Result of FASTA (ccds) for pF1KB4062
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4062, 175 aa
  1>>>pF1KB4062 175 - 175 aa - 175 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6612+/-0.000953; mu= 10.6781+/- 0.058
 mean_var=82.3640+/-18.967, 0's: 0 Z-trim(105.6): 158  B-trim: 589 in 2/49
 Lambda= 0.141321
 statistics sampled from 8310 (8506) to 8310 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.65), E-opt: 0.2 (0.261), width:  16
 Scan time:  1.780

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS9695.1 ARF6 gene_id:382|Hs108|chr14            ( 175) 1173 248.7 1.4e-66
CCDS8774.1 ARF3 gene_id:377|Hs108|chr12            ( 181)  860 184.9 2.3e-47
CCDS1565.1 ARF1 gene_id:375|Hs108|chr1             ( 181)  856 184.1   4e-47
CCDS34745.1 ARF5 gene_id:381|Hs108|chr7            ( 180)  809 174.5 3.1e-44
CCDS2884.1 ARF4 gene_id:378|Hs108|chr3             ( 180)  797 172.0 1.7e-43
CCDS44958.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12           ( 181)  668 145.7 1.4e-35
CCDS3987.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5           ( 574)  632 138.7 5.7e-33
CCDS43322.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5          ( 569)  567 125.5 5.5e-29
CCDS3192.1 ARL14 gene_id:80117|Hs108|chr3          ( 192)  558 123.3 8.2e-29
CCDS7131.1 ARL5B gene_id:221079|Hs108|chr10        ( 179)  552 122.1 1.8e-28
CCDS2195.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2          ( 179)  550 121.7 2.4e-28
CCDS3986.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5           ( 546)  540 120.0 2.4e-27
CCDS8088.1 ARL2 gene_id:402|Hs108|chr11            ( 184)  528 117.2 5.5e-27
CCDS2512.1 ARL4C gene_id:10123|Hs108|chr2          ( 192)  527 117.0 6.6e-27
CCDS63169.1 ARL4C gene_id:10123|Hs108|chr2         ( 201)  527 117.0 6.8e-27
CCDS7538.1 ARL3 gene_id:403|Hs108|chr10            ( 182)  514 114.3 3.9e-26
CCDS5359.1 ARL4A gene_id:10124|Hs108|chr7          ( 200)  504 112.3 1.7e-25
CCDS45664.1 ARL5C gene_id:390790|Hs108|chr17       ( 179)  480 107.4 4.8e-24
CCDS73510.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12           ( 135)  478 106.9   5e-24
CCDS9419.1 ARL11 gene_id:115761|Hs108|chr13        ( 196)  471 105.6 1.8e-23
CCDS11463.1 ARL4D gene_id:379|Hs108|chr17          ( 201)  452 101.7 2.7e-22
CCDS2928.1 ARL6 gene_id:84100|Hs108|chr3           ( 186)  448 100.9 4.5e-22
CCDS46425.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2         ( 142)  444 100.0 6.4e-22
CCDS2566.1 ARL8B gene_id:55207|Hs108|chr3          ( 186)  418 94.8 3.1e-20
CCDS1421.1 ARL8A gene_id:127829|Hs108|chr1         ( 186)  402 91.5   3e-19
CCDS74086.1 ARL17A gene_id:51326|Hs108|chr17       (  88)  361 82.9 5.4e-17
CCDS74087.1 ARL17A gene_id:51326|Hs108|chr17       ( 141)  361 83.1 7.9e-17
CCDS58557.1 ARL17B gene_id:100506084|Hs108|chr17   ( 177)  361 83.1 9.5e-17
CCDS45718.1 ARL17A gene_id:51326|Hs108|chr17       ( 177)  361 83.1 9.5e-17
CCDS45717.1 ARL17A gene_id:51326|Hs108|chr17       ( 125)  355 81.8 1.7e-16
CCDS54137.1 ARL17B gene_id:100506084|Hs108|chr17   ( 125)  355 81.8 1.7e-16
CCDS82144.1 ARL17B gene_id:100506084|Hs108|chr17   (  95)  353 81.3 1.8e-16
CCDS82146.1 ARL17A gene_id:51326|Hs108|chr17       (  95)  353 81.3 1.8e-16
CCDS13533.1 ARFRP1 gene_id:10139|Hs108|chr20       ( 201)  357 82.4 1.8e-16
CCDS55770.1 ARL2 gene_id:402|Hs108|chr11           ( 157)  352 81.3 3.1e-16
CCDS54850.1 ARL15 gene_id:54622|Hs108|chr5         ( 204)  337 78.3 3.2e-15
CCDS4177.1 SAR1B gene_id:51128|Hs108|chr5          ( 198)  320 74.8 3.4e-14
CCDS46630.1 ARFRP1 gene_id:10139|Hs108|chr20       ( 173)  317 74.2 4.7e-14
CCDS7298.1 SAR1A gene_id:56681|Hs108|chr10         ( 198)  316 74.0   6e-14
CCDS4400.1 ARL10 gene_id:285598|Hs108|chr5         ( 244)  313 73.4 1.1e-13
CCDS68172.1 ARFRP1 gene_id:10139|Hs108|chr20       ( 154)  292 69.0 1.5e-12
CCDS73004.1 ARL8A gene_id:127829|Hs108|chr1        ( 147)  288 68.2 2.5e-12
CCDS2925.1 ARL13B gene_id:200894|Hs108|chr3        ( 428)  294 69.7 2.5e-12


