Result of FASTA (omim) for pF1KB8569
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8569, 771 aa
  1>>>pF1KB8569 771 - 771 aa - 771 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0593+/-0.000335; mu= 12.6206+/- 0.021
 mean_var=123.6680+/-24.185, 0's: 0 Z-trim(118.6): 174  B-trim: 0 in 0/56
 Lambda= 0.115331
 statistics sampled from 31467 (31659) to 31467 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.708), E-opt: 0.2 (0.371), width:  16
 Scan time: 13.230

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_001257895 (OMIM: 602327) PH and SEC7 domain-con ( 645) 1999 344.1 1.1e-93
NP_002770 (OMIM: 602327) PH and SEC7 domain-contai (1024) 1999 344.2 1.6e-93
NP_001257894 (OMIM: 602327) PH and SEC7 domain-con (1024) 1999 344.2 1.6e-93
XP_011538271 (OMIM: 602327) PREDICTED: PH and SEC7 (1024) 1999 344.2 1.6e-93
XP_016871922 (OMIM: 602327) PREDICTED: PH and SEC7 (1024) 1999 344.2 1.6e-93
XP_011538270 (OMIM: 602327) PREDICTED: PH and SEC7 (1024) 1999 344.2 1.6e-93
XP_016871923 (OMIM: 602327) PREDICTED: PH and SEC7 (1024) 1999 344.2 1.6e-93
XP_016868754 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 ( 511) 1944 334.9 5.2e-91
XP_016868750 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 (1014) 1947 335.6 6.4e-91
XP_016868749 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 (1046) 1947 335.6 6.6e-91
NP_056125 (OMIM: 614440) PH and SEC7 domain-contai (1047) 1947 335.6 6.6e-91
XP_016868748 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 (1060) 1947 335.6 6.7e-91
XP_016868747 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 (1067) 1947 335.6 6.7e-91
NP_996792 (OMIM: 614440) PH and SEC7 domain-contai ( 513) 1936 333.6 1.3e-90
XP_006712455 (OMIM: 614442) PREDICTED: PH and SEC7 (1055) 1269 222.8 6.1e-57
NP_036587 (OMIM: 614442) PH and SEC7 domain-contai (1056) 1266 222.3 8.6e-57
XP_005263691 (OMIM: 614442) PREDICTED: PH and SEC7 (1056) 1266 222.3 8.6e-57
XP_006712457 (OMIM: 614442) PREDICTED: PH and SEC7 ( 964)  861 154.9 1.5e-36
XP_006712456 (OMIM: 614442) PREDICTED: PH and SEC7 ( 965)  858 154.4 2.2e-36
XP_011542773 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 ( 976)  776 140.7 2.8e-32
XP_011542770 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 ( 997)  775 140.6 3.2e-32
XP_016868751 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 (1008)  772 140.1 4.6e-32
XP_011542775 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 ( 972)  767 139.2 7.9e-32
XP_011542771 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 ( 985)  767 139.2   8e-32
XP_011542769 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 (1006)  767 139.2 8.1e-32
XP_016868753 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 ( 701)  614 113.7 2.8e-24
XP_016868752 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 ( 945)  614 113.8 3.6e-24
XP_011523777 (OMIM: 182115) PREDICTED: cytohesin-1 ( 322)  370 72.9 2.5e-12
XP_011523778 (OMIM: 182115) PREDICTED: cytohesin-1 ( 322)  370 72.9 2.5e-12
XP_016880827 (OMIM: 182115) PREDICTED: cytohesin-1 ( 338)  370 72.9 2.6e-12
XP_011523779 (OMIM: 182115) PREDICTED: cytohesin-1 ( 339)  370 72.9 2.6e-12
NP_001278947 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 3  ( 339)  370 72.9 2.6e-12
NP_001278948 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 3  ( 339)  370 72.9 2.6e-12
XP_016880826 (OMIM: 182115) PREDICTED: cytohesin-1 ( 380)  370 72.9 2.8e-12
NP_059430 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 2 [Ho ( 397)  370 72.9 2.9e-12
NP_004753 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 1 [Ho ( 398)  370 72.9 2.9e-12
XP_016880825 (OMIM: 182115) PREDICTED: cytohesin-1 ( 399)  370 72.9 2.9e-12
NP_004218 (OMIM: 605081) cytohesin-3 [Homo sapiens ( 399)  366 72.3 4.7e-12
XP_006723536 (OMIM: 602488) PREDICTED: cytohesin-2 ( 394)  354 70.3 1.8e-11
NP_004219 (OMIM: 602488) cytohesin-2 isoform 2 [Ho ( 399)  354 70.3 1.9e-11
NP_059431 (OMIM: 602488) cytohesin-2 isoform 1 [Ho ( 400)  354 70.3 1.9e-11
XP_006723535 (OMIM: 602488) PREDICTED: cytohesin-2 ( 421)  354 70.3 1.9e-11
NP_001304953 (OMIM: 606514) cytohesin-4 isoform 2  ( 337)  327 65.7 3.6e-10
XP_011528449 (OMIM: 606514) PREDICTED: cytohesin-4 ( 337)  327 65.7 3.6e-10
NP_037517 (OMIM: 606514) cytohesin-4 isoform 1 [Ho ( 394)  327 65.8 4.1e-10
NP_001317548 (OMIM: 610166) IQ motif and SEC7 doma ( 814)  316 64.1 2.7e-09
XP_011532617 (OMIM: 610166) PREDICTED: IQ motif an ( 814)  316 64.1 2.7e-09
NP_055684 (OMIM: 610166) IQ motif and SEC7 domain- ( 963)  316 64.2   3e-09
XP_011532613 (OMIM: 610166) PREDICTED: IQ motif an (1006)  316 64.2 3.2e-09
XP_011532616 (OMIM: 610166) PREDICTED: IQ motif an (1006)  316 64.2 3.2e-09


