Result of FASTA (omim) for pF1KSDA0438
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0438, 708 aa
  1>>>pF1KSDA0438 708 - 708 aa - 708 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0182+/-0.000384; mu= 13.6650+/- 0.024
 mean_var=162.3985+/-33.334, 0's: 0 Z-trim(118.1): 117  B-trim: 101 in 1/51
 Lambda= 0.100643
 statistics sampled from 30660 (30814) to 30660 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.715), E-opt: 0.2 (0.361), width:  16
 Scan time: 13.210

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_001027568 (OMIM: 300420) E3 ubiquitin-protein l ( 588) 1210 188.2   8e-47
XP_005262349 (OMIM: 300420) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 588) 1210 188.2   8e-47
XP_011529313 (OMIM: 300420) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 643) 1210 188.2 8.5e-47
NP_660095 (OMIM: 300420) E3 ubiquitin-protein liga ( 643) 1210 188.2 8.5e-47
NP_071763 (OMIM: 300420) E3 ubiquitin-protein liga ( 455) 1160 180.8   1e-44
XP_005259651 (OMIM: 615177) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 284)  277 52.4 2.9e-06
NP_919442 (OMIM: 615177) E3 ubiquitin-protein liga ( 311)  277 52.4 3.1e-06
NP_057578 (OMIM: 612490) E3 ubiquitin-protein liga ( 153)  260 49.7   1e-05


>>NP_001027568 (OMIM: 300420) E3 ubiquitin-protein ligas  (588 aa)
 initn: 1353 init1: 1090 opt: 1210  Z-score: 961.6  bits: 188.2 E(85289): 8e-47
Smith-Waterman score: 1624; 46.9% identity (67.9% similar) in 605 aa overlap (107-680:4-586)

         80        90       100       110        120       130     
pF1KSD SGSSPLDQVDSSLPSEPIFEKSETEIPTCGSALNQTTESSQS-FVAVHHSEEGRDTLGSS
                                     :: .:::. :.: : ....: .  .. :..
NP_001                            MHRSAPSQTTKRSRSPFSTTRRSWDDSESSGTN
                                          10        20        30   

         140       150       160       170       180       190     
pF1KSD TNLHNHSEGEYIPGACSASSVQNGIALVHTDSYDPDGKHGEDNDHLQLSAEVVEGSRYQE
        :. :.. ..: :    ::. . :.:  : :::  : .. :    ..      . .....
NP_001 LNIDNEDYSRYPPREYRASGSRRGMAYGHIDSYGADDSEEEGAGPVERPPVRGKTGKFKD
            40        50        60        70        80        90   

         200       210       220       230       240       250     
pF1KSD SLGNTVFELENREAEAYTGLSPPVPSFNCEVRDEFEELDSVPLVKSSAGDTEFVHQNSQE
          . ... : . :.. .:  :   ::. .::.: ..:: :: .. ::. ..:. :.:  
NP_001 ---DKLYDPE-KGARSLAGPPPHFSSFSRDVREERDKLDPVPAARCSASRADFLPQSSVA
              100        110       120       130       140         

         260       270       280       290       300       310     
pF1KSD IQRSSQDEMVSTKQQNNTSQERQTEHSPEDAACGPGHICSERNTNDREKNHGSSPEQVVR
        : ::. ....  . ... .::. .. :   . .:  ::.       :..  :. : :::
NP_001 SQSSSEGKLAT--KGDSSERERREQNLPARPSRAPVSICG-----GGENTSKSAEEPVVR
     150       160         170       180            190       200  

         320       330       340         350       360       370   
pF1KSD PKVRKLISSSQVDQETGFNRHEAKQ--RSVQRWREALEVEESGSDDLLIKCEEYDGEHDC
       ::.:.: : . :  .  :.  .  .  .:..:::.. . .:. :: :    ..  :: . 
NP_001 PKIRNLASPNCVKPKIFFDTDDDDDMPHSTSRWRDTANDNEGHSDGL---ARRGRGESSS
            210       220       230       240          250         

           380       390       400       410       420       430   
pF1KSD MFLDPPYSRVITQRETENNQMTSESGATAGRQEVDNTFWNGCGDYYQLYDKDEDSSECSD
        . .: : .   .::....:.  :.     :  .:  ::.   :::.  :.: ::    :
NP_001 GYPEPKYPE--DKREARSDQVKPEKVPRRRRTMADPDFWTHSDDYYKYCDEDSDS----D
     260         270       280       290       300       310       

