Result of FASTA (ccds) for pF1KB5348
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5348, 390 aa
  1>>>pF1KB5348 390 - 390 aa - 390 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8600+/- 0.001; mu= 0.4860+/- 0.061
 mean_var=406.2424+/-85.315, 0's: 0 Z-trim(116.2): 94  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.063633
 statistics sampled from 16725 (16815) to 16725 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.787), E-opt: 0.2 (0.517), width:  16
 Scan time:  3.540

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS716.1 RBMXL1 gene_id:494115|Hs108|chr1         ( 390) 2734 264.5 1.1e-70
CCDS14661.1 RBMX gene_id:27316|Hs108|chrX          ( 391) 2587 251.1 1.3e-66
CCDS7777.1 RBMXL2 gene_id:27288|Hs108|chr11        ( 392) 1785 177.4 1.9e-44
CCDS83521.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY       ( 459) 1183 122.2 9.2e-28
CCDS35479.1 RBMY1B gene_id:378948|Hs108|chrY       ( 496) 1171 121.2 2.1e-27
CCDS35481.1 RBMY1E gene_id:378950|Hs108|chrY       ( 496) 1171 121.2 2.1e-27
CCDS35480.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY       ( 496) 1171 121.2 2.1e-27
CCDS14796.1 RBMY1A1 gene_id:5940|Hs108|chrY        ( 496) 1170 121.1 2.2e-27
CCDS35484.1 RBMY1J gene_id:378951|Hs108|chrY       ( 496) 1169 121.0 2.4e-27
CCDS35483.1 RBMY1F gene_id:159163|Hs108|chrY       ( 496) 1169 121.0 2.4e-27
CCDS55478.1 RBMXL3 gene_id:139804|Hs108|chrX       (1067)  822 89.6 1.5e-17


>>CCDS716.1 RBMXL1 gene_id:494115|Hs108|chr1              (390 aa)
 initn: 2734 init1: 2734 opt: 2734  Z-score: 1382.2  bits: 264.5 E(32554): 1.1e-70
Smith-Waterman score: 2734; 100.0% identity (100.0% similar) in 390 aa overlap (1-390:1-390)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERGRHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGTR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERGRHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGTR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMGGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMGGR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 APLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPRD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 APLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPRD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 YTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPLTRGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 YTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPLTRGP
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 PPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDRVGRQERGLPPSVERGYPSSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 PPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDRVGRQERGLPPSVERGYPSSR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390
pF1KB5 DSYSSSSRGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY
       ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 DSYSSSSRGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY
              370       380       390

>>CCDS14661.1 RBMX gene_id:27316|Hs108|chrX               (391 aa)
 initn: 2274 init1: 2274 opt: 2587  Z-score: 1309.2  bits: 251.1 E(32554): 1.3e-66
Smith-Waterman score: 2587; 95.1% identity (97.4% similar) in 391 aa overlap (1-390:1-391)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS14 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERGRHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGTR
       :::::::::::::::::::::::::::::: ::.::::::::::::::. .:::::::::
CCDS14 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESGRRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGTR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMGGR
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::: ::::::::::
CCDS14 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMGGR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 APLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPRD
       ::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 APVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPRD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 YTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPLTRGP
       ::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::
CCDS14 YTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPPTRGP
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330        340       350         
pF1KB5 PPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSC-DRVGRQERGLPPSVERGYPSS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::  :::::::::::::.:::::  
CCDS14 PPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSMERGYPPP
              310       320       330       340       350       360

     360       370       380       390
pF1KB5 RDSYSSSSRGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY
       ::::::::::::::.: ::::::::::::::
CCDS14 RDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY
              370       380       390 

>>CCDS7777.1 RBMXL2 gene_id:27288|Hs108|chr11             (392 aa)
 initn: 1262 init1: 878 opt: 1785  Z-score: 911.3  bits: 177.4 E(32554): 1.9e-44
Smith-Waterman score: 1785; 69.2% identity (82.6% similar) in 396 aa overlap (1-390:1-392)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::::::::::::: ::.:::::. ::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS77 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERGRHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGTR
       ::: ::::::::::::::::: :::::.:: .:.::::: :::: :: . . :::.:: :
CCDS77 DAKAAARDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPP-RSRGRPRFLRGTRGGGGGPR
               70        80        90        100       110         

