Result of FASTA (ccds) for pF1KB7389
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7389, 205 aa
  1>>>pF1KB7389 205 - 205 aa - 205 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9819+/-0.000765; mu= 14.3253+/- 0.046
 mean_var=54.8877+/-11.034, 0's: 0 Z-trim(106.8): 15  B-trim: 0 in 0/49
 Lambda= 0.173116
 statistics sampled from 9211 (9219) to 9211 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.682), E-opt: 0.2 (0.283), width:  16
 Scan time:  2.010

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS64730.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7         (1167)  634 166.5 5.9e-41
CCDS34703.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7         (1225)  634 166.5 6.1e-41
CCDS75642.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7         (1226)  634 166.5 6.1e-41
CCDS3090.1 STAG1 gene_id:10274|Hs108|chr3          (1258)  476 127.1 4.8e-29
CCDS14607.1 STAG2 gene_id:10735|Hs108|chrX         (1231)  473 126.3 7.8e-29
CCDS43990.1 STAG2 gene_id:10735|Hs108|chrX         (1268)  473 126.3   8e-29


>>CCDS64730.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7              (1167 aa)
 initn: 1103 init1: 633 opt: 634  Z-score: 848.8  bits: 166.5 E(32554): 5.9e-41
Smith-Waterman score: 1030; 73.0% identity (80.1% similar) in 226 aa overlap (1-190:242-467)

                                             10        20        30
pF1KB7                               MIFSMLRKLPKVTCRDVLPEIRAICIEEIG
                                     :. ...: .     ::::::::::::::::
CCDS64 KGPGQRAPERLESLLEKRKELQEHQEEIEGMMNALFRGVFVHRYRDVLPEIRAICIEEIG
             220       230       240       250       260       270 

               40        50        60        70        80        90
pF1KB7 CWMQSYSTSFLTDSYLKYIGWTLHDKHREVRVKCVKALKGLYGNRDLTARLELFTGRFKD
       :::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::.::::::.::::
CCDS64 CWMQSYSTSFLTDSYLKYIGWTLHDKHREVRLKCVKALKGLYGNRDLTTRLELFTSRFKD
             280       290       300       310       320       330 

              100       110                                        
pF1KB7 WMVSMIVDREYSVAVEAVRLLILILK----------------------------------
        ::::..::::.::::::::::::::                                  
CCDS64 RMVSMVMDREYDVAVEAVRLLILILKNMEGVLTDADCESVYPVVYASHRGLASAAGEFLY
             340       350       360       370       380       390 

          120       130       140       150       160       170    
pF1KB7 --LFYPECEIRTMGGREQRQSPGAQRTFFQLLLSFFVESKLHDHAAYLVDNLWDCAGTQL
         ::::::::: :::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.::::::..:
CCDS64 WKLFYPECEIRMMGGREQRQSPGAQRTFFQLLLSFFVESELHDHAAYLVDSLWDCAGARL
             400       410       420       430       440       450 

          180       190       200                                  
pF1KB7 KDWEGLTSLLLEKDQSTCHMEPGPGTFHLLG                             
       :::::::::::::::.                                            
CCDS64 KDWEGLTSLLLEKDQNLGDVQESTLIEILVSSARQASEGHPPVGRVTGRKGLTSKERKTQ
             460       470       480       490       500       510 

>>CCDS34703.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7              (1225 aa)
 initn: 1103 init1: 633 opt: 634  Z-score: 848.4  bits: 166.5 E(32554): 6.1e-41
Smith-Waterman score: 1030; 73.0% identity (80.1% similar) in 226 aa overlap (1-190:300-525)

                                             10        20        30
pF1KB7                               MIFSMLRKLPKVTCRDVLPEIRAICIEEIG
                                     :. ...: .     ::::::::::::::::
CCDS34 KGPGQRAPERLESLLEKRKELQEHQEEIEGMMNALFRGVFVHRYRDVLPEIRAICIEEIG
     270       280       290       300       310       320         

               40        50        60        70        80        90
pF1KB7 CWMQSYSTSFLTDSYLKYIGWTLHDKHREVRVKCVKALKGLYGNRDLTARLELFTGRFKD
       :::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::.::::::.::::
CCDS34 CWMQSYSTSFLTDSYLKYIGWTLHDKHREVRLKCVKALKGLYGNRDLTTRLELFTSRFKD
     330       340       350       360       370       380         

