Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA0637
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0637, 1171 aa
  1>>>pF1KSDA0637 1171 - 1171 aa - 1171 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0276+/-0.000913; mu= 14.6076+/- 0.055
 mean_var=113.0386+/-22.785, 0's: 0 Z-trim(109.5): 12  B-trim: 56 in 1/50
 Lambda= 0.120632
 statistics sampled from 10920 (10928) to 10920 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.681), E-opt: 0.2 (0.336), width:  16
 Scan time:  5.310

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS33677.1 ZBED4 gene_id:9889|Hs108|chr22         (1171) 7802 1369.4       0
CCDS55673.1 ZBED6 gene_id:100381270|Hs108|chr1     ( 979)  641 123.1 3.2e-27
CCDS14118.1 ZBED1 gene_id:9189|Hs108|chrY          ( 694)  503 99.0 4.1e-20
CCDS14118.1 ZBED1 gene_id:9189|Hs108|chrX          ( 694)  503 99.0 4.1e-20


>>CCDS33677.1 ZBED4 gene_id:9889|Hs108|chr22              (1171 aa)
 initn: 7802 init1: 7802 opt: 7802  Z-score: 7336.3  bits: 1369.4 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 7802; 99.9% identity (100.0% similar) in 1171 aa overlap (1-1171:1-1171)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MENNLKTCPKEDGDFVSDKIKFKIEEEDDDGIPPDSLERMDFKSEQEDMKQTDSGGERAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MENNLKTCPKEDGDFVSDKIKFKIEEEDDDGIPPDSLERMDFKSEQEDMKQTDSGGERAG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD LGGTGCSCKPPGKYLSAESEDDYGALFSQYSSTLYDVAMEAVTQSLLSSRNMSSRKKSPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LGGTGCSCKPPGKYLSAESEDDYGALFSQYSSTLYDVAMEAVTQSLLSSRNMSSRKKSPA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD WKHFFISPRDSTKAICMYCVKEFSRGKNEKDLSTSCLMRHVRRAHPTVLIQENGSVSAVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 WKHFFISPRDSTKAICMYCVKEFSRGKNEKDLSTSCLMRHVRRAHPTVLIQENGSVSAVS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD SFPSPSLLLPPQPADAGDLSTILSPIKLVQKVASKIPSPDRITEESVSVVSSEEISSDMS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SFPSPSLLLPPQPADAGDLSTILSPIKLVQKVASKIPSPDRITEESVSVVSSEEISSDMS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD VSEKCGREEALVGSSPHLPALHYDEPAENLAEKSLPLPKSTSGSRRRSAVWKHFYLSPLD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VSEKCGREEALVGSSPHLPALHYDEPAENLAEKSLPLPKSTSGSRRRSAVWKHFYLSPLD
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD NSKAVCIHCMNEFSRGKNGKDLGTSCLIRHMWRAHRAIVLQENGGTGIPPLYSTPPTLLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NSKAVCIHCMNEFSRGKNGKDLGTSCLIRHMWRAHRAIVLQENGGTGIPPLYSTPPTLLP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD SLLPPEGELSSVSSSPVKPVRESPSASSSPDRLTEDLQSHLNPGDGLMEDVAAFSSSDDV
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS33 SLLPPEGELSSVSSSPVKPVRESPSASSSPDRLTEDLQSHLNPGDGLMEDVAAFSSSDDI
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD GEASASSPEKQQADGLSPRLFESGAIFQQNKKVMKRLKSEVWHHFSLAPMDSLKAECRYC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GEASASSPEKQQADGLSPRLFESGAIFQQNKKVMKRLKSEVWHHFSLAPMDSLKAECRYC
