Result of FASTA (ccds) for pF1KB9704
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9704, 332 aa
  1>>>pF1KB9704 332 - 332 aa - 332 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2803+/-0.00114; mu= 11.5602+/- 0.069
 mean_var=334.4832+/-69.877, 0's: 0 Z-trim(113.4): 58  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.070127
 statistics sampled from 13991 (14039) to 13991 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.759), E-opt: 0.2 (0.431), width:  16
 Scan time:  2.580

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS1821.1 SIX3 gene_id:6496|Hs108|chr2            ( 332) 2259 241.9 5.4e-64
CCDS9747.1 SIX6 gene_id:4990|Hs108|chr14           ( 246) 1354 150.1 1.7e-36
CCDS1822.1 SIX2 gene_id:10736|Hs108|chr2           ( 291)  965 110.9 1.3e-24
CCDS9748.1 SIX1 gene_id:6495|Hs108|chr14           ( 284)  934 107.7 1.1e-23
CCDS9749.2 SIX4 gene_id:51804|Hs108|chr14          ( 781)  740 88.8 1.5e-17
CCDS12673.1 SIX5 gene_id:147912|Hs108|chr19        ( 739)  729 87.7 3.2e-17


>>CCDS1821.1 SIX3 gene_id:6496|Hs108|chr2                 (332 aa)
 initn: 2259 init1: 2259 opt: 2259  Z-score: 1262.3  bits: 241.9 E(32554): 5.4e-64
Smith-Waterman score: 2259; 99.7% identity (99.7% similar) in 332 aa overlap (1-332:1-332)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MVFRSPLDLYSSHFLLPNFADSHHRSILLASSGGGNGAGGGGGAGGGSGGGNGAGGGGAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 MVFRSPLDLYSSHFLLPNFADSHHRSILLASSGGGNGAGGGGGAGGGSGGGNGAGGGGAG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 GAGGGGGGGSRAPPEELSMFQLPTLNFSPEQVASVCETLEETGDIERLGRFLWSLPVAPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 GAGGGGGGGSRAPPEELSMFQLPTLNFSPEQVASVCETLEETGDIERLGRFLWSLPVAPG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 ACEAINKHESILRARAVVAFHTGNFRDLYHILENHKFTKESHGKLQAMWLEAHYQEAEKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 ACEAINKHESILRARAVVAFHTGNFRDLYHILENHKFTKESHGKLQAMWLEAHYQEAEKL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 RGRPLGPVDKYRVRKKFPLPRTIWDGEQKTHCFKERTRSLLREWYLQDPYPNPSKKCELA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::
CCDS18 RGRPLGPVDKYRVRKKFPLPRTIWDGEQKTHCFKERTRSLLREWYLQDPYPNPSKKRELA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 QATGLTPTQVGNWFKNRRQRDRAAAAKNRLQHQAIGPSGMRSLAEPGCPTHGSAESPSTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 QATGLTPTQVGNWFKNRRQRDRAAAAKNRLQHQAIGPSGMRSLAEPGCPTHGSAESPSTA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330  
pF1KB9 ASPTTSVSSLTERADTGTSILSVTSSDSECDV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 ASPTTSVSSLTERADTGTSILSVTSSDSECDV
              310       320       330  

>>CCDS9747.1 SIX6 gene_id:4990|Hs108|chr14                (246 aa)
 initn: 1375 init1: 1268 opt: 1354  Z-score: 768.7  bits: 150.1 E(32554): 1.7e-36
Smith-Waterman score: 1354; 78.3% identity (90.9% similar) in 254 aa overlap (79-332:1-246)

       50        60        70        80        90       100        
pF1KB9 GGGNGAGGGGAGGAGGGGGGGSRAPPEELSMFQLPTLNFSPEQVASVCETLEETGDIERL
                                     ::::: :::::.:::.:::::::.::.:::
CCDS97                               MFQLPILNFSPQQVAGVCETLEESGDVERL
                                             10        20        30

      110       120       130       140       150       160        
pF1KB9 GRFLWSLPVAPGACEAINKHESILRARAVVAFHTGNFRDLYHILENHKFTKESHGKLQAM
       :::::::::::.::::.::.::.:::::.:::: ::.:.:::::::::::::::.::::.
CCDS97 GRFLWSLPVAPAACEALNKNESVLRARAIVAFHGGNYRELYHILENHKFTKESHAKLQAL
               40        50        60        70        80        90