           440       450       460       470                       
pF1KSD GEWSASLPHRFSGTEKDQSSSDESWETLPGKDENEPELQS------DSSGPE--------
        :: :.: ... . :.  ::: :::::::::.: ::   .       : ::         
NP_001 KEWIAALRRKYRSREQTLSSSGESWETLPGKEEREPPQAKVSASTGTSPGPGASASAGAG
           320       330       340       350       360       370   

                  480       490       500       510       520      
pF1KSD -------------EENQELSLQEGEQTSLEEGEIPWLQYNEVNESSSDEGNEPANEFAQP
                    :: .: :::: ::.::::::::::::.: :.:::.  :. ..:. ::
NP_001 AGASAGSNGSNYLEEVREPSLQE-EQASLEEGEIPWLQYHE-NDSSSEGDNDSGHELMQP
           380       390        400       410        420       430 

         530       540       550       560       570       580     
pF1KSD A-FMLDGNNNLEDDSSVSEDLDVDWSLFDGFADGLGVAEAISYVDPQFLTYMALEERLAQ
       . :::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GVFMLDGNNNLEDDSSVSEDLEVDWSLFDGFADGLGVAEAISYVDPQFLTYMALEERLAQ
             440       450       460       470       480       490 

         590       600       610       620       630       640     
pF1KSD AMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDGLPETLVLEDHTAIGQEQCCPICCSEYIKDD
       :::::::::::::::::::::::::::::.::: :: ::: :.:::.:::::::::.: .
NP_001 AMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDALPEILVTEDHGAVGQEMCCPICCSEYVKGE
             500       510       520       530       540       550 

         650       660       670       680       690       700     
pF1KSD IATELPCHHFFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRRHFPPAVIEASAAPSSEPDPDAPPSNDSIA
       .::::::::.::::::::::::::::::::  :::                         
NP_001 VATELPCHHYFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRCMFPPPL                       
             560       570       580                               

          
pF1KSD EAP

>>XP_005262349 (OMIM: 300420) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr  (588 aa)
 initn: 1353 init1: 1090 opt: 1210  Z-score: 961.6  bits: 188.2 E(85289): 8e-47
Smith-Waterman score: 1624; 46.9% identity (67.9% similar) in 605 aa overlap (107-680:4-586)

         80        90       100       110        120       130     
pF1KSD SGSSPLDQVDSSLPSEPIFEKSETEIPTCGSALNQTTESSQS-FVAVHHSEEGRDTLGSS
                                     :: .:::. :.: : ....: .  .. :..
XP_005                            MHRSAPSQTTKRSRSPFSTTRRSWDDSESSGTN
                                          10        20        30   

         140       150       160       170       180       190     
pF1KSD TNLHNHSEGEYIPGACSASSVQNGIALVHTDSYDPDGKHGEDNDHLQLSAEVVEGSRYQE
        :. :.. ..: :    ::. . :.:  : :::  : .. :    ..      . .....
XP_005 LNIDNEDYSRYPPREYRASGSRRGMAYGHIDSYGADDSEEEGAGPVERPPVRGKTGKFKD
            40        50        60        70        80        90   

         200       210       220       230       240       250     
pF1KSD SLGNTVFELENREAEAYTGLSPPVPSFNCEVRDEFEELDSVPLVKSSAGDTEFVHQNSQE
          . ... : . :.. .:  :   ::. .::.: ..:: :: .. ::. ..:. :.:  
XP_005 ---DKLYDPE-KGARSLAGPPPHFSSFSRDVREERDKLDPVPAARCSASRADFLPQSSVA
              100        110       120       130       140         

         260       270       280       290       300       310     
pF1KSD IQRSSQDEMVSTKQQNNTSQERQTEHSPEDAACGPGHICSERNTNDREKNHGSSPEQVVR
        : ::. ....  . ... .::. .. :   . .:  ::.       :..  :. : :::
XP_005 SQSSSEGKLAT--KGDSSERERREQNLPARPSRAPVSICG-----GGENTSKSAEEPVVR
     150       160         170       180            190       200  

