Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA1820
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1820, 1640 aa
  1>>>pF1KSDA1820 1640 - 1640 aa - 1640 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.1911+/-0.00108; mu= -6.7906+/- 0.065
 mean_var=383.0775+/-78.490, 0's: 0 Z-trim(115.0): 44  B-trim: 171 in 1/53
 Lambda= 0.065529
 statistics sampled from 15529 (15561) to 15529 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.766), E-opt: 0.2 (0.478), width:  16
 Scan time:  5.970

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS11188.1 RAI1 gene_id:10743|Hs108|chr17         (1906) 10906 1046.4       0
CCDS14032.1 TCF20 gene_id:6942|Hs108|chr22         (1938)  793 90.4 6.4e-17
CCDS14033.1 TCF20 gene_id:6942|Hs108|chr22         (1960)  793 90.4 6.5e-17


>>CCDS11188.1 RAI1 gene_id:10743|Hs108|chr17              (1906 aa)
 initn: 10906 init1: 10906 opt: 10906  Z-score: 5584.3  bits: 1046.4 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 10906; 99.9% identity (100.0% similar) in 1598 aa overlap (1-1598:1-1598)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MQSFRERCGFHGKQQNYQQTSQETSRLENYRQPSQAGLSCDRQRLLAKDYYNPQPYPSYE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MQSFRERCGFHGKQQNYQQTSQETSRLENYRQPSQAGLSCDRQRLLAKDYYNPQPYPSYE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GGAGTPSGTAAAVAADKYHRGSKALPTQQGLQGRPAFPGYGVQDSSPYPGRYAGEESLQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GGAGTPSGTAAAVAADKYHRGSKALPTQQGLQGRPAFPGYGVQDSSPYPGRYAGEESLQA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD WGAPQPPPPQPQPLPAGVAKYDENLMKKTAVPPSRQYAEQGAQVPFRTHSLHVQQPPPPQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 WGAPQPPPPQPQPLPAGVAKYDENLMKKTAVPPSRQYAEQGAQVPFRTHSLHVQQPPPPQ
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD QPLAYPKLQRQKLQNDIASPLPFPQGTHFPQHSQSFPTSSTYSSSVQGGGQGAHSYKSCT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QPLAYPKLQRQKLQNDIASPLPFPQGTHFPQHSQSFPTSSTYSSSVQGGGQGAHSYKSCT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD APTAQPHDRPLTASSSLAPGQRVQNLHAYQSGRLSYDQQQQQQQQQQQQQQALQSRHHAQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 APTAQPHDRPLTASSSLAPGQRVQNLHAYQSGRLSYDQQQQQQQQQQQQQQALQSRHHAQ
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD ETLHYQNLAKYQHYGQQGQGYCQPDAAVRTPEQYYQTFSPSSSHSPARSVGRSPSYSSTP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ETLHYQNLAKYQHYGQQGQGYCQPDAAVRTPEQYYQTFSPSSSHSPARSVGRSPSYSSTP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD SPLMPNLENFPYSQQPLSTGAFPAGITDHSHFMPLLNPSPTDATSSVDTQAGNCKPLQKD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SPLMPNLENFPYSQQPLSTGAFPAGITDHSHFMPLLNPSPTDATSSVDTQAGNCKPLQKD
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD KLPENLLSDLSLQSLTALTSQVENISNTVQQLLLSKAAVPQKKGVKNLVSRTPEQHKSQH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KLPENLLSDLSLQSLTALTSQVENISNTVQQLLLSKAAVPQKKGVKNLVSRTPEQHKSQH
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD CSPEGSGYSAEPAGTPLSEPPSSTPQSTHAEPQEADYLSGSEDPLERSFLYCNQARGSPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 CSPEGSGYSAEPAGTPLSEPPSSTPQSTHAEPQEADYLSGSEDPLERSFLYCNQARGSPA
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD RVNSNSKAKPESVSTCSVTSPDDMSTKSDDSFQSLHGSLPLDSFSKFVAGERDCPRLLLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RVNSNSKAKPESVSTCSVTSPDDMSTKSDDSFQSLHGSLPLDSFSKFVAGERDCPRLLLS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD ALAQEDLASEILGLQEAIGEKADKAWAEAPSLVKDSSKPPFSLENHSACLDSVAKSAWPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ALAQEDLASEILGLQEAIGEKADKAWAEAPSLVKDSSKPPFSLENHSACLDSVAKSAWPR
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD PGEPEALPDSLQLDKGGNAKDFSPGLFEDPSVAFATPDPKKTTGPLSFGTKPTLGVPAPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PGEPEALPDSLQLDKGGNAKDFSPGLFEDPSVAFATPDPKKTTGPLSFGTKPTLGVPAPD
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD PTTAAFDCFPDTTAASSADSANPFAWPEENLGDACPRWGLHPGELTKGLEQGGKASDGIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PTTAAFDCFPDTTAASSADSANPFAWPEENLGDACPRWGLHPGELTKGLEQGGKASDGIS
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD KGDTHEASACLGFQEEDPPGEKVASLPGDFKQEEVGGVKEEAGGLLQCPEVAKADRWLED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KGDTHEASACLGFQEEDPPGEKVASLPGDFKQEEVGGVKEEAGGLLQCPEVAKADRWLED
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD SRHCCSTADFGDLPLLPPTSRKEDLEAEEEYSSLCELLGSPEQRPGMQDPLSPKAPLICT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SRHCCSTADFGDLPLLPPTSRKEDLEAEEEYSSLCELLGSPEQRPGMQDPLSPKAPLICT
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD KEEVEEVLDSKAGWGSPCHLSGESVILLGPTVGTESKVQSWFESSLSHMKPGEEGPDGER
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KEEVEEVLDSKAGWGSPCHLSGESVILLGPTVGTESKVQSWFESSLSHMKPGEEGPDGER
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD APGDSTTSDASLAQKPNKPAVPEAPIAKKEPVPRGKSLRSRRVHRGLPEAEDSPCRAPVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 APGDSTTSDASLAQKPNKPAVPEAPIAKKEPVPRGKSLRSRRVHRGLPEAEDSPCRAPVL
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KSD PKDLLLPESCTGPPQGQMEGAGAPGRGASEGLPRMCTRSLTALSEPRTPGPPGLTTTPAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PKDLLLPESCTGPPQGQMEGAGAPGRGASEGLPRMCTRSLTALSEPRTPGPPGLTTTPAP
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KSD PDKLGGKQRAAFKSGKRVGKPSPKAASSPSNPAALPVASDSSPMGSKTKETDSPSTPGKD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PDKLGGKQRAAFKSGKRVGKPSPKAASSPSNPAALPVASDSSPMGSKTKETDSPSTPGKD
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KSD QRSMILRSRTKTQEIFHSKRRRPSEGRLPNCRATKKLLDNSHLPATFKVSSSPQKEGRVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QRSMILRSRTKTQEIFHSKRRRPSEGRLPNCRATKKLLDNSHLPATFKVSSSPQKEGRVS
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KSD QRARVPKPGAGSKLSDRPLHALKRKSAFMAPVPTKKRNLVLRSRSSSSSNASGNGGDGKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QRARVPKPGAGSKLSDRPLHALKRKSAFMAPVPTKKRNLVLRSRSSSSSNASGNGGDGKE
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270      1280      1290      1300      1310      1320
pF1KSD ERPEGSPTLFKRMSSPKKAKPTKGNGEPATKLPPPETPDACLKLASRAAFQGAMKTKVLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ERPEGSPTLFKRMSSPKKAKPTKGNGEPATKLPPPETPDACLKLASRAAFQGAMKTKVLP
             1270      1280      1290      1300      1310      1320

