Result of FASTA (omim) for pF1KB4815
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4815, 1474 aa
  1>>>pF1KB4815 1474 - 1474 aa - 1474 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8993+/-0.000536; mu= 20.2321+/- 0.033
 mean_var=71.5700+/-14.681, 0's: 0 Z-trim(106.8): 56  B-trim: 247 in 2/48
 Lambda= 0.151603
 statistics sampled from 14877 (14927) to 14877 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.51), E-opt: 0.2 (0.175), width:  16
 Scan time: 13.970

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_000005 (OMIM: 103950,104300,614036) alpha-2-mac (1474) 9663 2124.0       0
XP_006719119 (OMIM: 103950,104300,614036) PREDICTE (1512) 9624 2115.5       0
NP_002855 (OMIM: 176420) pregnancy zone protein pr (1482) 5205 1149.0       0
XP_016875253 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1488) 5198 1147.5       0
XP_011519107 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1499) 5146 1136.1       0
XP_011519106 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1500) 5134 1133.5       0
XP_016875252 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1500) 5134 1133.5       0
XP_016875255 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1268) 3092 686.8 2.8e-196
XP_016875254 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1417) 3021 671.3 1.5e-191
XP_011519109 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z ( 831) 2971 660.3 1.8e-188
XP_016875256 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z ( 939) 2971 660.3  2e-188
XP_016874359 (OMIM: 610627) PREDICTED: alpha-2-mac (1454) 2928 651.0  2e-185
NP_653271 (OMIM: 610627) alpha-2-macroglobulin-lik (1454) 2926 650.5 2.7e-185
XP_011519108 (OMIM: 176420) PREDICTED: pregnancy z (1045) 2864 636.9 2.4e-181
NP_001269353 (OMIM: 610627) alpha-2-macroglobulin- ( 963) 2056 460.2 3.6e-128
XP_011518868 (OMIM: 610627) PREDICTED: alpha-2-mac (1467) 1882 422.2 1.5e-116
XP_011518869 (OMIM: 610627) PREDICTED: alpha-2-mac (1467) 1882 422.2 1.5e-116
XP_016874357 (OMIM: 610627) PREDICTED: alpha-2-mac (1466) 1868 419.1 1.3e-115
XP_016874358 (OMIM: 610627) PREDICTED: alpha-2-mac (1466) 1868 419.1 1.3e-115
XP_011526227 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1189)  971 222.9 1.2e-56
XP_016865772 (OMIM: 608859) PREDICTED: CD109 antig (1205)  970 222.7 1.4e-56
NP_001153060 (OMIM: 608859) CD109 antigen isoform  (1368)  970 222.7 1.6e-56
NP_001153059 (OMIM: 608859) CD109 antigen isoform  (1428)  970 222.7 1.6e-56
XP_011533775 (OMIM: 608859) PREDICTED: CD109 antig (1432)  970 222.7 1.6e-56
NP_598000 (OMIM: 608859) CD109 antigen isoform 1 p (1445)  970 222.7 1.6e-56
XP_005248716 (OMIM: 608859) PREDICTED: CD109 antig (1445)  970 222.7 1.6e-56
XP_011526224 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1815)  971 223.0 1.7e-56
XP_011526225 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1815)  971 223.0 1.7e-56
XP_011526223 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1815)  971 223.0 1.7e-56
XP_011526226 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1815)  971 223.0 1.7e-56
XP_016882083 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1817)  971 223.0 1.7e-56
XP_011526222 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1858)  971 223.0 1.8e-56
XP_011526221 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1862)  971 223.0 1.8e-56
XP_011526220 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1887)  971 223.0 1.8e-56
XP_011526219 (OMIM: 608841) PREDICTED: C3 and PZP- (1920)  971 223.0 1.8e-56
NP_056507 (OMIM: 608841) C3 and PZP-like alpha-2-m (1932)  971 223.0 1.8e-56
XP_016870592 (OMIM: 120900,609536,615749) PREDICTE (1560)  554 131.7 4.3e-29
NP_001726 (OMIM: 120900,609536,615749) complement  (1676)  554 131.7 4.6e-29
XP_011517282 (OMIM: 120900,609536,615749) PREDICTE (1681)  554 131.7 4.6e-29
XP_016870591 (OMIM: 120900,609536,615749) PREDICTE (1681)  554 131.7 4.6e-29
NP_001304092 (OMIM: 120900,609536,615749) compleme (1682)  554 131.7 4.6e-29
NP_000055 (OMIM: 120700,611378,612925,613779) comp (1663)  540 128.7 3.8e-28
NP_001002029 (OMIM: 120820,614379) complement C4-B (1744)  540 128.7   4e-28
NP_001239133 (OMIM: 120810,614374,614380) compleme (1698)  536 127.8 7.1e-28
NP_009224 (OMIM: 120810,614374,614380) complement  (1744)  536 127.8 7.3e-28
XP_016885778 (OMIM: 120810,614374,614380) PREDICTE (1744)  536 127.8 7.3e-28
XP_016870593 (OMIM: 120900,609536,615749) PREDICTE (1171)  448 108.5 3.2e-22
NP_001304093 (OMIM: 120900,609536,615749) compleme ( 902)  251 65.4 2.4e-09


