Result of FASTA (omim) for pF1KB4275
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4275, 574 aa
  1>>>pF1KB4275 574 - 574 aa - 574 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.6272+/-0.000444; mu= -18.5617+/- 0.028
 mean_var=582.5749+/-118.879, 0's: 0 Z-trim(125.0): 141  B-trim: 0 in 0/56
 Lambda= 0.053137
 statistics sampled from 47727 (47898) to 47727 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.822), E-opt: 0.2 (0.562), width:  16
 Scan time: 13.490

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_016856182 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead bo ( 573) 1265 111.8 6.4e-24
NP_001185781 (OMIM: 616035) forkhead box protein J ( 588) 1265 111.8 6.5e-24
XP_006710522 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead bo ( 596) 1265 111.8 6.6e-24
XP_006710521 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead bo ( 607)  784 74.9 8.4e-13
NP_001185779 (OMIM: 616035) forkhead box protein J ( 622)  784 74.9 8.5e-13
NP_055762 (OMIM: 616035) forkhead box protein J3 i ( 622)  784 74.9 8.5e-13
XP_011539328 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead bo ( 622)  784 74.9 8.5e-13
NP_001185780 (OMIM: 616035) forkhead box protein J ( 622)  784 74.9 8.5e-13
XP_005270689 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead bo ( 630)  784 74.9 8.6e-13
XP_016856184 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead bo ( 433)  552 57.0 1.5e-07
XP_016856183 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead bo ( 520)  552 57.1 1.7e-07
NP_005242 (OMIM: 153400,602402) forkhead box prote ( 501)  486 52.0 5.5e-06
NP_001129121 (OMIM: 612351) forkhead box protein I ( 420)  426 47.3 0.00012
NP_001445 (OMIM: 602291) forkhead box protein J1 [ ( 421)  415 46.5 0.00021
NP_036320 (OMIM: 274600,600791,601093) forkhead bo ( 378)  392 44.7 0.00066
NP_001443 (OMIM: 603250) forkhead box protein F2 [ ( 444)  383 44.0  0.0012
NP_005241 (OMIM: 603252) forkhead box protein L1 [ ( 345)  372 43.1  0.0018
NP_004465 (OMIM: 602211) forkhead box protein D2 [ ( 495)  376 43.5  0.0019
XP_016876735 (OMIM: 602294) PREDICTED: hepatocyte  ( 439)  373 43.3   0.002
NP_004487 (OMIM: 602294) hepatocyte nuclear factor ( 472)  373 43.3  0.0021
NP_004488 (OMIM: 602295) hepatocyte nuclear factor ( 350)  368 42.8  0.0022
NP_005240 (OMIM: 164874,613454) forkhead box prote ( 489)  370 43.1  0.0026
NP_001444 (OMIM: 601090,601631,602482) forkhead bo ( 553)  371 43.2  0.0027
NP_001442 (OMIM: 265380,601089) forkhead box prote ( 379)  364 42.5  0.0029
NP_710141 (OMIM: 600288) hepatocyte nuclear factor ( 457)  360 42.3  0.0042
NP_068556 (OMIM: 600288) hepatocyte nuclear factor ( 463)  360 42.3  0.0042
NP_004464 (OMIM: 241850,602617,616534) forkhead bo ( 373)  357 42.0  0.0042
NP_004109 (OMIM: 602939) forkhead box protein S1 [ ( 330)  346 41.1  0.0069
NP_005188 (OMIM: 602628) forkhead box protein N3 i ( 468)  347 41.3  0.0085
NP_001078940 (OMIM: 602628) forkhead box protein N ( 490)  347 41.3  0.0087
NP_658982 (OMIM: 274600,600791,601093) forkhead bo ( 283)  337 40.3    0.01


>>XP_016856182 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead box pr  (573 aa)
 initn: 1255 init1: 562 opt: 1265  Z-score: 550.4  bits: 111.8 E(85289): 6.4e-24
Smith-Waterman score: 1285; 40.2% identity (64.4% similar) in 612 aa overlap (1-573:1-572)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MASDLESSLTSIDWLPQLTLRATIEKLGSASQAGPPGSSRKCSPGSPTDPNATLSKDEAA
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XP_016 MTSELESSLTSMDWLPQLTMRAAIQKSDATQNAHGTGISKK---NALLDPNTTLDQEEVQ
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pF1KB4 VHQDGKPRYSYATLITYAINSSPAKKMTLSEIYRWICDNFPYYKNAGIGWKNSIRHNLSL
        :.:::: ::::.:::.:::::: :::::::::.:::::::::..:: ::::::::::::
XP_016 QHKDGKPPYSYASLITFAINSSPKKKMTLSEIYQWICDNFPYYREAGSGWKNSIRHNLSL
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pF1KB4 NKCFRKVPRPRDDPGKGSYWTIDTCP--DI--SR-KRRHPPDDDLSQDSPEQEASKSPRG
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XP_016 NKCFLKVPRSKDDPGKGSYWAIDTNPKEDVLPTRPKKRARSVERVTLYNTDQDGSDSPR-
       120       130       140       150       160       170       