         320       330       340         350       360       370   
pF1KSD PKVRKLISSSQVDQETGFNRHEAKQ--RSVQRWREALEVEESGSDDLLIKCEEYDGEHDC
       ::.:.: : . :  .  :.  .  .  .:..:::.. . .:. :: :    ..  :: . 
XP_005 PKIRNLASPNCVKPKIFFDTDDDDDMPHSTSRWRDTANDNEGHSDGL---ARRGRGESSS
            210       220       230       240          250         

           380       390       400       410       420       430   
pF1KSD MFLDPPYSRVITQRETENNQMTSESGATAGRQEVDNTFWNGCGDYYQLYDKDEDSSECSD
        . .: : .   .::....:.  :.     :  .:  ::.   :::.  :.: ::    :
XP_005 GYPEPKYPE--DKREARSDQVKPEKVPRRRRTMADPDFWTHSDDYYKYCDEDSDS----D
     260         270       280       290       300       310       

           440       450       460       470                       
pF1KSD GEWSASLPHRFSGTEKDQSSSDESWETLPGKDENEPELQS------DSSGPE--------
        :: :.: ... . :.  ::: :::::::::.: ::   .       : ::         
XP_005 KEWIAALRRKYRSREQTLSSSGESWETLPGKEEREPPQAKVSASTGTSPGPGASASAGAG
           320       330       340       350       360       370   

                  480       490       500       510       520      
pF1KSD -------------EENQELSLQEGEQTSLEEGEIPWLQYNEVNESSSDEGNEPANEFAQP
                    :: .: :::: ::.::::::::::::.: :.:::.  :. ..:. ::
XP_005 AGASAGSNGSNYLEEVREPSLQE-EQASLEEGEIPWLQYHE-NDSSSEGDNDSGHELMQP
           380       390        400       410        420       430 

         530       540       550       560       570       580     
pF1KSD A-FMLDGNNNLEDDSSVSEDLDVDWSLFDGFADGLGVAEAISYVDPQFLTYMALEERLAQ
       . :::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GVFMLDGNNNLEDDSSVSEDLEVDWSLFDGFADGLGVAEAISYVDPQFLTYMALEERLAQ
             440       450       460       470       480       490 

         590       600       610       620       630       640     
pF1KSD AMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDGLPETLVLEDHTAIGQEQCCPICCSEYIKDD
       :::::::::::::::::::::::::::::.::: :: ::: :.:::.:::::::::.: .
XP_005 AMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDALPEILVTEDHGAVGQEMCCPICCSEYVKGE
             500       510       520       530       540       550 

         650       660       670       680       690       700     
pF1KSD IATELPCHHFFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRRHFPPAVIEASAAPSSEPDPDAPPSNDSIA
       .::::::::.::::::::::::::::::::  :::                         
XP_005 VATELPCHHYFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRCMFPPPL                       
             560       570       580                               

          
pF1KSD EAP

>>XP_011529313 (OMIM: 300420) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr  (643 aa)
 initn: 1567 init1: 1090 opt: 1210  Z-score: 961.1  bits: 188.2 E(85289): 8.5e-47
Smith-Waterman score: 1782; 45.4% identity (65.7% similar) in 700 aa overlap (12-680:1-641)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSQYTEKEPAAMDQESGKAVWPKPAGGYQTITGRRYGRRHAYVSFKPCMTRHERSLGRAG
                  : :::.: :::.:.::::. ::::::::::::::.:  ...::      
XP_011            MGQESSKPVWPNPTGGYQSNTGRRYGRRHAYVSFRPPTSQRER------
                          10        20        30        40         

               70        80        90       100       110          
pF1KSD DDYEVLELDDVPKENSSGSSPLDQVDSSLPSEPIFEKSETEIPTCGSALNQTTESSQS-F
                                   . :.   .:...:.:   :: .:::. :.: :
XP_011 ----------------------------IASQ---RKTNSEVPMHRSAPSQTTKRSRSPF
                                           50        60        70  

     120       130       140       150       160       170         
pF1KSD VAVHHSEEGRDTLGSSTNLHNHSEGEYIPGACSASSVQNGIALVHTDSYDPDGKHGEDND
        ....: .  .. :.. :. :.. ..: :    ::. . :.:  : :::  : .. :   
XP_011 STTRRSWDDSESSGTNLNIDNEDYSRYPPREYRASGSRRGMAYGHIDSYGADDSEEEGAG
             80        90       100       110       120       130  