>>NP_000005 (OMIM: 103950,104300,614036) alpha-2-macrogl  (1474 aa)
 initn: 9663 init1: 9663 opt: 9663  Z-score: 11410.9  bits: 2124.0 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 9663; 99.9% identity (100.0% similar) in 1474 aa overlap (1-1474:1-1474)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MGKNKLLHPSLVLLLLVLLPTDASVSGKPQYMVLVPSLLHTETTEKGCVLLSYLNETVTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MGKNKLLHPSLVLLLLVLLPTDASVSGKPQYMVLVPSLLHTETTEKGCVLLSYLNETVTV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 SASLESVRGNRSLFTDLEAENDVLHCVAFAVPKSSSNEEVMFLTVQVKGPTQEFKKRTTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SASLESVRGNRSLFTDLEAENDVLHCVAFAVPKSSSNEEVMFLTVQVKGPTQEFKKRTTV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 MVKNEDSLVFVQTDKSIYKPGQTVKFRVVSMDENFHPLNELIPLVYIQDPKGNRIAQWQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MVKNEDSLVFVQTDKSIYKPGQTVKFRVVSMDENFHPLNELIPLVYIQDPKGNRIAQWQS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 FQLEGGLKQFSFPLSSEPFQGSYKVVVQKKSGGRTEHPFTVEEFVLPKFEVQVTVPKIIT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FQLEGGLKQFSFPLSSEPFQGSYKVVVQKKSGGRTEHPFTVEEFVLPKFEVQVTVPKIIT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 ILEEEMNVSVCGLYTYGKPVPGHVTVSICRKYSDASDCHGEDSQAFCEKFSGQLNSHGCF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ILEEEMNVSVCGLYTYGKPVPGHVTVSICRKYSDASDCHGEDSQAFCEKFSGQLNSHGCF
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 YQQVKTKVFQLKRKEYEMKLHTEAQIQEEGTVVELTGRQSSEITRTITKLSFVKVDSHFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YQQVKTKVFQLKRKEYEMKLHTEAQIQEEGTVVELTGRQSSEITRTITKLSFVKVDSHFR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 QGIPFFGQVRLVDGKGVPIPNKVIFIRGNEANYYSNATTDEHGLVQFSINTTNVMGTSLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QGIPFFGQVRLVDGKGVPIPNKVIFIRGNEANYYSNATTDEHGLVQFSINTTNVMGTSLT
              370       380       390       400       410       420

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pF1KB4 VRVNYKDRSPCYGYQWVSEEHEEAHHTAYLVFSPSKSFVHLEPMSHELPCGHTQTVQAHY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VRVNYKDRSPCYGYQWVSEEHEEAHHTAYLVFSPSKSFVHLEPMSHELPCGHTQTVQAHY
              430       440       450       460       470       480

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pF1KB4 ILNGGTLLGLKKLSFYYLIMAKGGIVRTGTHGLLVKQEDMKGHFSISIPVKSDIAPVARL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ILNGGTLLGLKKLSFYYLIMAKGGIVRTGTHGLLVKQEDMKGHFSISIPVKSDIAPVARL
              490       500       510       520       530       540

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pF1KB4 LIYAVLPTGDVIGDSAKYDVENCLANKVDLSFSPSQSLPASHAHLRVTAAPQSVCALRAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LIYAVLPTGDVIGDSAKYDVENCLANKVDLSFSPSQSLPASHAHLRVTAAPQSVCALRAV
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pF1KB4 DQSVLLMKPDAELSASSVYNLLPEKDLTGFPGPLNDQDDEDCINRHNVYINGITYTPVSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DQSVLLMKPDAELSASSVYNLLPEKDLTGFPGPLNDQDDEDCINRHNVYINGITYTPVSS
              610       620       630       640       650       660

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pF1KB4 TNEKDMYSFLEDMGLKAFTNSKIRKPKMCPQLQQYEMHGPEGLRVGFYESDVMGRGHARL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TNEKDMYSFLEDMGLKAFTNSKIRKPKMCPQLQQYEMHGPEGLRVGFYESDVMGRGHARL
              670       680       690       700       710       720

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pF1KB4 VHVEEPHTETVRKYFPETWIWDLVVVNSAGVAEVGVTVPDTITEWKAGAFCLSEDAGLGI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VHVEEPHTETVRKYFPETWIWDLVVVNSAGVAEVGVTVPDTITEWKAGAFCLSEDAGLGI
              730       740       750       760       770       780