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD GCAISRGKKGDVGTSCLMRHLYRRHPEVVGSQKGFLGASLANSPYATLASAESSSSKLTD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GCAISRGKKGDVGTSCLMRHLYRRHPEVVGSQKGFLGASLANSPYATLASAESSSSKLTD
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD LPTVVTKNNQVMFPVNSKKTSKLWNHFSICSADSTKVVCLHCGRTISRGKKPTNLGTSCL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LPTVVTKNNQVMFPVNSKKTSKLWNHFSICSADSTKVVCLHCGRTISRGKKPTNLGTSCL
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD LRHLQRFHSNVLKTEVSETARPSSPDTRVPRGTELSGASSFDDTNEKFYDSHPVAKKITS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LRHLQRFHSNVLKTEVSETARPSSPDTRVPRGTELSGASSFDDTNEKFYDSHPVAKKITS
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD LIAEMIALDLQPYSFVDNVGFNRLLEYLKPQYSLPAPSYFSRTAIPGMYDNVKQIIMSHL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LIAEMIALDLQPYSFVDNVGFNRLLEYLKPQYSLPAPSYFSRTAIPGMYDNVKQIIMSHL
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD KEAESGVIHFTSGIWMSNQTREYLTLTAHWVSFESPARPRCDDHHCSALLDVSQVDCDYS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KEAESGVIHFTSGIWMSNQTREYLTLTAHWVSFESPARPRCDDHHCSALLDVSQVDCDYS
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD GNSIQKQLECWWEAWVTSTGLQVGITVTDNASIGKTLNEGEHSSVQCFSHTVNLIVSEAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GNSIQKQLECWWEAWVTSTGLQVGITVTDNASIGKTLNEGEHSSVQCFSHTVNLIVSEAI
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD KSQRMVQNLLSLARKICERVHRSPKAKEKLAELQREYALPQHHLIQDVPSKWSTSFHMLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KSQRMVQNLLSLARKICERVHRSPKAKEKLAELQREYALPQHHLIQDVPSKWSTSFHMLE
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD RLIEQKRAINEMSVECNFRELISCDQWEVMQSVCRALKPFEAASREMSTQMSTLSQVIPM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RLIEQKRAINEMSVECNFRELISCDQWEVMQSVCRALKPFEAASREMSTQMSTLSQVIPM
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD VHILNRKVEMLFEETMGIDTMLRSLKEAMVSRLSATLHDPRYVFATLLDPRYKASLFTEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VHILNRKVEMLFEETMGIDTMLRSLKEAMVSRLSATLHDPRYVFATLLDPRYKASLFTEE
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KSD EAEQYKQDLIRELELMNSTSEDVAASHRCDAGSPSKDSAAEENLWSLVAKVKKKDPREKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EAEQYKQDLIRELELMNSTSEDVAASHRCDAGSPSKDSAAEENLWSLVAKVKKKDPREKL
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KSD PEAMVLAYLEEEVLEHSCDPLTYWNLKKASWPGLSALAVRFLGCPPSIVPSEKLFNTPTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PEAMVLAYLEEEVLEHSCDPLTYWNLKKASWPGLSALAVRFLGCPPSIVPSEKLFNTPTE
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170 
pF1KSD NGSLGQSRLMMEHFEKLIFLKVNLPLIYFQY
       :::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NGSLGQSRLMMEHFEKLIFLKVNLPLIYFQY
             1150      1160      1170 

