Result of FASTA (omim) for pF1KB8376
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8376, 626 aa
  1>>>pF1KB8376 626 - 626 aa - 626 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7500+/-0.000551; mu= 6.7228+/- 0.033
 mean_var=268.9733+/-55.940, 0's: 0 Z-trim(113.4): 360  B-trim: 33 in 1/56
 Lambda= 0.078202
 statistics sampled from 22323 (22765) to 22323 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.62), E-opt: 0.2 (0.267), width:  16
 Scan time:  9.710

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_002352 (OMIM: 159460,616680) myelin-associated  ( 626) 4208 489.7 1.3e-137
NP_001186145 (OMIM: 159460,616680) myelin-associat ( 601) 4022 468.7 2.6e-131
NP_542167 (OMIM: 159460,616680) myelin-associated  ( 582) 3869 451.4 4.1e-126
XP_011527635 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1173)  578 80.5 3.7e-14
XP_011527631 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1701)  578 80.7 4.6e-14
XP_011527629 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1709)  578 80.7 4.6e-14
NP_075556 (OMIM: 600751) sialoadhesin precursor [H (1709)  578 80.7 4.6e-14
XP_011527628 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1709)  578 80.7 4.6e-14
XP_006723673 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1709)  578 80.7 4.6e-14
XP_011527630 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1709)  578 80.7 4.6e-14
XP_011527626 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1709)  578 80.7 4.6e-14
XP_011527627 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1709)  578 80.7 4.6e-14
XP_011527632 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1623)  564 79.1 1.3e-13
NP_001172029 (OMIM: 107266) B-cell receptor CD22 i ( 751)  471 68.2 1.2e-10
NP_001762 (OMIM: 107266) B-cell receptor CD22 isof ( 847)  471 68.2 1.3e-10
NP_001172030 (OMIM: 107266) B-cell receptor CD22 i ( 670)  413 61.6   1e-08
NP_001172028 (OMIM: 107266) B-cell receptor CD22 i ( 759)  407 61.0 1.8e-08
XP_016882085 (OMIM: 605640) PREDICTED: sialic acid ( 410)  395 59.3 3.2e-08
NP_055256 (OMIM: 605640) sialic acid-binding Ig-li ( 463)  395 59.3 3.4e-08
XP_011525034 (OMIM: 605640) PREDICTED: sialic acid ( 465)  395 59.3 3.4e-08
XP_011525032 (OMIM: 605640) PREDICTED: sialic acid ( 477)  395 59.3 3.5e-08
XP_016882084 (OMIM: 605640) PREDICTED: sialic acid ( 479)  395 59.3 3.5e-08
NP_001185487 (OMIM: 605640) sialic acid-binding Ig ( 479)  395 59.3 3.5e-08
XP_006723209 (OMIM: 605640) PREDICTED: sialic acid ( 481)  395 59.3 3.5e-08
XP_011525036 (OMIM: 605639) PREDICTED: sialic acid ( 488)  385 58.2 7.7e-08
NP_001171079 (OMIM: 159590) myeloid cell surface a ( 310)  352 54.2 7.8e-07
XP_011525834 (OMIM: 159590) PREDICTED: myeloid cel ( 364)  352 54.3 8.6e-07
NP_001763 (OMIM: 159590) myeloid cell surface anti ( 364)  352 54.3 8.6e-07
XP_011508698 (OMIM: 269400,605158) PREDICTED: pero (1296)  361 56.1 9.1e-07
XP_011508699 (OMIM: 269400,605158) PREDICTED: pero (1296)  361 56.1 9.1e-07
XP_016882997 (OMIM: 159590) PREDICTED: myeloid cel ( 418)  352 54.4 9.3e-07
XP_011525833 (OMIM: 159590) PREDICTED: myeloid cel ( 418)  352 54.4 9.3e-07
XP_005264764 (OMIM: 269400,605158) PREDICTED: pero (1455)  361 56.1 9.8e-07
NP_036425 (OMIM: 269400,605158) peroxidasin homolo (1479)  361 56.1 9.9e-07
NP_001288026 (OMIM: 607761,612581) kin of IRRE-lik ( 766)  350 54.5 1.6e-06
XP_011541335 (OMIM: 607761,612581) PREDICTED: kin  ( 766)  350 54.5 1.6e-06
XP_016882998 (OMIM: 159590) PREDICTED: myeloid cel ( 402)  339 52.9 2.5e-06
XP_016873908 (OMIM: 607761,612581) PREDICTED: kin  ( 791)  343 53.8 2.8e-06
NP_954648 (OMIM: 607762) kin of IRRE-like protein  ( 583)  327 51.8   8e-06
NP_115499 (OMIM: 607762) kin of IRRE-like protein  ( 633)  327 51.8 8.5e-06
XP_011525667 (OMIM: 607762) PREDICTED: kin of IRRE ( 658)  327 51.9 8.7e-06
NP_001316459 (OMIM: 607762) kin of IRRE-like prote ( 658)  327 51.9 8.7e-06
XP_016882837 (OMIM: 607762) PREDICTED: kin of IRRE ( 673)  327 51.9 8.8e-06
XP_011525665 (OMIM: 607762) PREDICTED: kin of IRRE ( 708)  327 51.9   9e-06
NP_954649 (OMIM: 607762) kin of IRRE-like protein  ( 708)  327 51.9   9e-06
XP_011525664 (OMIM: 607762) PREDICTED: kin of IRRE ( 708)  327 51.9   9e-06
NP_001155179 (OMIM: 607761,612581) kin of IRRE-lik ( 600)  324 51.5   1e-05
XP_016873909 (OMIM: 607761,612581) PREDICTED: kin  ( 778)  324 51.6 1.2e-05
XP_011541333 (OMIM: 607761,612581) PREDICTED: kin  ( 778)  324 51.6 1.2e-05
NP_115920 (OMIM: 607761,612581) kin of IRRE-like p ( 778)  324 51.6 1.2e-05


