Result of FASTA (ccds) for pF1KB8156
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8156, 404 aa
  1>>>pF1KB8156 404 - 404 aa - 404 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6782+/-0.000933; mu= 10.8012+/- 0.056
 mean_var=94.7102+/-18.893, 0's: 0 Z-trim(106.6): 35  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.131788
 statistics sampled from 9025 (9054) to 9025 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.645), E-opt: 0.2 (0.278), width:  16
 Scan time:  1.710

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS13130.1 SNX5 gene_id:27131|Hs108|chr20         ( 404) 2600 504.7 6.4e-143
CCDS41942.1 SNX6 gene_id:58533|Hs108|chr14         ( 418) 1772 347.2 1.6e-95
CCDS8113.2 SNX32 gene_id:254122|Hs108|chr11        ( 403) 1666 327.1 1.8e-89
CCDS9648.1 SNX6 gene_id:58533|Hs108|chr14          ( 290) 1253 248.5   6e-66


>>CCDS13130.1 SNX5 gene_id:27131|Hs108|chr20              (404 aa)
 initn: 2600 init1: 2600 opt: 2600  Z-score: 2679.3  bits: 504.7 E(32554): 6.4e-143
Smith-Waterman score: 2600; 100.0% identity (100.0% similar) in 404 aa overlap (1-404:1-404)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MAAVPELLQQQEEDRSKLRSVSVDLNVDPSLQIDIPDALSERDKVKFTVHTKTTLPTFQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MAAVPELLQQQEEDRSKLRSVSVDLNVDPSLQIDIPDALSERDKVKFTVHTKTTLPTFQS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 PEFSVTRQHEDFVWLHDTLIETTDYAGLIIPPAPTKPDFDGPREKMQKLGEGEGSMTKEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PEFSVTRQHEDFVWLHDTLIETTDYAGLIIPPAPTKPDFDGPREKMQKLGEGEGSMTKEE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 FAKMKQELEAEYLAVFKKTVSSHEVFLQRLSSHPVLSKDRNFHVFLEYDQDLSVRRKNTK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FAKMKQELEAEYLAVFKKTVSSHEVFLQRLSSHPVLSKDRNFHVFLEYDQDLSVRRKNTK
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 EMFGGFFKSVVKSADEVLFTGVKEVDDFFEQEKNFLINYYNRIKDSCVKADKMTRSHKNV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EMFGGFFKSVVKSADEVLFTGVKEVDDFFEQEKNFLINYYNRIKDSCVKADKMTRSHKNV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 ADDYIHTAACLHSLALEEPTVIKKYLLKVAELFEKLRKVEGRVSSDEDLKLTELLRYYML
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ADDYIHTAACLHSLALEEPTVIKKYLLKVAELFEKLRKVEGRVSSDEDLKLTELLRYYML
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 NIEAAKDLLYRRTKALIDYENSNKALDKARLKSKDVKLAEAHQQECCQKFEQLSESAKEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NIEAAKDLLYRRTKALIDYENSNKALDKARLKSKDVKLAEAHQQECCQKFEQLSESAKEE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400    
pF1KB8 LINFKRKRVAAFRKNLIEMSELEIKHARNNVSLLQSCIDLFKNN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LINFKRKRVAAFRKNLIEMSELEIKHARNNVSLLQSCIDLFKNN
              370       380       390       400    

>>CCDS41942.1 SNX6 gene_id:58533|Hs108|chr14              (418 aa)
 initn: 1767 init1: 1739 opt: 1772  Z-score: 1828.3  bits: 347.2 E(32554): 1.6e-95
Smith-Waterman score: 1772; 64.5% identity (90.0% similar) in 400 aa overlap (5-404:21-417)

                               10        20        30        40    
pF1KB8                 MAAVPELLQQQEEDRSKLRSVSVDLNVDPSLQIDIPDALSERDK
                           :..:  .::::. :....:::. : .::.:: ::::::::
CCDS41 MRACAGPRLGAAMMEGLDDGPDFL--SEEDRG-LKAINVDLQSDAALQVDISDALSERDK
               10        20          30         40        50       

           50        60        70        80        90       100    
pF1KB8 VKFTVHTKTTLPTFQSPEFSVTRQHEDFVWLHDTLIETTDYAGLIIPPAPTKPDFDGPRE
       ::::::::..::.:.. ::::.::::.:.::::...:. :::: :::::: .::::. ::
CCDS41 VKFTVHTKSSLPNFKQNEFSVVRQHEEFIWLHDSFVENEDYAGYIIPPAPPRPDFDASRE
        60        70        80        90       100       110       

