Result of FASTA (ccds) for pF1KB8808
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8808, 355 aa
  1>>>pF1KB8808 355 - 355 aa - 355 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7459+/-0.0012; mu= 13.8815+/- 0.071
 mean_var=124.9514+/-40.333, 0's: 0 Z-trim(102.9): 317  B-trim: 943 in 2/46
 Lambda= 0.114737
 statistics sampled from 6608 (7158) to 6608 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.552), E-opt: 0.2 (0.22), width:  16
 Scan time:  2.500

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS2684.1 CCR8 gene_id:1237|Hs108|chr3            ( 355) 2339 399.3 2.7e-111
CCDS2656.1 CCR4 gene_id:1233|Hs108|chr3            ( 360) 1095 193.3 2.6e-49
CCDS2739.1 CCR5 gene_id:1234|Hs108|chr3            ( 352)  999 177.4 1.6e-44
CCDS46813.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3         ( 360)  995 176.8 2.5e-44
CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3            ( 355)  975 173.5 2.5e-43
CCDS43078.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3         ( 374)  957 170.5   2e-42
CCDS54571.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3         ( 387)  927 165.6 6.5e-41
CCDS2738.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3            ( 355)  925 165.2 7.7e-41
CCDS54574.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3           ( 376)  925 165.2   8e-41
CCDS43069.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3         ( 355)  918 164.0 1.7e-40
CCDS2706.1 ACKR2 gene_id:1238|Hs108|chr3           ( 384)  781 141.4 1.2e-33
CCDS2408.1 CXCR2 gene_id:3579|Hs108|chr2           ( 360)  738 134.2 1.6e-31
CCDS5298.1 CCR6 gene_id:1235|Hs108|chr6            ( 374)  721 131.5 1.2e-30
CCDS2409.1 CXCR1 gene_id:3577|Hs108|chr2           ( 350)  715 130.4 2.2e-30
CCDS46420.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2          ( 352)  699 127.8 1.4e-29
CCDS33295.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2          ( 356)  699 127.8 1.4e-29
CCDS2733.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3           ( 357)  696 127.3   2e-29
CCDS2732.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3           ( 369)  696 127.3   2e-29
CCDS77026.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17          ( 372)  688 126.0 5.1e-29
CCDS11369.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17          ( 378)  688 126.0 5.2e-29
CCDS8402.1 CXCR5 gene_id:643|Hs108|chr11           ( 372)  652 120.0 3.2e-27
CCDS43079.1 CCRL2 gene_id:9034|Hs108|chr3          ( 344)  636 117.3 1.9e-26
CCDS46814.1 CCRL2 gene_id:9034|Hs108|chr3          ( 356)  636 117.4 1.9e-26
CCDS3075.1 ACKR4 gene_id:51554|Hs108|chr3          ( 350)  628 116.0 4.8e-26
CCDS9942.1 BDKRB2 gene_id:624|Hs108|chr14          ( 391)  611 113.3 3.6e-25
CCDS2735.1 CXCR6 gene_id:10663|Hs108|chr3          ( 342)  604 112.0 7.4e-25
CCDS14416.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX          ( 368)  600 111.4 1.2e-24
CCDS48135.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX          ( 415)  600 111.5 1.3e-24
CCDS3137.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3            ( 359)  596 110.7 1.9e-24
CCDS82855.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3           ( 388)  596 110.8   2e-24
CCDS82854.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3           ( 394)  596 110.8   2e-24
CCDS2516.1 ACKR3 gene_id:57007|Hs108|chr2          ( 362)  549 103.0 4.2e-22
CCDS9410.1 LPAR6 gene_id:10161|Hs108|chr13         ( 344)  540 101.4 1.1e-21
CCDS55069.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6          ( 389)  540 101.5 1.2e-21
CCDS47508.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6          ( 392)  540 101.5 1.3e-21
CCDS47505.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6          ( 397)  540 101.5 1.3e-21
CCDS55070.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6          ( 400)  540 101.5 1.3e-21
CCDS47506.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6          ( 403)  540 101.5 1.3e-21
CCDS47504.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6          ( 406)  540 101.5 1.3e-21
CCDS43517.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6          ( 418)  540 101.5 1.3e-21
CCDS47507.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6          ( 420)  540 101.5 1.3e-21
CCDS43518.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6          ( 446)  540 101.6 1.4e-21
CCDS47503.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6          ( 493)  540 101.6 1.5e-21
CCDS9943.1 BDKRB1 gene_id:623|Hs108|chr14          ( 353)  532 100.1 2.9e-21
CCDS329.1 OPRD1 gene_id:4985|Hs108|chr1            ( 372)  527 99.3 5.4e-21
CCDS42856.1 SSTR4 gene_id:6754|Hs108|chr20         ( 388)  527 99.4 5.5e-21
CCDS8927.1 GPR182 gene_id:11318|Hs108|chr12        ( 404)  522 98.5   1e-20
CCDS2148.1 GPR17 gene_id:2840|Hs108|chr2           ( 367)  507 96.0 5.3e-20
CCDS9666.1 SSTR1 gene_id:6751|Hs108|chr14          ( 391)  507 96.0 5.5e-20
CCDS14441.1 LPAR4 gene_id:2846|Hs108|chrX          ( 370)  505 95.7 6.7e-20


