Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA0587
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0587, 1134 aa
  1>>>pF1KSDA0587 1134 - 1134 aa - 1134 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7372+/-0.00134; mu= 19.6450+/- 0.081
 mean_var=62.3919+/-12.467, 0's: 0 Z-trim(98.6): 32  B-trim: 126 in 2/49
 Lambda= 0.162372
 statistics sampled from 5428 (5434) to 5428 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.506), E-opt: 0.2 (0.167), width:  16
 Scan time:  3.980

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS2288.1 NCKAP1 gene_id:10787|Hs108|chr2         (1134) 7370 1736.1       0
CCDS2287.1 NCKAP1 gene_id:10787|Hs108|chr2         (1128) 7300 1719.7       0
CCDS31813.1 NCKAP1L gene_id:3071|Hs108|chr12       (1127) 4570 1080.2       0
CCDS53799.1 NCKAP1L gene_id:3071|Hs108|chr12       (1077) 4379 1035.4       0


>>CCDS2288.1 NCKAP1 gene_id:10787|Hs108|chr2              (1134 aa)
 initn: 7370 init1: 7370 opt: 7370  Z-score: 9318.5  bits: 1736.1 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 7370; 100.0% identity (100.0% similar) in 1134 aa overlap (1-1134:1-1134)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSRSVLQPSQQKLAEKLTILNDRGVGMLTRLYNIKKQGQVWKACGDPKAKPSYLIDKNLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 MSRSVLQPSQQKLAEKLTILNDRGVGMLTRLYNIKKQGQVWKACGDPKAKPSYLIDKNLE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD SAVKFIVRKFPAVETRNNNQQLAQLQKEKSEILKNLALYYFTFVDVMEFKDHVCELLNTI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 SAVKFIVRKFPAVETRNNNQQLAQLQKEKSEILKNLALYYFTFVDVMEFKDHVCELLNTI
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD DVCQVFFDITVNFDLTKNYLDLIITYTTLMILLSRIEERKAIIGLYNYAHEMTHGASDRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 DVCQVFFDITVNFDLTKNYLDLIITYTTLMILLSRIEERKAIIGLYNYAHEMTHGASDRE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD YPRLGQMIVDYENPLKKMMEEFVPHSKSLSDALISLQMVYPRRNLSADQWRNAQLLSLIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 YPRLGQMIVDYENPLKKMMEEFVPHSKSLSDALISLQMVYPRRNLSADQWRNAQLLSLIS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD APSTMLNPAQSDTMPCEYLSLDAMEKWIIFGFILCHGILNTDATALNLWKLALQSSSCLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 APSTMLNPAQSDTMPCEYLSLDAMEKWIIFGFILCHGILNTDATALNLWKLALQSSSCLS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LFRDEVFHIHKAAEDLFVNIRGYNKRINDIRECKEAAVSHAGSMHRERRKFLRSALKELA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 LFRDEVFHIHKAAEDLFVNIRGYNKRINDIRECKEAAVSHAGSMHRERRKFLRSALKELA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD TVLSDQPGLLGPKALFVFMALSFARDEIIWLLRHADNMPKKSADDFIDKHIAELIFYMEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 TVLSDQPGLLGPKALFVFMALSFARDEIIWLLRHADNMPKKSADDFIDKHIAELIFYMEE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD LRAHVRKYGPVMQRYYVQYLSGFDAVVLNELVQNLSVCPEDESIIMSSFVNTMTSLSVKQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 LRAHVRKYGPVMQRYYVQYLSGFDAVVLNELVQNLSVCPEDESIIMSSFVNTMTSLSVKQ
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD VEDGEVFDFRGMRLDWFRLQAYTSVSKASLGLADHRELGKMMNTIIFHTKMVDSLVEMLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 VEDGEVFDFRGMRLDWFRLQAYTSVSKASLGLADHRELGKMMNTIIFHTKMVDSLVEMLV
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD ETSDLSIFCFYSRAFEKMFQQCLELPSQSRYSIAFPLLCTHFMSCTHELCPEERHHIGDR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 ETSDLSIFCFYSRAFEKMFQQCLELPSQSRYSIAFPLLCTHFMSCTHELCPEERHHIGDR
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD SLSLCNMFLDEMAKQARNLITDICTEQCTLSDQLLPKHCAKTISQAVNKKSKKQTGKKGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 SLSLCNMFLDEMAKQARNLITDICTEQCTLSDQLLPKHCAKTISQAVNKKSKKQTGKKGE
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD PEREKPGVESMRKNRLVVTNLDKLHTALSELCFSINYVPNMVVWEHTFTPREYLTSHLEI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 PEREKPGVESMRKNRLVVTNLDKLHTALSELCFSINYVPNMVVWEHTFTPREYLTSHLEI
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD RFTKSIVGMTMYNQATQEIAKPSELLTSVRAYMTVLQSIENYVQIDITRVFNNVLLQQTQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 RFTKSIVGMTMYNQATQEIAKPSELLTSVRAYMTVLQSIENYVQIDITRVFNNVLLQQTQ
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD HLDSHGEPTITSLYTNWYLETLLRQVSNGHIAYFPAMKAFVNLPTENELTFNAEEYSDIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 HLDSHGEPTITSLYTNWYLETLLRQVSNGHIAYFPAMKAFVNLPTENELTFNAEEYSDIS
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD EMRSLSELLGPYGMKFLSESLMWHISSQVAELKKLVVENVDVLTQMRTSFDKPDQMAALF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 EMRSLSELLGPYGMKFLSESLMWHISSQVAELKKLVVENVDVLTQMRTSFDKPDQMAALF
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD KRLSSVDSVLKRMTIIGVILSFRSLAQEALRDVLSYHIPFLVSSIEDFKDHIPRETDMKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 KRLSSVDSVLKRMTIIGVILSFRSLAQEALRDVLSYHIPFLVSSIEDFKDHIPRETDMKV
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD AMNVYELSSAAGLPCEIDPALVVALSSQKSENISPEEEYKIACLLMVFVAVSLPTLASNV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 AMNVYELSSAAGLPCEIDPALVVALSSQKSENISPEEEYKIACLLMVFVAVSLPTLASNV
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KSD MSQYSPAIEGHCNNIHCLAKAINQIAAALFTIHKGSIEDRLKEFLALASSSLLKIGQETD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 MSQYSPAIEGHCNNIHCLAKAINQIAAALFTIHKGSIEDRLKEFLALASSSLLKIGQETD
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130    
pF1KSD KTTTRNRESVYLLLDMIVQESPFLTMDLLESCFPYVLLRNAYHAVYKQSVTSSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 KTTTRNRESVYLLLDMIVQESPFLTMDLLESCFPYVLLRNAYHAVYKQSVTSSA
             1090      1100      1110      1120      1130    

