Result of FASTA (ccds) for pF1KB7740
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7740, 482 aa
  1>>>pF1KB7740 482 - 482 aa - 482 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8031+/-0.00102; mu= 16.6974+/- 0.061
 mean_var=94.7120+/-18.641, 0's: 0 Z-trim(106.5): 125  B-trim: 38 in 1/52
 Lambda= 0.131787
 statistics sampled from 8903 (9029) to 8903 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.646), E-opt: 0.2 (0.277), width:  16
 Scan time:  2.880

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS55875.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12         ( 482) 3269 632.0 4.1e-181
CCDS55876.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12         ( 486) 3251 628.6 4.4e-180
CCDS9078.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12          ( 472) 3009 582.6 3.1e-166
CCDS55873.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12         ( 476) 2991 579.2 3.3e-165
CCDS55874.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12         ( 425) 1810 354.6 1.2e-97
CCDS73285.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11        ( 453)  924 186.2 6.4e-47
CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11        ( 402)  915 184.4 1.9e-46
CCDS7929.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11         ( 447)  915 184.5 2.1e-46
CCDS54627.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3          ( 397)  571 119.0 9.3e-27
CCDS42316.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17          ( 410)  560 116.9 4.1e-26
CCDS2641.1 THRB gene_id:7068|Hs108|chr3            ( 461)  557 116.4 6.6e-26
CCDS58546.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17          ( 451)  534 112.0 1.3e-24
CCDS11360.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17          ( 490)  530 111.3 2.4e-24
CCDS44584.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11        ( 387)  496 104.7 1.8e-22
CCDS1228.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1           ( 348)  476 100.9 2.3e-21
CCDS41430.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 352)  476 100.9 2.3e-21
CCDS42593.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19         ( 460)  468 99.5 8.2e-21
CCDS41429.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 357)  456 97.1 3.3e-20
CCDS58673.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19         ( 363)  439 93.9 3.1e-19
CCDS44260.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 339)  429 92.0 1.1e-18
CCDS44261.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 340)  409 88.2 1.5e-17
CCDS5234.1 ESR1 gene_id:2099|Hs108|chr6            ( 595)  384 83.6 6.4e-16
CCDS2621.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3           ( 615)  373 81.5 2.8e-15
CCDS74905.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3          ( 596)  370 80.9   4e-15
CCDS8757.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12            ( 427)  353 77.6 2.9e-14
CCDS41821.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12         ( 467)  353 77.6 3.2e-14
CCDS55820.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12           ( 477)  353 77.6 3.2e-14
CCDS44953.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12         ( 483)  353 77.6 3.2e-14
CCDS9051.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12          ( 603)  353 77.7 3.8e-14
CCDS43136.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3          ( 434)  350 77.0 4.4e-14
CCDS2995.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3           ( 473)  350 77.1 4.7e-14
CCDS11361.1 NR1D1 gene_id:9572|Hs108|chr17         ( 614)  348 76.8 7.5e-14
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3            ( 448)  344 75.9   1e-13
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12           ( 454)  343 75.7 1.2e-13
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 382)  339 74.9 1.7e-13
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 443)  339 74.9 1.9e-13
CCDS8818.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12          ( 598)  338 74.9 2.7e-13
CCDS55828.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12         ( 611)  338 74.9 2.8e-13
CCDS73471.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12         ( 652)  338 74.9 2.9e-13
CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9           ( 462)  336 74.4 2.9e-13
CCDS3772.1 NR3C2 gene_id:4306|Hs108|chr4           ( 984)  339 75.2 3.5e-13
CCDS13331.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 417)  333 73.8   4e-13
CCDS53405.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 296)  331 73.3   4e-13
CCDS44262.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 309)  331 73.3 4.2e-13
CCDS41428.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 314)  331 73.3 4.2e-13
CCDS46605.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 464)  333 73.8 4.4e-13
CCDS68131.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 395)  332 73.6 4.4e-13
CCDS13330.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 474)  333 73.8 4.4e-13
CCDS46604.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 442)  332 73.6 4.8e-13
CCDS42876.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 452)  332 73.6 4.9e-13