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pF1KB4 SSTASLRAFQPFFVELTMPYSVIRGEAFTLKATVLNYLPKCIRVSVQLEASPAFLAVPVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SSTASLRAFQPFFVELTMPYSVIRGEAFTLKATVLNYLPKCIRVSVQLEASPAFLAVPVE
              790       800       810       820       830       840

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pF1KB4 KEQVPHCICANGRQTVSWAVTPKSLGNVNFTVSAEALESQELCGTEVPSVPEHGRKDTVI
       :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KEQAPHCICANGRQTVSWAVTPKSLGNVNFTVSAEALESQELCGTEVPSVPEHGRKDTVI
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pF1KB4 KPLLVEPEGLEKETTFNSLLCPSGGEVSEELSLKLPPNVVEESARASVSVLGDILGSAMQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KPLLVEPEGLEKETTFNSLLCPSGGEVSEELSLKLPPNVVEESARASVSVLGDILGSAMQ
              910       920       930       940       950       960

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pF1KB4 NTQNLLQMPYGCGEQNMVLFAPNIYVLDYLNETQQLTPEIKSKAIGYLNTGYQRQLNYKH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NTQNLLQMPYGCGEQNMVLFAPNIYVLDYLNETQQLTPEIKSKAIGYLNTGYQRQLNYKH
              970       980       990      1000      1010      1020

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pF1KB4 YDGSYSTFGERYGRNQGNTWLTAFVLKTFAQARAYIFIDEAHITQALIWLSQRQKDNGCF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YDGSYSTFGERYGRNQGNTWLTAFVLKTFAQARAYIFIDEAHITQALIWLSQRQKDNGCF
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

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pF1KB4 RSSGSLLNNAIKGGVEDEVTLSAYITIALLEIPLTVTHPVVRNALFCLESAWKTAQEGDH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RSSGSLLNNAIKGGVEDEVTLSAYITIALLEIPLTVTHPVVRNALFCLESAWKTAQEGDH
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

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pF1KB4 GSHVYTKALLAYAFALAGNQDKRKEVLKSLNEEAVKKDNSVHWERPQKPKAPVGHFYEPQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GSHVYTKALLAYAFALAGNQDKRKEVLKSLNEEAVKKDNSVHWERPQKPKAPVGHFYEPQ
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

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pF1KB4 APSAEVEMTSYVLLAYLTAQPAPTSEDLTSATNIVKWITKQQNAQGGFSSTQDTVVALHA
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>>XP_006719119 (OMIM: 103950,104300,614036) PREDICTED: a  (1512 aa)
 initn: 9624 init1: 9624 opt: 9624  Z-score: 11364.6  bits: 2115.5 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 9624; 99.9% identity (100.0% similar) in 1469 aa overlap (1-1469:1-1469)

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>>NP_002855 (OMIM: 176420) pregnancy zone protein precur  (1482 aa)
 initn: 5688 init1: 4044 opt: 5205  Z-score: 6141.3  bits: 1149.0 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6991; 72.5% identity (88.2% similar) in 1481 aa overlap (1-1470:1-1476)

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       : :..:::  :::::..:  .:.. : .::::::::::::::. .:::::::.:::::::
NP_002 MRKDRLLHLCLVLLLILLSASDSN-STEPQYMVLVPSLLHTEAPKKGCVLLSHLNETVTV
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pF1KB4 SASLESVRGNRSLFTDLEAENDVLHCVAFAVPKSSSNEEVMFLTVQVKGPTQEFKKRTTV
       :::::: : :::::::: ::.:..:::.:..:. :.. :: ::..:.:::::.:.::.::
NP_002 SASLESGRENRSLFTDLVAEKDLFHCVSFTLPRISASSEVAFLSIQIKGPTQDFRKRNTV
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pF1KB4 MVKNEDSLVFVQTDKSIYKPGQTVKFRVVSMDENFHPLNELIPLVYIQDPKGNRIAQWQS
       .: : .::::::::: .:::::::.:::::.::::.: ::::::.:...:. ::::::::
NP_002 LVLNTQSLVFVQTDKPMYKPGQTVRFRVVSVDENFRPRNELIPLIYLENPRRNRIAQWQS
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pF1KB4 FQLEGGLKQFSFPLSSEPFQGSYKVVVQKKSGGRTEHPFTVEEFVLPKFEVQVTVPKIIT
       ..::.:..:.::::::::.::::.:::: .:::: .:::::::::::::::.: :::::.
NP_002 LKLEAGINQLSFPLSSEPIQGSYRVVVQTESGGRIQHPFTVEEFVLPKFEVKVQVPKIIS
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