             1330      1340      1350      1360      1370      1380
pF1KSD PRKGRGLKLEAIVQKITSPSLKKFACKAPGASPGNPLSPSLSDKDRGLKGAGGSPVGVEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PRKGRGLKLEAIVQKITSPSLKKFACKAPGASPGNPLSPSLSDKDRGLKGAGGSPVGVEE
             1330      1340      1350      1360      1370      1380

             1390      1400      1410      1420      1430      1440
pF1KSD GLVNVGTGQKLPTSGADPLCRNPTNRSLKGKLMNSKKLSSTDCFKTEAFTSPEALQPGGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GLVNVGTGQKLPTSGADPLCRNPTNRSLKGKLMNSKKLSSTDCFKTEAFTSPEALQPGGT
             1390      1400      1410      1420      1430      1440

             1450      1460      1470      1480      1490      1500
pF1KSD ALAPKKRSRKGRAGAHGLSKGPLEKRPYLGPALLLTPRDRASGTQGASEDNSGGGGKKPK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ALAPKKRSRKGRAGAHGLSKGPLEKRPYLGPALLLTPRDRASGTQGASEDNSGGGGKKPK
             1450      1460      1470      1480      1490      1500

             1510      1520      1530      1540      1550      1560
pF1KSD MEELGLASQPPEGRPCQPQTRAQKQPGHTNYSSYSKRKRLTRGRAKNTTSSPCKGRAKRR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MEELGLASQPPEGRPCQPQTRAQKQPGHTNYSSYSKRKRLTRGRAKNTTSSPCKGRAKRR
             1510      1520      1530      1540      1550      1560