>>CCDS55673.1 ZBED6 gene_id:100381270|Hs108|chr1          (979 aa)
 initn: 763 init1: 279 opt: 641  Z-score: 602.2  bits: 123.1 E(32554): 3.2e-27
Smith-Waterman score: 1026; 28.0% identity (55.5% similar) in 958 aa overlap (336-1171:18-955)

         310       320       330       340       350         360   
pF1KSD CIHCMNEFSRGKNGKDLGTSCLIRHMWRAHRAIVLQENGGTGIPPLYSTPPT--LLPSLL
                                     :  .....:  :  :. :.     ..   .
CCDS55              MSVCTLSVPVSSLSPGRRCNTFSDSGILGCVPINSNTDEEDVVEEKM
                            10        20        30        40       

           370       380       390            400       410        
pF1KSD PPEGELSSVSSSPVKPVRESPSASSSPDR-----LTEDLQSHLNPGDGLMEDVAAFSSSD
         :: ... ...:.:  :..    ..  :     :.. ... :. :  .  :. :. .:.
CCDS55 VAEG-VNKEAKQPAKKKRKKGLRIKGKRRRKKLILAKKFSKDLGSGRPVA-DAPALLASN
        50         60        70        80        90        100     

      420       430       440       450       460        470       
pF1KSD DVGEASASSPEKQQADGLSPRLFESGAIFQQNKKVMKRLKSE-VWHHFSLAPMDSLKAEC
       :        ::... .     ::::. : .:      : :.  ::: : . :. . .: :
CCDS55 D--------PEQDEES-----LFESN-IEKQIYLPSTRAKTSIVWHFFHVDPQYTWRAIC
                 110             120       130       140       150 

       480       490        500                510        520      
pF1KSD RYCGCAISRGKKGD-VGTSCLMRHLYRRH-PE--------VVGSQKGF-LGASLANS---
         :  ..:::: :. .::: :.:::  :: :.        :..... : : .::. :   
CCDS55 NLCEKSVSRGKPGSHLGTSTLQRHLQARHSPHWTRANKFGVASGEEDFTLDVSLSPSSGS
             160       170       180       190       200       210 

                  530               540       550          560     
pF1KSD -------PYATLASA-------ESSSSKL-TDLPTVVTKNNQV---MFPVNSKKTSKLWN
              :   : .        .:.:. : ..    . :.: :   ..: .  ::: .::
CCDS55 NGSFEYIPTDPLDDNRMGKKHDKSASDALRAERGRFLIKSNIVKHALIPGTRAKTSAVWN
             220       230       240       250       260       270 

         570       580       590       600                     610 
pF1KSD HFSICSADSTKVVCLHCGRTISRGKKPTNLGTSCLLRHLQRFH--------------SNV
        :       ...::  : :..:::.  ..:::: : ::::  :              .: 
CCDS55 FFYTDPQHISRAVCNICKRSVSRGRPGSHLGTSTLQRHLQATHPIHWAVANKDSGAVANG
             280       290       300       310       320       330 

                620       630       640        650                 
pF1KSD L---KTEVSETARPSSPDTRVPRGTELSGASSFD-DTNEKFYD-----------------
       :   .:: :.    .    .   . .:.. .  : :..: . .                 
CCDS55 LDEAETERSDLLSDTLHGEKSTGSQDLTAEDLSDSDSDEPMLEVENRSESPIPVAEQGTL
             340       350       360       370       380       390 

                         660       670       680       690         
pF1KSD -----------SHPVAKKITSLIAEMIALDLQPYSFVDNVGFNRLLEYLKPQYSLPAPSY
                  ..::...:.. : .::. :..::.. .. .:.:... . :.: ::. .:
CCDS55 MRAQERETTCCGNPVSSHISQAIIQMIVEDMHPYNYFSTPAFQRFMQIVAPDYRLPSETY
             400       410       420       430       440       450 

     700       710       720       730       740       750         
pF1KSD FSRTAIPGMYDNVKQIIMSHLKEAESGVIHFTSGIWMSNQTREYLTLTAHWVSFESPA--
       :   :.: .:: :.. :.  :....:  ::.:  ::  . . .:. .:.::::.:. .  
CCDS55 FFTKAVPQLYDCVREKIFLTLENVQSQKIHLTVDIWTHDPSTDYFIVTVHWVSLETASFL
             460       470       480       490       500       510 

        760       770       780       790       800       810      
pF1KSD -RPRCDDHHCSALLDVSQVDCDYSGNSIQKQLECWWEAWVTSTGLQVGITVTDNAS-IGK
          :  : .  :.: :. .  :   ..: ..:.     :.. . :  .. :.::.: . .
CCDS55 NNGRIPDFRKWAVLCVTGLAKDCLITNILQELNDQIGLWLSPNFLIPSFIVSDNSSNVVH
             520       530       540       550       560       570 