      170       180       190       200       210       220        
pF1KB9 WLEAHYQEAEKLRGRPLGPVDKYRVRKKFPLPRTIWDGEQKTHCFKERTRSLLREWYLQD
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::
CCDS97 WLEAHYQEAEKLRGRPLGPVDKYRVRKKFPLPRTIWDGEQKTHCFKERTRHLLREWYLQD
              100       110       120       130       140       150

      230       240       250       260       270       280        
pF1KB9 PYPNPSKKCELAQATGLTPTQVGNWFKNRRQRDRAAAAKNRLQHQAIGPSGMRSLAEPGC
       :::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::.:... .. :.:   : 
CCDS97 PYPNPSKKRELAQATGLTPTQVGNWFKNRRQRDRAAAAKNRLQQQVLSQGSGRALRAEG-
              160       170       180       190       200          

      290       300       310       320       330  
pF1KB9 PTHGSAESPSTAASPTTSVSSLTERADTGTSILSVTSSDSECDV
          :. :  ..:.::..:.::      ..:: .:.::::::::.
CCDS97 --DGTPEVLGVATSPAASLSS-----KAATSAISITSSDSECDI
       210       220            230       240      

>>CCDS1822.1 SIX2 gene_id:10736|Hs108|chr2                (291 aa)
 initn: 962 init1: 793 opt: 965  Z-score: 555.3  bits: 110.9 E(32554): 1.3e-24
Smith-Waterman score: 965; 60.8% identity (83.2% similar) in 232 aa overlap (79-309:1-228)

       50        60        70        80        90       100        
pF1KB9 GGGNGAGGGGAGGAGGGGGGGSRAPPEELSMFQLPTLNFSPEQVASVCETLEETGDIERL
                                     : .:::..:. :::: :::.:.. :.::::
CCDS18                               MSMLPTFGFTQEQVACVCEVLQQGGNIERL
                                             10        20        30

      110       120       130       140       150       160        
pF1KB9 GRFLWSLPVAPGACEAINKHESILRARAVVAFHTGNFRDLYHILENHKFTKESHGKLQAM
       ::::::::    ::: ..:.::.:.:.:::::: ::::.::.:::.:.:. ..:.::: .
CCDS18 GRFLWSLP----ACEHLHKNESVLKAKAVVAFHRGNFRELYKILESHQFSPHNHAKLQQL
                   40        50        60        70        80      

      170       180       190       200       210       220        
pF1KB9 WLEAHYQEAEKLRGRPLGPVDKYRVRKKFPLPRTIWDGEQKTHCFKERTRSLLREWYLQD
       ::.::: ::::::::::: : :::::.::::::.:::::. ..::::..::.::::: ..
CCDS18 WLKAHYIEAEKLRGRPLGAVGKYRVRRKFPLPRSIWDGEETSYCFKEKSRSVLREWYAHN
         90       100       110       120       130       140      

      230       240       250       260       270       280        
pF1KB9 PYPNPSKKCELAQATGLTPTQVGNWFKNRRQRDRAAAAKNRLQHQAIGPSGMRSLAEPGC
       :::.: .: :::.::::: :::.::::::::::::: ::.: ...  . ..   :   : 
CCDS18 PYPSPREKRELAEATGLTTTQVSNWFKNRRQRDRAAEAKERENNENSNSNSHNPLNGSGK
        150       160       170       180       190       200      

      290        300       310       320       330                 
pF1KB9 PTHGSAESPST-AASPTTSVSSLTERADTGTSILSVTSSDSECDV               
        . ::.:. .: ...:  : ::                                      
CCDS18 SVLGSSEDEKTPSGTPDHSSSSPALLLSPPPPGLPSLHSLGHPPGPSAVPVPVPGGGGAD
        210       220       230       240       250       260      

>>CCDS9748.1 SIX1 gene_id:6495|Hs108|chr14                (284 aa)
 initn: 926 init1: 763 opt: 934  Z-score: 538.4  bits: 107.7 E(32554): 1.1e-23
Smith-Waterman score: 934; 57.8% identity (79.1% similar) in 244 aa overlap (79-317:1-239)

       50        60        70        80        90       100        
pF1KB9 GGGNGAGGGGAGGAGGGGGGGSRAPPEELSMFQLPTLNFSPEQVASVCETLEETGDIERL
                                     : .::...:. :::: :::.:.. :..:::
CCDS97                               MSMLPSFGFTQEQVACVCEVLQQGGNLERL
                                             10        20        30

