Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1497
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1497, 716 aa
1>>>pF1KA1497 716 - 716 aa - 716 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.2545+/-0.00164; mu= -6.4161+/- 0.097
mean_var=232.1170+/-46.781, 0's: 0 Z-trim(101.0): 205 B-trim: 38 in 2/50
Lambda= 0.084182
statistics sampled from 6136 (6342) to 6136 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.526), E-opt: 0.2 (0.195), width: 16
Scan time: 3.570
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS33685.1 LRRN1 gene_id:57633|Hs108|chr3 ( 716) 4662 580.9 2.2e-165
CCDS5754.1 LRRN3 gene_id:54674|Hs108|chr7 ( 708) 2606 331.2 3.2e-90
CCDS1448.1 LRRN2 gene_id:10446|Hs108|chr1 ( 713) 2174 278.8 2e-74
CCDS73766.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15 ( 614) 432 67.2 8.5e-11
CCDS45313.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15 ( 620) 432 67.2 8.6e-11
>>CCDS33685.1 LRRN1 gene_id:57633|Hs108|chr3 (716 aa)
initn: 4662 init1: 4662 opt: 4662 Z-score: 3082.7 bits: 580.9 E(32554): 2.2e-165
Smith-Waterman score: 4662; 100.0% identity (100.0% similar) in 716 aa overlap (1-716:1-716)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MARMSFVIAACQLVLGLLMTSLTESSIQNSECPQLCVCEIRPWFTPQSTYREATTVDCND
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CCDS33 MARMSFVIAACQLVLGLLMTSLTESSIQNSECPQLCVCEIRPWFTPQSTYREATTVDCND
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 LRLTRIPSNLSSDTQVLLLQSNNIAKTVDELQQLFNLTELDFSQNNFTNIKEVGLANLTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LRLTRIPSNLSSDTQVLLLQSNNIAKTVDELQQLFNLTELDFSQNNFTNIKEVGLANLTQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 LTTLHLEENQITEMTDYCLQDLSNLQELYINHNQISTISAHAFAGLKNLLRLHLNSNKLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LTTLHLEENQITEMTDYCLQDLSNLQELYINHNQISTISAHAFAGLKNLLRLHLNSNKLK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 VIDSRWFDSTPNLEILMIGENPVIGILDMNFKPLANLRSLVLAGMYLTDIPGNALVGLDS
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CCDS33 VIDSRWFDSTPNLEILMIGENPVIGILDMNFKPLANLRSLVLAGMYLTDIPGNALVGLDS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 LESLSFYDNKLVKVPQLALQKVPNLKFLDLNKNPIHKIQEGDFKNMLRLKELGINNMGEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LESLSFYDNKLVKVPQLALQKVPNLKFLDLNKNPIHKIQEGDFKNMLRLKELGINNMGEL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 VSVDRYALDNLPELTKLEATNNPKLSYIHRLAFRSVPALESLMLNNNALNAIYQKTVESL
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CCDS33 VSVDRYALDNLPELTKLEATNNPKLSYIHRLAFRSVPALESLMLNNNALNAIYQKTVESL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 PNLREISIHSNPLRCDCVIHWINSNKTNIRFMEPLSMFCAMPPEYKGHQVKEVLIQDSSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PNLREISIHSNPLRCDCVIHWINSNKTNIRFMEPLSMFCAMPPEYKGHQVKEVLIQDSSE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 QCLPMISHDSFPNRLNVDIGTTVFLDCRAMAEPEPEIYWVTPIGNKITVETLSDKYKLSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QCLPMISHDSFPNRLNVDIGTTVFLDCRAMAEPEPEIYWVTPIGNKITVETLSDKYKLSS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 EGTLEISNIQIEDSGRYTCVAQNVQGADTRVATIKVNGTLLDGTQVLKIYVKQTESHSIL