         820       830       840       850       860       870     
pF1KSD TLNEGEHSSVQCFSHTVNLIVSEAIKSQRMVQNLLSLARKICERVHRSPKAKEKLAELQR
       ....:  . : :: : .:..... .  .. ..:.:  ::: :..  .: ::.. : :.: 
CCDS55 AIKDGGFTHVPCFLHCLNMVIQDFFCEHKSIENMLVAARKTCHHFSHSVKARQILQEFQN
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pF1KSD EYALPQHHLIQDVPSKWSTSFHMLERLIEQKRAINEMSVECNFRELISCDQWEVMQSVCR
       .. :: ..: ::  ..: ..:.::. :.:.  .... :.      ...  :: .:  :: 
CCDS55 DHQLPWKNLKQDETGHWISTFYMLKWLLEHCYSVHH-SLGRASGVVLTSLQWTLMTYVCD
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pF1KSD ALKPFEAASREMSTQMSTLSQVIPMVHILNRKVEMLFEETM--GIDTMLR-----SLKEA
        ::::: :....:.. . :.::.:..: :  ... : :. .  ::   :      :::  
CCDS55 ILKPFEEATQKVSVKTAGLNQVLPLIHHLLLSLQKLREDFQVRGITQALNLVDSLSLKLE
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pF1KSD MVSRLSATLHDPRYVFATLLDPRYKASL--FTEEEA--EQYKQDLIRELELMNSTSEDVA
         . ::: :..   ..:::::: .: ::  :  . :  : ::: : .:.  .  .: .. 
CCDS55 TDTLLSAMLKSKPCILATLLDPCFKNSLEDFFPQGADLETYKQFLAEEVCNYMESSPEIC
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pF1KSD ASHRCDAGSPSKDSAAEENLWSL--------------VAKVKKKDPREKLPEAMVLA--Y
            .:. ::   .:.    ::              : .:   .    .: :....  :
CCDS55 QIPTSEASCPSVTVGADSFTSSLKEGTSSSGSVDSSAVDNVALGSKSFMFPSAVAVVDEY
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pF1KSD LEEEVLEHSC--DPLTYWNLKKASWPGLSALAVRFLGCPPSIVPSEKLFNTPTENGSLGQ
       ..:.  : :   ::: ::. : . ::.:. .:...:.::     :: .:   :.:. .  
CCDS55 FKEKYSEFSGGDDPLIYWQRKISIWPALTQVAIQYLSCPMCSWQSECIF---TKNSHFHP
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pF1KSD SRLM---MEHFEKLIFLKVNLPLIYFQY                        
       ...:   ....:.:.:::.::  . ..:                        
CCDS55 KQIMSLDFDNIEQLMFLKMNLKNVNYDYSTLVLSWDPEQNEVVQSSEKEILP
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CCDS14            MENKSLESSQTDLKLVAHPRAKSKVWKYFGFDTNAEGCILQWKKIYCRI
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CCDS14 CMAQIAYSGNTSNLSYHLEKNHPEEFCEFVKSNTEQMREAFATAFSKLKPESSQQPGQDA
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       .     . :::.   ...:. .  .:   : : :.::.  :. ::.   :.: ::. .:.
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         : .   :  : . .:  . ....: . :   .  :  :. .  : :.. . .: :.  
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pF1KSD -LNEGEHSSVQCFSHTVNLIVSEAIKSQRMVQNLLSLARKICERVHRSPKAKEKLAELQR
        :. . :  . :..:: :  ...:..  ..   :::  ::. :  ..:  :   : : :.
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       .:: : .. :.  .:   ::.::::::   : .  : .: .. ...: . :.....    
CCDS14 ELSKTYQETPEIDMFLNVATFLDPRYKRLPFLSAFERQQVENRVVEEAKGLLDKVKDGGY
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CCDS14 RNRLAPAHVDEQVFLYENARSGAEAEPEDQDEGEWGLDQEQVFSLGDGVSGGFFGIRDSS
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CCDS14            MENKSLESSQTDLKLVAHPRAKSKVWKYFGFDTNAEGCILQWKKIYCRI
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CCDS14 CMAQIAYSGNTSNLSYHLEKNHPEEFCEFVKSNTEQMREAFATAFSKLKPESSQQPGQDA
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CCDS14 LAVKAGHGYDSKK-QQELTAAVLGLICEGLYPASIVDEPTFKVLLKTADPRYELPSRKYI
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pF1KSD -----------EDVAASHRCDAGSPSKDSAAEENLWSLVAKVKKKDPREKLPEAMVLAYL
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pF1KSD QSRLMMEHFEKLIFLKVNLPLIYFQY                                  
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