Result of FASTA (ccds) for pF1KB9791
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9791, 210 aa
  1>>>pF1KB9791 210 - 210 aa - 210 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3264+/-0.000585; mu= 11.0268+/- 0.036
 mean_var=105.3852+/-21.046, 0's: 0 Z-trim(116.1): 8  B-trim: 10 in 1/51
 Lambda= 0.124935
 statistics sampled from 16660 (16668) to 16660 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.823), E-opt: 0.2 (0.512), width:  16
 Scan time:  2.530

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS12754.1 NTF4 gene_id:4909|Hs108|chr19          ( 210) 1451 270.7 4.7e-73
CCDS8538.1 NTF3 gene_id:4908|Hs108|chr12           ( 257)  502 99.7 1.7e-21
CCDS44806.1 NTF3 gene_id:4908|Hs108|chr12          ( 270)  502 99.7 1.8e-21
CCDS7866.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11            ( 247)  475 94.8 4.9e-20
CCDS7865.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11            ( 255)  475 94.8   5e-20
CCDS41628.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11           ( 262)  475 94.8 5.1e-20
CCDS44558.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11           ( 329)  475 94.9 6.1e-20
CCDS882.1 NGF gene_id:4803|Hs108|chr1              ( 241)  371 76.1 2.1e-14


>>CCDS12754.1 NTF4 gene_id:4909|Hs108|chr19               (210 aa)
 initn: 1451 init1: 1451 opt: 1451  Z-score: 1425.0  bits: 270.7 E(32554): 4.7e-73
Smith-Waterman score: 1451; 100.0% identity (100.0% similar) in 210 aa overlap (1-210:1-210)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MLPLPSCSLPILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLLSPRVVLSRGAPAGPPLLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MLPLPSCSLPILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLLSPRVVLSRGAPAGPPLLF
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 LLEAGAFRESAGAPANRSRRGVSETAPASRRGELAVCDAVSGWVTDRRTAVDLRGREVEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LLEAGAFRESAGAPANRSRRGVSETAPASRRGELAVCDAVSGWVTDRRTAVDLRGREVEV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 LGEVPAAGGSPLRQYFFETRCKADNAEEGGPGAGGGGCRGVDRRHWVSECKAKQSYVRAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LGEVPAAGGSPLRQYFFETRCKADNAEEGGPGAGGGGCRGVDRRHWVSECKAKQSYVRAL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210
pF1KB9 TADAQGRVGWRWIRIDTACVCTLLSRTGRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TADAQGRVGWRWIRIDTACVCTLLSRTGRA
              190       200       210

>>CCDS8538.1 NTF3 gene_id:4908|Hs108|chr12                (257 aa)
 initn: 602 init1: 268 opt: 502  Z-score: 499.3  bits: 99.7 E(32554): 1.7e-21
Smith-Waterman score: 578; 46.3% identity (69.2% similar) in 201 aa overlap (18-209:69-256)

                            10        20        30        40       
pF1KB9              MLPLPSCSLPILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLL-----
                                     :  : .. :  :.. : .: . .::     
CCDS85 IQADILKNKLSKQMVDVKENYQSTLPKAEAPREPERGGPAKSAFQPVIAMDTELLRQQRR
       40        50        60        70        80        90        

               50        60        70          80        90        
pF1KB9 --SPRVVLSRGAPAGPPLLFLLEAGAFRESAGAP--ANRSRRGVSETAPASRRGELAVCD
         ::::.:: ..:  :: :.:.:     . .:.:  :::. :    .   :.::: .:::
CCDS85 YNSPRVLLSDSTPLEPPPLYLME-----DYVGSPVVANRTSRRKRYAEHKSHRGEYSVCD
      100       110       120            130       140       150   

      100       110       120       130       140       150        
pF1KB9 AVSGWVTDRRTAVDLRGREVEVLGEVPAAGGSPLRQYFFETRCKADNAEEGGPGAGGGGC
       . : ::::. .:.:.::..: ::::. . :.::..:::.:::::     :. :  .:  :
CCDS85 SESLWVTDKSSAIDIRGHQVTVLGEIKT-GNSPVKQYFYETRCK-----EARPVKNG--C
           160       170       180        190            200       

