Result of FASTA (ccds) for pF1KB7019
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7019, 751 aa
  1>>>pF1KB7019 751 - 751 aa - 751 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3420+/-0.00106; mu= 14.3686+/- 0.063
 mean_var=82.5350+/-15.793, 0's: 0 Z-trim(103.8): 58  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.141174
 statistics sampled from 7540 (7596) to 7540 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.589), E-opt: 0.2 (0.233), width:  16
 Scan time:  3.590

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS5596.1 SEMA3C gene_id:10512|Hs108|chr7         ( 751) 5112 1051.7       0
CCDS82779.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3         ( 754) 2862 593.5 4.1e-169
CCDS82780.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3         ( 686) 2734 567.4 2.7e-161
CCDS5599.1 SEMA3A gene_id:10371|Hs108|chr7         ( 771) 2396 498.6 1.6e-140
CCDS2811.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3          ( 785) 2358 490.8 3.4e-138
CCDS34676.1 SEMA3D gene_id:223117|Hs108|chr7       ( 777) 2348 488.8 1.4e-137
CCDS34674.1 SEMA3E gene_id:9723|Hs108|chr7         ( 775) 2217 462.1 1.5e-129
CCDS74941.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3         ( 749) 2208 460.3 5.1e-129
CCDS77743.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3         ( 754) 2192 457.0 4.9e-128
CCDS55121.1 SEMA3E gene_id:9723|Hs108|chr7         ( 715) 2191 456.8 5.4e-128
CCDS77744.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3         ( 748) 2191 456.8 5.6e-128
CCDS2856.1 SEMA3G gene_id:56920|Hs108|chr3         ( 782) 2059 429.9 7.3e-120
CCDS77745.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3         ( 406) 1169 248.6 1.5e-65
CCDS45347.1 SEMA4B gene_id:10509|Hs108|chr15       ( 837) 1152 245.2 3.1e-64
CCDS47991.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9        ( 738) 1132 241.1 4.7e-63
CCDS6685.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9         ( 862) 1132 241.1 5.4e-63
CCDS7501.1 SEMA4G gene_id:57715|Hs108|chr10        ( 843) 1011 216.5 1.4e-55
CCDS55724.1 SEMA4G gene_id:57715|Hs108|chr10       ( 702)  965 207.1 7.8e-53
CCDS2029.1 SEMA4C gene_id:54910|Hs108|chr2         ( 833)  913 196.5 1.4e-49
CCDS1955.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2         ( 770)  836 180.8 6.9e-45
CCDS32228.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15       ( 597)  735 160.2 8.6e-39
CCDS32227.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15       ( 998)  735 160.3 1.4e-38
CCDS32224.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15       (1011)  735 160.3 1.4e-38
CCDS32226.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15       (1017)  735 160.3 1.4e-38
CCDS32225.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15       (1073)  735 160.3 1.4e-38
CCDS32229.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15       ( 476)  726 158.4 2.5e-38
CCDS47256.1 SEMA6A gene_id:57556|Hs108|chr5        (1030)  703 153.8 1.3e-36
CCDS75288.1 SEMA6A gene_id:57556|Hs108|chr5        (1047)  703 153.8 1.3e-36
CCDS74529.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2        ( 737)  668 146.6 1.3e-34
CCDS984.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1          ( 930)  659 144.8 5.8e-34
CCDS53364.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1        ( 962)  659 144.8   6e-34
CCDS12131.1 SEMA6B gene_id:10501|Hs108|chr19       ( 888)  600 132.8 2.3e-30
CCDS53363.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1        ( 922)  510 114.5 7.9e-25
CCDS74995.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3        (1057)  486 109.6 2.6e-23
CCDS35491.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3        (1151)  486 109.6 2.8e-23
CCDS58848.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3        (1205)  486 109.6   3e-23
CCDS62942.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2        ( 615)  462 104.6 4.8e-22
CCDS53378.1 SEMA4A gene_id:64218|Hs108|chr1        ( 629)  445 101.2 5.4e-21
CCDS53958.1 SEMA7A gene_id:8482|Hs108|chr15        ( 501)  417 95.4 2.3e-19
CCDS53959.1 SEMA7A gene_id:8482|Hs108|chr15        ( 652)  417 95.5 2.9e-19
CCDS10262.1 SEMA7A gene_id:8482|Hs108|chr15        ( 666)  417 95.5   3e-19
CCDS1132.1 SEMA4A gene_id:64218|Hs108|chr1         ( 761)  369 85.7 2.9e-16
CCDS3875.1 SEMA5A gene_id:9037|Hs108|chr5          (1074)  295 70.7 1.4e-11