>>CCDS55875.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12              (482 aa)
 initn: 3269 init1: 3269 opt: 3269  Z-score: 3365.0  bits: 632.0 E(32554): 4.1e-181
Smith-Waterman score: 3269; 100.0% identity (100.0% similar) in 482 aa overlap (1-482:1-482)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MVMQFQGLENPIQISPHCSCTPSGFFMEMMSMKPAKGVLTEQVAGPLGQNLEVEPYSQYS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MVMQFQGLENPIQISPHCSCTPSGFFMEMMSMKPAKGVLTEQVAGPLGQNLEVEPYSQYS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 NVQFPQVQPQISSSSYYSNLGFYPQQPEEWYSPGIYELRRMPAETLYQGETEVAEMPVTK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 NVQFPQVQPQISSSSYYSNLGFYPQQPEEWYSPGIYELRRMPAETLYQGETEVAEMPVTK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 KPRMGASAGRIKGDELCVVCGDRASGYHYNALTCEGCKGFFRRSITKNAVYKCKNGGNCV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KPRMGASAGRIKGDELCVVCGDRASGYHYNALTCEGCKGFFRRSITKNAVYKCKNGGNCV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 MDMYMRRKCQECRLRKCKEMGMLAECLLTEIQCKSKRLRKNVKQHADQTVNEDSEGRDLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MDMYMRRKCQECRLRKCKEMGMLAECLLTEIQCKSKRLRKNVKQHADQTVNEDSEGRDLR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 QVTSTTKSCREKTELTPDQQTLLHFIMDSYNKQRMPQEITNKILKEEFSAEENFLILTEM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 QVTSTTKSCREKTELTPDQQTLLHFIMDSYNKQRMPQEITNKILKEEFSAEENFLILTEM
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 ATNHVQVLVEFTKKLPGFQTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLPSGHSDLLEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ATNHVQVLVEFTKKLPGFQTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLPSGHSDLLEE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 RIRNSGISDEYITPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RIRNSGISDEYITPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 LLDVLQKLCKIHQPENPQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLCEIWD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LLDVLQKLCKIHQPENPQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLCEIWD
              430       440       450       460       470       480

         
pF1KB7 VQ
       ::
CCDS55 VQ
         

>>CCDS55876.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12              (486 aa)
 initn: 3320 init1: 1810 opt: 3251  Z-score: 3346.5  bits: 628.6 E(32554): 4.4e-180
Smith-Waterman score: 3251; 99.2% identity (99.2% similar) in 486 aa overlap (1-482:1-486)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MVMQFQGLENPIQISPHCSCTPSGFFMEMMSMKPAKGVLTEQVAGPLGQNLEVEPYSQYS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MVMQFQGLENPIQISPHCSCTPSGFFMEMMSMKPAKGVLTEQVAGPLGQNLEVEPYSQYS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 NVQFPQVQPQISSSSYYSNLGFYPQQPEEWYSPGIYELRRMPAETLYQGETEVAEMPVTK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 NVQFPQVQPQISSSSYYSNLGFYPQQPEEWYSPGIYELRRMPAETLYQGETEVAEMPVTK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 KPRMGASAGRIKGDELCVVCGDRASGYHYNALTCEGCKGFFRRSITKNAVYKCKNGGNCV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KPRMGASAGRIKGDELCVVCGDRASGYHYNALTCEGCKGFFRRSITKNAVYKCKNGGNCV
              130       140       150       160       170       180

              190       200           210       220       230      
pF1KB7 MDMYMRRKCQECRLRKCKEMGMLAEC----LLTEIQCKSKRLRKNVKQHADQTVNEDSEG
       ::::::::::::::::::::::::::    ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MDMYMRRKCQECRLRKCKEMGMLAECMYTGLLTEIQCKSKRLRKNVKQHADQTVNEDSEG
              190       200       210       220       230       240

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB7 RDLRQVTSTTKSCREKTELTPDQQTLLHFIMDSYNKQRMPQEITNKILKEEFSAEENFLI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RDLRQVTSTTKSCREKTELTPDQQTLLHFIMDSYNKQRMPQEITNKILKEEFSAEENFLI
              250       260       270       280       290       300