          110       120       130       140       150       160    
pF1KB8 KMQKLGEGEGSMTKEEFAKMKQELEAEYLAVFKKTVSSHEVFLQRLSSHPVLSKDRNFHV
       :.:::::::::::::::.::::::::::::.:::::. ::::: :...::.: .: ::::
CCDS41 KLQKLGEGEGSMTKEEFTKMKQELEAEYLAIFKKTVAMHEVFLCRVAAHPILRRDLNFHV
       120       130       140       150       160       170       

          170       180       190       200       210       220    
pF1KB8 FLEYDQDLSVRRKNTKEMFGGFFKSVVKSADEVLFTGVKEVDDFFEQEKNFLINYYNRIK
       ::::.:::::: :: :: .  :::..::::: :. .:::.::::::.:..::..:.::.:
CCDS41 FLEYNQDLSVRGKNKKEKLEDFFKNMVKSADGVIVSGVKDVDDFFEHERTFLLEYHNRVK
       180       190       200       210       220       230       

          230       240       250       260       270       280    
pF1KB8 DSCVKADKMTRSHKNVADDYIHTAACLHSLALEEPTVIKKYLLKVAELFEKLRKVEGRVS
       :. .:.:.::::::..:::: . .. :..:. .. : : :..:::.:::.: ::.:.:::
CCDS41 DASAKSDRMTRSHKSAADDYNRIGSSLYALGTQDSTDICKFFLKVSELFDKTRKIEARVS
       240       250       260       270       280       290       

          290       300       310       320       330       340    
pF1KB8 SDEDLKLTELLRYYMLNIEAAKDLLYRRTKALIDYENSNKALDKARLKSKDVKLAEAHQQ
       .::::::..::.::. . .:::::::::...:.::::.:::::::: :.:::  ::. ::
CCDS41 ADEDLKLSDLLKYYLRESQAAKDLLYRRSRSLVDYENANKALDKARAKNKDVLQAETSQQ
       300       310       320       330       340       350       

          350       360       370       380       390       400    
pF1KB8 ECCQKFEQLSESAKEELINFKRKRVAAFRKNLIEMSELEIKHARNNVSLLQSCIDLFKNN
        ::::::..:::::.:::.:: .:::::::::.:..:::.:::..:..:::.:. .....
CCDS41 LCCQKFEKISESAKQELIDFKTRRVAAFRKNLVELAELELKHAKGNLQLLQNCLAVLNGD
       360       370       380       390       400       410       

CCDS41 T
        

>>CCDS8113.2 SNX32 gene_id:254122|Hs108|chr11             (403 aa)
 initn: 1678 init1: 868 opt: 1666  Z-score: 1719.6  bits: 327.1 E(32554): 1.8e-89
Smith-Waterman score: 1666; 63.3% identity (88.5% similar) in 384 aa overlap (22-402:17-400)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MAAVPELLQQQEEDRSKLRSVSVDLNVDPSLQIDIPDALSERDKVKFTVHTKTTLPTFQS
                            ::::. : :::..: ::.::::::::::.::. :: : .
CCDS81      METYAEVGKEGKPSCASVDLQGDSSLQVEISDAVSERDKVKFTVQTKSCLPHFAQ
                    10        20        30        40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 PEFSVTRQHEDFVWLHDTLIETTDYAGLIIPPAPTKPDFDGPREKMQKLGEGEGSMTKEE
        ::::.::::.:.::::. .:. .:::::::::: .:::.. :::.::::::..:.:.::
CCDS81 TEFSVVRQHEEFIWLHDAYVENEEYAGLIIPPAPPRPDFEASREKLQKLGEGDSSVTREE
          60        70        80        90       100       110     

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 FAKMKQELEAEYLAVFKKTVSSHEVFLQRLSSHPVLSKDRNFHVFLEYDQDLSVRRKNTK
       ::::::::::::::.:::::. ::::::::..::.: .:.:: ::::: :::::: :: :
CCDS81 FAKMKQELEAEYLAIFKKTVAMHEVFLQRLAAHPTLRRDHNFFVFLEYGQDLSVRGKNRK
         120       130       140       150       160       170     

              190       200          210       220       230       
pF1KB8 EMFGGFFKSVVKSADEVLFTGV---KEVDDFFEQEKNFLINYYNRIKDSCVKADKMTRSH
       :..:::....::::::.:.::.   ::::::::.:..::..:..::.:.:..::.. :.:
CCDS81 ELLGGFLRNIVKSADEALITGMSGLKEVDDFFEHERTFLLEYHTRIRDACLRADRVMRAH
         180       190       200       210       220       230     