              100       110                                        
pF1KB7 WMVSMIVDREYSVAVEAVRLLILILK----------------------------------
        ::::..::::.::::::::::::::                                  
CCDS34 RMVSMVMDREYDVAVEAVRLLILILKNMEGVLTDADCESVYPVVYASHRGLASAAGEFLY
     390       400       410       420       430       440         

          120       130       140       150       160       170    
pF1KB7 --LFYPECEIRTMGGREQRQSPGAQRTFFQLLLSFFVESKLHDHAAYLVDNLWDCAGTQL
         ::::::::: :::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.::::::..:
CCDS34 WKLFYPECEIRMMGGREQRQSPGAQRTFFQLLLSFFVESELHDHAAYLVDSLWDCAGARL
     450       460       470       480       490       500         

          180       190       200                                  
pF1KB7 KDWEGLTSLLLEKDQSTCHMEPGPGTFHLLG                             
       :::::::::::::::.                                            
CCDS34 KDWEGLTSLLLEKDQNLGDVQESTLIEILVSSARQASEGHPPVGRVTGRKGLTSKERKTQ
     510       520       530       540       550       560         

>>CCDS75642.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7              (1226 aa)
 initn: 1103 init1: 633 opt: 634  Z-score: 848.4  bits: 166.5 E(32554): 6.1e-41
Smith-Waterman score: 1030; 73.0% identity (80.1% similar) in 226 aa overlap (1-190:300-525)

                                             10        20        30
pF1KB7                               MIFSMLRKLPKVTCRDVLPEIRAICIEEIG
                                     :. ...: .     ::::::::::::::::
CCDS75 KGPGQRAPERLESLLEKRKELQEHQEEIEGMMNALFRGVFVHRYRDVLPEIRAICIEEIG
     270       280       290       300       310       320         

               40        50        60        70        80        90
pF1KB7 CWMQSYSTSFLTDSYLKYIGWTLHDKHREVRVKCVKALKGLYGNRDLTARLELFTGRFKD
       :::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::.::::::.::::
CCDS75 CWMQSYSTSFLTDSYLKYIGWTLHDKHREVRLKCVKALKGLYGNRDLTTRLELFTSRFKD
     330       340       350       360       370       380         

              100       110                                        
pF1KB7 WMVSMIVDREYSVAVEAVRLLILILK----------------------------------
        ::::..::::.::::::::::::::                                  
CCDS75 RMVSMVMDREYDVAVEAVRLLILILKNMEGVLTDADCESVYPVVYASHRGLASAAGEFLY
     390       400       410       420       430       440         

          120       130       140       150       160       170    
pF1KB7 --LFYPECEIRTMGGREQRQSPGAQRTFFQLLLSFFVESKLHDHAAYLVDNLWDCAGTQL
         ::::::::: :::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.::::::..:
CCDS75 WKLFYPECEIRMMGGREQRQSPGAQRTFFQLLLSFFVESELHDHAAYLVDSLWDCAGARL
     450       460       470       480       490       500         

          180       190       200                                  
pF1KB7 KDWEGLTSLLLEKDQSTCHMEPGPGTFHLLG                             
       :::::::::::::::.                                            
CCDS75 KDWEGLTSLLLEKDQNLGDVQESTLIEILVSSARQASEGHPPVGRVTGRKGLTSKERKTQ
     510       520       530       540       550       560         

>>CCDS3090.1 STAG1 gene_id:10274|Hs108|chr3               (1258 aa)
 initn: 645 init1: 475 opt: 476  Z-score: 635.0  bits: 127.1 E(32554): 4.8e-29
Smith-Waterman score: 598; 46.9% identity (68.6% similar) in 226 aa overlap (1-187:287-509)

                                             10        20        30
pF1KB7                               MIFSMLRKLPKVTCRDVLPEIRAICIEEIG
                                     :. :... .     ::.. :::::::::::
CCDS30 KMIGKRANERLELLLQKRKELQENQDEIENMMNSIFKGIFVHRYRDAIAEIRAICIEEIG
        260       270       280       290       300       310      

