Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9387
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9387, 288 aa
1>>>pF1KB9387 288 - 288 aa - 288 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9162+/-0.00127; mu= 4.3659+/- 0.075
mean_var=171.8738+/-34.186, 0's: 0 Z-trim(105.6): 54 B-trim: 66 in 1/50
Lambda= 0.097829
statistics sampled from 8493 (8524) to 8493 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.618), E-opt: 0.2 (0.262), width: 16
Scan time: 2.360
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10699.1 STX1B gene_id:112755|Hs108|chr16 ( 288) 1815 268.3 4.5e-72
CCDS34655.1 STX1A gene_id:6804|Hs108|chr7 ( 288) 1543 229.9 1.6e-60
CCDS9269.1 STX2 gene_id:2054|Hs108|chr12 ( 287) 1202 181.8 5e-46
CCDS9270.1 STX2 gene_id:2054|Hs108|chr12 ( 288) 1196 181.0 9e-46
CCDS55120.1 STX1A gene_id:6804|Hs108|chr7 ( 251) 1184 179.2 2.6e-45
CCDS7975.1 STX3 gene_id:6809|Hs108|chr11 ( 289) 1078 164.3 9.3e-41
CCDS53637.1 STX3 gene_id:6809|Hs108|chr11 ( 277) 1025 156.8 1.6e-38
CCDS10700.1 STX4 gene_id:6810|Hs108|chr16 ( 297) 764 120.0 2.1e-27
CCDS61916.1 STX4 gene_id:6810|Hs108|chr16 ( 295) 741 116.8 2e-26
CCDS5205.1 STX11 gene_id:8676|Hs108|chr6 ( 287) 565 91.9 5.8e-19
CCDS33793.1 STX19 gene_id:415117|Hs108|chr3 ( 294) 464 77.7 1.2e-14
>>CCDS10699.1 STX1B gene_id:112755|Hs108|chr16 (288 aa)
initn: 1815 init1: 1815 opt: 1815 Z-score: 1407.4 bits: 268.3 E(32554): 4.5e-72
Smith-Waterman score: 1815; 100.0% identity (100.0% similar) in 288 aa overlap (1-288:1-288)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MKDRTQELRSAKDSDDEEEVVHVDRDHFMDEFFEQVEEIRGCIEKLSEDVEQVKKQHSAI
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CCDS10 MKDRTQELRSAKDSDDEEEVVHVDRDHFMDEFFEQVEEIRGCIEKLSEDVEQVKKQHSAI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LAAPNPDEKTKQELEDLTADIKKTANKVRSKLKAIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LAAPNPDEKTKQELEDLTADIKKTANKVRSKLKAIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQHS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 TLSRKFVEVMTEYNATQSKYRDRCKDRIQRQLEITGRTTTNEELEDMLESGKLAIFTDDI
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CCDS10 TLSRKFVEVMTEYNATQSKYRDRCKDRIQRQLEITGRTTTNEELEDMLESGKLAIFTDDI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 KMDSQMTKQALNEIETRHNEIIKLETSIRELHDMFVDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEHSV
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CCDS10 KMDSQMTKQALNEIETRHNEIIKLETSIRELHDMFVDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEHSV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280
pF1KB9 DYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVVLGVVLASSIGGTLGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 DYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVVLGVVLASSIGGTLGL
250 260 270 280
>>CCDS34655.1 STX1A gene_id:6804|Hs108|chr7 (288 aa)
initn: 1461 init1: 1461 opt: 1543 Z-score: 1199.9 bits: 229.9 E(32554): 1.6e-60
Smith-Waterman score: 1543; 84.2% identity (96.8% similar) in 285 aa overlap (1-284:1-285)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MKDRTQELRSAKDSDDEEEV-VHVDRDHFMDEFFEQVEEIRGCIEKLSEDVEQVKKQHSA
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CCDS34 MKDRTQELRTAKDSDDDDDVAVTVDRDRFMDEFFEQVEEIRGFIDKIAENVEEVKRKHSA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 ILAAPNPDEKTKQELEDLTADIKKTANKVRSKLKAIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQH
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CCDS34 ILASPNPDEKTKEELEELMSDIKKTANKVRSKLKSIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQH
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 STLSRKFVEVMTEYNATQSKYRDRCKDRIQRQLEITGRTTTNEELEDMLESGKLAIFTDD
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CCDS34 STLSRKFVEVMSEYNATQSDYRERCKGRIQRQLEITGRTTTSEELEDMLESGNPAIFASG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 IKMDSQMTKQALNEIETRHNEIIKLETSIRELHDMFVDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEHS
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CCDS34 IIMDSSISKQALSEIETRHSEIIKLENSIRELHDMFMDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEHA
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280
