Result of FASTA (ccds) for pF1KB6125
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6125, 586 aa
  1>>>pF1KB6125 586 - 586 aa - 586 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6383+/-0.00128; mu= -0.5598+/- 0.076
 mean_var=327.8352+/-69.042, 0's: 0 Z-trim(108.9): 149  B-trim: 88 in 1/53
 Lambda= 0.070835
 statistics sampled from 10394 (10524) to 10394 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.652), E-opt: 0.2 (0.323), width:  16
 Scan time:  3.460

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS4140.1 LMNB1 gene_id:4001|Hs108|chr5           ( 586) 3673 390.0 4.5e-108
CCDS72941.1 LMNA gene_id:4000|Hs108|chr1           ( 614) 2020 221.1 3.3e-57
CCDS1129.1 LMNA gene_id:4000|Hs108|chr1            ( 664) 2020 221.1 3.5e-57
CCDS1131.1 LMNA gene_id:4000|Hs108|chr1            ( 572) 2016 220.6 4.2e-57
CCDS12090.2 LMNB2 gene_id:84823|Hs108|chr19        ( 620) 1692 187.6 4.1e-47
CCDS72942.1 LMNA gene_id:4000|Hs108|chr1           ( 491) 1595 177.5 3.3e-44
CCDS58038.1 LMNA gene_id:4000|Hs108|chr1           ( 574) 1594 177.5   4e-44


>>CCDS4140.1 LMNB1 gene_id:4001|Hs108|chr5                (586 aa)
 initn: 3673 init1: 3673 opt: 3673  Z-score: 2053.8  bits: 390.0 E(32554): 4.5e-108
Smith-Waterman score: 3673; 100.0% identity (100.0% similar) in 586 aa overlap (1-586:1-586)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MATATPVPPRMGSRAGGPTTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENSAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MATATPVPPRMGSRAGGPTTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENSAL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 QLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLLLN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLLLN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 YAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLAAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 YAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLAAA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 KKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEYEY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEYEY
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 KLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRMRI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRMRI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 ESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLNDY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 ESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLNDY
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB6 EQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGKRKRVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGKRKRVD
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB6 VEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGDTSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGDTSV
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB6 SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQGEEVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQGEEVA
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580      
pF1KB6 QRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
              550       560       570       580      

>>CCDS72941.1 LMNA gene_id:4000|Hs108|chr1                (614 aa)
 initn: 2045 init1: 1813 opt: 2020  Z-score: 1140.6  bits: 221.1 E(32554): 3.3e-57
Smith-Waterman score: 2020; 55.0% identity (82.9% similar) in 580 aa overlap (5-580:3-573)

               10          20        30        40        50        
pF1KB6 MATATPVPPRMGSRAGGP--TTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENS
           ::   : ..:.:.   .:::::::..::::::.:.:::::::::::.::::::::.
CCDS72   METP-SQRRATRSGAQASSTPLSPTRITRLQEKEDLQELNDRLAVYIDRVRSLETENA
                  10        20        30        40        50       

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB6 ALQLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLL
       .:.:..:: ::: .::..:.:: ::.::.:::..::..:.:::.::.::.: . :  .: 
CCDS72 GLRLRITESEEVVSREVSGIKAAYEAELGDARKTLDSVAKERARLQLELSKVREEFKELK
        60        70        80        90       100       110       

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB6 LNYAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLA
          .:::.:: .:: .:.. :: ::::.:::.:::..:..:::.:.::. :.:.:::.:.
CCDS72 ARNTKKEGDLIAAQARLKDLEALLNSKEAALSTALSEKRTLEGELHDLRGQVAKLEAALG
       120       130       140       150       160       170       

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB6 AAKKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEY
        ::::: :: : .:: ::: :.. :.:.:.:..: ::. ::.:.:::::::.:.:.: :.
CCDS72 EAKKQLQDEMLRRVDAENRLQTMKEELDFQKNIYSEELRETKRRHETRLVEIDNGKQREF
       180       190       200       210       220       230       