>>CCDS2684.1 CCR8 gene_id:1237|Hs108|chr3                 (355 aa)
 initn: 2339 init1: 2339 opt: 2339  Z-score: 2111.7  bits: 399.3 E(32554): 2.7e-111
Smith-Waterman score: 2339; 99.7% identity (100.0% similar) in 355 aa overlap (1-355:1-355)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSPCDGELIQTNGKLLLAVFYCLLFVFSLLGNSLVILVL
       ::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSPCDAELIQTNGKLLLAVFYCLLFVFSLLGNSLVILVL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 VVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQTYYLLDQWVFGTVMCKVVSGFYYIGFYSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 VVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQTYYLLDQWVFGTVMCKVVSGFYYIGFYSS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 MFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTTLCLAVWLTAIMATIPLLVFYQVASEDGV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 MFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTTLCLAVWLTAIMATIPLLVFYQVASEDGV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 LQCYSFYNQQTLKWKIFTNFKMNILGLLIPFTIFMFCYIKILHQLKRCQNHNKTKAIRLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 LQCYSFYNQQTLKWKIFTNFKMNILGLLIPFTIFMFCYIKILHQLKRCQNHNKTKAIRLV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 LIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCSISQQLTYATHVTEIISFTHCCVNPVIY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 LIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCSISQQLTYATHVTEIISFTHCCVNPVIY
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350     
pF1KB8 AFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIFNYLGRQMPRESCEKSSSCQQHSSRSSSVDYIL
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 AFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIFNYLGRQMPRESCEKSSSCQQHSSRSSSVDYIL
              310       320       330       340       350     

>>CCDS2656.1 CCR4 gene_id:1233|Hs108|chr3                 (360 aa)
 initn: 1087 init1: 1060 opt: 1095  Z-score: 998.7  bits: 193.3 E(32554): 2.6e-49
Smith-Waterman score: 1095; 45.5% identity (75.8% similar) in 347 aa overlap (2-345:8-351)

                     10        20        30        40        50    
pF1KB8       MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSPCDGELIQTNGKLLLAVFYCLLFVFSLLGNS
              : ::: :.   ..::  . . .::  : :.. :.:.:  .: :.:::.:::::
CCDS26 MNPTDIADTTLDESI--YSNYYLYESIPKPCTKEGIKAFGELFLPPLYSLVFVFGLLGNS
               10          20        30        40        50        

