Result of FASTA (ccds) for pF1KB8645
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8645, 266 aa
  1>>>pF1KB8645 266 - 266 aa - 266 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5525+/-0.00101; mu= 13.7957+/- 0.061
 mean_var=79.2011+/-15.512, 0's: 0 Z-trim(105.4): 170  B-trim: 11 in 1/47
 Lambda= 0.144115
 statistics sampled from 8203 (8388) to 8203 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.639), E-opt: 0.2 (0.258), width:  16
 Scan time:  1.650

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS13916.1 RASD2 gene_id:23551|Hs108|chr22        ( 266) 1769 377.4 5.7e-105
CCDS11185.1 RASD1 gene_id:51655|Hs108|chr17        ( 281) 1015 220.6 9.3e-58
CCDS58519.1 RASD1 gene_id:51655|Hs108|chr17        ( 122)  471 107.3 5.3e-24
CCDS6687.1 DIRAS2 gene_id:54769|Hs108|chr9         ( 199)  380 88.5 3.9e-18
CCDS12092.1 DIRAS1 gene_id:148252|Hs108|chr19      ( 198)  355 83.3 1.4e-16
CCDS3170.1 RAP2B gene_id:5912|Hs108|chr3           ( 183)  319 75.8 2.4e-14
CCDS7814.1 RRAS2 gene_id:22800|Hs108|chr11         ( 204)  315 75.0 4.7e-14
CCDS14632.1 RAP2C gene_id:57826|Hs108|chrX         ( 183)  314 74.8 4.9e-14
CCDS9485.1 RAP2A gene_id:5911|Hs108|chr13          ( 183)  313 74.6 5.7e-14
CCDS12774.1 RRAS gene_id:6237|Hs108|chr19          ( 218)  309 73.8 1.2e-13
CCDS7699.1 HRAS gene_id:3265|Hs108|chr11           ( 170)  306 73.1 1.5e-13
CCDS8702.1 KRAS gene_id:3845|Hs108|chr12           ( 188)  306 73.1 1.6e-13
CCDS7698.1 HRAS gene_id:3265|Hs108|chr11           ( 189)  306 73.1 1.6e-13
CCDS8703.1 KRAS gene_id:3845|Hs108|chr12           ( 189)  306 73.1 1.6e-13
CCDS8984.1 RAP1B gene_id:5908|Hs108|chr12          ( 184)  301 72.1 3.2e-13
CCDS840.1 RAP1A gene_id:5906|Hs108|chr1            ( 184)  299 71.6 4.3e-13
CCDS877.1 NRAS gene_id:4893|Hs108|chr1             ( 189)  298 71.4 5.1e-13
CCDS2131.1 RALB gene_id:5899|Hs108|chr2            ( 206)  296 71.1 7.3e-13
CCDS1123.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1            ( 219)  289 69.6 2.1e-12
CCDS58037.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1           ( 236)  289 69.6 2.2e-12
CCDS62431.1 RIT2 gene_id:6014|Hs108|chr18          ( 153)  282 68.1 4.3e-12
CCDS3100.1 MRAS gene_id:22808|Hs108|chr3           ( 208)  282 68.1 5.5e-12
CCDS11921.1 RIT2 gene_id:6014|Hs108|chr18          ( 217)  282 68.2 5.7e-12
CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX          ( 201)  278 67.3 9.5e-12
CCDS14515.1 RAB9B gene_id:51209|Hs108|chrX         ( 201)  272 66.1 2.3e-11


>>CCDS13916.1 RASD2 gene_id:23551|Hs108|chr22             (266 aa)
 initn: 1769 init1: 1769 opt: 1769  Z-score: 1998.0  bits: 377.4 E(32554): 5.7e-105
Smith-Waterman score: 1769; 100.0% identity (100.0% similar) in 266 aa overlap (1-266:1-266)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTPTIEDFHRKVY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTPTIEDFHRKVY
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 NIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVKRLQKQILEVK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVKRLQKQILEVK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 SCLKNKTKEAAELPMVICGNKNDHGELCRQVPTTEAELLVSGDENCAYFEVSAKKNTNVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SCLKNKTKEAAELPMVICGNKNDHGELCRQVPTTEAELLVSGDENCAYFEVSAKKNTNVD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 EMFYVLFSMAKLPHEMSPALHRKISVQYGDAFHPRPFCMRRVKEMDAYGMVSPFARRPSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EMFYVLFSMAKLPHEMSPALHRKISVQYGDAFHPRPFCMRRVKEMDAYGMVSPFARRPSV
              190       200       210       220       230       240

