Result of FASTA (omim) for
pF1KB8132
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8132, 510 aa
1>>>pF1KB8132 510 - 510 aa - 510 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.4667+/-0.000371; mu= 3.2610+/- 0.023
mean_var=539.0242+/-132.684, 0's: 0 Z-trim(124.4): 215 B-trim: 0 in 0/60
Lambda= 0.055242
statistics sampled from 45825 (46156) to 45825 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.832), E-opt: 0.2 (0.541), width: 16
Scan time: 11.380
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011525219 (OMIM: 165260) PREDICTED: zinc finger ( 491) 521 56.2 2.5e-07
NP_862829 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN doma ( 491) 521 56.2 2.5e-07
NP_001308045 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN d ( 491) 521 56.2 2.5e-07
XP_006723255 (OMIM: 165260) PREDICTED: zinc finger ( 491) 521 56.2 2.5e-07
XP_011524531 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553) 484 53.4 2.1e-06
XP_006722621 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553) 484 53.4 2.1e-06
XP_011524532 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553) 484 53.4 2.1e-06
NP_005732 (OMIM: 604191) zinc finger protein 263 [ ( 683) 474 52.7 4e-06
XP_011520646 (OMIM: 604191) PREDICTED: zinc finger ( 683) 474 52.7 4e-06
NP_003413 (OMIM: 194550) myeloid zinc finger 1 iso ( 734) 470 52.5 5.2e-06
NP_932172 (OMIM: 194550) myeloid zinc finger 1 iso ( 734) 470 52.5 5.2e-06
XP_011525566 (OMIM: 194550) PREDICTED: myeloid zin ( 764) 470 52.5 5.3e-06
XP_005259261 (OMIM: 194550) PREDICTED: myeloid zin ( 775) 470 52.5 5.3e-06
NP_666019 (OMIM: 601261) zinc finger and SCAN doma ( 473) 465 51.8 5.4e-06
XP_005250625 (OMIM: 601261) PREDICTED: zinc finger ( 473) 465 51.8 5.4e-06
XP_006716176 (OMIM: 601261) PREDICTED: zinc finger ( 473) 465 51.8 5.4e-06
XP_016868073 (OMIM: 601261) PREDICTED: zinc finger ( 473) 465 51.8 5.4e-06
XP_006720896 (OMIM: 604191) PREDICTED: zinc finger ( 598) 459 51.4 8.5e-06
XP_016880500 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 548) 423 48.5 6e-05
XP_016880497 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 548) 423 48.5 6e-05
XP_016880499 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 548) 423 48.5 6e-05
NP_001290211 (OMIM: 194524) zinc finger protein 18 ( 548) 423 48.5 6e-05
XP_016880498 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 548) 423 48.5 6e-05
XP_016880495 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 549) 422 48.4 6.3e-05
XP_011522304 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 549) 422 48.4 6.3e-05
NP_653281 (OMIM: 194524) zinc finger protein 18 is ( 549) 422 48.4 6.3e-05
XP_016880496 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 549) 422 48.4 6.3e-05
NP_001290210 (OMIM: 194524) zinc finger protein 18 ( 549) 422 48.4 6.3e-05
NP_116141 (OMIM: 613911) zinc finger protein 496 i ( 587) 418 48.2 8.2e-05
NP_057408 (OMIM: 605467) neurotrophin receptor-int ( 548) 412 47.6 0.00011
XP_011524629 (OMIM: 605467) PREDICTED: neurotrophi ( 548) 412 47.6 0.00011