pF1KB9 VDYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVVLGVVLASSIGGTLGL
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CCDS34 VDYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVILGIVIASTVGGIFA
250 260 270 280
>>CCDS9269.1 STX2 gene_id:2054|Hs108|chr12 (287 aa)
initn: 1202 init1: 1202 opt: 1202 Z-score: 939.8 bits: 181.8 E(32554): 5e-46
Smith-Waterman score: 1202; 64.7% identity (88.5% similar) in 286 aa overlap (1-282:1-286)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MKDRTQELRSAKDSDDEEEVVHVDRDHFMDEFFEQVEEIRGCIEKLSEDVEQVKKQHSAI
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CCDS92 MRDRLPDLTACRKNDDGDTVVVVEKDHFMDDFFHQVEEIRNSIDKITQYVEEVKKNHSII
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LAAPNPDEKTKQELEDLTADIKKTANKVRSKLKAIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQHS
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CCDS92 LSAPNPEGKIKEELEDLNKEIKKTANKIRAKLKAIEQSFDQDESGNRTSVDLRIRRTQHS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 TLSRKFVEVMTEYNATQSKYRDRCKDRIQRQLEITGRTTTNEELEDMLESGKLAIFTDDI
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CCDS92 VLSRKFVEAMAEYNEAQTLFRERSKGRIQRQLEITGRTTTDDELEEMLESGKPSIFTSDI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 KMDSQMTKQALNEIETRHNEIIKLETSIRELHDMFVDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEHSV
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CCDS92 ISDSQITRQALNEIESRHKDIMKLETSIRELHEMFMDMAMFVETQGEMINNIERNVMNAT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280
pF1KB9 DYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVVL----GVVLASSIGGTLGL
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CCDS92 DYVEHAKEETKKAIKYQSKARRKLMFIIICVIVLLVILGIILATTLS
250 260 270 280
>>CCDS9270.1 STX2 gene_id:2054|Hs108|chr12 (288 aa)
initn: 1239 init1: 1186 opt: 1196 Z-score: 935.2 bits: 181.0 E(32554): 9e-46
Smith-Waterman score: 1196; 64.8% identity (87.8% similar) in 287 aa overlap (1-287:1-287)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MKDRTQELRSAKDSDDEEEVVHVDRDHFMDEFFEQVEEIRGCIEKLSEDVEQVKKQHSAI
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CCDS92 MRDRLPDLTACRKNDDGDTVVVVEKDHFMDDFFHQVEEIRNSIDKITQYVEEVKKNHSII
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LAAPNPDEKTKQELEDLTADIKKTANKVRSKLKAIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQHS
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CCDS92 LSAPNPEGKIKEELEDLNKEIKKTANKIRAKLKAIEQSFDQDESGNRTSVDLRIRRTQHS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 TLSRKFVEVMTEYNATQSKYRDRCKDRIQRQLEITGRTTTNEELEDMLESGKLAIFTDDI
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CCDS92 VLSRKFVEAMAEYNEAQTLFRERSKGRIQRQLEITGRTTTDDELEEMLESGKPSIFTSDI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 KMDSQMTKQALNEIETRHNEIIKLETSIRELHDMFVDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEHSV
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CCDS92 ISDSQITRQALNEIESRHKDIMKLETSIRELHEMFMDMAMFVETQGEMINNIERNVMNAT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280
pF1KB9 DYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVVLGVVLASSIGGTLGL
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CCDS92 DYVEHAKEETKKAIKYQSKARRKKWIIIAVSVVLVAIIALIIGLSVGK
250 260 270 280
>>CCDS55120.1 STX1A gene_id:6804|Hs108|chr7 (251 aa)
initn: 1102 init1: 1102 opt: 1184 Z-score: 926.9 bits: 179.2 E(32554): 2.6e-45
Smith-Waterman score: 1184; 82.7% identity (96.0% similar) in 226 aa overlap (1-225:1-226)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MKDRTQELRSAKDSDDEEEV-VHVDRDHFMDEFFEQVEEIRGCIEKLSEDVEQVKKQHSA
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CCDS55 MKDRTQELRTAKDSDDDDDVAVTVDRDRFMDEFFEQVEEIRGFIDKIAENVEEVKRKHSA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 ILAAPNPDEKTKQELEDLTADIKKTANKVRSKLKAIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQH
:::.::::::::.:::.: .::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ILASPNPDEKTKEELEELMSDIKKTANKVRSKLKSIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQH
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 STLSRKFVEVMTEYNATQSKYRDRCKDRIQRQLEITGRTTTNEELEDMLESGKLAIFTDD
:::::::::::.::::::: ::.::: ::::::::::::::.::::::::::. :::..
