLLLLVR---KKRKIKEPLLLPEDDTRDNVFYYGEEGGG
       .    :. .:  .: :: ..:.... ..   :.:. :. :. ::::.:::.. : :::::
CCDS58 LGTGAIVAILICILILLTMVLLFVMWMKRREKERHTKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGG
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pF1KB5 EEDQDYDITQLHRGLEARPEV------VLRNDVAPTIIPTPMY--RPRPANPDEIGNFII
       :::::::..::..  ::  .:      : : :  : .   :.:  ::   .: .::.:: 
CCDS58 EEDQDYDLSQLQQP-EAMGHVPSKAPGVRRVDERP-VGAEPQYPIRPMVPHPGDIGDFIN
         720        730       740        750       760       770   

     760       770       780       790       800       810         
pF1KB5 ENLKAANTDPTAPPYDTLLVFDYEGSGSDAASLSSLTSSASDQDQDYDYLNEWGSRFKKL
       :.:.::..::::::::.::::::::::: :.:.:::.::.:  ::::::::.:: :::::
CCDS58 EGLRAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSVSSLNSSSSG-DQDYDYLNDWGPRFKKL
           780       790       800       810        820       830  

     820         
pF1KB5 ADMYGGGEDD
       ::::::::.:
CCDS58 ADMYGGGEED
            840  

>>CCDS13488.1 CDH4 gene_id:1002|Hs108|chr20               (916 aa)
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Smith-Waterman score: 2131; 45.4% identity (71.4% similar) in 760 aa overlap (102-829:164-916)

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pF1KB5 DFTVRNGETVQERRSLKERNPLKIFPSKRILRRHKRDWVVAPISVPENGKGPFPQRLNQL
                                     :::.:::::. ::.::::..:::::.: ..
CCDS13 QKGKKVVALDPSPPPKDTLLPWPQHQNANGLRRRKRDWVIPPINVPENSRGPFPQQLVRI
           140       150       160       170       180       190   

             140       150       160       170       180       190 
pF1KB5 KSNKDRDTKIFYSITGPGADSPPEGVFAVEKETGWLLLNKPLDREEIAKYELFGHAVSEN
       .:.:: :  : ::::: :::.::  ::.... .: . ...:.:::: :.:.: .:::. :
CCDS13 RSDKDNDIPIRYSITGVGADQPPMEVFSIDSMSGRMYVTRPMDREEHASYHLRAHAVDMN
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pF1KB5 GASVEDPMNISIIVTDQNDHKPKFTQDTFRGSVLEGVLPGTSVMQVTATDEDDAIYTYNG
       : .::.:... : : :.::..:.: .... ::: ::  ::: :: :::.: ::.  : ::
CCDS13 GNKVENPIDLYIYVIDMNDNRPEFINQVYNGSVDEGSKPGTYVMTVTANDADDST-TANG
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pF1KB5 VVAYSIHSQEPKDPHDLMFTIHRSTGTISVISSGLDREKVPEYTLTIQATDMDGD---GS
       .: : : .: :..: . ::::.  :: : ....::::::: .::. .:::::.:.   : 
CCDS13 MVRYRIVTQTPQSPSQNMFTINSETGDIVTVAAGLDREKVQQYTVIVQATDMEGNLNYGL
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      310       320       330       340       350       360        
pF1KB5 TTTAVAVVEILDANDNAPMFDPQKYEAHVPENAVGHEVQRLTVTDLDAPNSPAWRATYLI
       ..::.:.. . :.::: : :  . . ..:::: :   :  ::: : : :.:: : :.: :
CCDS13 SNTATAIITVTDVNDNPPEFTASTFAGEVPENRVETVVANLTVMDRDQPHSPNWNAVYRI
            380       390       400       410       420       430  

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pF1KB5 MGGDDGDHFTITTHPESNQGILTTRKGLDFEAKNQHTLYVEVTNEAPFVLKLPTS---TA
       ..:: . ::.. : : .:.:..:. :..:.: .    : : :.:.::..  .  :   ::
CCDS13 ISGDPSGHFSVRTDPVTNEGMVTVVKAVDYELNRAFMLTVMVSNQAPLASGIQMSFQSTA
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pF1KB5 TIVVHVEDVNEAPVFVPPSKVVEVQEGIPTGEPVCVYTAEDPDKENQK-ISYRILRDPAG
        ... . :.:::: :    :.....::.: :  . ...: :::.  :. . :  : :::.
CCDS13 GVTISIMDINEAPYFPSNHKLIRLEEGVPPGTVLTTFSAVDPDRFMQQAVRYSKLSDPAS
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pF1KB5 WLAMDPDSGQVTAVGTLDREDEQFVRNNIYEVMVLAMDNGSPPTTGTGTLLLTLIDVNDH
       :: ..  .::.:....::::.  ...::.::.  :: ::: ::..::::: . :::.::.
CCDS13 WLHINATNGQITTAAVLDRES-LYTKNNVYEATFLAADNGIPPASGTGTLQIYLIDINDN
            560       570        580       590       600       610 

