Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5511
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5511, 727 aa
1>>>pF1KB5511 727 - 727 aa - 727 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7013+/-0.00102; mu= 16.8842+/- 0.061
mean_var=58.9684+/-11.792, 0's: 0 Z-trim(102.5): 18 B-trim: 67 in 1/47
Lambda= 0.167019
statistics sampled from 6974 (6985) to 6974 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.577), E-opt: 0.2 (0.215), width: 16
Scan time: 3.440
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS142.1 PLOD1 gene_id:5351|Hs108|chr1 ( 727) 4970 1206.5 0
CCDS3131.1 PLOD2 gene_id:5352|Hs108|chr3 ( 737) 3165 771.6 0
CCDS5715.1 PLOD3 gene_id:8985|Hs108|chr7 ( 738) 3081 751.3 1.2e-216
CCDS3132.1 PLOD2 gene_id:5352|Hs108|chr3 ( 758) 1164 289.4 1.3e-77
CCDS1360.1 COLGALT2 gene_id:23127|Hs108|chr1 ( 626) 283 77.1 9e-14
>>CCDS142.1 PLOD1 gene_id:5351|Hs108|chr1 (727 aa)
initn: 4970 init1: 4970 opt: 4970 Z-score: 6463.2 bits: 1206.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4970; 100.0% identity (100.0% similar) in 727 aa overlap (1-727:1-727)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MRPLLLLALLGWLLLAEAKGDAKPEDNLLVLTVATKETEGFRRFKRSAQFFNYKIQALGL
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CCDS14 MRPLLLLALLGWLLLAEAKGDAKPEDNLLVLTVATKETEGFRRFKRSAQFFNYKIQALGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 GEDWNVEKGTSAGGGQKVRLLKKALEKHADKEDLVILFADSYDVLFASGPRELLKKFRQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GEDWNVEKGTSAGGGQKVRLLKKALEKHADKEDLVILFADSYDVLFASGPRELLKKFRQA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 RSQVVFSAEELIYPDRRLETKYPVVSDGKRFLGSGGFIGYAPNLSKLVAEWEGQDSDSDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RSQVVFSAEELIYPDRRLETKYPVVSDGKRFLGSGGFIGYAPNLSKLVAEWEGQDSDSDQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LFYTKIFLDPEKREQINITLDHRCRIFQNLDGALDEVVLKFEMGHVRARNLAYDTLPVLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LFYTKIFLDPEKREQINITLDHRCRIFQNLDGALDEVVLKFEMGHVRARNLAYDTLPVLI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 HGNGPTKLQLNYLGNYIPRFWTFETGCTVCDEGLRSLKGIGDEALPTVLVGVFIEQPTPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 HGNGPTKLQLNYLGNYIPRFWTFETGCTVCDEGLRSLKGIGDEALPTVLVGVFIEQPTPF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 VSLFFQRLLRLHYPQKHMRLFIHNHEQHHKAQVEEFLAQHGSEYQSVKLVGPEVRMANAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VSLFFQRLLRLHYPQKHMRLFIHNHEQHHKAQVEEFLAQHGSEYQSVKLVGPEVRMANAD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 ARNMGADLCRQDRSCTYYFSVDADVALTEPNSLRLLIQQNKNVIAPLMTRHGRLWSNFWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ARNMGADLCRQDRSCTYYFSVDADVALTEPNSLRLLIQQNKNVIAPLMTRHGRLWSNFWG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 ALSADGYYARSEDYVDIVQGRRVGVWNVPYISNIYLIKGSALRGELQSSDLFHHSKLDPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ALSADGYYARSEDYVDIVQGRRVGVWNVPYISNIYLIKGSALRGELQSSDLFHHSKLDPD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 MAFCANIRQQDVFMFLTNRHTLGHLLSLDSYRTTHLHNDLWEVFSNPEDWKEKYIHQNYT
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CCDS14 MAFCANIRQQDVFMFLTNRHTLGHLLSLDSYRTTHLHNDLWEVFSNPEDWKEKYIHQNYT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 KALAGKLVETPCPDVYWFPIFTEVACDELVEEMEHFGQWSLGNNKDNRIQGGYENVPTID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KALAGKLVETPCPDVYWFPIFTEVACDELVEEMEHFGQWSLGNNKDNRIQGGYENVPTID