      240       250       260       270       280       290        
pF1KB6 EYKLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRM
       : .::.::.:.: ::. ::. ::.:::.:: :::.::: :.: :.. :..:.:::..::.
CCDS72 ESRLADALQELRAQHEDQVEQYKKELEKTYSAKLDNARQSAERNSNLVGAAHEELQQSRI
       240       250       260       270       280       290       

      300       310       320       330       340       350        
pF1KB6 RIESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLN
       ::.:::.:::.:::.  :   ....::: ::.:.:.:::.:..:::::::.: .:::::.
CCDS72 RIDSLSAQLSQLQKQLAAKEAKLRDLEDSLARERDTSRRLLAEKEREMAEMRARMQQQLD
       300       310       320       330       340       350       

      360       370       380       390       400       410        
pF1KB6 DYEQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGK-RK
       .:..:::.:::::::: :::::::::::::.:::::.:. . .::::  :     :.  :
CCDS72 EYQELLDIKLALDMEIHAYRKLLEGEEERLRLSPSPTSQRSRGRASSHSSQTQGGGSVTK
       360       370       380       390       400       410       

       420       430       440       450       460       470       
pF1KB6 RVDVEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGD
       .  .: .:. ::  .:. : ..: : .::.: .:::.::.: :..:: ::.:.. :. ::
CCDS72 KRKLESTESRSS--FSQHARTSGRVAVEEVDEEGKFVRLRNKSNEDQSMGNWQIKRQNGD
       420         430       440       450       460       470     

       480        490       500       510       520       530      
pF1KB6 TSV-SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQG
         . .:..  ...:::::.::::::.::.: ::::::.:: ::.:: :..... : :: :
CCDS72 DPLLTYRFPPKFTLKAGQVVTIWAAGAGATHSPPTDLVWKAQNTWGCGNSLRTALINSTG
         480       490       500       510       520       530     

        540       550       560       570       580                
pF1KB6 EEVAQRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM          
       ::::.:. : ..:. :..:.:.   :   .. : :..:.  .:.                
CCDS72 EEVAMRKLVRSVTVVEDDEDED---G---DDLLHHHHGSHCSSSGDPAEYNLRSRTVLCG
         540       550             560       570       580         

CCDS72 TCGQPADKASASGSGAQSPQNCSIM
     590       600       610    

>>CCDS1129.1 LMNA gene_id:4000|Hs108|chr1                 (664 aa)
 initn: 2045 init1: 1813 opt: 2020  Z-score: 1140.2  bits: 221.1 E(32554): 3.5e-57
Smith-Waterman score: 2020; 55.0% identity (82.9% similar) in 580 aa overlap (5-580:3-573)

               10          20        30        40        50        
pF1KB6 MATATPVPPRMGSRAGGP--TTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENS
           ::   : ..:.:.   .:::::::..::::::.:.:::::::::::.::::::::.
CCDS11   METP-SQRRATRSGAQASSTPLSPTRITRLQEKEDLQELNDRLAVYIDRVRSLETENA
                  10        20        30        40        50       

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB6 ALQLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLL
       .:.:..:: ::: .::..:.:: ::.::.:::..::..:.:::.::.::.: . :  .: 
CCDS11 GLRLRITESEEVVSREVSGIKAAYEAELGDARKTLDSVAKERARLQLELSKVREEFKELK
        60        70        80        90       100       110       

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB6 LNYAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLA
          .:::.:: .:: .:.. :: ::::.:::.:::..:..:::.:.::. :.:.:::.:.
CCDS11 ARNTKKEGDLIAAQARLKDLEALLNSKEAALSTALSEKRTLEGELHDLRGQVAKLEAALG
       120       130       140       150       160       170       

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB6 AAKKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEY
        ::::: :: : .:: ::: :.. :.:.:.:..: ::. ::.:.:::::::.:.:.: :.
CCDS11 EAKKQLQDEMLRRVDAENRLQTMKEELDFQKNIYSEELRETKRRHETRLVEIDNGKQREF
       180       190       200       210       220       230       