>>NP_002352 (OMIM: 159460,616680) myelin-associated glyc  (626 aa)
 initn: 4208 init1: 4208 opt: 4208  Z-score: 2591.6  bits: 489.7 E(85289): 1.3e-137
Smith-Waterman score: 4208; 100.0% identity (100.0% similar) in 626 aa overlap (1-626:1-626)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MIFLTALPLFWIMISASRGGHWGAWMPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELRPAVVHGVWY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MIFLTALPLFWIMISASRGGHWGAWMPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELRPAVVHGVWY
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 FNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRGD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 FNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRGD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 LGGYNQYTFSEHSVLDIVNTPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWLGHEGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LGGYNQYTFSEHSVLDIVNTPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWLGHEGL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 GEPAVLGRLREDEGTWVQVSLLHFVPTREANGHRLGCQASFPNTTLQFEGYASMDVKYPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GEPAVLGRLREDEGTWVQVSLLHFVPTREANGHRLGCQASFPNTTLQFEGYASMDVKYPP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 VIVEMNSSVEAIEGSHVSLLCGADSNPPPLLTWMRDGTVLREAVAESLLLELEEVTPAED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VIVEMNSSVEAIEGSHVSLLCGADSNPPPLLTWMRDGTVLREAVAESLLLELEEVTPAED
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 GVYACLAENAYGQDNRTVGLSVMYAPWKPTVNGTMVAVEGETVSILCSTQSNPDPILTIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GVYACLAENAYGQDNRTVGLSVMYAPWKPTVNGTMVAVEGETVSILCSTQSNPDPILTIF
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 KEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYGQRATAFNLSVEFAPVLLLESH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYGQRATAFNLSVEFAPVLLLESH
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 CAAARDTVQCLCVVKSNPEPSVAFELPSRNVTVNESEREFVYSERSGLVLTSILTLRGQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 CAAARDTVQCLCVVKSNPEPSVAFELPSRNVTVNESEREFVYSERSGLVLTSILTLRGQA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB8 QAPPRVICTARNLYGAKSLELPFQGAHRLMWAKIGPVGAVVAFAILIAIVCYITQTRRKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QAPPRVICTARNLYGAKSLELPFQGAHRLMWAKIGPVGAVVAFAILIAIVCYITQTRRKK
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB8 NVTESPSFSAGDNPPVLFSSDFRISGAPEKYESERRLGSERRLLGLRGEPPELDLSYSHS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NVTESPSFSAGDNPPVLFSSDFRISGAPEKYESERRLGSERRLLGLRGEPPELDLSYSHS
              550       560       570       580       590       600

              610       620      
pF1KB8 DLGKRPTKDSYTLTEELAEYAEIRVK
       ::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DLGKRPTKDSYTLTEELAEYAEIRVK
              610       620      