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CCDS33 EGTLEISNIQIEDSGRYTCVAQNVQGADTRVATIKVNGTLLDGTQVLKIYVKQTESHSIL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 VSWKVNSNVMTSNLKWSSATMKIDNPHITYTARVPVDVHEYNLTHLQPSTDYEVCLTVSN
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CCDS33 VSWKVNSNVMTSNLKWSSATMKIDNPHITYTARVPVDVHEYNLTHLQPSTDYEVCLTVSN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 IHQQTQKSCVNVTTKNAAFAVDISDQETSTALAAVMGSMFAVISLASIAVYFAKRFKRKN
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CCDS33 IHQQTQKSCVNVTTKNAAFAVDISDQETSTALAAVMGSMFAVISLASIAVYFAKRFKRKN
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710
pF1KA1 YHHSLKKYMQKTSSIPLNELYPPLINLWEGDSEKDKDGSADTKPTQVDTSRSYYMW
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CCDS33 YHHSLKKYMQKTSSIPLNELYPPLINLWEGDSEKDKDGSADTKPTQVDTSRSYYMW
670 680 690 700 710
>>CCDS5754.1 LRRN3 gene_id:54674|Hs108|chr7 (708 aa)
initn: 2655 init1: 2385 opt: 2606 Z-score: 1733.3 bits: 331.2 E(32554): 3.2e-90
Smith-Waterman score: 2606; 55.4% identity (83.0% similar) in 684 aa overlap (12-694:9-690)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MARMSFVIAACQLVLGLLMTSLTESSIQNSECPQLCVCEIRPWFTPQSTYREATTVDCND
...::: .:.:... .. .::.::.:::::::::.: : ::.::::::
CCDS57 MKDMPLRIHVLLGLAITTLVQAVDKKVDCPRLCTCEIRPWFTPRSIYMEASTVDCND
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 LRLTRIPSNLSSDTQVLLLQSNNIAKTVDELQQLFNLTELDFSQNNFTNIKEVGLANLTQ
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CCDS57 LGLLTFPARLPANTQILLLQTNNIAKIEYSTDFPVNLTGLDLSQNNLSSVTNINVKKMPQ
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 LTTLHLEENQITEMTDYCLQDLSNLQELYINHNQISTISAHAFAGLKNLLRLHLNSNKLK
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CCDS57 LLSVYLEENKLTELPEKCLSELSNLQELYINHNLLSTISPGAFIGLHNLLRLHLNSNRLQ
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 VIDSRWFDSTPNLEILMIGENPVIGILDMNFKPLANLRSLVLAGMYLTDIPGNALVGLDS
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CCDS57 MINSKWFDALPNLEILMIGENPIIRIKDMNFKPLINLRSLVIAGINLTEIPDNALVGLEN
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 LESLSFYDNKLVKVPQLALQKVPNLKFLDLNKNPIHKIQEGDFKNMLRLKELGINNMGEL
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CCDS57 LESISFYDNRLIKVPHVALQKVVNLKFLDLNKNPINRIRRGDFSNMLHLKELGINNMPEL
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 VSVDRYALDNLPELTKLEATNNPKLSYIHRLAFRSVPALESLMLNNNALNAIYQKTVESL
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CCDS57 ISIDSLAVDNLPDLRKIEATNNPRLSYIHPNAFFRLPKLESLMLNSNALSALYHGTIESL
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 PNLREISIHSNPLRCDCVIHWINSNKTNIRFMEPLSMFCAMPPEYKGHQVKEVLIQDSSE
:::.::::::::.::::::.:.: :::::::::: :.::. :::..:..:..: ..: :
CCDS57 PNLKEISIHSNPIRCDCVIRWMNMNKTNIRFMEPDSLFCVDPPEFQGQNVRQVHFRDMME
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 QCLPMISHDSFPNRLNVDIGTTVFLDCRAMAEPEPEIYWVTPIGNKITVETLSDKYKLSS