      240       250       260       270       280       290        
pF1KB6 EYKLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRM
       : .::.::.:.: ::. ::. ::.:::.:: :::.::: :.: :.. :..:.:::..::.
CCDS11 ESRLADALQELRAQHEDQVEQYKKELEKTYSAKLDNARQSAERNSNLVGAAHEELQQSRI
       240       250       260       270       280       290       

      300       310       320       330       340       350        
pF1KB6 RIESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLN
       ::.:::.:::.:::.  :   ....::: ::.:.:.:::.:..:::::::.: .:::::.
CCDS11 RIDSLSAQLSQLQKQLAAKEAKLRDLEDSLARERDTSRRLLAEKEREMAEMRARMQQQLD
       300       310       320       330       340       350       

      360       370       380       390       400       410        
pF1KB6 DYEQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGK-RK
       .:..:::.:::::::: :::::::::::::.:::::.:. . .::::  :     :.  :
CCDS11 EYQELLDIKLALDMEIHAYRKLLEGEEERLRLSPSPTSQRSRGRASSHSSQTQGGGSVTK
       360       370       380       390       400       410       

       420       430       440       450       460       470       
pF1KB6 RVDVEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGD
       .  .: .:. ::  .:. : ..: : .::.: .:::.::.: :..:: ::.:.. :. ::
CCDS11 KRKLESTESRSS--FSQHARTSGRVAVEEVDEEGKFVRLRNKSNEDQSMGNWQIKRQNGD
       420         430       440       450       460       470     

       480        490       500       510       520       530      
pF1KB6 TSV-SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQG
         . .:..  ...:::::.::::::.::.: ::::::.:: ::.:: :..... : :: :
CCDS11 DPLLTYRFPPKFTLKAGQVVTIWAAGAGATHSPPTDLVWKAQNTWGCGNSLRTALINSTG
         480       490       500       510       520       530     

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pF1KB6 EEVAQRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM          
       ::::.:. : ..:. :..:.:.   :   .. : :..:.  .:.                
CCDS11 EEVAMRKLVRSVTVVEDDEDED---G---DDLLHHHHGSHCSSSGDPAEYNLRSRTVLCG
         540       550             560       570       580         

CCDS11 TCGQPADKASASGSGAQVGGPISSGSSASSVTVTRSYRSVGGSGGGSFGDNLVTRSYLLG
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>>CCDS1131.1 LMNA gene_id:4000|Hs108|chr1                 (572 aa)
 initn: 2045 init1: 1813 opt: 2016  Z-score: 1138.7  bits: 220.6 E(32554): 4.2e-57
Smith-Waterman score: 2016; 56.3% identity (84.1% similar) in 558 aa overlap (5-558:3-557)

               10          20        30        40        50        
pF1KB6 MATATPVPPRMGSRAGGP--TTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENS
           ::   : ..:.:.   .:::::::..::::::.:.:::::::::::.::::::::.
CCDS11   METP-SQRRATRSGAQASSTPLSPTRITRLQEKEDLQELNDRLAVYIDRVRSLETENA
                  10        20        30        40        50       

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pF1KB6 ALQLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLL
       .:.:..:: ::: .::..:.:: ::.::.:::..::..:.:::.::.::.: . :  .: 
CCDS11 GLRLRITESEEVVSREVSGIKAAYEAELGDARKTLDSVAKERARLQLELSKVREEFKELK
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pF1KB6 LNYAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLA
          .:::.:: .:: .:.. :: ::::.:::.:::..:..:::.:.::. :.:.:::.:.
CCDS11 ARNTKKEGDLIAAQARLKDLEALLNSKEAALSTALSEKRTLEGELHDLRGQVAKLEAALG
       120       130       140       150       160       170       

