Result of FASTA (ccds) for pF1KB9467
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9467, 1181 aa
  1>>>pF1KB9467 1181 - 1181 aa - 1181 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0111+/-0.00141; mu= 17.9971+/- 0.084
 mean_var=67.4040+/-13.382, 0's: 0 Z-trim(99.4): 66  B-trim: 341 in 1/47
 Lambda= 0.156218
 statistics sampled from 5670 (5734) to 5670 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.515), E-opt: 0.2 (0.176), width:  16
 Scan time:  4.590

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS3957.1 ITGA2 gene_id:3673|Hs108|chr5           (1181) 7727 1751.6       0
CCDS72869.1 ITGA10 gene_id:8515|Hs108|chr1         (1167) 2280 524.0 8.4e-148
CCDS45291.1 ITGA11 gene_id:22801|Hs108|chr15       (1188) 2042 470.3 1.2e-131
CCDS76204.1 ITGA10 gene_id:8515|Hs108|chr1         (1024) 1886 435.2  4e-121
CCDS3955.1 ITGA1 gene_id:3672|Hs108|chr5           (1179) 1742 402.7 2.7e-111
CCDS32531.1 ITGAE gene_id:3682|Hs108|chr17         (1179) 1012 238.2   9e-62
CCDS45470.1 ITGAM gene_id:3684|Hs108|chr16         (1152)  907 214.5 1.2e-54
CCDS10711.1 ITGAX gene_id:3687|Hs108|chr16         (1163)  843 200.1 2.6e-50
CCDS67014.1 ITGAX gene_id:3687|Hs108|chr16         (1169)  843 200.1 2.6e-50
CCDS45461.1 ITGAL gene_id:3683|Hs108|chr16         (1086)  777 185.2 7.3e-46
CCDS54004.1 ITGAM gene_id:3684|Hs108|chr16         (1153)  777 185.2 7.7e-46
CCDS32433.1 ITGAL gene_id:3683|Hs108|chr16         (1170)  769 183.4 2.7e-45
CCDS32438.1 ITGAD gene_id:3681|Hs108|chr16         (1161)  741 177.1 2.2e-43
CCDS42788.1 ITGA4 gene_id:3676|Hs108|chr2          (1032)  569 138.3   9e-32
CCDS2669.1 ITGA9 gene_id:3680|Hs108|chr3           (1035)  547 133.4 2.8e-30
CCDS32665.1 ITGA2B gene_id:3674|Hs108|chr17        (1039)  481 118.5 8.5e-26
CCDS11558.1 ITGA3 gene_id:3675|Hs108|chr17         (1051)  461 114.0 1.9e-24
CCDS31155.1 ITGA8 gene_id:8516|Hs108|chr10         (1063)  459 113.5 2.7e-24
CCDS8880.1 ITGA5 gene_id:3678|Hs108|chr12          (1049)  408 102.1 7.7e-21
CCDS46471.1 ITGAV gene_id:3685|Hs108|chr2          (1002)  400 100.2 2.6e-20
CCDS46470.1 ITGAV gene_id:3685|Hs108|chr2          (1012)  400 100.2 2.6e-20
CCDS2292.1 ITGAV gene_id:3685|Hs108|chr2           (1048)  400 100.2 2.7e-20
CCDS34938.1 COL14A1 gene_id:7373|Hs108|chr8        (1796)  275 72.1 1.3e-11


