Result of FASTA (ccds) for pF1KB4629
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4629, 441 aa
  1>>>pF1KB4629 441 - 441 aa - 441 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1838+/-0.00086; mu= 14.2123+/- 0.052
 mean_var=94.2870+/-18.822, 0's: 0 Z-trim(109.5): 116  B-trim: 277 in 1/50
 Lambda= 0.132083
 statistics sampled from 10783 (10906) to 10783 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.7), E-opt: 0.2 (0.335), width:  16
 Scan time:  3.180

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS4803.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6           ( 441) 2951 572.4  3e-163
CCDS54994.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6          ( 402) 2668 518.5 4.8e-147
CCDS4804.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6           ( 361) 2412 469.7 2.1e-132
CCDS54995.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6          ( 343) 1956 382.8  3e-106
CCDS33669.1 PPARA gene_id:5465|Hs108|chr22         ( 468) 1865 365.5 6.3e-101
CCDS2610.2 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3           ( 477) 1724 338.6 7.9e-93
CCDS2609.1 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3           ( 505) 1724 338.7 8.2e-93
CCDS42593.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19         ( 460)  516 108.4 1.5e-23
CCDS73750.1 NR2E3 gene_id:10002|Hs108|chr15        ( 410)  468 99.3 7.8e-21
CCDS11361.1 NR1D1 gene_id:9572|Hs108|chr17         ( 614)  449 95.7 1.3e-19
CCDS5063.1 NR2E1 gene_id:7101|Hs108|chr6           ( 385)  431 92.2 9.8e-19
CCDS69165.1 NR2E1 gene_id:7101|Hs108|chr6          ( 422)  427 91.5 1.8e-18
CCDS73751.1 NR2E3 gene_id:10002|Hs108|chr15        ( 367)  410 88.2 1.5e-17
CCDS6646.1 RORB gene_id:6096|Hs108|chr9            ( 459)  391 84.6 2.2e-16
CCDS30856.1 RORC gene_id:6097|Hs108|chr1           ( 497)  377 82.0 1.5e-15
CCDS1004.1 RORC gene_id:6097|Hs108|chr1            ( 518)  377 82.0 1.6e-15
CCDS10375.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15         ( 414)  374 81.3 1.9e-15
CCDS12352.1 NR2F6 gene_id:2063|Hs108|chr19         ( 404)  369 80.4 3.7e-15
CCDS45271.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 468)  369 80.4 4.1e-15
CCDS10177.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 523)  369 80.5 4.5e-15
CCDS10178.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 548)  369 80.5 4.7e-15
CCDS10179.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 556)  369 80.5 4.8e-15
CCDS33718.1 NR1D2 gene_id:9975|Hs108|chr3          ( 579)  367 80.1 6.4e-15
CCDS4068.1 NR2F1 gene_id:7025|Hs108|chr5           ( 423)  363 79.3 8.4e-15
CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6            ( 533)  364 79.5 8.9e-15
CCDS59007.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6           ( 537)  364 79.5   9e-15
CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9           ( 462)  356 77.9 2.3e-14
CCDS1248.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1            ( 463)  353 77.4 3.4e-14
CCDS72970.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1           ( 340)  345 75.8 7.6e-14
CCDS8818.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12          ( 598)  339 74.8 2.7e-13
CCDS55828.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12         ( 611)  339 74.8 2.7e-13
CCDS73471.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12         ( 652)  339 74.8 2.8e-13
CCDS6744.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9           ( 443)  334 73.7   4e-13
CCDS41821.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12         ( 467)  334 73.8 4.2e-13
CCDS44953.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12         ( 483)  334 73.8 4.3e-13
CCDS55340.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9          ( 475)  333 73.6 4.9e-13
CCDS65127.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9          ( 476)  333 73.6 4.9e-13
CCDS9051.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12          ( 603)  334 73.8 5.2e-13
CCDS6743.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9           ( 626)  334 73.8 5.3e-13
CCDS6742.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9           ( 637)  334 73.8 5.4e-13
CCDS2201.1 NR4A2 gene_id:4929|Hs108|chr2           ( 598)  333 73.6 5.9e-13
CCDS35137.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9          ( 480)  331 73.2 6.4e-13
CCDS45671.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 365)  327 72.4 8.7e-13
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 457)  327 72.4   1e-12
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 462)  327 72.4   1e-12
CCDS6856.1 NR5A1 gene_id:2516|Hs108|chr9           ( 461)  325 72.0 1.4e-12
CCDS46775.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3           ( 336)  323 71.6 1.4e-12
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3            ( 448)  323 71.7 1.7e-12
CCDS74905.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3          ( 596)  324 71.9 1.9e-12
CCDS2621.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3           ( 615)  324 71.9   2e-12