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CCDS57 ICLPLIAPESFPSNLNVEAGSYVSFHCRATAEPQPEIYWITPSGQKLLPNTLTDKFYVHS
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530
pF1KA1 EGTLEISNIQIEDSGRYTCVAQNVQGADTRVATIKVNGTL-LDGTQVLKIYVKQTESHSI
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CCDS57 EGTLDINGVTPKEGGLYTCIATNLVGADLKSVMIKVDGSFPQDNNGSLNIKIRDIQANSV
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 LVSWKVNSNVMTSNLKWSSATMKIDNPHITYTARVPVDVHEYNLTHLQPSTDYEVCLTVS
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CCDS57 LVSWKASSKILKSSVKWT-AFVKTENSHAAQSARIPSDVKVYNLTHLNPSTEYKICIDIP
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 NIHQQTQKSCVNVTTKNAAFAVDISDQETSTALAAVMGSMFAVISLASIAVYFAKRFKRK
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CCDS57 TIYQKNRKKCVNVTTKGLHPDQKEYEKNNTTTLMACLGGLLGIIGVICLISCLSPEMNCD
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KA1 NYHHSLKKYMQKTSSIPLNELYPPLINLWEGDSEKDKDGSADTKPTQVDTSRSYYMW
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CCDS57 GGHSYVRNYLQKPT-FALGELYPPLINLWEAGKEKSTSLKVKATVIGLPTNMS
660 670 680 690 700
>>CCDS1448.1 LRRN2 gene_id:10446|Hs108|chr1 (713 aa)
initn: 1923 init1: 1724 opt: 2174 Z-score: 1449.7 bits: 278.8 E(32554): 2e-74
Smith-Waterman score: 2174; 55.7% identity (79.1% similar) in 592 aa overlap (32-617:29-618)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 ARMSFVIAACQLVLGLLMTSLTESSIQNSECPQLCVCEIRPWFTPQSTYREATTVDCNDL
:: :.:.::::.::.:.::::::::::::
CCDS14 MRLLVAPLLLAWVAGATAAVPVVPWHVPCPPQCACQIRPWYTPRSSYREATTVDCNDL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KA1 RLTRIPSNLSSDTQVLLLQSNNIAKTVD--ELQQLFNLTELDFSQNNFTNIKEVGLANLT
:: .: : . ::.::::::.:.. :: :: : ::::::.:::.:.. .. . :
CCDS14 FLTAVPPALPAGTQTLLLQSNSIVR-VDQSELGYLANLTELDLSQNSFSDARDCDFHALP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 QLTTLHLEENQITEMTDYCLQDLSNLQELYINHNQISTISAHAFAGLKNLLRLHLNSNKL
:: .:::::::.:.. :. . :..:::::.::::. :. .::.::.:::::::::: :
CCDS14 QLLSLHLEENQLTRLEDHSFAGLASLQELYLNHNQLYRIAPRAFSGLSNLLRLHLNSNLL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 KVIDSRWFDSTPNLEILMIGENPVIGILDMNFKPLANLRSLVLAGMYLTDIPGNALVGLD
..::::::. ::::::::: : : .::::::.::::::::::::: : .: :: ::.
CCDS14 RAIDSRWFEMLPNLEILMIGGNKVDAILDMNFRPLANLRSLVLAGMNLREISDYALEGLQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 SLESLSFYDNKLVKVPQLALQKVPNLKFLDLNKNPIHKIQEGDFKNMLRLKELGINNMGE
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CCDS14 SLESLSFYDNQLARVPRRALEQVPGLKFLDLNKNPLQRVGPGDFANMLHLKELGLNNMEE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 LVSVDRYALDNLPELTKLEATNNPKLSYIHRLAFRSVPALESLMLNNNALNAIYQKTVES
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CCDS14 LVSIDKFALVNLPELTKLDITNNPRLSFIHPRAFHHLPQMETLMLNNNALSALHQQTVES
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 LPNLREISIHSNPLRCDCVIHWINSNKTNIRFMEPLSMFCAMPPEYKGHQVKEVLIQDSS
::::.:...:.::.::::::.: :.. : .::.:: : .:: ::. . :.:: ... .