>>CCDS3957.1 ITGA2 gene_id:3673|Hs108|chr5                (1181 aa)
 initn: 7727 init1: 7727 opt: 7727  Z-score: 9401.5  bits: 1751.6 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 7727; 100.0% identity (100.0% similar) in 1181 aa overlap (1-1181:1-1181)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MGPERTGAAPLPLLLVLALSQGILNCCLAYNVGLPEAKIFSGPSSEQFGYAVQQFINPKG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 MGPERTGAAPLPLLLVLALSQGILNCCLAYNVGLPEAKIFSGPSSEQFGYAVQQFINPKG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 NWLLVGSPWSGFPENRMGDVYKCPVDLSTATCEKLNLQTSTSIPNVTEMKTNMSLGLILT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 NWLLVGSPWSGFPENRMGDVYKCPVDLSTATCEKLNLQTSTSIPNVTEMKTNMSLGLILT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 RNMGTGGFLTCGPLWAQQCGNQYYTTGVCSDISPDFQLSASFSPATQPCPSLIDVVVVCD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 RNMGTGGFLTCGPLWAQQCGNQYYTTGVCSDISPDFQLSASFSPATQPCPSLIDVVVVCD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 ESNSIYPWDAVKNFLEKFVQGLDIGPTKTQVGLIQYANNPRVVFNLNTYKTKEEMIVATS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 ESNSIYPWDAVKNFLEKFVQGLDIGPTKTQVGLIQYANNPRVVFNLNTYKTKEEMIVATS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 QTSQYGGDLTNTFGAIQYARKYAYSAASGGRRSATKVMVVVTDGESHDGSMLKAVIDQCN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 QTSQYGGDLTNTFGAIQYARKYAYSAASGGRRSATKVMVVVTDGESHDGSMLKAVIDQCN
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 HDNILRFGIAVLGYLNRNALDTKNLIKEIKAIASIPTERYFFNVSDEAALLEKAGTLGEQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 HDNILRFGIAVLGYLNRNALDTKNLIKEIKAIASIPTERYFFNVSDEAALLEKAGTLGEQ
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 IFSIEGTVQGGDNFQMEMSQVGFSADYSSQNDILMLGAVGAFGWSGTIVQKTSHGHLIFP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 IFSIEGTVQGGDNFQMEMSQVGFSADYSSQNDILMLGAVGAFGWSGTIVQKTSHGHLIFP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 KQAFDQILQDRNHSSYLGYSVAAISTGESTHFVAGAPRANYTGQIVLYSVNENGNITVIQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 KQAFDQILQDRNHSSYLGYSVAAISTGESTHFVAGAPRANYTGQIVLYSVNENGNITVIQ
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB9 AHRGDQIGSYFGSVLCSVDVDKDTITDVLLVGAPMYMSDLKKEEGRVYLFTIKEGILGQH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 AHRGDQIGSYFGSVLCSVDVDKDTITDVLLVGAPMYMSDLKKEEGRVYLFTIKEGILGQH
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB9 QFLEGPEGIENTRFGSAIAALSDINMDGFNDVIVGSPLENQNSGAVYIYNGHQGTIRTKY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 QFLEGPEGIENTRFGSAIAALSDINMDGFNDVIVGSPLENQNSGAVYIYNGHQGTIRTKY
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB9 SQKILGSDGAFRSHLQYFGRSLDGYGDLNGDSITDVSIGAFGQVVQLWSQSIADVAIEAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 SQKILGSDGAFRSHLQYFGRSLDGYGDLNGDSITDVSIGAFGQVVQLWSQSIADVAIEAS
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB9 FTPEKITLVNKNAQIILKLCFSAKFRPTKQNNQVAIVYNITLDADGFSSRVTSRGLFKEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 FTPEKITLVNKNAQIILKLCFSAKFRPTKQNNQVAIVYNITLDADGFSSRVTSRGLFKEN
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB9 NERCLQKNMVVNQAQSCPEHIIYIQEPSDVVNSLDLRVDISLENPGTSPALEAYSETAKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 NERCLQKNMVVNQAQSCPEHIIYIQEPSDVVNSLDLRVDISLENPGTSPALEAYSETAKV
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB9 FSIPFHKDCGEDGLCISDLVLDVRQIPAAQEQPFIVSNQNKRLTFSVTLKNKRESAYNTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 FSIPFHKDCGEDGLCISDLVLDVRQIPAAQEQPFIVSNQNKRLTFSVTLKNKRESAYNTG
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB9 IVVDFSENLFFASFSLPVDGTEVTCQVAASQKSVACDVGYPALKREQQVTFTINFDFNLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 IVVDFSENLFFASFSLPVDGTEVTCQVAASQKSVACDVGYPALKREQQVTFTINFDFNLQ
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB9 NLQNQASLSFQALSESQEENKADNLVNLKIPLLYDAEIHLTRSTNINFYEISSDGNVPSI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 NLQNQASLSFQALSESQEENKADNLVNLKIPLLYDAEIHLTRSTNINFYEISSDGNVPSI
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB9 VHSFEDVGPKFIFSLKVTTGSVPVSMATVIIHIPQYTKEKNPLMYLTGVQTDKAGDISCN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 VHSFEDVGPKFIFSLKVTTGSVPVSMATVIIHIPQYTKEKNPLMYLTGVQTDKAGDISCN
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB9 ADINPLKIGQTSSSVSFKSENFRHTKELNCRTASCSNVTCWLKDVHMKGEYFVNVTTRIW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 ADINPLKIGQTSSSVSFKSENFRHTKELNCRTASCSNVTCWLKDVHMKGEYFVNVTTRIW
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB9 NGTFASSTFQTVQLTAAAEINTYNPEIYVIEDNTVTIPLMIMKPDEKAEVPTGVIIGSII
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 NGTFASSTFQTVQLTAAAEINTYNPEIYVIEDNTVTIPLMIMKPDEKAEVPTGVIIGSII
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180 
pF1KB9 AGILLLLALVAILWKLGFFKRKYEKMTKNPDEIDETTELSS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 AGILLLLALVAILWKLGFFKRKYEKMTKNPDEIDETTELSS
             1150      1160      1170      1180 

>>CCDS72869.1 ITGA10 gene_id:8515|Hs108|chr1              (1167 aa)
 initn: 1870 init1: 954 opt: 2280  Z-score: 2767.0  bits: 524.0 E(32554): 8.4e-148
Smith-Waterman score: 2347; 34.8% identity (65.6% similar) in 1186 aa overlap (13-1172:9-1158)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MGPERTGAAPLPLLLVLALSQGILNCCLAYNVGLPEAKIFSGPSSEQFGYAVQQFINPKG
                   :.: :..  :.   :  .:.   . ..: ::   .:::.: : ..   
CCDS72     MELPFVTHLFLPLVFLTGL---CSPFNLDEHHPRLFPGPPEAEFGYSVLQHVGGGQ
                   10           20        30        40        50   