           60        70        80        90       100       110    
pF1KB8 LVILVLVVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQTYYLLDQWVFGTVMCKVVSGFYY
       .:.:::   :.:::.:::::::::.::::::::.::  ::  ::::::  .::..: .: 
CCDS26 VVVLVLFKYKRLRSMTDVYLLNLAISDLLFVFSLPFWGYYAADQWVFGLGLCKMISWMYL
       60        70        80        90       100       110        

          120       130       140       150       160       170    
pF1KB8 IGFYSSMFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTTLCLAVWLTAIMATIPLLVFYQV
       .::::..::. :::.:::::.::::..:..::. .:.   ::.: .:..:..: ..:   
CCDS26 VGFYSGIFFVMLMSIDRYLAIVHAVFSLRARTLTYGVITSLATWSVAVFASLPGFLFSTC
      120       130       140       150       160       170        

          180       190       200       210       220       230    
pF1KB8 ASEDGVLQCYSFYNQQTLKWKIFTNFKMNILGLLIPFTIFMFCYIKILHQLKRCQNHNKT
        .: .   : . :. ..  ::.......:::::.::. :..:::  :.. :..:.:..:.
CCDS26 YTERNHTYCKTKYSLNSTTWKVLSSLEINILGLVIPLGIMLFCYSMIIRTLQHCKNEKKN
      180       190       200       210       220       230        

          240       250       260       270       280       290    
pF1KB8 KAIRLVLIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCSISQQLTYATHVTEIISFTHCC
       ::..... ::.  : ::.:.:.:::: .:  ...:. :.. . : :: ..:: ..:.:::
CCDS26 KAVKMIFAVVVLFLGFWTPYNIVLFLETLVELEVLQDCTFERYLDYAIQATETLAFVHCC
      240       250       260       270       280       290        

          300       310       320          330       340       350 
pF1KB8 VNPVIYAFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIF---NYLGRQMPRESCEKSSSCQQHSSRSSSV
       .::.:: :.::::.:.. ..: :.:  .:   .: :  .   .   :::  : .      
CCDS26 LNPIIYFFLGEKFRKYILQLF-KTCRGLFVLCQYCGLLQIYSADTPSSSYTQSTMDHDLH
      300       310        320       330       340       350       

           
pF1KB8 DYIL
           
CCDS26 DAL 
       360 

>>CCDS2739.1 CCR5 gene_id:1234|Hs108|chr3                 (352 aa)
 initn: 1015 init1: 557 opt: 999  Z-score: 913.0  bits: 177.4 E(32554): 1.6e-44
Smith-Waterman score: 999; 42.0% identity (75.0% similar) in 348 aa overlap (1-346:1-343)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSPCDGELIQTNGKLLLAVFYCLLFVFSLLGNSLVILVL
       ::: ..  .  . .::     : ::.   ..  .  ::  .: :.:.:...:: ::::.:
CCDS27 MDYQVSSPIYDI-NYYT----SEPCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFGFVGNMLVILIL
               10             20        30        40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 VVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQTYYLLDQWVFGTVMCKVVSGFYYIGFYSS
       . ::.:.:.::.::::::.:::.:... :: ..:   :: ::..::....:.:.:::.:.
CCDS27 INCKRLKSMTDIYLLNLAISDLFFLLTVPFWAHYAAAQWDFGNTMCQLLTGLYFIGFFSG
          60        70        80        90       100       110     

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 MFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTTLCLAVWLTAIMATIPLLVFYQVASEDGV
       .::: :...::::::::::.:::.::. .:..  . .:..:..:..: ..: .  .:   
CCDS27 IFFIILLTIDRYLAVVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWVVAVFASLPGIIFTRSQKEGLH
         120       130       140       150       160       170     

               190       200       210       220       230         
pF1KB8 LQCYS-FYNQQTLKWKIFTNFKMNILGLLIPFTIFMFCYIKILHQLKRCQNHNKT-KAIR
         : : :  .:   :: : ..:. ::::..:. ....::  ::. : ::.:..:  .:.:
CCDS27 YTCSSHFPYSQYQFWKNFQTLKIVILGLVLPLLVMVICYSGILKTLLRCRNEKKRHRAVR
         180       190       200       210       220       230     