        300       310       320       330       340       350      
pF1KB7 LTEMATNHVQVLVEFTKKLPGFQTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLPSGHSD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LTEMATNHVQVLVEFTKKLPGFQTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLPSGHSD
              310       320       330       340       350       360

        360       370       380       390       400       410      
pF1KB7 LLEERIRNSGISDEYITPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LLEERIRNSGISDEYITPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEK
              370       380       390       400       410       420

        420       430       440       450       460       470      
pF1KB7 LQEPLLDVLQKLCKIHQPENPQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LQEPLLDVLQKLCKIHQPENPQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLC
              430       440       450       460       470       480

        480  
pF1KB7 EIWDVQ
       ::::::
CCDS55 EIWDVQ
             

>>CCDS9078.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12               (472 aa)
 initn: 3009 init1: 3009 opt: 3009  Z-score: 3098.0  bits: 582.6 E(32554): 3.1e-166
Smith-Waterman score: 3009; 100.0% identity (100.0% similar) in 446 aa overlap (37-482:27-472)

         10        20        30        40        50        60      
pF1KB7 GLENPIQISPHCSCTPSGFFMEMMSMKPAKGVLTEQVAGPLGQNLEVEPYSQYSNVQFPQ
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90     MGSKMNLIEHSHLPTTDEFSFSENLFGVLTEQVAGPLGQNLEVEPYSQYSNVQFPQ
                   10        20        30        40        50      

         70        80        90       100       110       120      
pF1KB7 VQPQISSSSYYSNLGFYPQQPEEWYSPGIYELRRMPAETLYQGETEVAEMPVTKKPRMGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 VQPQISSSSYYSNLGFYPQQPEEWYSPGIYELRRMPAETLYQGETEVAEMPVTKKPRMGA
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pF1KB7 SAGRIKGDELCVVCGDRASGYHYNALTCEGCKGFFRRSITKNAVYKCKNGGNCVMDMYMR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 SAGRIKGDELCVVCGDRASGYHYNALTCEGCKGFFRRSITKNAVYKCKNGGNCVMDMYMR
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pF1KB7 RKCQECRLRKCKEMGMLAECLLTEIQCKSKRLRKNVKQHADQTVNEDSEGRDLRQVTSTT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 RKCQECRLRKCKEMGMLAECLLTEIQCKSKRLRKNVKQHADQTVNEDSEGRDLRQVTSTT
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pF1KB7 KSCREKTELTPDQQTLLHFIMDSYNKQRMPQEITNKILKEEFSAEENFLILTEMATNHVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 KSCREKTELTPDQQTLLHFIMDSYNKQRMPQEITNKILKEEFSAEENFLILTEMATNHVQ
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pF1KB7 VLVEFTKKLPGFQTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLPSGHSDLLEERIRNSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 VLVEFTKKLPGFQTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLPSGHSDLLEERIRNSG
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pF1KB7 ISDEYITPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEPLLDVLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 ISDEYITPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEPLLDVLQ
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pF1KB7 KLCKIHQPENPQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLCEIWDVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 KLCKIHQPENPQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLCEIWDVQ
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>>CCDS55873.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12              (476 aa)
 initn: 3060 init1: 1810 opt: 2991  Z-score: 3079.4  bits: 579.2 E(32554): 3.3e-165
Smith-Waterman score: 2991; 99.1% identity (99.1% similar) in 450 aa overlap (37-482:27-476)

