FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB9171, 669 aa 1>>>pF1KB9171 669 - 669 aa - 669 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7523+/-0.000911; mu= 9.3257+/- 0.055 mean_var=152.4921+/-30.471, 0's: 0 Z-trim(112.1): 26 B-trim: 7 in 1/50 Lambda= 0.103861 statistics sampled from 12889 (12911) to 12889 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.742), E-opt: 0.2 (0.397), width: 16 Scan time: 4.510 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS14088.1 HDAC10 gene_id:83933|Hs108|chr22 ( 669) 4519 689.1 5.3e-198 CCDS54545.1 HDAC10 gene_id:83933|Hs108|chr22 ( 649) 2665 411.3 2.2e-114 CCDS14306.1 HDAC6 gene_id:10013|Hs108|chrX (1215) 1378 218.6 4.1e-56 CCDS2529.1 HDAC4 gene_id:9759|Hs108|chr2 (1084) 744 123.6 1.5e-27 CCDS83163.1 HDAC9 gene_id:9734|Hs108|chr7 (1025) 726 120.9 9.1e-27 CCDS47554.1 HDAC9 gene_id:9734|Hs108|chr7 (1066) 726 120.9 9.4e-27 CCDS47553.1 HDAC9 gene_id:9734|Hs108|chr7 (1069) 726 120.9 9.4e-27 CCDS45696.1 HDAC5 gene_id:10014|Hs108|chr17 (1122) 722 120.3 1.5e-26 CCDS32663.1 HDAC5 gene_id:10014|Hs108|chr17 (1123) 722 120.3 1.5e-26 CCDS41776.1 HDAC7 gene_id:51564|Hs108|chr12 ( 954) 717 119.5 2.2e-26 CCDS81685.1 HDAC7 gene_id:51564|Hs108|chr12 ( 974) 717 119.5 2.2e-26 CCDS8756.2 HDAC7 gene_id:51564|Hs108|chr12 ( 991) 717 119.5 2.3e-26 CCDS47555.1 HDAC9 gene_id:9734|Hs108|chr7 (1011) 692 115.8 3.1e-25 >>CCDS14088.1 HDAC10 gene_id:83933|Hs108|chr22 (669 aa) initn: 4519 init1: 4519 opt: 4519 Z-score: 3668.3 bits: 689.1 E(32554): 5.3e-198 Smith-Waterman score: 4519; 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CCDS14 VAARYAQQKHRIRRVLIVDWDVHHGQGTQFTFDQDPSVLYFSIHRYEQGRFWPHLKASNW 240 250 260 270 280 290 220 230 240 250 260 270 pF1KB9 DAVGRGQGLGFTVNLPWNQVGMGNADYVAAFLHLLLPLAFEFDPELVLVSAGFDSAIGDP ...: ::: :.:.:.::::::: .:::.:::::.:::.:.::.:.::::.::::. ::: CCDS14 STTGFGQGQGYTINVPWNQVGMRDADYIAAFLHVLLPVALEFQPQLVLVAAGFDALQGDP 300 310 320 330 340 350 280 290 300 310 320 330 pF1KB9 EGQMQATPECFAHLTQLLQVLAGGRVCAVLEGGYHLESLAESVCMTVQTLLGDPAPPLSG .:.: ::: ::.::.::. ::::.. :::::.:..:::.: ...:::::: : : . CCDS14 KGEMAATPAGFAQLTHLLMGLAGGKLILSLEGGYNLRALAEGVSASLHTLLGDPCPMLES 360 370 380 390 400 410 340 350 360 370 380 pF1KB9 PMAPCQSALESIQSARAAQAPHWKSLQQQDVTA----VPMSPSSHSPEGRP--PPLLP-- : :::.:: :.. : : : :. : .. :. . . .: : : ::.:: CCDS14 PGAPCRSAQASVSCALEALEPFWEVLVRSTETVERDNMEEDNVEESEEEGPWEPPVLPIL 420 430 440 450 460 470 390 400 410 420 pF1KB9 