Result of FASTA (ccds) for pF1KB5909
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5909, 504 aa
  1>>>pF1KB5909 504 - 504 aa - 504 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3372+/-0.00109; mu= 8.0634+/- 0.064
 mean_var=139.8003+/-29.651, 0's: 0 Z-trim(107.2): 201  B-trim: 267 in 2/48
 Lambda= 0.108473
 statistics sampled from 9186 (9426) to 9186 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.65), E-opt: 0.2 (0.29), width:  16
 Scan time:  3.330

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS7995.1 PRPF19 gene_id:27339|Hs108|chr11        ( 504) 3297 528.1 8.6e-150
CCDS59142.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9          ( 521)  405 75.6 1.5e-13
CCDS6791.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9           ( 522)  405 75.6 1.5e-13
CCDS7547.1 TAF5 gene_id:6877|Hs108|chr10           ( 800)  397 74.4 5.1e-13
CCDS31869.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12       ( 478)  382 71.9 1.7e-12
CCDS55859.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12       ( 436)  368 69.7 7.4e-12
CCDS6981.1 WDR5 gene_id:11091|Hs108|chr9           ( 334)  353 67.3   3e-11
CCDS3012.1 WDR5B gene_id:54554|Hs108|chr3          ( 330)  348 66.5 5.2e-11


>>CCDS7995.1 PRPF19 gene_id:27339|Hs108|chr11             (504 aa)
 initn: 3297 init1: 3297 opt: 3297  Z-score: 2802.7  bits: 528.1 E(32554): 8.6e-150
Smith-Waterman score: 3297; 100.0% identity (100.0% similar) in 504 aa overlap (1-504:1-504)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MSLICSISNEVPEHPCVSPVSNHVYERRLIEKYIAENGTDPINNQPLSEEQLIDIKVAHP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 MSLICSISNEVPEHPCVSPVSNHVYERRLIEKYIAENGTDPINNQPLSEEQLIDIKVAHP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 IRPKPPSATSIPAILKALQDEWDAVMLHSFTLRQQLQTTRQELSHALYQHDAACRVIARL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 IRPKPPSATSIPAILKALQDEWDAVMLHSFTLRQQLQTTRQELSHALYQHDAACRVIARL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 TKEVTAAREALATLKPQAGLIVPQAVPSSQPSVVGAGEPMDLGELVGMTPEIIQKLQDKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 TKEVTAAREALATLKPQAGLIVPQAVPSSQPSVVGAGEPMDLGELVGMTPEIIQKLQDKA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 TVLTTERKKRGKTVPEELVKPEELSKYRQVASHVGLHSASIPGILALDLCPSDTNKILTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 TVLTTERKKRGKTVPEELVKPEELSKYRQVASHVGLHSASIPGILALDLCPSDTNKILTG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 GADKNVVVFDKSSEQILATLKGHTKKVTSVVFHPSQDLVFSASPDATIRIWSVPNASCVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 GADKNVVVFDKSSEQILATLKGHTKKVTSVVFHPSQDLVFSASPDATIRIWSVPNASCVQ
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 VVRAHESAVTGLSLHATGDYLLSSSDDQYWAFSDIQTGRVLTKVTDETSGCSLTCAQFHP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 VVRAHESAVTGLSLHATGDYLLSSSDDQYWAFSDIQTGRVLTKVTDETSGCSLTCAQFHP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 DGLIFGTGTMDSQIKIWDLKERTNVANFPGHSGPITSIAFSENGYYLATAADDSSVKLWD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 DGLIFGTGTMDSQIKIWDLKERTNVANFPGHSGPITSIAFSENGYYLATAADDSSVKLWD
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 LRKLKNFKTLQLDNNFEVKSLIFDQSGTYLALGGTDVQIYICKQWTEILHFTEHSGLTTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 LRKLKNFKTLQLDNNFEVKSLIFDQSGTYLALGGTDVQIYICKQWTEILHFTEHSGLTTG
              430       440       450       460       470       480

              490       500    
pF1KB5 VAFGHHAKFIASTGMDRSLKFYSL
       ::::::::::::::::::::::::
CCDS79 VAFGHHAKFIASTGMDRSLKFYSL
              490       500    

>>CCDS59142.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9               (521 aa)
 initn: 410 init1: 204 opt: 405  Z-score: 356.6  bits: 75.6 E(32554): 1.5e-13
Smith-Waterman score: 405; 27.1% identity (60.5% similar) in 258 aa overlap (256-502:264-518)