      110       120       130       140       150       160        
pF1KB9 GRFLWSLPVAPGACEAINKHESILRARAVVAFHTGNFRDLYHILENHKFTKESHGKLQAM
       ::::::::    ::. ..:.::.:.:.:::::: ::::.::.:::.:.:. ..: ::: .
CCDS97 GRFLWSLP----ACDHLHKNESVLKAKAVVAFHRGNFRELYKILESHQFSPHNHPKLQQL
                   40        50        60        70        80      

      170       180       190       200       210       220        
pF1KB9 WLEAHYQEAEKLRGRPLGPVDKYRVRKKFPLPRTIWDGEQKTHCFKERTRSLLREWYLQD
       ::.::: ::::::::::: : :::::.::::::::::::. ..::::..:..::::: ..
CCDS97 WLKAHYVEAEKLRGRPLGAVGKYRVRRKFPLPRTIWDGEETSYCFKEKSRGVLREWYAHN
         90       100       110       120       130       140      

      230       240       250       260       270       280        
pF1KB9 PYPNPSKKCELAQATGLTPTQVGNWFKNRRQRDRAAAAKNRLQHQAIGPSGMR----SLA
       :::.: .: :::.::::: :::.::::::::::::: ::.: . .  . :. .    :  
CCDS97 PYPSPREKRELAEATGLTTTQVSNWFKNRRQRDRAAEAKERENTENNNSSSNKQNQLSPL
        150       160       170       180       190       200      

          290        300       310       320       330             
pF1KB9 EPGCPTHGSAESP-STAASPTTSVSSLTERADTGTSILSVTSSDSECDV           
       : : :  .:.:   :   ::  . : :  ... :                          
CCDS97 EGGKPLMSSSEEEFSPPQSPDQN-SVLLLQGNMGHARSSNYSLPGLTASQPSHGLQTHQH
        210       220        230       240       250       260     

CCDS97 QLQDSLLGPLTSSLVDLGS
         270       280    

>>CCDS9749.2 SIX4 gene_id:51804|Hs108|chr14               (781 aa)
 initn: 782 init1: 602 opt: 740  Z-score: 428.3  bits: 88.8 E(32554): 1.5e-17
Smith-Waterman score: 745; 44.4% identity (67.6% similar) in 293 aa overlap (42-325:56-326)

              20        30        40        50        60        70 
pF1KB9 SHFLLPNFADSHHRSILLASSGGGNGAGGGGGAGGGSGGGNGAGGGGAGGAGGGGGGGSR
                                     : :. ...  .:  :. :..:.:...   .
CCDS97 SEGQEAHREVAGGAAVGLSPPAPAPFPLEPGDAATAAARVSGEEGAVAAAAAGAAADQVQ
          30        40        50        60        70        80     

              80                90       100       110       120   
pF1KB9 APPEELSMF--------QLPTLNFSPEQVASVCETLEETGDIERLGRFLWSLPVAPGACE
          : :.          : : : :::..:: :::.:.. :...::.:::::::      .
CCDS97 LHSELLGRHHHAAAAAAQTP-LAFSPDHVACVCEALQQGGNLDRLARFLWSLP----QSD
          90       100        110       120       130           140

           130       140       150       160       170       180   
pF1KB9 AINKHESILRARAVVAFHTGNFRDLYHILENHKFTKESHGKLQAMWLEAHYQEAEKLRGR
        .  .::.:.:::.:::: : . .:: :::.:.: . .:  :: .: .:.: :::. :::
CCDS97 LLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHPLLQQLWYKARYTEAERARGR
              150       160       170       180       190       200

           190       200       210       220       230       240   
pF1KB9 PLGPVDKYRVRKKFPLPRTIWDGEQKTHCFKERTRSLLREWYLQDPYPNPSKKCELAQAT
       ::: :::::.:.::::::::::::. ..::::..:. :.: : :. ::.:..: .::. :
CCDS97 PLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKELYKQNRYPSPAEKRHLAKIT
              210       220       230       240       250       260

           250       260       270       280        290       300  
pF1KB9 GLTPTQVGNWFKNRRQRDRAAAAKNRLQHQAIGPSGMRSLAEP-GCPTHGSAESPSTAAS
       ::. :::.:::::::::::             .::  .: .:  : :   :.:. :. . 
CCDS97 GLSLTQVSNWFKNRRQRDR-------------NPSETQSKSESDGNP---STEDESSKGH
              270                    280       290          300    

            310       320       330                                
pF1KB9 PTTSVSSLTERADTGTSILSVTSSDSECDV                              
          :   :.  .: : . ::..:                                     
CCDS97 EDLSPHPLSSSSD-GITNLSLSSHMEPVYMQQIGNAKISLSSSGVLLNGSLVPASTSPVF
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