>>CCDS9695.1 ARF6 gene_id:382|Hs108|chr14                 (175 aa)
 initn: 1173 init1: 1173 opt: 1173  Z-score: 1309.0  bits: 248.7 E(32554): 1.4e-66
Smith-Waterman score: 1173; 100.0% identity (100.0% similar) in 175 aa overlap (1-175:1-175)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTYKNVKFN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTYKNVKFN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 VWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAIILIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 VWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAIILIF
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170     
pF1KB4 ANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 ANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS
              130       140       150       160       170     

>>CCDS8774.1 ARF3 gene_id:377|Hs108|chr12                 (181 aa)
 initn: 897 init1: 836 opt: 860  Z-score: 963.9  bits: 184.9 E(32554): 2.3e-47
Smith-Waterman score: 860; 69.5% identity (90.2% similar) in 174 aa overlap (2-175:6-179)

                   10        20        30        40        50      
pF1KB4     MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTYKN
            :..:....:.:::::::.:::::::::::::::::. ::::::.::::::: :::
CCDS87 MGNIFGNLLKSLIGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB4 VKFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAI
       ..:.:::::::::::::::::. .:::::::::  ::.:..:::.:: :.. . :.:::.
CCDS87 ISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAV
               70        80        90       100       110       120

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB4 ILIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS 
       .:.::::::::.::.  :: .::::  .: ::::.: .:::::::::::: ::... :. 
CCDS87 LLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLANQLKNK
              130       140       150       160       170       180

CCDS87 K
        

>>CCDS1565.1 ARF1 gene_id:375|Hs108|chr1                  (181 aa)
 initn: 876 init1: 851 opt: 856  Z-score: 959.5  bits: 184.1 E(32554): 4e-47
Smith-Waterman score: 856; 67.6% identity (88.3% similar) in 179 aa overlap (1-175:1-179)

                   10        20        30        40        50      
pF1KB4 MGKVLSKIF----GNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTYKN
       ::......:    :.:::::::.:::::::::::::::::. ::::::.::::::: :::
CCDS15 MGNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB4 VKFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAI
       ..:.:::::::::::::::::. .:::::::::  ::.:..:::.:: :.. . :.:::.
CCDS15 ISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAV
               70        80        90       100       110       120

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB4 ILIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS 
       .:.::::::::.::.  :: .::::  .: ::::.: .:::::::::::: ::... .. 
CCDS15 LLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLSNQLRNQ
              130       140       150       160       170       180

CCDS15 K
        

>>CCDS34745.1 ARF5 gene_id:381|Hs108|chr7                 (180 aa)
 initn: 840 init1: 799 opt: 809  Z-score: 907.7  bits: 174.5 E(32554): 3.1e-44
Smith-Waterman score: 809; 67.1% identity (90.4% similar) in 167 aa overlap (4-170:8-174)

