Result of FASTA (omim) for pF1KB9555
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9555, 446 aa
  1>>>pF1KB9555 446 - 446 aa - 446 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4418+/-0.000505; mu= 8.6657+/- 0.031
 mean_var=248.8888+/-51.758, 0's: 0 Z-trim(116.7): 2068  B-trim: 136 in 2/50
 Lambda= 0.081296
 statistics sampled from 25776 (28115) to 25776 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.666), E-opt: 0.2 (0.33), width:  16
 Scan time:  8.760

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_068735 (OMIM: 194544) zinc finger protein 70 [H ( 446) 3215 390.8 3.9e-108
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1666 209.3 2.4e-53
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1666 209.3 2.4e-53
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1666 209.3 2.4e-53
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1666 209.3 2.4e-53
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1666 209.3 2.4e-53
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1666 209.3 2.5e-53
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1666 209.3 2.5e-53
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1666 209.3 2.5e-53
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1666 209.3 2.5e-53
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1666 209.3 2.5e-53
XP_005272399 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 542) 1581 199.2 2.2e-50
XP_005272398 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1581 199.4 2.5e-50
XP_011515600 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1581 199.4 2.5e-50
NP_008889 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 [H ( 682) 1581 199.4 2.5e-50
NP_001025147 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 ( 682) 1581 199.4 2.5e-50
NP_001073878 (OMIM: 603981) zinc finger protein 99 ( 864) 1561 197.2 1.5e-49
NP_003424 (OMIM: 604074) zinc finger protein 132 [ ( 706) 1527 193.1 2.1e-48
NP_001305822 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 675) 1520 192.2 3.5e-48
XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 1520 192.2 3.5e-48
NP_009080 (OMIM: 602277) zinc finger protein 184 i ( 751) 1520 192.3 3.8e-48
NP_001305821 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1520 192.3 3.8e-48
NP_001305820 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1520 192.3 3.8e-48
NP_112495 (OMIM: 603975) zinc finger protein 93 [H ( 620) 1511 191.1   7e-48
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1505 190.5 1.3e-47
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1505 190.5 1.3e-47
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1505 190.5 1.3e-47
NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
XP_016882934 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 837) 1505 190.6 1.4e-47
NP_037512 (OMIM: 603994) zinc finger protein 112 i ( 907) 1497 189.7 2.8e-47
NP_001076804 (OMIM: 603994) zinc finger protein 11 ( 913) 1497 189.7 2.8e-47
NP_001265592 (OMIM: 604768) zinc finger protein 25 ( 574) 1482 187.7 7.1e-47
NP_001265607 (OMIM: 604768) zinc finger protein 25 ( 574) 1482 187.7 7.1e-47
XP_011526750 (OMIM: 604768) PREDICTED: zinc finger ( 574) 1482 187.7 7.1e-47
NP_001265593 (OMIM: 604768) zinc finger protein 25 ( 586) 1482 187.7 7.2e-47
XP_016883008 (OMIM: 604768) PREDICTED: zinc finger ( 586) 1482 187.7 7.2e-47
XP_016883007 (OMIM: 604768) PREDICTED: zinc finger ( 586) 1482 187.7 7.2e-47
XP_016883006 (OMIM: 604768) PREDICTED: zinc finger ( 607) 1482 187.7 7.3e-47


>>NP_068735 (OMIM: 194544) zinc finger protein 70 [Homo   (446 aa)
 initn: 3215 init1: 3215 opt: 3215  Z-score: 2062.3  bits: 390.8 E(85289): 3.9e-108
Smith-Waterman score: 3215; 100.0% identity (100.0% similar) in 446 aa overlap (1-446:1-446)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MEVPPATKFGETFAFENRLESQQGLFPGEDLGDPFLQERGLEQMAVIYKEIPLGEQDEEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 MEVPPATKFGETFAFENRLESQQGLFPGEDLGDPFLQERGLEQMAVIYKEIPLGEQDEEN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 DDYEGNFSLCSSPVQHQSIPPGTRPQDDELFGQTFLQKSDLSMCQIIHSEEPSPCDCAET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 DDYEGNFSLCSSPVQHQSIPPGTRPQDDELFGQTFLQKSDLSMCQIIHSEEPSPCDCAET
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 DRGDSGPNAPHRTPQPAKPYACRECGKAFSQSSHLLRHLVIHTGEKPYECCECGKAFSQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 DRGDSGPNAPHRTPQPAKPYACRECGKAFSQSSHLLRHLVIHTGEKPYECCECGKAFSQS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 SHLLRHQIIHTGEKPYECRECGKAFRQSSALTQHQKIHTGKRPYECRECGKDFSRSSSLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 SHLLRHQIIHTGEKPYECRECGKAFRQSSALTQHQKIHTGKRPYECRECGKDFSRSSSLR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 KHERIHTGERPYQCKECGKSFNQSSGLSQHRKIHTLKKPHECDLCGKAFCHRSHLIRHQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 KHERIHTGERPYQCKECGKSFNQSSGLSQHRKIHTLKKPHECDLCGKAFCHRSHLIRHQR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 IHTGKKPYKCDECGKAFSQSSNLIEHRKTHTGEKPYKCQKCGKAFSQSSSLIEHQRIHTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 IHTGKKPYKCDECGKAFSQSSNLIEHRKTHTGEKPYKCQKCGKAFSQSSSLIEHQRIHTG
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 EKPYECCQCGKAFCHSSALIQHQRIHTGKKPYTCECGKAFRHRSALIEHYKTHTREKPYV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 EKPYECCQCGKAFCHSSALIQHQRIHTGKKPYTCECGKAFRHRSALIEHYKTHTREKPYV
              370       380       390       400       410       420