               70        80         90       100       110         
pF1KB9 NWLLVGSPWSGFPENRMGDVYKCPVDLS-TATCEKLNLQTSTSIPNVTEMKTNMSLGLIL
        :.:::.::.:   .: ::::.:::  . .: : : .:  . .. : ..  .:: ::. :
CCDS72 RWMLVGAPWDGPSGDRRGDVYRCPVGGAHNAPCAKGHLG-DYQLGNSSHPAVNMHLGMSL
            60        70        80        90        100       110  

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB9 TRNMGTGGFLTCGPLWAQQCGNQYYTTGVCSDISPDFQLSASFSPATQPCPSLIDVVVVC
        .. : :::..:.:::.. ::.. ...:.:. .. .:: ..:..:..: ::. .:::.: 
CCDS72 LETDGDGGFMACAPLWSRACGSSVFSSGICARVDASFQPQGSLAPTAQRCPTYMDVVIVL
            120       130       140       150       160       170  

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB9 DESNSIYPWDAVKNFLEKFVQGLDIGPTKTQVGLIQYANNPRVVFNLNTYKTKEEMIVAT
       : :::::::. :..::...:  : : : . ::::.::...:   ..:. ..::::.. :.
CCDS72 DGSNSIYPWSEVQTFLRRLVGKLFIDPEQIQVGLVQYGESPVHEWSLGDFRTKEEVVRAA
            180       190       200       210       220       230  

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB9 SQTSQYGGDLTNTFGAIQYARKYAYSAASGGRRSATKVMVVVTDGESHDGSMLKAVIDQC
       .. :.  :  :.:  ::. :   ..: . :::  :....:::::::::::  : :..  :
CCDS72 KNLSRREGRETKTAQAIMVACTEGFSQSHGGRPEAARLLVVVTDGESHDGEELPAALKAC
            240       250       260       270       280       290  

     300       310       320       330       340       350         
pF1KB9 NHDNILRFGIAVLGYLNRNALDTKNLIKEIKAIASIPTERYFFNVSDEAALLEKAGTLGE
       .   . :.::::::.  :   : .....::..::: : ::.::::.::::: . . .::.
CCDS72 EAGRVTRYGIAVLGHYLRRQRDPSSFLREIRTIASDPDERFFFNVTDEAALTDIVDALGD
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CCDS72 EWTAGARAAFDGSGQRLSPRRLR--LSVGNV-TCEQLHFHVLDTSDYLRPVALTVTFALD
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CCDS72 RRKVLVSTTLENRKENAYNTSLSLIFSRNLHLASLT-PQRESPIKVECAAPSAHARLCSV
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CCDS72 GHPVFQTGAKVTFLLEFEFSCSSLLSQVFVKLTASSDSLERNGTLQDNTAQTSAYIQYEP
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CCDS72 HLLFSSESTLHRYEVHPYGTLPV------GPGPEFKTTLRVQNLGCYVVSGLIISALLPA
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CCDS72 VAHGGNYFLSLSQVITNNASCIVQNLTEPP---GPP-----VHPEELQHTNRLNGSNTQC
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       . : : : ..    :  :..   . :  :  . :... .... :..: .  .  . : . 
CCDS72 QVVRCHLGQLAKGTEVSVGLLRLVHNEFFRRAKFKSLTVVSTFELGTEEGSVLQLTEASR
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CCDS72 WSESLLEVVQTRPILISLWILIGSVLGGLLLLALLVFCLWKLGFFAHK-----KIPEEEK
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CCDS72 REEKLEQ
              