>>CCDS5596.1 SEMA3C gene_id:10512|Hs108|chr7              (751 aa)
 initn: 5112 init1: 5112 opt: 5112  Z-score: 5626.2  bits: 1051.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5112; 100.0% identity (100.0% similar) in 751 aa overlap (1-751:1-751)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MAFRTICVLVGVFICSICVKGSSQPQARVYLTFDELRETKTSEYFSLSHHPLDYRILLMD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MAFRTICVLVGVFICSICVKGSSQPQARVYLTFDELRETKTSEYFSLSHHPLDYRILLMD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 EDQDRIYVGSKDHILSLNINNISQEALSVFWPASTIKVEECKMAGKDPTHGCGNFVRVIQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EDQDRIYVGSKDHILSLNINNISQEALSVFWPASTIKVEECKMAGKDPTHGCGNFVRVIQ
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 TFNRTHLYVCGSGAFSPVCTYLNRGRRSEDQVFMIDSKCESGKGRCSFNPNVNTVSVMIN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TFNRTHLYVCGSGAFSPVCTYLNRGRRSEDQVFMIDSKCESGKGRCSFNPNVNTVSVMIN
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 EELFSGMYIDFMGTDAAIFRSLTKRNAVRTDQHNSKWLSEPMFVDAHVIPDGTDPNDAKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EELFSGMYIDFMGTDAAIFRSLTKRNAVRTDQHNSKWLSEPMFVDAHVIPDGTDPNDAKV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 YFFFKEKLTDNNRSTKQIHSMIARICPNDTGGLRSLVNKWTTFLKARLVCSVTDEDGPET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 YFFFKEKLTDNNRSTKQIHSMIARICPNDTGGLRSLVNKWTTFLKARLVCSVTDEDGPET
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 HFDELEDVFLLETDNPRTTLVYGIFTTSSSVFKGSAVCVYHLSDIQTVFNGPFAHKEGPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 HFDELEDVFLLETDNPRTTLVYGIFTTSSSVFKGSAVCVYHLSDIQTVFNGPFAHKEGPN
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 HQLISYQGRIPYPRPGTCPGGAFTPNMRTTKEFPDDVVTFIRNHPLMYNSIYPIHKRPLI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 HQLISYQGRIPYPRPGTCPGGAFTPNMRTTKEFPDDVVTFIRNHPLMYNSIYPIHKRPLI
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 VRIGTDYKYTKIAVDRVNAADGRYHVLFLGTDRGTVQKVVVLPTNNSVSGELILEELEVF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VRIGTDYKYTKIAVDRVNAADGRYHVLFLGTDRGTVQKVVVLPTNNSVSGELILEELEVF
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB7 KNHAPITTMKISSKKQQLYVSSNEGVSQVSLHRCHIYGTACADCCLARDPYCAWDGHSCS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KNHAPITTMKISSKKQQLYVSSNEGVSQVSLHRCHIYGTACADCCLARDPYCAWDGHSCS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB7 RFYPTGKRRSRRQDVRHGNPLTQCRGFNLKAYRNAAEIVQYGVKNNTTFLECAPKSPQAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RFYPTGKRRSRRQDVRHGNPLTQCRGFNLKAYRNAAEIVQYGVKNNTTFLECAPKSPQAS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB7 IKWLLQKDKDRRKEVKLNERIIATSQGLLIRSVQGSDQGLYHCIATENSFKQTIAKINFK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 IKWLLQKDKDRRKEVKLNERIIATSQGLLIRSVQGSDQGLYHCIATENSFKQTIAKINFK
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB7 VLDSEMVAVVTDKWSPWTWASSVRALPFHPKDIMGAFSHSEMQMINQYCKDTRQQHQQGD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VLDSEMVAVVTDKWSPWTWASSVRALPFHPKDIMGAFSHSEMQMINQYCKDTRQQHQQGD
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750 
pF1KB7 ESQKMRGDYGKLKALINSRKSRNRRNQLPES
       :::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ESQKMRGDYGKLKALINSRKSRNRRNQLPES
              730       740       750 

>>CCDS82779.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3              (754 aa)
 initn: 2174 init1: 2174 opt: 2862  Z-score: 3149.6  bits: 593.5 E(32554): 4.1e-169
Smith-Waterman score: 2862; 54.7% identity (82.2% similar) in 730 aa overlap (28-751:31-754)

                  10        20        30        40        50       
pF1KB7    MAFRTICVLVGVFICSICVKGSSQPQARVYLTFDELRETKTSEYFSLSHHPLDYRIL
                                     :: :.: ::. : :...:..  .  :::::
CCDS82 MLVAGLLLWASLLTGAWPSFPTQDHLPATPRVRLSFKELKATGTAHFFNFLLNTTDYRIL
               10        20        30        40        50        60

        60        70        80        90       100       110       
pF1KB7 LMDEDQDRIYVGSKDHILSLNINNISQEALSVFWPASTIKVEECKMAGKDPTHGCGNFVR
       : :::.::.::::::..:::....:..: : . : ::  ..::: ..::: .  ::::::
CCDS82 LKDEDHDRMYVGSKDYVLSLDLHDINREPLIIHWAASPQRIEECVLSGKDVNGECGNFVR
               70        80        90       100       110       120

       120       130       140       150        160       170      
pF1KB7 VIQTFNRTHLYVCGSGAFSPVCTYLNRGRRSEDQVFMIDS-KCESGKGRCSFNPNVNTVS
       .:: .:::::::::.::..:.:::.:::::..: .:...  . :::::.: ..:...:.:
CCDS82 LIQPWNRTHLYVCGTGAYNPMCTYVNRGRRAQDYIFYLEPERLESGKGKCPYDPKLDTAS
              130       140       150       160       170       180

        180       190       200       210       220       230      
pF1KB7 VMINEELFSGMYIDFMGTDAAIFRSLTKRNAVRTDQHNSKWLSEPMFVDAHVIPDGTDPN
       ..:::::..:.:::::::::::::.: :..:.::::.::.::..: :. :..:::... :
CCDS82 ALINEELYAGVYIDFMGTDAAIFRTLGKQTAMRTDQYNSRWLNDPSFIHAELIPDSAERN
              190       200       210       220       230       240

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB7 DAKVYFFFKEKLTDNNRSTKQIHSMIARICPNDTGGLRSLVNKWTTFLKARLVCSVTDED
       : :.::::.:. ..  .:   ... :.::: :: ::   :::::.:::::::::::  ::
CCDS82 DDKLYFFFRERSAEAPQSPA-VYARIGRICLNDDGGHCCLVNKWSTFLKARLVCSVPGED
              250       260        270       280       290         