>>NP_001186145 (OMIM: 159460,616680) myelin-associated g  (601 aa)
 initn: 4022 init1: 4022 opt: 4022  Z-score: 2478.3  bits: 468.7 E(85289): 2.6e-131
Smith-Waterman score: 4022; 100.0% identity (100.0% similar) in 601 aa overlap (26-626:1-601)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MIFLTALPLFWIMISASRGGHWGAWMPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELRPAVVHGVWY
                                :::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001                          MPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELRPAVVHGVWY
                                        10        20        30     

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 FNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRGD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRGD
          40        50        60        70        80        90     

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 LGGYNQYTFSEHSVLDIVNTPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWLGHEGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LGGYNQYTFSEHSVLDIVNTPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWLGHEGL
         100       110       120       130       140       150     

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 GEPAVLGRLREDEGTWVQVSLLHFVPTREANGHRLGCQASFPNTTLQFEGYASMDVKYPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GEPAVLGRLREDEGTWVQVSLLHFVPTREANGHRLGCQASFPNTTLQFEGYASMDVKYPP
         160       170       180       190       200       210     

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 VIVEMNSSVEAIEGSHVSLLCGADSNPPPLLTWMRDGTVLREAVAESLLLELEEVTPAED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VIVEMNSSVEAIEGSHVSLLCGADSNPPPLLTWMRDGTVLREAVAESLLLELEEVTPAED
         220       230       240       250       260       270     

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 GVYACLAENAYGQDNRTVGLSVMYAPWKPTVNGTMVAVEGETVSILCSTQSNPDPILTIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GVYACLAENAYGQDNRTVGLSVMYAPWKPTVNGTMVAVEGETVSILCSTQSNPDPILTIF
         280       290       300       310       320       330     

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 KEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYGQRATAFNLSVEFAPVLLLESH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYGQRATAFNLSVEFAPVLLLESH
         340       350       360       370       380       390     

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 CAAARDTVQCLCVVKSNPEPSVAFELPSRNVTVNESEREFVYSERSGLVLTSILTLRGQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CAAARDTVQCLCVVKSNPEPSVAFELPSRNVTVNESEREFVYSERSGLVLTSILTLRGQA
         400       410       420       430       440       450     

              490       500       510       520       530       540
pF1KB8 QAPPRVICTARNLYGAKSLELPFQGAHRLMWAKIGPVGAVVAFAILIAIVCYITQTRRKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QAPPRVICTARNLYGAKSLELPFQGAHRLMWAKIGPVGAVVAFAILIAIVCYITQTRRKK
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NP_001 DLGKRPTKDSYTLTEELAEYAEIRVK
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>>NP_542167 (OMIM: 159460,616680) myelin-associated glyc  (582 aa)
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 LGGYNQYTFSEHSVLDIVNTPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWLGHEGL
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NP_542 VIVEMNSSVEAIEGSHVSLLCGADSNPPPLLTWMRDGTVLREAVAESLLLELEEVTPAED
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NP_542 KEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYGQRATAFNLSVEFAPVLLLESH
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 CAAARDTVQCLCVVKSNPEPSVAFELPSRNVTVNESEREFVYSERSGLVLTSILTLRGQA
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pF1KB8 QAPPRVICTARNLYGAKSLELPFQGAHRLMWAKIGPVGAVVAFAILIAIVCYITQTRRKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 QAPPRVICTARNLYGAKSLELPFQGAHRLMWAKIGPVGAVVAFAILIAIVCYITQTRRKK
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NP_542 NVTESPSFSAGDNPPVLFSSDFRISGAPEKYESKEVSTLESH                  
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       ...  :...  . ... ...   .:.:. : :.. ::::. .: .:  : . . .:.: :
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       ..     .  ..  :  :.  ..  ::.. . . .:. : :: :  :   : : .  ..:
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       :: :  :..    :. . . :  :.: : ..:. : .  . :..::. :.   ... .:.
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       : ... .. :::.: :::. :.  .  ..: ...:  . .  : .  .:..::...:.: 
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pF1KB8 SN-PDPILTIFKEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYG-QRATAFNLS
       .. :. .   . ....:    .   :.:.:  ..  : : :.: ..: .: .:.   .. 
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pF1KB8 VEFAPVL-LLESHCAAARDTVQCL-CVVKSNPEPSVAFELPSRNV--TVNESEREFVYSE
       :.  :.  .: .   .    :  : : : :.:  ....   .. .  : ..:..   .: 
XP_011 VNHPPLTPVLTAFLETQAGLVGILHCSVVSEPLATLVLSHGGHILASTSGDSDHSPRFSG
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        ::   .:. : .:   ..   .  :.: :  :  .  : :.. : ::.   :.:.. ::
XP_011 TSG--PNSLRLEIRDLEETDSGEYKCSATNSLGNATSTLDFHANAARLL---ISPAAEVV
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>>XP_011527631 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesin is  (1701 aa)
 initn: 342 init1: 105 opt: 578  Z-score: 373.5  bits: 80.7 E(85289): 4.6e-14
Smith-Waterman score: 578; 26.1% identity (60.2% similar) in 540 aa overlap (1-521:1-522)