>>CCDS4803.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6                (441 aa)
 initn: 2951 init1: 2951 opt: 2951  Z-score: 3044.2  bits: 572.4 E(32554): 3e-163
Smith-Waterman score: 2951; 100.0% identity (100.0% similar) in 441 aa overlap (1-441:1-441)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MEQPQEEAPEVREEEEKEEVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTDLSRSSSPPSLLDQLQM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 MEQPQEEAPEVREEEEKEEVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTDLSRSSSPPSLLDQLQM
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 GCDGASCGSLNMECRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERSCKIQKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 GCDGASCGSLNMECRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERSCKIQKK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 NRNKCQYCRFQKCLALGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 NRNKCQYCRFQKCLALGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSK
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 HIYNAYLKNFNMTKKKARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 HIYNAYLKNFNMTKKKARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 ISVHVFYRCQCTTVETVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 ISVHVFYRCQCTTVETVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 DGLLVANGSGFVTREFLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 DGLLVANGSGFVTREFLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGD
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 RPGLMNVPRVEAIQDTILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 RPGLMNVPRVEAIQDTILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRI
              370       380       390       400       410       420

              430       440 
pF1KB4 KKTETETSLHPLLQEIYKDMY
       :::::::::::::::::::::
CCDS48 KKTETETSLHPLLQEIYKDMY
              430       440 

>>CCDS54994.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6               (402 aa)
 initn: 2668 init1: 2668 opt: 2668  Z-score: 2753.3  bits: 518.5 E(32554): 4.8e-147
Smith-Waterman score: 2668; 100.0% identity (100.0% similar) in 398 aa overlap (44-441:5-402)

            20        30        40        50        60        70   
pF1KB4 EEEKEEVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTDLSRSSSPPSLLDQLQMGCDGASCGSLNME
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54                           MHQRDLSRSSSPPSLLDQLQMGCDGASCGSLNME
                                         10        20        30    

            80        90       100       110       120       130   
pF1KB4 CRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERSCKIQKKNRNKCQYCRFQKC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 CRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERSCKIQKKNRNKCQYCRFQKC
           40        50        60        70        80        90    

           140       150       160       170       180       190   
pF1KB4 LALGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LALGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMT
          100       110       120       130       140       150    

           200       210       220       230       240       250   
pF1KB4 KKKARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KKKARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTT
          160       170       180       190       200       210    

           260       270       280       290       300       310   
pF1KB4 VETVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNKDGLLVANGSGFVT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VETVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNKDGLLVANGSGFVT
          220       230       240       250       260       270    

           320       330       340       350       360       370   
pF1KB4 REFLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGDRPGLMNVPRVEAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 REFLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGDRPGLMNVPRVEAI
          280       290       300       310       320       330    

           380       390       400       410       420       430   
pF1KB4 QDTILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRIKKTETETSLHPLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QDTILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRIKKTETETSLHPLL
          340       350       360       370       380       390    