             1570      1580      1590      1600      1610      1620
pF1KSD RQQQVLPLDPAEPEIRLKYISSCKRLRSDSRTPAFSPLEPSLGAQNPRSGQNAPPAPADA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::.                      
CCDS11 RQQQVLPLDPAEPEIRLKYISSCKRLRSDSRTPAFSPFVRVEKRDAFTTICTVVNSPGDA
             1570      1580      1590      1600      1610      1620

             1630      1640                                        
pF1KSD RPLCTTRDRRAYSAREQGQR                                        
                                                                   
CCDS11 PKPHRKPSSSASSSSSSSSFSLDAAGASLATLPGGSILQPRPSLPLSSTMHLGPVVSKAL
             1630      1640      1650      1660      1670      1680

>>CCDS14032.1 TCF20 gene_id:6942|Hs108|chr22              (1938 aa)
 initn: 579 init1: 296 opt: 793  Z-score: 417.2  bits: 90.4 E(32554): 6.4e-17
Smith-Waterman score: 1072; 25.6% identity (51.9% similar) in 1745 aa overlap (1-1597:1-1633)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MQSFRERCGFHGKQQNYQQTSQETSRLENYRQPSQAGLSCDRQRLLAKDYYNPQPYPSYE
       ::::::. ..::.::.: :  . .::::.. .: ::      : .      . .   :  
CCDS14 MQSFREQSSYHGNQQSYPQEVHGSSRLEEF-SPRQA------QMFQNFGGTGGSSGSSGS
               10        20        30               40        50   

               70            80        90       100       110      
pF1KSD GGAGTPSGTAAAVAA----DKYHRGSKALPTQQGLQGRPAFPGYGVQDSSPYPGRYAGEE
       :..:   :.:::.::     . :.: ...  . :     :     :  ..: : .     
CCDS14 GSGGGRRGAAAAAAAMASETSGHQGYQGFRKEAGDFYYMAGNKDPVTTGTPQPPQRRPSG
            60        70        80        90       100       110   

        120                  130          140       150       160  
pF1KSD SLQAWGAPQPPP-----------PQPQPLPAG---VAKYDENLMKKTAVPPSRQYAEQGA
        .:..: ::               : :   .:   :..:...     . : : :: .:..
CCDS14 PVQSYGPPQGSSFGNQYGSEGHVGQFQAQHSGLGGVSHYQQDYTGPFS-PGSAQYQQQAS
           120       130       140       150       160        170  

                  170       180       190       200                
pF1KSD ------QVPFRTHSLHVQQPPPPQQPLAYPKLQRQKLQNDIASPLPFPQGT--------H
             ::    ..:. .. : ::   . :  . ..::  .  :  .:...        .
CCDS14 SQQQQQQVQQLRQQLYQSHQPLPQAT-GQPASSSSHLQ-PMQRPSTLPSSAAGYQLRVGQ
            180       190        200        210       220       230

      210       220         230        240       250       260     
pF1KSD FPQHSQSFPTSSTYSS--SVQGGGQGAHSYK-SCTAPTAQPHDRPLTASSSLAPGQRVQN
       : :: ::  .::. ::  : :  .:...::  : .. ... ..   ..:.. : :  .:.
CCDS14 FGQHYQSSASSSSSSSFPSPQRFSQSGQSYDGSYNVNAGSQYEGHNVGSNAQAYG--TQS
              240       250       260       270       280          

         270        280         290       300        310       320 
pF1KSD LHAYQSGRL-SYDQQQ--QQQQQQQQQQQALQSRHHAQETLHYQNLA-KYQHYGQQGQGY
        ..::   . ...: .  :  :: :::::  :..: .:....: : : :    .: :: :
CCDS14 NYSYQPQSMKNFEQAKIPQGTQQGQQQQQPQQQQHPSQHVMQYTNAATKLPLQSQVGQ-Y
      290       300       310       320       330       340        

             330       340       350       360       370       380 
pF1KSD CQPDAAVRTPEQYYQTFSPSSSHSPARSVGRSPSYSSTPSPLMPNLENFPYSQQPLSTGA
        ::.. ::.: :..:.::: :. ::: :: .::: :::::::: . ::.  .:     :.
CCDS14 NQPEVPVRSPMQFHQNFSPISNPSPAASVVQSPSCSSTPSPLMQTGENLQCGQ-----GS
       350       360       370       380       390       400       