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 IHMNQIGFEREWHKFLLEYIAPMTEKLYPGYYTRAQFDLAFVVRYKPDEQPSLMPHHDAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 IHMNQIGFEREWHKFLLEYIAPMTEKLYPGYYTRAQFDLAFVVRYKPDEQPSLMPHHDAS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 TFTINIALNRVGVDYEGGGCRFLRYNCSIRAPRKGWTLMHPGRLTHYHEGLPTTRGTRYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TFTINIALNRVGVDYEGGGCRFLRYNCSIRAPRKGWTLMHPGRLTHYHEGLPTTRGTRYI
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 AVSFVDP
:::::::
CCDS14 AVSFVDP
>>CCDS3131.1 PLOD2 gene_id:5352|Hs108|chr3 (737 aa)
initn: 3159 init1: 2076 opt: 3165 Z-score: 4112.6 bits: 771.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3165; 59.8% identity (85.1% similar) in 734 aa overlap (1-727:6-737)
10 20 30 40
pF1KB5 MRP-LLLLALL--GW--LLLAEA-KGDAKPEDNLLVLTVATKETEGFRRFKRSAQ
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CCDS31 MGGCTVKPQLLLLALVLHPWNPCLGADSEKPSSIPTDKLLVITVATKESDGFHRFMQSAK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 FFNYKIQALGLGEDWNVEKG-TSAGGGQKVRLLKKALEKHADKEDLVILFADSYDVLFAS
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CCDS31 YFNYTVKVLGQGEEWRGGDGINSIGGGQKVRLMKEVMEHYADQDDLVVMFTECFDVIFAG
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 GPRELLKKFRQARSQVVFSAEELIYPDRRLETKYPVVSDGKRFLGSGGFIGYAPNLSKLV
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CCDS31 GPEEVLKKFQKANHKVVFAADGILWPDKRLADKYPVVHIGKRYLNSGGFIGYAPYVNRIV
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 AEWEGQDSDSDQLFYTKIFLDPEKREQINITLDHRCRIFQNLDGALDEVVLKFEMGHVRA
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CCDS31 QQWNLQDNDDDQLFYTKVYIDPLKREAINITLDHKCKIFQTLNGAVDEVVLKFENGKARA
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 RNLAYDTLPVLIHGNGPTKLQLNYLGNYIPRFWTFETGCTVCDEGLRSLKGIGDEALPTV
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CCDS31 KNTFYETLPVAINGNGPTKILLNYFGNYVPNSWTQDNGCTLCEFDTVDLSAV--DVHPNV
250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 LVGVFIEQPTPFVSLFFQRLLRLHYPQKHMRLFIHNHEQHHKAQVEEFLAQHGSEYQSVK
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CCDS31 SIGVFIEQPTPFLPRFLDILLTLDYPKEALKLFIHNKEVYHEKDIKVFFDKAKHEIKTIK
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 LVGPEVRMANADARNMGADLCRQDRSCTYYFSVDADVALTEPNSLRLLIQQNKNVIAPLM
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CCDS31 IVGPEENLSQAEARNMGMDFCRQDEKCDYYFSVDADVVLTNPRTLKILIEQNRKIIAPLV
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 TRHGRLWSNFWGALSADGYYARSEDYVDIVQGRRVGVWNVPYISNIYLIKGSALRGELQS
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CCDS31 TRHGKLWSNFWGALSPDGYYARSEDYVDIVQGNRVGVWNVPYMANVYLIKGKTLRSEMNE
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 SDLFHHSKLDPDMAFCANIRQQDVFMFLTNRHTLGHLLSLDSYRTTHLHNDLWEVFSNPE
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CCDS31 RNYFVRDKLDPDMALCRNAREMGVFMYISNRHEFGRLLSTANYNTSHYNNDLWQIFENPV
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KB5 DWKEKYIHQNYTKALAGKLVETPCPDVYWFPIFTEVACDELVEEMEHFGQWSLGNNKDNR
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CCDS31 DWKEKYINRDYSKIFTENIVEQPCPDVFWFPIFSEKACDELVEEMEHYGKWSGGKHHDSR
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KB5 IQGGYENVPTIDIHMNQIGFEREWHKFLLEYIAPMTEKLYPGYYTRAQFDLAFVVRYKPD
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CCDS31 ISGGYENVPTDDIHMKQVDLENVWLHFIREFIAPVTLKVFAGYYTKGFALLNFVVKYSPE
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690 700
pF1KB5 EQPSLMPHHDASTFTINIALNRVGVDYEGGGCRFLRYNCSIRAPRKGWTLMHPGRLTHYH
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CCDS31 RQRSLRPHHDASTFTINIALNNVGEDFQGGGCKFLRYNCSIESPRKGWSFMHPGRLTHLH
660 670 680 690 700 710
710 720
pF1KB5 EGLPTTRGTRYIAVSFVDP
::::. :::::::::.::
CCDS31 EGLPVKNGTRYIAVSFIDP
720 730