>>NP_001257895 (OMIM: 602327) PH and SEC7 domain-contain  (645 aa)
 initn: 2045 init1: 1966 opt: 1999  Z-score: 1802.9  bits: 344.1 E(85289): 1.1e-93
Smith-Waterman score: 2085; 54.3% identity (74.9% similar) in 650 aa overlap (126-769:18-634)

         100       110       120       130       140       150     
pF1KB8 SRPWRAGVLAEGDNASRSLYPDAEDPQLGLDGPGEPDVRDGFSATFEKILESELLRGTQY
                                     :::      :.:: .:: ::::.  .::.:
NP_001              MPLKSPVPFLPGTSPSADGP------DSFSCVFEAILESHRAKGTSY
                            10        20              30        40 

         160       170        180       190       200       210    
pF1KB8 SSLDSLDGLSLTDESDS-CVSFEAPLTPLIQQRARDSPEPGAGLGIGDMAFEGDMG-AAG
       .:: ::..:.    ..:   .:: :  :   .    .: : : :       : : : ...
NP_001 TSLASLEALASPGPTQSPFFTFELPPQPPAPRPDPPAPAPLAPL-------EPDSGTSSA
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pF1KB8 GDGELGSPLRRSISSSRSENVLSRLSLMAMPNGFHEDGPQGPGGDEDDDEEDTDKLLNSA
       .::    :  .    .. :.. .: .:   :.  .:  : .:  .::.    .  :   .
NP_001 ADG----PWTQR---GEEEEAEARAKL--APG--RE--PPSPCHSEDSLGLGAAPL---G
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pF1KB8 SDPSLKDGLSDSDSELSSSEGLEPGSADPLANGCQGVSEAAHRLARRLYHLEGFQRCDVA
       :.: :.. .:::::::.:.: :  ::.: :.:: ..  :::.:::.:::.:.::.. :::
NP_001 SEPPLSQLVSDSDSELDSTERLALGSTDTLSNGQKADLEAAQRLAKRLYRLDGFRKADVA
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pF1KB8 RQLGKNNEFSRLVAGEYLSFFDFSGLTLDGALRTFLKAFPLMGETQERERVLTHFSRRYC
       :.:::::.::.:::::::.:: :.:.::: :::.::: . ::::::::::::.:::.:: 
NP_001 RHLGKNNDFSKLVAGEYLKFFVFTGMTLDQALRVFLKELALMGETQERERVLAHFSQRYF
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pF1KB8 QCNPDDSTSEDGIHTLTCALMLLNTDLHGHNIGKKMSCQQFIANLDQLNDGQDFAKDLLK
       ::::.  .:::: :::::::::::::::::::::.:.: .::.::. :::: :: ..:::
NP_001 QCNPEALSSEDGAHTLTCALMLLNTDLHGHNIGKRMTCGDFIGNLEGLNDGGDFPRELLK
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pF1KB8 TLYNSIKNEKLEWAIDEDELRKSLSELVDDKFGTGTKKVTRIL----DGGNPFLDVPQAL
       .::.:::::::.:::::.:::.:::::.:     . : . ::     .:..::::.    
NP_001 ALYSSIKNEKLQWAIDEEELRRSLSELADP----NPKVIKRISGGSGSGSSPFLDLTPEP
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pF1KB8 SATTYKHGVLTRKTHADMGGKRTPRGRRGWKKFYAVLKGTILYLQKDEYRPDKALSEGDL
       .:..::::.:.::.:::   ..::::.::::.:...::: ::::::.::.: ::::: .:
NP_001 GAAVYKHGALVRKVHADPDCRKTPRGKRGWKSFHGILKGMILYLQKEEYKPGKALSETEL
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pF1KB8 KNAIRVHHALATRASDYSKKSNVLKLKTADWRVFLFQAPSKEEMLSWILRINLVAAIFSA
       :::: .:::::::::::::. .:. :.::::::::::::: :.: ::: :::.:::.:::
NP_001 KNAISIHHALATRASDYSKRPHVFYLRTADWRVFLFQAPSLEQMQSWITRINVVAAMFSA
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pF1KB8 PAFPAAVSSMKKFCRPLLPSCTTRLCQEEQLRSHENKLRQLTAELAEHRCHPVERGIKSK
       : :::::::.::: :::::: .::: ::::.:.:: ::. ...:: :::   . .  ..:
NP_001 PPFPAAVSSQKKFSRPLLPSAATRLSQEEQVRTHEAKLKAMASELREHRAAQLGKKGRGK
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pF1KB8 EAEEYRLKEHYLTFEKSRYETYIHLLAMKIKVGSDDLERIEARLATLEGDDPSLRKTHSS
       :::: : :: :: :::::: ::  :: .:.:.::..:. .:: ::   . . .:  .:::
NP_001 EAEEQRQKEAYLEFEKSRYSTYAALLRVKLKAGSEELDAVEAALAQAGSTEDGLPPSHSS
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pF1KB8 PALSQGHVTGSKTTKDATGPDT         
       :.:.    .  .. . .. :           
NP_001 PSLQPKPSSQPRAQRHSSEPRPGAGSGRRKP
          620       630       640     

