Result of FASTA (ccds) for pF1KB9471
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9471, 1099 aa
  1>>>pF1KB9471 1099 - 1099 aa - 1099 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.8350+/-0.00102; mu= -6.6901+/- 0.061
 mean_var=360.4924+/-73.752, 0's: 0 Z-trim(115.6): 55  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.067550
 statistics sampled from 16167 (16209) to 16167 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.785), E-opt: 0.2 (0.498), width:  16
 Scan time:  4.990

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS9819.1 ELMSAN1 gene_id:91748|Hs108|chr14       (1045) 7112 707.7 3.4e-203
CCDS4867.1 TRERF1 gene_id:55809|Hs108|chr6         (1200) 1199 131.5 1.1e-29
CCDS75455.1 TRERF1 gene_id:55809|Hs108|chr6        (1220) 1112 123.0 4.1e-27
CCDS46133.2 ZNF541 gene_id:84215|Hs108|chr19       (1346)  868 99.3 6.3e-20


>>CCDS9819.1 ELMSAN1 gene_id:91748|Hs108|chr14            (1045 aa)
 initn: 7112 init1: 7112 opt: 7112  Z-score: 3761.4  bits: 707.7 E(32554): 3.4e-203
Smith-Waterman score: 7112; 99.9% identity (100.0% similar) in 1045 aa overlap (1-1045:1-1045)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MNLQAQPKAQNKRKRCLFGGQEPAPKEQPPPLQPPQQSIRVKEEQYLGHEGPGGAVSTSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 MNLQAQPKAQNKRKRCLFGGQEPAPKEQPPPLQPPQQSIRVKEEQYLGHEGPGGAVSTSQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 PVELPPPSSLALLNSVVYGPERTSAAMLSQQVASVKWPNSVMAPGRGPERGGGGGVSDSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 PVELPPPSSLALLNSVVYGPERTSAAMLSQQVASVKWPNSVMAPGRGPERGGGGGVSDSS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 WQQQPGQPPPHSTWNCHSLSLYSATKGSPHPGVGVPTYYNHPEALKREKAGGPQLDRYVR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 WQQQPGQPPPHSTWNCHSLSLYSATKGSPHPGVGVPTYYNHPEALKREKAGGPQLDRYVR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 PMMPQKVQLEVGRPQAPLNSFHAAKKPPNQSLPLQPFQLAFGHQVNRQVFRQGPPPPNPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 PMMPQKVQLEVGRPQAPLNSFHAAKKPPNQSLPLQPFQLAFGHQVNRQVFRQGPPPPNPV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 AAFPPQKQQQQQQPQQQQQQQQAALPQMPLFENFYSMPQQPSQQPQDFGLQPAGPLGQSH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 AAFPPQKQQQQQQPQQQQQQQQAALPQMPLFENFYSMPQQPSQQPQDFGLQPAGPLGQSH
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 LAHHSMAPYPFPPNPDMNPELRKALLQDSAPQPALPQVQIPFPRRSRRLSKEGILPPSAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 LAHHSMAPYPFPPNPDMNPELRKALLQDSAPQPALPQVQIPFPRRSRRLSKEGILPPSAL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 DGAGTQPGQEATGNLFLHHWPLQQPPPGSLGQPHPEALGFPLELRESQLLPDGERLAPNG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 DGAGTQPGQEATGNLFLHHWPLQQPPPGSLGQPHPEALGFPLELRESQLLPDGERLAPNG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 REREAPAMGSEEGMRAVSTGDCGQVLRGGVIQSTRRRRRASQEANLLTLAQKAVELASLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 REREAPAMGSEEGMRAVSTGDCGQVLRGGVIQSTRRRRRASQEANLLTLAQKAVELASLQ