              430       440      
pF1KB9 CNLCGKSFRGSSHLIRHQKIHSGEKL
       ::::::::::::::::::::::::::
NP_068 CNLCGKSFRGSSHLIRHQKIHSGEKL
              430       440      

>>NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 is  (616 aa)
 initn: 9010 init1: 1350 opt: 1666  Z-score: 1078.9  bits: 209.3 E(85289): 2.4e-53
Smith-Waterman score: 1666; 58.7% identity (77.7% similar) in 395 aa overlap (54-445:196-590)

            30        40        50        60        70        80   
pF1KB9 GLFPGEDLGDPFLQERGLEQMAVIYKEIPLGEQDEENDDYEGNFSLCSSPVQHQSIPPGT
                                     ::.  :  .   .:   :. ..:: :  : 
NP_001 CVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGE
         170       180       190       200       210       220     

            90       100        110        120       130       140 
pF1KB9 RPQDDELFGQTFLQKSDLSMCQIIHS-EEPSPC-DCAETDRGDSGPNAPHRTPQPAKPYA
       .:      :.:: : . : . :  :. :.:  : .:...    :. .  .::    ::: 
NP_001 KPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYE
         230       240       250       260       270       280     

             150       160       170       180       190       200 
pF1KB9 CRECGKAFSQSSHLLRHLVIHTGEKPYECCECGKAFSQSSHLLRHQIIHTGEKPYECREC
       : :::::: :: :: .:: ::::::::.: :::::::.:: : .:: ::::::::::.::
NP_001 CSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHEC
         290       300       310       320       330       340     

             210       220       230       240       250       260 
pF1KB9 GKAFRQSSALTQHQKIHTGKRPYECRECGKDFSRSSSLRKHERIHTGERPYQCKECGKSF
       :::: : . : :::. :::..:::: :::: ::.:. : .:.::::::.:: :.::::.:
NP_001 GKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTF
         350       360       370       380       390       400     

             270       280       290       300       310       320 
pF1KB9 NQSSGLSQHRKIHTLKKPHECDLCGKAFCHRSHLIRHQRIHTGKKPYKCDECGKAFSQSS
       ..::.::::.. :: .::.::. ::::: . .:: .:::::::.:::.:..::::::.::
NP_001 SHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSS
         410       420       430       440       450       460     

             330       340       350       360       370       380 
pF1KB9 NLIEHRKTHTGEKPYKCQKCGKAFSQSSSLIEHQRIHTGEKPYECCQCGKAFCHSSALIQ
       .: .:.. :::::::.:..::.:::: . ::.::::::::::::: :::.:: .:: ::.
NP_001 SLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIE
         470       480       490       500       510       520     

             390        400       410       420       430       440
pF1KB9 HQRIHTGKKPYTC-ECGKAFRHRSALIEHYKTHTREKPYVCNLCGKSFRGSSHLIRHQKI
       :::::: .::: : ::::.: : :.: .: .::: :::: :. :::::: :.:: .:..:
NP_001 HQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRI
         530       540       550       560       570       580     

                                      
pF1KB9 HSGEKL                         
       :.:::                          
NP_001 HTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
         590       600       610      

>>XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro  (621 aa)
 initn: 9010 init1: 1350 opt: 1666  Z-score: 1078.8  bits: 209.3 E(85289): 2.4e-53
Smith-Waterman score: 1666; 58.7% identity (77.7% similar) in 395 aa overlap (54-445:201-595)

            30        40        50        60        70        80   
pF1KB9 GLFPGEDLGDPFLQERGLEQMAVIYKEIPLGEQDEENDDYEGNFSLCSSPVQHQSIPPGT
                                     ::.  :  .   .:   :. ..:: :  : 
XP_016 CVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGE
              180       190       200       210       220       230

            90       100        110        120       130       140 
pF1KB9 RPQDDELFGQTFLQKSDLSMCQIIHS-EEPSPC-DCAETDRGDSGPNAPHRTPQPAKPYA
       .:      :.:: : . : . :  :. :.:  : .:...    :. .  .::    ::: 
XP_016 KPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYE
              240       250       260       270       280       290