             390        400       410       420       430       440
pF1KSD FPAGITDHS-HFMPLLNPSPTDATSSVDTQAGNCKPLQKDKLPENLLSDLSLQSLTALTS
        : :  ..  ..:: :.:.:.    : ...:.. : .  . .::. :.: .:.::.::..
CCDS14 VPMGSRNRILQLMPQLSPTPS-MMPSPNSHAAGFKGFGLEGVPEKRLTDPGLSSLSALST
            410       420        430       440       450       460 

              450       460       470       480        490         
pF1KSD QVENISNTVQQLLLSKAAVPQKKGVKNLVSRTPEQHKSQHCS-PEGSGYSAEPAGTPLSE
       :: :. ::::..::: : .::::  :    :   ..:.. :.  :::.   :   .:..:
CCDS14 QVANLPNTVQHMLLSDALTPQKKTSK----RPSSSKKADSCTNSEGSSQPEEQLKSPMAE
             470       480           490       500       510       

     500        510       520       530         540       550      
pF1KSD P-PSSTPQSTHAEPQEADYLSGSEDPLERSFL--YCNQARGSPARVNSNSKAKPESVSTC
          ..  .:.. . ...  :::.    . ..     ..: .:::.   ... .:  ... 
CCDS14 SLDGGCSSSSEDQGERVRQLSGQSTSSDTTYKGGASEKAGSSPAQ---GAQNEPPRLNAS
       520       530       540       550       560          570    

        560       570       580       590       600       610      
pF1KSD SVTSPDDMSTKSDDSFQSLHGSLPLDSFSKFVAGERDCPRLLLSALAQEDLASEILGLQE
        ..  .  :  . :        .::.: ..  ..:.    ..    ..: .....    :
CCDS14 PAAREEATSPGAKD--------MPLSSDGNPKVNEKTVGVIV----SREAMTGRV----E
          580               590       600           610            

        620       630       640       650       660       670      
pF1KSD AIGEKADKAWAEAPSLVKDSSKPPFSLENHSACLDSVAKSAWPRPGEPEALPDSLQLDKG
         : .   .  . :.    ...::    : .:   : :.   :.:    .   . . :..
CCDS14 KPGGQDKGSQEDDPAA---TQRPP---SNGGAKETSHASLPQPEPPGGGGSKGNKNGDNN
      620       630             640       650       660       670  

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pF1KSD GNAKDFSPGLFEDPSVA--FAT-PDPKKTTGPLSFGTKPTLGVPAPDPTTAAFDCFPDTT
       .: .  . :     ...  :..  .:.:. : : .. : ..:  .:  ....:  .:  :
CCDS14 SNHNGEGNGQSGHSAAGPGFTSRTEPSKSPGSLRYSYKDSFGSAVPR-NVSGFPQYP--T
            680       690       700       710        720           

           740       750       760       770       780       790   
pF1KSD AASSADSANPFAWPEENLGDACPRWGLHPGELTKGLEQGGKASDGISKGDTHEASACLGF
       .  ..:    :.   :  :    :    :. : . :.   .  :   . .:.: ..  : 
CCDS14 GQEKGD----FTGHGERKG----RNEKFPSLLQEVLQGYHHHPDRRYSRSTQEHQGMAGS
     730           740           750       760       770       780 

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pF1KSD QEEDPPGEKVASLPGDFKQEEVGGVKEEAGGLLQCPEVAKADRWLEDSRHCCSTA-DFGD
        :     . ..:  ... ..  : ...  :.::. :.      :    :.  ::: .. .
CCDS14 LEGTTRPNVLVSQTNELASR--GLLNKSIGSLLENPH------WGPWERKSSSTAPEMKQ
             790       800         810             820       830   

             860       870       880       890       900           
pF1KSD LPLLP-PTSRKEDLEAEEEYSSLCELLGSPEQRPGMQDPLSPKAPLICTKEEVEEVL---
       . :   :  :: ..: .   ::  :  ::  .: ..   .::   ..  ..   . :   
CCDS14 INLTDYPIPRKFEIEPQ---SSAHEPGGSLSERRSVICDISPLRQIV--RDPGAHSLGHM
           840       850          860       870         880        

        910       920        930       940                         
pF1KSD --DSKAGWGSPCHLS-GESVILLGPTVGTESKVQSW--------FESSLS----------
         :.. : ..  . . ..:::: :  :. :.:..:         ::.: :          
CCDS14 SADTRIGRNDRLNPTLSQSVILPGGLVSMETKLKSQSGQIKEEDFEQSKSQASFNNKKSG
      890       900       910       920       930       940        

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pF1KSD -HMKPG---EEGPDGERAPGDSTTSDAS-LAQKPNKPA-VPEAP--IAKKEPVPRGKSLR
        : .:    .:.  :. .:: .: .. :  . . ..:. . ..:  .. .: . ::.:  
CCDS14 DHCHPPSIKHESYRGNASPGAATHDSLSDYGPQDSRPTPMRRVPGRVGGREGM-RGRS--
      950       960       970       980       990      1000        