         10        20        30        40        50        60      
pF1KB7 GLENPIQISPHCSCTPSGFFMEMMSMKPAKGVLTEQVAGPLGQNLEVEPYSQYSNVQFPQ
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55     MGSKMNLIEHSHLPTTDEFSFSENLFGVLTEQVAGPLGQNLEVEPYSQYSNVQFPQ
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         70        80        90       100       110       120      
pF1KB7 VQPQISSSSYYSNLGFYPQQPEEWYSPGIYELRRMPAETLYQGETEVAEMPVTKKPRMGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VQPQISSSSYYSNLGFYPQQPEEWYSPGIYELRRMPAETLYQGETEVAEMPVTKKPRMGA
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pF1KB7 SAGRIKGDELCVVCGDRASGYHYNALTCEGCKGFFRRSITKNAVYKCKNGGNCVMDMYMR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SAGRIKGDELCVVCGDRASGYHYNALTCEGCKGFFRRSITKNAVYKCKNGGNCVMDMYMR
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pF1KB7 RKCQECRLRKCKEMGMLAEC----LLTEIQCKSKRLRKNVKQHADQTVNEDSEGRDLRQV
       ::::::::::::::::::::    ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RKCQECRLRKCKEMGMLAECMYTGLLTEIQCKSKRLRKNVKQHADQTVNEDSEGRDLRQV
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pF1KB7 TSTTKSCREKTELTPDQQTLLHFIMDSYNKQRMPQEITNKILKEEFSAEENFLILTEMAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TSTTKSCREKTELTPDQQTLLHFIMDSYNKQRMPQEITNKILKEEFSAEENFLILTEMAT
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pF1KB7 NHVQVLVEFTKKLPGFQTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLPSGHSDLLEERI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 NHVQVLVEFTKKLPGFQTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLPSGHSDLLEERI
        300       310       320       330       340       350      

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pF1KB7 RNSGISDEYITPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEPLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RNSGISDEYITPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEPLL
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            430       440       450       460       470       480  
pF1KB7 DVLQKLCKIHQPENPQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLCEIWDVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 DVLQKLCKIHQPENPQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLCEIWDVQ
        420       430       440       450       460       470      

>>CCDS55874.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12              (425 aa)
 initn: 1810 init1: 1810 opt: 1810  Z-score: 1866.6  bits: 354.6 E(32554): 1.2e-97
Smith-Waterman score: 2559; 89.5% identity (89.5% similar) in 446 aa overlap (37-482:27-425)

         10        20        30        40        50        60      
pF1KB7 GLENPIQISPHCSCTPSGFFMEMMSMKPAKGVLTEQVAGPLGQNLEVEPYSQYSNVQFPQ
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55     MGSKMNLIEHSHLPTTDEFSFSENLFGVLTEQVAGPLGQNLEVEPYSQYSNVQFPQ
                   10        20        30        40        50      

         70        80        90       100       110       120      
pF1KB7 VQPQISSSSYYSNLGFYPQQPEEWYSPGIYELRRMPAETLYQGETEVAEMPVTKKPRMGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VQPQISSSSYYSNLGFYPQQPEEWYSPGIYELRRMPAETLYQGETEVAEMPVTKKPRMGA
         60        70        80        90       100       110      

        130       140       150       160       170       180      
pF1KB7 SAGRIKGDELCVVCGDRASGYHYNALTCEGCKGFFRRSITKNAVYKCKNGGNCVMDMYMR
       :::::::::::::::::::::::::::::::::                           
CCDS55 SAGRIKGDELCVVCGDRASGYHYNALTCEGCKG---------------------------
        120       130       140                                    

        190       200       210       220       230       240      
pF1KB7 RKCQECRLRKCKEMGMLAECLLTEIQCKSKRLRKNVKQHADQTVNEDSEGRDLRQVTSTT
                           ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 --------------------LLTEIQCKSKRLRKNVKQHADQTVNEDSEGRDLRQVTSTT
                         150       160       170       180         

        250       260       270       280       290       300      
pF1KB7 KSCREKTELTPDQQTLLHFIMDSYNKQRMPQEITNKILKEEFSAEENFLILTEMATNHVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KSCREKTELTPDQQTLLHFIMDSYNKQRMPQEITNKILKEEFSAEENFLILTEMATNHVQ
     190       200       210       220       230       240         

        310       320       330       340       350       360      
pF1KB7 VLVEFTKKLPGFQTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLPSGHSDLLEERIRNSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VLVEFTKKLPGFQTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLPSGHSDLLEERIRNSG
     250       260       270       280       290       300         

        370       380       390       400       410       420      
pF1KB7 ISDEYITPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEPLLDVLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ISDEYITPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEPLLDVLQ
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        430       440       450       460       470       480  
pF1KB7 KLCKIHQPENPQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLCEIWDVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KLCKIHQPENPQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLCEIWDVQ
     370       380       390       400       410       420     

>>CCDS73285.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11             (453 aa)
 initn: 891 init1: 462 opt: 924  Z-score: 955.8  bits: 186.2 E(32554): 6.4e-47
Smith-Waterman score: 924; 36.7% identity (65.5% similar) in 452 aa overlap (46-482:8-452)