CCDS14 LPNLQEVGLHGNPIRCDCVIRWANATGTRVRFIEPQSTLCAEPPDLQRLPVREVPFREMT
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 EQCLPMISHDSFPNRLNVDIGTTVFLDCRAMAEPEPEIYWVTPIGNKITVETLSDKYKLS
..:::.:: ::: :.: : .. : :::.:::::::::::: : ..: . .:..
CCDS14 DHCLPLISPRSFPPSLQVASGESMVLHCRALAEPEPEIYWVTPAGLRLTPAHAGRRYRVY
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 SEGTLEISNIQIEDSGRYTCVAQNVQGADTRVATIKVNGTLL----DGTQVLKIYVKQTE
:::::. . :..: :::::::. ::::..... :. .:: : : :.. :..:.
CCDS14 PEGTLELRRVTAEEAGLYTCVAQNLVGADTKTVSVVVGRALLQPGRDEGQGLELRVQETH
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 SHSILVSWKVNSNVMTSNLKWSSATMKIDNPHITYTARVPVDVHEYNLTHLQPSTDYEVC
. ::.:: . :....:: ::::. .. . : ::.: .: ::.:.: .:.: .:
CCDS14 PYHILLSWVTPPNTVSTNLTWSSAS-SLRGQGATALARLPRGTHSYNITRLLQATEYWAC
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 LTVSNIHQQTQKSCVNVTTKNAAFAVDISDQETSTALAAVMGSMFAVISLASIAVYFAKR
: :. .:: .:: . ::.:
CCDS14 LQVAFADAHTQLACVWARTKEATSCHRALGDRPGLIAILALAVLLLAAGLAAHLGTGQPR
600 610 620 630 640 650
>>CCDS73766.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15 (614 aa)
initn: 500 init1: 302 opt: 432 Z-score: 307.3 bits: 67.2 E(32554): 8.5e-11
Smith-Waterman score: 645; 29.1% identity (57.0% similar) in 537 aa overlap (10-516:15-508)
10 20 30 40 50
pF1KA1 MARMSFVIAAC-QLVLGLLMTSLTESSIQNSECPQLCVCEIRPWFTPQSTYREAT
:: : .: :.. :. .: . :: : : .
CCDS73 MLAGGVRSMPSPLLACWQPILLLVLGSVLSGS--ATGCPPRCECSAQD-----------R
10 20 30 40
60 70 80 90 100
pF1KA1 TVDCNDLRLTRIPSNLSSDTQVLLLQSNNIAKTV--DELQQLFNLTELDFSQN-------
.: :. :.. .: .. ..:..: : .: : ::. ::. .. .: ::....:
CCDS73 AVLCHRKRFVAVPEGIPTETRLLDLGKNRI-KTLNQDEFASFPHLEELELNENIVSAVEP
50 60 70 80 90 100
110 120 130 140
pF1KA1 ----NFTNIKEVGL-------------ANLTQLTTLHLEENQITEMTDYCLQDLSNLQEL
:. :.. .:: ..:..:: : . ::.:. . :: .::: ::. :
CCDS73 GAFNNLFNLRTLGLRSNRLKLIPLGVFTGLSNLTKLDISENKIVILLDYMFQDLYNLKSL
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 YINHNQISTISAHAFAGLKNLLRLHLNSNKLKVIDSRWFDSTPNLEILMIGENPVIGILD
.. :.. :: .::.::..: .: :.. .: : .. .. .: .: . . . .: :
CCDS73 EVGDNDLVYISHRAFSGLNSLEQLTLEKCNLTSIPTEALSHLHGLIVLRLRHLNINAIRD
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 MNFKPLANLRSLVLAGM-YLTDIPGNALVGLDSLESLSFYDNKLVKVPQLALQKVPNLKF
..:: : :. : .. :: . : : ::. : :::. .:. :: ::.... :.:
CCDS73 YSFKRLYRLKVLEISHWPYLDTMTPNCLYGLN-LTSLSITHCNLTAVPYLAVRHLVYLRF
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 LDLNKNPIHKIQEGDFKNMLRLKELGINNMGELVSVDRYALDNLPELTKLEATNNPKLSY
:.:. ::: :. . ....:::.:. . . :.:. :. ::. .: : :....: .:.