              130       140       150       160       170          
pF1KB5 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSG-MGG
         :::::  :::::. .:..  ::.:.:.:::::::  :: :::.:::: .:::.: : :
CCDS77 RSPSRGGPDDDGGYTADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRG
     120       130       140       150       160       170         

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB5 RAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPR
       ::   ::::.:.::::::::: ::: ::.:::.:::..:.::::::   :. : .:: : 
CCDS77 RALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDY---REPRGFAPSPG
     180       190       200       210       220          230      

     240       250       260        270       280       290        
pF1KB5 DYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYG-RDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPLTR
       .::.::::::: ::: : :::.:::::: :::::.:: : ::.:. .::::. :.:   :
CCDS77 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPGR
        240       250       260       270       280       290      

      300       310        320       330          340       350    
pF1KB5 GPPPSYGGSSRYDDYSS-SRDGYGGSRDSYSSS--RSDLYSSC-DRVGRQERGLPPSVER
       : ::::::..::..: . : :.:.:.:::::::  ::: ::    :::: .:::  :.::
CCDS77 GTPPSYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSMER
        300       310       320       330       340       350      

          360       370       380       390
pF1KB5 GYPSSRDSYSSSSRGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY
       : : .::::: :.  .:::.:  :.: .::::::::
CCDS77 GCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
        360       370       380       390  

>>CCDS83521.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY            (459 aa)
 initn: 922 init1: 389 opt: 1183  Z-score: 611.9  bits: 122.2 E(32554): 9.2e-28
Smith-Waterman score: 1212; 51.5% identity (68.1% similar) in 427 aa overlap (1-352:1-423)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::.:::::::::: ::::: :..::::.: : :::::::: :.:::::::.:::.::
CCDS83 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
               10        20        30        40         50         

               70        80        90        100       110         
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERG-RHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGT
       :::.::.::::::: ::::::::: ::::. : :. ::   :.:.:  .. ..::. :::
CCDS83 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
      60        70        80        90       100       110         

     120        130       140       150       160       170        
pF1KB5 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMG
       ::  ::. ::.:::::. ...:: ::: .::::::  ::::: ::.::::...::.: ::
CCDS83 RGWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
     120       130       140       150       160       170         

      180       190       200       210                            
pF1KB5 GRAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYST----------------------
       ...:.:. :..:: ::::  . : :.  .: : :::.:                      
CCDS83 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYA
     180       190       200       210       220       230         

                220          230       240                     250 
pF1KB5 --------KDSYSSRDYP---SSRDTRDYAPPPRDYTYRDYGHS--------------SS
               .: .::: :    :::.::::::: : ..:::::::              ::
CCDS83 YRDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSS
     240       250       260       270       280       290         

                 260                           270       280       
pF1KB5 RD--DY--PSRGYGDRD------------------GYGR--DRDYSDHPSGGSYRDSYES
       :.  .:  ::::.: ::                  :::.   ::.:.: ::.::::. . 
CCDS83 RETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQR
     300       310       320       330       340       350         

       290       300       310       320       330       340       
pF1KB5 YGNSRSAPLTRGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDR--VGRQE
       ::.:..:: .:::  :::::. .  ::..:: :: : .::::  .:..  :::  : :..
CCDS83 YGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA-YSNTRDRYGRSWESYSSC-GDFHY-CDREHVCRKD
     360       370       380        390       400         410      

         350       360       370       380       390
pF1KB5 RGLPPSVERGYPSSRDSYSSSSRGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY
       .  :::.                                      
CCDS83 QRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASIVDGGESRSEKGDSSRY  
        420       430       440       450           

>>CCDS35479.1 RBMY1B gene_id:378948|Hs108|chrY            (496 aa)
 initn: 1117 init1: 389 opt: 1171  Z-score: 605.5  bits: 121.2 E(32554): 2.1e-27
Smith-Waterman score: 1171; 51.4% identity (70.3% similar) in 407 aa overlap (1-388:1-389)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::.:::::::::: ::::: :..::::.: : :::::::: :.:::::::.:::.::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
               10        20        30        40         50         