      240       250       260       270       280       290        
pF1KB8 LVLIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCSISQQLTYATHVTEIISFTHCCVNPV
       :.. ..:. .:::.:.:.::.:.... .  :..:: :..:  : .::: ...::::.::.
CCDS27 LIFTIMIVYFLFWAPYNIVLLLNTFQEFFGLNNCSSSNRLDQAMQVTETLGMTHCCINPI
         240       250       260       270       280       290     

      300       310       320       330       340       350     
pF1KB8 IYAFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIFNYLGRQMPRESCEKSSSCQQHSSRSSSVDYIL
       :::::::::...:  .:::  .. :      . .:. :..::   .:.         
CCDS27 IYAFVGEKFRNYLLVFFQKHIAKRFCKCCSIFQQEAPERASSVYTRSTGEQEISVGL
         300       310       320       330       340       350  

>>CCDS46813.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3              (360 aa)
 initn: 964 init1: 570 opt: 995  Z-score: 909.3  bits: 176.8 E(32554): 2.5e-44
Smith-Waterman score: 995; 41.5% identity (75.7% similar) in 342 aa overlap (9-346:20-351)

                          10        20        30        40         
pF1KB8            MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSPCDGELIQTNGKLLLAVFYCLLFVFS
                          :::  :: :    ..::    ..  :  ::  .: :.:.:.
CCDS46 MLSTSRSRFIRNTNESGEEVTTFFDYDY----GAPCHKFDVKQIGAQLLPPLYSLVFIFG
               10        20            30        40        50      

      50        60        70        80        90       100         
pF1KB8 LLGNSLVILVLVVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQTYYLLDQWVFGTVMCKVV
       ..:: ::.:.:. ::::. .::.::::::.:::::....:. ..   ..::::..:::. 
CCDS46 FVGNMLVVLILINCKKLKCLTDIYLLNLAISDLLFLITLPLWAHSAANEWVFGNAMCKLF
         60        70        80        90       100       110      

     110       120       130       140       150       160         
pF1KB8 SGFYYIGFYSSMFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTTLCLAVWLTAIMATIPLL
       .:.:.::.....::: :...:::::.::::.:::.::. .:..  . .::.:..:..: .
CCDS46 TGLYHIGYFGGIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWLVAVFASVPGI
        120       130       140       150       160       170      

     170       180       190       200       210       220         
pF1KB8 VFYQVASEDGVLQCYSFYNQQTLKWKIFTNFKMNILGLLIPFTIFMFCYIKILHQLKRCQ
       .: .  .::.:  :  .. .    :. : ..  :::::..:. :...::  ::. : ::.
CCDS46 IFTKCQKEDSVYVCGPYFPR---GWNNFHTIMRNILGLVLPLLIMVICYSGILKTLLRCR
        180       190          200       210       220       230   

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pF1KB8 NHNKT-KAIRLVLIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCSISQQLTYATHVTEII
       :..:  .:.:... ..:. .:::.:.:.:..:.... .  :..:  ..::  ::.::: .
CCDS46 NEKKRHRAVRVIFTIMIVYFLFWTPYNIVILLNTFQEFFGLSNCESTSQLDQATQVTETL
           240       250       260       270       280       290   

      290       300       310       320       330          340     
pF1KB8 SFTHCCVNPVIYAFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIFNYLGRQMP---RESCEKSSSCQQHS
       ..::::.::.:::::::::...:: .:.:  .. :    .: :   ::. .  .: .  :
CCDS46 GMTHCCINPIIYAFVGEKFRRYLSVFFRKHITKRFC---KQCPVFYRETVDGVTSTNTPS
           300       310       320          330       340       350

