Result of FASTA (ccds) for pF1KB3844
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3844, 674 aa
  1>>>pF1KB3844 674 - 674 aa - 674 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2669+/-0.00125; mu= 14.9090+/- 0.075
 mean_var=109.1860+/-22.231, 0's: 0 Z-trim(104.2): 194  B-trim: 326 in 1/49
 Lambda= 0.122741
 statistics sampled from 7561 (7790) to 7561 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.599), E-opt: 0.2 (0.239), width:  16
 Scan time:  2.820

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS8057.1 FLRT1 gene_id:23769|Hs108|chr11         ( 674) 4426 795.6       0
CCDS13121.1 FLRT3 gene_id:23767|Hs108|chr20        ( 649) 2479 450.8 2.8e-126
CCDS9877.1 FLRT2 gene_id:23768|Hs108|chr14         ( 660) 1835 336.8 6.1e-92
CCDS3306.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3        ( 581)  439 89.5 1.4e-17
CCDS46984.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3       ( 587)  439 89.5 1.5e-17
CCDS31464.1 LRRC4C gene_id:57689|Hs108|chr11       ( 640)  427 87.4 6.8e-17
CCDS47218.1 LRRC70 gene_id:100130733|Hs108|chr5    ( 622)  425 87.1 8.5e-17
CCDS46347.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2        ( 518)  408 84.0   6e-16
CCDS74530.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2        ( 519)  408 84.0   6e-16
CCDS33920.1 CPN2 gene_id:1370|Hs108|chr3           ( 545)  408 84.0 6.2e-16
CCDS46346.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2        ( 590)  408 84.0 6.6e-16
CCDS82475.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2        ( 591)  408 84.0 6.6e-16
CCDS30976.1 FMOD gene_id:2331|Hs108|chr1           ( 376)  394 81.4 2.6e-15
CCDS42595.1 LRRC4B gene_id:94030|Hs108|chr19       ( 713)  394 81.6 4.2e-15
CCDS54226.1 PODNL1 gene_id:79883|Hs108|chr19       ( 510)  386 80.1 8.8e-15
CCDS12300.1 PODNL1 gene_id:79883|Hs108|chr19       ( 512)  386 80.1 8.8e-15
CCDS9037.1 KERA gene_id:11081|Hs108|chr12          ( 352)  382 79.2 1.1e-14
CCDS55601.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1         ( 519)  378 78.7 2.4e-14
CCDS55602.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1         ( 642)  378 78.7 2.8e-14
CCDS573.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1           ( 661)  378 78.8 2.9e-14
CCDS56578.1 ECM2 gene_id:1842|Hs108|chr9           ( 643)  355 74.7 4.7e-13
CCDS6698.1 ECM2 gene_id:1842|Hs108|chr9            ( 699)  355 74.7   5e-13
CCDS14680.1 SLITRK2 gene_id:84631|Hs108|chrX       ( 845)  351 74.1 9.5e-13
CCDS14721.1 BGN gene_id:633|Hs108|chrX             ( 368)  345 72.7   1e-12
CCDS5799.1 LRRC4 gene_id:64101|Hs108|chr7          ( 653)  348 73.4 1.1e-12
CCDS1438.1 PRELP gene_id:5549|Hs108|chr1           ( 382)  340 71.8   2e-12
CCDS9039.1 DCN gene_id:1634|Hs108|chr12            ( 359)  338 71.5 2.4e-12
CCDS9465.1 SLITRK5 gene_id:26050|Hs108|chr13       ( 958)  344 72.9 2.5e-12
CCDS12130.1 LRG1 gene_id:116844|Hs108|chr19        ( 347)  336 71.1   3e-12
CCDS2876.1 LRTM1 gene_id:57408|Hs108|chr3          ( 345)  325 69.1 1.2e-11
CCDS7453.1 SLIT1 gene_id:6585|Hs108|chr10          (1534)  334 71.2 1.2e-11
CCDS14679.1 SLITRK4 gene_id:139065|Hs108|chrX      ( 837)  327 69.8 1.8e-11
CCDS75111.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4          (1521)  328 70.2 2.5e-11
CCDS75110.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4          (1525)  328 70.2 2.5e-11
CCDS43276.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4         ( 757)  322 68.9 3.1e-11
CCDS14256.1 NYX gene_id:60506|Hs108|chrX           ( 481)  319 68.2 3.1e-11
CCDS3426.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4           (1529)  326 69.8 3.2e-11
CCDS4369.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5           (1523)  325 69.6 3.6e-11
CCDS64311.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5          (1530)  325 69.6 3.6e-11