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB9 NAKDGSGSEEKRKSVLASTTKCGVEFSEPSLATKRAREDSGMVPLIIPVSVPVRTVDPTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 NAKDGSGSEEKRKSVLASTTKCGVEFSEPSLATKRAREDSGMVPLIIPVSVPVRTVDPTE
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB9 AAQAGGLDEDGKGPEQNPAEHKPSVIVTRRRSTRIPGTDAQAQAEDMNVKLEGEPSVRKP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 AAQAGGLDEDGKGPEQNPAEHKPSVIVTRRRSTRIPGTDAQAQAEDMNVKLEGEPSVRKP
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB9 KQRPRPEPLIIPTKAGTFIAPPVYSNITPYQSHLRSPVRLADHPSERSFELPPYTPPPIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 KQRPRPEPLIIPTKAGTFIAPPVYSNITPYQSHLRSPVRLADHPSERSFELPPYTPPPIL
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB9 SPVREGSGLYFNAIISTSTIPAPPPITPKSAHRTLLRTNSAEVTPPVLSVMGEATPVSIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 SPVREGSGLYFNAIISTSTIPAPPPITPKSAHRTLLRTNSAEVTPPVLSVMGEATPVSIE
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB9 PRINVGSRFQAEIPLMRDRALAAADPHKADLVWQPWEDLESSREKQRQVEDLLTAACSSI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 PRINVGSRFQAEIPLMRDRALAAADPHKADLVWQPWEDLESSREKQRQVEDLLTAACSSI
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB9 FPGVGTNQELALHCLHESRGDILETLNKLLLKKPLRPHNHPLATYHYTGSDQWKMAERKL
       :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 FPGAGTNQELALHCLHESRGDILETLNKLLLKKPLRPHNHPLATYHYTGSDQWKMAERKL
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB9 FNKGIAIYKKDFFLVQKLIQTKTVAQCVEFYYTYKKQVKIGRNGTLTFGDVDTSDEKSAQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 FNKGIAIYKKDFFLVQKLIQTKTVAQCVEFYYTYKKQVKIGRNGTLTFGDVDTSDEKSAQ
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB9 EEVEVDIKTSQKFPRVPLPRRESPSEERLEPKREVKEPRKEGEEEVPEIQEKEEQEEGRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 EEVEVDIKTSQKFPRVPLPRRESPSEERLEPKREVKEPRKEGEEEVPEIQEKEEQEEGRE
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB9 RSRRAAAVKATQTLQANESASDILILRSHESNAPGSAGGQASEKPREGTGKSRRALPFSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 RSRRAAAVKATQTLQANESASDILILRSHESNAPGSAGGQASEKPREGTGKSRRALPFSE
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB9 KKKKTETFSKTQNQENTFPCKKCGRVFYKVKSRSAHMKSHAEQEKKAAALRLKEKEAAAA
       :::::::::::::::::::::::::                                   
CCDS98 KKKKTETFSKTQNQENTFPCKKCGR                                   
             1030      1040                                        

