Result of FASTA (ccds) for pF1KB7942
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7942, 245 aa
  1>>>pF1KB7942 245 - 245 aa - 245 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6982+/-0.000842; mu= 14.5596+/- 0.052
 mean_var=125.8861+/-26.123, 0's: 0 Z-trim(110.6): 190  B-trim: 7 in 1/50
 Lambda= 0.114310
 statistics sampled from 11493 (11718) to 11493 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.72), E-opt: 0.2 (0.36), width:  16
 Scan time:  2.450

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS1290.1 PRRX1 gene_id:5396|Hs108|chr1           ( 245) 1592 273.2 1.2e-73
CCDS1291.1 PRRX1 gene_id:5396|Hs108|chr1           ( 217) 1304 225.6 2.1e-59
CCDS6926.1 PRRX2 gene_id:51450|Hs108|chr9          ( 253)  877 155.3 3.7e-38
CCDS31451.1 PAX6 gene_id:5080|Hs108|chr11          ( 422)  356 69.6 3.8e-12
CCDS31452.1 PAX6 gene_id:5080|Hs108|chr11          ( 436)  356 69.6 3.9e-12
CCDS11972.1 RAX gene_id:30062|Hs108|chr18          ( 346)  353 69.0 4.7e-12
CCDS14215.1 ARX gene_id:170302|Hs108|chrX          ( 562)  354 69.4 5.7e-12
CCDS2450.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2            ( 403)  343 67.4 1.6e-11
CCDS2449.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2            ( 407)  343 67.4 1.6e-11
CCDS3463.1 PHOX2B gene_id:8929|Hs108|chr4          ( 314)  341 67.0 1.7e-11
CCDS42826.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2           ( 479)  343 67.5 1.8e-11
CCDS46522.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2           ( 483)  343 67.5 1.8e-11
CCDS42825.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2           ( 484)  343 67.5 1.8e-11
CCDS31468.1 ALX4 gene_id:60529|Hs108|chr11         ( 411)  342 67.3 1.8e-11
CCDS2448.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2            ( 505)  343 67.5 1.9e-11
CCDS8214.1 PHOX2A gene_id:401|Hs108|chr11          ( 284)  336 66.1 2.9e-11
CCDS44388.2 DRGX gene_id:644168|Hs108|chr10        ( 263)  330 65.1 5.4e-11


>>CCDS1290.1 PRRX1 gene_id:5396|Hs108|chr1                (245 aa)
 initn: 1592 init1: 1592 opt: 1592  Z-score: 1436.0  bits: 273.2 E(32554): 1.2e-73
Smith-Waterman score: 1592; 100.0% identity (100.0% similar) in 245 aa overlap (1-245:1-245)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MTSSYGHVLERQPALGGRLDSPGNLDTLQAKKNFSVSHLLDLEEAGDMVAAQADENVGEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MTSSYGHVLERQPALGGRLDSPGNLDTLQAKKNFSVSHLLDLEEAGDMVAAQADENVGEA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 GRSLLESPGLTSGSDTPQQDNDQLNSEEKKKRKQRRNRTTFNSSQLQALERVFERTHYPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GRSLLESPGLTSGSDTPQQDNDQLNSEEKKKRKQRRNRTTFNSSQLQALERVFERTHYPD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 AFVREDLARRVNLTEARVQVWFQNRRAKFRRNERAMLANKNASLLKSYSGDVTAVEQPIV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AFVREDLARRVNLTEARVQVWFQNRRAKFRRNERAMLANKNASLLKSYSGDVTAVEQPIV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 PRPAPRPTDYLSWGTASPYSAMATYSATCANNSPAQGINMANSIANLRLKAKEYSLQRNQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PRPAPRPTDYLSWGTASPYSAMATYSATCANNSPAQGINMANSIANLRLKAKEYSLQRNQ
              190       200       210       220       230       240

