seq1 = pF1KB6669.tfa, 1275 bp
seq2 = pF1KB6669/gi568815585r_36070531.tfa (gi568815585r:36070531_36314526), 243996 bp

>pF1KB6669 1275
>gi568815585r:36070531_36314526 (Chr13)

(complement)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-263  (112434-112648)   100% ->
264-325  (120660-120721)   100% ->
326-430  (120802-120906)   100% ->
431-530  (122633-122732)   100% ->
531-641  (124471-124581)   100% ->
642-789  (139658-139805)   100% ->
790-881  (139960-140051)   100% ->
882-1000  (140717-140835)   100% ->
1001-1257  (143740-143996)   100% ->
1258-1275  (145473-145490)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCCTCAATTATCTGCCAGGAGCACTGCCAGATCTCGGGCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGCTTCCTCAATTATCTGCCAGGAGCACTGCCAGATCTCGGGCCAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        GCAAAAATAGACATCTTATTAGTTGGAGATGTCACTGTGGGCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 A...CAGGCAAAAATAGACATCTTATTAGTTGGAGATGTCACTGTGGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCTGGCTGATACTGTACAGAAACTATTTGCAAACATAGCAGAAGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112477 ACCTGGCTGATACTGTACAGAAACTATTTGCAAACATAGCAGAAGTCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCACCATCAGTGACACGAAGGAGGCAGCAGCGCTTTTGGATGATTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112527 ATCACCATCAGTGACACGAAGGAGGCAGCAGCGCTTTTGGATGATTGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATTCAACATGGTTCTCTTGAAGGTGCCTTCTTCACTAAGTGCCGAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112577 ATTCAACATGGTTCTCTTGAAGGTGCCTTCTTCACTAAGTGCCGAGGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGAAGCCATCAAGTTAATTAG         ATTTGGCAAAAAGAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 112627 TGGAAGCCATCAAGTTAATTAGGTA...CAGATTTGGCAAAAAGAAAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACACATTCACTGTTTGTTTTTATAATCCCTGAAAATTTTAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 120679 ACACATTCACTGTTTGTTTTTATAATCCCTGAAAATTTTAAAGGTA...T

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   GTTGTATTTCAGGGCATGGAATGGATATTGCTTTAACTGAACCACTGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120800 AGGTTGTATTTCAGGGCATGGAATGGATATTGCTTTAACTGAACCACTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAATGGAAAAAATGAGTAATGTGGTAAAATACTGGACAACATGTCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120850 CAATGGAAAAAATGAGTAATGTGGTAAAATACTGGACAACATGTCCCTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AACACTG         TTAAGACTGAAAACGCAACTGGGCCTGAAGAACT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120900 AACACTGGTG...CAGTTAAGACTGAAAACGCAACTGGGCCTGAAGAACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGGATTGCCCCTGCAGAGGTCCTACAGCGAACACCTGGGATATTTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122667 TGGATTGCCCCTGCAGAGGTCCTACAGCGAACACCTGGGATATTTTCCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGATCTATTTGCCTG         CTCTGAATCTTTAAGGAATGGCAAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 122717 CTGATCTATTTGCCTGGTT...TAGCTCTGAATCTTTAAGGAATGGCAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGGCTTGAATTAAATGCTTCGTTGTCAGAGTTCGAGAAAAACAAAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124496 GGGCTTGAATTAAATGCTTCGTTGTCAGAGTTCGAGAAAAACAAAAAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTCTCTTCTTCATTCAAGCAAGGAAAAACTAAGAAG         GGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 124546 CTCTCTTCTTCATTCAAGCAAGGAAAAACTAAGAAGGTG...CAGGGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GAATCAAATATTGCTGTGAGCAGCTGCGTACTCTCTTGCCGTATGTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139663 GAATCAAATATTGCTGTGAGCAGCTGCGTACTCTCTTGCCGTATGTAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGGAGAAAGAATGATGCGGCTTCAGTTCTTGAGGCAACAGTTGATTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139713 GGGAGAAAGAATGATGCGGCTTCAGTTCTTGAGGCAACAGTTGATTATGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAAATATATCCGGGAGAAAATCTCTCCAGCCGTTATGGCCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 139763 GAAATATATCCGGGAGAAAATCTCTCCAGCCGTTATGGCCCAGGTA...T

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    790   ATTACAGAAGCACTTCAGAGCAACATGAGGTTTTGTAAGAAACAACAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139958 AGATTACAGAAGCACTTCAGAGCAACATGAGGTTTTGTAAGAAACAACAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACACCCATTGAGCTGTCTCTCCCAGGCACTGTCATGGCACAGCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 140008 ACACCCATTGAGCTGTCTCTCCCAGGCACTGTCATGGCACAGCGGTA...

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    882    GGAAAACAGTGTGATGAGCACTTACTCCCCTGAGAGAGGGCTCCAAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140714 AAGGGAAAACAGTGTGATGAGCACTTACTCCCCTGAGAGAGGGCTCCAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCCTGACTAATACGTGCTGGAATGGGTGCTCCACTCCTGATGCAGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140764 TCCTGACTAATACGTGCTGGAATGGGTGCTCCACTCCTGATGCAGAGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCCTTGGATGAAGCTGTGAGAG         TTCCATCAAGCTCCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 140814 TCCTTGGATGAAGCTGTGAGAGGTG...AAGTTCCATCAAGCTCCGCCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGAGAATGCTATTGGTGATCCATATAAAACTCACATTTCCAGTGCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143759 AGAGAATGCTATTGGTGATCCATATAAAACTCACATTTCCAGTGCAGCGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGTCTCTGAATTCCTTGCATACTGTCAGATATTATTCTAAAGTCACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143809 TGTCTCTGAATTCCTTGCATACTGTCAGATATTATTCTAAAGTCACCCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TCCTACGATGCAACTGCTGTAACAAATCAGAACATTTCAATTCATTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143859 TCCTACGATGCAACTGCTGTAACAAATCAGAACATTTCAATTCATTTACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TTCAGCCATGCCCCCGGTCTCAAAGCTTCTCCCTCGGCACTGCACTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143909 TTCAGCCATGCCCCCGGTCTCAAAGCTTCTCCCTCGGCACTGCACTTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGTTGGGCCAGACGTGCACTACACATCCCAACTGTCTG         CAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 143959 GGTTGGGCCAGACGTGCACTACACATCCCAACTGTCTGGTA...CAGCAA

   1350     .    :    .
   1261 CAGTTTTGGGCGTAT
        |||||||||||||||
 145476 CAGTTTTGGGCGTAT