CCDS55 STLSRKFVEVMSEYNATQSDYRERCKGRIQRQLEITGRTTTSEELEDMLESGNPAIFASG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 IKMDSQMTKQALNEIETRHNEIIKLETSIRELHDMFVDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEHS
: :::...::::.::::::.::::::.:::::::::.:::::::::
CCDS55 IIMDSSISKQALSEIETRHSEIIKLENSIRELHDMFMDMAMLVESQTMWRGPCLTPRRPS
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280
pF1KB9 VDYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVVLGVVLASSIGGTLGL
CCDS55 STRARRAGRKS
250
>>CCDS7975.1 STX3 gene_id:6809|Hs108|chr11 (289 aa)
initn: 808 init1: 439 opt: 1078 Z-score: 845.2 bits: 164.3 E(32554): 9.3e-41
Smith-Waterman score: 1078; 60.5% identity (84.2% similar) in 291 aa overlap (1-288:1-288)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MKDRTQELRSAK-DSDDEEEVVHV--DRDHFMDEFFEQVEEIRGCIEKLSEDVEQVKKQH
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CCDS79 MKDRLEQLKAKQLTQDDDTDAVEIAIDNTAFMDEFFSEIEETRLNIDKISEHVEEAKKLY
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 SAILAAPNPDEKTKQELEDLTADIKKTANKVRSKLKAIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKT
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CCDS79 SIILSAPIPEPKTKDDLEQLTTEIKKRANNVRNKLKSMEKHIEEDE--VRSSADLRIRKS
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 QHSTLSRKFVEVMTEYNATQSKYRDRCKDRIQRQLEITGRTTTNEELEDMLESGKLAIFT
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CCDS79 QHSVLSRKFVEVMTKYNEAQVDFRERSKGRIQRQLEITGKKTTDEELEEMLESGNPAIFT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 DDIKMDSQMTKQALNEIETRHNEIIKLETSIRELHDMFVDMAMLVESQGEMIDRIEYNVE
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CCDS79 SGI-IDSQISKQALSEIEGRHKDIVRLESSIKELHDMFMDIAMLVENQGEMLDNIELNVM
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB9 HSVDYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVVLGVVLASSIGGTLGL
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CCDS79 HTVDHVEKARDETKKAVKYQSQARKKLIIIIVLVVVLLGILALIIGLSVGLN
240 250 260 270 280
>>CCDS53637.1 STX3 gene_id:6809|Hs108|chr11 (277 aa)
initn: 1020 init1: 384 opt: 1025 Z-score: 805.0 bits: 156.8 E(32554): 1.6e-38
Smith-Waterman score: 1025; 61.6% identity (85.4% similar) in 268 aa overlap (1-265:1-265)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MKDRTQELRSAK-DSDDEEEVVHV--DRDHFMDEFFEQVEEIRGCIEKLSEDVEQVKKQH
:::: ..:.. . .::. ..:.. : :::::: ..:: : :.:.:: ::..:: .
CCDS53 MKDRLEQLKAKQLTQDDDTDAVEIAIDNTAFMDEFFSEIEETRLNIDKISEHVEEAKKLY
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 SAILAAPNPDEKTKQELEDLTADIKKTANKVRSKLKAIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKT
: ::.:: :. :::..::.::..::: ::.::.:::..:. ::..: ::::::::::.