>>CCDS8057.1 FLRT1 gene_id:23769|Hs108|chr11              (674 aa)
 initn: 4426 init1: 4426 opt: 4426  Z-score: 4243.5  bits: 795.6 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4426; 100.0% identity (100.0% similar) in 674 aa overlap (1-674:1-674)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MVVAHPTATATTTPTATVTATVVMTTATMDLRDWLFLCYGLIAFLTEVIDSTTCPSVCRC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 MVVAHPTATATTTPTATVTATVVMTTATMDLRDWLFLCYGLIAFLTEVIDSTTCPSVCRC
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 DNGFIYCNDRGLTSIPADIPDDATTLYLQNNQINNAGIPQDLKTKVNVQVIYLYENDLDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 DNGFIYCNDRGLTSIPADIPDDATTLYLQNNQINNAGIPQDLKTKVNVQVIYLYENDLDE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 FPINLPRSLRELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 FPINLPRSLRELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQLK
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 LLFLSRNHLSSIPSGLPHTLEELRLDDNRISTIPLHAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQRIA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 LLFLSRNHLSSIPSGLPHTLEELRLDDNRISTIPLHAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQRIA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 DDTFSRLQNLTELSLVRNSLAAPPLNLPSAHLQKLYLQDNAISHIPYNTLAKMRELERLD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 DDTFSRLQNLTELSLVRNSLAAPPLNLPSAHLQKLYLQDNAISHIPYNTLAKMRELERLD
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 LSNNNLTTLPRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCGCNLMWLRDWVKARAAVVNVRGLMCQGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 LSNNNLTTLPRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCGCNLMWLRDWVKARAAVVNVRGLMCQGP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 EKVRGMAIKDITSEMDECFETGPQGGVANAAAKTTASNHASATTPQGSLFTLKAKRPGLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 EKVRGMAIKDITSEMDECFETGPQGGVANAAAKTTASNHASATTPQGSLFTLKAKRPGLR
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 LPDSNIDYPMATGDGAKTLAIHVKALTADSIRITWKATLPASSFRLSWLRLGHSPAVGSI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 LPDSNIDYPMATGDGAKTLAIHVKALTADSIRITWKATLPASSFRLSWLRLGHSPAVGSI
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 TETLVQGDKTEYLLTALEPKSTYIICMVTMETSNAYVADETPVCAKAETADSYGPTTTLN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 TETLVQGDKTEYLLTALEPKSTYIICMVTMETSNAYVADETPVCAKAETADSYGPTTTLN
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 QEQNAGPMASLPLAGIIGGAVALVFLFLVLGAICWYVHQAGELLTRERAYNRGSRKKDDY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 QEQNAGPMASLPLAGIIGGAVALVFLFLVLGAICWYVHQAGELLTRERAYNRGSRKKDDY
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 MESGTKKDNSILEIRGPGLQMLPINPYRAKEEYVVHTIFPSNGSSLCKATHTIGYGTTRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 MESGTKKDNSILEIRGPGLQMLPINPYRAKEEYVVHTIFPSNGSSLCKATHTIGYGTTRG
              610       620       630       640       650       660

              670    
pF1KB3 YRDGGIPDIDYSYT
       ::::::::::::::
CCDS80 YRDGGIPDIDYSYT
              670    

>>CCDS13121.1 FLRT3 gene_id:23767|Hs108|chr20             (649 aa)
 initn: 2568 init1: 1535 opt: 2479  Z-score: 2380.5  bits: 450.8 E(32554): 2.8e-126
Smith-Waterman score: 2479; 58.7% identity (82.2% similar) in 651 aa overlap (34-674:6-649)

            10        20        30         40            50        
pF1KB3 AHPTATATTTPTATVTATVVMTTATMDLRDW-LFLCYGLIAFLTEV----IDSTTCPSVC
                                     : .::    :... .:    . . .:::::
CCDS13                          MISAAWSIFLIGTKIGLFLQVAPLSVMAKSCPSVC
                                        10        20        30     

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB3 RCDNGFIYCNDRGLTSIPADIPDDATTLYLQNNQINNAGIPQDLKTKVNVQVIYLYENDL
       ::: :::::::: :::::. ::.::::::::::::::::::.:::. ..:. ::::.:.:
CCDS13 RCDAGFIYCNDRFLTSIPTGIPEDATTLYLQNNQINNAGIPSDLKNLLKVERIYLYHNSL
          40        50        60        70        80        90     

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB3 DEFPINLPRSLRELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQ
       :::: :::. ..:::::.::.:::. :::..:: ::.:::::::::.::::: :: ::. 
CCDS13 DEFPTNLPKYVKELHLQENNIRTITYDSLSKIPYLEELHLDDNSVSAVSIEEGAFRDSNY
         100       110       120       130       140       150     

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB3 LKLLFLSRNHLSSIPSGLPHTLEELRLDDNRISTIPLHAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQR
       :.::::::::::.:: :::.:.:::::::::::::   ...::.::.::::::::: :. 
CCDS13 LRLLFLSRNHLSTIPWGLPRTIEELRLDDNRISTISSPSLQGLTSLKRLVLDGNLLNNHG
         160       170       180       190       200       210     