              250       260      
pF1KB8 NSDLKYIKAKVLREGQARERDKCTIQ
       ::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NSDLKYIKAKVLREGQARERDKCTIQ
              250       260      

>>CCDS11185.1 RASD1 gene_id:51655|Hs108|chr17             (281 aa)
 initn: 1129 init1: 980 opt: 1015  Z-score: 1150.4  bits: 220.6 E(32554): 9.3e-58
Smith-Waterman score: 1143; 62.0% identity (84.1% similar) in 276 aa overlap (1-265:6-280)

                    10        20        30        40        50     
pF1KB8      MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTPTIEDF
            :.: .  ..  ::.:::: ::::.::.:.:::..::::::.::::: ::::::::
CCDS11 MKLAAMIKKMCPSDSELSIPAKNCYRMVILGSSKVGKTAIVSRFLTGRFEDAYTPTIEDF
               10        20        30        40        50        60

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB8 HRKVYNIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVKRLQKQ
       ::: :.:::..:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.::.::..:
CCDS11 HRKFYSIRGEVYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRDSFEEVQRLRQQ
               70        80        90       100       110       120

         120       130       140       150       160        170    
pF1KB8 ILEVKSCLKNKTKEAAELPMVICGNKNDHGELCRQVPTTEAELLVSGD-ENCAYFEVSAK
       ::..:::::::::: ...:.::::::.:. .. :.:   : : ::. : . :::::.:::
CCDS11 ILDTKSCLKNKTKENVDVPLVICGNKGDR-DFYREVDQREIEQLVGDDPQRCAYFEISAK
              130       140        150       160       170         

          180       190       200       210       220              
pF1KB8 KNTNVDEMFYVLFSMAKLPHEMSPALHRKISVQYGDAFHPRPFCMRRVKEM---------
       ::...:.:: .::.::::: :::: ::::.:::: :..: . .  ... .          
CCDS11 KNSSLDQMFRALFAMAKLPSEMSPDLHRKVSVQYCDVLHKKALRNKKLLRAGSGGGGGDP
     180       190       200       210       220       230         

          230       240       250       260      
pF1KB8 -DAYGMVSPFARRPSVNSDLKYIKAKVLREGQARERDKCTIQ
        ::.:.:.::::::::.::: ::. :.   .::.....:.: 
CCDS11 GDAFGIVAPFARRPSVHSDLMYIREKASAGSQAKDKERCVIS
     240       250       260       270       280 

>>CCDS58519.1 RASD1 gene_id:51655|Hs108|chr17             (122 aa)
 initn: 471 init1: 471 opt: 471  Z-score: 544.3  bits: 107.3 E(32554): 5.3e-24
Smith-Waterman score: 471; 75.6% identity (91.1% similar) in 90 aa overlap (1-90:6-95)

                    10        20        30        40        50     
pF1KB8      MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTPTIEDF
            :.: .  ..  ::.:::: ::::.::.:.:::..::::::.::::: ::::::::
CCDS58 MKLAAMIKKMCPSDSELSIPAKNCYRMVILGSSKVGKTAIVSRFLTGRFEDAYTPTIEDF
               10        20        30        40        50        60

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB8 HRKVYNIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVKRLQKQ
       ::: :.:::..::::::::::::::::::::::::                         
CCDS58 HRKFYSIRGEVYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTDPRHQVLPQEQNQGERGRAPGHLRQ
               70        80        90       100       110       120

         120       130       140       150       160       170     
pF1KB8 ILEVKSCLKNKTKEAAELPMVICGNKNDHGELCRQVPTTEAELLVSGDENCAYFEVSAKK
                                                                   