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB4 GVAGSGEASLPPEGNPQMSLQSPTSIASYSQGTGSVDGGAVAAGASGRESAEGPPPLYNT
          .: . ::  ..  ...:.:  :. ::.  :.  .  .:. . . ...     : :: 
XP_016 ---SSLNNSLSDQSLASVNLNSVGSVHSYTPVTSHPE--SVSQSLTPQQQ-----PQYNL
           180       190       200       210         220           

          240       250       260                 270       280    
pF1KB4 -NHDFKFSYSEINFQDLSWSFRNLYKSMLEKS----------SSSSQHGFSSLLGDIPPS
        ..: .. .:: ::.::: :::.::::..:.:          : :::.. .:   .  ::
XP_016 PERDKQLLFSEYNFEDLSASFRSLYKSVFEQSLSQQGLMNIPSESSQQSHTSCTYQHSPS
        230       240       250       260       270       280      

            290       300       310          320       330         
pF1KB4 NNY--YMYQQQQPPPPQQQQQQQQPPQPPPQQ---SQPQQQQAPAQGPSAVGGAPPLHTP
       ..   . ...:.    .. .  .   .    :   :.::..  :.  :     . : : :
XP_016 STVSTHPHSNQSSLSNSHGSGLNTTGSNSVAQVSLSHPQMHTQPSPHPPHRPHGLPQH-P
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     340       350       360       370        380       390        
pF1KB4 STDGCTPPGGKQAGAEGYGPPPVMAMHPPPLQHGGYHP-HQHHPHSHPAQQPPPPQPQAQ
       . .    :  .:  ..  .: :   .:: : ::  .:: :::.  .:  : ::::: :..
XP_016 QRSPHPAPHPQQH-SQLQSPHP---QHPSPHQHIQHHPNHQHQTLTH--QAPPPPQ-QVS
         350        360          370       380         390         

      400       410       420       430       440       450        
pF1KB4 GQAPINNTGFAFPSDWCSNIDSLKESFKMVNRLNWSSIEQSQFSELMESLRQAEQKNWTL
        .. ..:       :: ...: :::: .... .:::... :::. ::::.:::. :::.:
XP_016 CNSGVSN-------DWYATLDMLKESCRIASSVNWSDVDLSQFQGLMESMRQADLKNWSL
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pF1KB4 DQHHIANLCDSLNHFLTQTGHVPPQG--------GTHRPPAPAR-IADSCALTSGKQESA
       :: ..:.::.:::.:.:::: .  :.        :. .:  :.. :. .    ...:.  
XP_016 DQVQFADLCSSLNQFFTQTGLIHSQSNVQQNVCHGAMHPTKPSQHIGTGNLYIDSRQNLP
             460       470       480       490       500       510 

     510       520       530       540         550             560 
pF1KB4 MSQVNSYGHPQAPHLYPGPSPMYPIPTQDSAGYNRPAH--HMVP------RPSVPPPGAN
        : .   :.:. :.    :.  .       ::..:  .  ::.:      : :.::    
XP_016 PSVMPPPGYPHIPQALSTPGTTM-------AGHHRAMNQQHMMPSQAFQMRRSLPP----
             520       530              540       550       560    

             570    
pF1KB4 EEIPDDFDWDLIT
       ..: :::::: : 
XP_016 DDIQDDFDWDSIV
              570   

>>NP_001185781 (OMIM: 616035) forkhead box protein J3 is  (588 aa)
 initn: 1255 init1: 562 opt: 1265  Z-score: 550.3  bits: 111.8 E(85289): 6.5e-24
Smith-Waterman score: 1285; 40.2% identity (64.4% similar) in 612 aa overlap (1-573:16-587)