XP_016881663 (OMIM: 605467) PREDICTED: neurotrophi ( 548) 412 47.6 0.00011
NP_001265663 (OMIM: 605467) neurotrophin receptor- ( 611) 412 47.7 0.00012
NP_057409 (OMIM: 605467) neurotrophin receptor-int ( 621) 412 47.7 0.00012
NP_598009 (OMIM: 605467) neurotrophin receptor-int ( 653) 412 47.7 0.00012
XP_016881664 (OMIM: 605467) PREDICTED: neurotrophi ( 296) 402 46.4 0.00014
XP_016858080 (OMIM: 613911) PREDICTED: zinc finger ( 567) 405 47.1 0.00016
XP_005273385 (OMIM: 613911) PREDICTED: zinc finger ( 623) 403 47.0 0.00019
XP_011513319 (OMIM: 603978) PREDICTED: zinc finger ( 565) 400 46.7 0.00022
NP_001253962 (OMIM: 194550) myeloid zinc finger 1 ( 290) 393 45.7 0.00022
XP_011513317 (OMIM: 603978) PREDICTED: zinc finger ( 611) 400 46.7 0.00023
XP_011513316 (OMIM: 603978) PREDICTED: zinc finger ( 611) 400 46.7 0.00023
XP_016867017 (OMIM: 603978) PREDICTED: zinc finger ( 611) 400 46.7 0.00023
NP_001156863 (OMIM: 603978) zinc finger and SCAN d ( 611) 400 46.7 0.00023
XP_005271717 (OMIM: 603430) PREDICTED: zinc finger ( 648) 400 46.8 0.00023
XP_011541277 (OMIM: 603430) PREDICTED: zinc finger ( 648) 400 46.8 0.00023
NP_001288708 (OMIM: 603430) zinc finger protein 20 ( 648) 400 46.8 0.00023
NP_001288709 (OMIM: 603430) zinc finger protein 20 ( 648) 400 46.8 0.00023
XP_011541275 (OMIM: 603430) PREDICTED: zinc finger ( 648) 400 46.8 0.00023
XP_006718964 (OMIM: 603430) PREDICTED: zinc finger ( 648) 400 46.8 0.00023
>>XP_011525219 (OMIM: 165260) PREDICTED: zinc finger and (491 aa)
initn: 1401 init1: 369 opt: 521 Z-score: 252.5 bits: 56.2 E(85289): 2.5e-07
Smith-Waterman score: 527; 31.8% identity (53.8% similar) in 444 aa overlap (43-469:43-464)
20 30 40 50 60 70
pF1KB8 SSPAPPDLPTPGSAAGVQQEEPETIPERTPADLEFSRLRFREFVYQEAAGPHQTLARLHE
: : .:::::.: :.::.:::..::.:.
XP_011 WEEDSFLQVKVEEEEEASLSQGGESSHDHIAHSEAARLRFRHFRYEEASGPHEALAHLRA
20 30 40 50 60 70
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pF1KB8 LCRQWLMPEARSKEQMLELLVLEQFLGILPDKVRPWVVAQYPESCKKAASLVEGLADVLE
:: :::.:::.::::.::::::::::: :: ... :: :: :.: ..:: ::: :..::.
XP_011 LCCQWLQPEAHSKEQILELLVLEQFLGALPPEIQAWVGAQSPKSGEEAAVLVEDLTQVLD
80 90 100 110 120 130
140 150 160 170 180
pF1KB8 EPGMLLGS-PAGSSSILSD-GVYE-RHMDPLLLPGELASPSQALGAGEIPAPSETPWLSP
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XP_011 KRGWDPGAEPTEASCKQSDLGESEPSNVTETLMGGVSLGPA-FVKACEPEGSSERSGLSG
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190 200 210 220 230 240
pF1KB8 DPLFLEQ--RRVREAKTEEDGPAN---TEQKLKSFPEDPQHLGEWGHLDPAEENLKSYRK
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XP_011 E-IWTKSVTQQIHFKKT--SGPYKDVPTDQRGRESGASRNSSSAWPNLTSQEKPPSEDKF
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pF1KB8 LLLWGYQLSQPDAASRLDTEELRLVERDPQGSSLPEGGRRQESAGC--ACEEAAPAGV--
:. .: : . : . . : .. :..: :. .. .: :: : . :
XP_011 DLVDAYGTEPPYTYSGKRSSKCRECRKMFQSASALEAHQKTHSRKTPYACSECGKAFSRS
250 260 270 280 290 300
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pF1KB8 --LPE---LPTEAPPGDALADPPSGTTEEEEEQPGKAPDPQDPQDAESDSATGSQRQSVI
: . . : : : . . . . : . . : . : :. .