CCDS58 QG                                                          
                                                                   

>>CCDS6687.1 DIRAS2 gene_id:54769|Hs108|chr9              (199 aa)
 initn: 402 init1: 331 opt: 380  Z-score: 439.0  bits: 88.5 E(32554): 3.9e-18
Smith-Waterman score: 448; 43.1% identity (73.6% similar) in 174 aa overlap (18-191:6-170)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTPTIEDFHRKVY
                        :.::..:.::. :::::.: ::..: :...: ::.:: .:.: 
CCDS66             MPEQSNDYRVAVFGAGGVGKSSLVLRFVKGTFRESYIPTVEDTYRQVI
                           10        20        30        40        

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 NIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVKRLQKQILEVK
       .   ..  :.: ::.:.: ::::.::::  : .::::.:. .:.:..:.: . .:: :.:
CCDS66 SCDKSICTLQITDTTGSHQFPAMQRLSISKGHAFILVYSITSRQSLEELKPIYEQICEIK
       50        60        70        80        90       100        

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 SCLKNKTKEAAELPMVICGNKNDHGELCRQVPTTEAELLVSGDENCAYFEVSAKKNTNVD
       .       ..  .:... ::: :..   :.: ..::: :.    .::..:.::: : :: 
CCDS66 G-------DVESIPIMLVGNKCDESP-SREVQSSEAEALAR-TWKCAFMETSAKLNHNVK
             110       120        130       140        150         

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 EMFYVLFSMAKLPHEMSPALHRKISVQYGDAFHPRPFCMRRVKEMDAYGMVSPFARRPSV
       :.:  :... :                                                 
CCDS66 ELFQELLNLEKRRTVSLQIDGKKSKQQKRKEKLKGKCVIM                    
     160       170       180       190                             

>>CCDS12092.1 DIRAS1 gene_id:148252|Hs108|chr19           (198 aa)
 initn: 377 init1: 309 opt: 355  Z-score: 411.0  bits: 83.3 E(32554): 1.4e-16
Smith-Waterman score: 444; 44.2% identity (72.7% similar) in 172 aa overlap (18-189:6-167)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTPTIEDFHRKVY
                        :.::.::.::. :::::.: ::..: :.: : ::::: .:.: 
CCDS12             MPEQSNDYRVVVFGAGGVGKSSLVLRFVKGTFRDTYIPTIEDTYRQVI
                           10        20        30        40        

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 NIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVKRLQKQILEVK
       .   ..  :.: ::.:.: ::::.::::  : .::::::. ...:..:.  . : :...:
CCDS12 SCDKSVCTLQITDTTGSHQFPAMQRLSISKGHAFILVFSVTSKQSLEELGPIYKLIVQIK
       50        60        70        80        90       100        

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 SCLKNKTKEAAELPMVICGNKNDHGELCRQVPTTEAELLVSGDENCAYFEVSAKKNTNVD
       . ...       .:... ::: :  :  :.: : ::.  :. . .::..:.::: : :: 
CCDS12 GSVED-------IPVMLVGNKCD--ETQREVDTREAQA-VAQEWKCAFMETSAKMNYNVK
      110              120         130        140       150        

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 EMFYVLFSMAKLPHEMSPALHRKISVQYGDAFHPRPFCMRRVKEMDAYGMVSPFARRPSV
       :.:  :...                                                   
CCDS12 ELFQELLTLETRRNMSLNIDGKRSGKQKRTDRVKGKCTLM                    
      160       170       180       190                            

>>CCDS3170.1 RAP2B gene_id:5912|Hs108|chr3                (183 aa)
 initn: 364 init1: 297 opt: 319  Z-score: 371.0  bits: 75.8 E(32554): 2.4e-14
Smith-Waterman score: 380; 41.2% identity (73.9% similar) in 165 aa overlap (20-183:4-157)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTPTIEDFHRKVY
                          :..::::.. ::::... .:..: : ..: ::::::.::  
CCDS31                 MREYKVVVLGSGGVGKSALTVQFVTGSFIEKYDPTIEDFYRKEI
                               10        20        30        40    