             150       160       170       180       190       200 
pF1KB9 CRECGKAFSQSSHLLRHLVIHTGEKPYECCECGKAFSQSSHLLRHQIIHTGEKPYECREC
       : :::::: :: :: .:: ::::::::.: :::::::.:: : .:: ::::::::::.::
XP_016 CSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHEC
              300       310       320       330       340       350

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       :::: : . : :::. :::..:::: :::: ::.:. : .:.::::::.:: :.::::.:
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       ..::.::::.. :: .::.::. ::::: . .:: .:::::::.:::.:..::::::.::
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       :::::: .::: : ::::.: : :.: .: .::: :::: :. :::::: :.:: .:..:
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       :.:::                          
XP_016 HTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
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pF1KB9 HQRIHTGKKPYTC-ECGKAFRHRSALIEHYKTHTREKPYVCNLCGKSFRGSSHLIRHQKI
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       :.:::                          
XP_016 HTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
       600       610       620        

>>NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 is  (658 aa)
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pF1KB9 GKAFRQSSALTQHQKIHTGKRPYECRECGKDFSRSSSLRKHERIHTGERPYQCKECGKSF
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pF1KB9 NLIEHRKTHTGEKPYKCQKCGKAFSQSSSLIEHQRIHTGEKPYECCQCGKAFCHSSALIQ
       .: .:.. :::::::.:..::.:::: . ::.::::::::::::: :::.:: .:: ::.
NP_001 SLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIE
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pF1KB9 HQRIHTGKKPYTC-ECGKAFRHRSALIEHYKTHTREKPYVCNLCGKSFRGSSHLIRHQKI
       :::::: .::: : ::::.: : :.: .: .::: :::: :. :::::: :.:: .:..:
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pF1KB9 HSGEKL                         
       :.:::                          
NP_001 HTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
       630       640       650        

>>XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro  (658 aa)
 initn: 9010 init1: 1350 opt: 1666  Z-score: 1078.6  bits: 209.3 E(85289): 2.4e-53
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pF1KB9 RPQDDELFGQTFLQKSDLSMCQIIHS-EEPSPC-DCAETDRGDSGPNAPHRTPQPAKPYA
       .:      :.:: : . : . :  :. :.:  : .:...    :. .  .::    ::: 
XP_016 KPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYE
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pF1KB9 CRECGKAFSQSSHLLRHLVIHTGEKPYECCECGKAFSQSSHLLRHQIIHTGEKPYECREC
       : :::::: :: :: .:: ::::::::.: :::::::.:: : .:: ::::::::::.::
XP_016 CSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHEC
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pF1KB9 GKAFRQSSALTQHQKIHTGKRPYECRECGKDFSRSSSLRKHERIHTGERPYQCKECGKSF
       :::: : . : :::. :::..:::: :::: ::.:. : .:.::::::.:: :.::::.:
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pF1KB9 NQSSGLSQHRKIHTLKKPHECDLCGKAFCHRSHLIRHQRIHTGKKPYKCDECGKAFSQSS
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XP_016 SHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSS
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pF1KB9 NLIEHRKTHTGEKPYKCQKCGKAFSQSSSLIEHQRIHTGEKPYECCQCGKAFCHSSALIQ
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XP_016 SLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIE
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pF1KB9 HQRIHTGKKPYTC-ECGKAFRHRSALIEHYKTHTREKPYVCNLCGKSFRGSSHLIRHQKI
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XP_016 HQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRI
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pF1KB9 HSGEKL                         
       :.:::                          
XP_016 HTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
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>>XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro  (670 aa)
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Smith-Waterman score: 1666; 58.7% identity (77.7% similar) in 395 aa overlap (54-445:250-644)

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pF1KB9 GLFPGEDLGDPFLQERGLEQMAVIYKEIPLGEQDEENDDYEGNFSLCSSPVQHQSIPPGT
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XP_006 CVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGE
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pF1KB9 RPQDDELFGQTFLQKSDLSMCQIIHS-EEPSPC-DCAETDRGDSGPNAPHRTPQPAKPYA
       .:      :.:: : . : . :  :. :.:  : .:...    :. .  .::    ::: 
XP_006 KPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYE
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       :::::: .::: : ::::.: : :.: .: .::: :::: :. :::::: :.:: .:..:
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       :.:::                          
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pF1KB9 HSGEKL                         
       :.:::                          
XP_006 HTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
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>>XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro  (670 aa)
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XP_005 HTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
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pF1KB9 RPQDDELFGQTFLQKSDLSMCQIIHS-EEPSPC-DCAETDRGDSGPNAPHRTPQPAKPYA
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NP_003 KPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYE
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NP_003 SHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSS
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pF1KB9 HQRIHTGKKPYTC-ECGKAFRHRSALIEHYKTHTREKPYVCNLCGKSFRGSSHLIRHQKI
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       :.:::                          
NP_003 HTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
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446 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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