seq1 = pF1KB3020.tfa, 1923 bp
seq2 = pF1KB3020/gi568815576r_31226894.tfa (gi568815576r:31226894_31445602), 218709 bp

>pF1KB3020 1923
>gi568815576r:31226894_31445602 (Chr22)

(complement)

1-1271  (100001-101271)   99% ->
1272-1335  (102643-102706)   100% ->
1336-1507  (109740-109911)   100% ->
1508-1923  (118294-118709)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCGGGTGAACGACGCTTCGTGCGGCCCGTCTGGCTGCTACACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCGGGTGAACGACGCTTCGTGCGGCCCGTCTGGCTGCTACACATA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGGTGAGCAGACACAGCACGGAGATGCTGCACAACCTGAACCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGGTGAGCAGACACAGCACGGAGATGCTGCACAACCTGAACCAGCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAAAAACGGCGGGCGCTTCTGCGACGTGCTCTTGCGGGTAGGCGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAAAAACGGCGGGCGCTTCTGCGACGTGCTCTTGCGGGTAGGCGACGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCTTCCCAGCGCACCGCGCCGTGCTGGCCGCCTGCAGCGAGTACTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCTTCCCAGCGCACCGCGCCGTGCTGGCCGCCTGCAGCGAGTACTTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTCGGTGTTCAGCGCCCAGTTGGGCGACGGCGGAGCTGCGGACGGGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTCGGTGTTCAGCGCCCAGTTGGGCGACGGCGGAGCTGCGGACGGGGGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGCTGATGTAGGGGGCGCGACGGCAGCACCAGGCGGCGGGGCCGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGCTGATGTAGGGGGCGCGACGGCAGCACCAGGCGGCGGGGCCGGGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCCGGGAGCTGGAGATGCACACTATCAGCTCCAAGGTATTTGGGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCCGGGAGCTGGAGATGCACACTATCAGCTCCAAGGTATTTGGGGACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCTGGACTTCGCCTACACTTCCCGCATCGTGGTGCGCTTGGAGAGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCTGGACTTCGCCTACACTTCCCGCATCGTGGTGCGCTTGGAGAGCTTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCGAACTCATGACGGCCGCCAAGTTCCTGCTGATGAGGTCGGTTATCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCGAACTCATGACGGCCGCCAAGTTCCTGCTGATGAGGTCGGTTATCGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATCTGCCAGGAAGTCATCAAACAGTCCAACGTACAGATCCTGGTACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATCTGCCAGGAAGTCATCAAACAGTCCAACGTACAGATCCTGGTACCCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGCCCGCGCCGATATAATGCTCTTTCGCCCCCCTGGGACCTCGGACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGCCCGCGCCGATATAATGCTCTTTCGCCCCCCTGGGACCTCGGACTTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCTTCCCTTTGGACATGACCAACGGGGCAGCCTTGGCAGCCAACAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCTTCCCTTTGGACATGACCAACGGGGCAGCCTTGGCAGCCAACAGCAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGCATCGCCGGCAGCATGCAGCCAGAGGAGGAGGCAGCTCGGGCGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGCATCGCCGGCAGCATGCAGCCAGAGGAGGAGGCAGCTCGGGCGGCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGCAGCCATTGCAGGCCAAGCCTCTTTGCCTGTGTTACCTGGGGTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGCAGCCATTGCAGGCCAAGCCTCTTTGCCTGTGTTACCTGGGGTGGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCTTGCCCATGGTGGCTGGACCCCTATCCCCCCAACTGCTGACTTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCTTGCCCATGGTGGCTGGACCCCTATCCCCCCAACTGCTGACTTCCCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCCCCAGTGTGGCATCCAGTGCCCCTCCCCTGACTGGCAAGCGAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCCCCAGTGTGGCATCCAGTGCCCCTCCCCTGACTGGCAAGCGAGGCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGGCCGCCCAAGGAAGGCCAACCTGCTGGACTCAATGTTTGGGTCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGGCCGCCCAAGGAAGGCCAACCTGCTGGACTCAATGTTTGGGTCCCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GGGGCCTGAGGGAGGCAGGCACCCTTCCATGCGGTCTATGTGGTAAGGTG