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 NIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVKRLQKQILEVK
       .. ..   :.::::.:.. : .:: : : .:. ::::.:: :..::...: .. ::..::
CCDS31 EVDSSPSVLEILDTAGTEQFASMRDLYIKNGQGFILVYSLVNQQSFQDIKPMRDQIIRVK
           50        60        70        80        90       100    

              130       140        150       160       170         
pF1KB8 SCLKNKTKEAAELPMVICGNKND-HGELCRQVPTTEAELLVSGDENCAYFEVSAKKNTNV
               .  ..::.. ::: : .::  :.:   :.. :.  . .: ..:.:::....:
CCDS31 --------RYERVPMILVGNKVDLEGE--REVSYGEGKALAE-EWSCPFMETSAKNKASV
                  110       120         130        140       150   

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB8 DEMFYVLFSMAKLPHEMSPALHRKISVQYGDAFHPRPFCMRRVKEMDAYGMVSPFARRPS
       ::.:                                                        
CCDS31 DELFAEIVRQMNYAAQPNGDEGCCSACVIL                              
           160       170       180                                 

>>CCDS7814.1 RRAS2 gene_id:22800|Hs108|chr11              (204 aa)
 initn: 353 init1: 287 opt: 315  Z-score: 365.8  bits: 75.0 E(32554): 4.7e-14
Smith-Waterman score: 369; 38.7% identity (65.4% similar) in 191 aa overlap (17-203:12-192)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTPTIEDFHRKVY
                       ...::.::.:.. ::::... .:... :  .: ::::: . :  
CCDS78      MAAAGWRDGSGQEKYRLVVVGGGGVGKSALTIQFIQSYFVTDYDPTIEDSYTKQC
                    10        20        30        40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 NIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVKRLQKQILEVK
        :     .::::::.:.. : :::.  . ::. :.::::. .: ::.:. ..:.:::.::
CCDS78 VIDDRAARLDILDTAGQEEFGAMREQYMRTGEGFLLVFSVTDRGSFEEIYKFQRQILRVK
          60        70        80        90       100       110     

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 SCLKNKTKEAAELPMVICGNKNDHGELCRQVPTTEAELLVSGDENCAYFEVSAKKNTNVD
               .  :.::.. ::: :  .  :::   :.. :.  . . .:.:.:::   :::
CCDS78 --------DRDEFPMILIGNKADLDHQ-RQVTQEEGQQLAR-QLKVTYMEASAKIRMNVD
                 120       130        140        150       160     

              190           200       210       220       230      
pF1KB8 EMFYVLFSMAKLPHEM----SPALHRKISVQYGDAFHPRPFCMRRVKEMDAYGMVSPFAR
       . :. :  . .  .:.    ::   ::                                 
CCDS78 QAFHELVRVIRKFQEQECPPSPEPTRKEKDKKGCHCVIF                     
         170       180       190       200                         

>>CCDS14632.1 RAP2C gene_id:57826|Hs108|chrX              (183 aa)
 initn: 328 init1: 296 opt: 314  Z-score: 365.4  bits: 74.8 E(32554): 4.9e-14
Smith-Waterman score: 377; 40.9% identity (73.8% similar) in 164 aa overlap (20-183:4-157)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTPTIEDFHRKVY
                          :..::::.. ::::... .:..: : ..: ::::::.::  
CCDS14                 MREYKVVVLGSGGVGKSALTVQFVTGTFIEKYDPTIEDFYRKEI
                               10        20        30        40    

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 NIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVKRLQKQILEVK
       .. ..   :.::::.:.. : .:: : : .:. ::::.:: :..::...: .. ::..::
CCDS14 EVDSSPSVLEILDTAGTEQFASMRDLYIKNGQGFILVYSLVNQQSFQDIKPMRDQIVRVK
           50        60        70        80        90       100    