        300       310       320       330       340       350      
pF1KB7 GPETHFDELEDVFLLETDNPRTTLVYGIFTTSSSVFKGSAVCVYHLSDIQTVFNGPFAHK
       : :::::::.:::. .:.. :. ..:..::.:.:::.::::::: ..::. :::::::::
CCDS82 GIETHFDELQDVFVQQTQDVRNPVIYAVFTSSGSVFRGSAVCVYSMADIRMVFNGPFAHK
     300       310       320       330       340       350         

        360       370       380       390       400       410      
pF1KB7 EGPNHQLISYQGRIPYPRPGTCPGGAFTPNMRTTKEFPDDVVTFIRNHPLMYNSIYPIHK
       ::::.: . ..:..:::::::::::.:::.:..::..::.:..:.:.:::::...::...
CCDS82 EGPNYQWMPFSGKMPYPRPGTCPGGTFTPSMKSTKDYPDEVINFMRSHPLMYQAVYPLQR
     360       370       380       390       400       410         

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pF1KB7 RPLIVRIGTDYKYTKIAVDRVNAADGRYHVLFLGTDRGTVQKVVVLPTNNSVSGELILEE
       :::.:: :. :. : ::::.:.::::::.::::::::::::::.::: ...   ::.:::
CCDS82 RPLVVRTGAPYRLTTIAVDQVDAADGRYEVLFLGTDRGTVQKVIVLPKDDQELEELMLEE
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pF1KB7 LEVFKNHAPITTMKISSKKQQLYVSSNEGVSQVSLHRCHIYGTACADCCLARDPYCAWDG
       .::::. ::. :: ::::.:::::.:  ::...:::::. ::.:::::::::::::::::
CCDS82 VEVFKDPAPVKTMTISSKRQQLYVASAVGVTHLSLHRCQAYGAACADCCLARDPYCAWDG
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pF1KB7 HSCSRFYPTGKRRSRRQDVRHGNPLTQCRGFNLKAYRNAAEIVQYGVKNNTTFLECAPKS
       ..:::.  ..::::::::::::::. :::::: .: .::.: ::::: ....:::: :.:
CCDS82 QACSRYTASSKRRSRRQDVRHGNPIRQCRGFNSNANKNAVESVQYGVAGSAAFLECQPRS
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pF1KB7 PQASIKWLLQKDK-DRRKEVKLNERIIATSQGLLIRSVQGSDQGLYHCIATENSFKQTIA
       :::..:::.:.:  :::.:.. ..:.. : ::::.:..: ::.::: : ::::.::....
CCDS82 PQATVKWLFQRDPGDRRREIRAEDRFLRTEQGLLLRALQLSDRGLYSCTATENNFKHVVT
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pF1KB7 KINFKVLDSEMVAVVTDKWSPWTWASSVR--ALPFHP--KDIMGAFSHSEMQMINQYCKD
       .....::  . : ..   . : . ..     : :  :  ...   ... :. .:.:::. 
CCDS82 RVQLHVLGRDAVHAAL--FPPLSMSAPPPPGAGPPTPPYQELAQLLAQPEVGLIHQYCQG
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pF1KB7 TRQQHQQGDESQKMRGDYGKLKALINSRKSRNRRNQLPES
          .:     : .      .     ...: ::::.. :..
CCDS82 -YWRHV--PPSPREAPGAPRSPEPQDQKKPRNRRHHPPDT
        720         730       740       750    

>>CCDS82780.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3              (686 aa)
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CCDS82                               MYVGSKDYVLSLDLHDINREPLIIHWAASP
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pF1KB7 IKVEECKMAGKDPTHGCGNFVRVIQTFNRTHLYVCGSGAFSPVCTYLNRGRRSEDQVFMI
        ..::: ..::: .  ::::::.:: .:::::::::.::..:.:::.:::::..: .:..
CCDS82 QRIEECVLSGKDVNGECGNFVRLIQPWNRTHLYVCGTGAYNPMCTYVNRGRRAQDYIFYL
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pF1KB7 DS-KCESGKGRCSFNPNVNTVSVMINEELFSGMYIDFMGTDAAIFRSLTKRNAVRTDQHN
       .  . :::::.: ..:...:.:..:::::..:.:::::::::::::.: :..:.::::.:
CCDS82 EPERLESGKGKCPYDPKLDTASALINEELYAGVYIDFMGTDAAIFRTLGKQTAMRTDQYN
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pF1KB7 SKWLSEPMFVDAHVIPDGTDPNDAKVYFFFKEKLTDNNRSTKQIHSMIARICPNDTGGLR
       :.::..: :. :..:::... :: :.::::.:. ..  .:   ... :.::: :: ::  
CCDS82 SRWLNDPSFIHAELIPDSAERNDDKLYFFFRERSAEAPQSPA-VYARIGRICLNDDGGHC
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pF1KB7 SLVNKWTTFLKARLVCSVTDEDGPETHFDELEDVFLLETDNPRTTLVYGIFTTSSSVFKG
        :::::.:::::::::::  ::: :::::::.:::. .:.. :. ..:..::.:.:::.:
CCDS82 CLVNKWSTFLKARLVCSVPGEDGIETHFDELQDVFVQQTQDVRNPVIYAVFTSSGSVFRG
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pF1KB7 SAVCVYHLSDIQTVFNGPFAHKEGPNHQLISYQGRIPYPRPGTCPGGAFTPNMRTTKEFP
       :::::: ..::. :::::::::::::.: . ..:..:::::::::::.:::.:..::..:
CCDS82 SAVCVYSMADIRMVFNGPFAHKEGPNYQWMPFSGKMPYPRPGTCPGGTFTPSMKSTKDYP
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pF1KB7 DDVVTFIRNHPLMYNSIYPIHKRPLIVRIGTDYKYTKIAVDRVNAADGRYHVLFLGTDRG
       :.:..:.:.:::::...::...:::.:: :. :. : ::::.:.::::::.:::::::::
CCDS82 DEVINFMRSHPLMYQAVYPLQRRPLVVRTGAPYRLTTIAVDQVDAADGRYEVLFLGTDRG
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       :::::.::: ...   ::.:::.::::. ::. :: ::::.:::::.:  ::...:::::
CCDS82 TVQKVIVLPKDDQELEELMLEEVEVFKDPAPVKTMTISSKRQQLYVASAVGVTHLSLHRC
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pF1KB7 HIYGTACADCCLARDPYCAWDGHSCSRFYPTGKRRSRRQDVRHGNPLTQCRGFNLKAYRN
       . ::.:::::::::::::::::..:::.  ..::::::::::::::. :::::: .: .:
CCDS82 QAYGAACADCCLARDPYCAWDGQACSRYTASSKRRSRRQDVRHGNPIRQCRGFNSNANKN
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pF1KB7 AAEIVQYGVKNNTTFLECAPKSPQASIKWLLQKDK-DRRKEVKLNERIIATSQGLLIRSV
       :.: ::::: ....:::: :.::::..:::.:.:  :::.:.. ..:.. : ::::.:..
CCDS82 AVESVQYGVAGSAAFLECQPRSPQATVKWLFQRDPGDRRREIRAEDRFLRTEQGLLLRAL
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pF1KB7 QGSDQGLYHCIATENSFKQTIAKINFKVLDSEMVAVVTDKWSPWTWASSVR--ALPFHP-
       : ::.::: : ::::.::.........::  .  :: .  . : . ..     : :  : 
CCDS82 QLSDRGLYSCTATENNFKHVVTRVQLHVLGRD--AVHAALFPPLSMSAPPPPGAGPPTPP
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pF1KB7 -KDIMGAFSHSEMQMINQYCKDTRQQHQQGDESQKMRGDYGKLKALINSRKSRNRRNQLP
        ...   ... :. .:.:::.    .:     : .      .     ...: ::::.. :
CCDS82 YQELAQLLAQPEVGLIHQYCQG-YWRHVP--PSPREAPGAPRSPEPQDQKKPRNRRHHPP
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     750 
pF1KB7 ES
       ..
CCDS82 DT
         