           440 
pF1KB4 QEIYKDMY
       ::::::::
CCDS54 QEIYKDMY
          400  

>>CCDS4804.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6                (361 aa)
 initn: 2412 init1: 2412 opt: 2412  Z-score: 2490.4  bits: 469.7 E(32554): 2.1e-132
Smith-Waterman score: 2412; 100.0% identity (100.0% similar) in 359 aa overlap (1-359:1-359)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MEQPQEEAPEVREEEEKEEVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTDLSRSSSPPSLLDQLQM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 MEQPQEEAPEVREEEEKEEVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTDLSRSSSPPSLLDQLQM
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 GCDGASCGSLNMECRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERSCKIQKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 GCDGASCGSLNMECRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERSCKIQKK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 NRNKCQYCRFQKCLALGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 NRNKCQYCRFQKCLALGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSK
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 HIYNAYLKNFNMTKKKARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 HIYNAYLKNFNMTKKKARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 ISVHVFYRCQCTTVETVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 ISVHVFYRCQCTTVETVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 DGLLVANGSGFVTREFLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: 
CCDS48 DGLLVANGSGFVTREFLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGG
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 RPGLMNVPRVEAIQDTILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRI
                                                                   
CCDS48 E                                                           
                                                                   

>>CCDS54995.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6               (343 aa)
 initn: 1956 init1: 1956 opt: 1956  Z-score: 2021.1  bits: 382.8 E(32554): 3e-106
Smith-Waterman score: 2026; 77.8% identity (77.8% similar) in 441 aa overlap (1-441:1-343)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MEQPQEEAPEVREEEEKEEVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTDLSRSSSPPSLLDQLQM
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::                 
CCDS54 MEQPQEEAPEVREEEEKEEVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYT-----------------
               10        20        30        40                    

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 GCDGASCGSLNMECRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERSCKIQKK
                                                                   
CCDS54 ------------------------------------------------------------
                                                                   

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 NRNKCQYCRFQKCLALGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSK
                            :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ---------------------AIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSK
                                 50        60        70        80  

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 HIYNAYLKNFNMTKKKARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 HIYNAYLKNFNMTKKKARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKE
             90       100       110       120       130       140  

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 ISVHVFYRCQCTTVETVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ISVHVFYRCQCTTVETVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNK
            150       160       170       180       190       200  

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 DGLLVANGSGFVTREFLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DGLLVANGSGFVTREFLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGD
            210       220       230       240       250       260  

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 RPGLMNVPRVEAIQDTILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RPGLMNVPRVEAIQDTILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRI
            270       280       290       300       310       320  

              430       440 
pF1KB4 KKTETETSLHPLLQEIYKDMY
       :::::::::::::::::::::
CCDS54 KKTETETSLHPLLQEIYKDMY
            330       340   

>>CCDS33669.1 PPARA gene_id:5465|Hs108|chr22              (468 aa)
 initn: 1845 init1: 1018 opt: 1865  Z-score: 1925.4  bits: 365.5 E(32554): 6.3e-101
Smith-Waterman score: 1865; 68.8% identity (87.9% similar) in 404 aa overlap (40-441:66-468)

      10        20        30        40         50        60        
pF1KB4 EVREEEEKEEVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTD-LSRSSSPPSLLDQLQMGC-DGASC
                                     :  :: :: .::: :.   .  :  : .  
CCDS33 EISQSIGEDSSGSFGFTEYQYLGSCPGSDGSVITDTLSPASSPSSVTYPVVPGSVDESPS
          40        50        60        70        80        90     

        70        80        90       100       110       120       
pF1KB4 GSLNMECRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERSCKIQKKNRNKCQY
       :.::.:::.:::::::.:::::::::::::::::::.:: :.::.:::::::::::::::
CCDS33 GALNIECRICGDKASGYHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLVYDKCDRSCKIQKKNRNKCQY
         100       110       120       130       140       150     

       130       140       150       160       170       180       
pF1KB4 CRFQKCLALGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSKHIYNAYL
       :::.:::..:::::::::::::..:: :: : . . : .  . ..::::...:.::.:::
CCDS33 CRFHKCLSVGMSHNAIRFGRMPRSEKAKLKAEILTCEHDIEDSETADLKSLAKRIYEAYL
         160       170       180       190       200       210     

       190       200       210       220       230       240       
pF1KB4 KNFNMTKKKARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKEISVHVFY
       :::::.: ::: ::.::::.. ::::::.::: .::: :: : ..::.   ::  :..:.
CCDS33 KNFNMNKVKARVILSGKASNNPPFVIHDMETLCMAEKTLVAKLVANGIQN-KEAEVRIFH
         220       230       240       250       260        270    