    1000      1010        1020      1030      1040      1050       
pF1KSD SRRVHRGLPEAEDSP--CRAPVLPKDLLLPESCTGPPQGQMEGAGAPGRGASEGLPRMCT
         . :    . . ::   :.:      . :.  :   ...  .  .:    :: :    .
CCDS14 PSQYHDFAEKLKMSPGRSRGPGGDPHHMNPHM-TFSERANRSSLHTPFSPNSETL----A
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      1060      1070        1080      1090                 1100    
pF1KSD RSLTALSEPRTPGPP--GLTTTPAPPDKLGGKQRAAFK---SGKRVG--------KPSPK
        .  : .. .. : :  ::..      ..  .:   .:   ::.  :        . .:.
CCDS14 SAYHANTRAHAYGDPNAGLNSQLHYKRQMYQQQPEEYKDWSSGSAQGVIAAAQHRQEGPR
             1070      1080      1090      1100      1110      1120

         1110           1120        1130                1140       
pF1KSD AASSPSNPAAL-----PVASDSSPM--GSKTKETDSPS----------TPGKDQRSMILR
         .:: .   :     :. .:.. :  :  .    .::          . :  ...: :.
CCDS14 --KSPRQQQFLDRVRSPLKNDKDGMMYGPPVGTYHDPSAQEAGRCLMSSDGLPNKGMELK
               1130      1140      1150      1160      1170        

      1150         1160      1170      1180      1190        1200  
pF1KSD SRT-KTQEIFH--SKRRRPSEGRLPNCRATKKLLDNSHLPATFKVSSSPQ--KEGRVSQR
         . : ::     :..  :...  :   ...:     :      .. . :  : : :  :
CCDS14 HGSQKLQESCWDLSRQTSPAKSSGPPGMSSQKRYGPPHETDGHGLAEATQSSKPGSVMLR
     1180      1190      1200      1210      1220      1230        

           1210      1220      1230      1240      1250      1260  
pF1KSD ARVPKPGAGSKLSDRPLHALKRKSAFMAPVPTKKRNLVLRSRSSSSSNASGNGGDGKEER
            ::  .. :. ::   .:  .:..:.:.:...  ...   ::.. .:    ...: 
CCDS14 L----PGQEDHSSQNPLIMRRRVRSFISPIPSKRQSQDVKN---SSTEDKGRLLHSSKEG
         1240      1250      1260      1270         1280      1290 

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        . . . . ..:  .  : .  . . .  :: :.. . :      ... .  :::.::::
CCDS14 ADKAFNSYAHLSHSQDIK-SIPKRDSSKDLPSPDSRN-C----PAVTLTSPAKTKILPPR
            1300       1310      1320           1330      1340     

           1330      1340      1350      1360      1370      1380  
pF1KSD KGRGLKLEAIVQKITSPSLKKFACKAPGASPGNPLSPSLSDKDRGLKGAGGSPVGVEEGL
       :::::::::::::::::.... : .  . . :. .  .:.:    :.  .: : :   : 
CCDS14 KGRGLKLEAIVQKITSPNIRRSASSNSAEAGGDTV--TLDDI---LSLKSGPPEG---GS
        1350      1360      1370      1380           1390          

           1390        1400        1410         1420        1430   
pF1KSD VNVGTGQKLPTSG--ADPLCRNPTNRSL--KGKLMNSK---KLSSTDCFKTE--AFTSPE
       : :  ..    .:  :. :  .:.:. :  .  :  :.   . :  :  :::  : :   
CCDS14 VAVQDADIEKRKGEVASDLV-SPANQELHVEKPLPRSSEEWRGSVDDKVKTETHAETVTA
      1400      1410       1420      1430      1440      1450      

             1440      1450      1460        1470            1480  
pF1KSD ALQPGG---TALAPKKRSRKGRAGAHGLSKGPL--EKRPYLGPALLLTPR------DRAS
       . .: :   .. . :  : .::  .   . .::       . :. .:.:.      .. .
CCDS14 GKEPPGAMTSTTSQKPGSNQGRPDGSLGGTAPLIFPDSKNVPPVGILAPEANPKAEEKEN
       1460      1470      1480      1490      1500      1510      