>>NP_002770 (OMIM: 602327) PH and SEC7 domain-containing  (1024 aa)
 initn: 2045 init1: 1966 opt: 1999  Z-score: 1799.9  bits: 344.2 E(85289): 1.6e-93
Smith-Waterman score: 2087; 48.5% identity (68.6% similar) in 789 aa overlap (9-769:254-1013)

                                     10        20        30        
pF1KB8                       MEEDKLLSAVPEEGDATRDPGPEPEEEPGVRNGMASEG
                                     : : :      ::   ..  ::  : :.. 
NP_002 SPREVSSHAQRIARAKWEFFYGSLDPPSSGAKPPEQAPPSPPGVGSRQGSGVAVGRAAKY
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pF1KB8 LNSSLCS-PGHERRGTPAD---TEEPTKDPDVAFHGLSLGLSLTN-------GLALGPDL
        ...: . : .  : :  :   .:.   :  .  .  : :   :        :   ::  
NP_002 SETDLDTVPLRCYRETDIDEVLAEREEADSAIESQPSSEGPPGTAYPPAPRPGPLPGPHP
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pF1KB8 NILEDSAESRPWRAGVLAEGDN----ASRSLYPDAEDPQLGLDGPGEP------DVRDGF
       ..   . .    .::   . :.    ::..  : .. : :    :  :      :  :.:
NP_002 SLGSGNEDEDDDEAGGEEDVDDEVFEASEGARPGSRMP-LKSPVPFLPGTSPSADGPDSF
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pF1KB8 SATFEKILESELLRGTQYSSLDSLDGLSLTDESDS-CVSFEAPLTPLIQQRARDSPEPGA
       : .:: ::::.  .::.:.:: ::..:.    ..:   .:: :  :   .    .: : :
NP_002 SCVFEAILESHRAKGTSYTSLASLEALASPGPTQSPFFTFELPPQPPAPRPDPPAPAPLA
            410       420       430       440       450       460  

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pF1KB8 GLGIGDMAFEGDMG-AAGGDGELGSPLRRSISSSRSENVLSRLSLMAMPNGFHEDGPQGP
        :       : : : ....::    :  .    .. :.. .: .:   :.  .:  : .:
NP_002 PL-------EPDSGTSSAADG----PWTQ---RGEEEEAEARAKL--APG--RE--PPSP
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pF1KB8 GGDEDDDEEDTDKLLNSASDPSLKDGLSDSDSELSSSEGLEPGSADPLANGCQGVSEAAH
         .::.    .  :   .:.: :.. .:::::::.:.: :  ::.: :.:: ..  :::.
NP_002 CHSEDSLGLGAAPL---GSEPPLSQLVSDSDSELDSTERLALGSTDTLSNGQKADLEAAQ
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       :::::.::.: ::::: .::::: .:::::::::::::. .:. :.::::::::::::: 
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       :.: ::: :::.:::.:::: :::::::.::: :::::: .::: ::::.:.:: ::. .
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       ..:: :::   . .  ..::::: : :: :: :::::: ::  :: .:.:.::..:. .:
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NP_001 AALAQAGSTEDGLPPSHSSPSLQPKPSSQPRAQRHSSEPRPGAGSGRRKP
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XP_016 SLE--TLYSEPDSYFSFEMPLTPMIQQRIKE----------GGQFLERTSG--GGHQDI-
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