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CCDS45 QSERDNVTRYAVAVLGYYNRRGINPETFLNEIKYIASDPDDKHFFNVTDEAALKDIVDAL
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CCDS45 GDRIFSLEGTNKNETSFGLEMSQTGFSSHVV--EDGVLLGAVGAYDWNGAVLKETSAGKV
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CCDS45 IPLRESYLKEFPEELKNHGAYLGYTVTSVVSSRQGRVYVAGAPRFNHTGKVILFTMHNNR
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CCDS45 SLTIHQAMRGQQIGSYFGSEITSVDIDGDGVTDVLLVGAPMYFNE-GRERGKVYVYELRQ
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CCDS45 NLFVYNGTLKDSHSYQNARFGSSIASVRDLNQDSYNDVVVGAPLEDNHAGAIYIFHGFRG
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CCDS45 SILKTPKQRITASELA--TGLQYFGCSIHGQLDLNEDGLIDLAVGALGNAVILWSRPVVQ
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CCDS45 INASLHFEPSKINIFHRDCKRSGRDATCLAAFLCFTPIFLAPHFQTTTVGIRYNATMDE-
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CCDS45 ---RRYTPRAHLDEGGDRFTNRAVLLSSGQELCERINFHVLDTADYVKPVTFSVEYSLED
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CCDS45 PDHGPMLDDGWPTTLRVSVPFWNGCNEDEHCVPDLVLDARSDLPTAMEYCQRVLRKPAQD
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CCDS45 CSAYTLSFDTTVFIIESTRQRVAVEATLENRGENAYSTVLNISQSANLQFASLIQKEDSD
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CCDS45 GSIECVNEERRLQKQV-CNVSYPFFRAKAKVAFRLDFEFSKSIFLHHLEIELAAGSDSNE
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pF1KB9 EN--KADNLVNLKIPLLYDAEIHLTRSTNINFYEISSDGNVPSIVHSFEDVGPKF--IFS
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CCDS45 RDSTKEDNVAPLRFHLKYEADVLFTRSSSLSHYEVKPN----SSLERYDGIGPPFSCIFR
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       .. . :  :.    . : ::  :.  : :. :    ::.: . :::   :  .   :   
CCDS45 IQ-NLGLFPIHGMMMKITIPIATRSGNRLLKLRDFLTDEA-NTSCNIWGNSTEYRPTPVE
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            :..:.. .::  ...  ...: .. :  . :   ..   .:  .. .  ......
CCDS45 -----EDLRRAPQLNHSNSDVVSINCNIRLVPNQ-EINFHLLGNLWLRSLKALKYKSMKI
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         .:: . . ..: :.  :: .  : . : : .:  .::  .:.:: ..:.:::  ::  
CCDS45 MVNAALQRQFHSPFIFREEDPSRQIVFEISK-QEDWQVPIWIIVGSTLGGLLLLALLVLA
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CCDS45 LWKLGFFRSARRRREPGLDPTPKVLE   
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       :: :: .:.:.:  ::::::.:::...  .:: ::::.. . .  :   :    ::  ..
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CCDS76 DCRRRGQEAVCLTAALCFQVTSRTPGRWDHQFYMRFTASLDEWTAGARAAFDGSGQRLSP
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pF1KB9 RCLQKNMVVNQAQSCPEHIIYIQEPSDVVNSLDLRVDISLEN---PGTSPALEAYSETAK
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CCDS76 RRLR--LSVGNV-TCEQLHFHVLDTSDYLRPVALTVTFALDNTTKPG--PVLNEGSPTSI
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CCDS76 QKLVPFSKDCGPDNECVTDLVLQVNMDIRGSRKAPFVVRGGRRKVLVSTTLENRKENAYN
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CCDS76 TSLSLIFSRNLHLASLT-PQRESPIKVECAAPSAHARLCSVGHPVFQTGAKVTFLLEFEF
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pF1KB9 NLQNLQNQASLSFQALSESQEENKA--DNLVNLKIPLLYDAEIHLTRSTNINFYEISSDG
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CCDS76 SCSSLLSQVFVKLTASSDSLERNGTLQDNTAQTSAYIQYEPHLLFSSESTLHRYEVHPYG
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CCDS76 TLPV------GPGPEFKTTLRVQNLGCYVVSGLIISALLPAVAHGGNYFLSLSQVITNNA
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       . :  :    :   :        . :...::..::  ...:. : : : ..    :  :.
CCDS76 SCIVQNLTEPP---GPP-----VHPEELQHTNRLNGSNTQCQVVRCHLGQLAKGTEVSVG
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CCDS76 LLRLVHNEFFRRAKFKSLTVVSTFELGTEEGSVLQLTEASRWSESLLEVVQTRPILISLW
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       ..:::...:.:::  ::  ::::::: .:     : :.:         
CCDS76 ILIGSVLGGLLLLALLVFCLWKLGFFAHK-----KIPEEEKREEKLEQ
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CCDS39 MAP-RPRARPGVAVACCWLLTVVLRCCVSFNVDVKNSMTFSGPVEDMFGYTVQQYENEEG
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       .:.:.:::  : :.:: ::::::::  . .  : ::.: ..::::::::.: ::..:  :
CCDS39 KWVLIGSPLVGQPKNRTGDVYKCPVGRGESLPCVKLDLPVNTSIPNVTEVKENMTFGSTL
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pF1KB9 TRNMGTGGFLTCGPLWAQQCGNQYYTTGVCSDISPDFQLSASFSPATQPCPSLIDVVVVC
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CCDS39 VTN-PNGGFLACGPLYAYRCGHLHYTTGICSDVSPTFQVVNSIAPV-QECSTQLDIVIVL
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pF1KB9 DESNSIYPWDAVKNFLEKFVQGLDIGPTKTQVGLIQYANNPRVVFNLNTYKTKEEMIVAT
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CCDS39 DGSNSIYPWDSVTAFLNDLLERMDIGPKQTQVGIVQYGENVTHEFNLNKYSSTEEVLVAA
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CCDS39 KKIVQRGGRQTMTALGIDTARKEAFTEARGARRGVKKVMVIVTDGESHDNHRLKKVIQDC
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pF1KB9 NHDNILRFGIAVLGYLNRNALDTKNLIKEIKAIASIPTERYFFNVSDEAALLEKAGTLGE
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CCDS39 EDENIQRFSIAILGSYNRGNLSTEKFVEEIKSIASEPTEKHFFNVSDELALVTIVKTLGE
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CCDS39 RIFALEATADQSAASFEMEMSQTGFSAHYS--QDWVMLGAVGAYDWNGTVVMQKASQ--I
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pF1KB9 IFPKQA-FDQILQDRNH--SSYLGYSV--AAISTGESTHFVAGAPRANYTGQIVLYSVNE
       :.:... :.     .:.  .:::::.:  :. :.:. . ..:: :: :.:::...: . :
CCDS39 IIPRNTTFNVESTKKNEPLASYLGYTVNSATASSGD-VLYIAGQPRYNHTGQVIIYRM-E
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pF1KB9 NGNITVIQAHRGDQIGSYFGSVLCSVDVDKDTITDVLLVGAPMYMSDLKKEEGRVYLFTI
       .::: ..:.  :.::::::::.: ..:.:::. ::.:::::::::.  :.:.:.::....
CCDS39 DGNIKILQTLSGEQIGSYFGSILTTTDIDKDSNTDILLVGAPMYMGTEKEEQGKVYVYAL
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pF1KB9 KEGILGQHQFLEGPEGI------------EN------TRFGSAIAALSDINMDGFNDVIV
       ..  .  .. ::  .              ::      .:::.::::..:.:.:::::...
CCDS39 NQTRFEYQMSLEPIKQTCCSSRQHNSCTTENKNEPCGARFGTAIAAVKDLNLDGFNDIVI
             540       550       560       570       580       590 