       250       260       270       280       290       300       
pF1KB4 RCQCTTVETVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNKDGLLVAN
        ::::.:::: :::::::.::.:..: ::::::::::::.:::::::.:..::::.::: 
CCDS33 CCQCTSVETVTELTEFAKAIPGFANLDLNDQVTLLKYGVYEAIFAMLSSVMNKDGMLVAY
          280       290       300       310       320       330    

       310       320       330       340       350       360       
pF1KB4 GSGFVTREFLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGDRPGLMNV
       :.::.:::::.:::::: ::.::::.::.:::::::::::..::.:::: :::::::.::
CCDS33 GNGFITREFLKSLRKPFCDIMEPKFDFAMKFNALELDDSDISLFVAAIICCGDRPGLLNV
          340       350       360       370       380       390    

       370       380       390       400       410       420       
pF1KB4 PRVEAIQDTILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRIKKTETET
        ..: .:. :...:..:::.::::  .:::::::::::::::::::::..: :::::...
CCDS33 GHIEKMQEGIVHVLRLHLQSNHPDDIFLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQLVQIIKKTESDA
          400       410       420       430       440       450    

       430       440 
pF1KB4 SLHPLLQEIYKDMY
       .:::::::::.:::
CCDS33 ALHPLLQEIYRDMY
          460        

>>CCDS2610.2 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3                (477 aa)
 initn: 1706 init1: 1163 opt: 1724  Z-score: 1780.1  bits: 338.6 E(32554): 7.9e-93
Smith-Waterman score: 1724; 62.9% identity (87.1% similar) in 396 aa overlap (49-441:83-477)

       20        30        40        50        60           70     
pF1KB4 EVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTDLSRSSSPPSLLDQLQMGC---DGASCGSLNMECR
                                     .:::   .. :.     .  : . . .:::
CCDS26 IPFTRTDPVVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIECR
             60        70        80        90       100       110  

          80        90       100       110       120       130     
pF1KB4 VCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERSCKIQKKNRNKCQYCRFQKCLA
       ::::::::::::::::::::::::::::.:: :..:. .:.:.::.::::::::::::::
CCDS26 VCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNCRIHKKSRNKCQYCRFQKCLA
            120       130       140       150       160       170  

         140       150       160       170       180       190     
pF1KB4 LGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMTKK
       .:::::::::::::.:::.::.: ....  .: ::. :::.:..::.:..:.:.: .:: 
CCDS26 VGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEISSDI-DQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKA
            180       190       200        210       220       230 

         200       210       220       230       240       250     
pF1KB4 KARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTTVE
       :::.:::::..  .::::.:...: ..:  . .:...      ::.....:  ::  .::
CCDS26 KARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVE
             240       250       260       270       280       290 

         260       270       280       290       300       310     
pF1KB4 TVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNKDGLLVANGSGFVTRE
       .:.:.::.:::::.: .: :::::::::::::: :..::::..::::.:...:.::.:::
CCDS26 AVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTRE
             300       310       320       330       340       350 

         320       330       340       350       360       370     
pF1KB4 FLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGDRPGLMNVPRVEAIQD
       ::.::::::.:..:::::::::::::::::::::.:::.::: ::::::.::  .: :::
CCDS26 FLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQD
             360       370       380       390       400       410 

         380       390       400       410       420       430     
pF1KB4 TILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRIKKTETETSLHPLLQE
       ..:.:::..:. :::... :: ::::::.::::.::::.:..: ::::::. ::::::::
CCDS26 NLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQE
             420       430       440       450       460       470 

         440 
pF1KB4 IYKDMY
       ::::.:
CCDS26 IYKDLY
             

>>CCDS2609.1 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3                (505 aa)
 initn: 1706 init1: 1163 opt: 1724  Z-score: 1779.7  bits: 338.7 E(32554): 8.2e-93
Smith-Waterman score: 1724; 62.9% identity (87.1% similar) in 396 aa overlap (49-441:111-505)