     180       190       200       210       220       230         
pF1KSD HLQLSAEVVEGSRYQESLGNTVFELENREAEAYTGLSPPVPSFNCEVRDEFEELDSVPLV
        ..      . .....   . ... : . :.. .:  :   ::. .::.: ..:: :: .
XP_011 PVERPPVRGKTGKFKD---DKLYDPE-KGARSLAGPPPHFSSFSRDVREERDKLDPVPAA
            140          150        160       170       180        

     240       250       260       270       280       290         
pF1KSD KSSAGDTEFVHQNSQEIQRSSQDEMVSTKQQNNTSQERQTEHSPEDAACGPGHICSERNT
       . ::. ..:. :.:   : ::. ....  . ... .::. .. :   . .:  ::.    
XP_011 RCSASRADFLPQSSVASQSSSEGKLAT--KGDSSERERREQNLPARPSRAPVSICG----
      190       200       210         220       230       240      

     300       310       320       330       340         350       
pF1KSD NDREKNHGSSPEQVVRPKVRKLISSSQVDQETGFNRHEAKQ--RSVQRWREALEVEESGS
          :..  :. : :::::.:.: : . :  .  :.  .  .  .:..:::.. . .:. :
XP_011 -GGENTSKSAEEPVVRPKIRNLASPNCVKPKIFFDTDDDDDMPHSTSRWRDTANDNEGHS
             250       260       270       280       290       300 

       360       370       380       390       400       410       
pF1KSD DDLLIKCEEYDGEHDCMFLDPPYSRVITQRETENNQMTSESGATAGRQEVDNTFWNGCGD
       : :  . .   :: .  . .: : .   .::....:.  :.     :  .:  ::.   :
XP_011 DGLARRGR---GESSSGYPEPKYPE--DKREARSDQVKPEKVPRRRRTMADPDFWTHSDD
                310       320         330       340       350      

       420       430       440       450       460       470       
pF1KSD YYQLYDKDEDSSECSDGEWSASLPHRFSGTEKDQSSSDESWETLPGKDENEPELQS----
       ::.  :.: ::    : :: :.: ... . :.  ::: :::::::::.: ::   .    
XP_011 YYKYCDEDSDS----DKEWIAALRRKYRSREQTLSSSGESWETLPGKEEREPPQAKVSAS
        360           370       380       390       400       410  

                                  480       490       500       510
pF1KSD --DSSGPE---------------------EENQELSLQEGEQTSLEEGEIPWLQYNEVNE
          : ::                      :: .: :::: ::.::::::::::::.: :.
XP_011 TGTSPGPGASASAGAGAGASAGSNGSNYLEEVREPSLQE-EQASLEEGEIPWLQYHE-ND
            420       430       440       450        460        470

              520        530       540       550       560         
pF1KSD SSSDEGNEPANEFAQPA-FMLDGNNNLEDDSSVSEDLDVDWSLFDGFADGLGVAEAISYV
       :::.  :. ..:. ::. :::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
XP_011 SSSEGDNDSGHELMQPGVFMLDGNNNLEDDSSVSEDLEVDWSLFDGFADGLGVAEAISYV
              480       490       500       510       520       530

     570       580       590       600       610       620         
pF1KSD DPQFLTYMALEERLAQAMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDGLPETLVLEDHTAIG
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::: :: ::: :.:
XP_011 DPQFLTYMALEERLAQAMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDALPEILVTEDHGAVG
              540       550       560       570       580       590

     630       640       650       660       670       680         
pF1KSD QEQCCPICCSEYIKDDIATELPCHHFFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRRHFPPAVIEASAAP
       ::.:::::::::.: ..::::::::.::::::::::::::::::::  :::         
XP_011 QEMCCPICCSEYVKGEVATELPCHHYFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRCMFPPPL       
              600       610       620       630       640          

     690       700        
pF1KSD SSEPDPDAPPSNDSIAEAP

>>NP_660095 (OMIM: 300420) E3 ubiquitin-protein ligase P  (643 aa)
 initn: 1567 init1: 1090 opt: 1210  Z-score: 961.1  bits: 188.2 E(85289): 8.5e-47
Smith-Waterman score: 1782; 45.4% identity (65.7% similar) in 700 aa overlap (12-680:1-641)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSQYTEKEPAAMDQESGKAVWPKPAGGYQTITGRRYGRRHAYVSFKPCMTRHERSLGRAG
                  : :::.: :::.:.::::. ::::::::::::::.:  ...::      
NP_660            MGQESSKPVWPNPTGGYQSNTGRRYGRRHAYVSFRPPTSQRER------
                          10        20        30        40         

