seq1 = pF1KB8250.tfa, 366 bp
seq2 = pF1KB8250/gi568815593r_140145977.tfa (gi568815593r:140145977_140400584), 254608 bp

>pF1KB8250 366
>gi568815593r:140145977_140400584 (Chr5)

(complement)

1-33  (97512-97544)   100% ->
34-200  (100003-100169)   100% ->
201-285  (119052-119136)   100% ->
286-366  (154528-154608)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCCCCCGTGGATCTAGAGCTGAAGAAG         GCCTTCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  97512 ATGGCCGCCCCCGTGGATCTAGAGCTGAAGAAGGTA...TAGGCCTTCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGAGCTTCAAGCCAAAGTTATTGACACTCAACAGAAGGTGAAGCTCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 AGAGCTTCAAGCCAAAGTTATTGACACTCAACAGAAGGTGAAGCTCGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACATACAGATTGAACAGCTAAACAGAACGAAAAAGCATGCACATCTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100061 ACATACAGATTGAACAGCTAAACAGAACGAAAAAGCATGCACATCTTACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATACAGAGATCATGACTTTGGTAGATGAGACTAACATGTATGAAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100111 GATACAGAGATCATGACTTTGGTAGATGAGACTAACATGTATGAAGGTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGAAGAAT         GTTTATTCTTCAGTCCAAGGAAGCAATTCACA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100161 AGGAAGAATGTA...TAGGTTTATTCTTCAGTCCAAGGAAGCAATTCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTCAGCTGTTAGAGAAGCAGAAAATAGCAGAAGAAAAAATTAAAGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119084 GTCAGCTGTTAGAGAAGCAGAAAATAGCAGAAGAAAAAATTAAAGAACTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAA         CAGAAAAAGTCCTACCTGGAGCGAAGCGTTAAGGAAGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119134 GAAGTA...CAGCAGAAAAAGTCCTACCTGGAGCGAAGCGTTAAGGAAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGAGGACAACATCCGGGAGATGCTGATGGCACGAAGGGCCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154566 TGAGGACAACATCCGGGAGATGCTGATGGCACGAAGGGCCCAG