>>CCDS4867.1 TRERF1 gene_id:55809|Hs108|chr6              (1200 aa)
 initn: 893 init1: 501 opt: 1199  Z-score: 646.3  bits: 131.5 E(32554): 1.1e-29
Smith-Waterman score: 1401; 33.4% identity (57.5% similar) in 1013 aa overlap (115-1084:175-1129)

           90       100       110       120           130       140
pF1KB9 AAMLSQQVASVKWPNSVMAPGRGPERGGGGGVSDSSWQQ----QPGQPPPHSTWNCHSLS
                                     :. ::. .:    .: .::  .       :
CCDS48 SFTQVFANQNLRIQVNNMAQVLHTQSAVMDGAPDSALRQLLSQKPMEPPAPAIP-----S
          150       160       170       180       190              

              150       160         170       180       190        
pF1KB9 LYSATKGSPHPGVGVPTYYNHPEALK--REKAGGPQLDRYVRPMMPQKVQLEVGRP-QAP
        :. .  .::::       ..: ::.  .. . :     : .:.   .: .. :.: :::
CCDS48 RYQQVPQQPHPGF--TGGLSKP-ALQVGQHPTQGHLYYDYQQPLA--QVPVQGGQPLQAP
     200       210          220       230       240         250    

        200       210       220       230       240       250      
pF1KB9 -LNSFHAAKKPPNQSLPLQPFQLAFGHQVNRQVFRQGPPPPNPVAAFPPQKQQQQQQPQQ
        . : :  .   .:  : :  : :  .... : ..  :    :    :: .::: :: : 
CCDS48 QMLSQHMQQMQQHQYYPPQQQQQAGQQRISMQEIQTQPQQIRPSQPQPPPQQQQPQQLQL
          260       270       280       290       300       310    

        260           270       280        290        300          
pF1KB9 QQQQQQAALPQM----PLFENFYSMPQQPSQ-QPQDFGLQPAGPLG-QSHLAH----HSM
       ::.: .  .::.    :.....  . ::  . :: ..  .:      :.: ..     ::
CCDS48 QQRQGSMQIPQYYQPQPMMQHLQEQQQQQMHLQPPSYHRDPHQYTPEQAHTVQLIPLGSM
          320       330       340       350       360       370    

        310         320       330       340         350        360 
pF1KB9 APYPF--PPNPDMNPELRKALLQDSAPQPALPQVQIPFPRRSRR--LSKEGIL-PPSALD
       . : .  : .:  .:  ... :..   :    :..     :. .  ::..: : ::..  
CCDS48 SQYYYQEPQQPYSHPLYQQSHLSQHQ-QREDSQLKTYSSDRQAQAMLSSHGDLGPPDT--
          380       390       400        410       420       430   

             370        380       390       400        410         
pF1KB9 GAGTQPGQEATG-NLFLHHWPLQQPPPGSLGQPHPEALGF-PLELRESQLLPDGERLAPN
       : :   ... :  .  : : :: .:    :..  :.   . :  .  .. :::: :  :.
CCDS48 GMGDPASSDLTRVSSTLPHRPLLSPSGIHLNNMGPQHQQLSPSAMWPQMHLPDG-RAQPG
             440       450       460       470       480        490

     420       430        440       450       460       470        
pF1KB9 GREREAPAMGSE-EGMRAVSTGDCGQVLRGGVIQSTRRRRRASQEANLLTLAQKAVELAS
       . :  .   :.  : . : .   :.  :.              .  :: .:  .    ..
CCDS48 SPESSGQPKGAFGEQFDAKNKLTCSICLK--------------EFKNLPALNGHMRSHGG
              500       510                     520       530      

      480       490       500       510        520       530       
pF1KB9 LQNAKDGSGSEEKRKSVLASTTKCGVEFSEPSLATKR-AREDSGMVPLIIPVSVPVRTVD
       .. :. .  .:: .: ::    .  .    :     .   :  ...:...::::::. . 
CCDS48 MR-ASPNLKQEEGEK-VLPPQPQPPLPPPPPPPPPPQLPPEAESLTPMVMPVSVPVKLLP
         540       550        560       570       580       590    

       540       550       560       570       580       590       
pF1KB9 PTEAAQAGGLDEDGKGPEQNPAEHKPSVIVTRRRSTRIPGTDAQAQAEDMNVKLEGEP--
       :  ..: :  .    .:    :. ::.  ..   . ..:  .   . .    : : ::  
CCDS48 PKPSSQ-GFTNSTVAAPS---ARDKPASSMS---DDEMPVLEIPRKHQPSVPKAE-EPLK
          600        610          620          630       640       

         600        610       620        630       640        650  
pF1KB9 SVRKPKQ-RPRPEPLIIPTKAGTFIAPPV-YSNITPYQSHLRSPVRLADHPS-ERSFELP
       .:.. :. : :::::.::   .    : . ::. : :::.::::  :.::   . . :::
CCDS48 TVQEKKKFRHRPEPLFIPPPPSYNPNPAASYSGATLYQSQLRSPRVLGDHLLLDPTHELP
        650       660       670       680       690       700      