         230       240       250       260       270       280     
pF1KB5 ALDLCPSDTNKILTGGADKNVVVFDKSSEQILATLKGHTKKVTSVVFHPSQDLVF-----
                                     .: ::.::. .: ..::::.. . .     
CCDS59 SYCHFSPNSKMLATACWSGLCKLWSVPDCNLLHTLRGHNTNVGAIVFHPKSTVSLDPKDV
           240       250       260       270       280       290   

                 290       300       310       320       330       
pF1KB5 ---SASPDATIRIWSVPNASCVQVVRAHESAVTGLSLHATGDYLLSSSDDQYWAFSDIQT
          : . :.....::. .   :  ...:   :. .  : .: .: ..  :. : . :...
CCDS59 NLASCAADGSVKLWSLDSDEPVADIEGHTVRVARVMWHPSGRFLGTTCYDRSWRLWDLEA
           300       310       320       330       340       350   

       340       350       360       370       380       390       
pF1KB5 GRVLTKVTDETSGCSLTCAQFHPDGLIFGTGTMDSQIKIWDLKERTNVANFPGHSGPITS
        . . .   .. :  .    :: :: . ::: .:.  ..:::.    .  . ::   : .
CCDS59 QEEILHQEGHSMG--VYDIAFHQDGSLAGTGGLDAFGRVWDLRTGRCIMFLEGHLKEIYG
           360         370       380       390       400       410 

       400       410       420       430       440        450      
pF1KB5 IAFSENGYYLATAADDSSVKLWDLRKLKNFKTLQLDNNFEVKSLIFDQ-SGTYLALGGTD
       : :: :::..::.. :.. :.::::. .   :.   .:. : .. :.   :..:  :. :
CCDS59 INFSPNGYHIATGSGDNTCKVWDLRQRRCVYTIPAHQNL-VTGVKFEPIHGNFLLTGAYD
             420       430       440       450        460       470

          460       470       480       490       500     
pF1KB5 --VQIYICKQWTEILHFTEHSGLTTGVAFGHHAKFIASTGMDRSLKFYSL 
         ..:.    :. .  .. : : . :. ..  ...::. ..::..:..   
CCDS59 NTAKIWTHPGWSPLKTLAGHEGKVMGLDISSDGQLIATCSYDRTFKLWMAE
              480       490       500       510       520 

>>CCDS6791.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9                (522 aa)
 initn: 410 init1: 204 opt: 405  Z-score: 356.5  bits: 75.6 E(32554): 1.5e-13
Smith-Waterman score: 405; 27.1% identity (60.5% similar) in 258 aa overlap (256-502:265-519)

         230       240       250       260       270       280     
pF1KB5 ALDLCPSDTNKILTGGADKNVVVFDKSSEQILATLKGHTKKVTSVVFHPSQDLVF-----
                                     .: ::.::. .: ..::::.. . .     
CCDS67 SYCHFSPNSKMLATACWSGLCKLWSVPDCNLLHTLRGHNTNVGAIVFHPKSTVSLDPKDV
          240       250       260       270       280       290    

                 290       300       310       320       330       
pF1KB5 ---SASPDATIRIWSVPNASCVQVVRAHESAVTGLSLHATGDYLLSSSDDQYWAFSDIQT
          : . :.....::. .   :  ...:   :. .  : .: .: ..  :. : . :...
CCDS67 NLASCAADGSVKLWSLDSDEPVADIEGHTVRVARVMWHPSGRFLGTTCYDRSWRLWDLEA
          300       310       320       330       340       350    

       340       350       360       370       380       390       
pF1KB5 GRVLTKVTDETSGCSLTCAQFHPDGLIFGTGTMDSQIKIWDLKERTNVANFPGHSGPITS
        . . .   .. :  .    :: :: . ::: .:.  ..:::.    .  . ::   : .
CCDS67 QEEILHQEGHSMG--VYDIAFHQDGSLAGTGGLDAFGRVWDLRTGRCIMFLEGHLKEIYG
          360         370       380       390       400       410  

       400       410       420       430       440        450      
pF1KB5 IAFSENGYYLATAADDSSVKLWDLRKLKNFKTLQLDNNFEVKSLIFDQ-SGTYLALGGTD
       : :: :::..::.. :.. :.::::. .   :.   .:. : .. :.   :..:  :. :
CCDS67 INFSPNGYHIATGSGDNTCKVWDLRQRRCVYTIPAHQNL-VTGVKFEPIHGNFLLTGAYD
            420       430       440       450        460       470 