         350     
pF1KB8 SRSSSVDYIL
       .         
CCDS46 TGEQEVSAGL
              360

>>CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3                 (355 aa)
 initn: 942 init1: 429 opt: 975  Z-score: 891.4  bits: 173.5 E(32554): 2.5e-43
Smith-Waterman score: 975; 42.6% identity (76.0% similar) in 329 aa overlap (11-337:12-335)

                10        20        30        40        50         
pF1KB8  MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSPCDGELIQTNGKLLLAVFYCLLFVFSLLGNSLVILV
                  :.:.. : :  ..::.    .. :  ::  .: :.::..:.:: ::.::
CCDS27 METPNTTEDYDTTTEFDYGD--ATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIGLVGNILVVLV
               10        20          30        40        50        

      60        70        80        90        100       110        
pF1KB8 LVVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQT-YYLLDQWVFGTVMCKVVSGFYYIGFY
       ::  :.:...:..::::::.:::::.:..::   : : :.:::: .:::..::::: :.:
CCDS27 LVQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKILSGFYYTGLY
       60        70        80        90       100       110        

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB8 SSMFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTTLCLAVWLTAIMATIPLLVFYQVASED
       : .::: :...:::::.::::.::..::. .:.   . .:  ::.:..: : : ..  : 
CCDS27 SEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPGLYFSKTQWEF
      120       130       140       150       160       170        

      180       190        200       210       220       230       
pF1KB8 GVLQCYSFYNQQTLK-WKIFTNFKMNILGLLIPFTIFMFCYIKILHQLKRCQNHNKTKAI
           :   . ...:. ::.:  .:.:..::..:. ....::  :.. : :  :..:.::.
CCDS27 THHTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKILLRRPNEKKSKAV
      180       190       200       210       220       230        

       240       250       260       270       280       290       
pF1KB8 RLVLIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCSISQQLTYATHVTEIISFTHCCVNP
       ::.....:  .:::.:.:...... .... .   :  :..:  :..:::.:..:::::::
CCDS27 RLIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQVTEVIAYTHCCVNP
      240       250       260       270       280       290        

       300       310       320       330       340       350       
pF1KB8 VIYAFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIFNYLGRQMPRESCEKSSSCQQHSSRSSSVDYIL  
       ::::::::.:.:.: ..:..   ..  .: . .:  : ..                    
CCDS27 VIYAFVGERFRKYLRQLFHR---RVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSSTSPSTGEHELSAGF
      300       310          320       330       340       350     

>>CCDS43078.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3              (374 aa)
 initn: 898 init1: 570 opt: 957  Z-score: 875.1  bits: 170.5 E(32554): 2e-42
Smith-Waterman score: 957; 43.5% identity (78.4% similar) in 301 aa overlap (9-308:20-313)

                          10        20        30        40         
pF1KB8            MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSPCDGELIQTNGKLLLAVFYCLLFVFS
                          :::  :: :    ..::    ..  :  ::  .: :.:.:.
CCDS43 MLSTSRSRFIRNTNESGEEVTTFFDYDY----GAPCHKFDVKQIGAQLLPPLYSLVFIFG
               10        20            30        40        50      

      50        60        70        80        90       100         
pF1KB8 LLGNSLVILVLVVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQTYYLLDQWVFGTVMCKVV
       ..:: ::.:.:. ::::. .::.::::::.:::::....:. ..   ..::::..:::. 
CCDS43 FVGNMLVVLILINCKKLKCLTDIYLLNLAISDLLFLITLPLWAHSAANEWVFGNAMCKLF
         60        70        80        90       100       110      

     110       120       130       140       150       160         
pF1KB8 SGFYYIGFYSSMFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTTLCLAVWLTAIMATIPLL
       .:.:.::.....::: :...:::::.::::.:::.::. .:..  . .::.:..:..: .
CCDS43 TGLYHIGYFGGIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWLVAVFASVPGI
        120       130       140       150       160       170      