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pF1KB6 AAKKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEY
        ::::: :: : .:: ::: :.. :.:.:.:..: ::. ::.:.:::::::.:.:.: :.
CCDS11 EAKKQLQDEMLRRVDAENRLQTMKEELDFQKNIYSEELRETKRRHETRLVEIDNGKQREF
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pF1KB6 EYKLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRM
       : .::.::.:.: ::. ::. ::.:::.:: :::.::: :.: :.. :..:.:::..::.
CCDS11 ESRLADALQELRAQHEDQVEQYKKELEKTYSAKLDNARQSAERNSNLVGAAHEELQQSRI
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pF1KB6 RIESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLN
       ::.:::.:::.:::.  :   ....::: ::.:.:.:::.:..:::::::.: .:::::.
CCDS11 RIDSLSAQLSQLQKQLAAKEAKLRDLEDSLARERDTSRRLLAEKEREMAEMRARMQQQLD
       300       310       320       330       340       350       

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pF1KB6 DYEQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGK-RK
       .:..:::.:::::::: :::::::::::::.:::::.:. . .::::  :     :.  :
CCDS11 EYQELLDIKLALDMEIHAYRKLLEGEEERLRLSPSPTSQRSRGRASSHSSQTQGGGSVTK
       360       370       380       390       400       410       

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pF1KB6 RVDVEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGD
       .  .: .:. ::  .:. : ..: : .::.: .:::.::.: :..:: ::.:.. :. ::
CCDS11 KRKLESTESRSS--FSQHARTSGRVAVEEVDEEGKFVRLRNKSNEDQSMGNWQIKRQNGD
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pF1KB6 TSV-SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQG
         . .:..  ...:::::.::::::.::.: ::::::.:: ::.:: :..... : :: :
CCDS11 DPLLTYRFPPKFTLKAGQVVTIWAAGAGATHSPPTDLVWKAQNTWGCGNSLRTALINSTG
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pF1KB6 EEVAQRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
       ::::.:. : ..:. :..:.:.                            
CCDS11 EEVAMRKLVRSVTVVEDDEDEDGDDLLHHHHVSGSRR             
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>>CCDS12090.2 LMNB2 gene_id:84823|Hs108|chr19             (620 aa)
 initn: 2242 init1: 1643 opt: 1692  Z-score: 959.4  bits: 187.6 E(32554): 4.1e-47
Smith-Waterman score: 2223; 58.4% identity (83.6% similar) in 604 aa overlap (4-586:22-620)

                                 10        20        30        40  
pF1KB6                   MATATPVPPRMGSRAGGPTTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDR
                            :::.:    .:::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS12 MSPPSPGRRREQRRPRAAATMATPLP----GRAGGPATPLSPTRLSRLQEKEELRELNDR
               10        20            30        40        50      

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pF1KB6 LAVYIDKVRSLETENSALQLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAK
       :: :::.::.:: ::. : :...:.:::  ::..:.:::::.:::::::.::.::::::.
CCDS12 LAHYIDRVRALELENDRLLLKISEKEEVTTREVSGIKALYESELADARRVLDETARERAR
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pF1KB6 LQIELGKCKAEHDQLLLNYAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGD
       ::::.:: .:: :..  .  :.:..:. :: .... :. .. ... ::.::.::..::.:
CCDS12 LQIEIGKLRAELDEVNKSAKKREGELTVAQGRVKDLESLFHRSEVELAAALSDKRGLESD
        120       130       140       150       160       170      

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pF1KB6 LEDLKDQIAQLEASLAAAKKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRK
       . .:. :.:. : . :.:::::  :::..:::::::::: :.:.::::..:::. ::::.
CCDS12 VAELRAQLAKAEDGHAVAKKQLEKETLMRVDLENRCQSLQEELDFRKSVFEEEVRETRRR
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pF1KB6 HETRLVEVDSGRQIEYEYKLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMN
       :: :::::::.:: ::..:.::::.:.: ::: :::::: ::::::.:::..:.:::..:
CCDS12 HERRLVEVDSSRQQEYDFKMAQALEELRSQHDEQVRLYKLELEQTYQAKLDSAKLSSDQN
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pF1KB6 TSTVNSAREELMESRMRIESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDK
        .....::::: :.:::.:::: :::.:::.. :  .::.:::. .: :.:. :.::  :
CCDS12 DKAASAAREELKEARMRLESLSYQLSGLQKQASAAEDRIRELEEAMAGERDKFRKMLDAK
        300       310       320       330       340       350      