                   10        20        30        40        50      
pF1KB4     MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTYKN
              ..:.:::.:.:::::.:::::::::::::::::. ::::::.::::::: :::
CCDS34 MGLTVSALFSRIFGKKQMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB4 VKFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAI
       . :.:::::::::::::::::. .:::::::::  ::.:..:. .::...... :.:::.
CCDS34 ICFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVQESADELQKMLQEDELRDAV
               70        80        90       100       110       120

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB4 ILIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS 
       .:.::::::.:.::   :. .:::: ..:.:.:::: .:::.: :::.:: ::.      
CCDS34 LLVFANKQDMPNAMPVSELTDKLGLQHLRSRTWYVQATCATQGTGLYDGLDWLSHELSKR
              130       140       150       160       170       180

>>CCDS2884.1 ARF4 gene_id:378|Hs108|chr3                  (180 aa)
 initn: 825 init1: 783 opt: 797  Z-score: 894.5  bits: 172.0 E(32554): 1.7e-43
Smith-Waterman score: 797; 65.5% identity (88.9% similar) in 171 aa overlap (1-171:5-175)

                   10        20        30        40        50      
pF1KB4     MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTYKN
           .....:..::.:.:::::.:::::::::::::::::. ::::::.::::::: :::
CCDS28 MGLTISSLFSRLFGKKQMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB4 VKFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAI
       . :.::::::::.:::::.::. .:::::::::  ::.::.:. .::....   :.:::.
CCDS28 ICFTVWDVGGQDRIRPLWKHYFQNTQGLIFVVDSNDRERIQEVADELQKMLLVDELRDAV
               70        80        90       100       110       120

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB4 ILIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS 
       .:.::::::::.::   :. .::::  .:.:.:::: .:::.: :::::: ::..     
CCDS28 LLLFANKQDLPNAMAISEMTDKLGLQSLRNRTWYVQATCATQGTGLYEGLDWLSNELSKR
              130       140       150       160       170       180

>>CCDS44958.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12                (181 aa)
 initn: 668 init1: 668 opt: 668  Z-score: 752.3  bits: 145.7 E(32554): 1.4e-35
Smith-Waterman score: 668; 55.2% identity (84.3% similar) in 172 aa overlap (4-175:8-179)

                   10        20        30        40        50      
pF1KB4     MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTYKN
              ..:..::..:::::.::::.::::::::.:..:. ::::::.:::::::::::
CCDS44 MGGFFSSIFSSLFGTREMRILILGLDGAGKTTILYRLQVGEVVTTIPTIGFNVETVTYKN
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB4 VKFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAI
       .::.:::.::: .::: :: ::..:...:.:::  :::::  ...::  .....:.: ::
CCDS44 LKFQVWDLGGQTSIRPYWRCYYSNTDAVIYVVDSCDRDRIGISKSELVAMLEEEELRKAI
               70        80        90       100       110       120

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB4 ILIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS 
       ...::::::. .::   :. ..:::  ..::.: .  . ::.: :: :.. ::. . :: 
CCDS44 LVVFANKQDMEQAMTSSEMANSLGLPALKDRKWQIFKTSATKGTGLDEAMEWLVETLKSR
              130       140       150       160       170       180

CCDS44 Q
        

>>CCDS3987.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5                (574 aa)
 initn: 639 init1: 521 opt: 632  Z-score: 705.5  bits: 138.7 E(32554): 5.7e-33
Smith-Waterman score: 632; 57.2% identity (83.0% similar) in 159 aa overlap (13-170:404-562)

                                 10        20        30        40  
pF1KB4                   MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTI
                                     :.:.. ::::.:::::::.:::  . .  :
CCDS39 FTEVADHIQLDASIPVTFTKDNRVHIGPKMEIRVVTLGLDGAGKTTILFKLKQDEFMQPI
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pF1KB4 PTVGFNVETVTYKNVKFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQE
       ::.::::::: :::.::..:::::. :.::::.::: .::...:::: . ::::.::..:
CCDS39 PTIGFNVETVEYKNLKFTIWDVGGKHKLRPLWKHYYLNTQAVVFVVDSSHRDRISEAHSE
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pF1KB4 LHRIINDREMRDAIILIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIR-DRNWYVQPSCATSGDG
       : ......:.:::..::::::::.  :.. .:: : :.: ..   :.::.:   : :: :
CCDS39 LAKLLTEKELRDALLLIFANKQDVAGALSVEEITELLSLHKLCCGRSWYIQGCDARSGMG
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             170            
pF1KB4 LYEGLTWLTSNYKS       
       ::::: ::.            
CCDS39 LYEGLDWLSRQLVAAGVLDVA
           560       570    