           1490             1500       1510      1520       1530   
pF1KSD GTQGASEDNSG----G---GGKKPKMEELG-LASQPPEGRPCQPQTRAQKQP-GHTNYSS
        :   :  . :    :   .::: : . .: . .:  . .:  :  .  . : : ..   
CCDS14 DTVTISPKQEGFPPKGYFPSGKK-KGRPIGSVNKQKKQQQPPPPPPQPPQIPEGSADGEP
       1520      1530       1540      1550      1560      1570     

          1540      1550      1560       1570      1580      1590  
pF1KSD YSKRKRLTRGRAKNTTSSPCKGRAKRRRQQQVLPL-DPAEPEIRLKYISSCKRLRSDSRT
         :..:  : : :   ..:     ..:. .:..:. .: ::::.::: ..    ..:...
CCDS14 KPKKQRQRRERRK-PGAQP-----RKRKTKQAVPIVEPQEPEIKLKYATQ-PLDKTDAKN
        1580       1590           1600      1610       1620        

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pF1KSD PAFSPLEPSLGAQNPRSGQNAPPAPADARPLCTTRDRRAYSAREQGQR            
        .: :                                                       
CCDS14 KSFYPYIHVVNKCELGAVCTIINAEEEEQTKLVRGRKGQRSLTPPPSSTESKALPASSFM
     1630      1640      1650      1660      1670      1680        

>>CCDS14033.1 TCF20 gene_id:6942|Hs108|chr22              (1960 aa)
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               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MQSFRERCGFHGKQQNYQQTSQETSRLENYRQPSQAGLSCDRQRLLAKDYYNPQPYPSYE
       ::::::. ..::.::.: :  . .::::.. .: ::      : .      . .   :  
CCDS14 MQSFREQSSYHGNQQSYPQEVHGSSRLEEF-SPRQA------QMFQNFGGTGGSSGSSGS
               10        20        30               40        50   

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pF1KSD GGAGTPSGTAAAVAA----DKYHRGSKALPTQQGLQGRPAFPGYGVQDSSPYPGRYAGEE
       :..:   :.:::.::     . :.: ...  . :     :     :  ..: : .     
CCDS14 GSGGGRRGAAAAAAAMASETSGHQGYQGFRKEAGDFYYMAGNKDPVTTGTPQPPQRRPSG
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        .:..: ::               : :   .:   :..:...     . : : :: .:..
CCDS14 PVQSYGPPQGSSFGNQYGSEGHVGQFQAQHSGLGGVSHYQQDYTGPFS-PGSAQYQQQAS
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pF1KSD ------QVPFRTHSLHVQQPPPPQQPLAYPKLQRQKLQNDIASPLPFPQGT--------H
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CCDS14 SQQQQQQVQQLRQQLYQSHQPLPQAT-GQPASSSSHLQ-PMQRPSTLPSSAAGYQLRVGQ
            180       190        200        210       220       230

      210       220         230        240       250       260     
pF1KSD FPQHSQSFPTSSTYSS--SVQGGGQGAHSYK-SCTAPTAQPHDRPLTASSSLAPGQRVQN
       : :: ::  .::. ::  : :  .:...::  : .. ... ..   ..:.. : :  .:.
CCDS14 FGQHYQSSASSSSSSSFPSPQRFSQSGQSYDGSYNVNAGSQYEGHNVGSNAQAYG--TQS
              240       250       260       270       280          

         270        280         290       300        310       320 
pF1KSD LHAYQSGRL-SYDQQQ--QQQQQQQQQQQALQSRHHAQETLHYQNLA-KYQHYGQQGQGY
        ..::   . ...: .  :  :: :::::  :..: .:....: : : :    .: :: :
CCDS14 NYSYQPQSMKNFEQAKIPQGTQQGQQQQQPQQQQHPSQHVMQYTNAATKLPLQSQVGQ-Y
      290       300       310       320       330       340        

             330       340       350       360       370       380 
pF1KSD CQPDAAVRTPEQYYQTFSPSSSHSPARSVGRSPSYSSTPSPLMPNLENFPYSQQPLSTGA
        ::.. ::.: :..:.::: :. ::: :: .::: :::::::: . ::.  .:     :.
CCDS14 NQPEVPVRSPMQFHQNFSPISNPSPAASVVQSPSCSSTPSPLMQTGENLQCGQ-----GS
       350       360       370       380       390       400       

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pF1KSD FPAGITDHS-HFMPLLNPSPTDATSSVDTQAGNCKPLQKDKLPENLLSDLSLQSLTALTS
        : :  ..  ..:: :.:.:.    : ...:.. : .  . .::. :.: .:.::.::..
CCDS14 VPMGSRNRILQLMPQLSPTPS-MMPSPNSHAAGFKGFGLEGVPEKRLTDPGLSSLSALST
            410       420        430       440       450       460 