>>CCDS5599.1 SEMA3A gene_id:10371|Hs108|chr7              (771 aa)
 initn: 1916 init1: 1330 opt: 2396  Z-score: 2636.5  bits: 498.6 E(32554): 1.6e-140
Smith-Waterman score: 2458; 44.9% identity (78.4% similar) in 759 aa overlap (4-747:6-762)

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pF1KB7   MAFRTICVLVGVFICS-ICVKGSSQPQARVYLTFDELRETKTSEYFSLSHHPLDYRIL
            : .:.. ::.. .    .....   :. :.. :. :...   :.   .  .:. .
CCDS55 MGWLTRIVCLFWGVLLTARANYQNGKNNVPRLKLSYKEMLESNNVITFNGLANSSSYHTF
               10        20        30        40        50        60

        60        70        80        90       100       110       
pF1KB7 LMDEDQDRIYVGSKDHILSLNINNISQEALSVFWPASTIKVEECKMAGKDPTHGCGNFVR
       :.::...:.:::.::::.:... :: ..  .. ::.:  . .::: ::::  . :.::..
CCDS55 LLDEERSRLYVGAKDHIFSFDLVNI-KDFQKIVWPVSYTRRDECKWAGKDILKECANFIK
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pF1KB7 VIQTFNRTHLYVCGSGAFSPVCTYLNRGRRSEDQVFMID-SKCESGKGRCSFNPNVNTVS
       :....:.::::.::.::: :.:::.. :.. ::..: .. :. :.:.:.  ..:.. :.:
CCDS55 VLKAYNQTHLYACGTGAFHPICTYIEIGHHPEDNIFKLENSHFENGRGKSPYDPKLLTAS
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pF1KB7 VMINEELFSGMYIDFMGTDAAIFRSLTKRNAVRTDQHNSKWLSEPMFVDAHVIPDGTDPN
       ..:. ::.::   :::: : ::::.: ... .::.::.:.::..: :..::.: .. .:.
CCDS55 LLIDGELYSGTAADFMGRDFAIFRTLGHHHPIRTEQHDSRWLNDPKFISAHLISESDNPE
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pF1KB7 DAKVYFFFKEKLTDNNRSTKQIHSMIARICPNDTGGLRSLVNKWTTFLKARLVCSVTDED
       : ::::::.:.  :...: :  :. :..:: :: :: :::::::::::::::.:::   .
CCDS55 DDKVYFFFRENAIDGEHSGKATHARIGQICKNDFGGHRSLVNKWTTFLKARLICSVPGPN
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pF1KB7 GPETHFDELEDVFLLETDNPRTTLVYGIFTTSSSVFKGSAVCVYHLSDIQTVFNGPFAHK
       : .::::::.::::..  .:.. .:::.:::::..:::::::.: .::.. :: ::.::.
CCDS55 GIDTHFDELQDVFLMNFKDPKNPVVYGVFTTSSNIFKGSAVCMYSMSDVRRVFLGPYAHR
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pF1KB7 EGPNHQLISYQGRIPYPRPGTCPGGAFTPNMRTTKEFPDDVVTFIRNHPLMYNSIYPIHK
       .:::.: . ::::.:::::::::. .:  .. .::..::::.:: :.:: ::: ..:...
CCDS55 DGPNYQWVPYQGRVPYPRPGTCPSKTFG-GFDSTKDLPDDVITFARSHPAMYNPVFPMNN
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pF1KB7 RPLIVRIGTDYKYTKIAVDRVNAADGRYHVLFLGTDRGTVQKVVVLPTNNSVS-GELILE
       ::....  ..:..:.:.::::.: ::.: :.:.::: ::: ::: .: ..  .  :..::
CCDS55 RPIVIKTDVNYQFTQIVVDRVDAEDGQYDVMFIGTDVGTVLKVVSIPKETWYDLEEVLLE
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pF1KB7 ELEVFKNHAPITTMKISSKKQQLYVSSNEGVSQVSLHRCHIYGTACADCCLARDPYCAWD
       :. ::.. . :..:..:.:.::::..:. ::.:. :::: ::: :::.::::::::::::
CCDS55 EMTVFREPTAISAMELSTKQQQLYIGSTAGVAQLPLHRCDIYGKACAECCLARDPYCAWD
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pF1KB7 GHSCSRFYPTGKRRSRRQDVRHGNPLTQCRGFNLKAYRNAA--EIVQYGVKNNTTFLECA
       : .:::..::.:::.::::.:.:.:::.:  ..   ... .  : . :::.:..:::::.
CCDS55 GSACSRYFPTAKRRTRRQDIRNGDPLTHCSDLHHDNHHGHSPEERIIYGVENSSTFLECS
      540       550       560       570       580       590        