       20        30        40        50        60           70     
pF1KB4 EVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTDLSRSSSPPSLLDQLQMGC---DGASCGSLNMECR
                                     .:::   .. :.     .  : . . .:::
CCDS26 IPFTRTDPVVADYKYDLKLQEYQSAIKVEPASPPYYSEKTQLYNKPHEEPSNSLMAIECR
               90       100       110       120       130       140

          80        90       100       110       120       130     
pF1KB4 VCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERSCKIQKKNRNKCQYCRFQKCLA
       ::::::::::::::::::::::::::::.:: :..:. .:.:.::.::::::::::::::
CCDS26 VCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRLKLIYDRCDLNCRIHKKSRNKCQYCRFQKCLA
              150       160       170       180       190       200

         140       150       160       170       180       190     
pF1KB4 LGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMTKK
       .:::::::::::::.:::.::.: ....  .: ::. :::.:..::.:..:.:.: .:: 
CCDS26 VGMSHNAIRFGRMPQAEKEKLLAEISSDI-DQLNPESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKA
              210       220        230       240       250         

         200       210       220       230       240       250     
pF1KB4 KARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTTVE
       :::.:::::..  .::::.:...: ..:  . .:...      ::.....:  ::  .::
CCDS26 KARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVE
     260       270       280       290       300       310         

         260       270       280       290       300       310     
pF1KB4 TVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNKDGLLVANGSGFVTRE
       .:.:.::.:::::.: .: :::::::::::::: :..::::..::::.:...:.::.:::
CCDS26 AVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTRE
     320       330       340       350       360       370         

         320       330       340       350       360       370     
pF1KB4 FLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGDRPGLMNVPRVEAIQD
       ::.::::::.:..:::::::::::::::::::::.:::.::: ::::::.::  .: :::
CCDS26 FLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQD
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         380       390       400       410       420       430     
pF1KB4 TILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRIKKTETETSLHPLLQE
       ..:.:::..:. :::... :: ::::::.::::.::::.:..: ::::::. ::::::::
CCDS26 NLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQE
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         440 
pF1KB4 IYKDMY
       ::::.:
CCDS26 IYKDLY
     500     

>>CCDS42593.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19              (460 aa)
 initn: 535 init1: 250 opt: 516  Z-score: 536.2  bits: 108.4 E(32554): 1.5e-23
Smith-Waterman score: 534; 27.9% identity (57.9% similar) in 451 aa overlap (4-437:19-456)

                              10        20        30        40     
pF1KB4                MEQPQEEAPEVREEEEKEEVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTDL
                         ::  ::       .  ... ::     :::.  .:... .. 
CCDS42 MSSPTTSSLDTPLPGNGPPQPGAPS------SSPTVKEEGPEPWPGGPDPDVPGTDEASS
               10        20              30        40        50    

          50           60        70         80        90       100 
pF1KB4 SRSSS---PPSLLDQLQMGCDGASCGSLNME-CRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRT
       . :..   :    .  .    : .   :. : :::::::::::::.: .::::::::::.
CCDS42 ACSTDWVIPDPEEEPERKRKKGPAPKMLGHELCRVCGDKASGFHYNVLSCEGCKGFFRRS
           60        70        80        90       100       110    

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pF1KB4 I-RMKLEYEKCER--SCKIQKKNRNKCQYCRFQKCLALGMSHNAIRFGRMPEAEK-RKLV
       . :   .   :.   .:...   : ::: ::..::   :: .. .   .. . .: ::  
CCDS42 VVRGGARRYACRGGGTCQMDAFMRRKCQQCRLRKCKEAGMREQCVLSEEQIRKKKIRKQQ
          120       130       140       150       160       170    

       160       170       180       190       200         210     
pF1KB4 AGLTANEGSQYNPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMTKKKARSILTGKASHTA--PFVIHD
           ..  :  .:: .. .: .     .  .  .. . .....    :..     .:  .
CCDS42 QESQSQSQSPVGPQGSSSSASGPGASPGGSEAGSQGSGEGEGVQLTAAQELMIQQLVAAQ
          180       190       200       210       220       230    

