Result of FASTA (ccds) for pF1KB9782
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9782, 209 aa
  1>>>pF1KB9782 209 - 209 aa - 209 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6915+/-0.000789; mu= 8.0893+/- 0.048
 mean_var=112.4716+/-22.237, 0's: 0 Z-trim(111.6): 31  B-trim: 9 in 1/50
 Lambda= 0.120935
 statistics sampled from 12499 (12522) to 12499 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.75), E-opt: 0.2 (0.385), width:  16
 Scan time:  2.020

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS3361.1 MXD4 gene_id:10608|Hs108|chr4           ( 209) 1349 245.3   2e-65
CCDS1896.1 MXD1 gene_id:4084|Hs108|chr2            ( 221)  621 118.3 3.6e-27
CCDS7564.2 MXI1 gene_id:4601|Hs108|chr10           ( 228)  529 102.3 2.5e-22
CCDS7563.1 MXI1 gene_id:4601|Hs108|chr10           ( 295)  529 102.4 3.1e-22
CCDS31284.1 MXI1 gene_id:4601|Hs108|chr10          ( 182)  470 91.9 2.6e-19
CCDS47347.1 MXD3 gene_id:83463|Hs108|chr5          ( 193)  455 89.3 1.7e-18
CCDS4416.1 MXD3 gene_id:83463|Hs108|chr5           ( 206)  454 89.2   2e-18
CCDS56123.1 MXD1 gene_id:4084|Hs108|chr2           ( 211)  439 86.6 1.2e-17


>>CCDS3361.1 MXD4 gene_id:10608|Hs108|chr4                (209 aa)
 initn: 1349 init1: 1349 opt: 1349  Z-score: 1288.1  bits: 245.3 E(32554): 2e-65
Smith-Waterman score: 1349; 100.0% identity (100.0% similar) in 209 aa overlap (1-209:1-209)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MELNSLLILLEAAEYLERRDREAEHGYASVLPFDGDFAREKTKAAGLVRKAPNNRSSHNE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MELNSLLILLEAAEYLERRDREAEHGYASVLPFDGDFAREKTKAAGLVRKAPNNRSSHNE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 LEKHRRAKLRLYLEQLKQLVPLGPDSTRHTTLSLLKRAKVHIKKLEEQDRRALSIKEQLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LEKHRRAKLRLYLEQLKQLVPLGPDSTRHTTLSLLKRAKVHIKKLEEQDRRALSIKEQLQ
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 QEHRFLKRRLEQLSVQSVERVRTDSTGSAVSTDDSEQEVDIEGMEFGPGELDSVGSSSDA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QEHRFLKRRLEQLSVQSVERVRTDSTGSAVSTDDSEQEVDIEGMEFGPGELDSVGSSSDA
              130       140       150       160       170       180

              190       200         
pF1KB9 DDHYSLQSGTGGDSGFGPHCRRLGRPALS
       :::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 DDHYSLQSGTGGDSGFGPHCRRLGRPALS
              190       200         

>>CCDS1896.1 MXD1 gene_id:4084|Hs108|chr2                 (221 aa)
 initn: 559 init1: 519 opt: 621  Z-score: 601.3  bits: 118.3 E(32554): 3.6e-27
Smith-Waterman score: 621; 53.2% identity (79.6% similar) in 201 aa overlap (5-196:8-201)

                  10        20        30           40        50    
pF1KB9    MELNSLLILLEAAEYLERRDREAEHGYASVLPF---DGDFAREKTKAAGLVRKAPNN
              .. .:::::.:::::.:::::::::.::.   : :  ....:.    ..  ..
CCDS18 MAAAVRMNIQMLLEAADYLERREREAEHGYASMLPYNNKDRDALKRRNKSK---KNNSSS
               10        20        30        40        50          

           60        70        80        90       100       110    
pF1KB9 RSSHNELEKHRRAKLRLYLEQLKQLVPLGPDSTRHTTLSLLKRAKVHIKKLEEQDRRALS
       ::.:::.::.:::.::: ::.:: ::::::.:.:::::::: .::.::::::. ::.:. 
CCDS18 RSTHNEMEKNRRAHLRLCLEKLKGLVPLGPESSRHTTLSLLTKAKLHIKKLEDCDRKAVH
        60        70        80        90       100       110       

          120       130       140       150            160         
pF1KB9 IKEQLQQEHRFLKRRLEQLSVQSVERVRTDSTGSAVSTD--DSEQE---VDIEGMEFGPG
         .:::.:.: :::.::.:   ..::.: :: ::.::..  ::..:   ::.:. ..  :
CCDS18 QIDQLQREQRHLKRQLEKL---GIERIRMDSIGSTVSSERSDSDREEIDVDVESTDYLTG
       120       130          140       150       160       170    

