seq1 = pF1KB8165.tfa, 1488 bp
seq2 = pF1KB8165/gi568815575f_47123558.tfa (gi568815575f:47123558_47328765), 205208 bp

>pF1KB8165 1488
>gi568815575f:47123558_47328765 (ChrX)

1-202  (100001-100202)   100% ->
203-336  (100828-100961)   100% ->
337-462  (101061-101186)   100% ->
463-519  (101277-101333)   100% ->
520-634  (101431-101545)   100% ->
635-729  (102215-102309)   100% ->
730-792  (102408-102470)   100% ->
793-916  (102722-102845)   100% ->
917-1037  (103026-103146)   100% ->
1038-1135  (103255-103352)   100% ->
1136-1241  (103437-103542)   99% ->
1242-1284  (103624-103666)   100% ->
1285-1375  (103822-103912)   100% ->
1376-1453  (105010-105087)   100% ->
1454-1488  (105174-105208)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCGGATGAAGAAGATCAAACGGCAGCTGTCAATGACACTCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCGGATGAAGAAGATCAAACGGCAGCTGTCAATGACACTCCGAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCCGAGGCATAGACAAGACCAATGGTGCCCCTGAGCAGATAGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGCCGAGGCATAGACAAGACCAATGGTGCCCCTGAGCAGATAGGCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGAGAGTGGTGGTGGTGGCGGCAGTGACCCTGGAGAGGCCCCCACACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGAGAGTGGTGGTGGTGGCGGCAGTGACCCTGGAGAGGCCCCCACACGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTGCTCCTGGGGAACTTCGTTCTGCACGGGGCCCACTCAGCTCTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTGCTCCTGGGGAACTTCGTTCTGCACGGGGCCCACTCAGCTCTGCACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AG         AGATTGTGCACGAGGACTTGAAGATGGGGTCTGATGGGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGGTG...CAGAGATTGTGCACGAGGACTTGAAGATGGGGTCTGATGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAGTGACCAGGCTTCAGCCACGTCCTCGGATGAGGTGCAGTCTCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100867 AGAGTGACCAGGCTTCAGCCACGTCCTCGGATGAGGTGCAGTCTCCAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGAGTGCGTATGCGCAACCATCCCCCACGCAAGATCTCCACTGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100917 AGAGTGCGTATGCGCAACCATCCCCCACGCAAGATCTCCACTGAGGTG..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    337     GACATCAACAAGCGCCTATCACTACCAGCTGACATCCGGCTGCCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100967 .TAGGACATCAACAAGCGCCTATCACTACCAGCTGACATCCGGCTGCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGGCTACCTGGAGAAGCTGACCCTCAATAGCCCCATCTTTGACAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101107 AGGGCTACCTGGAGAAGCTGACCCTCAATAGCCCCATCTTTGACAAGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTCAGCCGCCGCCTCCGTCGTGTCAGCCTA         TCTGAGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101157 CTCAGCCGCCGCCTCCGTCGTGTCAGCCTAGTA...CAGTCTGAGATTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTTGGGAAACTGGAGACCTACATTAAGCTGGACAAACTGGGCGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101288 CTTTGGGAAACTGGAGACCTACATTAAGCTGGACAAACTGGGCGAGGTG.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    520      GGTACCTATGCCACCGTCTACAAAGGCAAAAGCAAGCTCACAGAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101338 ..CAGGGTACCTATGCCACCGTCTACAAAGGCAAAAGCAAGCTCACAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACCTTGTGGCACTCAAGGAGATCAGACTGGAACATGAAGAGGGGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101476 AACCTTGTGGCACTCAAGGAGATCAGACTGGAACATGAAGAGGGGGCACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTGCACCGCCATCCGGGAAG         TGTCCCTGCTCAAGGACCTCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101526 CTGCACCGCCATCCGGGAAGGTA...CAGTGTCCCTGCTCAAGGACCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AACACGCCAACATCGTTACGCTACATGACATTATCCACACGGAGAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102236 AACACGCCAACATCGTTACGCTACATGACATTATCCACACGGAGAAGTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTCACCCTTGTCTTTGAGTACCTG         GACAAGGACCTGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102286 CTCACCCTTGTCTTTGAGTACCTGGTA...CAGGACAAGGACCTGAAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTACCTGGATGACTGTGGGAACATCATCAACATGCACAACGTGAAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102425 GTACCTGGATGACTGTGGGAACATCATCAACATGCACAACGTGAAAGTG.