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GGGGCCTGAGGGAGGCAGGCATCCTTCCATGCGGTCTATGTGGTAAGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTCACTGATGCCAACCGGCTCCGGCAGCACGAGGCCCAGCACGGTGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTCACTGATGCCAACCGGCTCCGGCAGCACGAGGCCCAGCACGGTGTCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAGCCTCCAGCTGGGCTACATCGACCTTCCTCCTCCGAGGCTGGGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CAGCCTCCAGCTGGGCTACATCGACCTTCCTCCTCCGAGGCTGGGTGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ATGGGCTACCCATCTCTGAAGACCCCGACGGCCCCCGAAAGAGGAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ATGGGCTACCCATCTCTGAAGACCCCGACGGCCCCCGAAAGAGGAGCCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ACCAGGAAGCAGGTGGCTTGTGAGATCTGCGGCAAGATCTTCCGTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ACCAGGAAGCAGGTGGCTTGTGAGATCTGCGGCAAGATCTTCCGTGATGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GTATCATCTTAACCGGCACAAGCTGTCCCACTCTGGGGAGAAGCCCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GTATCATCTTAACCGGCACAAGCTGTCCCACTCTGGGGAGAAGCCCTACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CCTGCCCTGTGTGTGGGTTGCGGTTCAAGAGAAAAGACCGCATGTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CCTGCCCTGTGTGTGGGTTGCGGTTCAAGAGAAAAGACCGCATGTCCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CATGTGCGGTCCCATGATGGGTCCGTGGGCAAGCCTTACATCTGCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CATGTGCGGTCCCATGATGGGTCCGTGGGCAAGCCTTACATCTGCCAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CTGTGGGAAAGGCTTCTCCAG         GCCTGATCACTTGAACGGAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101251 CTGTGGGAAAGGCTTCTCCAGGTG...CAGGCCTGATCACTTGAACGGAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 ATATCAAGCAGGTGCACACTTCTGAGCGGCCTCACAAGTGTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102663 ATATCAAGCAGGTGCACACTTCTGAGCGGCCTCACAAGTGTCAGGTA...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1336    ACCTGCAATGCTTCTTTTGCCACCCGAGACCGTCTGCGCTCCCACCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109737 CAGACCTGCAATGCTTCTTTTGCCACCCGAGACCGTCTGCGCTCCCACCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 GGCCTGTCATGAAGACAAGGTGCCCTGCCAGGTGTGTGGGAAGTACTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109787 GGCCTGTCATGAAGACAAGGTGCCCTGCCAGGTGTGTGGGAAGTACTTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 GGGCAGCATACATGGCAGACCACCTGAAGAAGCACAGCGAGGGGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109837 GGGCAGCATACATGGCAGACCACCTGAAGAAGCACAGCGAGGGGCCCAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 AACTTCTGCAGTATCTGTAACCGAG         AAGGCCAGAAATGCTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 109887 AACTTCTGCAGTATCTGTAACCGAGGTA...TAGAAGGCCAGAAATGCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 ACATCAGGATCCGATTGAGAGCTCTGACTCCTATGGTGACCTCTCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118310 ACATCAGGATCCGATTGAGAGCTCTGACTCCTATGGTGACCTCTCAGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 CCAGCGACCTGAAGACGCCAGAGAAGCAGAGTGCCAATGGCTCTTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118360 CCAGCGACCTGAAGACGCCAGAGAAGCAGAGTGCCAATGGCTCTTTCTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 TGCGACATGGCAGTCCCCAAAAACAAAATGGAGTCTGATGGGGAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118410 TGCGACATGGCAGTCCCCAAAAACAAAATGGAGTCTGATGGGGAGAAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 GTACCCATGCCCTGAATGTGGGAGCTTCTTCCGCTCTAAGTCCTACTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118460 GTACCCATGCCCTGAATGTGGGAGCTTCTTCCGCTCTAAGTCCTACTTGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 ACAAACACATCCAGAAGGTGCATGTCCGGGCTCTCGGGGGCCCCCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118510 ACAAACACATCCAGAAGGTGCATGTCCGGGCTCTCGGGGGCCCCCTGGGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 GACCTGGGCCCTGCCCTTGGCTCACCTTTCTCTCCTCAGCAGAACATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118560 GACCTGGGCCCTGCCCTTGGCTCACCTTTCTCTCCTCAGCAGAACATGTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 TCTCCTCGAGTCCTTTGGGTTTCAGATTGTTCAGTCGGCATTTGCGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118610 TCTCCTCGAGTCCTTTGGGTTTCAGATTGTTCAGTCGGCATTTGCGTCAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 CTTTAGTAGATCCTGAGGTTGACCAGCAGCCCATGGGGCCTGAAGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118660 CTTTAGTAGATCCTGAGGTTGACCAGCAGCCCATGGGGCCTGAAGGGAAA