            
pF1KB7 VPTVN
       :::::
CCDS12 VPTVN
            

>>CCDS1291.1 PRRX1 gene_id:5396|Hs108|chr1                (217 aa)
 initn: 1304 init1: 1304 opt: 1304  Z-score: 1179.9  bits: 225.6 E(32554): 2.1e-59
Smith-Waterman score: 1304; 100.0% identity (100.0% similar) in 199 aa overlap (1-199:1-199)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MTSSYGHVLERQPALGGRLDSPGNLDTLQAKKNFSVSHLLDLEEAGDMVAAQADENVGEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MTSSYGHVLERQPALGGRLDSPGNLDTLQAKKNFSVSHLLDLEEAGDMVAAQADENVGEA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 GRSLLESPGLTSGSDTPQQDNDQLNSEEKKKRKQRRNRTTFNSSQLQALERVFERTHYPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GRSLLESPGLTSGSDTPQQDNDQLNSEEKKKRKQRRNRTTFNSSQLQALERVFERTHYPD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 AFVREDLARRVNLTEARVQVWFQNRRAKFRRNERAMLANKNASLLKSYSGDVTAVEQPIV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AFVREDLARRVNLTEARVQVWFQNRRAKFRRNERAMLANKNASLLKSYSGDVTAVEQPIV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 PRPAPRPTDYLSWGTASPYSAMATYSATCANNSPAQGINMANSIANLRLKAKEYSLQRNQ
       :::::::::::::::::::                                         
CCDS12 PRPAPRPTDYLSWGTASPYRSSSLPRCCLHEGLHNGF                       
              190       200       210                              

>>CCDS6926.1 PRRX2 gene_id:51450|Hs108|chr9               (253 aa)
 initn: 868 init1: 492 opt: 877  Z-score: 798.5  bits: 155.3 E(32554): 3.7e-38
Smith-Waterman score: 878; 62.7% identity (78.7% similar) in 249 aa overlap (12-245:12-253)

               10         20           30        40           50   
pF1KB7 MTSSYGHVLERQPALG-GRLDSPGNL---DTLQAKKNFSVSHLLDLEE---AGDMVA---
                  .:::: :    :  :   :  ::.:::::::::::::   :: ..:   
CCDS69 MDSAAAAFALDKPALGPGPPPPPPALGPGDCAQARKNFSVSHLLDLEEVAAAGRLAARPG
               10        20        30        40        50        60

               60        70        80            90       100      
pF1KB7 AQADENVGEAGRSLLESPGLTSGSDTPQQDND----QLNSEEKKKRKQRRNRTTFNSSQL
       :.:.   : :.:   :  : .:::..  ::..      .:  :.:.::::::::::::::
CCDS69 ARAEAREG-AAR---EPSGGSSGSEAAPQDGECPSPGRGSAAKRKKKQRRNRTTFNSSQL
                70           80        90       100       110      

        110       120       130       140       150       160      
pF1KB7 QALERVFERTHYPDAFVREDLARRVNLTEARVQVWFQNRRAKFRRNERAMLANKNASLLK
       :::::::::::::::::::.:::::::.::::::::::::::::::::::::...:::::
CCDS69 QALERVFERTHYPDAFVREELARRVNLSEARVQVWFQNRRAKFRRNERAMLASRSASLLK
        120       130       140       150       160       170      

        170       180       190       200       210        220     
pF1KB7 SYSGDVTAVEQPIVPRPAPRPTDYLSWGTASPYSAMATYSATCANNSPAQ-GINMANSIA
       ::: .. :.:::..:::.    ::::: ..::::..  ::   ....::  :.:::::::
CCDS69 SYSQEA-AIEQPVAPRPTALSPDYLSWTASSPYSTVPPYSP--GSSGPATPGVNMANSIA
        180        190       200       210         220       230   

         230       240     
pF1KB7 NLRLKAKEYSLQRNQVPTVN
       .:::::::.::...::::::
CCDS69 SLRLKAKEFSLHHSQVPTVN
           240       250   

>>CCDS31451.1 PAX6 gene_id:5080|Hs108|chr11               (422 aa)
 initn: 298 init1: 298 opt: 356  Z-score: 331.6  bits: 69.6 E(32554): 3.8e-12
Smith-Waterman score: 356; 38.2% identity (66.0% similar) in 191 aa overlap (66-245:181-365)

          40        50        60        70         80        90    
pF1KB7 VSHLLDLEEAGDMVAAQADENVGEAGRSLLESPGLTSGS-DTPQQDNDQLNSEEKKKRKQ
                                     :. : ...: ..  .:.:. . . . ::: 
CCDS31 GQTGSWGTRPGWYPGTSVPGQPTQDGCQQQEGGGENTNSISSNGEDSDEAQMRLQLKRKL
              160       170       180       190       200       210

          100       110       120       130       140       150    
pF1KB7 RRNRTTFNSSQLQALERVFERTHYPDAFVREDLARRVNLTEARVQVWFQNRRAKFRRNER
       .::::.:.. :..:::. ::::::::.:.:: :: ...: :::.::::.:::::.::.:.
CCDS31 QRNRTSFTQEQIEALEKEFERTHYPDVFARERLAAKIDLPEARIQVWFSNRRAKWRREEK
              220       230       240       250       260       270