               70        80        90       100       110          
pF1KSD DDYEVLELDDVPKENSSGSSPLDQVDSSLPSEPIFEKSETEIPTCGSALNQTTESSQS-F
                                   . :.   .:...:.:   :: .:::. :.: :
NP_660 ----------------------------IASQ---RKTNSEVPMHRSAPSQTTKRSRSPF
                                           50        60        70  

     120       130       140       150       160       170         
pF1KSD VAVHHSEEGRDTLGSSTNLHNHSEGEYIPGACSASSVQNGIALVHTDSYDPDGKHGEDND
        ....: .  .. :.. :. :.. ..: :    ::. . :.:  : :::  : .. :   
NP_660 STTRRSWDDSESSGTNLNIDNEDYSRYPPREYRASGSRRGMAYGHIDSYGADDSEEEGAG
             80        90       100       110       120       130  

     180       190       200       210       220       230         
pF1KSD HLQLSAEVVEGSRYQESLGNTVFELENREAEAYTGLSPPVPSFNCEVRDEFEELDSVPLV
        ..      . .....   . ... : . :.. .:  :   ::. .::.: ..:: :: .
NP_660 PVERPPVRGKTGKFKD---DKLYDPE-KGARSLAGPPPHFSSFSRDVREERDKLDPVPAA
            140          150        160       170       180        

     240       250       260       270       280       290         
pF1KSD KSSAGDTEFVHQNSQEIQRSSQDEMVSTKQQNNTSQERQTEHSPEDAACGPGHICSERNT
       . ::. ..:. :.:   : ::. ....  . ... .::. .. :   . .:  ::.    
NP_660 RCSASRADFLPQSSVASQSSSEGKLAT--KGDSSERERREQNLPARPSRAPVSICG----
      190       200       210         220       230       240      

     300       310       320       330       340         350       
pF1KSD NDREKNHGSSPEQVVRPKVRKLISSSQVDQETGFNRHEAKQ--RSVQRWREALEVEESGS
          :..  :. : :::::.:.: : . :  .  :.  .  .  .:..:::.. . .:. :
NP_660 -GGENTSKSAEEPVVRPKIRNLASPNCVKPKIFFDTDDDDDMPHSTSRWRDTANDNEGHS
             250       260       270       280       290       300 

       360       370       380       390       400       410       
pF1KSD DDLLIKCEEYDGEHDCMFLDPPYSRVITQRETENNQMTSESGATAGRQEVDNTFWNGCGD
       : :  . .   :: .  . .: : .   .::....:.  :.     :  .:  ::.   :
NP_660 DGLARRGR---GESSSGYPEPKYPE--DKREARSDQVKPEKVPRRRRTMADPDFWTHSDD
                310       320         330       340       350      

       420       430       440       450       460       470       
pF1KSD YYQLYDKDEDSSECSDGEWSASLPHRFSGTEKDQSSSDESWETLPGKDENEPELQS----
       ::.  :.: ::    : :: :.: ... . :.  ::: :::::::::.: ::   .    
NP_660 YYKYCDEDSDS----DKEWIAALRRKYRSREQTLSSSGESWETLPGKEEREPPQAKVSAS
        360           370       380       390       400       410  

                                  480       490       500       510
pF1KSD --DSSGPE---------------------EENQELSLQEGEQTSLEEGEIPWLQYNEVNE
          : ::                      :: .: :::: ::.::::::::::::.: :.
NP_660 TGTSPGPGASASAGAGAGASAGSNGSNYLEEVREPSLQE-EQASLEEGEIPWLQYHE-ND
            420       430       440       450        460        470

              520        530       540       550       560         
pF1KSD SSSDEGNEPANEFAQPA-FMLDGNNNLEDDSSVSEDLDVDWSLFDGFADGLGVAEAISYV
       :::.  :. ..:. ::. :::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
NP_660 SSSEGDNDSGHELMQPGVFMLDGNNNLEDDSSVSEDLEVDWSLFDGFADGLGVAEAISYV
              480       490       500       510       520       530

     570       580       590       600       610       620         
pF1KSD DPQFLTYMALEERLAQAMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDGLPETLVLEDHTAIG
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::: :: ::: :.:
NP_660 DPQFLTYMALEERLAQAMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDALPEILVTEDHGAVG
              540       550       560       570       580       590