XP_011 THLAQHQVVHTGAKPHECKECGKAFSRVTHLTQHQRIHTGEKPYKCGECGKTFSRSTHLT
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pF1KB8 QQPAPDRGTAKLGTKRPHPEDGDGQSLEGVSSSGDSAGLEAGQGPGADEPGLSRGKPYAC
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pF1KB8 GECGEAFAWLSHLMEHHSSHGGRKRYACQGCWKTFHFSLALAEHQKTHEKEKSYALGGAR
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XP_011 DACGRAFSDCSALIRHLRIHSGEKPYQCKVCPKAFAQSSSLIEHQRIHTGEKPYKCSDCG
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pF1KB8 GPQPSTREAQAGARAGGPPESVEGEAPPAPPEAQR
XP_011 KAFSRSSALMVHLRIHITVLQ
480 490
>>NP_862829 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN domain-c (491 aa)
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pF1KB8 SSPAPPDLPTPGSAAGVQQEEPETIPERTPADLEFSRLRFREFVYQEAAGPHQTLARLHE
: : .:::::.: :.::.:::..::.:.
NP_862 WEEDSFLQVKVEEEEEASLSQGGESSHDHIAHSEAARLRFRHFRYEEASGPHEALAHLRA
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pF1KB8 LCRQWLMPEARSKEQMLELLVLEQFLGILPDKVRPWVVAQYPESCKKAASLVEGLADVLE
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NP_862 LCCQWLQPEAHSKEQILELLVLEQFLGALPPEIQAWVGAQSPKSGEEAAVLVEDLTQVLD
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pF1KB8 EPGMLLGS-PAGSSSILSD-GVYE-RHMDPLLLPGELASPSQALGAGEIPAPSETPWLSP
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NP_862 E-IWTKSVTQQIHFKKT--SGPYKDVPTDQRGRESGASRNSSSAWPNLTSQEKPPSEDKF
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pF1KB8 LLLWGYQLSQPDAASRLDTEELRLVERDPQGSSLPEGGRRQESAGC--ACEEAAPAGV--
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pF1KB8 GECGEAFAWLSHLMEHHSSHGGRKRYACQGCWKTFHFSLALAEHQKTHEKEKSYALGGAR
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NP_862 DACGRAFSDCSALIRHLRIHSGEKPYQCKVCPKAFAQSSSLIEHQRIHTGEKPYKCSDCG
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pF1KB8 GPQPSTREAQAGARAGGPPESVEGEAPPAPPEAQR
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>>NP_001308045 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN domai (491 aa)
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pF1KB8 SSPAPPDLPTPGSAAGVQQEEPETIPERTPADLEFSRLRFREFVYQEAAGPHQTLARLHE
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NP_001 LCCQWLQPEAHSKEQILELLVLEQFLGALPPEIQAWVGAQSPKSGEEAAVLVEDLTQVLD
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NP_001 KRGWDPGAEPTEASCKQSDLGESEPSNVTETLMGGVSLGPA-FVKACEPEGSSERSGLSG
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pF1KB8 DPLFLEQ--RRVREAKTEEDGPAN---TEQKLKSFPEDPQHLGEWGHLDPAEENLKSYRK
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pF1KB8 QQPAPDRGTAKLGTKRPHPEDGDGQSLEGVSSSGDSAGLEAGQGPGADEPGLSRGKPYAC
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pF1KB8 GPQPSTREAQAGARAGGPPESVEGEAPPAPPEAQR
NP_001 KAFSRSSALMVHLRIHITVLQ
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>>XP_006723255 (OMIM: 165260) PREDICTED: zinc finger and (491 aa)
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pF1KB8 SSPAPPDLPTPGSAAGVQQEEPETIPERTPADLEFSRLRFREFVYQEAAGPHQTLARLHE
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XP_006 E-IWTKSVTQQIHFKKT--SGPYKDVPTDQRGRESGASRNSSSAWPNLTSQEKPPSEDKF
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..::: :. .: : : . .. . :. .:: : ::: : :
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pF1KB8 ARAGGPPESVEGEAPPAPPEAQR
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