>>CCDS2287.1 NCKAP1 gene_id:10787|Hs108|chr2              (1128 aa)
 initn: 7107 init1: 7107 opt: 7300  Z-score: 9229.9  bits: 1719.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 7300; 99.5% identity (99.5% similar) in 1134 aa overlap (1-1134:1-1128)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSRSVLQPSQQKLAEKLTILNDRGVGMLTRLYNIKKQGQVWKACGDPKAKPSYLIDKNLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::      ::::::::::::::::::
CCDS22 MSRSVLQPSQQKLAEKLTILNDRGVGMLTRLYNIKK------ACGDPKAKPSYLIDKNLE
               10        20        30              40        50    

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD SAVKFIVRKFPAVETRNNNQQLAQLQKEKSEILKNLALYYFTFVDVMEFKDHVCELLNTI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 SAVKFIVRKFPAVETRNNNQQLAQLQKEKSEILKNLALYYFTFVDVMEFKDHVCELLNTI
           60        70        80        90       100       110    

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD DVCQVFFDITVNFDLTKNYLDLIITYTTLMILLSRIEERKAIIGLYNYAHEMTHGASDRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 DVCQVFFDITVNFDLTKNYLDLIITYTTLMILLSRIEERKAIIGLYNYAHEMTHGASDRE
          120       130       140       150       160       170    

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD YPRLGQMIVDYENPLKKMMEEFVPHSKSLSDALISLQMVYPRRNLSADQWRNAQLLSLIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 YPRLGQMIVDYENPLKKMMEEFVPHSKSLSDALISLQMVYPRRNLSADQWRNAQLLSLIS
          180       190       200       210       220       230    

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD APSTMLNPAQSDTMPCEYLSLDAMEKWIIFGFILCHGILNTDATALNLWKLALQSSSCLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 APSTMLNPAQSDTMPCEYLSLDAMEKWIIFGFILCHGILNTDATALNLWKLALQSSSCLS
          240       250       260       270       280       290    