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pF1KSD QVENISNTVQQLLLSKAAVPQKKGVKNLVSRTPEQHKSQHCS-PEGSGYSAEPAGTPLSE
       :: :. ::::..::: : .::::  :    :   ..:.. :.  :::.   :   .:..:
CCDS14 QVANLPNTVQHMLLSDALTPQKKTSK----RPSSSKKADSCTNSEGSSQPEEQLKSPMAE
             470       480           490       500       510       

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pF1KSD P-PSSTPQSTHAEPQEADYLSGSEDPLERSFL--YCNQARGSPARVNSNSKAKPESVSTC
          ..  .:.. . ...  :::.    . ..     ..: .:::.   ... .:  ... 
CCDS14 SLDGGCSSSSEDQGERVRQLSGQSTSSDTTYKGGASEKAGSSPAQ---GAQNEPPRLNAS
       520       530       540       550       560          570    

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pF1KSD SVTSPDDMSTKSDDSFQSLHGSLPLDSFSKFVAGERDCPRLLLSALAQEDLASEILGLQE
        ..  .  :  . :        .::.: ..  ..:.    ..    ..: .....    :
CCDS14 PAAREEATSPGAKD--------MPLSSDGNPKVNEKTVGVIV----SREAMTGRV----E
          580               590       600           610            

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pF1KSD AIGEKADKAWAEAPSLVKDSSKPPFSLENHSACLDSVAKSAWPRPGEPEALPDSLQLDKG
         : .   .  . :.    ...::    : .:   : :.   :.:    .   . . :..
CCDS14 KPGGQDKGSQEDDPAA---TQRPP---SNGGAKETSHASLPQPEPPGGGGSKGNKNGDNN
      620       630             640       650       660       670  

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pF1KSD GNAKDFSPGLFEDPSVA--FAT-PDPKKTTGPLSFGTKPTLGVPAPDPTTAAFDCFPDTT
       .: .  . :     ...  :..  .:.:. : : .. : ..:  .:  ....:  .:  :
CCDS14 SNHNGEGNGQSGHSAAGPGFTSRTEPSKSPGSLRYSYKDSFGSAVPR-NVSGFPQYP--T
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pF1KSD AASSADSANPFAWPEENLGDACPRWGLHPGELTKGLEQGGKASDGISKGDTHEASACLGF
       .  ..:    :.   :  :    :    :. : . :.   .  :   . .:.: ..  : 
CCDS14 GQEKGD----FTGHGERKG----RNEKFPSLLQEVLQGYHHHPDRRYSRSTQEHQGMAGS
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pF1KSD QEEDPPGEKVASLPGDFKQEEVGGVKEEAGGLLQCPEVAKADRWLEDSRHCCSTA-DFGD
        :     . ..:  ... ..  : ...  :.::. :.      :    :.  ::: .. .
CCDS14 LEGTTRPNVLVSQTNELASR--GLLNKSIGSLLENPH------WGPWERKSSSTAPEMKQ
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pF1KSD LPLLP-PTSRKEDLEAEEEYSSLCELLGSPEQRPGMQDPLSPKAPLICTKEEVEEVL---
       . :   :  :: ..: .   ::  :  ::  .: ..   .::   ..  ..   . :   
CCDS14 INLTDYPIPRKFEIEPQ---SSAHEPGGSLSERRSVICDISPLRQIV--RDPGAHSLGHM
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pF1KSD --DSKAGWGSPCHLS-GESVILLGPTVGTESKVQSW--------FESSLS----------
         :.. : ..  . . ..:::: :  :. :.:..:         ::.: :          
CCDS14 SADTRIGRNDRLNPTLSQSVILPGGLVSMETKLKSQSGQIKEEDFEQSKSQASFNNKKSG
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pF1KSD -HMKPG---EEGPDGERAPGDSTTSDAS-LAQKPNKPA-VPEAP--IAKKEPVPRGKSLR
        : .:    .:.  :. .:: .: .. :  . . ..:. . ..:  .. .: . ::.:  
CCDS14 DHCHPPSIKHESYRGNASPGAATHDSLSDYGPQDSRPTPMRRVPGRVGGREGM-RGRS--
      950       960       970       980       990      1000        

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pF1KSD SRRVHRGLPEAEDSP--CRAPVLPKDLLLPESCTGPPQGQMEGAGAPGRGASEGLPRMCT
         . :    . . ::   :.:      . :.  :   ...  .  .:    :: :    .
CCDS14 PSQYHDFAEKLKMSPGRSRGPGGDPHHMNPHM-TFSERANRSSLHTPFSPNSETL----A
        1010      1020      1030       1040      1050          1060