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pF1KB5 GPVPEPRQITICNQSPVRQVLNIT--DKDLSPHTSPFQAQLT-DDSDIY--WTAEVNEEG
       .:   :..  ::.. :  ...:::  : :..:. .:.  .:    . .   ::  .  .:
CCDS13 APELLPKEAQICEK-PNLNAINITAADADVDPNIGPYVFELPFVPAAVRKNWTI-TRLNG
             620        630       640       650       660          

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pF1KB5 DTVVLSLKK-FLKQDTYDVHLSLSDHGNKE--QLTVIRATVCDC--HGHVETCPGPWKGG
       : . :::.  .:.   ::: . ..: ::    . ..:.. :: :  .:   :  .   .:
CCDS13 DYAQLSLRILYLEAGMYDVPIIVTDSGNPPLSNTSIIKVKVCPCDDNGDCTTIGAVAAAG
     670       680       690       700       710       720         

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pF1KB5 F----ILPVLGAVLALLFLLLVLLLLVR---KKRKIKEPLLLPEDDTRDNVFYYGEEGGG
       .    :. .:  .: :: ..:.... ..   :.:. :. :. ::::.:::.. : :::::
CCDS13 LGTGAIVAILICILILLTMVLLFVMWMKRREKERHTKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGG
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pF1KB5 EEDQDYDITQLHRGLEARPEV------VLRNDVAPTIIPTPMY--RPRPANPDEIGNFII
       :::::::..::..  ::  .:      : : :  : .   :.:  ::   .: .::.:: 
CCDS13 EEDQDYDLSQLQQP-EAMGHVPSKAPGVRRVDERP-VGAEPQYPIRPMVPHPGDIGDFIN
     790       800        810       820        830       840       

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pF1KB5 ENLKAANTDPTAPPYDTLLVFDYEGSGSDAASLSSLTSSASDQDQDYDYLNEWGSRFKKL
       :.:.::..::::::::.::::::::::: :.:.:::.::.:  ::::::::.:: :::::
CCDS13 EGLRAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSVSSLNSSSSG-DQDYDYLNDWGPRFKKL
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     820         
pF1KB5 ADMYGGGEDD
       ::::::::.:
CCDS13 ADMYGGGEED
        910      

>>CCDS10976.1 CDH15 gene_id:1013|Hs108|chr16              (814 aa)
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Smith-Waterman score: 1769; 41.5% identity (66.5% similar) in 772 aa overlap (90-824:26-781)

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pF1KB5 GQEPALFSTDNDDFTVRNGETVQERRSLKERNPLKIFPSKRI--LRRHKRDWVVAPISVP
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CCDS10      MDAAFLLVLGLLAQSLCLSLGVPGWRRPTTLYPWRRAPALSRVRRAWVIPPISVS
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pF1KB5 ENGKG-PFPQRLNQLKSNKDRDTKIFYSITGPGADSPPEGVFAVEKETGWLLLNKPLDRE
       :: :  :.:  : :.::.:..  ...::: :::.:  :.:::...: :: ..::  ::::
CCDS10 ENHKRLPYP--LVQIKSDKQQLGSVIYSIQGPGVDEEPRGVFSIDKFTGKVFLNAMLDRE
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pF1KB5 EIAKYELFGHAVSENGASVEDPMNISIIVTDQNDHKPKFTQDTFRGSVLEGVLPGTSVMQ
       .  ...: . :.. .:...::: .. :.:.::::..: : :..: : ::::..::: : .
CCDS10 KTDRFRLRAFALDLGGSTLEDPTDLEIVVVDQNDNRPAFLQEAFTGRVLEGAVPGTYVTR
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pF1KB5 VTATDEDDAIYTYNGVVAYSIHSQEPKDPHDLMFTIHRSTGTISVISSGLDREKVPEYTL
       . ::: ::   : :... .:: .:   .:.  .:.: . :: : ... ::::: :  :.:
CCDS10 AEATDADDP-ETDNAALRFSILQQ--GSPE--LFSIDELTGEIRTVQVGLDREVVAVYNL
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        300       310       320       330       340       350      
pF1KB5 TIQATDMDGDGSTTTAVAVVEILDANDNAPMFDPQKYEAHVPENAVGHEVQRLTVTDLDA
       :.:..::.::: :.:: :.. . : ::::: :  ...  .. : . : .: :: : : : 
CCDS10 TLQVADMSGDGLTATASAIITLDDINDNAPEFTRDEFFMEAIEAVSGVDVGRLEVEDRDL
      230       240       250       260       270       280        