      240       250       260       270       280       290        
pF1KB3 IADDTFSRLQNLTELSLVRNSLAAPPLNLPSAHLQKLYLQDNAISHIPYNTLAKMRELER
       ..: .:  : ::::::::::::.: :.:::...:.::::::: :...: :... .:.: :
CCDS13 LGDKVFFNLVNLTELSLVRNSLTAAPVNLPGTNLRKLYLQDNHINRVPPNAFSYLRQLYR
         220       230       240       250       260       270     

      300       310       320       330       340       350        
pF1KB3 LDLSNNNLTTLPRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCGCNLMWLRDWVKARAAVVNVRGLMCQ
       ::.:::::..::.:.:::: :..::.::::::.:::.. :.:::...  . :::::::::
CCDS13 LDMSNNNLSNLPQGIFDDLDNITQLILRNNPWYCGCKMKWVRDWLQSLPVKVNVRGLMCQ
         280       290       300       310       320       330     

      360       370       380       390       400       410        
pF1KB3 GPEKVRGMAIKDITSEMDECFETGPQGGVANAAAKTTASNHASATTPQGSLFTLKAKRPG
       .:::::::::::...:. .: ..:    ....   :::  . ..   ::.  .  .:.: 
CCDS13 APEKVRGMAIKDLNAELFDCKDSG----IVSTIQITTAIPN-TVYPAQGQWPAPVTKQPD
         340       350           360       370        380       390

      420       430       440       450       460       470        
pF1KB3 LRLPDSNIDYPMATGDGAKTLAIHVKALTADSIRITWKATLPASSFRLSWLRLGHSPAVG
       .. :  . :.  . . . ::..: ::..:.:.:.:.:: .:: ...:::::.:::::: :
CCDS13 IKNPKLTKDHQTTGSPSRKTITITVKSVTSDTIHISWKLALPMTALRLSWLKLGHSPAFG
              400       410       420       430       440       450

      480       490       500       510       520       530        
pF1KB3 SITETLVQGDKTEYLLTALEPKSTYIICMVTMETSNAYVADETPVCAKAETAD--SYGPT
       :::::.: :...:::.::::: : : .::: ::::: :. :::::: ..:::    :.::
CCDS13 SITETIVTGERSEYLVTALEPDSPYKVCMVPMETSNLYLFDETPVCIETETAPLRMYNPT
              460       470       480       490       500       510

        540       550         560       570       580       590    
pF1KB3 TTLNQEQNAGPMAS--LPLAGIIGGAVALVFLFLVLGAICWYVHQAGELLTRERAYNRGS
       ::::.::.  :. .  ::::.::::::::: . : :. .:::::. : :..:. ::..: 
CCDS13 TTLNREQEKEPYKNPNLPLAAIIGGAVALVTIAL-LALVCWYVHRNGSLFSRNCAYSKGR
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pF1KB3 RKKDDYMESGTKKDNSILEIRGPGLQMLPI-NPYRAKEEYVVHTIFPSNGSSLCKATHTI
       :.:::: :.::::::::::::  ..::::: :   .:::.:.::::: :: .: : .:. 
CCDS13 RRKDDYAEAGTKKDNSILEIRETSFQMLPISNEPISKEEFVIHTIFPPNGMNLYKNNHSE
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           660       670    
pF1KB3 GYGTTRGYRDGGIPDIDYSYT
       . ...:.:::.:::: :.:..
CCDS13 S-SSNRSYRDSGIPDSDHSHS
     630        640         