          460       470       480       490       500     
pF1KB5 --VQIYICKQWTEILHFTEHSGLTTGVAFGHHAKFIASTGMDRSLKFYSL 
         ..:.    :. .  .. : : . :. ..  ...::. ..::..:..   
CCDS67 NTAKIWTHPGWSPLKTLAGHEGKVMGLDISSDGQLIATCSYDRTFKLWMAE
             480       490       500       510       520  

>>CCDS7547.1 TAF5 gene_id:6877|Hs108|chr10                (800 aa)
 initn: 380 init1: 225 opt: 397  Z-score: 347.1  bits: 74.4 E(32554): 5.1e-13
Smith-Waterman score: 397; 30.2% identity (59.9% similar) in 242 aa overlap (248-485:527-758)

       220       230       240       250       260       270       
pF1KB5 SASIPGILALDLCPSDTNKILTGGADKNVVVFDKSSEQILATLKGHTKKVTSVVFHPSQD
                                     ..:... . :  : ::.  : .. : :...
CCDS75 WSVTPKKLRSVKQASDLSLIDKESDDVLERIMDEKTASELKILYGHSGPVYGASFSPDRN
        500       510       520       530       540       550      

       280       290       300       310       320          330    
pF1KB5 LVFSASPDATIRIWSVPNASCVQVVRAHESAVTGLSLHATGDYLLSSSDDQY---WAFSD
        ..:.: :.:.:.::. . .:.   ..:.  :   ..   : :..:.. :.    :: . 
CCDS75 YLLSSSEDGTVRLWSLQTFTCLVGYKGHNYPVWDTQFSPYGYYFVSGGHDRVARLWATDH
        560       570       580       590       600       610      

          340        350       360       370       380       390   
pF1KB5 IQTGRVLT-KVTDETSGCSLTCAQFHPDGLIFGTGTMDSQIKIWDLKERTNVANFPGHSG
        :  :... ...:      ..:..:::..   .::. :  ...::. . . :  : ::.:
CCDS75 YQPLRIFAGHLAD------VNCTRFHPNSNYVATGSADRTVRLWDVLNGNCVRIFTGHKG
        620             630       640       650       660       670

           400       410       420       430       440       450   
pF1KB5 PITSIAFSENGYYLATAADDSSVKLWDLRKLKNFKTLQLDNNFEVKSLIFDQSGTYLALG
       :: :..:: :: .:::.: :. : :::. .      :.  ..  : :: :...:  :: :
CCDS75 PIHSLTFSPNGRFLATGATDGRVLLWDIGHGLMVGELKGHTD-TVCSLRFSRDGEILASG
              680       690       700       710        720         

           460       470       480       490       500             
pF1KB5 GTDVQIYICKQWTEILHFTEHSGLTTGVAFGHHAKFIASTGMDRSLKFYSL         
       . :  .   . :  :  : .       .: ::                            
CCDS75 SMDNTV---RLWDAIKAFEDLETDDFTTATGHINLPENSQELLLGTYMTKSTPVVHLHFT
     730          740       750       760       770       780      

CCDS75 RRNLVLAAGAYSPQ
        790       800

>>CCDS31869.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12            (478 aa)
 initn: 322 init1: 186 opt: 382  Z-score: 337.6  bits: 71.9 E(32554): 1.7e-12
Smith-Waterman score: 382; 29.3% identity (59.1% similar) in 276 aa overlap (224-496:21-291)

           200       210       220       230       240       250   
pF1KB5 VPEELVKPEELSKYRQVASHVGLHSASIPGILALDLCPSDTNKILTGGADKNVVVFDKSS
                                     : .::: :.  ... :.. :  ..... . 
CCDS31           MASATEDPVLERYFKGHKAAITSLDLSPNG-KQLATASWDTFLMLWNFKP
                         10        20        30         40         

           260       270       280       290        300       310  
pF1KB5 EQILATLKGHTKKVTSVVFHPSQDLVFSASPDATIRIWSVPNA-SCVQVVRAHESAVTGL
       .       ::   :::: : :  .:. ::: : :.:.: .:.  .  .  .:: . : ..
CCDS31 HARAYRYVGHKDVVTSVQFSPHGNLLASASRDRTVRLW-IPDKRGKFSEFKAHTAPVRSV
      50        60        70        80         90       100        