            660       670       680         690         700        
pF1KB9 PYTPPPILSPVREGSGLYFNAIISTSTIPAPP--PITPKS-AHRTLL-RTNSAEVTP-PV
       ::::::.:::::.::::. :..::     : :  :.:: . . :.:: :.:: . .   :
CCDS48 PYTPPPMLSPVRQGSGLFSNVLISGHGPGAHPQLPLTPLTPTPRVLLCRSNSIDGSNVTV
        710       720       730       740       750       760      

       710       720       730       740       750       760       
pF1KB9 LSVMGEATPVSIEPRINVGSRFQAEIPLMRDRALAAADPHKADLVWQPWEDLESSREKQR
           :: : :..:::::.: ::::::: ..: .  : : ::: :::.:: .::.   .::
CCDS48 TPGPGEQT-VDVEPRINIGLRFQAEIPELQDISALAQDTHKATLVWKPWPELENHDLQQR
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       770       780       790       800       810       820       
pF1KB9 QVEDLLTAACSSIFPGVGTNQELALHCLHESRGDILETLNKLLLKKPLRPHNHPLATYHY
        ::.::.  ::: .:: :::.:.::: : :..::.. .:. :::.::.: . ::::.:::
CCDS48 -VENLLNLCCSSALPGGGTNSEFALHSLFEAKGDVMVALEMLLLRKPVRLKCHPLANYHY
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       830       840       850       860       870       880       
pF1KB9 TGSDQWKMAERKLFNKGIAIYKKDFFLVQKLIQTKTVAQCVEFYYTYKKQVKIGRNGTLT
       .:::.:   :::::::..: :.:::..:::....::::::::.:::.:: ...::.    
CCDS48 AGSDKWTSLERKLFNKALATYSKDFIFVQKMVKSKTVAQCVEYYYTWKKIMRLGRKHRTR
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       890       900       910       920       930        940      
pF1KB9 FGDVDTSDEKSAQEEVEVDIKTSQKFPRVPLPRRESPSEERLE-PKREVKEPRKE-GEEE
       ....  .:  ...:: :.. .  .     :   :.: .::. : ::     :    .  :
CCDS48 LAEI-IDDCVTSEEEEELEEEEEED----PEEDRKSTKEEESEVPKSPEPPPVPVLAPTE
           950       960           970       980       990         

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pF1KB9 VPEIQEKEEQEEGR---ERSRRAAAVKATQTLQANESASDILILRSHESNAPGSAGGQAS
        : .:    :  :    :    .:. .. :.:...        ...  ...  . :.  :
CCDS48 GPPLQALG-QPSGSFICEMPNCGAVFSSRQALNGHAR------IHGGTNQVTKARGAIPS
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pF1KB9 EKPREGTGKSRRALPFSEKKKKTETFSKTQNQENT-FPCKKCGRVFYKVKSRSAHMKSHA
        : . :  .:      : :.. ... .. ... .: ::::.::.::.:.:::.::::.: 
CCDS48 GKQKPGGTQSGYC---SVKSSPSHSTTSGETDPTTIFPCKECGKVFFKIKSRNAHMKTHR
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pF1KB9 EQEKKAAALRLKEKEAAAAAAAAHQQALREESGAGDKG                      
       .::..    : : ..:: ::  :                                     
CCDS48 QQEEQQ---RQKAQKAAFAAEMAATIERTTGPVGAPGLLPLDQLSLIKPIKDVDILDDDV
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>>CCDS75455.1 TRERF1 gene_id:55809|Hs108|chr6             (1220 aa)
 initn: 893 init1: 501 opt: 1112  Z-score: 600.3  bits: 123.0 E(32554): 4.1e-27
Smith-Waterman score: 1390; 33.2% identity (56.9% similar) in 1029 aa overlap (115-1084:175-1149)