          580       590       600        610       620       630   
pF1KB9 GSPLENQNSGAVYIYNGHQGTIRTKYSQKI-LGSDGAFRSHLQYFGRSLDGYGDLNGDSI
       :.:::....::::::.:   ::: .:.:.:  :.::   . :..::.:. :  :::::..
CCDS39 GAPLEDDHGGAVYIYHGSGKTIRKEYAQRIPSGGDG---KTLKFFGQSIHGEMDLNGDGL
             600       610       620          630       640        

           640       650       660       670               680     
pF1KB9 TDVSIGAFGQVVQLWSQSIADVAIEASFTPEKITLVNKNAQIILK--------LCFSAKF
       :::.::..: .. .::...: : .  .: :.:... .:: ..  :        .::..:.
CCDS39 TDVTIGGLGGAALFWSRDVAVVKVTMNFEPNKVNIQKKNCHMEGKETVCINATVCFDVKL
      650       660       670       680       690       700        

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pF1KB9 RPTKQNN--QVAIVYNITLDADGFSSRVTSRGLFKENNERCLQKNMVVNQAQSCPEHIIY
       . .:...  .. . : .:::    : :  ::..:. ..:: .:.:..: ... : .: .:
CCDS39 K-SKEDTIYEADLQYRVTLD----SLRQISRSFFSGTQERKVQRNITVRKSE-CTKHSFY
       710       720           730       740       750        760  

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pF1KB9 IQEPSDVVNSLDLRVDISLENPGTSPALEAYSETAKVFSIPFHKDCGEDGLCISDLVLDV
       . .  :  .:. . .:..: .: ..:.:.    ..    ::: ::::.   ::::: :  
CCDS39 MLDKHDFQDSVRITLDFNLTDPENGPVLDDSLPNSVHEYIPFAKDCGNKEKCISDLSL--
            770       780       790       800       810       820  

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pF1KB9 RQIPAAQEQPFIVSNQNKRLTFSVTLKNKRESAYNTGIVVDFSENLFFASF-SLPVDGTE
        .. ..... .:: .:: ... :.:.:: ..:::::  .: .: :: :... ..  :   
CCDS39 -HVATTEKDLLIVRSQNDKFNVSLTVKNTKDSAYNTRTIVHYSPNLVFSGIEAIQKD---
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pF1KB9 VTCQVAASQKSVACDVGYPALKREQQVTFTINFDFNLQNLQNQASLSFQALSESQE--EN
        .:.   :.....: :::: :.: ..::: : :.:: . :...... ..: :.:.:  :.
CCDS39 -SCE---SNHNITCKVGYPFLRRGEMVTFKILFQFNTSYLMENVTIYLSATSDSEEPPET
            880       890       900       910       920       930  

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pF1KB9 KADNLVNLKIPLLYDAEIHLTRSTNINFYEISSDGNVPSIVHSFEDVGPKF-IFSLKVTT
        .::.::..::. :.. ...  :..     :... .:: ...: ::.: .. :: :   .
CCDS39 LSDNVVNISIPVKYEVGLQFYSSASEYHISIAANETVPEVINSTEDIGNEINIFYLIRKS
            940       950       960       970       980       990  

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pF1KB9 GSVPVSMATVIIHIPQYTKEKNPLMYLTGVQTDKAGDISCNADI--NPLKIGQTSSSVSF
       :: :.    . : .:..:..  :..: ::.....  . .:   :  .:..:. ...... 
CCDS39 GSFPMPELKLSISFPNMTSNGYPVLYPTGLSSSE--NANCRPHIFEDPFSIN-SGKKMTT
           1000      1010      1020        1030      1040          