>>CCDS9877.1 FLRT2 gene_id:23768|Hs108|chr14              (660 aa)
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pF1KB3 MVVAHPTATATTTPTATVTATVVMTTATMDLRDWLFLCYGLIAFLTEVIDSTTCPSVCRC
                                     :..::..  :: . .....   .:::::::
CCDS98                MGLQTTKWPSHGAFFLKSWLIISLGLYSQVSKLL---ACPSVCRC
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pF1KB3 DNGFIYCNDRGLTSIPADIPDDATTLYLQNNQINNAGIPQDLKTKVNVQVIYLYENDLDE
       : .:.:::.:.:::.:  ::. .:.:::.::::::::.: .:..  .:...::: :.:::
CCDS98 DRNFVYCNERSLTSVPLGIPEGVTVLYLHNNQINNAGFPAELHNVQSVHTVYLYGNQLDE
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pF1KB3 FPINLPRSLRELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQLK
       ::.:::...: ::::.::..::.: .::..  ::.:::::::.:::..:. :: .. .::
CCDS98 FPMNLPKNVRVLHLQENNIQTISRAALAQLLKLEELHLDDNSISTVGVEDGAFREAISLK
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pF1KB3 LLFLSRNHLSSIPSGLPHTLEELRLDDNRISTIPLHAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQRIA
       :::::.:::::.: :::  :.:::.:.:::..:   ::..:.::.::..:::::.:. ::
CCDS98 LLFLSKNHLSSVPVGLPVDLQELRVDENRIAVISDMAFQNLTSLERLIVDGNLLTNKGIA
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pF1KB3 DDTFSRLQNLTELSLVRNSLAAPPLNLPSAHLQKLYLQDNAISHIPYNTLAKMRELERLD
       . :::.: .: :.:.:::::. :: .::..:: .:::::: :.::: ......:.:::::
CCDS98 EGTFSHLTKLKEFSIVRNSLSHPPPDLPGTHLIRLYLQDNQINHIPLTAFSNLRKLERLD
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pF1KB3 LSNNNLTTLPRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCGCNLMWLRDWVKARAAVVNVRGLMCQGP
       .:::.:  : .:.::.:.:: ::  ::::::: :.. :. .:.:   . .::::.:::::
CCDS98 ISNNQLRMLTQGVFDNLSNLKQLTARNNPWFCDCSIKWVTEWLKYIPSSLNVRGFMCQGP
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pF1KB3 EKVRGMAIKDITSEMDECFETGPQ----GGVANAAAKTTASNHASATTPQGSLFTLKAKR
       :.:::::..... ..  :  : :       . ..:. ::     :  .:. :        
CCDS98 EQVRGMAVRELNMNLLSCPTTTPGLPLFTPAPSTASPTTQPPTLSIPNPSRSYTPPTPTT
            350       360       370       380       390       400  

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pF1KB3 PGL-RLPDSNIDYPMATGDGAKTLAIHVKALTADSIRITWKATLPASSFRLSWLRLGHSP
         :  .:: .     .:   .. . . .. ..  ::...: . . . ...:.:...::: 
CCDS98 SKLPTIPDWD-GRERVTPPISERIQLSIHFVNDTSIQVSWLSLFTVMAYKLTWVKMGHSL
            410        420       430       440       450       460 

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pF1KB3 AVGSITETLVQGDKTEYLLTALEPKSTYIICMVTMETSNAYVADETPVCAKAETADSY--
       . : . : .:.:.: .  :. :::.::: ::.: ... : : : :  .:..: :  ::  
CCDS98 VGGIVQERIVSGEKQHLSLVNLEPRSTYRICLVPLDAFN-YRAVEDTICSEATTHASYLN
             470       480       490       500        510       520

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pF1KB3 -GPTTTLNQEQNAGPMASLP--LAGIIGGAVALVFLFLVLGAICWYVHQAGELLTRERAY
        : .:. ..::...   . :  :::.::::: .:.. : :...::..:. :.  ...  :
CCDS98 NGSNTASSHEQTTSHSMGSPFLLAGLIGGAVIFVLVVL-LSVFCWHMHKKGRYTSQKWKY
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pF1KB3 NRGSRKKDDYMESGTKKDNSILEIRGPGLQMLPINPYRA-KEEYVVHTIFPSNGSSLCKA
       ::: :.:::: :.::::::::::.   ..:.. .:  .  : .. .. :.  ::.     
CCDS98 NRG-RRKDDYCEAGTKKDNSILEMTETSFQIVSLNNDQLLKGDFRLQPIYTPNGGINYTD
     580        590       600       610       620       630        

     650       660       670    
pF1KB3 THTIGYGTTRGYRDGGIPDIDYSYT
        :    .. : : ....::... .:
CCDS98 CHIP--NNMR-YCNSSVPDLEHCHT
      640          650       660

>>CCDS3306.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3             (581 aa)
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CCDS33 SNQLLQIQPAHFSQCSNLKELQLHGNHLEYIPDGAFDHLVGLTKLNLGKNSLTHIS-PRV
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pF1KB3 LKTKVNVQVIYLYENDLDEFPINLPR---SLRELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHL
       ..   :.::. :::: : ..:..      .:.:: ::.:..  ..   .     :..:.:
CCDS33 FQHLGNLQVLRLYENRLTDIPMGTFDGLVNLQELALQQNQIGLLSPGLFHNNHNLQRLYL
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pF1KB3 DDNSVSTVSIEEDAFADSKQLKLLFLSRNHLSSIPSGL--PH-TLEELRLDDNRISTIPL
       ..: .:  ..  ..: .  ::. : :  : :. .  :.  :  .:.:: : ::.::..: 
CCDS33 SNNHIS--QLPPSVFMQLPQLNRLTLFGNSLKELSPGIFGPMPNLRELWLYDNHISSLPD
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pF1KB3 HAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQRIADDTFSRLQNLTELSLVRNSLAAPPLNLPS--AHLQ
       ..:..: .:. :.:. : ..   :.  .:. : .: ::::  :.:     :.    :.::
CCDS33 NVFSNLRQLQVLILSRNQIS--FISPGAFNGLTELRELSLHTNALQDLDGNVFRMLANLQ
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pF1KB3 KLYLQDNAISHIPYNTLAKMRELERLDLSNNNLTTLPRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCG
       .. ::.: . ..: : .:..  :  ..:.::.: .:: :.:: ::.: .: : .::: : 
CCDS33 NISLQNNRLRQLPGNIFANVNGLMAIQLQNNQLENLPLGIFDHLGKLCELRLYDNPWRCD
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pF1KB3 CNLMWLRDWVKARAAVVNVRGL-MCQGPEKVRGMAIKDITSEMDECFETGPQGGVANAAA
        ... ::.:.      ...  . .: .: .:::...                        
CCDS33 SDILPLRNWLLLNQPRLGTDTVPVCFSPANVRGQSLIIINVNVAVPSVHVPEVPSYPETP
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pF1KB3 KTTASNHASATTPQGSLFTLKAKRPGLRLPDSNIDYPMATGDGAKTLAIHVKALTADSIR
                                                                   