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pF1KB9 AAMLSQQVASVKWPNSVMAPGRGPERGGGGGVSDSSWQQ----QPGQPPPHSTWNCHSLS
                                     :. ::. .:    .: .::  .       :
CCDS75 SFTQVFANQNLRIQVNNMAQVLHTQSAVMDGAPDSALRQLLSQKPMEPPAPAIP-----S
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pF1KB9 LYSATKGSPHPGVGVPTYYNHPEALK--REKAGGPQLDRYVRPMMPQKVQLEVGRP-QAP
        :. .  .::::       ..: ::.  .. . :     : .:.   .: .. :.: :::
CCDS75 RYQQVPQQPHPGF--TGGLSKP-ALQVGQHPTQGHLYYDYQQPLA--QVPVQGGQPLQAP
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pF1KB9 -LNSFHAAKKPPNQSLPLQPFQLAFGHQVNRQVFRQGPPPPNPVAAFPPQKQQQQQQPQQ
        . : :  .   .:  : :  : :  .... : ..  :    :    :: .::: :: : 
CCDS75 QMLSQHMQQMQQHQYYPPQQQQQAGQQRISMQEIQTQPQQIRPSQPQPPPQQQQPQQLQL
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pF1KB9 QQQQQQAALPQM----PLFENFYSMPQQPSQ-QPQDFGLQPAGPLG-QSHLAH----HSM
       ::.: .  .::.    :.....  . ::  . :: ..  .:      :.: ..     ::
CCDS75 QQRQGSMQIPQYYQPQPMMQHLQEQQQQQMHLQPPSYHRDPHQYTPEQAHTVQLIPLGSM
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pF1KB9 APYPF--PPNPDMNPELRKALLQDSAPQPALPQVQIPFPRRSRR--LSKEGIL-PPSALD
       . : .  : .:  .:  ... :..   :    :..     :. .  ::..: : ::..  
CCDS75 SQYYYQEPQQPYSHPLYQQSHLSQHQ-QREDSQLKTYSSDRQAQAMLSSHGDLGPPDT--
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pF1KB9 GAGTQPGQEATG-NLFLHHWPLQQPPPGSLGQPHPEALGF-PLELRESQLLPDGERLAPN
       : :   ... :  .  : : :: .:    :..  :.   . :  .  .. :::: :  :.
CCDS75 GMGDPASSDLTRVSSTLPHRPLLSPSGIHLNNMGPQHQQLSPSAMWPQMHLPDG-RAQPG
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pF1KB9 GREREAPAMGSE-EGMRAVSTGDCGQVLRGGVIQSTRRRRRASQEANLLTLAQKAVELAS
       . :  .   :.  : . : .   :.  :.              .  :: .:  .    ..
CCDS75 SPESSGQPKGAFGEQFDAKNKLTCSICLK--------------EFKNLPALNGHMRSHGG
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pF1KB9 LQNAKDGSGSEEKRKSVLASTTKCGVEFSEPSLATKR-AREDSGMVPLIIPVSVPVRTVD
       .. :. .  .:: .: ::    .  .    :     .   :  ...:...::::::. . 
CCDS75 MR-ASPNLKQEEGEK-VLPPQPQPPLPPPPPPPPPPQLPPEAESLTPMVMPVSVPVKLLP
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pF1KB9 PTEAAQAGGLDEDGKGP--EQNPA----EHKPSVIVTRRRSTRIPGTDAQAQAEDMNVKL
       :  ..: :  .    .:  ...::    . .  :.:   : :  :  . :. :    ...
CCDS75 PKPSSQ-GFTNSTVAAPSARDKPASSMSDDEMPVLV---RMTLSPPHSPQGAAPRTPAEI
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pF1KB9 --EGEPSV-----------RKPKQRPRPEPLIIPTKAGTFIAPPV-YSNITPYQSHLRSP
         . .:::           .: : : :::::.::   .    : . ::. : :::.::::
CCDS75 PRKHQPSVPKAEEPLKTVQEKKKFRHRPEPLFIPPPPSYNPNPAASYSGATLYQSQLRSP
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pF1KB9 VRLADHPS-ERSFELPPYTPPPILSPVREGSGLYFNAIISTSTIPAPP--PITPKS-AHR
         :.::   . . :::::::::.:::::.::::. :..::     : :  :.:: . . :
CCDS75 RVLGDHLLLDPTHELPPYTPPPMLSPVRQGSGLFSNVLISGHGPGAHPQLPLTPLTPTPR
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pF1KB9 TLL-RTNSAEVTP-PVLSVMGEATPVSIEPRINVGSRFQAEIPLMRDRALAAADPHKADL
       .:: :.:: . .   :    :: : :..:::::.: ::::::: ..: .  : : ::: :
CCDS75 VLLCRSNSIDGSNVTVTPGPGEQT-VDVEPRINIGLRFQAEIPELQDISALAQDTHKATL
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pF1KB9 VWQPWEDLESSREKQRQVEDLLTAACSSIFPGVGTNQELALHCLHESRGDILETLNKLLL
       ::.:: .::.   .:: ::.::.  ::: .:: :::.:.::: : :..::.. .:. :::
CCDS75 VWKPWPELENHDLQQR-VENLLNLCCSSALPGGGTNSEFALHSLFEAKGDVMVALEMLLL
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pF1KB9 KKPLRPHNHPLATYHYTGSDQWKMAERKLFNKGIAIYKKDFFLVQKLIQTKTVAQCVEFY
       .::.: . ::::.:::.:::.:   :::::::..: :.:::..:::....::::::::.:
CCDS75 RKPVRLKCHPLANYHYAGSDKWTSLERKLFNKALATYSKDFIFVQKMVKSKTVAQCVEYY
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pF1KB9 YTYKKQVKIGRNGTLTFGDVDTSDEKSAQEEVEVDIKTSQKFPRVPLPRRESPSEERLE-
       ::.:: ...::.    ....  .:  ...:: :.. .  .     :   :.: .::. : 
CCDS75 YTWKKIMRLGRKHRTRLAEI-IDDCVTSEEEEELEEEEEED----PEEDRKSTKEEESEV
      950       960        970       980           990      1000   