               70        80        90        100       110         
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERG-RHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGT
       :::.::.::::::: ::::::::: ::::. : :. ::   :.:.:  .. ..::. :::
CCDS35 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
      60        70        80        90       100       110         

     120        130       140       150       160       170        
pF1KB5 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMG
       ::  ::. ::.:::::. ...:: ::: .::::::  ::::: ::.::::...::.: ::
CCDS35 RGWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
     120       130       140       150       160       170         

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB5 GRAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPP
       ...:.:. :..:: ::::  . : :.  .: : :::.:.:.    ..:: ..::::::: 
CCDS35 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQETRDYAPPS
     180       190       200       210       220           230     

      240       250       260       270       280                  
pF1KB5 RDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRD--------SY-ESYG
       : :.::: :::. ::.. :::: .. .  . :::.    : .:::        :: ..: 
CCDS35 RGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYR
         240        250       260       270       280       290    

     290        300       310       320       330       340        
pF1KB5 NSRSAPLTRG-PPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDRVGRQERGL
       : ::.  ::   ::: : .  : ::. ::      ..::: .  .  ::     :. :  
CCDS35 NRRSSRETREYAPPSRGHG--YRDYGHSR-----RHESYSRGYRNHPSS-----RETRDY
          300       310         320            330            340  

       350           360       370         380       390           
pF1KB5 -PPSVERGY----PSSRDSYSSSSRGAPRGAGP--GGSRSDRGGGRSRY           
        ::  . .:     :: : .:: . .   : :   : ..:.. .: :             
CCDS35 APPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHG
            350       360       370       380       390       400  

CCDS35 APPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGR
            410       420       430       440       450       460  

>>CCDS35481.1 RBMY1E gene_id:378950|Hs108|chrY            (496 aa)
 initn: 1113 init1: 389 opt: 1171  Z-score: 605.5  bits: 121.2 E(32554): 2.1e-27
Smith-Waterman score: 1171; 51.4% identity (70.3% similar) in 407 aa overlap (1-388:1-389)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::.:::::::::: ::::: :..::::.: : :::::::: :.:::::::.:::.::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
               10        20        30        40         50         

               70        80        90        100       110         
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERG-RHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGT
       :::.::.::::::: ::::::::: ::::. : :. ::   :.:.:  .. ..::. :::
CCDS35 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
      60        70        80        90       100       110         

     120        130       140       150       160       170        
pF1KB5 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMG
       ::  ::. ::.:::::. ...:: ::: .::::::  ::::: ::.::::...::.: ::
CCDS35 RGWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
     120       130       140       150       160       170         

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB5 GRAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPP
       ...:.:. :..:: ::::  . : :.  .: : :::.:.:.    ..:: ..::::::: 
CCDS35 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQETRDYAPPS
     180       190       200       210       220           230     

      240       250       260       270       280                  
pF1KB5 RDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRD--------SY-ESYG
       : :.::: :::. ::.. :::: .. .  . :::.    : .:::        :: ..: 
CCDS35 RGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYR
         240        250       260       270       280       290    

     290        300       310       320       330       340        
pF1KB5 NSRSAPLTRG-PPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDRVGRQERGL
       : ::.  ::   ::: : .  : ::. ::      ..::: .  .  ::     :. :  
CCDS35 NRRSSRETREYAPPSRGHG--YRDYGHSR-----RHESYSRGYRNHPSS-----RETRDY
          300       310         320            330            340  

       350           360       370         380       390           
pF1KB5 -PPSVERGY----PSSRDSYSSSSRGAPRGAGP--GGSRSDRGGGRSRY           
        ::  . .:     :: : .:: . .   : :   : ..:.. .: :             
CCDS35 APPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTAHG
            350       360       370       380       390       400  

CCDS35 APPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGR
            410       420       430       440       450       460  

>>CCDS35480.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY            (496 aa)
 initn: 1117 init1: 389 opt: 1171  Z-score: 605.5  bits: 121.2 E(32554): 2.1e-27
Smith-Waterman score: 1171; 51.4% identity (70.3% similar) in 407 aa overlap (1-388:1-389)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::.:::::::::: ::::: :..::::.: : :::::::: :.:::::::.:::.::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
               10        20        30        40         50         