CCDS33 WYPDTPSYPDTTSVSSTTELTSPVEDYTDLTTIQVTDDRSVWGMTQAQSGLAIAAIVIGI
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>>CCDS46984.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3            (587 aa)
 initn: 903 init1: 238 opt: 439  Z-score: 428.8  bits: 89.5 E(32554): 1.5e-17
Smith-Waterman score: 442; 32.7% identity (63.1% similar) in 306 aa overlap (79-368:170-470)

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pF1KB3 IDSTTCPSVCRCDNGFIYCNDRGLTSIPADIPDDA-------TTLYLQNNQINNAGIPQD
                                     ::: :       : : : .:.... . :. 
CCDS46 SNQLLQIQPAHFSQCSNLKELQLHGNHLEYIPDGAFDHLVGLTKLNLGKNSLTHIS-PRV
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pF1KB3 LKTKVNVQVIYLYENDLDEFPINLPR---SLRELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHL
       ..   :.::. :::: : ..:..      .:.:: ::.:..  ..   .     :..:.:
CCDS46 FQHLGNLQVLRLYENRLTDIPMGTFDGLVNLQELALQQNQIGLLSPGLFHNNHNLQRLYL
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pF1KB3 DDNSVSTVSIEEDAFADSKQLKLLFLSRNHLSSIPSGL--PH-TLEELRLDDNRISTIPL
       ..: .:  ..  ..: .  ::. : :  : :. .  :.  :  .:.:: : ::.::..: 
CCDS46 SNNHIS--QLPPSVFMQLPQLNRLTLFGNSLKELSPGIFGPMPNLRELWLYDNHISSLPD
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pF1KB3 HAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQRIADDTFSRLQNLTELSLVRNSLAAPPLNLPS--AHLQ
       ..:..: .:. :.:. : ..   :.  .:. : .: ::::  :.:     :.    :.::
CCDS46 NVFSNLRQLQVLILSRNQIS--FISPGAFNGLTELRELSLHTNALQDLDGNVFRMLANLQ
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pF1KB3 KLYLQDNAISHIPYNTLAKMRELERLDLSNNNLTTLPRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCG
       .. ::.: . ..: : .:..  :  ..:.::.: .:: :.:: ::.: .: : .::: : 
CCDS46 NISLQNNRLRQLPGNIFANVNGLMAIQLQNNQLENLPLGIFDHLGKLCELRLYDNPWRCD
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pF1KB3 CNLMWLRDWVKARAAVVNVRGL-MCQGPEKVRGMAIKDITSEMDECFETGPQGGVANAAA
        ... ::.:.      ...  . .: .: .:::...                        
CCDS46 SDILPLRNWLLLNQPRLGTDTVPVCFSPANVRGQSLIIINVNVAVPSVHVPEVPSYPETP
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pF1KB3 KTTASNHASATTPQGSLFTLKAKRPGLRLPDSNIDYPMATGDGAKTLAIHVKALTADSIR
                                                                   
CCDS46 WYPDTPSYPDTTSVSSTTELTSPVEDYTDLTTIQVTDDRSVWGMTQAQSGLAIAAIVIGI
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>>CCDS31464.1 LRRC4C gene_id:57689|Hs108|chr11            (640 aa)
 initn: 468 init1: 252 opt: 427  Z-score: 416.8  bits: 87.4 E(32554): 6.8e-17
Smith-Waterman score: 490; 29.6% identity (56.3% similar) in 442 aa overlap (48-464:41-454)

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pF1KB3 VTATVVMTTATMDLRDWLFLCYGLIAFLTEVIDSTTCPSVCRCDNGF--IYCNDRGLTSI
                                     .. . :::::: :.: :  . :  ..:  .
CCDS31 QIMIGPRFNRALFDPLLVVLLALQLLVVAGLVRAQTCPSVCSCSNQFSKVICVRKNLREV
               20        30        40        50        60        70