             220       230       240       250       260       270 
pF1KB4 IE----TLWQAEKGLVWKQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTTVETVRELTEFAKSIPSFS
       ..    .. .  :   :   ... :  ..   . : .    .. .:.:...:::..:.: 
CCDS42 LQCNKRSFSDQPKVTPWP--LGADPQSRDARQQRFAHFTELAIISVQEIVDFAKQVPGFL
          240       250         260       270       280       290  

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pF1KB4 SLFLNDQVTLLKYGVHEAIFAMLASIVNKDGLLVANGSGFVTR--EFLRS-LRKPFSDII
       .:  .::..::: .. : ..   :   :..   ..  . :.    .: :. :.  :   :
CCDS42 QLGREDQIALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHRAGLQVEF---I
            300       310       320       330       340            

      330       340       350       360       370       380        
pF1KB4 EPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGDRPGLMNVPRVEAIQDTILRALEFHLQAN
       .: :::.  .  : :::.. ::.::  :. .:::....  ::::.:.  ..::  . . .
CCDS42 NPIFEFSRAMRRLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEALLSYTRIK
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      390       400       410       420       430       440 
pF1KB4 HPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRIKKTETETSLHPLLQEIYKDMY
       .:. :  ::..:.:...:: : . :....  ..  . .  : :::.::.    
CCDS42 RPQDQLRFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKK--LPPLLSEIWDVHE
     410       420       430       440         450       460

>>CCDS73750.1 NR2E3 gene_id:10002|Hs108|chr15             (410 aa)
 initn: 476 init1: 192 opt: 468  Z-score: 487.5  bits: 99.3 E(32554): 7.8e-21
Smith-Waterman score: 468; 27.9% identity (58.9% similar) in 409 aa overlap (46-439:24-410)

          20        30        40        50        60        70     
pF1KB4 EKEEVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTDLSRSSSPPSLLDQLQMGCDGASCGSLNMECR
                                     ::. ::     .  .: : ..  : ...::
CCDS73        METRPTALMSSTVAAAAPAAGAASRKESP----GRWGLGEDPTGV-SPSLQCR
                      10        20            30        40         

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pF1KB4 VCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYEKCERS---CKIQKKNRNKCQYCRFQK
       ::::..:: :::..::.::.:::.:..: .: : .:. .   : ..: .::.:: ::..:
CCDS73 VCGDSSSGKHYGIYACNGCSGFFKRSVRRRLIY-RCQVGAGMCPVDKAHRNQCQACRLKK
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pF1KB4 CLALGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQYNPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNM
       ::  ::...:..  :.:..  .  . .. .:  :. .  ::     ..   .        
CCDS73 CLQAGMNQDAVQNERQPRSTAQVHLDSMESNTESRPESLVAPPAPAGRSPRGP------T
       110       120       130       140       150       160       

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pF1KB4 TKKKARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLVWKQLVNGLP-----PYKEISVHVFY
         . ::..  :.    : ..  .  .  . : .    ..... :     ::.  :   . 
CCDS73 PMSAARAL--GH-HFMASLITAETCAKLEPEDADENIDVTSNDPEFPSSPYSSSSPCGLD
               170        180       190       200       210        

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pF1KB4 RCQCTTVETVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGVHEAIF--AMLASI-VNKDGLL
         . :... .   ...::..: :::: . ::: ::. .  : ..  :.  :. ...  ::
CCDS73 SIHETSARLLFMAVKWAKNLPVFSSLPFRDQVILLEEAWSELFLLGAIQWSLPLDSCPLL
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pF1KB4 V---ANGSGFVT-REFLRSLRKPFSDIIEPKFEFAVKFNALELDDSDLALFIAAIILCGD
       .   :...: .  :  : :..   . ...   :   .: :: .: ...: . : ...  .
CCDS73 APPEASAAGGAQGRLTLASME---TRVLQ---ETISRFRALAVDPTEFACMKALVLFKPE
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pF1KB4 RPGLMNVPRVEAIQDTILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQKMADLRQLVTEHAQMMQRI
         :: .  .:::.::     :  : .:.::.    : :::  . .:: ...:. ...  .
CCDS73 TRGLKDPEHVEALQDQSQVMLSQHSKAHHPSQPVRFGKLLLLLPSLRFITAERIELL-FF
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              430       440 
pF1KB4 KKTETETSLHPLLQEIYKDMY
       .::  .: .. :: ...:.  
CCDS73 RKTIGNTPMEKLLCDMFKN  
             400       410  