GGPVCKAAASAPSSLLDQPCL--C----------PAPSVRTAVALTTPDIT---LVLPPD :: . : . . :: . : : .: : .. :.: : CCDS14 TWPVLQ---SRTGLVYDQNMMNHCNLWDSHHPEVPQRILRIMCRLEELGLAGRCLTLTPR 480 490 500 510 520 430 440 450 460 pF1KB9 VIQQEASALREETEAWA---RPHESLAREE--------------------ALTALGKLLY :: : .. .. : :.. .: : : : CCDS14 PAT-EAELLTCHSAEYVGHLRATEKMKTRELHRESSNFDSIYICPSTFACAQLATGAACR 530 540 550 560 570 580 470 480 490 500 510 pF1KB9 LLDGMLDGQVNSGIAAT--PASAA---AA-------TLDVAVRRG--LSHGAQRLLCVA- :....:.:.: .: :.. :. : :: .. ::.:.. .: : :.: : CCDS14 LVEAVLSGEVLNGAAVVRPPGHHAEQDAACGFCFFNSVAVAARHAQTISGHALRILIVDW 590 600 610 620 630 640 520 530 540 pF1KB9 -LGQLDRPPDLAHDGRS-LWLNIR----------GKEAAALSM-------FHVSTPL--P . . . . .: : :..... : :.:. .. : :.. : CCDS14 DVHHGNGTQHMFEDDPSVLYVSLHRYDHGTFFPMGDEGASSQIGRAAGTGFTVNVAWNGP 650 660 670 680 690 700 550 560 570 580 590 pF1KB9 VM-TGGFLSCILGLVLPLAYGFQPDLVLVALG-------PGHGLQ-GPHA-ALLAAMLRG : . .:. ::::.:: :.:.::::. : : : : .:.. : :. .: : CCDS14 RMGDADYLAAWHRLVLPIAYEFNPELVLVSAGFDAARGDPLGGCQVSPEGYAHLTHLLMG 710 720 730 740 750 760 600 610 620 630 640 650 pF1KB9 LAGGRVLALLEENSTPQLAGILARVLNGEAPPSLGPSSVASPEDVQALMYLRGQLEPQWK ::.::.. .:: CCDS14 LASGRIILILEGGYNLTSISESMAACTRSLLGDPPPLLTLPRPPLSGALASITETIQVHR 770 780 790 800 810 820 >>CCDS2529.1 HDAC4 gene_id:9759|Hs108|chr2 (1084 aa) initn: 757 init1: 412 opt: 744 Z-score: 608.3 bits: 123.6 E(32554): 1.5e-27 Smith-Waterman score: 806; 37.6% identity (64.9% similar) in 388 aa overlap (3-364:654-1038) 10 20 30 pF1KB9 MGTALVYHEDMTATRLLWDDPECEIERPERLT :.::: : . . . :. :. CCDS25 HRPLSRAQSSPASATFPVSVQEPPTKPRFTTGLVYDTLMLKHQCTCGSSSSHPEHAGRIQ 630 640 650 660 670 680 40 50 60 70 80 90 pF1KB9 AALDRLRQRGLEQRCLRLSAREASEEELGLVHSPEYVSLVRETQVLGKEELQA--LSGQF . .::.. ::. .: . .:.:. ::: ::: : .:. :. :....:.. : :.. CCDS25 SIWSRLQETGLRGKCECIRGRKATLEELQTVHS-EAHTLLYGTNPLNRQKLDSKKLLGSL 690 700 710 720 730 740 100 110 120 130 pF1KB9 DAIYFH-P------------STFHCA---RLAAGAGLQLVDAVLTGAVQNGLALVRPPGH ... . : . : : :::.: ..:: : :: ..::.:.:::::: CCDS25 ASVFVRLPCGGVGVDSDTIWNEVHSAGAARLAVGCVVELVFKVATGELKNGFAVVRPPGH 750 760 770 780 790 800 140 150 160 170 180 190 pF1KB9 HGQRAAANGFCVFNNVAIAAAHAKQKHGLHRILVVDWDVHHGQGIQYLFEDDPSVLYFSW :..... ::: ::.::.:: .:. .. .::.::::::::.: : : .::::::.: CCDS25 HAEESTPMGFCYFNSVAVAAKLLQQRLSVSKILIVDWDVHHGNGTQQAFYSDPSVLYMSL 810 820 830 840 850 860 200 210 220 230 240 250 pF1KB9 HRYEHGRFWPFLRESDADAVGRGQGLGFTVNLPWN---QVGMGNADYVAAFLHLLLPLAF :::. : :.: . : :: : :.::.::. .. . ::.:.:.::: ...:.: CCDS25 HRYDDGNFFP--GSGAPDEVGTGPGVGFNVNMAFTGGLDPPMGDAEYLAAFRTVVMPIAS 870 880 890 900 910 920 260 270 280 290 300 pF1KB9 EFDPELVLVSAGFDSAIGDPE--GQMQATPECFAHLTQLLQVLAGGRVCAVLEGGYHLES :: :..::::.:::.. : : : .. . .::..::. :. :::::. .::::. : . CCDS25 EFAPDVVLVSSGFDAVEGHPTPLGGYNLSARCFGYLTKQLMGLAGGRIVLALEGGHDLTA 930 940 950 960 970 980 310 320 330 340 350 360 pF1KB9 LAESVCMTVQTLLG---DPAPPLSGPMAPCQSALESIQSARAAQAPHWKSLQQQDVTAVP . .. :..::: :: : . : .:..:.... .. .:. ::. :: CCDS25 ICDASEACVSALLGNELDPLPEKVLQQRPNANAVRSMEKVMEIHSKYWRCLQRTTSTAGR 990 1000 1010 1020 1030 1040 370 380 390 400 410 420 pF1KB9 MSPSSHSPEGRPPPLLPGGPVCKAAASAPSSLLDQPCLCPAPSVRTAVALTTPDITLVLP CCDS25 SLIEAQTCENEEAETVTAMASLSVGVKPAEKRPDEEPMEEEPPL 1050 1060 1070 1080 >>CCDS83163.1 HDAC9 gene_id:9734|Hs108|chr7 (1025 aa) initn: 748 init1: 380 opt: 726 Z-score: 594.1 bits: 120.9 E(32554): 9.1e-27 Smith-Waterman score: 799; 36.9% identity (65.4% similar) in 393 aa overlap (3-366:592-976) 10 20 30 pF1KB9 MGTALVYHEDMTATRLLWDDPECEIERPERLT :...: : . . . . :. :. CCDS83 HRLVSRTHSSPAASVLPHPAMDRPLQPGSATGIAYDPLMLKHQCVCGNSTTHPEHAGRIQ 570 580 590 600 610 620 40 50 60 70 80 90 pF1KB9 AALDRLRQRGLEQRCLRLSAREASEEELGLVHSPEYVSLVRETQVLGKEEL--QALSGQF . .::.. :: ..: :...:.:: ::. :::: :. ::. :. : ..: . : :. CCDS83 SIWSRLQETGLLNKCERIQGRKASLEEIQLVHS-EHHSLLYGTNPLDGQKLDPRILLGDD 630 640 650 660 670 680 100 110 120 130 pF1KB9 DAIYFHPSTFHC-------------------ARLAAGAGLQLVDAVLTGAVQNGLALVRP . .: :.. : ::.:.: ..:.. : .: ..::.:.::: CCDS83 SQKFF--SSLPCGGLGVDSDTIWNELHSSGAARMAVGCVIELASKVASGELKNGFAVVRP 690 700 710 720 730 140 150 160 170 180 190 pF1KB9 PGHHGQRAAANGFCVFNNVAIAAAHAKQKHGLHRILVVDWDVHHGQGIQYLFEDDPSVLY ::::.....: ::: ::.:::.: . ... .. .::.:: :::::.: : : :::.:: CCDS83 PGHHAEESTAMGFCFFNSVAITAKYLRDQLNISKILIVDLDVHHGNGTQQAFYADPSILY 740 750 760 770 780 790 200 210 220 230 240 pF1KB9 FSWHRYEHGRFWPFLRESDADAVGRGQGLGFTVNLPWN---QVGMGNADYVAAFLHLLLP .: :::..: :.: . . :: : : :...:. :. . ::...:. :: .. : CCDS83 ISLHRYDEGNFFP--GSGAPNEVGTGLGEGYNINIAWTGGLDPPMGDVEYLEAFRTIVKP 800 810 820 830 840 850 250 260 270 280 290 300 pF1KB9 LAFEFDPELVLVSAGFDSAIGD--PEGQMQATPECFAHLTQLLQVLAGGRVCAVLEGGYH .: ::::..::::::::. : : : ...: .::.:::. :..:: ::: .::::. 