               40        50        60        70        80        90
pF1KB7 CWMQSYSTSFLTDSYLKYIGWTLHDKHREVRVKCVKALKGLYGNRDLTARLELFTGRFKD
        ::. :: .::.::::::.::::::.. :::.::.:::..:: ::.:  .:::::.::::
CCDS30 VWMKMYSDAFLNDSYLKYVGWTLHDRQGEVRLKCLKALQSLYTNRELFPKLELFTNRFKD
        320       330       340       350       360       370      

              100       110                                        
pF1KB7 WMVSMIVDREYSVAVEAVRLLILIL-----------------------------------
        .::: .:.::.:::::.::. :::                                   
CCDS30 RIVSMTLDKEYDVAVEAIRLVTLILHGSEEALSNEDCENVYHLVYSAHRPVAVAAGEFLH
        380       390       400       410       420       430      

             120       130       140       150       160       170 
pF1KB7 -KLFY---PECEIRTMGGREQRQSPGAQRTFFQLLLSFFVESKLHDHAAYLVDNLWDCAG
        :::    :. : .... :. :.::..  .....:. ::.::.::.:::::::.::. . 
CCDS30 KKLFSRHDPQAE-EALAKRRGRNSPNG--NLIRMLVLFFLESELHEHAAYLVDSLWESSQ
        440        450       460         470       480       490   

             180       190       200                               
pF1KB7 TQLKDWEGLTSLLLEKDQSTCHMEPGPGTFHLLG                          
         ::::: .: ::::.                                            
CCDS30 ELLKDWECMTELLLEEPVQGEEAMSDRQESALIELMVCTIRQAAEAHPPVGRGTGKRVLT
           500       510       520       530       540       550   

>>CCDS14607.1 STAG2 gene_id:10735|Hs108|chrX              (1231 aa)
 initn: 683 init1: 472 opt: 473  Z-score: 631.1  bits: 126.3 E(32554): 7.8e-29
Smith-Waterman score: 623; 48.8% identity (70.0% similar) in 213 aa overlap (15-190:298-508)

                               10        20        30        40    
pF1KB7                 MIFSMLRKLPKVTCRDVLPEIRAICIEEIGCWMQSYSTSFLTDS
                                     ::.. ::::::::::: ::. :: .::.::
CCDS14 LQKRKELQENQDEIENMMNAIFKGVFVHRYRDAIAEIRAICIEEIGIWMKMYSDAFLNDS
       270       280       290       300       310       320       

           50        60        70        80        90       100    
pF1KB7 YLKYIGWTLHDKHREVRVKCVKALKGLYGNRDLTARLELFTGRFKDWMVSMIVDREYSVA
       ::::.:::.:::. :::.::. ::.::: :..:...:::::.:::: .::: .:.::.::
CCDS14 YLKYVGWTMHDKQGEVRLKCLTALQGLYYNKELNSKLELFTSRFKDRIVSMTLDKEYDVA
       330       340       350       360       370       380       

          110            120                                       
pF1KB7 VEAVRLLILILK-----LFYPECE------------IRTMGG------------------
       :.:..:: :.:.     :   .::            . . .:                  
CCDS14 VQAIKLLTLVLQSSEEVLTAEDCENVYHLVYSAHRPVAVAAGEFLYKKLFSRRDPEEDGM
       390       400       410       420       430       440       

       130       140       150       160       170       180       
pF1KB7 --REQRQSPGAQRTFFQLLLSFFVESKLHDHAAYLVDNLWDCAGTQLKDWEGLTSLLLEK
         :. ::.:.:  .. . :. ::.::.::.:::::::..::::   ::::: ..:::::.
CCDS14 MKRRGRQGPNA--NLVKTLVFFFLESELHEHAAYLVDSMWDCATELLKDWECMNSLLLEE
       450         460       470       480       490       500     

       190       200                                               
pF1KB7 DQSTCHMEPGPGTFHLLG                                          
         :                                                         
CCDS14 PLSGEEALTDRQESALIEIMLCTIRQAAECHPPVGRGTGKRVLTAKEKKTQLDDRTKITE
         510       520       530       540       550       560     

>>CCDS43990.1 STAG2 gene_id:10735|Hs108|chrX              (1268 aa)
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CCDS43 YLKYVGWTMHDKQGEVRLKCLTALQGLYYNKELNSKLELFTSRFKDRIVSMTLDKEYDVA
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       :.:..:: :.:.     :   .::            . . .:                  
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         :. ::.:.:  .. . :. ::.::.::.:::::::..::::   ::::: ..:::::.
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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