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pF1KSD RSLTALSEPRTPGPP--GLTTTPAPPDKLGGKQRAAFK---SGKRVG--------KPSPK
        .  : .. .. : :  ::..      ..  .:   .:   ::.  :        . .:.
CCDS14 SAYHANTRAHAYGDPNAGLNSQLHYKRQMYQQQPEEYKDWSSGSAQGVIAAAQHRQEGPR
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pF1KSD AASSPSNPAAL-----PVASDSSPM--GSKTKETDSPS----------TPGKDQRSMILR
         .:: .   :     :. .:.. :  :  .    .::          . :  ...: :.
CCDS14 --KSPRQQQFLDRVRSPLKNDKDGMMYGPPVGTYHDPSAQEAGRCLMSSDGLPNKGMELK
               1130      1140      1150      1160      1170        

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pF1KSD SRT-KTQEIFH--SKRRRPSEGRLPNCRATKKLLDNSHLPATFKVSSSPQ--KEGRVSQR
         . : ::     :..  :...  :   ...:     :      .. . :  : : :  :
CCDS14 HGSQKLQESCWDLSRQTSPAKSSGPPGMSSQKRYGPPHETDGHGLAEATQSSKPGSVMLR
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pF1KSD ARVPKPGAGSKLSDRPLHALKRKSAFMAPVPTKKRNLVLRSRSSSSSNASGNGGDGKEER
            ::  .. :. ::   .:  .:..:.:.:...  ...   ::.. .:    ...: 
CCDS14 L----PGQEDHSSQNPLIMRRRVRSFISPIPSKRQSQDVKN---SSTEDKGRLLHSSKEG
         1240      1250      1260      1270         1280      1290 

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pF1KSD PEGSPTLFKRMSSPKKAKPTKGNGEPATKLPPPETPDACLKLASRAAFQGAMKTKVLPPR
        . . . . ..:  .  : .  . . .  :: :.. . :      ... .  :::.::::
CCDS14 ADKAFNSYAHLSHSQDIK-SIPKRDSSKDLPSPDSRN-C----PAVTLTSPAKTKILPPR
            1300       1310      1320           1330      1340     

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pF1KSD KGRGLKLEAIVQKITSPSLKKFACKAPGASPGNPLSPSLSDKDRGLKGAGGSPVGVEEGL
       :::::::::::::::::.... : .  . . :. .  .:.:    :.  .: : :   : 
CCDS14 KGRGLKLEAIVQKITSPNIRRSASSNSAEAGGDTV--TLDDI---LSLKSGPPEG---GS
        1350      1360      1370      1380           1390          

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pF1KSD VNVGTGQKLPTSG--ADPLCRNPTNRSL--KGKLMNSK---KLSSTDCFKTE--AFTSPE
       : :  ..    .:  :. :  .:.:. :  .  :  :.   . :  :  :::  : :   
CCDS14 VAVQDADIEKRKGEVASDLV-SPANQELHVEKPLPRSSEEWRGSVDDKVKTETHAETVTA
      1400      1410       1420      1430      1440      1450      

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pF1KSD ALQPGG---TALAPKKRSRKGRAGAHGLSKGPL--EKRPYLGPALLLTPR------DRAS
       . .: :   .. . :  : .::  .   . .::       . :. .:.:.      .. .
CCDS14 GKEPPGAMTSTTSQKPGSNQGRPDGSLGGTAPLIFPDSKNVPPVGILAPEANPKAEEKEN
       1460      1470      1480      1490      1500      1510      

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pF1KSD GTQGASEDNSG----G---GGKKPKMEELG-LASQPPEGRPCQPQTRAQKQP-GHTNYSS
        :   :  . :    :   .::: : . .: . .:  . .:  :  .  . : : ..   
CCDS14 DTVTISPKQEGFPPKGYFPSGKK-KGRPIGSVNKQKKQQQPPPPPPQPPQIPEGSADGEP
       1520      1530       1540      1550      1560      1570     

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pF1KSD YSKRKRLTRGRAKNTTSSPCKGRAKRRRQQQVLPL-DPAEPEIRLKYISSCKRLRSDSRT
         :..:  : : :   ..:     ..:. .:..:. .: ::::.::: ..    ..:...
CCDS14 KPKKQRQRRERRK-PGAQP-----RKRKTKQAVPIVEPQEPEIKLKYATQ-PLDKTDAKN
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pF1KSD PAFSPLEPSLGAQNPRSGQNAPPAPADARPLCTTRDRRAYSAREQGQR            
        .: :                                                       
CCDS14 KSFYPYIHVVNKCELGAVCTIINAEEEEQTKLVRGRKGQRSLTPPPSSTESKALPASSFM
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1640 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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