     630       640       650       660       670       680         
pF1KSD QEQCCPICCSEYIKDDIATELPCHHFFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRRHFPPAVIEASAAP
       ::.:::::::::.: ..::::::::.::::::::::::::::::::  :::         
NP_660 QEMCCPICCSEYVKGEVATELPCHHYFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRCMFPPPL       
              600       610       620       630       640          

     690       700        
pF1KSD SSEPDPDAPPSNDSIAEAP

>>NP_071763 (OMIM: 300420) E3 ubiquitin-protein ligase P  (455 aa)
 initn: 1472 init1: 1090 opt: 1160  Z-score: 923.8  bits: 180.8 E(85289): 1e-44
Smith-Waterman score: 1393; 53.6% identity (70.5% similar) in 448 aa overlap (270-680:18-453)

     240       250       260       270       280          290      
pF1KSD KSSAGDTEFVHQNSQEIQRSSQDEMVSTKQQNNTSQERQTEH---SPEDAACGPGHICSE
                                     :.::...   .:   : .  .    .: :.
NP_071              MGQESSKPVWPNPTGGYQSNTGRRYGRRHAYVSFRPPTSQRERIASQ
                            10        20        30        40       

        300       310       320          330          340       350
pF1KSD RNTNDREKNHGSSPEQVVRPKVRKLISSSQV---DQE---TGFNRHEAKQRSVQRWREAL
       :.::..   : :.: :... . :. .:...    :.:   :..:  .    :..:::.. 
NP_071 RKTNSEVPMHRSAPSQTTK-RSRSPFSTTRRSWDDSESSGTNLNIDNEDYSSTSRWRDTA
        50        60         70        80        90       100      

              360       370       380       390       400       410
pF1KSD EVEESGSDDLLIKCEEYDGEHDCMFLDPPYSRVITQRETENNQMTSESGATAGRQEVDNT
       . .:. :: :    ..  :: .  . .: : .   .::....:.  :.     :  .:  
NP_071 NDNEGHSDGL---ARRGRGESSSGYPEPKYPE--DKREARSDQVKPEKVPRRRRTMADPD
        110          120       130         140       150       160 

              420       430       440       450       460       470
pF1KSD FWNGCGDYYQLYDKDEDSSECSDGEWSASLPHRFSGTEKDQSSSDESWETLPGKDENEPE
       ::.   :::.  :.: ::    : :: :.: ... . :.  ::: :::::::::.: :: 
NP_071 FWTHSDDYYKYCDEDSDS----DKEWIAALRRKYRSREQTLSSSGESWETLPGKEEREPP
             170           180       190       200       210       

                                         480       490       500   
pF1KSD LQS------DSSGPE---------------------EENQELSLQEGEQTSLEEGEIPWL
         .       : ::                      :: .: :::: ::.::::::::::
NP_071 QAKVSASTGTSPGPGASASAGAGAGASAGSNGSNYLEEVREPSLQE-EQASLEEGEIPWL
       220       230       240       250       260        270      

           510       520        530       540       550       560  
pF1KSD QYNEVNESSSDEGNEPANEFAQPA-FMLDGNNNLEDDSSVSEDLDVDWSLFDGFADGLGV
       ::.: :.:::.  :. ..:. ::. :::::::::::::::::::.:::::::::::::::
NP_071 QYHE-NDSSSEGDNDSGHELMQPGVFMLDGNNNLEDDSSVSEDLEVDWSLFDGFADGLGV
        280        290       300       310       320       330     

            570       580       590       600       610       620  
pF1KSD AEAISYVDPQFLTYMALEERLAQAMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDGLPETLVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::: :: 
NP_071 AEAISYVDPQFLTYMALEERLAQAMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDALPEILVT
         340       350       360       370       380       390     

            630       640       650       660       670       680  
pF1KSD EDHTAIGQEQCCPICCSEYIKDDIATELPCHHFFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRRHFPPAV
       ::: :.:::.:::::::::.: ..::::::::.::::::::::::::::::::  :::  
NP_071 EDHGAVGQEMCCPICCSEYVKGEVATELPCHHYFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRCMFPPPL
         400       410       420       430       440       450     

            690       700        
pF1KSD IEASAAPSSEPDPDAPPSNDSIAEAP

>>XP_005259651 (OMIM: 615177) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr  (284 aa)
 initn: 294 init1: 183 opt: 277  Z-score: 233.5  bits: 52.4 E(85289): 2.9e-06
Smith-Waterman score: 277; 36.8% identity (66.0% similar) in 106 aa overlap (606-703:176-279)