       240       250       260       270       280       290       
pF1KB8 KNVADDYIHTAACLHSLALEEPTVIKKYLLKVAELFEKLRKVEGRVSSDEDLKLTELLRY
       : .:::::  .: : ::. .: . ..  .::.:::::.:::.::::.:::::::...:::
CCDS81 KCLADDYIPISAALSSLGTQEVNQLRTSFLKLAELFERLRKLEGRVASDEDLKLSDMLRY
         240       250       260       270       280       290     

       300       310       320       330       340       350       
pF1KB8 YMLNIEAAKDLLYRRTKALIDYENSNKALDKARLKSKDVKLAEAHQQECCQKFEQLSESA
       :: . .::::::::: .:: ::::.:::::::: ....:. ::.::: :::.::.::.::
CCDS81 YMRDSQAAKDLLYRRLRALADYENANKALDKARTRNREVRPAESHQQLCCQRFERLSDSA
         300       310       320       330       340       350     

       360       370       380       390       400     
pF1KB8 KEELINFKRKRVAAFRKNLIEMSELEIKHARNNVSLLQSCIDLFKNN 
       :.::..:: .::..:::::::..:::.:::. .. .:.. .  .:   
CCDS81 KQELMDFKSRRVSSFRKNLIELAELELKHAKASTLILRNTLVALKGEP
         360       370       380       390       400   

>>CCDS9648.1 SNX6 gene_id:58533|Hs108|chr14               (290 aa)
 initn: 1253 init1: 1253 opt: 1253  Z-score: 1297.5  bits: 248.5 E(32554): 6e-66
Smith-Waterman score: 1253; 63.7% identity (90.0% similar) in 289 aa overlap (116-404:1-289)

          90       100       110       120       130       140     
pF1KB8 AGLIIPPAPTKPDFDGPREKMQKLGEGEGSMTKEEFAKMKQELEAEYLAVFKKTVSSHEV
                                     ::::::.::::::::::::.:::::. :::
CCDS96                               MTKEEFTKMKQELEAEYLAIFKKTVAMHEV
                                             10        20        30

         150       160       170       180       190       200     
pF1KB8 FLQRLSSHPVLSKDRNFHVFLEYDQDLSVRRKNTKEMFGGFFKSVVKSADEVLFTGVKEV
       :: :...::.: .: ::::::::.:::::: :: :: .  :::..::::: :. .:::.:
CCDS96 FLCRVAAHPILRRDLNFHVFLEYNQDLSVRGKNKKEKLEDFFKNMVKSADGVIVSGVKDV
               40        50        60        70        80        90

         210       220       230       240       250       260     
pF1KB8 DDFFEQEKNFLINYYNRIKDSCVKADKMTRSHKNVADDYIHTAACLHSLALEEPTVIKKY
       :::::.:..::..:.::.::. .:.:.::::::..:::: . .. :..:. .. : : :.
CCDS96 DDFFEHERTFLLEYHNRVKDASAKSDRMTRSHKSAADDYNRIGSSLYALGTQDSTDICKF
              100       110       120       130       140       150

         270       280       290       300       310       320     
pF1KB8 LLKVAELFEKLRKVEGRVSSDEDLKLTELLRYYMLNIEAAKDLLYRRTKALIDYENSNKA
       .:::.:::.: ::.:.:::.::::::..::.::. . .:::::::::...:.::::.:::
CCDS96 FLKVSELFDKTRKIEARVSADEDLKLSDLLKYYLRESQAAKDLLYRRSRSLVDYENANKA
              160       170       180       190       200       210

         330       340       350       360       370       380     
pF1KB8 LDKARLKSKDVKLAEAHQQECCQKFEQLSESAKEELINFKRKRVAAFRKNLIEMSELEIK
       ::::: :.:::  ::. :: ::::::..:::::.:::.:: .:::::::::.:..:::.:
CCDS96 LDKARAKNKDVLQAETSQQLCCQKFEKISESAKQELIDFKTRRVAAFRKNLVELAELELK
              220       230       240       250       260       270

         390       400     
pF1KB8 HARNNVSLLQSCIDLFKNN 
       ::..:..:::.:. ..... 
CCDS96 HAKGNLQLLQNCLAVLNGDT
              280       290




404 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Fri Nov  4 10:04:29 2016 done: Fri Nov  4 10:04:29 2016
 Total Scan time:  1.710 Total Display time:  0.000

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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