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pF1KB9 PKREVKEPRKE-GEEEVPEIQEKEEQEEGR---ERSRRAAAVKATQTLQANESASDILIL
       ::     :    .  : : .:    :  :    :    .:. .. :.:...        .
CCDS75 PKSPEPPPVPVLAPTEGPPLQALG-QPSGSFICEMPNCGAVFSSRQALNGHAR------I
          1010      1020       1030      1040      1050            

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pF1KB9 RSHESNAPGSAGGQASEKPREGTGKSRRALPFSEKKKKTETFSKTQNQENT-FPCKKCGR
       ..  ...  . :.  : : . :  .:      : :.. ... .. ... .: ::::.::.
CCDS75 HGGTNQVTKARGAIPSGKQKPGGTQSGYC---SVKSSPSHSTTSGETDPTTIFPCKECGK
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pF1KB9 VFYKVKSRSAHMKSHAEQEKKAAALRLKEKEAAAAAAAAHQQALREESGAGDKG      
       ::.:.:::.::::.: .::..    : : ..:: ::  :                     
CCDS75 VFFKIKSRNAHMKTHRQQEEQQ---RQKAQKAAFAAEMAATIERTTGPVGAPGLLPLDQL
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CCDS75 SLIKPIKDVDILDDDVVQQLGGVMEEAEVVDTDLLLDDQDSVLLQGDAEL
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>>CCDS46133.2 ZNF541 gene_id:84215|Hs108|chr19            (1346 aa)
 initn: 1019 init1: 659 opt: 868  Z-score: 471.2  bits: 99.3 E(32554): 6.3e-20
Smith-Waterman score: 1033; 28.2% identity (49.9% similar) in 1140 aa overlap (30-1073:323-1324)