            320       330       340       350       360       370  
pF1KB5 SLHATGDYLLSSSDDQYWAFSDIQTGRVLTKVTDETSGCSLTCAQFHPDGLIFGTGTMDS
       .. : :..: ..:.:.     ..   : : ..  .:    . ::.: ::: .. . . :.
CCDS31 DFSADGQFLATASEDKSIKVWSMYRQRFLYSLYRHTHW--VRCAKFSPDGRLIVSCSEDK
      110       120       130       140         150       160      

            380       390       400       410       420       430  
pF1KB5 QIKIWDLKERTNVANFPGHSGPITSIAFSENGYYLATAADDSSVKLWDLRKLKNFKTLQL
        :::::  ..  : ::    :  . . :. .:  .:.:..:..::.::.:  : ..  :.
CCDS31 TIKIWDTTNKQCVNNFSDSVGFANFVDFNPSGTCIASAGSDQTVKVWDVRVNKLLQHYQV
        170       180       190       200       210       220      

            440       450       460       470         480       490
pF1KB5 DNNFEVKSLIFDQSGTYLALGGTDVQIYICKQWTEILHFTE--HSGLTTGVAFGHHAKFI
        ..  :. . :  ::.::  ...:  . :       : .:   :.: .  :.:.. ....
CCDS31 HSG-GVNCISFHPSGNYLITASSDGTLKILDLLEGRLIYTLQGHTGPVFTVSFSKGGELF
         230       240       250       260       270       280     

              500                                                  
pF1KB5 ASTGMDRSLKFYSL                                              
       :: : :                                                      
CCDS31 ASGGADTQVLLWRTNFDELHCKGLTKRNLKRLHFDSPPHLLDIYPRTPHPHEEKVETVEI
         290       300       310       320       330       340     

>>CCDS55859.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12            (436 aa)
 initn: 322 init1: 186 opt: 368  Z-score: 326.4  bits: 69.7 E(32554): 7.4e-12
Smith-Waterman score: 368; 31.1% identity (59.7% similar) in 238 aa overlap (262-496:16-249)

             240       250       260       270       280       290 
pF1KB5 SDTNKILTGGADKNVVVFDKSSEQILATLKGHTKKVTSVVFHPSQDLVFSASPDATIRIW
                                     ::   :::: : :  .:. ::: : :.:.:
CCDS55                MLWNFKPHARAYRYVGHKDVVTSVQFSPHGNLLASASRDRTVRLW
                              10        20        30        40     

              300       310       320       330       340       350
pF1KB5 SVPNA-SCVQVVRAHESAVTGLSLHATGDYLLSSSDDQYWAFSDIQTGRVLTKVTDETSG
        .:.  .  .  .:: . : .... : :..: ..:.:.     ..   : : ..  .:  
CCDS55 -IPDKRGKFSEFKAHTAPVRSVDFSADGQFLATASEDKSIKVWSMYRQRFLYSLYRHTHW
           50        60        70        80        90       100    

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pF1KB5 CSLTCAQFHPDGLIFGTGTMDSQIKIWDLKERTNVANFPGHSGPITSIAFSENGYYLATA
         . ::.: ::: .. . . :. :::::  ..  : ::    :  . . :. .:  .:.:
CCDS55 --VRCAKFSPDGRLIVSCSEDKTIKIWDTTNKQCVNNFSDSVGFANFVDFNPSGTCIASA
            110       120       130       140       150       160  

              420       430       440       450       460       470
pF1KB5 ADDSSVKLWDLRKLKNFKTLQLDNNFEVKSLIFDQSGTYLALGGTDVQIYICKQWTEILH
       ..:..::.::.:  : ..  :. ..  :. . :  ::.::  ...:  . :       : 
CCDS55 GSDQTVKVWDVRVNKLLQHYQVHSG-GVNCISFHPSGNYLITASSDGTLKILDLLEGRLI
            170       180        190       200       210       220 

                480       490       500                            
pF1KB5 FTE--HSGLTTGVAFGHHAKFIASTGMDRSLKFYSL                        
       .:   :.: .  :.:.. ....:: : :                                
CCDS55 YTLQGHTGPVFTVSFSKGGELFASGGADTQVLLWRTNFDELHCKGLTKRNLKRLHFDSPP
             230       240       250       260       270       280 

>>CCDS6981.1 WDR5 gene_id:11091|Hs108|chr9                (334 aa)
 initn: 458 init1: 229 opt: 353  Z-score: 315.3  bits: 67.3 E(32554): 3e-11
Smith-Waterman score: 375; 27.1% identity (65.7% similar) in 207 aa overlap (259-465:40-241)