      160       170       180       190       200       210
pF1KB9 RGVDRRHWVSECKAKQSYVRALTADAQGRVGWRWIRIDTACVCTLLSRTGRA
       ::.: .:: :.::..:.::::::.. .  ::::::::::.:::.:  . :: 
CCDS85 RGIDDKHWNSQCKTSQTYVRALTSENNKLVGWRWIRIDTSCVCALSRKIGRT
         210       220       230       240       250       

>>CCDS44806.1 NTF3 gene_id:4908|Hs108|chr12               (270 aa)
 initn: 586 init1: 268 opt: 502  Z-score: 499.0  bits: 99.7 E(32554): 1.8e-21
Smith-Waterman score: 578; 46.3% identity (69.2% similar) in 201 aa overlap (18-209:82-269)

                            10        20        30        40       
pF1KB9              MLPLPSCSLPILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLL-----
                                     :  : .. :  :.. : .: . .::     
CCDS44 IQADILKNKLSKQMVDVKENYQSTLPKAEAPREPERGGPAKSAFQPVIAMDTELLRQQRR
              60        70        80        90       100       110 

               50        60        70          80        90        
pF1KB9 --SPRVVLSRGAPAGPPLLFLLEAGAFRESAGAP--ANRSRRGVSETAPASRRGELAVCD
         ::::.:: ..:  :: :.:.:     . .:.:  :::. :    .   :.::: .:::
CCDS44 YNSPRVLLSDSTPLEPPPLYLME-----DYVGSPVVANRTSRRKRYAEHKSHRGEYSVCD
             120       130            140       150       160      

      100       110       120       130       140       150        
pF1KB9 AVSGWVTDRRTAVDLRGREVEVLGEVPAAGGSPLRQYFFETRCKADNAEEGGPGAGGGGC
       . : ::::. .:.:.::..: ::::. . :.::..:::.:::::     :. :  .:  :
CCDS44 SESLWVTDKSSAIDIRGHQVTVLGEIKT-GNSPVKQYFYETRCK-----EARPVKNG--C
        170       180       190        200            210          

      160       170       180       190       200       210
pF1KB9 RGVDRRHWVSECKAKQSYVRALTADAQGRVGWRWIRIDTACVCTLLSRTGRA
       ::.: .:: :.::..:.::::::.. .  ::::::::::.:::.:  . :: 
CCDS44 RGIDDKHWNSQCKTSQTYVRALTSENNKLVGWRWIRIDTSCVCALSRKIGRT
      220       230       240       250       260       270

>>CCDS7866.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11                 (247 aa)
 initn: 480 init1: 284 opt: 475  Z-score: 473.2  bits: 94.8 E(32554): 4.9e-20
Smith-Waterman score: 547; 51.7% identity (70.9% similar) in 172 aa overlap (40-209:88-247)

      10        20        30        40        50        60         
pF1KB9 PILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLLSPRVVLSRGAPAGPPLLFLLEAGAFRE
                                     :: . ::.::  .:  ::::::::   ...
CCDS78 SLADTFEHVIEELLDEDQKVRPNEENNKDADLYTSRVMLSSQVPLEPPLLFLLE--EYKN
        60        70        80        90       100       110       

      70        80        90       100         110       120       
pF1KB9 SAGAPANRSRRGVSETAPASRRGELAVCDAVSGWVT--DRRTAVDLRGREVEVLGEVPAA
          : :: : :   .. :: :::::.:::..: :::  :..::::. :  : :: .::..
CCDS78 YLDA-ANMSMRVRRHSDPA-RRGELSVCDSISEWVTAADKKTAVDMSGGTVTVLEKVPVS
          120       130        140       150       160       170   

       130       140       150       160       170       180       
pF1KB9 GGSPLRQYFFETRCKADNAEEGGPGAGGGGCRGVDRRHWVSECKAKQSYVRALTADAQGR
        :. :.:::.::.:.         :    ::::.:.::: :.:.. :::::::: :.. :
CCDS78 KGQ-LKQYFYETKCNP-------MGYTKEGCRGIDKRHWNSQCRTTQSYVRALTMDSKKR
            180              190       200       210       220     