          20        30        40        50        60          70   
pF1KB7 PHCSCTPSGFFMEMMSMKPAKGVLTEQVAGPLGQNLEVEPYSQYSNVQF--PQVQPQISS
                                     ::: . .  :   .: :..  : .:   :.
CCDS73                        MQQTSWNPLGGTCKQPPGRTHSAVELWKPGAQDASSQ
                                      10        20        30       

              80        90        100       110       120       130
pF1KB7 SSYYSN--LGFYPQQPEEWY-SPGIYELRRMPAETLYQGETEVAEMPVTKKPRMGASAGR
       ..  :.  :    ..:.    . :.      :.  : ..:       .  . :  . : .
CCDS73 AQGGSSCILREEARMPHSAGGTAGVGLEAAEPTALLTRAEPPSEPTEIRPQKRKKGPAPK
        40        50        60        70        80        90       

              140       150       160       170       180       190
pF1KB7 IKGDELCVVCGDRASGYHYNALTCEGCKGFFRRSITKNAVYKCKNGGNCVMDMYMRRKCQ
       . :.::: ::::.:::.:::.:.:::::::::::. :.: : :..::.: :: :::::::
CCDS73 MLGNELCSVCGDKASGFHYNVLSCEGCKGFFRRSVIKGAHYICHSGGHCPMDTYMRRKCQ
       100       110       120       130       140       150       

              200       210       220       230          240       
pF1KB7 ECRLRKCKEMGMLAECLLTEIQCKSKRLRKNVKQHADQTV---NEDSEGRDLRQVTSTTK
       :::::::.. ::  ::.:.: : . :.:... ...:  :      .:  . : :..    
CCDS73 ECRLRKCRQAGMREECVLSEEQIRLKKLKRQEEEQAHATSLPPRASSPPQILPQLSPEQL
       160       170       180       190       200       210       

       250       260       270       280       290       300       
pF1KB7 SCREKTELTPDQQTLLHFIMDSYNKQRMPQEITNKILKEEFSAEENFLILTEMATNHVQV
       .  ::  .. .::   . . :    .  :  ..    ..: . .. :  .::.:   :: 
CCDS73 GMIEKL-VAAQQQCNRRSFSDRL--RVTPWPMAPDPHSRE-ARQQRFAHFTELAIVSVQE
       220        230         240       250        260       270   

       310       320       330       340       350            360  
pF1KB7 LVEFTKKLPGFQTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLPSGHS-----DLLEER-
       .:.:.:.::::  :..:::::::: ::.:.:.:.... .:   :...:     :.  .: 
CCDS73 IVDFAKQLPGFLQLSREDQIALLKTSAIEVMLLETSRRYN---PGSESITFLKDFSYNRE
           280       290       300       310          320       330

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 -IRNSGISDEYITPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEP
        . ..:.. :.:.:.: : ....::.... :.::: :: :.: ::  ..:.  ::.::. 
CCDS73 DFAKAGLQVEFINPIFEFSRAMNELQLNDAEFALLIAISIFSADRPNVQDQLQVERLQHT
              340       350       360       370       380       390

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 LLDVLQKLCKIHQPENPQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLCEIWD
        ...:.   .::.:..   :  .: .:. :::..  :.:.... :..:.:. ::: ::::
CCDS73 YVEALHAYVSIHHPHDRLMFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWD
              400       410       420       430       440       450

          
pF1KB7 VQ 
       :. 
CCDS73 VHE
          

>>CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11             (402 aa)
 initn: 937 init1: 462 opt: 915  Z-score: 947.3  bits: 184.4 E(32554): 1.9e-46
Smith-Waterman score: 915; 39.3% identity (68.9% similar) in 392 aa overlap (102-482:18-401)