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pF1KB8 MIFLTALPLFWIMISASRGGHWGAWMPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELR-PAVVHGVW
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pF1KB8 YFNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRG
       :..  :  .   :  ..  ..:.  :.::....:.   : :.:::....:: .:.: :: 
XP_011 YYD--YSGQRQVVSHSADPKLVEARFRGRTEFMGNPEHRVCNLLLKDLQPEDSGSYNFRF
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pF1KB8 DLGGYNQYTFSEHSVLDIVN---TPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWLG
       ...  :...  . ... ...   .:.:. : :.. ::::. .: .:  : . . .:.: :
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       :: :  :..    :. . . :  :.: : ..:. : .  . :..::. :.   ... .:.
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pF1KB8 LEEVTPAEDGVYACLAENAYGQD-NRTVGLSVMYAPWKPTVNGTMVAVEGETVSILCSTQ
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pF1KB8 SN-PDPILTIFKEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYG-QRATAFNLS
       .. :. .   . ....:    .   :.:.:  ..  : : :.: ..: .: .:.   .. 
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pF1KB8 VEFAPVL-LLESHCAAARDTVQCL-CVVKSNPEPSVAFELPSRNV--TVNESEREFVYSE
       :.  :.  .: .   .    :  : : : :.:  ....   .. .  : ..:..   .: 
XP_011 VNHPPLTPVLTAFLETQAGLVGILHCSVVSEPLATLVLSHGGHILASTSGDSDHSPRFSG
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pF1KB8 RSGLVLTSI-LTLRGQAQAPP-RVICTARNLYGAKSLELPFQG-AHRLMWAKIGPVGAVV
        ::   .:. : .:   ..   .  :.: :  :  .  : :.. : ::.   :.:.. ::
XP_011 TSG--PNSLRLEIRDLEETDSGEYKCSATNSLGNATSTLDFHANAARLL---ISPAAEVV
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       :: :  :..    :. . . :  :.: : ..:. : .  . :..::. :.   ... .:.
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>>NP_075556 (OMIM: 600751) sialoadhesin precursor [Homo   (1709 aa)
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       :: :  :..    :. . . :  :.: : ..:. : .  . :..::. :.   ... .:.
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       :.  :.  .: .   .    :  : : : :.:  ....   .. .  : ..:..   .: 
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pF1KB8 RSGLVLTSI-LTLRGQAQAPP-RVICTARNLYGAKSLELPFQG-AHRLMWAKIGPVGAVV
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NP_075 EGQAVTLSCRSGLSPTPDARFSWYLNGALLHEGPGSSLLLPAASSTDAGSYHCRARDGHS
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>>XP_011527628 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesin is  (1709 aa)
 initn: 342 init1: 105 opt: 578  Z-score: 373.5  bits: 80.7 E(85289): 4.6e-14
Smith-Waterman score: 578; 26.1% identity (60.2% similar) in 540 aa overlap (1-521:1-522)

               10        20        30        40        50          
pF1KB8 MIFLTALPLFWIMISASRGGHWGAWMPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELR-PAVVHGVW
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pF1KB8 YFNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRG
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XP_011 NEAPSDLRYSWYKNHVLLEDAHSHTLRLHL--ATRADTGFYFCEVQNVHGSERSGPVSVV
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pF1KB8 VEFAPVL-LLESHCAAARDTVQCL-CVVKSNPEPSVAFELPSRNV--TVNESEREFVYSE
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XP_011 VNHPPLTPVLTAFLETQAGLVGILHCSVVSEPLATLVLSHGGHILASTSGDSDHSPRFSG
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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