     170        180       190       200                
pF1KB9 ELD-SVGSSSDADDHYSLQSGTGGDSGFGPHCRRLGRPALS       
       .:: : .: ::.:.. :.::  :.: :.                    
CCDS18 DLDWSSSSVSDSDERGSMQS-LGSDEGYSSTSIKRIKLQDSHKACLGL
          180       190        200       210       220 

>>CCDS7564.2 MXI1 gene_id:4601|Hs108|chr10                (228 aa)
 initn: 626 init1: 346 opt: 529  Z-score: 514.4  bits: 102.3 E(32554): 2.5e-22
Smith-Waterman score: 614; 51.4% identity (73.4% similar) in 214 aa overlap (9-203:12-224)

                  10        20        30                   40      
pF1KB9    MELNSLLILLEAAEYLERRDREAEHGYASVLPFDGD-----------FAREKTKAAG
                  ::::::.::::.:: :::::: .:   .           ..: . ...:
CCDS75 MERVKMINVQRLLEAAEFLERRERECEHGYASSFPSMPSPRLQHSKPPRRLSRAQKHSSG
               10        20        30        40        50        60

         50        60        70        80        90       100      
pF1KB9 LVRKAPNNRSSHNELEKHRRAKLRLYLEQLKQLVPLGPDSTRHTTLSLLKRAKVHIKKLE
           .  :::.::::::.:::.::: ::.:: :.::::: ::::::.::..::.::::::
CCDS75 SSNTSTANRSTHNELEKNRRAHLRLCLERLKVLIPLGPDCTRHTTLGLLNKAKAHIKKLE
               70        80        90       100       110       120

        110       120       130        140       150            160
pF1KB9 EQDRRALSIKEQLQQEHRFLKRRLEQLS-VQSVERVRTDSTGSAVSTD--DSEQE---VD
       : .:..    :.:..:.:::: :::::.  : .::.: :: ::..:.:  :::.:   ::
CCDS75 EAERKSQHQLENLEREQRFLKWRLEQLQGPQEMERIRMDSIGSTISSDRSDSEREEIEVD
              130       140       150       160       170       180

              170         180       190       200         
pF1KB9 IEGMEFGPGELDSVGSSS--DADDHYSLQSGTGGDSGFGPHCRRLGRPALS
       .:. ::. ::.:.....:  : ::: :: :  :.: :..    .:      
CCDS75 VESTEFSHGEVDNISTTSISDIDDHSSLPS-IGSDEGYSSASVKLSFTS  
              190       200       210        220          

>>CCDS7563.1 MXI1 gene_id:4601|Hs108|chr10                (295 aa)
 initn: 615 init1: 346 opt: 529  Z-score: 512.7  bits: 102.4 E(32554): 3.1e-22
Smith-Waterman score: 585; 48.4% identity (72.2% similar) in 223 aa overlap (3-203:70-291)

                                           10           20         
pF1KB9                             MELNSLLILLEAAEYLE---RRDREAEHGYAS
                                     :... :::::: :::   ..... ::::::
CCDS75 EDPAGAKPRCPFSDIFNTSENSMEKHINTFLQNVQILLEAASYLEQIEKENKKCEHGYAS
      40        50        60        70        80        90         

      30                   40        50        60        70        
pF1KB9 VLPFDGD-----------FAREKTKAAGLVRKAPNNRSSHNELEKHRRAKLRLYLEQLKQ
        .:   .           ..: . ...:    .  :::.::::::.:::.::: ::.:: 
CCDS75 SFPSMPSPRLQHSKPPRRLSRAQKHSSGSSNTSTANRSTHNELEKNRRAHLRLCLERLKV
     100       110       120       130       140       150         

       80        90       100       110       120       130        
pF1KB9 LVPLGPDSTRHTTLSLLKRAKVHIKKLEEQDRRALSIKEQLQQEHRFLKRRLEQLS-VQS
       :.::::: ::::::.::..::.::::::: .:..    :.:..:.:::: :::::.  : 
CCDS75 LIPLGPDCTRHTTLGLLNKAKAHIKKLEEAERKSQHQLENLEREQRFLKWRLEQLQGPQE
     160       170       180       190       200       210         

       140       150            160       170         180       190
pF1KB9 VERVRTDSTGSAVSTD--DSEQE---VDIEGMEFGPGELDSVGSSS--DADDHYSLQSGT
       .::.: :: ::..:.:  :::.:   ::.:. ::. ::.:.....:  : ::: :: :  
CCDS75 MERIRMDSIGSTISSDRSDSEREEIEVDVESTEFSHGEVDNISTTSISDIDDHSSLPS-I
     220       230       240       250       260       270         