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pF1KB6 EREMAEIRDQMQQQLNDYEQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSR
       :.::.:.:: ::::: .:..::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EQEMTEMRDVMQQQLAEYQELLDVKLALDMEINAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSR
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pF1KB6 ASSSRSV------RTTRGKRKRVDVEE------------SEASSSVSISHSASATGNVCI
       :.:: :       :  :.::::..:::            . .:..  ....:::.:.: :
CCDS12 ATSSSSGSLSATGRLGRSKRKRLEVEEPLGSGPSVLGTGTGGSGGFHLAQQASASGSVSI
        420       430       440       450       460       470      

          450       460       470        480       490       500   
pF1KB6 EEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGD-TSVSYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANA
       ::::..:::..:::.:..:: .:.:.. :.. .   ..::.: .:.:.::: ::.:::.:
CCDS12 EEIDLEGKFVQLKNNSDKDQSLGNWRIKRQVLEGEEIAYKFTPKYILRAGQMVTVWAAGA
        480       490       500       510       520       530      

           510       520       530       540       550         560 
pF1KB6 GVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQGEEVAQRSTVFKTTIPEEEE--EEEEAA
       ::. :::. :.::.:.::::::. ...: :..:::::.: :: :... .:.:  ::::  
CCDS12 GVAHSPPSTLVWKGQSSWGTGESFRTVLVNADGEEVAMR-TVKKSSVMRENENGEEEEEE
        540       550       560       570        580       590     

             570       580      
pF1KB6 GVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
       .   ::.:::::: ::...:.: .:
CCDS12 AEFGEEDLFHQQGDPRTTSRGCYVM
         600       610       620

>>CCDS72942.1 LMNA gene_id:4000|Hs108|chr1                (491 aa)
 initn: 1662 init1: 1398 opt: 1595  Z-score: 907.0  bits: 177.5 E(32554): 3.3e-44
Smith-Waterman score: 1595; 53.6% identity (81.4% similar) in 472 aa overlap (93-558:10-476)

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pF1KB6 QVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIEL----GKCKAEHDQLL
                                     :.: ::::.   .      :. .:.  . :
CCDS72                      MQPLLCLGNLED-ARERTGTLLAQHPAWGRTRAKPGSPL
                                    10         20        30        

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB6 LNYAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLA
          .:::.:: .:: .:.. :: ::::.:::.:::..:..:::.:.::. :.:.:::.:.
CCDS72 --NTKKEGDLIAAQARLKDLEALLNSKEAALSTALSEKRTLEGELHDLRGQVAKLEAALG
         40        50        60        70        80        90      

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pF1KB6 AAKKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEY
        ::::: :: : .:: ::: :.. :.:.:.:..: ::. ::.:.:::::::.:.:.: :.
CCDS72 EAKKQLQDEMLRRVDAENRLQTMKEELDFQKNIYSEELRETKRRHETRLVEIDNGKQREF
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pF1KB6 EYKLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRM
       : .::.::.:.: ::. ::. ::.:::.:: :::.::: :.: :.. :..:.:::..::.
CCDS72 ESRLADALQELRAQHEDQVEQYKKELEKTYSAKLDNARQSAERNSNLVGAAHEELQQSRI
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pF1KB6 RIESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLN
       ::.:::.:::.:::.  :   ....::: ::.:.:.:::.:..:::::::.: .:::::.
CCDS72 RIDSLSAQLSQLQKQLAAKEAKLRDLEDSLARERDTSRRLLAEKEREMAEMRARMQQQLD
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pF1KB6 DYEQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGK-RK
       .:..:::.:::::::: :::::::::::::.:::::.:. . .::::  :     :.  :
CCDS72 EYQELLDIKLALDMEIHAYRKLLEGEEERLRLSPSPTSQRSRGRASSHSSQTQGGGSVTK
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pF1KB6 RVDVEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGD
       .  .: .:. ::  .:. : ..: : .::.: .:::.::.: :..:: ::.:.. :. ::
CCDS72 KRKLESTESRSS--FSQHARTSGRVAVEEVDEEGKFVRLRNKSNEDQSMGNWQIKRQNGD
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