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                                     :.  : ..:       .  . :  . : ..
CCDS44              MPHSAGGTAGVGLEAAEPTALLTRAEPPSEPTEIRPQKRKKGPAPKM
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        :.::: ::::.:::.:::.:.:::::::::::. :.: : :..::.: :: ::::::::
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       ::::::.. ::  ::.:.: : . :.:... ...:  :      .:  . : :..    .
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         ::  .. .::   . . :   . :. :  ..    ..: . .. :  .::.:   :: 
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pF1KB7 LVEFTKKLPGFQTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLPSGHS-----DLLEER-
       .:.:.:.::::  :..:::::::: ::.:.:.:.... .:   :...:     :.  .: 
CCDS44 IVDFAKQLPGFLQLSREDQIALLKTSAIEVMLLETSRRYN---PGSESITFLKDFSYNRE
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pF1KB7 -IRNSGISDEYITPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEP
        . ..:.. :.:.:.: : ....::.... :.::: :: :.: ::  ..:.  ::.::. 
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        ...:.   .::.:..   :  .: .:. :::..  :.:.... :..:.:. ::: ::::
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pF1KB7 VQ 
       :. 
CCDS44 VHE
     400  

>>CCDS7929.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11              (447 aa)
 initn: 891 init1: 462 opt: 915  Z-score: 946.6  bits: 184.5 E(32554): 2.1e-46
Smith-Waterman score: 915; 39.3% identity (68.9% similar) in 392 aa overlap (102-482:63-446)

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pF1KB7 SSSSYYSNLGFYPQQPEEWYSPGIYELRRMPAETLYQGETEVAEMPVTKKPRMGASAGRI
                                     :.  : ..:       .  . :  . : ..
CCDS79 QGGSSCILREEARMPHSAGGTAGVGLEAAEPTALLTRAEPPSEPTEIRPQKRKKGPAPKM
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pF1KB7 KGDELCVVCGDRASGYHYNALTCEGCKGFFRRSITKNAVYKCKNGGNCVMDMYMRRKCQE
        :.::: ::::.:::.:::.:.:::::::::::. :.: : :..::.: :: ::::::::
CCDS79 LGNELCSVCGDKASGFHYNVLSCEGCKGFFRRSVIKGAHYICHSGGHCPMDTYMRRKCQE
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pF1KB7 CRLRKCKEMGMLAECLLTEIQCKSKRLRKNVKQHADQTV---NEDSEGRDLRQVTSTTKS
       ::::::.. ::  ::.:.: : . :.:... ...:  :      .:  . : :..    .
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         ::  .. .::   . . :   . :. :  ..    ..: . .. :  .::.:   :: 
CCDS79 MIEKL-VAAQQQCNRRSFSD---RLRVTPWPMAPDPHSRE-ARQQRFAHFTELAIVSVQE
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pF1KB7 LVEFTKKLPGFQTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLPSGHS-----DLLEER-
       .:.:.:.::::  :..:::::::: ::.:.:.:.... .:   :...:     :.  .: 
CCDS79 IVDFAKQLPGFLQLSREDQIALLKTSAIEVMLLETSRRYN---PGSESITFLKDFSYNRE
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pF1KB7 -IRNSGISDEYITPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEP
        . ..:.. :.:.:.: : ....::.... :.::: :: :.: ::  ..:.  ::.::. 
CCDS79 DFAKAGLQVEFINPIFEFSRAMNELQLNDAEFALLIAISIFSADRPNVQDQLQVERLQHT
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pF1KB7 LLDVLQKLCKIHQPENPQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLCEIWD
        ...:.   .::.:..   :  .: .:. :::..  :.:.... :..:.:. ::: ::::
CCDS79 YVEALHAYVSIHHPHDRLMFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWD
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pF1KB7 VQ 
       :. 
CCDS79 VHE
          

>>CCDS54627.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3               (397 aa)
 initn: 563 init1: 225 opt: 571  Z-score: 593.9  bits: 119.0 E(32554): 9.3e-27
Smith-Waterman score: 639; 32.4% identity (61.6% similar) in 380 aa overlap (118-481:23-394)

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pF1KB7 EEWYSPGIYELRRMPAETLYQGETEVAEMPVTKKPRMGASAGRIKGDELCVVCGDRASGY
                                     :  :: ..:.  .. : ..: ::::.:.::
CCDS54         MEVRPKESWNHADFVHCEDTESVPGKPSVNADE-EVGGPQICRVCGDKATGY
                       10        20        30         40        50 