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pF1KB3 PADIPDDATTLYLQNNQINNAGIPQDLKTKVNVQVIYLYENDLDEFPINLPRSLRELHLQ
       :  :  ..  : :..:::               :.: .  :.. ..     : :. :.:.
CCDS31 PDGISTNTRLLNLHENQI---------------QIIKV--NSFKHL-----RHLEILQLS
               80                       90              100        

         140       150       160       170       180       190     
pF1KB3 DNNVRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQLKLLFLSRNHLSSIPSG
        :..:::   ..  .  :. :.: :: ..:  : . ::.  ..:: :.:  : . :::: 
CCDS31 RNHIRTIEIGAFNGLANLNTLELFDNRLTT--IPNGAFVYLSKLKELWLRNNPIESIPSY
      110       120       130         140       150       160      

         200           210       220       230       240       250 
pF1KB3 LPHTLEELRLDD----NRISTIPLHAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQRIADDTFSRLQNLT
         . .  ::  :    .:.: :   ::.::..:: : :    . : :   . .. : .: 
CCDS31 AFNRIPSLRRLDLGELKRLSYISEGAFEGLSNLRYLNL---AMCNLREIPN-LTPLIKLD
        170       180       190       200          210        220  

             260         270       280       290       300         
pF1KB3 ELSLVRNSLAAP-PLNLPS-AHLQKLYLQDNAISHIPYNTLAKMRELERLDLSNNNLTTL
       ::.:  : :.:  : .. .  :::::.. .. :. :  :.. ... : ...:..:::: :
CCDS31 ELDLSGNHLSAIRPGSFQGLMHLQKLWMIQSQIQVIERNAFDNLQSLVEINLAHNNLTLL
            230       240       250       260       270       280  

     310       320       330       340       350       360         
pF1KB3 PRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCGCNLMWLRDWVKARAAVVNVRGLMCQGPEKVRGMAIK
       :. ::  : .: .. :..::: :.:...::  :.:  :   ..    :. : ...:  : 
CCDS31 PHDLFTPLHHLERIHLHHNPWNCNCDILWLSWWIKDMAPSNTACCARCNTPPNLKGRYIG
            290       300       310       320       330       340  

     370       380                 390        400       410        
pF1KB3 DITSEMDECFET----GP------QGGVANAAAKTTAS-NHASATTPQGSLFTLKAKRPG
       .. ...  :.       :      .: .:.   ....: . .:  ::.:...:  : .  
CCDS31 ELDQNYFTCYAPVIVEPPADLNVTEGMAAELKCRASTSLTSVSWITPNGTVMTHGAYKVR
            350       360       370       380       390       400  

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pF1KB3 LR-LPDSNIDYPMAT--GDGAKTLAIH--VKALTAD-SIRITWKATLPASSFRLSWLRLG
       .  : :.....  .:    :  :  .   :   ::. .. .:  .: : : :        
CCDS31 IAVLSDGTLNFTNVTVQDTGMYTCMVSNSVGNTTASATLNVTAATTTPFSYFSTVTVETM
            410       420       430       440       450       460  

            480       490       500       510       520       530  
pF1KB3 HSPAVGSITETLVQGDKTEYLLTALEPKSTYIICMVTMETSNAYVADETPVCAKAETADS
                                                                   
CCDS31 EPSQDEARTTDNNVGPTPVVDWETTNVTTSLTPQSTRSTEKTFTIPVTDINSGIPGIDEV
            470       480       490       500       510       520  

>>CCDS47218.1 LRRC70 gene_id:100130733|Hs108|chr5         (622 aa)
 initn: 438 init1: 159 opt: 425  Z-score: 415.0  bits: 87.1 E(32554): 8.5e-17
Smith-Waterman score: 447; 29.8% identity (56.3% similar) in 430 aa overlap (35-401:13-427)

           10        20        30           40        50         60
pF1KB3 HPTATATTTPTATVTATVVMTTATMDLRDWLFL---CYGLIAFLTEVIDSTTCPSVCR-C
                                     :::   :: :. .  :..    : :::. :
CCDS47                   MCGLQFSLPCLRLFLVVTCYLLLLLHKEILG---CSSVCQLC
                                 10        20        30            

               70        80        90                              
pF1KB3 DNGFIYCNDRGLTSIPADIPDDATTLYLQNNQI-------------------NNAGI---
        .  : : . ::.::: ..:.... ::: .:.:                   .:..:   
CCDS47 TGRQINCRNLGLSSIPKNFPESTVFLYLTGNNISYINESELTGLHSLVALYLDNSNILYV
      40        50        60        70        80        90         

                               100       110       120          130
pF1KB3 -------------------------PQDLKTKVNVQVIYLYENDLDEFP---INLPRSLR
                                :  .:  .:.. .::  :...  :   .:   :..
CCDS47 YPKAFVQLRHLYFLFLNNNFIKRLDPGIFKGLLNLRNLYLQYNQVSFVPRGVFNDLVSVQ
     100       110       120       130       140       150         