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pF1KB5 PNSPAWRATYLIMGGDDGDHFTITTHPESNQGILTTRKGLDFEAKNQHTLYVEVTNEAPF
       :.:: : : . :. ::   .::: : :..:.:.:.  :.::.:. ... : : : ::::.
CCDS10 PGSPNWVARFTILEGDPDGQFTIRTDPKTNEGVLSIVKALDYESCEHYELKVSVQNEAPL
      290       300       310       320       330       340        

           420       430       440       450       460       470   
pF1KB5 ---VLKLPTSTATIVVHVEDVNEAPVFVPPSKVVEVQEGIPTGEPVCVYTAEDPDKEN-Q
          .:.   . : . :::.:.:: :::      . . :: : :  : ...:.::: :. :
CCDS10 QAAALRAERGQAKVRVHVQDTNEPPVFQENPLRTSLAEGAPPGTLVATFSARDPDTEQLQ
      350       360       370       380       390       400        

            480       490       500       510       520       530  
pF1KB5 KISYRILRDPAGWLAMDPDSGQVTAVGTLDREDEQFVRNNIYEVMVLAMDNGSPPTTGTG
       ..::    ::  :: .:  .:.. .  .:.     :.... :...:::.:..: : :.::
CCDS10 RLSYSKDYDPEDWLQVDAATGRIQTQHVLS-PASPFLKGGWYRAIVLAQDDASQPRTATG
      410       420       430        440       450       460       

            540        550          560       570       580        
pF1KB5 TLLLTLIDVNDHGPV-PEPRQITICN---QSPVRQVLNITDKDLSPHTSPFQAQLTD---
       :: . ...::::.::   :   ..:.   :.:   .:. ::.:: :: .::. ::.    
CCDS10 TLSIEILEVNDHAPVLAPPPPGSLCSEPHQGP-GLLLGATDEDLPPHGAPFHFQLSPRLP
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pF1KB5 DSDIYWT-AEVNEEGDTVVLSLKKFLKQDTYDVHLSLSDHGNKEQLTV--IRATVCDCHG
       .    :. ..::   . . :  .. . .  . . : : : :.  :     . .::: : :
CCDS10 ELGRNWSLSQVNV--SHARLRPRHQVPEGLHRLSLLLRDSGQPPQQREQPLNVTVCRC-G
        530         540       550       560       570       580    

             650          660            670           680         
pF1KB5 HVETC-PGP---WKGGFILPVLGAVL-----ALLFLLLVLLLLVR----KKRKIKEPLLL
       .  .: ::      ::  :  :::..     :::.:.::::. .:    :. . :  :  
CCDS10 KDGVCLPGAAALLAGGTGLS-LGALVIVLASALLLLVLVLLVALRARFWKQSRGKGLLHG
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pF1KB5 PEDDTRDNVFYYGEEGGGEEDQD-YDITQLHR----GLEARPEVVLRNDVAPTIIPTPMY
       :.:: ::::. : :.:::::::: :::.::..    .:   :  . :.     . : :  
CCDS10 PQDDLRDNVLNYDEQGGGEEDQDAYDISQLRHPTALSLPLGPPPLRRDAPQGRLHPQP--
            650       660       670       680       690       700  

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pF1KB5 RPR--PANPDEIGNFIIENLKAANTDPTAPPYDTLLVFDYEGSGSDAASLSSLTSSASDQ
        ::  :..: .:..:: ..:.::..::..::::: :..::::.:: :..:::. :: .:.
CCDS10 -PRVLPTSPLDIADFINDGLEAADSDPSVPPYDTALIYDYEGDGSVAGTLSSILSSQGDE
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            810       820                                     
pF1KB5 DQDYDYLNEWGSRFKKLADMYGGGEDD                            
       ::::::: .:: :: .::::::                                 
CCDS10 DQDYDYLRDWGPRFARLADMYGHPCGLEYGARWDHQAREGLSPGALLPRHRGRTA
     760       770       780       790       800       810    

>>CCDS32810.1 DSC3 gene_id:1825|Hs108|chr18               (896 aa)
 initn: 993 init1: 395 opt: 1234  Z-score: 1353.5  bits: 261.5 E(32554): 4.5e-69
Smith-Waterman score: 1234; 34.7% identity (65.7% similar) in 623 aa overlap (101-709:129-743)

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pF1KB5 DDFTVRNGETVQERRSLKERNPLKIFPSKRILRRHKRDWVVAPISVPENGKGPFPQRLNQ
                                     .::: :: :.  : :. ::. ::::  :.:
CCDS32 SDKRKQTQKEVTVLLEHQKKVSKTRHTRETVLRRAKRRWAPIPCSMQENSLGPFPLFLQQ
      100       110       120       130       140       150        

              140       150       160       170       180       190
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       ..:.  ..  .::::.: :.:. : ..: .:..:: :. ..:.::::   ..:...: . 
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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