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LFRDEVFHIHKAAEDLFVNIRGYNKRINDIRECKEAAVSHAGSMHRERRKFLRSALKELA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 LFRDEVFHIHKAAEDLFVNIRGYNKRINDIRECKEAAVSHAGSMHRERRKFLRSALKELA
          300       310       320       330       340       350    

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD TVLSDQPGLLGPKALFVFMALSFARDEIIWLLRHADNMPKKSADDFIDKHIAELIFYMEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 TVLSDQPGLLGPKALFVFMALSFARDEIIWLLRHADNMPKKSADDFIDKHIAELIFYMEE
          360       370       380       390       400       410    

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD LRAHVRKYGPVMQRYYVQYLSGFDAVVLNELVQNLSVCPEDESIIMSSFVNTMTSLSVKQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 LRAHVRKYGPVMQRYYVQYLSGFDAVVLNELVQNLSVCPEDESIIMSSFVNTMTSLSVKQ
          420       430       440       450       460       470    

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD VEDGEVFDFRGMRLDWFRLQAYTSVSKASLGLADHRELGKMMNTIIFHTKMVDSLVEMLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 VEDGEVFDFRGMRLDWFRLQAYTSVSKASLGLADHRELGKMMNTIIFHTKMVDSLVEMLV
          480       490       500       510       520       530    

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD ETSDLSIFCFYSRAFEKMFQQCLELPSQSRYSIAFPLLCTHFMSCTHELCPEERHHIGDR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 ETSDLSIFCFYSRAFEKMFQQCLELPSQSRYSIAFPLLCTHFMSCTHELCPEERHHIGDR
          540       550       560       570       580       590    

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD SLSLCNMFLDEMAKQARNLITDICTEQCTLSDQLLPKHCAKTISQAVNKKSKKQTGKKGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 SLSLCNMFLDEMAKQARNLITDICTEQCTLSDQLLPKHCAKTISQAVNKKSKKQTGKKGE
          600       610       620       630       640       650    

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD PEREKPGVESMRKNRLVVTNLDKLHTALSELCFSINYVPNMVVWEHTFTPREYLTSHLEI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 PEREKPGVESMRKNRLVVTNLDKLHTALSELCFSINYVPNMVVWEHTFTPREYLTSHLEI
          660       670       680       690       700       710    

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD RFTKSIVGMTMYNQATQEIAKPSELLTSVRAYMTVLQSIENYVQIDITRVFNNVLLQQTQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 RFTKSIVGMTMYNQATQEIAKPSELLTSVRAYMTVLQSIENYVQIDITRVFNNVLLQQTQ
          720       730       740       750       760       770    

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD HLDSHGEPTITSLYTNWYLETLLRQVSNGHIAYFPAMKAFVNLPTENELTFNAEEYSDIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 HLDSHGEPTITSLYTNWYLETLLRQVSNGHIAYFPAMKAFVNLPTENELTFNAEEYSDIS
          780       790       800       810       820       830    

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD EMRSLSELLGPYGMKFLSESLMWHISSQVAELKKLVVENVDVLTQMRTSFDKPDQMAALF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 EMRSLSELLGPYGMKFLSESLMWHISSQVAELKKLVVENVDVLTQMRTSFDKPDQMAALF
          840       850       860       870       880       890    

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD KRLSSVDSVLKRMTIIGVILSFRSLAQEALRDVLSYHIPFLVSSIEDFKDHIPRETDMKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 KRLSSVDSVLKRMTIIGVILSFRSLAQEALRDVLSYHIPFLVSSIEDFKDHIPRETDMKV
          900       910       920       930       940       950    

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD AMNVYELSSAAGLPCEIDPALVVALSSQKSENISPEEEYKIACLLMVFVAVSLPTLASNV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 AMNVYELSSAAGLPCEIDPALVVALSSQKSENISPEEEYKIACLLMVFVAVSLPTLASNV
          960       970       980       990      1000      1010    

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KSD MSQYSPAIEGHCNNIHCLAKAINQIAAALFTIHKGSIEDRLKEFLALASSSLLKIGQETD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 MSQYSPAIEGHCNNIHCLAKAINQIAAALFTIHKGSIEDRLKEFLALASSSLLKIGQETD
         1020      1030      1040      1050      1060      1070    