       190       200       210
pF1KB9 VGWRWIRIDTACVCTLLSRTGRA
       .:::.:::::.:::::  . :: 
CCDS78 IGWRFIRIDTSCVCTLTIKRGR 
         230       240        

>>CCDS7865.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11                 (255 aa)
 initn: 480 init1: 284 opt: 475  Z-score: 473.0  bits: 94.8 E(32554): 5e-20
Smith-Waterman score: 547; 51.7% identity (70.9% similar) in 172 aa overlap (40-209:96-255)

      10        20        30        40        50        60         
pF1KB9 PILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLLSPRVVLSRGAPAGPPLLFLLEAGAFRE
                                     :: . ::.::  .:  ::::::::   ...
CCDS78 SLADTFEHVIEELLDEDQKVRPNEENNKDADLYTSRVMLSSQVPLEPPLLFLLE--EYKN
          70        80        90       100       110         120   

      70        80        90       100         110       120       
pF1KB9 SAGAPANRSRRGVSETAPASRRGELAVCDAVSGWVT--DRRTAVDLRGREVEVLGEVPAA
          : :: : :   .. :: :::::.:::..: :::  :..::::. :  : :: .::..
CCDS78 YLDA-ANMSMRVRRHSDPA-RRGELSVCDSISEWVTAADKKTAVDMSGGTVTVLEKVPVS
            130       140        150       160       170       180 

       130       140       150       160       170       180       
pF1KB9 GGSPLRQYFFETRCKADNAEEGGPGAGGGGCRGVDRRHWVSECKAKQSYVRALTADAQGR
        :. :.:::.::.:.         :    ::::.:.::: :.:.. :::::::: :.. :
CCDS78 KGQ-LKQYFYETKCNP-------MGYTKEGCRGIDKRHWNSQCRTTQSYVRALTMDSKKR
              190              200       210       220       230   

       190       200       210
pF1KB9 VGWRWIRIDTACVCTLLSRTGRA
       .:::.:::::.:::::  . :: 
CCDS78 IGWRFIRIDTSCVCTLTIKRGR 
           240       250      

>>CCDS41628.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11                (262 aa)
 initn: 480 init1: 284 opt: 475  Z-score: 472.9  bits: 94.8 E(32554): 5.1e-20
Smith-Waterman score: 547; 51.7% identity (70.9% similar) in 172 aa overlap (40-209:103-262)

      10        20        30        40        50        60         
pF1KB9 PILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLLSPRVVLSRGAPAGPPLLFLLEAGAFRE
                                     :: . ::.::  .:  ::::::::   ...
CCDS41 SLADTFEHVIEELLDEDQKVRPNEENNKDADLYTSRVMLSSQVPLEPPLLFLLE--EYKN
             80        90       100       110       120         130

      70        80        90       100         110       120       
pF1KB9 SAGAPANRSRRGVSETAPASRRGELAVCDAVSGWVT--DRRTAVDLRGREVEVLGEVPAA
          : :: : :   .. :: :::::.:::..: :::  :..::::. :  : :: .::..
CCDS41 YLDA-ANMSMRVRRHSDPA-RRGELSVCDSISEWVTAADKKTAVDMSGGTVTVLEKVPVS
               140        150       160       170       180        

       130       140       150       160       170       180       
pF1KB9 GGSPLRQYFFETRCKADNAEEGGPGAGGGGCRGVDRRHWVSECKAKQSYVRALTADAQGR
        :. :.:::.::.:.         :    ::::.:.::: :.:.. :::::::: :.. :
CCDS41 KGQ-LKQYFYETKCNP-------MGYTKEGCRGIDKRHWNSQCRTTQSYVRALTMDSKKR
      190        200              210       220       230       240

       190       200       210
pF1KB9 VGWRWIRIDTACVCTLLSRTGRA
       .:::.:::::.:::::  . :: 
CCDS41 IGWRFIRIDTSCVCTLTIKRGR 
              250       260   