               70        80        90        100       110         
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERG-RHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGT
       :::.::.::::::: ::::::::: ::::. : :. ::   :.:.:  .. ..::. :::
CCDS35 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
      60        70        80        90       100       110         

     120        130       140       150       160       170        
pF1KB5 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMG
       ::  ::. ::.:::::. ...:: ::: .::::::  ::::: ::.::::...::.: ::
CCDS35 RGWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
     120       130       140       150       160       170         

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB5 GRAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPP
       ...:.:. :..:: ::::  . : :.  .: : :::.:.:.    ..:: ..::::::: 
CCDS35 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQETRDYAPPS
     180       190       200       210       220           230     

      240       250       260       270       280                  
pF1KB5 RDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRD--------SY-ESYG
       : :.::: :::. ::.. :::: .. .  . :::.    : .:::        :: ..: 
CCDS35 RGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYR
         240        250       260       270       280       290    

     290        300       310       320       330       340        
pF1KB5 NSRSAPLTRG-PPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDRVGRQERGL
       : ::.  ::   ::: : .  : ::. ::      ..::: .  .  ::     :. :  
CCDS35 NRRSSRETREYAPPSRGHG--YRDYGHSR-----RHESYSRGYRNHPSS-----RETRDY
          300       310         320            330            340  

       350           360       370         380       390           
pF1KB5 -PPSVERGY----PSSRDSYSSSSRGAPRGAGP--GGSRSDRGGGRSRY           
        ::  . .:     :: : .:: . .   : :   : ..:.. .: :             
CCDS35 APPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHG
            350       360       370       380       390       400  

CCDS35 APPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGR
            410       420       430       440       450       460  

>>CCDS14796.1 RBMY1A1 gene_id:5940|Hs108|chrY             (496 aa)
 initn: 1116 init1: 388 opt: 1170  Z-score: 605.0  bits: 121.1 E(32554): 2.2e-27
Smith-Waterman score: 1170; 51.4% identity (70.3% similar) in 407 aa overlap (1-388:1-389)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::.:::::::::: ::::: :..::::.: : :::::::: :.:::::::.:::.::
CCDS14 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
               10        20        30        40         50         

               70        80        90        100       110         
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERG-RHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGT
       :::.::.::::::: ::::::::: ::::. : :. ::   :.:.:  .. ..::. :::
CCDS14 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
      60        70        80        90       100       110         

     120        130       140       150       160       170        
pF1KB5 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMG
       ::  ::. ::.:::::. ...:: ::: .::::::  ::::: ::.::::...::.: ::
CCDS14 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
     120       130       140       150       160       170         

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB5 GRAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPP
       ...:.:. :..:: ::::  . : :.  .: : :::.:.:.    ..:: ..::::::: 
CCDS14 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQETRDYAPPS
     180       190       200       210       220           230     

      240       250       260       270       280                  
pF1KB5 RDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRD--------SY-ESYG
       : :.::: :::. ::.. :::: .. .  . :::.    : .:::        :: ..: 
CCDS14 RGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYR
         240        250       260       270       280       290    

     290        300       310       320       330       340        
pF1KB5 NSRSAPLTRG-PPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDRVGRQERGL
       : ::.  ::   ::: : .  : ::. ::      ..::: .  .  ::     :. :  
CCDS14 NRRSSRETREYAPPSRGHG--YRDYGHSR-----RHESYSRGYRNHPSS-----RETRDY
          300       310         320            330            340  

       350           360       370         380       390           
pF1KB5 -PPSVERGY----PSSRDSYSSSSRGAPRGAGP--GGSRSDRGGGRSRY           
        ::  . .:     :: : .:: . .   : :   : ..:.. .: :             
CCDS14 APPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHG
            350       360       370       380       390       400  

CCDS14 APPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGR
            410       420       430       440       450       460  

>>CCDS35484.1 RBMY1J gene_id:378951|Hs108|chrY            (496 aa)
 initn: 1115 init1: 388 opt: 1169  Z-score: 604.5  bits: 121.0 E(32554): 2.4e-27
Smith-Waterman score: 1169; 51.4% identity (70.3% similar) in 407 aa overlap (1-388:1-389)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::.:::::::::: ::::: :..::::.: : :::::::: :.:::::::.:::.::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
               10        20        30        40         50         