     170       180       190       200       210       220         
pF1KB8 VFYQVASEDGVLQCYSFYNQQTLKWKIFTNFKMNILGLLIPFTIFMFCYIKILHQLKRCQ
       .: .  .::.:  :  .. .    :. : ..  :::::..:. :...::  ::. : ::.
CCDS43 IFTKCQKEDSVYVCGPYFPRG---WNNFHTIMRNILGLVLPLLIMVICYSGILKTLLRCR
        180       190          200       210       220       230   

     230        240       250       260       270       280        
pF1KB8 NHNKT-KAIRLVLIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCSISQQLTYATHVTEII
       :..:  .:.:... ..:. .:::.:.:.:..:.... .  :..:  ..::  ::.::: .
CCDS43 NEKKRHRAVRVIFTIMIVYFLFWTPYNIVILLNTFQEFFGLSNCESTSQLDQATQVTETL
           240       250       260       270       280       290   

      290       300       310       320       330       340        
pF1KB8 SFTHCCVNPVIYAFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIFNYLGRQMPRESCEKSSSCQQHSSRS
       ..::::.::.:::::::::.                                        
CCDS43 GMTHCCINPIIYAFVGEKFRSLFHIALGCRIAPLQKPVCGGPGVRPGKNVKVTTQGLLDG
           300       310       320       330       340       350   

>>CCDS54571.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3              (387 aa)
 initn: 861 init1: 466 opt: 927  Z-score: 848.1  bits: 165.6 E(32554): 6.5e-41
Smith-Waterman score: 927; 39.8% identity (75.6% similar) in 349 aa overlap (3-350:31-372)

                                           10        20         30 
pF1KB8                             MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSPCD-GELIQ
                                     .:.:    .::. .  : ..  :  :... 
CCDS54 MREPLEAFKLADLDFRKSSLASGWRMASGAFTMDQFPESVTENFEYDDLAEACYIGDIV-
               10        20        30        40        50          

              40        50        60        70        80        90 
pF1KB8 TNGKLLLAVFYCLLFVFSLLGNSLVILVLVVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQ
       . : ..:..:: ..:...:.:: ::...:.  :: .:.::.::::::::::::: ..:: 
CCDS54 VFGTVFLSIFYSVIFAIGLVGNLLVVFALTNSKKPKSVTDIYLLNLALSDLLFVATLPFW
      60        70        80        90       100       110         

             100       110       120       130       140       150 
pF1KB8 TYYLLDQWVFGTVMCKVVSGFYYIGFYSSMFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGT
       :.::...  . ..::: ...:..:::..:.::::..:.:::::.: :. ... ::.. :.
CCDS54 THYLINEKGLHNAMCKFTTAFFFIGFFGSIFFITVISIDRYLAIVLAANSMNNRTVQHGV
     120       130       140       150       160       170         

             160       170       180       190       200       210 
pF1KB8 TLCLAVWLTAIMATIPLLVFYQVASEDGVLQCYSFYNQQTLKWKIFTNFKMNILGLLIPF
       :. :.:: .::... : ..: .  .:.  :  :    :.   : .. : . :.::.:.:.
CCDS54 TISLGVWAAAILVAAPQFMFTK-QKENECLGDYPEVLQEI--WPVLRNVETNFLGFLLPL
     180       190       200        210         220       230      

             220       230       240       250       260       270 
pF1KB8 TIFMFCYIKILHQLKRCQNHNKTKAIRLVLIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDG
        :. .::..:.. :  :.::.:.:::.:.:.:::. .:::.:.::..:: .:. . .. .
CCDS54 LIMSYCYFRIIQTLFSCKNHKKAKAIKLILLVVIVFFLFWTPYNVMIFLETLKLYDFFPS
        240       250       260       270       280       290      