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pF1KB9 KSENFRHTKELNCRTASCSNVTCWLKDVHMKGEYFVNVTTRIWNGTFASSTFQTVQLTAA
       .......   :.: : . ...:: : .  ..    :::.  .:. :: .: :....::  
CCDS39 STDHLKRGTILDCNTCKFATITCNLTSSDISQ---VNVSLILWKPTFIKSYFSSLNLTIR
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pF1KB9 AEINTYNPEIYVIEDNTVT-IPLMIMKPDEKAEVPTGVIIGSIIAGILLLLALVAILWKL
       .:. . :  . .  .:    . ..: :    ..::  ::. : .::.:::. :.  :::.
CCDS39 GELRSENASLVLSSSNQKRELAIQISKDGLPGRVPLWVILLSAFAGLLLLMLLILALWKI
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       1160      1170      1180 
pF1KB9 GFFKRKYEKMTKNPDEIDETTELSS
       :::::  .:                
CCDS39 GFFKRPLKKKMEK            
       1170                     

>>CCDS32531.1 ITGAE gene_id:3682|Hs108|chr17              (1179 aa)
 initn: 810 init1: 280 opt: 1012  Z-score: 1222.5  bits: 238.2 E(32554): 9e-62
Smith-Waterman score: 1161; 27.8% identity (60.7% similar) in 1031 aa overlap (174-1166:202-1159)

           150       160       170       180         190       200 
pF1KB9 YTTGVCSDISPDFQLSASFSPATQPCPSLIDVVVVCDESNSIYPWD--AVKNFLEKFVQG
                                     ..... : :.:: : :   .:.:. .....
CCDS32 NTARQRRALEKEEEEDKEEEEDEEEEEAGTEIAIILDGSGSIDPPDFQRAKDFISNMMRN
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             210       220       230       240       250       260 
pF1KB9 LDIGPTKTQVGLIQYANNPRVVFNLNTYKTKEEMIVATSQTSQYGGDLTNTFGAIQYARK
       .     . . .:.::..  .. :.:   .     .. ... .: :. .:.: .:.:..  
CCDS32 FYEKCFECNFALVQYGGVIQTEFDLRDSQDVMASLARVQNITQVGS-VTKTASAMQHVLD
             240       250       260       270        280       290

             270       280       290        300       310       320
pF1KB9 YAYSAASGGRRSATKVMVVVTDGESHDGSM-LKAVIDQCNHDNILRFGIAVLGYLNRNAL
         .... :.::.:.:::::.:::   .  . : .::.. . ... ::.:.: :    . .
CCDS32 SIFTSSHGSRRKASKVMVVLTDGGIFEDPLNLTTVINSPKMQGVERFAIGV-G----EEF
              300       310       320       330       340          

              330       340       350       360       370       380
pF1KB9 DTKNLIKEIKAIASIPTERYFFNVSDEAALLEKAGTLGEQIFSIEGTVQGGDNFQMEMSQ
        .    .:.. ::: : : . :.:..  ::    . :  .:.:.::::  :: ......:
CCDS32 KSARTARELNLIASDPDETHAFKVTNYMALDGLLSKLRYNIISMEGTV--GDALHYQLAQ
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pF1KB9 VGFSADYSSQNDILMLGAVGAFGWSGTIV---QKTSHGHLIFPKQAFDQILQDRNHSSYL
       .::::.  .. ..: ::::::: :::  .    .. .:...  . :      .  . :::
CCDS32 IGFSAQILDERQVL-LGAVGAFDWSGGALLYDTRSRRGRFL-NQTAAAAADAEAAQYSYL
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pF1KB9 GYSVAAISTGESTHFVAGAPRANYTGQIVLYSVNENG-NITVIQAHRGDQIGSYFGSVLC
       ::.::..    :  ..::::: .. : .  . ....: . . . . .:.:.:::::: ::
CCDS32 GYAVAVLHKTCSLSYIAGAPRYKHHGAV--FELQKEGREASFLPVLEGEQMGSYFGSELC
             470       480         490       500       510         

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pF1KB9 SVDVDKDTITDVLLVGAPMYMSDLKKEEGRVYLFTIKE--GILGQHQFLEGPEGIENTRF
        ::.: :  :: :::.::.:   .. ::::::.. ..:  : ..  ..: :  :. :.::
CCDS32 PVDIDMDGSTDFLLVAAPFYH--VHGEEGRVYVYRLSEQDGSFSLARILSGHPGFTNARF
     520       530       540         550       560       570       

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pF1KB9 GSAIAALSDINMDGFNDVIVGSPLENQNS------GAVYIYNGHQGTIRTKYSQKILGSD
       : :.::..:...: ..:: .:.:::. ..      :.:::::::   . .. ::.: .: 
CCDS32 GFAMAAMGDLSQDKLTDVAIGAPLEGFGADDGASFGSVYIYNGHWDGLSASPSQRIRAST
       580       590       600       610       620       630       

      610       620       630       640       650       660        
pF1KB9 GAFRSHLQYFGRSLDGYGDLNGDSITDVSIGAFGQVVQLWSQSIADVAIEASFTPEKITL
        :    ::::: :. :  :..::...:...:..::.: . :. .. . .  .:::  .  
CCDS32 VA--PGLQYFGMSMAGGFDISGDGLADITVGTLGQAVVFRSRPVVRLKVSMAFTPSALP-
         640       650       660       670       680       690     

      670       680       690        700       710       720       
pF1KB9 VNKNAQIILKLCFSAKFRPTKQNNQV-AIVYNITLDADGFSSRVTSRGLFKENNERCLQK
       .. :. . ..:::  .   : ... .   . :.:::.:  ..:   : :   . . ::  
CCDS32 IGFNGVVNVRLCFEISSVTTASESGLREALLNFTLDVDVGKQR---RRLQCSDVRSCLGC
          700       710       720       730          740       750 