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pF1KB7 HYNALTCEGCKGFFRRSITKNAVYKCK-NGGNCVMDMYMRRKCQECRLRKCKEMGMLAEC
       :.:..:::::::::::.. .::  .:    : : .    ::.:: :::::: : ::  : 
CCDS54 HFNVMTCEGCKGFFRRAMKRNARLRCPFRKGACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEM
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pF1KB7 LLTEIQCKSKRL---RKNVKQHADQTVNEDSEGRDLRQVTSTTKSCREKTELTPDQQTLL
       ....   . .:    ::. .. . : .. ..  .. :..     . . ::  :    :. 
CCDS54 IMSDEAVEERRALIKRKKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMMIRELMDAQMKTFDT----TFS
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pF1KB7 HFIMDSYNKQRMPQE--ITNKILKEEFSAEENFLILTEMA---TNHVQVLVEFTKKLPGF
       ::     . :   ..  . :     . ...: : .: .::   :   . .. :.: .  :
CCDS54 HFKNFRVSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYF
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pF1KB7 QTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLPSGHSDLLEERIRNS--GISDEYITPMF
       . :  ::::.::::.: :   ::   .:: .  . .   :   ....  :...  . ::.
CCDS54 RDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTWECGRLSYCLEDTAGGFQQLLLEPML
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pF1KB7 SFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEPLLDVLQKLCKIHQPEN
       .:.  . .:.. .:::.:. :: ..::::  . ....:..::: .  .:..  . ..:. 
CCDS54 KFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQ-
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pF1KB7 PQH---FACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVND-HKF-TPLLCEIWDVQ  
       : :   :  ... :::::..: .:.. :.  :..: : : :::. :.. .   
CCDS54 PAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLL--RIQDIHPFATPLMQELFGITGS
        350       360       370         380       390       

>>CCDS42316.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17               (410 aa)
 initn: 546 init1: 216 opt: 560  Z-score: 582.4  bits: 116.9 E(32554): 4.1e-26
Smith-Waterman score: 621; 33.7% identity (59.9% similar) in 377 aa overlap (134-482:50-408)

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pF1KB7 ETLYQGETEVAEMPVTKKPRMGASAGRIKGDELCVVCGDRASGYHYNALTCEGCKGFFRR
                                     :: ::::::.:.::::  .:::::::::::
CCDS42 RSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKATGYHYRCITCEGCKGFFRR
      20        30        40        50        60        70         

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pF1KB7 SITKN--AVYKCKNGGNCVMDMYMRRKCQECRLRKCKEMGMLAECLLTEIQCKSKRLRKN
       .: ::   .:.::  . ::.:   : .:: ::..::  .::  . .: .    :::. : 
CCDS42 TIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGMAMDLVLDD----SKRVAK-
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pF1KB7 VKQHADQTVNEDSEGRDLRQVTSTTKSCREKTELTPDQQTLLHFIMD---------SYNK
        ..  .:.       :. :.     .: ... : ::..  :.:.  .         :. :
CCDS42 -RKLIEQN-------RERRRKEEMIRSLQQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNAQGSHWK
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pF1KB7 QR---MPQEITNKILKEEFSAE----ENFLILTEMATNHVQVLVEFTKKLPGFQTLDHED
       ::   .:..: .. .    ...    : :  .:.. :  .  .:.:.:::: :. :  ::
CCDS42 QRRKFLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFSELPCED
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pF1KB7 QIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLP----SGHSDLLEERIRNSG---ISDEYITPMFSF
       :: ::::  .: : ::.:  .. .      ::.  . .:...:.:   .::     .: .
CCDS42 QIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGVVSDA----IFEL
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pF1KB7 YKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEPLLDVLQKLCKIHQPENPQ
        ::.. ... . : ::: :....: ::. .   . .:: ::  : ....  . :. .:  
CCDS42 GKSLSAFNLDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVN-HRKHNIP
            310       320       330       340       350        360 

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pF1KB7 HF-ACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVN--DHKFTPLLCEIWDVQ  
       ::   :: ..:.:: ..  ::  ..  .:.   . : ::. :... :  
CCDS42 HFWPKLLMKVTDLRMIGACHASRFLHMKVECPTELFPPLFLEVFEDQEV
             370       380       390       400       410




482 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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