          160           170       180       190       200          
pF1KB7 AMLANKNASLLKSY----SGDVTAVEQPIVPRPAPRPTDYLSWGTASPYSAMA---TYSA
            ..::   :.    :.  :.: ::: :.:.  :.. .. :.    .  :   ::::
CCDS31 LRNQRRQASNTPSHIPISSSFSTSVYQPI-PQPTT-PVSSFTSGSMLGRTDTALTNTYSA
              280       290        300        310       320        

       210       220          230       240                        
pF1KB7 TCANNSPAQGINMANSIAN---LRLKAKEYSLQRNQVPTVN                   
             :  ...:::..     .  ... :: .    :.::                   
CCDS31 L----PPMPSFTMANNLPMQPPVPSQTSSYSCMLPTSPSVNGRSYDTYTPPHMQTHMNSQ
          330       340       350       360       370       380    

CCDS31 PMGTSGTTSTGLISPGVSVPVQVPGSEPDMSQYWPRLQ
          390       400       410       420  

>>CCDS31452.1 PAX6 gene_id:5080|Hs108|chr11               (436 aa)
 initn: 298 init1: 298 opt: 356  Z-score: 331.4  bits: 69.6 E(32554): 3.9e-12
Smith-Waterman score: 356; 38.2% identity (66.0% similar) in 191 aa overlap (66-245:195-379)

          40        50        60        70         80        90    
pF1KB7 VSHLLDLEEAGDMVAAQADENVGEAGRSLLESPGLTSGS-DTPQQDNDQLNSEEKKKRKQ
                                     :. : ...: ..  .:.:. . . . ::: 
CCDS31 GQTGSWGTRPGWYPGTSVPGQPTQDGCQQQEGGGENTNSISSNGEDSDEAQMRLQLKRKL
          170       180       190       200       210       220    

          100       110       120       130       140       150    
pF1KB7 RRNRTTFNSSQLQALERVFERTHYPDAFVREDLARRVNLTEARVQVWFQNRRAKFRRNER
       .::::.:.. :..:::. ::::::::.:.:: :: ...: :::.::::.:::::.::.:.
CCDS31 QRNRTSFTQEQIEALEKEFERTHYPDVFARERLAAKIDLPEARIQVWFSNRRAKWRREEK
          230       240       250       260       270       280    

          160           170       180       190       200          
pF1KB7 AMLANKNASLLKSY----SGDVTAVEQPIVPRPAPRPTDYLSWGTASPYSAMA---TYSA
            ..::   :.    :.  :.: ::: :.:.  :.. .. :.    .  :   ::::
CCDS31 LRNQRRQASNTPSHIPISSSFSTSVYQPI-PQPTT-PVSSFTSGSMLGRTDTALTNTYSA
          290       300       310         320       330       340  

       210       220          230       240                        
pF1KB7 TCANNSPAQGINMANSIAN---LRLKAKEYSLQRNQVPTVN                   
             :  ...:::..     .  ... :: .    :.::                   
CCDS31 L----PPMPSFTMANNLPMQPPVPSQTSSYSCMLPTSPSVNGRSYDTYTPPHMQTHMNSQ
                350       360       370       380       390        

CCDS31 PMGTSGTTSTGLISPGVSVPVQVPGSEPDMSQYWPRLQ
      400       410       420       430      

>>CCDS11972.1 RAX gene_id:30062|Hs108|chr18               (346 aa)
 initn: 440 init1: 319 opt: 353  Z-score: 329.9  bits: 69.0 E(32554): 4.7e-12
Smith-Waterman score: 356; 40.7% identity (66.7% similar) in 162 aa overlap (67-218:112-270)

         40        50        60        70        80        90      
pF1KB7 SHLLDLEEAGDMVAAQADENVGEAGRSLLESPGLTSGSDTPQQDNDQLNSEEKKKRKQRR
                                     ::::  :   :   . .:. ::. :.:.::
CCDS11 EPSPPPAPAPAPEYEAPRPYCPKEPGEARPSPGLPVG---PATGEAKLSEEEQPKKKHRR
              90       100       110          120       130        

        100       110       120       130       140       150      
pF1KB7 NRTTFNSSQLQALERVFERTHYPDAFVREDLARRVNLTEARVQVWFQNRRAKFRRNERAM
       :::::.. ::. :::.::..::::.. ::.:: .::: :.::::::::::::.::.:.  
CCDS11 NRTTFTTYQLHELERAFEKSHYPDVYSREELAGKVNLPEVRVQVWFQNRRAKWRRQEKLE
      140       150       160       170       180       190        