        730       740           750       760            770       
pF1KB9 -NMVVNQAQSCPEHIIYIQE----PSDVVNSLDLRVDISLENP-GTS----PALEAYSET
            . .: : . ...  :      :  .. ...:. .:..: : .    : :. :.: 
CCDS32 LREWSSGSQLCEDLLLMPTEGELCEEDCFSNASVKVSYQLQTPEGQTDHPQPILDRYTEP
             760       770       780       790       800       810 

       780       790       800       810       820       830       
pF1KB9 AKVFSIPFHKDCGEDGLCISDLVLDVRQIPAAQEQPFIVSNQNKRLTFSVTLKNKRESAY
         .:..:..: : .  .:...:     :. ..  :  .: . .:.::....: :. :..:
CCDS32 FAIFQLPYEKACKNKLFCVAEL-----QLATTVSQQELVVGLTKELTLNINLTNSGEDSY
             820       830            840       850       860      

       840       850       860          870       880       890    
pF1KB9 NTGIVVDFSENLFFASFSLPVDGTEVTC---QVAASQKSVACDVGYPALKREQQVTFTIN
        :...... .:: .  .. :  . .. :   : .::   . : .:.:.::: ...  .. 
CCDS32 MTSMALNYPRNLQLKRMQKP-PSPNIQCDDPQPVASVLIMNCRIGHPVLKR-SSAHVSVV
        870       880        890       900       910        920    

          900       910       920       930       940       950    
pF1KB9 FDFNLQNLQNQASLSFQALSESQEENKADNLVNLKIPLLYDAEIHLTRSTNINFYEISSD
       .... . . :...    ....:.:. .  :            : :  .  . .:  . : 
CCDS32 WQLEENAFPNRTADITVTVTNSNERRSLAN------------ETHTLQFRH-GFVAVLSK
          930       940       950                   960        970 

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pF1KB9 GNVPSI--VHSFEDVGPKFIFSLKVTTGSVPVSMATVIIHIPQYTKEKNPLMYLTGVQTD
          :::  :.. . .. .  : ..:   ..  .   . : .:  ::       : :.:. 
CCDS32 ---PSIMYVNTGQGLSHHKEFLFHVHGENLFGAEYQLQICVP--TK-------LRGLQV-
                980       990      1000      1010                  

           1020      1030      1040      1050      1060        1070
pF1KB9 KAGDISCNADINPLKIGQTSSSVSFKSENFRHTKELNCRTASCSNVTCW--LKDVHMKGE
               . .. :   :.:.  ..       ..:  :  .: ..:  :  .. :  . .
CCDS32 --------VAVKKLTRTQASTVCTW-------SQERACAYSSVQHVEEWHSVSCVIASDK
             1020      1030             1040      1050      1060   

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pF1KB9 YFVNVTTRI-WNGTFASSTFQTV-QLTAAAEINTYNPEIYV---IEDNTVTIPLMIMKPD
         :.:...: :.   .   .. : .:   .:: ..:  .:     :.. . : ....: .
CCDS32 ENVTVAAEISWD--HSEELLKDVTELQILGEI-SFNKSLYEGLNAENHRTKITVVFLKDE
          1070        1080      1090       1100      1110      1120

        1130      1140      1150      1160      1170      1180     
pF1KB9 EKAEVPTGVIIGSIIAGILLLLALVAILWKLGFFKRKYEKMTKNPDEIDETTELSS    
       .   .:  .:: . ..:.:.:.....::.: :::::::...                   
CCDS32 KYHSLP--IIIKGSVGGLLVLIVILVILFKCGFFKRKYQQLNLESIRKAQLKSENLLEEE
               1130      1140      1150      1160      1170        

CCDS32 N
        

>>CCDS45470.1 ITGAM gene_id:3684|Hs108|chr16              (1152 aa)
 initn: 844 init1: 286 opt: 907  Z-score: 1094.8  bits: 214.5 E(32554): 1.2e-54
Smith-Waterman score: 1419; 28.4% identity (61.1% similar) in 1207 aa overlap (14-1166:3-1140)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MGPERTGAAPLPLLLVLALSQGILNCCLAYNVGLPEAKIFSGPSSEQFGYAVQQFINPKG
                    : :: :.   :. : ..:.   .:  :.  ... :: .: :.   .:
CCDS45            MALRVLLLT--ALTLCHGFNLDTENAMTFQ-ENARGFGQSVVQL---QG
                            10        20         30        40      