>>CCDS5715.1 PLOD3 gene_id:8985|Hs108|chr7 (738 aa)
initn: 3080 init1: 1061 opt: 3081 Z-score: 4003.2 bits: 751.3 E(32554): 1.2e-216
Smith-Waterman score: 3081; 58.6% identity (82.8% similar) in 734 aa overlap (3-727:8-738)
10 20 30 40
pF1KB5 MRPLLLLALLGWLLLAEAKGDAKPE-------DNLLVLTVATKETEGFRRFKRSA
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CCDS57 MTSSGPGPRFLL-LLPLLLPPAASASDRPRGRDPVNPEKLLVITVATAETEGYLRFLRSA
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 QFFNYKIQALGLGEDW-NVEKGTSAGGGQKVRLLKKALEKHADKEDLVILFADSYDVLFA
.:::: ...:::::.: . . . ..::::::: ::: .::.::.::..:.:.:::::..:
CCDS57 EFFNYTVRTLGLGEEWRGGDVARTVGGGQKVRWLKKEMEKYADREDMIIMFVDSYDVILA
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 SGPRELLKKFRQARSQVVFSAEELIYPDRRLETKYPVVSDGKRFLGSGGFIGYAPNLSKL
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CCDS57 GSPTELLKKFVQSGSRLLFSAESFCWPEWGLAEQYPEVGTGKRFLNSGGFIGFATTIHQI
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 VAEWEGQDSDSDQLFYTKIFLDPEKREQINITLDHRCRIFQNLDGALDEVVLKFEMGHVR
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CCDS57 VRQWKYKDDDDDQLFYTRLYLDPGLREKLSLNLDHKSRIFQNLNGALDEVVLKFDRNRVR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 ARNLAYDTLPVLIHGNGPTKLQLNYLGNYIPRFWTFETGCTVCDEGLRSLKGIGDEALPT
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CCDS57 IRNVAYDTLPIVVHGNGPTKLQLNYLGNYVPNGWTPEGGCGFCNQDRRTLPG-GQPP-PR
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 VLVGVFIEQPTPFVSLFFQRLLRLHYPQKHMRLFIHNHEQHHKAQVEEFLAQHGSEYQSV
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CCDS57 VFLAVFVEQPTPFLPRFLQRLLLLDYPPDRVTLFLHNNEVFHEPHIADSWPQLQDHFSAV
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 KLVGPEVRMANADARNMGADLCRQDRSCTYYFSVDADVALTEPNSLRLLIQQNKNVIAPL
:::::: .. ..::.:. :::::: : .:::.:::..::. ..::.::..:..::::.
CCDS57 KLVGPEEALSPGEARDMAMDLCRQDPECEFYFSLDADAVLTNLQTLRILIEENRKVIAPM
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 MTRHGRLWSNFWGALSADGYYARSEDYVDIVQGRRVGVWNVPYISNIYLIKGSALRGELQ
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CCDS57 LSRHGKLWSNFWGALSPDEYYARSEDYVELVQRKRVGVWNVPYISQAYVIRGDTLRMELP
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 SSDLFHHSKLDPDMAFCANIRQQDVFMFLTNRHTLGHLLSLDSYRTTHLHNDLWEVFSNP
. :.: : ::::::: ..:.. .:. :.:.: .:.::. . : : ::: :::..:.::
CCDS57 QRDVFSGSDTDPDMAFCKSFRDKGIFLHLSNQHEFGRLLATSRYDTEHLHPDLWQIFDNP
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KB5 EDWKEKYIHQNYTKALAGK-LVETPCPDVYWFPIFTEVACDELVEEMEHFGQWSLGNNKD
::::.:::.::..:: :. .:: :::::::::...: ::::: ::::.:::: : ..:
CCDS57 VDWKEQYIHENYSRALEGEGIVEQPCPDVYWFPLLSEQMCDELVAEMEHYGQWSGGRHED
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KB5 NRIQGGYENVPTIDIHMNQIGFEREWHKFLLEYIAPMTEKLYPGYYTRAQFDLAFVVRYK
.:. ::::::::.::::.:.:.: .: ..: :..::::.:.:::.:.:. . :::::.
CCDS57 SRLAGGYENVPTVDIHMKQVGYEDQWLQLLRTYVGPMTESLFPGYHTKARAVMNFVVRYR
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690 700
pF1KB5 PDEQPSLMPHHDASTFTINIALNRVGVDYEGGGCRFLRYNCSIRAPRKGWTLMHPGRLTH
::::::: ::::.::::.:.:::. :.::::::::::::.: : .:::::.:.:::::::
CCDS57 PDEQPSLRPHHDSSTFTLNVALNHKGLDYEGGGCRFLRYDCVISSPRKGWALLHPGRLTH
660 670 680 690 700 710
710 720
pF1KB5 YHEGLPTTRGTRYIAVSFVDP
:::::::: ::::: ::::::
CCDS57 YHEGLPTTWGTRYIMVSFVDP
720 730
>>CCDS3132.1 PLOD2 gene_id:5352|Hs108|chr3 (758 aa)
initn: 3131 init1: 1164 opt: 1164 Z-score: 1506.6 bits: 289.4 E(32554): 1.3e-77
Smith-Waterman score: 3115; 58.1% identity (82.8% similar) in 755 aa overlap (1-727:6-758)
10 20 30 40
pF1KB5 MRP-LLLLALL--GW--LLLAEA-KGDAKPEDNLLVLTVATKETEGFRRFKRSAQ
..: ::::::. : : :.. : .. : :.:::.::::::..::.:: .::.