           160       170       180             190        200      
pF1KB7 LAN---KNASLLKSYSGDVTAVEQPIV--PR----PAPRPTDYLSW-GTASPYSAMATYS
       ...   ... ::.   .  .:. .:.   :     ::       :: :   : .. .. .
CCDS11 VSSMKLQDSPLLSFSRSPPSATLSPLGAGPGSGGGPAGGALPLESWLGPPLPGGGATALQ
      200       210       220       230       240       250        

        210       220       230       240                          
pF1KB7 ATCANNSPAQGINMANSIANLRLKAKEYSLQRNQVPTVN                     
       .  . . :::..                                                
CCDS11 SLPGFGPPAQSLPASYTPPPPPPPFLNSPPLGPGLQPLAPPPPSYPCGPGFGDKFPLDEA
      260       270       280       290       300       310        

>>CCDS14215.1 ARX gene_id:170302|Hs108|chrX               (562 aa)
 initn: 376 init1: 323 opt: 354  Z-score: 328.3  bits: 69.4 E(32554): 5.7e-12
Smith-Waterman score: 354; 40.3% identity (62.2% similar) in 196 aa overlap (46-229:272-462)

          20        30        40        50        60             70
pF1KB7 GGRLDSPGNLDTLQAKKNFSVSHLLDLEEAGDMVAAQADENVGEAGR-----SLLESPGL
                                     : ..:: :   . :.:.      ::  :  
CCDS14 ELLEDDEEELLEDDARALLKEPRRCPVAATGAVAAAAAAAVATEGGELSPKEELLLHPED
             250       260       270       280       290       300 

               80            90        100       110       120     
pF1KB7 TSGSDTPQQDNDQL----NSEEKK-KRKQRRNRTTFNSSQLQALERVFERTHYPDAFVRE
       . :.:   .:.  :    .:::   :::::: ::::.: ::. :::.:..:::::.:.::
CCDS14 AEGKDG--EDSVCLSAGSDSEEGLLKRKQRRYRTTFTSYQLEELERAFQKTHYPDVFTRE
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pF1KB7 DLARRVNLTEARVQVWFQNRRAKFRRNERAMLANKNASLLKSYSGDVTAVEQPIVPR--P
       .:: :..::::::::::::::::.:. :.:   ..  .:   . : ..:. .:. :    
CCDS14 ELAMRLDLTEARVQVWFQNRRAKWRKREKAGAQTHPPGL--PFPGPLSAT-HPLSPYLDA
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pF1KB7 APRPTDYLSWGTASPYSAMATYSATCANNSPAQGINMANSIANLRLKAKEYSLQRNQVPT
       .: :  . .  .:   .: :. .:  .   :  . ..  : : : :              
CCDS14 SPFPPHHPALDSAWTAAAAAAAAAFPSLPPPPGSASLPPSGAPLGLSTFLGAAVFRHPAF
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pF1KB7 VN                                                          
                                                                   
CCDS14 ISPAFGRLFSTMAPLTSASTAAALLRQPTPAVEGAVASGALADPATAAADRRASSIAALR
        480       490       500       510       520       530      

>>CCDS2450.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2                 (403 aa)
 initn: 304 init1: 304 opt: 343  Z-score: 320.2  bits: 67.4 E(32554): 1.6e-11
Smith-Waterman score: 343; 39.4% identity (67.4% similar) in 175 aa overlap (43-214:167-333)

             20        30        40        50        60        70  
pF1KB7 PALGGRLDSPGNLDTLQAKKNFSVSHLLDLEEAGDMVAAQADENVGEAGRSLLESPGLTS
                                     :: .:.   .:.:.  .: .:.  .  :. 
CCDS24 LLKDAVCDRNTVPSVSSISRILRSKFGKGEEEEADLERKEAEESEKKAKHSI--DGILSE
        140       150       160       170       180         190    

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pF1KB7 GSDTPQQDN-DQLNSEEKK--KRKQRRNRTTFNSSQLQALERVFERTHYPDAFVREDLAR
        ...::.:. ....::     ::::::.::::.. ::. :::.:::::::: ..::.::.
CCDS24 RASAPQSDEGSDIDSEPDLPLKRKQRRSRTTFTAEQLEELERAFERTHYPDIYTREELAQ
          200       210       220       230       240       250    