CCDS73 LNLSYNPISTIEGSMLHELLRLQEIQLVG-GQLAVVEPYAFRGLNYLRVLNVSGN-QLTT
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 IHRLAFRSVPALESLMLNNNALNAIYQKTVESLPNLREISIHSNPLRCDCVIHWINSNKT
... .:.:: ::.:.:. :::: ::: . :. .
CCDS73 LEESVFHSVGNLETLILD------------------------SNPLACDCRLLWVFRRRW
350 360 370
390 400 410 420 430 440
pF1KA1 NIRFMEPLSMFCAMPPEYKGHQVKEV--LIQDSSEQCLPMISHDSFPNRLNVDIGTTVFL
. : . :: : .:.. :. .. . : .: ... :: : :: .
CCDS73 RLNFNRQQPT-CATPEFVQGKEFKDFPDVLLPNYFTCRRARIRDRKAQQVFVDEGHTVQF
380 390 400 410 420 430
450 460 470 480 490 500
pF1KA1 DCRAMAEPEPEIYWVTPIGNKITVETLSDKYKLSSEGTLEISNIQIEDSGRYTCVAQNVQ
::: ..: : : :..: . ..... . . . .::::. :..:.: : :.: :.
CCDS73 VCRADGDPPPAILWLSPRKHLVSAKS-NGRLTVFPDGTLEVRYAQVQDNGTYLCIAANAG
440 450 460 470 480 490
510 520 530 540 550 560
pF1KA1 GADTRVATIKVNGTLLDGTQVLKIYVKQTESHSILVSWKVNSNVMTSNLKWSSATMKIDN
: :. : ..:
CCDS73 GNDSMPAHLHVRSYSPDWPHQPNKTFAFISNQPGEGEANSTRATVPFPFDIKTLIIATTM
500 510 520 530 540 550
>>CCDS45313.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15 (620 aa)
initn: 500 init1: 302 opt: 432 Z-score: 307.2 bits: 67.2 E(32554): 8.6e-11
Smith-Waterman score: 645; 29.1% identity (57.0% similar) in 537 aa overlap (10-516:21-514)
10 20 30 40
pF1KA1 MARMSFVIAAC-QLVLGLLMTSLTESSIQNSECPQLCVCEIRPWFTPQS
:: : .: :.. :. .: . :: : : .
CCDS45 MQVSKRMLAGGVRSMPSPLLACWQPILLLVLGSVLSGS--ATGCPPRCECSAQD------
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KA1 TYREATTVDCNDLRLTRIPSNLSSDTQVLLLQSNNIAKTV--DELQQLFNLTELDFSQN-
.: :. :.. .: .. ..:..: : .: : ::. ::. .. .: ::....:
CCDS45 -----RAVLCHRKRFVAVPEGIPTETRLLDLGKNRI-KTLNQDEFASFPHLEELELNENI
60 70 80 90 100
110 120 130 140
pF1KA1 ----------NFTNIKEVGL-------------ANLTQLTTLHLEENQITEMTDYCLQDL
:. :.. .:: ..:..:: : . ::.:. . :: .:::
CCDS45 VSAVEPGAFNNLFNLRTLGLRSNRLKLIPLGVFTGLSNLTKLDISENKIVILLDYMFQDL
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
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