CCDS31 MGGCTVKPQLLLLALVLHPWNPCLGADSEKPSSIPTDKLLVITVATKESDGFHRFMQSAK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 FFNYKIQALGLGEDWNVEKG-TSAGGGQKVRLLKKALEKHADKEDLVILFADSYDVLFAS
.::: ...:: ::.: : .: ::::::::.:...:..::..:::..:.. .::.::.
CCDS31 YFNYTVKVLGQGEEWRGGDGINSIGGGQKVRLMKEVMEHYADQDDLVVMFTECFDVIFAG
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 GPRELLKKFRQARSQVVFSAEELIYPDRRLETKYPVVSDGKRFLGSGGFIGYAPNLSKLV
::.:.::::..: .:::.:. ...::.:: ::::: :::.:.::::::::: ....:
CCDS31 GPEEVLKKFQKANHKVVFAADGILWPDKRLADKYPVVHIGKRYLNSGGFIGYAPYVNRIV
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 AEWEGQDSDSDQLFYTKIFLDPEKREQINITLDHRCRIFQNLDGALDEVVLKFEMGHVRA
.:. ::.:.:::::::...:: ::: :::::::.:.:::.:.::.:::::::: :..::
CCDS31 QQWNLQDNDDDQLFYTKVYIDPLKREAINITLDHKCKIFQTLNGAVDEVVLKFENGKARA
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 RNLAYDTLPVLIHGNGPTKLQLNYLGNYIPRFWTFETGCTVCDEGLRSLKGIGDEALPTV
.: :.:::: :.::::::. :::.:::.: :: ..:::.:. .:... .. :.:
CCDS31 KNTFYETLPVAINGNGPTKILLNYFGNYVPNSWTQDNGCTLCEFDTVDLSAV--DVHPNV
250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 LVGVFIEQPTPFVSLFFQRLLRLHYPQKHMRLFIHNHEQHHKAQVEEFLAQHGSEYQSVK
.::::::::::. :.. :: : ::.. ..:::::.: .:. ... :. . : ...:
CCDS31 SIGVFIEQPTPFLPRFLDILLTLDYPKEALKLFIHNKEVYHEKDIKVFFDKAKHEIKTIK
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 LVGPEVRMANADARNMGADLCRQDRSCTYYFSVDADVALTEPNSLRLLIQQNKNVIAPLM
.:::: ...:.::::: :.::::..: :::::::::.::.: .:..::.::...::::.
CCDS31 IVGPEENLSQAEARNMGMDFCRQDEKCDYYFSVDADVVLTNPRTLKILIEQNRKIIAPLV
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 TRHGRLWSNFWGALSADGYYARSEDYVDIVQGRRVGVWNVPYISNIYLIKGSALRGELQS
::::.:::::::::: :::::::::::::::: :::::::::..:.:::::..::.:..
CCDS31 TRHGKLWSNFWGALSPDGYYARSEDYVDIVQGNRVGVWNVPYMANVYLIKGKTLRSEMNE
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500
pF1KB5 SDLFHHSKLDPDMAFCANIRQ---------------------QDVFMFLTNRHTLGHLLS
. : ..:::::::.: : :. . :::...::: .:.:::
CCDS31 RNYFVRDKLDPDMALCRNAREMTLQREKDSPTPETFQMLSPPKGVFMYISNRHEFGRLLS
480 490 500 510 520 530
510 520 530 540 550 560
pF1KB5 LDSYRTTHLHNDLWEVFSNPEDWKEKYIHQNYTKALAGKLVETPCPDVYWFPIFTEVACD
.: :.: .::::..: :: :::::::...:.: .. ..:: :::::.:::::.: :::
CCDS31 TANYNTSHYNNDLWQIFENPVDWKEKYINRDYSKIFTENIVEQPCPDVFWFPIFSEKACD
540 550 560 570 580 590
570 580 590 600 610 620
pF1KB5 ELVEEMEHFGQWSLGNNKDNRIQGGYENVPTIDIHMNQIGFEREWHKFLLEYIAPMTEKL
::::::::.:.:: :...:.::.:::::::: ::::.:. .: : .:. :.:::.: :.
CCDS31 ELVEEMEHYGKWSGGKHHDSRISGGYENVPTDDIHMKQVDLENVWLHFIREFIAPVTLKV
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