seq1 = pF1KB8680.tfa, 1899 bp
seq2 = pF1KB8680/gi568815597f_21345087.tfa (gi568815597f:21345087_21583383), 238297 bp

>pF1KB8680 1899
>gi568815597f:21345087_21583383 (Chr1)

1-133  (100001-100133)   100% ->
134-343  (123602-123811)   100% ->
344-446  (125546-125648)   100% ->
447-661  (126483-126697)   100% ->
662-734  (127757-127829)   100% ->
735-940  (128294-128499)   100% ->
941-992  (129814-129865)   100% ->
993-1156  (133058-133221)   100% ->
1157-1208  (134263-134314)   100% ->
1209-1381  (134965-135137)   100% ->
1382-1433  (135844-135895)   100% ->
1434-1606  (136511-136683)   100% ->
1607-1658  (137398-137449)   100% ->
1659-1899  (138057-138297)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCACTGACTCCCACTGTCCAGGGCTTCCAGTGGACTCTCCGAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCACTGACTCCCACTGTCCAGGGCTTCCAGTGGACTCTCCGAGGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGATGTAGAAACTTCCCCATTCGGTGCACCAAGAGCAGCCTCACATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGATGTAGAAACTTCCCCATTCGGTGCACCAAGAGCAGCCTCACATGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGCCGACATCAAGAGCTGCGAGATCCAACAG         TCCCTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100101 TGGGCCGACATCAAGAGCTGCGAGATCCAACAGGTA...CAGTCCCTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCACCTCTTCTGCCACAAACGTCAGCATGGTGGTATCTGCCGGCCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123610 CCCACCTCTTCTGCCACAAACGTCAGCATGGTGGTATCTGCCGGCCCTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTCCGGTGAGAAGGCAGAGATGAACATTCTAGAAATCAACAAGAAATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123660 GTCCGGTGAGAAGGCAGAGATGAACATTCTAGAAATCAACAAGAAATCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCCCCCAGCTGGCAGAGAACAAACAGCAGTTCAGAAACCTCAAACAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123710 GCCCCCAGCTGGCAGAGAACAAACAGCAGTTCAGAAACCTCAAACAGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGTCTTGTAACTCAAGTGGCCTACTTCCTGGCCAACCGGCAAAATAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123760 TGTCTTGTAACTCAAGTGGCCTACTTCCTGGCCAACCGGCAAAATAATTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CG         ACTATGAAGACTGCAAAGACCTCATAAAATCTATGCTGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123810 CGGTA...CAGACTATGAAGACTGCAAAGACCTCATAAAATCTATGCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGGATGAGCGGCTGCTCACAGAAGAGAAGCTTGCAGAGGAGCTCGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125585 GGGATGAGCGGCTGCTCACAGAAGAGAAGCTTGCAGAGGAGCTCGGGCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCTGAGGAGCTCAG         GCAATATAAAGTCCTGGTTCACTCTCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 125635 GCTGAGGAGCTCAGGTG...TAGGCAATATAAAGTCCTGGTTCACTCTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAACGAGAGCTGACCCAGTTAAGGGAGAAGTTACAGGAAGGGAGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126510 GGAACGAGAGCTGACCCAGTTAAGGGAGAAGTTACAGGAAGGGAGAGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCTCCCGCTCATTGAATCAGCATCTCCAGGCCCTCCTCACTCCGGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126560 CCTCCCGCTCATTGAATCAGCATCTCCAGGCCCTCCTCACTCCGGATGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCGGACAACTCCCAGGGACGGGACCTCCGAGAACAGCTGGCTGAGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126610 CCGGACAACTCCCAGGGACGGGACCTCCGAGAACAGCTGGCTGAGGGATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TAGGCTGGCACAGCACCTCGTCCAAAAGCTCAGCCCAG         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 126660 TAGGCTGGCACAGCACCTCGTCCAAAAGCTCAGCCCAGGTG...CAGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGATGACGATGAGGATGAAGATGTTAAAGTTGAGGAGGCTGAGAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127760 ATGATGACGATGAGGATGAAGATGTTAAAGTTGAGGAGGCTGAGAAAGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAGGAATTATATGCCCCCAG         GGAGGTGCAGAAGGCTGAAGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 127810 CAGGAATTATATGCCCCCAGGTA...CAGGGAGGTGCAGAAGGCTGAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAAGGAAGTCCCTGAGGACTCACTGGAGGAGTGTGCCATCACTTGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128315 AAAGGAAGTCCCTGAGGACTCACTGGAGGAGTGTGCCATCACTTGTTCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATAGCCACCACCCTTGTGAGTCCAACCAGCCTTACGGGAACACCAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128365 ATAGCCACCACCCTTGTGAGTCCAACCAGCCTTACGGGAACACCAGAATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACATTTGAGGAAGACCAAGTCGACTCAACTCTCATTGACTCATCCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128415 ACATTTGAGGAAGACCAAGTCGACTCAACTCTCATTGACTCATCCTCTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGATGAATGGTTGGATGCTGTATGCATTATCCCAG         AAAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 128465 TGATGAATGGTTGGATGCTGTATGCATTATCCCAGGTA...CAGAAAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAAGTGATCATGAGCAAGAGGAAGAAAAAGGGCCAGTGTCTCCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 129820 AAAGTGATCATGAGCAAGAGGAAGAAAAAGGGCCAGTGTCTCCCAGGTA.