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 SCLKNKTKEAAELPMVICGNKNDHGELCRQVPTTEAELLVSGDENCAYFEVSAKKNTNVD
          :        .:... ::: :  :  :.: ..:.. :.. . .: ..:.:::... ::
CCDS14 RYEK--------VPLILVGNKVDL-EPEREVMSSEGRALAQ-EWGCPFMETSAKSKSMVD
                  110       120        130        140       150    

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 EMFYVLFSMAKLPHEMSPALHRKISVQYGDAFHPRPFCMRRVKEMDAYGMVSPFARRPSV
       :.:                                                         
CCDS14 ELFAEIVRQMNYSSLPEKQDQCCTTCVVQ                               
          160       170       180                                  

>>CCDS9485.1 RAP2A gene_id:5911|Hs108|chr13               (183 aa)
 initn: 332 init1: 297 opt: 313  Z-score: 364.3  bits: 74.6 E(32554): 5.7e-14
Smith-Waterman score: 381; 41.5% identity (73.2% similar) in 164 aa overlap (20-183:4-157)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTPTIEDFHRKVY
                          :..::::.. ::::... .:..: : ..: ::::::.::  
CCDS94                 MREYKVVVLGSGGVGKSALTVQFVTGTFIEKYDPTIEDFYRKEI
                               10        20        30        40    

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 NIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVKRLQKQILEVK
       .. ..   :.::::.:.. : .:: : : .:. ::::.:: :..::...: .. ::..::
CCDS94 EVDSSPSVLEILDTAGTEQFASMRDLYIKNGQGFILVYSLVNQQSFQDIKPMRDQIIRVK
           50        60        70        80        90       100    

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 SCLKNKTKEAAELPMVICGNKNDHGELCRQVPTTEAELLVSGDENCAYFEVSAKKNTNVD
          :        .:... ::: :  :  :.: ..:.. :.  . .: ..:.:::..: ::
CCDS94 RYEK--------VPVILVGNKVDL-ESEREVSSSEGRALAE-EWGCPFMETSAKSKTMVD
                  110       120        130        140       150    

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 EMFYVLFSMAKLPHEMSPALHRKISVQYGDAFHPRPFCMRRVKEMDAYGMVSPFARRPSV
       :.:                                                         
CCDS94 ELFAEIVRQMNYAAQPDKDDPCCSACNIQ                               
          160       170       180                                  

>>CCDS12774.1 RRAS gene_id:6237|Hs108|chr19               (218 aa)
 initn: 373 init1: 289 opt: 309  Z-score: 358.7  bits: 73.8 E(32554): 1.2e-13
Smith-Waterman score: 395; 39.0% identity (69.0% similar) in 187 aa overlap (15-199:25-201)

                         10        20        30        40        50
pF1KB8           MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTP
                               : ......::.:.. ::::... .:... : ..: :
CCDS12 MSSGAASGTGRGRPRGGGPGPGDPPPSETHKLVVVGGGGVGKSALTIQFIQSYFVSDYDP
               10        20        30        40        50        60

               60        70        80        90       100       110
pF1KB8 TIEDFHRKVYNIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVK
       :::: . :. .. :   .::::::.:.. : :::.  . .:  :.:::....:.::.:: 
CCDS12 TIEDSYTKICSVDGIPARLDILDTAGQEEFGAMREQYMRAGHGFLLVFAINDRQSFNEVG
               70        80        90       100       110       120

              120       130       140       150       160       170
pF1KB8 RLQKQILEVKSCLKNKTKEAAELPMVICGNKNDHGELCRQVPTTEAELLVSGDENCAYFE
       .:  :::.::        .  ..:.:. ::: :  :  :::: .::  . ..... ::::
CCDS12 KLFTQILRVK--------DRDDFPVVLVGNKADL-ESQRQVPRSEASAF-GASHHVAYFE
              130               140        150       160        170

              180       190         200       210       220        
pF1KB8 VSAKKNTNVDEMFYVLFSMAK--LPHEMSPALHRKISVQYGDAFHPRPFCMRRVKEMDAY
       .:::   :::: :  :   ..    .:. :.                             
CCDS12 ASAKLRLNVDEAFEQLVRAVRKYQEQELPPSPPSAPRKKGGGCPCVLL            
              180       190       200       210                    

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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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