                              10        20        30        40     
pF1KB4                MASDLESSLTSIDWLPQLTLRATIEKLGSASQAGPPGSSRKCSPG
                      :.:.:::::::.:::::::.::.:.:  ....:   : :.:   .
NP_001 MGLYGQACPSVTSLRMTSELESSLTSMDWLPQLTMRAAIQKSDATQNAHGTGISKK---N
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pF1KB4 SPTDPNATLSKDEAAVHQDGKPRYSYATLITYAINSSPAKKMTLSEIYRWICDNFPYYKN
       .  :::.::...:.  :.:::: ::::.:::.:::::: :::::::::.:::::::::..
NP_001 ALLDPNTTLDQEEVQQHKDGKPPYSYASLITFAINSSPKKKMTLSEIYQWICDNFPYYRE
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pF1KB4 AGIGWKNSIRHNLSLNKCFRKVPRPRDDPGKGSYWTIDTCP--DI--SR-KRRHPPDDDL
       :: :::::::::::::::: :::: .:::::::::.::: :  :.  .: :.:    . .
NP_001 AGSGWKNSIRHNLSLNKCFLKVPRSKDDPGKGSYWAIDTNPKEDVLPTRPKKRARSVERV
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pF1KB4 SQDSPEQEASKSPRGGVAGSGEASLPPEGNPQMSLQSPTSIASYSQGTGSVDGGAVAAGA
       .  . .:..: :::    .: . ::  ..  ...:.:  :. ::.  :.  .  .:. . 
NP_001 TLYNTDQDGSDSPR----SSLNNSLSDQSLASVNLNSVGSVHSYTPVTSHPE--SVSQSL
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pF1KB4 SGRESAEGPPPLYNT-NHDFKFSYSEINFQDLSWSFRNLYKSMLEKS----------SSS
       . ...     : ::  ..: .. .:: ::.::: :::.::::..:.:          : :
NP_001 TPQQQ-----PQYNLPERDKQLLFSEYNFEDLSASFRSLYKSVFEQSLSQQGLMNIPSES
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pF1KB4 SQHGFSSLLGDIPPSNNY--YMYQQQQPPPPQQQQQQQQPPQPPPQQ---SQPQQQQAPA
       ::.. .:   .  ::..   . ...:.    .. .  .   .    :   :.::..  :.
NP_001 SQQSHTSCTYQHSPSSTVSTHPHSNQSSLSNSHGSGLNTTGSNSVAQVSLSHPQMHTQPS
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pF1KB4 QGPSAVGGAPPLHTPSTDGCTPPGGKQAGAEGYGPPPVMAMHPPPLQHGGYHP-HQHHPH
         :     . : : :. .    :  .:  ..  .: :   .:: : ::  .:: :::.  
NP_001 PHPPHRPHGLPQH-PQRSPHPAPHPQQH-SQLQSPHP---QHPSPHQHIQHHPNHQHQTL
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pF1KB4 SHPAQQPPPPQPQAQGQAPINNTGFAFPSDWCSNIDSLKESFKMVNRLNWSSIEQSQFSE
       .:  : ::::: :.. .. ..:       :: ...: :::: .... .:::... :::. 
NP_001 TH--QAPPPPQ-QVSCNSGVSN-------DWYATLDMLKESCRIASSVNWSDVDLSQFQG
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           450       460       470       480               490     
pF1KB4 LMESLRQAEQKNWTLDQHHIANLCDSLNHFLTQTGHVPPQG--------GTHRPPAPAR-
       ::::.:::. :::.::: ..:.::.:::.:.:::: .  :.        :. .:  :.. 
NP_001 LMESMRQADLKNWSLDQVQFADLCSSLNQFFTQTGLIHSQSNVQQNVCHGAMHPTKPSQH
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          500       510       520       530       540         550  
pF1KB4 IADSCALTSGKQESAMSQVNSYGHPQAPHLYPGPSPMYPIPTQDSAGYNRPAH--HMVP-
       :. .    ...:.   : .   :.:. :.    :.  .       ::..:  .  ::.: 
NP_001 IGTGNLYIDSRQNLPPSVMPPPGYPHIPQALSTPGTTM-------AGHHRAMNQQHMMPS
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                  560       570    
pF1KB4 -----RPSVPPPGANEEIPDDFDWDLIT
            : :.::    ..: :::::: : 
NP_001 QAFQMRRSLPP----DDIQDDFDWDSIV
          570           580        

>>XP_006710522 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead box pr  (596 aa)
 initn: 1255 init1: 562 opt: 1265  Z-score: 550.2  bits: 111.8 E(85289): 6.6e-24
Smith-Waterman score: 1285; 40.2% identity (64.4% similar) in 612 aa overlap (1-573:24-595)

                                      10        20        30       
pF1KB4                        MASDLESSLTSIDWLPQLTLRATIEKLGSASQAGPPG
                              :.:.:::::::.:::::::.::.:.:  ....:   :
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pF1KB4 LKESFKMVNRLNWSSIEQSQFSELMESLRQAEQKNWTLDQHHIANLCDSLNHFLTQTGHV
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NP_001 LKESCRIASSVNWSDVDLSQFQGLMESMRQADLKNWSLDQVQFADLCSSLNQFFTQTGLI
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pF1KB4 PPQG--------GTHRPPAPAR-IADSCALTSGKQESAMSQVNSYGHPQAPHLYPGPSPM
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NP_001 HSQSNVQQNVCHGAMHPTKPSQHIGTGNLYIDSRQNLPPSVMPPPGYPHIPQALSTPGTT
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         :.        :. .:  :.. :. .    ...:.   : .   :.:. :.    :.  
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          :  :.:: . .. ::: . . ...     :    :   : ::  ..: .. .:: ::
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       .::: :::.::::..:.:          : :::.. .:   .  ::..   . ...:.  
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574 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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