               70        80        90        100       110         
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERG-RHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGT
       :::.::.:::: :: ::::::::: ::::. : :. ::   :.:.:  .. ..::.::::
CCDS35 DAKNAAKDMNGTSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSSGGT
      60        70        80        90       100       110         

     120        130       140       150       160       170        
pF1KB5 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMG
       ::  ::. ::.:::::. ...:: ::: .::::::  ::::: ::.::::...::.: ::
CCDS35 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
     120       130       140       150       160       170         

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB5 GRAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPP
       ...:.:. :..:: ::::  . : :.  .: : :::.:.:.    ..:: ..::::::: 
CCDS35 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQETRDYAPPS
     180       190       200       210       220           230     

      240       250       260       270       280                  
pF1KB5 RDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRD--------SY-ESYG
       : :.::: :::. ::.. :::: .. .  . :::.    : .:::        :: ..: 
CCDS35 RGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYR
         240        250       260       270       280       290    

     290        300       310       320       330       340        
pF1KB5 NSRSAPLTRG-PPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDRVGRQERGL
       : ::.  ::   ::: : .  : ::. ::      ..::: .  .  ::     :. :  
CCDS35 NHRSSRETREYAPPSRGHG--YRDYGHSR-----RHESYSRGYRNHPSS-----RETRDY
          300       310         320            330            340  

       350           360       370         380       390           
pF1KB5 -PPSVERGY----PSSRDSYSSSSRGAPRGAGP--GGSRSDRGGGRSRY           
        ::  . .:     :: : .:: . .   : :   : ..:.. .: :             
CCDS35 APPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHG
            350       360       370       380       390       400  

CCDS35 APPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGR
            410       420       430       440       450       460  

>>CCDS35483.1 RBMY1F gene_id:159163|Hs108|chrY            (496 aa)
 initn: 1115 init1: 388 opt: 1169  Z-score: 604.5  bits: 121.0 E(32554): 2.4e-27
Smith-Waterman score: 1169; 51.4% identity (70.3% similar) in 407 aa overlap (1-388:1-389)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::.:::::::::: ::::: :..::::.: : :::::::: :.:::::::.:::.::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
               10        20        30        40         50         

               70        80        90        100       110         
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERG-RHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGT
       :::.::.:::: :: ::::::::: ::::. : :. ::   :.:.:  .. ..::.::::
CCDS35 DAKNAAKDMNGTSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSSGGT
      60        70        80        90       100       110         

     120        130       140       150       160       170        
pF1KB5 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMG
       ::  ::. ::.:::::. ...:: ::: .::::::  ::::: ::.::::...::.: ::
CCDS35 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
     120       130       140       150       160       170         

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB5 GRAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPP
       ...:.:. :..:: ::::  . : :.  .: : :::.:.:.    ..:: ..::::::: 
CCDS35 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQETRDYAPPS
     180       190       200       210       220           230     

      240       250       260       270       280                  
pF1KB5 RDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRD--------SY-ESYG
       : :.::: :::. ::.. :::: .. .  . :::.    : .:::        :: ..: 
CCDS35 RGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYR
         240        250       260       270       280       290    

     290        300       310       320       330       340        
pF1KB5 NSRSAPLTRG-PPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDRVGRQERGL
       : ::.  ::   ::: : .  : ::. ::      ..::: .  .  ::     :. :  
CCDS35 NHRSSRETREYAPPSRGHG--YRDYGHSR-----RHESYSRGYRNHPSS-----RETRDY
          300       310         320            330            340  

       350           360       370         380       390           
pF1KB5 -PPSVERGY----PSSRDSYSSSSRGAPRGAGP--GGSRSDRGGGRSRY           
        ::  . .:     :: : .:: . .   : :   : ..:.. .: :             
CCDS35 APPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHG
            350       360       370       380       390       400  

CCDS35 APPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGR
            410       420       430       440       450       460  




390 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Fri Nov  4 03:39:57 2016 done: Fri Nov  4 03:39:58 2016
 Total Scan time:  3.540 Total Display time:  0.060

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com