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 NWLLVGSPWSGFPENRMGDVYKCPVDLSTATCEKLNLQTSTSIPNVTEMKTNMSLGLILT
       . ..::.:      :. :..:.:  : ::..:: . ::    .:  .:  .:::::: :.
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       .  ..:::     .:.. :. :.:...: :..  :..    : .  . .  ::   : :.
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        . ::....: . :     .  : : : ..   . :.::.:.:: : .: ..: ..  ..
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       :. .    .. ..: .:.  : . :  :..:.: :. .   .:   :.   ..: .    
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           .::. :  .::   :..: ...  ..   :.::  .:: . .  : ..  :. .. 
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       ::..    . .  .:..:. : .      :   .  .:: : : . .    .: ..  ..
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       : .          ..:::.    . .:   ...   : .  :.  .  .. :...    :
CCDS10 GQR----------DLPVSIN---FWVPVELNQEAVWMDVE-VSHPQNPSLRCSSE----K
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       :.  .:  .: . .....  :.:  :.:    : . .  .. :   ..   .  :   . 
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         . :.....::: :..  .:  .  . . .  .     :: .:  :: .:.:: :.:.:
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       ::  ..:.:.:.:::::.:..: .. .                  
CCDS10 LLALITAVLYKVGFFKRQYKEMMEEANGQIAPENGTQTPSPPSEK
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           :: ::   :::  ::. .     :..:.   :   :   .:  :: .: :. :   
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       .:..::.: .    :. : .:.:    ::..:: ..::    .:      .:::::: :.
CCDS67 SWVVVGAPQKITAANQTGGLYQC--GYSTGACEPIGLQ----VP---PEAVNMSLGLSLA
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CCDS67 STTSPSQLLACGPTVHHECGRNMYLTGLCFLLGPT-QLTQRLPVSRQECPRQEQDIVFLI
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CCDS67 DGSGSISSRNFATMMNFVRAVISQFQ-RPS-TQFSLMQFSNKFQTHFTFEEFRRSSNPLS
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CCDS67 LLASVHQLQG-FTYTATAIQNVVHRLFHASYGARRDAAKILIVITDGKKEGDSLDYKDVI
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        . .  .:.:..:.: :.. :::.       ::.. ::: :.....:.: :  :: .  .
CCDS67 PMADAAGIIRYAIGVGLAFQNRNSW------KELNDIASKPSQEHIFKVEDFDALKDIQN
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CCDS67 QLKEKIFAIEGTETTSSSSFELEMAQEGFSAVFTPDGPV--LGAVGSFTWSG--------
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CCDS67 VYLFHGVLGPSISPSHSQRIAGSQ--LSSRLQYFGQALSGGQDLTQDGLVDLAVGARGQV
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CCDS67 LQSSVTLDLALDPGRLSPRATFQETKNRSLSRVRVLGLKAHCENFNLLL--PSCVEDSVT
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        . ::....: . :     .  : : : ..   . :.::.:.:: : .: ..: ..  ..
CCDS67 PITLRLNFTLVGKPLLAFRNLRPMLAADAQRYFTASLPFEKNCGADHICQDNLGISF-SF
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       :. .    .. ..: .:.  : . :  :..:.: :. .   .:   :.   ..: .    
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pF1KB9 ----VTCQVA--ASQK--SVACDVGYPALKREQQVTFTINFDFNLQN-LQNQASLSFQAL
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CCDS67 GQR----------DLPVSIN---FWVPVELNQEAVWMDVE-VSHPQNPSLRCSSE----K
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pF1KB9 IGQTSSSVSFKSENFRHTKELNCRTASCSNVTCWLKDVHMKGEYFVNVTTRIWNGTFASS
       :.  .:  .: . .....  :.:  :.:    : . .  .. :   ..   .  :   . 
CCDS67 IAPPAS--DFLA-HIQKNPVLDCSIAGCLRFRCDVPSFSVQEELDFTLKGNLSFGWVRQI
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pF1KB9 TFQTVQLTAAAEINTYNPEIYV-IEDNTVTIPLMIMKPDEKAEV--PTGVIIGSIIAGIL
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CCDS67 LQKKVSVVSVAEI-TFDTSVYSQLPGQEAFMRAQTTTVLEKYKVHNPTPLIVGSSIGGLL
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pF1KB9 LLLALVAILWKLGFFKRKYEKMTKNPDEIDETTELSS              
       ::  ..:.:.:.:::::.:..: .. .                        
CCDS67 LLALITAVLYKVGFFKRQYKEMMEEANGQIAPENGTQTPSPPTPHYPQDNV
     1120      1130      1140      1150      1160         

>>CCDS45461.1 ITGAL gene_id:3683|Hs108|chr16              (1086 aa)
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            170       180       190        200       210           
pF1KB9 SPATQPCPSLIDVVVVCDESNSIYPWDAVKNFLEKFV-QGLDIGPTKTQV--GLIQYANN
                                     :.  :.. . :   ::  ..  . .:....
CCDS45 GAPGEGNSTGSLYQCQSGTGHCLPVTLRGSNYTSKYLGMTLATDPTDGSILFAAVQFSTS
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CCDS45 YKTEFDFSDY-VKRKDPDALLKHVKHMLLLTNTFGAINYVATEVFREELGARPDATKVLI
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CCDS45 IITDGEATDSGNIDAAKD------IIRYIIGI-G----KHFQTKESQETLHKFASKPASE
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       ::.:::.:  :::::.::..: .  . ::.: :..    : .:.::::. :  ::.::..
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CCDS45 HFPVCVQDLISPINVSLNFSLWEEEGTPRDQRAGKDIPPILRPSLHSETWEIPFEKNCGE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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