              200         
pF1KB9 GGDSGFGPHCRRLGRPALS
       :.: :..    .:      
CCDS75 GSDEGYSSASVKLSFTS  
      280       290       

>>CCDS31284.1 MXI1 gene_id:4601|Hs108|chr10               (182 aa)
 initn: 468 init1: 285 opt: 470  Z-score: 460.2  bits: 91.9 E(32554): 2.6e-19
Smith-Waterman score: 470; 50.9% identity (73.9% similar) in 165 aa overlap (47-203:15-178)

         20        30        40        50        60        70      
pF1KB9 ERRDREAEHGYASVLPFDGDFAREKTKAAGLVRKAPNNRSSHNELEKHRRAKLRLYLEQL
                                     : :   .. .: :    .:::.::: ::.:
CCDS31                 MPSPRLQHSKPPRRLSRAQKHSSGSSNTSTANRRAHLRLCLERL
                               10        20        30        40    

         80        90       100       110       120       130      
pF1KB9 KQLVPLGPDSTRHTTLSLLKRAKVHIKKLEEQDRRALSIKEQLQQEHRFLKRRLEQLS-V
       : :.::::: ::::::.::..::.::::::: .:..    :.:..:.:::: :::::.  
CCDS31 KVLIPLGPDCTRHTTLGLLNKAKAHIKKLEEAERKSQHQLENLEREQRFLKWRLEQLQGP
           50        60        70        80        90       100    

         140       150            160       170         180        
pF1KB9 QSVERVRTDSTGSAVSTD--DSEQE---VDIEGMEFGPGELDSVGSSS--DADDHYSLQS
       : .::.: :: ::..:.:  :::.:   ::.:. ::. ::.:.....:  : ::: :: :
CCDS31 QEMERIRMDSIGSTISSDRSDSEREEIEVDVESTEFSHGEVDNISTTSISDIDDHSSLPS
          110       120       130       140       150       160    

      190       200         
pF1KB9 GTGGDSGFGPHCRRLGRPALS
         :.: :..    .:      
CCDS31 -IGSDEGYSSASVKLSFTS  
           170       180    

>>CCDS47347.1 MXD3 gene_id:83463|Hs108|chr5               (193 aa)
 initn: 418 init1: 304 opt: 455  Z-score: 445.6  bits: 89.3 E(32554): 1.7e-18
Smith-Waterman score: 455; 42.6% identity (73.9% similar) in 188 aa overlap (4-184:6-193)

                 10        20        30          40        50      
pF1KB9   MELNSLLILLEAAEYLERRDREAEHGYASVLPF--DGDFAREKTKAAGLVRKAPNNRS
            ... .::.:::.::::.:::::::::. :    : . :.: .         ..::
CCDS47 MEPLASNIQVLLQAAEFLERREREAEHGYASLCPHRSPGPIHRRKKRPPQAPGAQDSGRS
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB9 SHNELEKHRRAKLRLYLEQLKQLVPLGPDSTRHTTLSLLKRAKVHIKKLEEQDRRALSIK
        ::::::.:::.:.  ::.::: .::: : .:.::::::.::..::.:::.:..:: ..:
CCDS47 VHNELEKRRRAQLKRCLERLKQQMPLGADCARYTTLSLLRRARMHIQKLEDQEQRARQLK
               70        80        90       100       110       120

        120       130           140        150       160       170 
pF1KB9 EQLQQEHRFLKRRLEQL----SVQSVERVRTDSTGSA-VSTDDSEQEVDIEGMEFGPGEL
       :.:..... :.:.::::    ..   ::.:.::  :. .:.. :...  . . . :  . 
CCDS47 ERLRSKQQSLQRQLEQLRGLAGAAERERLRADSLDSSGLSSERSDSDQVLPNENGGTPNH
              130       140       150       160       170       180

             180       190       200         
pF1KB9 DSVGSSSDADDHYSLQSGTGGDSGFGPHCRRLGRPALS
         .: ... ..:.                         
CCDS47 RPTGRGNNISSHH                         
              190                            

>>CCDS4416.1 MXD3 gene_id:83463|Hs108|chr5                (206 aa)
 initn: 462 init1: 304 opt: 454  Z-score: 444.3  bits: 89.2 E(32554): 2e-18
Smith-Waterman score: 484; 45.5% identity (73.5% similar) in 200 aa overlap (4-191:6-203)

                 10        20        30          40        50      
pF1KB9   MELNSLLILLEAAEYLERRDREAEHGYASVLPF--DGDFAREKTKAAGLVRKAPNNRS
            ... .::.:::.::::.:::::::::. :    : . :.: .         ..::
CCDS44 MEPLASNIQVLLQAAEFLERREREAEHGYASLCPHRSPGPIHRRKKRPPQAPGAQDSGRS
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB9 SHNELEKHRRAKLRLYLEQLKQLVPLGPDSTRHTTLSLLKRAKVHIKKLEEQDRRALSIK
        ::::::.:::.:.  ::.::: .::: : .:.::::::.::..::.:::.:..:: ..:
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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