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993      GAATCTGCAGGAGTCTGAAGAGGAGGAAGCCCCCCAGGAGTCCTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129870 ..CAGGAATCTGCAGGAGTCTGAAGAGGAGGAAGCCCCCCAGGAGTCCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGATGAAGGTGATTGGACTCTCTCAATTCCTCCTGACATGTCTGCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133103 GGATGAAGGTGATTGGACTCTCTCAATTCCTCCTGACATGTCTGCCTCAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACCAGTCTGACAGGAGCACCTTTCACTCAGTAGAGGAACAGCAAGTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133153 ACCAGTCTGACAGGAGCACCTTTCACTCAGTAGAGGAACAGCAAGTCGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TTGGCTCTTGACATAGGCA         GACATTGGTGTGATCAAGTGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 133203 TTGGCTCTTGACATAGGCAGTG...CAGGACATTGGTGTGATCAAGTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AAAGGAGGACCAAGAGGCCACAAGTCCCAG         GCTCAGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 134285 AAAGGAGGACCAAGAGGCCACAAGTCCCAGGTG...CAGGCTCAGCAGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGCTGCTGGATGAGAAAGAGCCTGAAGTCTTGCAGGACTCACTGGATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134976 AGCTGCTGGATGAGAAAGAGCCTGAAGTCTTGCAGGACTCACTGGATAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TTTTATTCAACTCCTTTTGAGTACCTGGAACTGCCTGACTTATGCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135026 TTTTATTCAACTCCTTTTGAGTACCTGGAACTGCCTGACTTATGCCAGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CTACAGAAGTGACTTTTACTCATTGCAGGAACAACACCTTGGCTTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135076 CTACAGAAGTGACTTTTACTCATTGCAGGAACAACACCTTGGCTTGGCTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TTGACTTGGACA         GAATGAAAAAGGACCAAGAAGAGGAAGAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 135126 TTGACTTGGACAGTG...CAGGAATGAAAAAGGACCAAGAAGAGGAAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GACCAAGGCCCACCATGCCCCAG         GCTCAGCAGAGAGCTGCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 135873 GACCAAGGCCCACCATGCCCCAGGTA...CAGGCTCAGCAGAGAGCTGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGAGGTAGTAGAGCCTGAGGACTTGCAGGACTCACTGGATAGATGGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136529 GGAGGTAGTAGAGCCTGAGGACTTGCAGGACTCACTGGATAGATGGTATT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CGACTCCTTTCAGTTATCCAGAACTGCCTGATTCATGCCAGCCCTACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136579 CGACTCCTTTCAGTTATCCAGAACTGCCTGATTCATGCCAGCCCTACGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AGTTGCTTTTACTCATTGGAGGAAGAACACGTTGGCTTTTCTCTTGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136629 AGTTGCTTTTACTCATTGGAGGAAGAACACGTTGGCTTTTCTCTTGACGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GGATG         AAATTGAAAAGTACCAAGAAGGGGAAGAAGATCAAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136679 GGATGGTG...CAGAAATTGAAAAGTACCAAGAAGGGGAAGAAGATCAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AGCCACCATGCCCCAG         GCTCAACGAGGTGCTGATGGAAGCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 137434 AGCCACCATGCCCCAGGTA...CAGGCTCAACGAGGTGCTGATGGAAGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GAAGAGCCTGAAGTCTTGCAGGACTCACTGGATAGATGTTATTCGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138082 GAAGAGCCTGAAGTCTTGCAGGACTCACTGGATAGATGTTATTCGACTAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TTCAACTTACTTTCAACTACATGCCTCATTCCAGCAGTACAGAAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 138132 TTCAACTTACTTTCAACTACATGCCTCATTCCAGCAGTATAGAAGTGCCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TTTACTCATTTGAGGAACAGGACGTCAGCTTGGCCCTTGACGTGGACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138182 TTTACTCATTTGAGGAACAGGACGTCAGCTTGGCCCTTGACGTGGACAAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 AGGTTTTTTACTTTGACAGTGATAAGGCACCACCTGGCCTTCCAGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138232 AGGTTTTTTACTTTGACAGTGATAAGGCACCACCTGGCCTTCCAGATGGG

   2000     .    :    .
   1884 AGTCATATTCCCACAC
        ||||||||||||||||
 138282 AGTCATATTCCCACAC