             1090      1100      1110      1120      1130    
pF1KSD KTTTRNRESVYLLLDMIVQESPFLTMDLLESCFPYVLLRNAYHAVYKQSVTSSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 KTTTRNRESVYLLLDMIVQESPFLTMDLLESCFPYVLLRNAYHAVYKQSVTSSA
         1080      1090      1100      1110      1120        

>>CCDS31813.1 NCKAP1L gene_id:3071|Hs108|chr12            (1127 aa)
 initn: 4467 init1: 1936 opt: 4570  Z-score: 5773.7  bits: 1080.2 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4570; 58.9% identity (86.1% similar) in 1127 aa overlap (4-1127:2-1122)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSRSVLQPSQQKLAEKLTILNDRGVGMLTRLYNIKKQGQVWKACGDPKAKPSYLIDKNLE
          :. .  :.::::::::::::: :.: :.:::::      .:.:::.:: .:..:..:
CCDS31   MSLTSAYQHKLAEKLTILNDRGQGVLIRMYNIKK------TCSDPKSKPPFLLEKSME
                 10        20        30              40        50  

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD SAVKFIVRKFPAVETRNNNQQLAQLQKEKSEILKNLALYYFTFVDVMEFKDHVCELLNTI
        ..:.: .::: ...::..:.:. ...::.::.. :. :: .:::::::.::: ::::::
CCDS31 PSLKYINKKFPNIDVRNSTQHLGPVHREKAEIIRFLTNYYQSFVDVMEFRDHVYELLNTI
             60        70        80        90       100       110  

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD DVCQVFFDITVNFDLTKNYLDLIITYTTLMILLSRIEERKAIIGLYNYAHEMTHGASDRE
       :.::  :::..:::.:..:::::.:::....::::::.:. .::.:: :::: :: .:  
CCDS31 DACQCHFDINLNFDFTRSYLDLIVTYTSVILLLSRIEDRRILIGMYNCAHEMLHGHGDPS
            120       130       140       150       160       170  

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD YPRLGQMIVDYENPLKKMMEEFVPHSKSLSDALISLQMVYPRRNLSADQWRNAQLLSLIS
       . :::::...:..::::. ::: ::.:..: ::.::.... ::: .:.:::.::::::::
CCDS31 FARLGQMVLEYDHPLKKLTEEFGPHTKAVSGALLSLHFLFVRRNQGAEQWRSAQLLSLIS
            180       190       200       210       220       230  

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD APSTMLNPAQSDTMPCEYLSLDAMEKWIIFGFILCHGILNTDATALNLWKLALQSSSCLS
        : .:.:::.:::: :::::...::.:::.::.:::: ::...   .:::: ::.:  ..
CCDS31 NPPAMINPANSDTMACEYLSVEVMERWIIIGFLLCHGCLNSNSQCQKLWKLCLQGSLYIT
            240       250       260       270       280       290  

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LFRDEVFHIHKAAEDLFVNIRGYNKRINDIRECKEAAVSHAGSMHRERRKFLRSALKELA
       :.:..:...::..:::: ...::.::. ::.: :: .....:..: .::.::: :.::: 
CCDS31 LIREDVLQVHKVTEDLFSSLKGYGKRVADIKESKEHVIANSGQFHCQRRQFLRMAVKELE
            300       310       320       330       340       350  

              370       380       390       400        410         
pF1KSD TVLSDQPGLLGPKALFVFMALSFARDEIIWLLRHADNMPK-KSADDFIDKHIAELIFYME
       :::.:.::::::::::.:::::: :::. ::.::..:. : :. .:. :. ::::.: .:
CCDS31 TVLADEPGLLGPKALFAFMALSFIRDEVTWLVRHTENVTKTKTPEDYADSSIAELLFLLE
            360       370       380       390       400       410  

     420       430       440       450       460       470         
pF1KSD ELRAHVRKYGPVMQRYYVQYLSGFDAVVLNELVQNLSVCPEDESIIMSSFVNTMTSLSVK
        .:. ::..  :.:.:..:::. :::.::....::::::::.:::::::::. ..::..:
CCDS31 GIRSLVRRHIKVIQQYHLQYLARFDALVLSDIIQNLSVCPEEESIIMSSFVSILSSLNLK
            420       430       440       450       460       470  

     480       490       500       510       520       530         
pF1KSD QVEDGEVFDFRGMRLDWFRLQAYTSVSKASLGLADHRELGKMMNTIIFHTKMVDSLVEML
       ::..:: :.: :.:::::::::::::.:: : : .. .:.:.:: :.::..:.::. ..:
CCDS31 QVDNGEKFEFSGLRLDWFRLQAYTSVAKAPLHLHENPDLAKVMNLIVFHSRMLDSVEKLL
            480       490       500       510       520       530  