      230       240       250       260       270       280        
pF1KB5 LCPSDTNKILTGGADKNVVVFDKSSEQILATLKGHTKKVTSVVFHPSQDLVFSASPDATI
                                     :: :::: :.:: : :. . . :.: :  :
CCDS69 TEAARAQPTPSSSATQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEWLASSSADKLI
      10        20        30        40        50        60         

      290       300       310       320       330       340        
pF1KB5 RIWSVPNASCVQVVRAHESAVTGLSLHATGDYLLSSSDDQYWAFSDIQTGRVLTKVTDET
       .::.. ...  ... .:. ... ..  . .. :.:.:::.   . :...:. :  .  ..
CCDS69 KIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWSSDSNLLVSASDDKTLKIWDVSSGKCLKTLKGHS
      70        80        90       100       110       120         

      350       360       370       380       390       400        
pF1KB5 SGCSLTCAQFHPDGLIFGTGTMDSQIKIWDLKERTNVANFPGHSGPITSIAFSENGYYLA
       .   . : .:.:.. .. .:..: ...:::.:    . ..:.:: :.... :...:  ..
CCDS69 N--YVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVHFNRDGSLIV
     130         140       150       160       170       180       

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pF1KB5 TAADDSSVKLWDLRKLKNFKTLQLDNNFEVKSLIFDQSGTYLALGGTDVQIYICKQWTEI
       ... :.  ..::  . . .:::  :.:  :. . :. .: :.  .  :  .   : :   
CCDS69 SSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTL---KLWDYS
       190       200       210       220       230          240    

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pF1KB5 LHFTEHSGLTTGVAFGHHAKFIASTGMDRSLKFYSL                        
                                                                   
CCDS69 KGKCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVV
          250       260       270       280       290       300    

>>CCDS3012.1 WDR5B gene_id:54554|Hs108|chr3               (330 aa)
 initn: 432 init1: 219 opt: 348  Z-score: 311.2  bits: 66.5 E(32554): 5.2e-11
Smith-Waterman score: 348; 27.6% identity (67.0% similar) in 203 aa overlap (232-431:93-294)

             210       220       230       240       250       260 
pF1KB5 EELSKYRQVASHVGLHSASIPGILALDLCPSDTNKILTGGADKNVVVFDKSSEQILATLK
                                     ::........ ::.. ..:  : . : :::
CCDS30 RLIIIWGAYDGKYEKTLYGHNLEISDVAWSSDSSRLVSASDDKTLKLWDVRSGKCLKTLK
             70        80        90       100       110       120  

             270       280       290       300       310       320 
pF1KB5 GHTKKVTSVVFHPSQDLVFSASPDATIRIWSVPNASCVQVVRAHESAVTGLSLHATGDYL
       ::.. :    :.: ..:..:.: : :..:: : ...:.... :: . :... .. .:. .
CCDS30 GHSNYVFCCNFNPPSNLIISGSFDETVKIWEVKTGKCLKTLSAHSDPVSAVHFNCSGSLI
            130       140       150       160       170       180  

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pF1KB5 LSSSDDQYWAFSDIQTGRVLTKVTDETSGCSLTCAQFHPDGLIFGTGTMDSQIKIWDLKE
       .:.: :    . :  .:. :  ..:. .   .. ..: :.:  . :.:.:. .:.:: ..
CCDS30 VSGSYDGLCRIWDAASGQCLKTLVDDDNP-PVSFVKFSPNGKYILTATLDNTLKLWDYSR
            190       200       210        220       230       240 

             390         400        410       420       430        
pF1KB5 RTNVANFPGHSGPITSI--AFS-ENGYYLATAADDSSVKLWDLRKLKNFKTLQLDNNFEV
          . .. ::..    :   ::  .: .......:. : .:.:.  .  . ::       
CCDS30 GRCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVVI
             250       260       270       280       290       300 

      440       450       460       470       480       490        
pF1KB5 KSLIFDQSGTYLALGGTDVQIYICKQWTEILHFTEHSGLTTGVAFGHHAKFIASTGMDRS
                                                                   
CCDS30 SAACHPTENLIASAALENDKTIKLWMSNH                               
             310       320       330                               




504 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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 start: Sat Nov  5 10:39:32 2016 done: Sat Nov  5 10:39:32 2016
 Total Scan time:  3.330 Total Display time:  0.040

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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