              140       150       160       170       180       190
pF1KB3 ELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQLKLLFLSRNHLS
        :.:: : . ...  ... .  :. : :..:..  .:  :..:   ..:  :.:. :.:.
CCDS47 YLNLQRNRLTVLGSGTFVGMVALRILDLSNNNILRIS--ESGFQHLENLACLYLGSNNLT
     160       170       180       190         200       210       

              200          210       220       230       240       
pF1KB3 SIPSGLPHTLEELR---LDDNRISTIPLHAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQRIADDTFSRL
       ..::.  ..:. ::   :. : : .:   ::::: .:. :.: .. . :  .. : :: .
CCDS47 KVPSNAFEVLKSLRRLSLSHNPIEAIQPFAFKGLANLEYLLLKNSRIRN--VTRDGFSGI
       220       230       240       250       260         270     

       250       260       270           280       290        300  
pF1KB3 QNLTELSLVRNSLAAPPLNLPSAHLQK----LYLQDNAISHIPYNTLAKM-RELERLDLS
       .:: .: : .:.:    ::  .  : :    : :. : :  :  .:. .:   :. :.::
CCDS47 NNLKHLILSHNDLEN--LNSDTFSLLKNLIYLKLDRNRIISIDNDTFENMGASLKILNLS
         280       290         300       310       320       330   

             310       320       330       340       350       360 
pF1KB3 NNNLTTL-PRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCGCNLMWLRDWVKARAAVVNVRGLMCQGPE
        ::::.: :: ..  :..: .:   .::: :.:.:. ::::. . : ..:.   .::.: 
CCDS47 FNNLTALHPR-VLKPLSSLIHLQANSNPWECNCKLLGLRDWLASSAITLNI---YCQNPP
           340        350       360       370       380            

             370       380       390       400       410       420 
pF1KB3 KVRGMAIKDITSEMDECFETGPQGGVANAAAKTTASNHASATTPQGSLFTLKAKRPGLRL
       ..:: :.. :.  . .:  .. . . : :..:.   .: .                    
CCDS47 SMRGRALRYIN--ITNCVTSSINVSRAWAVVKSPHIHHKTTALMMAWHKVTTNGSPLENT
     390       400         410       420       430       440       

             430       440       450       460       470       480 
pF1KB3 PDSNIDYPMATGDGAKTLAIHVKALTADSIRITWKATLPASSFRLSWLRLGHSPAVGSIT
                                                                   
CCDS47 ETENITFWERIPTSPAGRFFQENAFGNPLETTAVLPVQIQLTTSVTLNLEKNSALPNDAA
       450       460       470       480       490       500       

>>CCDS46347.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2             (518 aa)
 initn: 326 init1: 118 opt: 408  Z-score: 399.9  bits: 84.0 E(32554): 6e-16
Smith-Waterman score: 427; 25.9% identity (57.7% similar) in 433 aa overlap (54-462:34-453)

            30        40        50        60        70        80   
pF1KB3 MTTATMDLRDWLFLCYGLIAFLTEVIDSTTCPSVCRCDNGFIYCNDRGLTSIPADIPDDA
                                     ::. ::::. ..::.......:: .:   .
CCDS46 HLITQLKGMSVVLVLLPTLLLVMLTGAQRACPKNCRCDGKIVYCESHAFADIPENISGGS
            10        20        30        40        50        60   

            90       100       110            120       130        
pF1KB3 TTLYLQNNQINNAGIPQDLKTKVNVQVIYLYEN-----DLDEFPINLPRSLRELHLQDNN
         : :. :.:..  . ..  . .: :.:.:: .     ..::  ..  : :.:: :..:.
CCDS46 QGLSLRFNSIQK--LKSNQFAGLN-QLIWLYLDHNYISSVDEDAFQGIRRLKELILSSNK
            70          80         90       100       110       120

      140       150       160       170       180       190        
pF1KB3 VRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQLKLLFLSRNHLSSIPSGLPH
       .  .   ..  .: :..: :. :...:.. :.  :   ..: .: :  : :...:  . .
CCDS46 ITYLHNKTFHPVPNLRNLDLSYNKLQTLQSEQ--FKGLRKLIILHLRSNSLKTVPIRVFQ
              130       140       150         160       170        

         200       210       220       230       240       250     
pF1KB3 ---TLEELRLDDNRISTIPLHAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQRIADDTFSRLQNLTELSL
          .:. : :  ::. ..  .:: :: .:..: :. : ...  .:   : :: ::  . :
CCDS46 DCRNLDFLDLGYNRLRSLSRNAFAGLLKLKELHLEHNQFSKINFAH--FPRLFNLRSIYL
      180       190       200       210       220         230      