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CCDS32 AICDASEACVSALLSVELQPLDEAVLQQKPNINAVATLEKVIEIQSKHWSCVQKFAAGLG 1020 1030 1040 1050 1060 1070 370 380 390 400 410 420 pF1KB9 PMSPSSHSPEGRPPPLLPGGPVCKAAASAPSSLLDQPCLCPAPSVRTAVALTTPDITLVL CCDS32 RSLREAQAGETEEAETVSAMALLSVGAEQAQAAAAREHSPRPAEEPMEQEPAL 1080 1090 1100 1110 1120 >>CCDS41776.1 HDAC7 gene_id:51564|Hs108|chr12 (954 aa) initn: 629 init1: 392 opt: 717 Z-score: 587.2 bits: 119.5 E(32554): 2.2e-26 Smith-Waterman score: 795; 36.8% identity (62.5% similar) in 427 aa overlap (3-399:522-945) 10 20 30 pF1KB9 MGTALVYHEDMTATRLLWDDPECEIERPERLT :.:.: : . : . :. :. CCDS41 APASLSAPEPASQARVLSSSETPARTLPFTTGLIYDSVMLKHQCSCGDNSRHPEHAGRIQ 500 510 520 530 540 550 40 50 60 70 80 90 pF1KB9 AALDRLRQRGLEQRCLRLSAREASEEELGLVHSPEYVSLVRETQVLGKEELQA--LSGQF . .::..:::...: : .:.:: ::: ::: ..: :. :. :.. .:. :.: . CCDS41 SIWSRLQERGLRSQCECLRGRKASLEELQSVHSERHV-LLYGTNPLSRLKLDNGKLAGLL 560 570 580 590 600 610 100 110 120 130 pF1KB9 -----------------DAIYFHPSTFHCARLAAGAGLQLVDAVLTGAVQNGLALVRPPG :.:. . . . :: :::. .:. : . ..::.:.::::: CCDS41 AQRMFVMLPCGGVGVDTDTIWNELHSSNAARWAAGSVTDLAFKVASRELKNGFAVVRPPG 620 630 640 650 660 670 140 150 160 170 180 190 pF1KB9 HHGQRAAANGFCVFNNVAIAAAHAKQKHGLHRILVVDWDVHHGQGIQYLFEDDPSVLYFS ::.....: ::: ::.:::: . .:. .::.::::::::.: : : .::::::.: CCDS41 HHADHSTAMGFCFFNSVAIACRQLQQQSKASKILIVDWDVHHGNGTQQTFYQDPSVLYIS 680 690 700 710 720 730 200 210 220 230 240 250 pF1KB9 WHRYEHGRFWPFLRESDADAVGRGQGLGFTVNLPWN---QVGMGNADYVAAFLHLLLPLA ::.. : :.: . .: :: :.: ::.::. : . ::. .:.::: ...:.: CCDS41 LHRHDDGNFFP--GSGAVDEVGAGSGEGFNVNVAWAGGLDPPMGDPEYLAAFRIVVMPIA 740 750 760 770 780 260 270 280 290 300 pF1KB9 FEFDPELVLVSAGFDSAIGDPE--GQMQATPECFAHLTQLLQVLAGGRVCAVLEGGYHLE ::.:.:::::::::.: : : : .... .::...:: :. :::: : .::::. : CCDS41 REFSPDLVLVSAGFDAAEGHPAPLGGYHVSAKCFGYMTQQLMNLAGGAVVLALEGGHDLT 790 800 810 820 830 840 310 320 330 340 350 360 pF1KB9 SLAESVCMTVQTLLGDPAPPLS--G-PMAPCQSALESIQSARAAQAPHWKSLQQQDV--- .. .. : .:::. . ::: : . : .:..:.... ... .: .:. CCDS41 AICDASEACVAALLGNRVDPLSEEGWKQKPNLNAIRSLEAVIRVHSKYWGCMQRLASCPD 850 860 870 880 890 900 370 380 390 400 410 420 pF1KB9 TAVPMSPSSHSPEGRPPPLLPGGPVCKAAASAPSSLLDQPCLCPAPSVRTAVALTTPDIT . :: :.. . : . : . : : . :: : CCDS41 SWVPRVPGADKEEVEAVTALASLSVGILAEDRPSEQLVEEEEPMNL 910 920 930 940 950 430 440 450 460 470 480 pF1KB9 LVLPPDVIQQEASALREETEAWARPHESLAREEALTALGKLLYLLDGMLDGQVNSGIAAT 669 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Fri Nov 4 17:00:41 2016 done: Fri Nov 4 17:00:42 2016 Total Scan time: 4.510 Total Display time: 0.110 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]