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pF1KB7 PKSPQASIKWLLQK-DKDRRKEVKLNERIIATSQGLLIRSVQGSDQGLYHCIATENSFKQ
       ::: .: . : .:. ...:..:......:: :.::::.::.: .:.: : : :.:..: :
CCDS55 PKSQRALVYWQFQRRNEERKEEIRVDDHIIRTDQGLLLRSLQQKDSGNYLCHAVEHGFIQ
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pF1KB7 TIAKINFKVLDSEMVAVVT----DKWSPWTWASSVRALPFHP---KDIMGAFSHSEMQMI
       :. :....:.:.: .  .     :  .  :   :    : .    .:.:  ..: ... .
CCDS55 TLLKVTLEVIDTEHLEELLHKDDDGDGSKTKEMSNSMTPSQKVWYRDFMQLINHPNLNTM
      660       670       680       690       700       710        

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pF1KB7 NQYCKDT--RQQHQQGDESQKMRGDYGKLKALINSRKSRNRRNQLPES     
       ...:...  :...:. ..  .  :. .: : : ...:.::::..         
CCDS55 DEFCEQVWKRDRKQRRQRPGHTPGNSNKWKHLQENKKGRNRRTHEFERAPRSV
      720       730       740       750       760       770 

>>CCDS2811.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3               (785 aa)
 initn: 2238 init1: 1744 opt: 2358  Z-score: 2594.5  bits: 490.8 E(32554): 3.4e-138
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pF1KB7    MAFRTICVLVGVFICSICVKGSSQPQARVYLTFDELRETKTSEYFSLSHHPLDYRIL
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CCDS28 MLVAGLLLWASLLTGAWPSFPTQDHLPATPRVRLSFKELKATGTAHFFNFLLNTTDYRIL
               10        20        30        40        50        60

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pF1KB7 LMDEDQDRIYVGSKDHILSLNINNISQEALSVFWPASTIKVEECKMAGKDPTHGCGNFVR
       : :::.::.::::::..:::....:..: : . : ::  ..::: ..::: .  ::::::
CCDS28 LKDEDHDRMYVGSKDYVLSLDLHDINREPLIIHWAASPQRIEECVLSGKDVNGECGNFVR
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       120       130       140                                     
pF1KB7 VIQTFNRTHLYVCGSGAFSPVCTYLNRGRRSE----------------------------
       .:: .:::::::::.::..:.:::.:::::..                            
CCDS28 LIQPWNRTHLYVCGTGAYNPMCTYVNRGRRAQATPWTQTQAVRGRGSRATDGALRPMPTA
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pF1KB7 ---DQVFMIDS-KCESGKGRCSFNPNVNTVSVMINEELFSGMYIDFMGTDAAIFRSLTKR
          : .:...  . :::::.: ..:...:.:..:::::..:.:::::::::::::.: :.
CCDS28 PRQDYIFYLEPERLESGKGKCPYDPKLDTASALINEELYAGVYIDFMGTDAAIFRTLGKQ
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         210       220       230       240       250       260     
pF1KB7 NAVRTDQHNSKWLSEPMFVDAHVIPDGTDPNDAKVYFFFKEKLTDNNRSTKQIHSMIARI
       .:.::::.::.::..: :. :..:::... :: :.::::.:. ..  .:   ... :.::
CCDS28 TAMRTDQYNSRWLNDPSFIHAELIPDSAERNDDKLYFFFRERSAEAPQSPA-VYARIGRI
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pF1KB7 CPNDTGGLRSLVNKWTTFLKARLVCSVTDEDGPETHFDELEDVFLLETDNPRTTLVYGIF
       : :: ::   :::::.:::::::::::  ::: :::::::.:::. .:.. :. ..:..:
CCDS28 CLNDDGGHCCLVNKWSTFLKARLVCSVPGEDGIETHFDELQDVFVQQTQDVRNPVIYAVF
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pF1KB7 TTSSSVFKGSAVCVYHLSDIQTVFNGPFAHKEGPNHQLISYQGRIPYPRPGTCPGGAFTP
       :.:.:::.::::::: ..::. :::::::::::::.: . ..:..:::::::::::.:::
CCDS28 TSSGSVFRGSAVCVYSMADIRMVFNGPFAHKEGPNYQWMPFSGKMPYPRPGTCPGGTFTP
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pF1KB7 NMRTTKEFPDDVVTFIRNHPLMYNSIYPIHKRPLIVRIGTDYKYTKIAVDRVNAADGRYH
       .:..::..::.:..:.:.:::::...::...:::.:: :. :. : ::::.:.::::::.
CCDS28 SMKSTKDYPDEVINFMRSHPLMYQAVYPLQRRPLVVRTGAPYRLTTIAVDQVDAADGRYE
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pF1KB7 VLFLGTDRGTVQKVVVLPTNNSVSGELILEELEVFKNHAPITTMKISSKKQQLYVSSNEG
       ::::::::::::::.::: ...   ::.:::.::::. ::. :: ::::.:::::.:  :
CCDS28 VLFLGTDRGTVQKVIVLPKDDQELEELMLEEVEVFKDPAPVKTMTISSKRQQLYVASAVG
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pF1KB7 VSQVSLHRCHIYGTACADCCLARDPYCAWDGHSCSRFYPTGKRRSRRQDVRHGNPLTQCR
       :...:::::. ::.:::::::::::::::::..:::.  ..::::::::::::::. :::
CCDS28 VTHLSLHRCQAYGAACADCCLARDPYCAWDGQACSRYTASSKRRSRRQDVRHGNPIRQCR
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pF1KB7 GFNLKAYRNAAEIVQYGVKNNTTFLECAPKSPQASIKWLLQKDK-DRRKEVKLNERIIAT
       ::: .: .::.: ::::: ....:::: :.::::..:::.:.:  :::.:.. ..:.. :
CCDS28 GFNSNANKNAVESVQYGVAGSAAFLECQPRSPQATVKWLFQRDPGDRRREIRAEDRFLRT
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pF1KB7 SQGLLIRSVQGSDQGLYHCIATENSFKQTIAKINFKVLDSEMVAVVTDKWSPWTWASSVR
        ::::.:..: ::.::: : ::::.::.........::  . : ..   . : . ..   
CCDS28 EQGLLLRALQLSDRGLYSCTATENNFKHVVTRVQLHVLGRDAVHAAL--FPPLSMSAPPP
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pF1KB7 --ALPFHP--KDIMGAFSHSEMQMINQYCKDTRQQHQQGDESQKMRGDYGKLKALINSRK
         : :  :  ...   ... :. .:.:::.    .:     : .      .     ...:
CCDS28 PGAGPPTPPYQELAQLLAQPEVGLIHQYCQG-YWRHV--PPSPREAPGAPRSPEPQDQKK
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              750 
pF1KB7 SRNRRNQLPES
        ::::.. :..
CCDS28 PRNRRHHPPDT
          780     