             280       290       300       310       320       330 
pF1KB8 CSISQQLTYATHVTEIISFTHCCVNPVIYAFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIFNYLGRQMP
       :.. ..:  :  ::: ..:.:::.::.::::.::::...: ... : :  ..   ::.. 
CCDS54 CDMRKDLRLALSVTETVAFSHCCLNPLIYAFAGEKFRRYLYHLYGK-CLAVL--CGRSVH
        300       310       320       330       340          350   

             340       350               
pF1KB8 RESCEKSSSCQQHSSRSSSVDYIL          
        .   . :. ..:.:  ::               
CCDS54 VDFSSSESQRSRHGSVLSSNFTYHTSDGDALLLL
           360       370       380       

>>CCDS2738.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3                 (355 aa)
 initn: 882 init1: 415 opt: 925  Z-score: 846.7  bits: 165.2 E(32554): 7.7e-41
Smith-Waterman score: 925; 39.3% identity (73.4% similar) in 349 aa overlap (1-340:1-341)

               10        20        30        40            50      
pF1KB8 MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSPCDGELIQTNGKLLLAVF----YCLLFVFSLLGNSLV
       :  .::   :  :  :: :. .  :.    ... . :.: :    : :.:. .:::: .:
CCDS27 MTTSLDTVETFGTTSYYDDV-GLLCE----KADTRALMAQFVPPLYSLVFTVGLLGNVVV
               10        20             30        40        50     

         60        70        80        90        100       110     
pF1KB8 ILVLVVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQTYYLLDQ-WVFGTVMCKVVSGFYYI
       ...:.  ..:: .:..::::::.:::::. ..::  .:.  . ::::  :::..::::. 
CCDS27 VMILIKYRRLRIMTNIYLLNLAISDLLFLVTLPFWIHYVRGHNWVFGHGMCKLLSGFYHT
          60        70        80        90       100       110     

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pF1KB8 GFYSSMFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTTLCLAVWLTAIMATIPLLVFYQVA
       :.:: .::: :...:::::.::::.::..::. .:.   ...:  :..:..: ..::.. 
CCDS27 GLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIVTWGLAVLAALPEFIFYETE
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pF1KB8 SEDGVLQCYSFYNQQTL-KWKIFTNFKMNILGLLIPFTIFMFCYIKILHQLKRCQNHNKT
              : ..: ..:. .:. : ...:.:. :..:. .. .::  :.. : :: ...: 
CCDS27 ELFEETLCSALYPEDTVYSWRHFHTLRMTIFCLVLPLLVMAICYTGIIKTLLRCPSKKKY
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pF1KB8 KAIRLVLIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCSISQQLTYATHVTEIISFTHCC
       :::::..... . ..::.:.::...:.: .:. . . :  :..:  .  :::.:...:::
CCDS27 KAIRLIFVIMAVFFIFWTPYNVAILLSSYQSILFGNDCERSKHLDLVMLVTEVIAYSHCC
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pF1KB8 VNPVIYAFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIFNYLGRQ---MPRESCEKSSSCQQHSSRSSSV
       .::::::::::.:.:.: ..:..   ... .:::    .: :. :..::           
CCDS27 MNPVIYAFVGERFRKYLRHFFHR---HLLMHLGRYIPFLPSEKLERTSSVSPSTAEPELS
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pF1KB8 DYIL
           
CCDS27 IVF 
           

>>CCDS54574.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3                (376 aa)
 initn: 882 init1: 415 opt: 925  Z-score: 846.4  bits: 165.2 E(32554): 8e-41
Smith-Waterman score: 925; 39.3% identity (73.4% similar) in 349 aa overlap (1-340:22-362)