     540       550       560       570       580       590         
pF1KSD VETSDLSIFCFYSRAFEKMFQQCLELPSQSRYSIAFPLLCTHFMSCTHELCPEERHHIGD
       ::::::: :::. : ::::: . ::  .. ::.:::::.:.::. ::::.::::  :. .
CCDS31 VETSDLSTFCFHLRIFEKMFAMTLEESAMLRYAIAFPLICAHFVHCTHEMCPEEYPHLKN
            540       550       560       570       580       590  

     600       610       620       630       640       650         
pF1KSD RSLSLCNMFLDEMAKQARNLITDICTEQCTLSDQLLPKHCAKTISQAVNKKSKKQ--TGK
       ..:  :: ::.:.:::. : . .::.:: .::.:::::::: :::.: :::..::  : .
CCDS31 HGLHHCNSFLEELAKQTSNCVLEICAEQRNLSEQLLPKHCATTISKAKNKKTRKQRQTPR
            600       610       620       630       640       650  

       660       670       680       690       700       710       
pF1KSD KGEPEREKPGVESMRKNRLVVTNLDKLHTALSELCFSINYVPNMVVWEHTFTPREYLTSH
       ::::::.:::.:: :::: .:::.::::  :.:: ...:.: .. :.:::. : :::.::
CCDS31 KGEPERDKPGAESHRKNRSIVTNMDKLHLNLTELALTMNHVYSFSVFEHTIFPSEYLSSH
            660       670       680       690       700       710  

       720       730       740       750       760       770       
pF1KSD LEIRFTKSIVGMTMYNQATQEIAKPSELLTSVRAYMTVLQSIENYVQIDITRVFNNVLLQ
       :: :....:: .. :: .::::..:::::..:.::.  .::. ...  : .::. :.:::
CCDS31 LEARLNRAIVWLAGYNATTQEIVRPSELLAGVKAYIGFIQSLAQFLGADASRVIRNALLQ
            720       730       740       750       760       770  

       780       790       800       810       820       830       
pF1KSD QTQHLDSHGEPTITSLYTNWYLETLLRQVSNGHIAYFPAMKAFVNLPTENELTFNAEEYS
       ::: ::: :: :::.::::::::.::::.:.: :   :::.:::.:: :.: .:.:::.:
CCDS31 QTQPLDSCGEQTITTLYTNWYLESLLRQASSGTIILSPAMQAFVSLPREGEQNFSAEEFS
            780       790       800       810       820       830  

       840       850       860       870       880       890       
pF1KSD DISEMRSLSELLGPYGMKFLSESLMWHISSQVAELKKLVVENVDVLTQMRTSFDKPDQMA
       ::::::.:.:::::::::::::.::::..::..:::::::::.:.:.:.:..:.::: ::
CCDS31 DISEMRALAELLGPYGMKFLSENLMWHVTSQIVELKKLVVENMDILVQIRSNFSKPDLMA
            840       850       860       870       880       890  

       900       910       920       930       940       950       
pF1KSD ALFKRLSSVDSVLKRMTIIGVILSFRSLAQEALRDVLSYHIPFLVSSIEDFKDHIPRETD
       .:. .:.....:::::::::::::::..:::.::.:.: : :::.. :: .:. .  .::
CCDS31 SLLPQLTGAENVLKRMTIIGVILSFRAMAQEGLREVFSSHCPFLMGPIECLKEFVTPDTD
            900       910       920       930       940       950  

       960       970       980       990      1000      1010       
pF1KSD MKVAMNVYELSSAAGLPCEIDPALVVALSSQKSENISPEEEYKIACLLMVFVAVSLPTLA
       .::.....::.::::. :.::::::.:... :... :::::::.::::..:.::::: ::
CCDS31 IKVTLSIFELASAAGVGCDIDPALVAAIANLKADTSSPEEEYKVACLLLIFLAVSLPLLA
            960       970       980       990      1000      1010  

      1020      1030      1040      1050      1060      1070       
pF1KSD SNVMSQYSPAIEGHCNNIHCLAKAINQIAAALFTIHKGSIEDRLKEFLALASSSLLKIGQ
       ..  : ::   .:. ::::::.::: :..:::::... .:: .:::::..:: :::..::
CCDS31 TDPSSFYSIEKDGYNNNIHCLTKAIIQVSAALFTLYNKNIETHLKEFLVVASVSLLQLGQ
           1020      1030      1040      1050      1060      1070  