>>CCDS34676.1 SEMA3D gene_id:223117|Hs108|chr7            (777 aa)
 initn: 2189 init1: 1497 opt: 2348  Z-score: 2583.6  bits: 488.8 E(32554): 1.4e-137
Smith-Waterman score: 2348; 46.2% identity (75.7% similar) in 738 aa overlap (19-747:34-765)

                           10        20         30        40       
pF1KB7             MAFRTICVLVGVFICSICVKGS-SQPQARVYLTFDELRETKTSEYFSL
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CCDS34 NKDERLKARSQDFHLFPALMMLSMTMLFLPVTGTLKQNIPRLKLTYKDLLLSNSCIPFLG
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pF1KB7 SHHPLDYRILLMDEDQDRIYVGSKDHILSLNINNISQEALSVFWPASTIKVEECKMAGKD
       : . ::.. ::.::.. :. .:.::::. :.. .....  ...:::.  .:: ::.::::
CCDS34 SSEGLDFQTLLLDEERGRLLLGAKDHIFLLSLVDLNKNFKKIYWPAAKERVELCKLAGKD
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pF1KB7 PTHGCGNFVRVIQTFNRTHLYVCGSGAFSPVCTYLNRGRRSEDQVFMIDSKC-ESGKGRC
        .  :.::.::.: .:.::.::::.::: :.: :.. :  .:: .: .:..  :::. .:
CCDS34 ANTECANFIRVLQPYNKTHIYVCGTGAFHPICGYIDLGVYKEDIIFKLDTHNLESGRLKC
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pF1KB7 SFNPNVNTVSVMINEELFSGMYIDFMGTDAAIFRSLTK---RNAVRTDQHNSKWLSEPMF
        :.:.   .::: .: :.::   ::.: :.:. :::     .. .:::  .  ::.   :
CCDS34 PFDPQQPFASVMTDEYLYSGTASDFLGKDTAFTRSLGPTHDHHYIRTDISEHYWLNGAKF
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pF1KB7 VDAHVIPDGTDPNDAKVYFFFKEKLTDNNRSTKQIHSMIARICPNDTGGLRSLVNKWTTF
       . .  :::  .:.: :.::::.:.  ... : : : : ..:.: ::.:: :::.::::::
CCDS34 IGTFFIPDTYNPDDDKIYFFFRESSQEGSTSDKTILSRVGRVCKNDVGGQRSLINKWTTF
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pF1KB7 LKARLVCSVTDEDGPETHFDELEDVFLLETDNPRTTLVYGIFTTSSSVFKGSAVCVYHLS
       :::::.::.   :: .:.::::.:..:: : . :. .:::.:::.::.::::::::: ..
CCDS34 LKARLICSIPGSDGADTYFDELQDIYLLPTRDERNPVVYGVFTTTSSIFKGSAVCVYSMA
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pF1KB7 DIQTVFNGPFAHKEGPNHQLISYQGRIPYPRPGTCPGGAFTPNMRTTKEFPDDVVTFIRN
       ::..:::::.::::. .:. ..:.::::::::::::. .. : ...:..:::::..::. 
CCDS34 DIRAVFNGPYAHKESADHRWVQYDGRIPYPRPGTCPSKTYDPLIKSTRDFPDDVISFIKR
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       : .::.:.::.   : . ::..::. :.:.::.: : ::.: :.::::: ::: ::: . 
CCDS34 HSVMYKSVYPVAGGPTFKRINVDYRLTQIVVDHVIAEDGQYDVMFLGTDIGTVLKVVSIS
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pF1KB7 TNNSVSGELILEELEVFKNHAPITTMKISSKKQQLYVSSNEGVSQVSLHRCHIYGTACAD
        ..    :..::::..::. . : .:..: :.::::..: .:. :.:::::  :: ::::
CCDS34 KEKWNMEEVVLEELQIFKHSSIILNMELSLKQQQLYIGSRDGLVQLSLHRCDTYGKACAD
           490       500       510       520       530       540   