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    793      CTGTTCCTGTTCCAGCTGCTCCGTGGCCTGGCCTACTGCCACCGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102475 ..CAGCTGTTCCTGTTCCAGCTGCTCCGTGGCCTGGCCTACTGCCACCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGAAGGTGCTACACCGAGACCTCAAGCCCCAGAACCTGCTCATCAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102767 CAGAAGGTGCTACACCGAGACCTCAAGCCCCAGAACCTGCTCATCAACGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GAGGGGAGAGCTCAAGCTGGCTGACTTTG         GCCTGGCCCGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102817 GAGGGGAGAGCTCAAGCTGGCTGACTTTGGTA...CAGGCCTGGCCCGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCAAGTCAATCCCAACAAAGACATACTCCAATGAGGTGGTGACACTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103038 CCAAGTCAATCCCAACAAAGACATACTCCAATGAGGTGGTGACACTGTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TACCGGCCCCCTGACATCCTGCTTGGGTCCACGGACTACTCCACTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103088 TACCGGCCCCCTGACATCCTGCTTGGGTCCACGGACTACTCCACTCAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGACATGTG         GGGTGTGGGCTGCATCTTCTATGAGATGGCCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103138 TGACATGTGGTA...CAGGGGTGTGGGCTGCATCTTCTATGAGATGGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CAGGCCGTCCCCTCTTTCCGGGCTCCACGGTGGAGGAACAGCTACACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103287 CAGGCCGTCCCCTCTTTCCGGGCTCCACGGTGGAGGAACAGCTACACTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATCTTCCGTATCTTAG         GAACCCCAACTGAGGAGACGTGGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103337 ATCTTCCGTATCTTAGGTG...TAGGAACCCCAACTGAGGAGACGTGGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGGCATCCTGTCCAATGAGGAGTTCAAGACATACAACTACCCCAAGTACC
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103462 AGGCATCCTGTCCAACGAGGAGTTCAAGACATACAACTACCCCAAGTACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GAGCCGAGGCCCTTTTGAGCCACGCACCCCG         ACTTGATAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 103512 GAGCCGAGGCCCTTTTGAGCCACGCACCCCGGTG...CAGACTTGATAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GACGGGGCCGACCTCCTCACCAAGCTGTTGCAG         TTTGAGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103634 GACGGGGCCGACCTCCTCACCAAGCTGTTGCAGGTG...CAGTTTGAGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TCGAAATCGGATCTCCGCAGAGGATGCCATGAAACATCCATTCTTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103830 TCGAAATCGGATCTCCGCAGAGGATGCCATGAAACATCCATTCTTCCTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GTCTGGGGGAGCGGATCCACAAACTTCCTGACA         CTACTTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103880 GTCTGGGGGAGCGGATCCACAAACTTCCTGACAGTG...TAGCTACTTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 ATATTTGCACTAAAGGAGATTCAGCTACAAAAGGAGGCCAGCCTTCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105018 ATATTTGCACTAAAGGAGATTCAGCTACAAAAGGAGGCCAGCCTTCGGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TTCGTCGATGCCTGACTCAG         GCAGGCCAGCTTTCCGCGTGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 105068 TTCGTCGATGCCTGACTCAGGTA...CAGGCAGGCCAGCTTTCCGCGTGG

   1600     .    :
   1475 TGGACACCGAGTTC
        ||||||||||||||
 105195 TGGACACCGAGTTC