         580       590       600       610       620       630     
pF1KSD YMALEERLAQAMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDGLPETLVLEDHTAIGQEQCCP
                                     :::.::.:..:: . : :.:.. : :  ::
XP_005 HSNPMDYAWGANGLDAIITQLLNQFENTGPPPADKEKIQALPTVPVTEEHVGSGLE--CP
         150       160       170       180       190       200     

         640       650       660       670               680       
pF1KSD ICCSEYIKDDIATELPCHHFFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRRHF--------PPAVIEASA
       .: ..:   . . .:::.:.::  :.  ::..  .:::::. .        ::..  .: 
XP_005 VCKDDYALGERVRQLPCNHLFHDGCIVPWLEQHDSCPVCRKSLTGQNTATNPPGLTGVSF
           210       220       230       240       250       260   

       690       700        
pF1KSD APSSEPDPDAPPSNDSIAEAP
       . ::  . .. :::..     
XP_005 SSSSSSSSSSSPSNENATSNS
           270       280    

>>NP_919442 (OMIM: 615177) E3 ubiquitin-protein ligase R  (311 aa)
 initn: 294 init1: 183 opt: 277  Z-score: 233.0  bits: 52.4 E(85289): 3.1e-06
Smith-Waterman score: 277; 36.8% identity (66.0% similar) in 106 aa overlap (606-703:203-306)

         580       590       600       610       620       630     
pF1KSD YMALEERLAQAMETALAHLESLAVDVEVANPPASKESIDGLPETLVLEDHTAIGQEQCCP
                                     :::.::.:..:: . : :.:.. : :  ::
NP_919 HSNPMDYAWGANGLDAIITQLLNQFENTGPPPADKEKIQALPTVPVTEEHVGSGLE--CP
            180       190       200       210       220         230

         640       650       660       670               680       
pF1KSD ICCSEYIKDDIATELPCHHFFHKPCVSIWLQKSGTCPVCRRHF--------PPAVIEASA
       .: ..:   . . .:::.:.::  :.  ::..  .:::::. .        ::..  .: 
NP_919 VCKDDYALGERVRQLPCNHLFHDGCIVPWLEQHDSCPVCRKSLTGQNTATNPPGLTGVSF
              240       250       260       270       280       290

       690       700        
pF1KSD APSSEPDPDAPPSNDSIAEAP
       . ::  . .. :::..     
NP_919 SSSSSSSSSSSPSNENATSNS
              300       310 

>>NP_057578 (OMIM: 612490) E3 ubiquitin-protein ligase R  (153 aa)
 initn: 319 init1: 214 opt: 260  Z-score: 223.5  bits: 49.7 E(85289): 1e-05
Smith-Waterman score: 260; 32.7% identity (68.1% similar) in 113 aa overlap (570-679:14-121)

     540       550       560       570       580       590         
pF1KSD SSVSEDLDVDWSLFDGFADGLGVAEAISYVDPQFLTYMALEERLAQAMETALAHLESLAV
                                     ::.  :   .  .::... . .  .:.:..
NP_057                  MASYFDEHDCEPSDPEQETRTNMLLELARSLFNRM-DFEDLGL
                                10        20        30         40  

     600          610       620       630       640       650      
pF1KSD DVEVAN---PPASKESIDGLPETLVLEDHTAIGQEQCCPICCSEYIKDDIATELPCHHFF
        :.  .   :::.:  ...::.:..  ...    :  ::.:  :. ... : :.::::.:
NP_057 VVDWDHHLPPPAAKTVVENLPRTVIRGSQA----ELKCPVCLLEFEEEETAIEMPCHHLF
             50        60        70            80        90        

        660       670       680       690       700           
pF1KSD HKPCVSIWLQKSGTCPVCRRHFPPAVIEASAAPSSEPDPDAPPSNDSIAEAP   
       :. :.  ::.:...::.:: ..:                                
NP_057 HSSCILPWLSKTNSCPLCRYELPTDDDTYEEHRRDKARKQQQQHRLENLHGAMYT
      100       110       120       130       140       150   




708 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 18:32:30 2016 done: Thu Nov  3 18:32:32 2016
 Total Scan time: 13.210 Total Display time:  0.080

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com