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       :::::::::::::..:::. ::.:::.:::::..:.:.:::  .. . ....: : : .:
CCDS34 CCLARDPYCAWDGNACSRYAPTSKRRARRQDVKYGDPITQCWDIEDSISHETADEKVIFG
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pF1KB7 VKNNTTFLECAPKSPQASIKWLLQKDKDR-RKEVKLNERIIATSQGLLIRSVQGSDQGLY
       .. :.::::: ::: ::.::: .:.. :. :.:.: .:::: :  ::::::.: .:.:.:
CCDS34 IEFNSTFLECIPKSQQATIKWYIQRSGDEHREELKPDERIIKTEYGLLIRSLQKKDSGMY
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pF1KB7 HCIATENSFKQTIAKINFKVLDSEMVAVVTDKWSPWTWASSVRALP-FHPKDIMGAFSHS
       .: : :..: .::.:....:...:..  .         .... :   .. :: .  .:  
CCDS34 YCKAQEHTFIHTIVKLTLNVIENEQMENTQRAEHEEGKVKDLLAESRLRYKDYIQILSSP
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pF1KB7 EMQMINQYCKDTRQQHQQGDESQKMRGDYG-KLKALINSRKSRNRRNQLPES        
       .... .:::.  .. :.   :....:.  : : : . . .:.::::..            
CCDS34 NFSL-DQYCE--QMWHR---EKRRQRNKGGPKWKHMQEMKKKRNRRHHRDLDELPRAVAT
            730            740       750       760       770       

>>CCDS34674.1 SEMA3E gene_id:9723|Hs108|chr7              (775 aa)
 initn: 2164 init1: 1242 opt: 2217  Z-score: 2439.4  bits: 462.1 E(32554): 1.5e-129
Smith-Waterman score: 2235; 45.8% identity (74.5% similar) in 707 aa overlap (22-710:28-730)

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pF1KB7       MAFRTICVLVGVFICSICVKGSSQPQARVYLTFDELRETKTSEYFSLSHHPLDY
                                  ...:  :. :.  :: . . .  :      :: 
CCDS34 MASAGHIITLLLWGYLLELWTGGHTADTTHP--RLRLSHKELLNLNRTSIFHSPFGFLDL
               10        20        30          40        50        

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pF1KB7 RILLMDEDQDRIYVGSKDHILSLNINNISQEALSVFWPASTIKVEECKMAGKDPTHGCGN
       . .:.:: :.:..::..: . ::... ::.    . ::....:.::: : :::  . :.:
CCDS34 HTMLLDEYQERLFVGGRDLVYSLSLERISDGYKEIHWPSTALKMEECIMKGKDAGE-CAN
       60        70        80        90       100       110        

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pF1KB7 FVRVIQTFNRTHLYVCGSGAFSPVCTYLNRGRRSEDQVFMIDS-KCESGKGRCSFNPNVN
       .:::.. .::::: .::.:::.:::...  : . :: .: ..: . : :.::: :.:. .
CCDS34 YVRVLHHYNRTHLLTCGTGAFDPVCAFIRVGYHLEDPLFHLESPRSERGRGRCPFDPSSS
       120       130       140       150       160       170       

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pF1KB7 TVSVMINEELFSGMYIDFMGTDAAIFRSLTKRNAVRTDQHNSKWLSEPMFVDAHVIPDGT
        .:..:. :::.:.: :. . :::::::. .   .::.. . . :.:: :: ...:::. 
CCDS34 FISTLIGSELFAGLYSDYWSRDAAIFRSMGRLAHIRTEHDDERLLKEPKFVGSYMIPDNE
       180       190       200       210       220       230       