      1080      1090      1100      1110      1120      1130    
pF1KSD ETDKTTTRNRESVYLLLDMIVQESPFLTMDLLESCFPYVLLRNAYHAVYKQSVTSSA
       ::::  ::::::. ::. ..:.:: :::.:.::::::::::::::. : .       
CCDS31 ETDKLKTRNRESISLLMRLVVEESSFLTLDMLESCFPYVLLRNAYREVSRAFHLN  
           1080      1090      1100      1110      1120         

>>CCDS53799.1 NCKAP1L gene_id:3071|Hs108|chr12            (1077 aa)
 initn: 4387 init1: 1936 opt: 4379  Z-score: 5532.2  bits: 1035.4 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4379; 59.0% identity (86.5% similar) in 1072 aa overlap (59-1127:1-1072)

       30        40        50        60        70        80        
pF1KSD TRLYNIKKQGQVWKACGDPKAKPSYLIDKNLESAVKFIVRKFPAVETRNNNQQLAQLQKE
                                     .: ..:.: .::: ...::..:.:. ...:
CCDS53                               MEPSLKYINKKFPNIDVRNSTQHLGPVHRE
                                             10        20        30

       90       100       110       120       130       140        
pF1KSD KSEILKNLALYYFTFVDVMEFKDHVCELLNTIDVCQVFFDITVNFDLTKNYLDLIITYTT
       :.::.. :. :: .:::::::.::: :::::::.::  :::..:::.:..:::::.:::.
CCDS53 KAEIIRFLTNYYQSFVDVMEFRDHVYELLNTIDACQCHFDINLNFDFTRSYLDLIVTYTS
               40        50        60        70        80        90

      150       160       170       180       190       200        
pF1KSD LMILLSRIEERKAIIGLYNYAHEMTHGASDREYPRLGQMIVDYENPLKKMMEEFVPHSKS
       ...::::::.:. .::.:: :::: :: .:  . :::::...:..::::. ::: ::.:.
CCDS53 VILLLSRIEDRRILIGMYNCAHEMLHGHGDPSFARLGQMVLEYDHPLKKLTEEFGPHTKA
              100       110       120       130       140       150

      210       220       230       240       250       260        
pF1KSD LSDALISLQMVYPRRNLSADQWRNAQLLSLISAPSTMLNPAQSDTMPCEYLSLDAMEKWI
       .: ::.::.... ::: .:.:::.:::::::: : .:.:::.:::: :::::...::.::
CCDS53 VSGALLSLHFLFVRRNQGAEQWRSAQLLSLISNPPAMINPANSDTMACEYLSVEVMERWI
              160       170       180       190       200       210

      270       280       290       300       310       320        
pF1KSD IFGFILCHGILNTDATALNLWKLALQSSSCLSLFRDEVFHIHKAAEDLFVNIRGYNKRIN
       :.::.:::: ::...   .:::: ::.:  ..:.:..:...::..:::: ...::.::. 
CCDS53 IIGFLLCHGCLNSNSQCQKLWKLCLQGSLYITLIREDVLQVHKVTEDLFSSLKGYGKRVA
              220       230       240       250       260       270

      330       340       350       360       370       380        
pF1KSD DIRECKEAAVSHAGSMHRERRKFLRSALKELATVLSDQPGLLGPKALFVFMALSFARDEI
       ::.: :: .....:..: .::.::: :.::: :::.:.::::::::::.:::::: :::.
CCDS53 DIKESKEHVIANSGQFHCQRRQFLRMAVKELETVLADEPGLLGPKALFAFMALSFIRDEV
              280       290       300       310       320       330

      390       400        410       420       430       440       
pF1KSD IWLLRHADNMPK-KSADDFIDKHIAELIFYMEELRAHVRKYGPVMQRYYVQYLSGFDAVV
        ::.::..:. : :. .:. :. ::::.: .: .:. ::..  :.:.:..:::. :::.:
CCDS53 TWLVRHTENVTKTKTPEDYADSSIAELLFLLEGIRSLVRRHIKVIQQYHLQYLARFDALV
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CCDS53 LDMLESCFPYVLLRNAYREVSRAFHLN  
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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