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pF1KB7 RVNLTEARVQVWFQNRRAKFRRNERAMLANKNASLLKSYSGDVTAVEQPIVPRPAPRPTD
       :..::::::::::.::::..:..     ::.  .. .   :    . .: .:      :.
CCDS24 RAKLTEARVQVWFSNRRARWRKQAG---ANQLMAFNHLIPGGFPPTAMPTLPTYQLSETS
          260       270          280       290       300       310 

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pF1KB7 YLSWGTASPYSAMATYSATCANNSPAQGINMANSIANLRLKAKEYSLQRNQVPTVN    
       :    :. : .:..  :.:    .:                                   
CCDS24 YQP--TSIP-QAVSDPSSTVHRPQPLPPSTVHQSTIPSNPDSSSAYCLPSTRHGFSSYTD
                320       330       340       350       360        

>>CCDS2449.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2                 (407 aa)
 initn: 304 init1: 304 opt: 343  Z-score: 320.2  bits: 67.4 E(32554): 1.6e-11
Smith-Waterman score: 343; 39.4% identity (67.4% similar) in 175 aa overlap (43-214:167-333)

             20        30        40        50        60        70  
pF1KB7 PALGGRLDSPGNLDTLQAKKNFSVSHLLDLEEAGDMVAAQADENVGEAGRSLLESPGLTS
                                     :: .:.   .:.:.  .: .:.  .  :. 
CCDS24 LLKDAVCDRNTVPSVSSISRILRSKFGKGEEEEADLERKEAEESEKKAKHSI--DGILSE
        140       150       160       170       180         190    

             80         90         100       110       120         
pF1KB7 GSDTPQQDN-DQLNSEEKK--KRKQRRNRTTFNSSQLQALERVFERTHYPDAFVREDLAR
        ...::.:. ....::     ::::::.::::.. ::. :::.:::::::: ..::.::.
CCDS24 RASAPQSDEGSDIDSEPDLPLKRKQRRSRTTFTAEQLEELERAFERTHYPDIYTREELAQ
          200       210       220       230       240       250    

     130       140       150       160       170       180         
pF1KB7 RVNLTEARVQVWFQNRRAKFRRNERAMLANKNASLLKSYSGDVTAVEQPIVPRPAPRPTD
       :..::::::::::.::::..:..     ::.  .. .   :    . .: .:      :.
CCDS24 RAKLTEARVQVWFSNRRARWRKQAG---ANQLMAFNHLIPGGFPPTAMPTLPTYQLSETS
          260       270          280       290       300       310 

     190       200       210       220       230       240         
pF1KB7 YLSWGTASPYSAMATYSATCANNSPAQGINMANSIANLRLKAKEYSLQRNQVPTVN    
       :    :. : .:..  :.:    .:                                   
CCDS24 YQP--TSIP-QAVSDPSSTVHRPQPLPPSTVHQSTIPSNPDSSSAYCLPSTRHGFSSYTD
                320       330       340       350       360        

>>CCDS3463.1 PHOX2B gene_id:8929|Hs108|chr4               (314 aa)
 initn: 334 init1: 334 opt: 341  Z-score: 319.7  bits: 67.0 E(32554): 1.7e-11
Smith-Waterman score: 341; 48.4% identity (68.0% similar) in 128 aa overlap (90-217:94-216)

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB7 AGRSLLESPGLTSGSDTPQQDNDQLNSEEKKKRKQRRNRTTFNSSQLQALERVFERTHYP
                                     .:::::: ::::.:.::. ::::: .::::
CCDS34 SCSLGTLRDHQSSPYAAVPYKLFTDHGGLNEKRKQRRIRTTFTSAQLKELERVFAETHYP
            70        80        90       100       110       120   

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB7 DAFVREDLARRVNLTEARVQVWFQNRRAKFRRNERAMLANKNASLLKSYSGDVTAVEQPI
       : ..::.:: ...::::::::::::::::::..:::  :   :.   : ::  .   .  
CCDS34 DIYTREELALKIDLTEARVQVWFQNRRAKFRKQERAAAAAAAAAKNGS-SGKKSDSSRDD
           130       140       150       160       170        180  

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB7 VPRPAPRPTDYLSWGTASPYSAMATYSATCANNSPAQGINMANSIANLRLKAKEYSLQRN
         . : . ::  : :  .:     . . .:. :. . :                      
CCDS34 ESKEA-KSTDPDSTGGPGP---NPNPTPSCGANGGGGGGPSPAGAPGAAGPGGPGGEPGK
             190       200          210       220       230        

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pF1KB7 QVPTVN                                                      
                                                                   
CCDS34 GGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGLAAAGGPGQGWAPGPGPITSIPDSLGGPFASVLSSL
      240       250       260       270       280       290        




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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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