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pF1KB7 DPNDAKVYFFFKEKLTDNNRSTKQIHSMIARICPNDTGGLRSLVNKWTTFLKARLVCSVT
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CCDS34 GMNGIDTYFDELEDVFLLPTRDHKNPVIFGLFNTTSNIFRGHAICVYHMSSIRAAFNGPY
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       ::::::...   :.:..::::::.: . .    . :::..:::.. : :.:::::..: :
CCDS34 AHKEGPEYHWSVYEGKVPYPRPGSCASKVNGGRYGTTKDYPDDAIRFARSHPLMYQAIKP
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       :::::..::. .:: .:.::::.::::..:  .:.:: .:.: .::.:::::::::::::
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CCDS34 AWDGISCSRYYPTGTHAKRRFRRQDVRHGNAAQQCFGQQFVGDALDKTEEHLAYGIENNS
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       :.:::.:.: ::.. :..:: .. ::: :: ..:..  . :::.  .. :: : : : ..
CCDS34 TLLECTPRSLQAKVIWFVQKGRETRKEEVKTDDRVVKMDLGLLFLRLHKSDAGTYFCQTV
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       :.:: .:. ::...:.. : :  . .: .        :    ::.   : :.. :...  
CCDS34 EHSFVHTVRKITLEVVEEEKVEDMFNKDDEEDRHHRMPCPAQSSISQGAKPWY-KEFLQL
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       ...:..: ...::.                                             
CCDS34 IGYSNFQRVEEYCEKVWCTDRKRKKLKMSPSKWKYANPQEKKLRSKPEHYRLPRHTLDS
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CCDS74 VDEERGRLFVGAENHVASLNLDNISKRAKKLAWPAPVEWREECNWAGKDIGTECMNFVKL
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CCDS74 G-DTHFDQLQDVFLLSSRDHRTPLLYAVFSTSSSIFQGSAVCVYSMNDVRRAFLGPFAHK
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pF1KB7 EGPNHQLISYQGRIPYPRPGTCPGGAFTPNMRTTKEFPDDVVTFIRNHPLMYNSIYPIHK
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CCDS74 EGPMHQWVSYQGRVPYPRPGMCPSKTFG-TFSSTKDFPDDVIQFARNHPLMYNSVLPTGG
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CCDS74 RPLFLQVGANYTFTQIAADRVAAADGHYDVLFIGTDVGTVLKVISVPKGSRPSAEGLLLE
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CCDS74 ELHVFEDSAAVTSMQISSKRHQLYVASRSAVAQIALHRCAAHGRVCTECCLARDPYCAWD
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pF1KB7 GHSCSRFYPTGKRRSRRQDVRHGNPLTQCRGFNLKAYRNAAEIVQYGVKNNTTFLECAPK
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CCDS74 GVACTRFQPSAKRRFRRQDVRNGDPSTLCSGDSSRPALLEHKV--FGVEGSSAFLECEPR
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pF1KB7 SPQASIKWLLQKDK-DRRKEVKLNERIIATSQGLLIRSVQGSDQGLYHCIATENSFKQTI
       : :: ..: .:.     . .:  .::   :..:::.: ..  :.:.: : :.:..: : .
CCDS74 SLQARVEWTFQRAGVTAHTQVLAEERTERTARGLLLRRLRRRDSGVYLCAAVEQGFTQPL
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pF1KB7 AKINFKVLDSEMVAVVTDKWSPWTWASSVRALPFHPKDIMGAFSHSEMQMINQYCKDTRQ
        .....::.    :. ... .    :.   : :  ::  .  :    .:...     . .
CCDS74 RRLSLHVLS----ATQAERLARAEEAAP--AAPPGPKLWYRDF----LQLVEPGGGGSAN
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pF1KB7 QHQQGDESQKMRGDYGKLKAL-INSR-KSRNRRNQLPES            
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CCDS74 -------SLRMCRPQPALQSLPLESRRKGRNRRTHAPEPRAERGPRSATHW
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>>CCDS77743.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3              (754 aa)
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Smith-Waterman score: 2197; 45.7% identity (73.5% similar) in 742 aa overlap (21-750:22-741)

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pF1KB7  MAFRTICVLVGVFICSICVKGSSQPQA-RVYLTFDELRETKTSEYFSLSHHPLDYRILL
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CCDS77 MGRAGAAAVIPGLALLWAVGLGSAAPSPPRLRLSFQELQAWHGLQTFSL-ERTCCYQALL
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pF1KB7 MDEDQDRIYVGSKDHILSLNINNISQEALSVFWPASTIKVEECKMAGKDPTHGCGNFVRV
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CCDS77 VDEERGRLFVGAENHVASLNLDNISKRAKKLAWPAPVEWREECNWAGKDIGTECMNFVKL
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pF1KB7 IQTFNRTHLYVCGSGAFSPVCTYLNRGRRSEDQVFMID-SKCESGKGRCSFNPNVNTVSV
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CCDS77 LHAYNRTHLLACGTGAFHPTCAFVEVGHRAEEPVLRLDPGRIEDGKGKSPYDPRHRAASV
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pF1KB7 MINEELFSGMYIDFMGTDAAIFRSLTKRNAVRTDQHNSKWLSEPMFVDAHVIPDGTDPND
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CCDS77 LVGEELYSGVAADLMGRDFTIFRSLGQRPSLRTEPHDSRWLNEPKFVKVFWIPESENPDD
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pF1KB7 AKVYFFFKEKLTDNNRSTKQIH-SMIARICPNDTGGLRSLVNKWTTFLKARLVCSVTDED
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CCDS77 DKIYFFFRETAVEAAPALGRLSVSRVGQICRNDVGGQRSLVNKWTTFLKARLVCSVPGVE
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pF1KB7 GPETHFDEL-----EDVFLLETDNPRTTLVYGIFTTSSSVFKGSAVCVYHLSDIQTVFNG
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CCDS77 G-DTHFDQLRPFPAEDVFLLSSRDHRTPLLYAVFSTSSSIFQGSAVCVYSMNDVRRAFLG
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pF1KB7 PFAHKEGPNHQLISYQGRIPYPRPGTCPGGAFTPNMRTTKEFPDDVVTFIRNHPLMYNSI
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CCDS77 PFAHKEGPMHQWVSYQGRVPYPRPGMCPSKTFG-TFSSTKDFPDDVIQFARNHPLMYNSV
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pF1KB7 YPIHKRPLIVRIGTDYKYTKIAVDRVNAADGRYHVLFLGTDRGTVQKVVVLPTNNSVSGE
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CCDS77 LPTGGRPLFLQVGANYTFTQIAADRVAAADGHYDVLFIGTDVGTVLKVISVPKGSRPSAE
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pF1KB7 -LILEELEVFKNHAPITTMKISSKKQQLYVSSNEGVSQVSLHRCHIYGTACADCCLARDP
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CCDS77 GLLLEELHVFEDSAAVTSMQISSKRHQLYVASRSAVAQIALHRCAAHGRVCTECCLARDP
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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