CCDS53 SIILSAPIPEPKTKDDLEQLTTEIKKRANNVRNKLKSMEKHIEEDE--VRSSADLRIRKS
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 QHSTLSRKFVEVMTEYNATQSKYRDRCKDRIQRQLEITGRTTTNEELEDMLESGKLAIFT
:::.::::::::::.:: .: .:.: : ::::::::::. ::.::::.:::::. ::::
CCDS53 QHSVLSRKFVEVMTKYNEAQVDFRERSKGRIQRQLEITGKKTTDEELEEMLESGNPAIFT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 DDIKMDSQMTKQALNEIETRHNEIIKLETSIRELHDMFVDMAMLVESQGEMIDRIEYNVE
. : .:::..::::.::: ::..:..::.::.::::::.:.:::::.::::.: :: ::
CCDS53 SGI-IDSQISKQALSEIEGRHKDIVRLESSIKELHDMFMDIAMLVENQGEMLDNIELNVM
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB9 HSVDYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVVLGVVLASSIGGTLGL
:.::.::.: ..:::::::::.::.: :
CCDS53 HTVDHVEKARDETKKAVKYQSQARKKLISLQTGVATLVFR
240 250 260 270
>>CCDS10700.1 STX4 gene_id:6810|Hs108|chr16 (297 aa)
initn: 811 init1: 550 opt: 764 Z-score: 605.5 bits: 120.0 E(32554): 2.1e-27
Smith-Waterman score: 816; 47.6% identity (76.4% similar) in 296 aa overlap (1-286:1-295)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MKDRTQELRSAKDSDDEEE------VVHVDRDHFM---DEFFEQVEEIRGCIEKLSEDVE
:.:::.:::.. ::.:::. ::: .. .:::..:. :: : ::.. :.
CCDS10 MRDRTHELRQGDDSSDEEDKERVALVVHPGTARLGSPDEEFFHKVRTIRQTIVKLGNKVQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 QVKKQHSAILAAPNPDEKTKQELEDLTADIKKTANKVRSKLKAIEQSIEQEEGLNRSSAD
...::. .:::.: :.:. ::::..: .::. . ..: .::::: . : : : .:..
CCDS10 ELEKQQVTILATPLPEESMKQELQNLRDEIKQLGREIRLQLKAIEPQKE-EADENYNSVN
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 LRIRKTQHSTLSRKFVEVMTEYNATQSKYRDRCKDRIQRQLEITGR-TTTNEELEDMLES
:.:::::..::..:::.... :. ::.::.. .::.:::.::. ...::::.::.:
CCDS10 TRMRKTQHGVLSQQFVELINKCNSMQSEYREKNVERIRRQLKITNAGMVSDEELEQMLDS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 GKLAIFTDDIKMDSQMTKQALNEIETRHNEIIKLETSIRELHDMFVDMAMLVESQGEMID
:. .:...: :.:.:.:::::: .::.:: .:: :::::::.:. .: :: :::::.
CCDS10 GQSEVFVSNILKDTQVTRQALNEISARHSEIQQLERSIRELHDIFTFLATEVEMQGEMIN
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB9 RIEYNVEHSVDYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVVLGVVLASSIGGTLGL
::: :. :.:::::. .: :.. :.:::.::..: :: . :.:: :: :.
CCDS10 RIEKNILSSADYVERGQEHVKTALENQKKARKKKVLIAICVSITVVLLAVIIGVTVVG
240 250 260 270 280 290
>>CCDS61916.1 STX4 gene_id:6810|Hs108|chr16 (295 aa)
initn: 693 init1: 533 opt: 741 Z-score: 588.0 bits: 116.8 E(32554): 2e-26
Smith-Waterman score: 741; 49.0% identity (78.3% similar) in 253 aa overlap (35-286:42-293)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 TQELRSAKDSDDEEEVVHVDRDHFMDEFFEQVEEIRGCIEKLSEDVEQVKKQHSAILAAP
::. :: : ::.. :....::. .:::.:
CCDS61 SGSRWWCTRARHGWGARTRSSSTSPLGHPPQVRTIRQTIVKLGNKVQELEKQQVTILATP
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 NPDEKTKQELEDLTADIKKTANKVRSKLKAIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQHSTLSR
:.:. ::::..: .::. . ..: .::::: . : : : .:.. :.:::::..::.
CCDS61 LPEESMKQELQNLRDEIKQLGREIRLQLKAIEPQKE-EADENYNSVNTRMRKTQHGVLSQ
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 KFVEVMTEYNATQSKYRDRCKDRIQRQLEITGR-TTTNEELEDMLESGKLAIFTDDIKMD
.:::.... :. ::.::.. .::.:::.::. ...::::.::.::. .:...: :
CCDS61 QFVELINKCNSMQSEYREKNVERIRRQLKITNAGMVSDEELEQMLDSGQSEVFVSNILKD
140 150 160 170 180 190
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