>>CCDS43322.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5               (569 aa)
 initn: 572 init1: 521 opt: 567  Z-score: 633.9  bits: 125.5 E(32554): 5.5e-29
Smith-Waterman score: 567; 55.8% identity (83.0% similar) in 147 aa overlap (13-158:404-550)

                                 10        20        30        40  
pF1KB4                   MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTI
                                     :.:.. ::::.:::::::.:::  . .  :
CCDS43 FTEVADHIQLDASIPVTFTKDNRVHIGPKMEIRVVTLGLDGAGKTTILFKLKQDEFMQPI
           380       390       400       410       420       430   

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pF1KB4 PTVGFNVETVTYKNVKFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQE
       ::.::::::: :::.::..:::::. :.::::.::: .::...:::: . ::::.::..:
CCDS43 PTIGFNVETVEYKNLKFTIWDVGGKHKLRPLWKHYYLNTQAVVFVVDSSHRDRISEAHSE
           440       450       460       470       480       490   

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pF1KB4 LHRIINDREMRDAIILIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIR-DRNWYVQPSCATSGDG
       : ......:.:::..::::::::.  :.. .:: : :.: ..   :.::.:   : :   
CCDS43 LAKLLTEKELRDALLLIFANKQDVAGALSVEEITELLSLHKLCCGRSWYIQGCDARSVFQ
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             170       
pF1KB4 LYEGLTWLTSNYKS  
                       
CCDS43 IICDQYTGKEVVTEKG
           560         

>>CCDS3192.1 ARL14 gene_id:80117|Hs108|chr3               (192 aa)
 initn: 545 init1: 243 opt: 558  Z-score: 630.7  bits: 123.3 E(32554): 8.2e-29
Smith-Waterman score: 558; 44.1% identity (81.9% similar) in 177 aa overlap (1-175:1-177)

               10        20        30        40        50          
pF1KB4 MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTY-KNVKF
       ::.. ::   .:. ..:.::::.:::.:.::::::....:::::.::::: .   .:...
CCDS31 MGSLGSKNPQTKQAQVLLLGLDSAGKSTLLYKLKLAKDITTIPTIGFNVEMIELERNLSL
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pF1KB4 NVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAIILI
       .:::::::.:.: .:  :  .:.::..::: .:..:..:.......:......... ...
CCDS31 TVWDVGGQEKMRTVWGCYCENTDGLVYVVDSTDKQRLEESQRQFEHILKNEHIKNVPVVL
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pF1KB4 FANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRI-RDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS   
       .:::::.: :.  ..: . . . ..  :::::::: :: .:.:: .:.  ::.  ::   
CCDS31 LANKQDMPGALTAEDITRMFKVKKLCSDRNWYVQPCCALTGEGLAQGFRKLTGFVKSHMK
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CCDS31 SRGDTLAFFKQN
              190  

>>CCDS7131.1 ARL5B gene_id:221079|Hs108|chr10             (179 aa)
 initn: 545 init1: 545 opt: 552  Z-score: 624.6  bits: 122.1 E(32554): 1.8e-28
Smith-Waterman score: 552; 44.3% identity (75.3% similar) in 174 aa overlap (1-171:1-174)

                  10        20        30        40        50       
pF1KB4 MGKVLSKI---FGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTYKNV
       :: ...:.   : :.: .....::: ::::::::.. ... : : ::.: ::: .. ::.
CCDS71 MGLIFAKLWSLFCNQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFLMNEVVHTSPTIGSNVEEIVVKNT
               10        20        30        40        50        60

        60        70        80        90       100       110       
pF1KB4 KFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAII
       .: .::.:::...:  :  ::..:. .:.:::  ::.:.  ...::.:..  ...: : .
CCDS71 HFLMWDIGGQESLRSSWNTYYSNTEFIILVVDSIDRERLAITKEELYRMLAHEDLRKAAV
               70        80        90       100       110       120

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CCDS71 LIFANKQDMKGCMTAAEISKYLTLSSIKDHPWHIQSCCALTGEGLCQGLEWMTSRIGVR
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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