>>CCDS11361.1 NR1D1 gene_id:9572|Hs108|chr17              (614 aa)
 initn: 709 init1: 241 opt: 449  Z-score: 465.4  bits: 95.7 E(32554): 1.3e-19
Smith-Waterman score: 455; 46.1% identity (78.0% similar) in 141 aa overlap (30-158:78-218)

                10        20        30        40        50         
pF1KB4  MEQPQEEAPEVREEEEKEEVAEAEGAPELNGGPQHALPSSSYTDLSRSSSPPSLL----
                                     .:.:. .  ::: ..   ..:::. :    
CCDS11 CPTYFPPSPTGSLTQDPARSFGSIPPSLSDDGSPSSSSSSSSSSSSFYNGSPPGSLQVAM
        50        60        70        80        90       100       

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pF1KB4 -DQLQMGCDGASCG--SLN---MECRVCGDKASGFHYGVHACEGCKGFFRRTIRMKLEYE
        :. ... . .. .  .::   . :.:::: ::::::::::::::::::::.:.....:.
CCDS11 EDSSRVSPSKSTSNITKLNGMVLLCKVCGDVASGFHYGVHACEGCKGFFRRSIQQNIQYK
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     110         120       130       140       150       160       
pF1KB4 KCERS--CKIQKKNRNKCQYCRFQKCLALGMSHNAIRFGRMPEAEKRKLVAGLTANEGSQ
       .: ..  :.: . :::.:: :::.:::..:::..:.::::.:. ::....:         
CCDS11 RCLKNENCSIVRINRNRCQQCRFKKCLSVGMSRDAVRFGRIPKREKQRMLAEMQSAMNLA
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       170       180       190       200       210       220       
pF1KB4 YNPQVADLKAFSKHIYNAYLKNFNMTKKKARSILTGKASHTAPFVIHDIETLWQAEKGLV
                                                                   
CCDS11 NNQLSSQCPLETSPTQHPTPGPMGPSPPPAPVPSPLVGFSQFPQQLTPPRSPSPEPTVED
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>--
 initn: 307 init1: 150 opt: 327  Z-score: 339.8  bits: 72.5 E(32554): 1.3e-12
Smith-Waterman score: 327; 38.6% identity (66.3% similar) in 166 aa overlap (257-417:447-606)

        230       240       250       260       270       280      
pF1KB4 VWKQLVNGLPPYKEISVHVFYRCQCTTVETVRELTEFAKSIPSFSSLFLNDQVTLLKYGV
                                     :::..:::: ::.: .:  .::::::: :.
CCDS11 ACPMNMYPHGRSGRTVQEIWEDFSMSFTPAVREVVEFAKHIPGFRDLSQHDQVTLLKAGT
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pF1KB4 HEAIFAMLASIVN-KDGLLVANGSGFVTREFLRSLRK----PFSDIIEPKFEFAVKFNAL
        :.... .::. : ::  ..     :..:    ::..     ..:..   :.:. :.:.:
CCDS11 FEVLMVRFASLFNVKDQTVM-----FLSRT-TYSLQELGAMGMGDLLSAMFDFSEKLNSL
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pF1KB4 ELDDSDLALFIAAIILCGDRPGLMNVPRVEAIQDTILRALEFHLQANHPDAQYLFPKLLQ
        : . .:.:: :.... .:: :. :   :: .:.:.::::.  .  :.:     : ::: 
CCDS11 ALTEEELGLFTAVVLVSADRSGMENSASVEQLQETLLRALRALVLKNRPLETSRFTKLLL
              540       550       560       570       580       590

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pF1KB4 KMADLRQLVTEHAQMMQRIKKTETETSLHPLLQEIYKDMY
       :. ::: : . :.. .                        
CCDS11 KLPDLRTLNNMHSEKLLSFRVDAQ                
              600       610                    




441 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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