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pF1KB9  MNLQAQPKAQNKRKRCLFGGQEPAPKEQPPPLQPPQQSIRVKEEQYLGHEGPGGAVSTS
                                     :   :   . .. ::  : .. :.  : :.
CCDS46 APAGASDSEGRNTACPCPASSGSSSCTPAGPHAAPAALDTELPEEPCLPQKEPATDVFTA
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pF1KB9 QPVELPPPSSLALLNSVVYGPE-RTSAAMLSQQVASVKWPNSVMAPG-----RGPERGGG
              :.: :  :..   :: . ..:.:. . ..  ::..  .:.     ::    ..
CCDS46 -------PNSRAAENGAPDPPEPEPDTALLQARSTAECWPEGGSVPACLPLFRGQTVPAS
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pF1KB9 GGVSDSSWQ---QQPGQPPP--HSTWNCHSLSLYSATKGS----------------PHPG
       .  :. :.:   . :: :    ....  :. :   . .::                : ::
CCDS46 SQPSSHSFQWLRNLPGCPKSKGNNVFVVHKPSAVPSREGSESGPGPSSGSPSEESPPGPG
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pF1KB9 VGVPTYYNHPEALKREKAGGPQLDRYVR----PMMPQKVQLEV--------GRP------
        :.      : :: :  : .:.  : .     :  :.::...         :.:      
CCDS46 GGLEDALPFPAALLRVPAEAPSDPRSASGEDDPCAPKKVKVDCDSFLCQNPGEPGLQEAQ
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pF1KB9 --------QAPL--NSFHAAKKPPNQSLPLQPFQLA------FGHQVNRQVFRQGPPPPN
                .::  . :  ...:  .   .: ::.       :.:     :  : : : .
CCDS46 KAGGLPADASPLFRQLFLKSQEPLVSHEQMQVFQMITKSQRIFSHAQVAAVSSQLPAPEG
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pF1KB9 PVAAFPPQKQQQQQQPQQQQQQQQAALPQMPLFENFYSMPQQPSQQPQDF-------GL-
         ::. : .    :::           :  :  ..... : .:  . .         :. 
CCDS46 KPAALRPLQGPWPQQPP----------PLAPAVDSLHAGPGNPEAEGSPARRRKTTPGVP
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       . :.: .  . :. ..  :  : :   :  .:. ::.. .   :  . . .:   .: ::
CCDS46 REASPGSTRRDAKGGLKVAAVPTPLAAPSLDPSRNPDISSLAKQLRSSKGTLDLEDI-FP
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         ..: .. :   : . .  : : :....... . .    .. :  : :  . . :: : 
CCDS46 STGQRQTQLGGEEPPGASLPGKQAPAENGAASRITKG---EKGPACSRGGGY-RLLGNPR
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         : :     : :      .    :  :. .: . :. :  ..  .. .   .:      
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       : .:.  : . . :  .:.  : ..:: ..  : .:...  .   . ..: .:...   .
CCDS46 QGGNIYRLPHPVKEENVAGRGNQQNGSPTDWTKPRSTFVCKNCSQMFYTEKGLSSHMCFH
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       ..        . : .. .    :.: :   :. . .     :     .:.   : :.   
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           .::.::::. :.:   .  :.  ::::::.:::.:::::.:::.. ::::  .:  
CCDS46 ----HQSRLRSPMFLVDCLLKGLFQCSPYTPPPMLSPIREGSGVYFNTLCSTSTQASPDQ
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CCDS46 LIS-----SMLDQVDGSFG---ICVVKDDTKISIEPHINIGSRFQAEIPELQERSLAGTD
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CCDS46 EHVASLVWKPWGDMMISSETQDRVTELCNVACSSVMPGGGTNLELALHCLHEAQGNVQVA
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CCDS46 LETLLLRGPHKPRTHLLADYRYTGSDVWTPIEKRLFKKAFYAHKKDFYLIHKMIQTKTVA
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CCDS46 QCVEYYYIWKKMIKFDCGRAPGL---------EKRVKREPEEVERTEEKVPCSP---RER
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       ::..   :: ..:  :.:.                                         
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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