>>CCDS44558.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11                (329 aa)
 initn: 480 init1: 284 opt: 475  Z-score: 471.5  bits: 94.9 E(32554): 6.1e-20
Smith-Waterman score: 547; 51.7% identity (70.9% similar) in 172 aa overlap (40-209:170-329)

      10        20        30        40        50        60         
pF1KB9 PILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLLSPRVVLSRGAPAGPPLLFLLEAGAFRE
                                     :: . ::.::  .:  ::::::::   ...
CCDS44 SLADTFEHVIEELLDEDQKVRPNEENNKDADLYTSRVMLSSQVPLEPPLLFLLE--EYKN
     140       150       160       170       180       190         

      70        80        90       100         110       120       
pF1KB9 SAGAPANRSRRGVSETAPASRRGELAVCDAVSGWVT--DRRTAVDLRGREVEVLGEVPAA
          : :: : :   .. :: :::::.:::..: :::  :..::::. :  : :: .::..
CCDS44 YLDA-ANMSMRVRRHSDPA-RRGELSVCDSISEWVTAADKKTAVDMSGGTVTVLEKVPVS
       200        210        220       230       240       250     

       130       140       150       160       170       180       
pF1KB9 GGSPLRQYFFETRCKADNAEEGGPGAGGGGCRGVDRRHWVSECKAKQSYVRALTADAQGR
        :. :.:::.::.:.         :    ::::.:.::: :.:.. :::::::: :.. :
CCDS44 KGQ-LKQYFYETKCNP-------MGYTKEGCRGIDKRHWNSQCRTTQSYVRALTMDSKKR
          260       270              280       290       300       

       190       200       210
pF1KB9 VGWRWIRIDTACVCTLLSRTGRA
       .:::.:::::.:::::  . :: 
CCDS44 IGWRFIRIDTSCVCTLTIKRGR 
       310       320          

>>CCDS882.1 NGF gene_id:4803|Hs108|chr1                   (241 aa)
 initn: 385 init1: 166 opt: 371  Z-score: 372.1  bits: 76.1 E(32554): 2.1e-14
Smith-Waterman score: 456; 41.3% identity (66.7% similar) in 189 aa overlap (22-209:63-239)

                        10        20        30        40        50 
pF1KB9          MLPLPSCSLPILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLLSPRVVLSRG
                                     . .:    :. : :  .  : ::::..:  
CCDS88 PQAHWTKLQHSLDTALRRARSAPAAAIAARVAGQTRNITVDPRLFKKRRLRSPRVLFSTQ
             40        50        60        70        80        90  

              60        70        80         90       100       110
pF1KB9 APAGPPLLFLLEAGAFRESAGAPANRSRRGV-SETAPASRRGELAVCDAVSGWVTDRRTA
        :        :.   :. ...:: ::..:.  : . :  .:::..:::.:: :: :. ::
CCDS88 PPREAADTQDLD---FEVGGAAPFNRTHRSKRSSSHPIFHRGEFSVCDSVSVWVGDKTTA
            100          110       120       130       140         

              120       130       140       150       160       170
pF1KB9 VDLRGREVEVLGEVPAAGGSPLRQYFFETRCKADNAEEGGPGAGGGGCRGVDRRHWVSEC
       .:..:.:: :::::   ..: ..::::::.:.        :.   .::::.: .:: : :
CCDS88 TDIKGKEVMVLGEV-NINNSVFKQYFFETKCR-------DPNPVDSGCRGIDSKHWNSYC
     150       160        170       180              190       200 

              180       190       200       210 
pF1KB9 KAKQSYVRALTADAQGRVGWRWIRIDTACVCTLLSRTGRA 
        . ...:.::: :.. ...::.:::::::::.:  .. :  
CCDS88 TTTHTFVKALTMDGK-QAAWRFIRIDTACVCVLSRKAVRRA
             210        220       230       240 




210 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Fri Nov  4 18:58:06 2016 done: Fri Nov  4 18:58:06 2016
 Total Scan time:  2.530 Total Display time:  0.010

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com