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pF1KB8                      MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSPCDGELIQTNGKLLLA
                            :  .::   :  :  :: :. .  :.    ... . :.:
CCDS54 MPFGIRMLLRAHKPGSSRRSEMTTSLDTVETFGTTSYYDDV-GLLCE----KADTRALMA
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pF1KB8 VF----YCLLFVFSLLGNSLVILVLVVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQTYYL
        :    : :.:. .:::: .:...:.  ..:: .:..::::::.:::::. ..::  .:.
CCDS54 QFVPPLYSLVFTVGLLGNVVVVMILIKYRRLRIMTNIYLLNLAISDLLFLVTLPFWIHYV
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pF1KB8 LDQ-WVFGTVMCKVVSGFYYIGFYSSMFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTTLC
         . ::::  :::..::::. :.:: .::: :...:::::.::::.::..::. .:.   
CCDS54 RGHNWVFGHGMCKLLSGFYHTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITS
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pF1KB8 LAVWLTAIMATIPLLVFYQVASEDGVLQCYSFYNQQTL-KWKIFTNFKMNILGLLIPFTI
       ...:  :..:..: ..::..        : ..: ..:. .:. : ...:.:. :..:. .
CCDS54 IVTWGLAVLAALPEFIFYETEELFEETLCSALYPEDTVYSWRHFHTLRMTIFCLVLPLLV
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pF1KB8 FMFCYIKILHQLKRCQNHNKTKAIRLVLIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCS
       . .::  :.. : :: ...: :::::..... . ..::.:.::...:.: .:. . . : 
CCDS54 MAICYTGIIKTLLRCPSKKKYKAIRLIFVIMAVFFIFWTPYNVAILLSSYQSILFGNDCE
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pF1KB8 ISQQLTYATHVTEIISFTHCCVNPVIYAFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIFNYLGRQ---M
        :..:  .  :::.:...:::.::::::::::.:.:.: ..:..   ... .:::    .
CCDS54 RSKHLDLVMLVTEVIAYSHCCMNPVIYAFVGERFRKYLRHFFHR---HLLMHLGRYIPFL
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pF1KB8 PRESCEKSSSCQQHSSRSSSVDYIL
       : :. :..::               
CCDS54 PSEKLERTSSVSPSTAEPELSIVF 
            360       370       

>>CCDS43069.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3              (355 aa)
 initn: 861 init1: 466 opt: 918  Z-score: 840.5  bits: 164.0 E(32554): 1.7e-40
Smith-Waterman score: 918; 39.8% identity (75.5% similar) in 347 aa overlap (5-350:1-340)

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pF1KB8 MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSPCD-GELIQTNGKLLLAVFYCLLFVFSLLGNSLVILV
           .:    .::. .  : ..  :  :... . : ..:..:: ..:...:.:: ::...
CCDS43     MDQFPESVTENFEYDDLAEACYIGDIV-VFGTVFLSIFYSVIFAIGLVGNLLVVFA
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pF1KB8 LVVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQTYYLLDQWVFGTVMCKVVSGFYYIGFYS
       :.  :: .:.::.::::::::::::: ..:: :.::...  . ..::: ...:..:::..
CCDS43 LTNSKKPKSVTDIYLLNLALSDLLFVATLPFWTHYLINEKGLHNAMCKFTTAFFFIGFFG
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pF1KB8 SMFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTTLCLAVWLTAIMATIPLLVFYQVASEDG
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CCDS43 SIFFITVISIDRYLAIVLAANSMNNRTVQHGVTISLGVWAAAILVAAPQFMFTK-QKENE
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pF1KB8 VLQCYSFYNQQTLKWKIFTNFKMNILGLLIPFTIFMFCYIKILHQLKRCQNHNKTKAIRL
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CCDS43 CLGDYPEVLQEI--WPVLRNVETNFLGFLLPLLIMSYCYFRIIQTLFSCKNHKKAKAIKL
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pF1KB8 VLIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCSISQQLTYATHVTEIISFTHCCVNPVI
       .:.:::. .:::.:.::..:: .:. . .. .:.. ..:  :  ::: ..:.:::.::.:
CCDS43 ILLVVIVFFLFWTPYNVMIFLETLKLYDFFPSCDMRKDLRLALSVTETVAFSHCCLNPLI
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CCDS43 DALLLL
     350     




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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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