         260         270       280       290       300       310   
pF1KB3 VRNSL--AAPPLNLPSAHLQKLYLQDNAISHIPYNTLAKMRELERLDLSNNNLTTLPRGL
         : .   .  :.   . :..: :. : :. :  .:.  . .:..:.:..:.::.. .  
CCDS46 QWNRIRSISQGLTWTWSSLHNLDLSGNDIQGIEPGTFKCLPNLQKLNLDSNKLTNISQET
        240       250       260       270       280       290      

           320       330           340       350       360         
pF1KB3 FDDLGNLAQLLLRNNPWFCG---CNLM-WLRDWVKARAAVVNVRGLMCQGPEKVRGMAIK
        .   .: .. : .: : :.   : :. ::...   . ..     ..: ::....:  ..
CCDS46 VNAWISLISITLSGNMWECSRSICPLFYWLKNFKGNKEST-----MICAGPKHIQGEKVS
        300       310       320       330            340       350 

     370       380            390       400         410       420  
pF1KB3 DITSEMDECFE-----TGPQGGVANAAAKTTASNHASATTPQ--GSLFTLKAKRPGLRLP
       : .  .. : :     :  .  : ..  :     . .   :.   : :   .  ::...:
CCDS46 DAVETYNICSEVQVVNTERSHLVPQTPQKPLIIPRPTIFKPDVTQSTFETPSPSPGFQIP
             360       370       380       390       400       410 

            430         440        450       460       470         
pF1KB3 DSNIDYPMATGDG--AKTLAIHVK-ALTADSIRITWKATLPASSFRLSWLRLGHSPAVGS
        .. .:  ..     : ..:. .. :.    : ..::   :::                 
CCDS46 GAEQEYEHVSFHKIIAGSVALFLSVAMILLVIYVSWK-RYPASMKQLQQHSLMKRRRKKA
             420       430       440        450       460       470

     480       490       500       510       520       530         
pF1KB3 ITETLVQGDKTEYLLTALEPKSTYIICMVTMETSNAYVADETPVCAKAETADSYGPTTTL
                                                                   
CCDS46 RESERQMNSPLQEYYVDYKPTNSETMDISVNGSGPCTYTISGSRECEV            
              480       490       500       510                    

>>CCDS74530.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2             (519 aa)
 initn: 326 init1: 118 opt: 408  Z-score: 399.8  bits: 84.0 E(32554): 6e-16
Smith-Waterman score: 427; 25.9% identity (57.7% similar) in 433 aa overlap (54-462:35-454)

            30        40        50        60        70        80   
pF1KB3 MTTATMDLRDWLFLCYGLIAFLTEVIDSTTCPSVCRCDNGFIYCNDRGLTSIPADIPDDA
                                     ::. ::::. ..::.......:: .:   .
CCDS74 HLITQLKGMSVVLVLLPTLLLVMLTGAQRACPKNCRCDGKIVYCESHAFADIPENISGGS
           10        20        30        40        50        60    

            90       100       110            120       130        
pF1KB3 TTLYLQNNQINNAGIPQDLKTKVNVQVIYLYEN-----DLDEFPINLPRSLRELHLQDNN
         : :. :.:..  . ..  . .: :.:.:: .     ..::  ..  : :.:: :..:.
CCDS74 QGLSLRFNSIQK--LKSNQFAGLN-QLIWLYLDHNYISSVDEDAFQGIRRLKELILSSNK
           70          80         90       100       110       120 

      140       150       160       170       180       190        
pF1KB3 VRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQLKLLFLSRNHLSSIPSGLPH
       .  .   ..  .: :..: :. :...:.. :.  :   ..: .: :  : :...:  . .
CCDS74 ITYLHNKTFHPVPNLRNLDLSYNKLQTLQSEQ--FKGLRKLIILHLRSNSLKTVPIRVFQ
             130       140       150         160       170         

         200       210       220       230       240       250     
pF1KB3 ---TLEELRLDDNRISTIPLHAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQRIADDTFSRLQNLTELSL
          .:. : :  ::. ..  .:: :: .:..: :. : ...  .:   : :: ::  . :
CCDS74 DCRNLDFLDLGYNRLRSLSRNAFAGLLKLKELHLEHNQFSKINFAH--FPRLFNLRSIYL
     180       190       200       210       220         230       

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pF1KB3 VRNSL--AAPPLNLPSAHLQKLYLQDNAISHIPYNTLAKMRELERLDLSNNNLTTLPRGL
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       : .  .. : :     :  .  : ..  :     . .   :.   : :   .  ::...:
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        .: : ..: .:  :  ::. :.:..: .  . .  ....  :..: ::.:..:   .  
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CCDS33 SLTHNQL--ETVAEGTFAHLSNLRSLMLSYNAITHLPAGIFRDLEELVKLYLGSNNLTAL
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CCDS33 HPALFQNLSKLELLSLSKNQLTTLPEGIFDTNYNLFNLALHGNPWQCDCHLAYLFNWLQQ
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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